serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · title:...

22
Analiza sekwencji DNA. Biologiczne bazy danych.

Upload: others

Post on 20-Jul-2020

0 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Analiza sekwencji DNA. Biologiczne bazy danych.

Page 2: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Genetics. A conceptual approach. © 2005 by W. H. Freeman and Company.

Page 3: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Genetics. A conceptual approach. © 2005 by W. H. Freeman and Company.

Page 4: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Genetics. A conceptual approach. © 2005 by W. H. Freeman and Company.

Page 5: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Genetics. A conceptual approach. © 2005 by W. H. Freeman and Company.

Page 6: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

www.oxfordjournals.org/nar/database/c/

1512 baz danych

Page 7: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 8: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

EMBL GenBank

DDBJ

1987

International Nucleotide Sequence Database Collaboration

Page 9: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

MetaBazy - bazy kojarzące ze sobą odpowiednie rekordy wielu baz.

Page 10: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Entrez - zintegrowany dostęp do różnych baz danych

Page 11: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

TrEMBL PIR

SwissProt

2002

UniProtR – International Protein Sequence Database

Page 12: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Elementy typowego rekordu w formacie GenBank

Page 13: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

PubMed – baza danych literaturowych (medycyna i nauki biologiczne)

Page 14: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 15: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Format

FASTA

Page 16: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Trzyliterowy kod wskazujący na

przynależność taksonomiczną,

technikę sekwencjonowania

lub typ sekwencji

Page 17: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 18: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 19: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 20: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM
Page 21: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

CDS Coding DNA Sequence

Page 22: serwisy.umcs.lublin.plserwisy.umcs.lublin.pl/michal.kalita/cwiczenia/prezentacja.pdf · Title: Slajd 1 Author: mkalita Created Date: 2/20/2013 10:50:34 AM

Ciekawostki z bazy danych GenBank

Sprawdź pod podanymi poniżej numerami dostępowymi

co było materiałem źródłowym do izolacji DNA

Z71230

NC_001610