12 sistemi vegetali modello (12) - unina.it sistemi vegetali... · 2014-07-10 · lp arabidopsis...
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Sistemi Vegetali Modelloper lo Studio degli Stress
Abiotici
c o r sformazione GenHORT
PERCEZIONE DEL SEGNALE
TRASDUZIONE DEL SEGNALE
ESPRESSIONE GENICA
PRODOTTI GENICIPROTEINE FUNZIONALIPROTEINE DI TRASPORTOBIOSINTESI DI OSMOLITICHAPERONINEPROTEINE LEAPROTEASIENZIMI DETOSSIFICANTI
PROTEINE REGOLATRICIFATTORI DI TRASCRIZIONE(MYB, MYC7PROTEIN CHINASI(MAPK,MAPKK,CDPK)FOSFOLIPASIPROTEINE RNA-binding
Stress Stress
Durata Intensità
Adattamento
Omeostasi
Danni irreversibili c o r sformazione GenHORT
Specie di interesse agrario
- Lievito
- riso, orzo, grano
- patata, tabacco, pomodoro
- Arabidopsis thaliana
- Oryza sativa- Thellungiella halofila
SISTEMI MODELLO
- vite, olivo
c o r sformazione GenHORT
Arabidopsis thaliana
Facile da coltivare invivo ed in vitro
30-60 semi persiliqua, ca 5000
per pianta)
Trasformazione Genetica
ciclo biologicoin 6-8 settimane
Sequenziamentocompleto del genoma
c o r sformazione GenHORT
950 Mb
16000 Mb
pomodoroS. lycopersicum
grano teneroTriticum aestivum
patataSolanum tuberosum
1900 Mb125 Mb
Arabidopsisthaliana
A. thaliana ha un genoma molto piccolo, ma rappresentativo delle principalifunzioni geniche delle specie di interesse agrario
Arabidopsis thaliana
c o r sformazione GenHORT
Sequenziamento Genoma Completo (AGI, 2000)
Arabidopsis thaliana: tools
Librerie di clonigenomici
Collezione di Mutanti (T-DNA, RNAi,Activation Tagging)
Toolbioinformatici
(Genevestigator,Athena, Atpid)
c o r sformazione GenHORT
Arabidopsis thaliana
StressSalini
Stress Termici Agenti Biotici
TrattamentiOrmonali
Svliluppo di chip microarray e analisi di espressione genica high-throughput
Stadi di Sviluppo
Locus: At5g56010
c o r sformazione GenHORT
Arabidopsis thaliana: gain of funcion
Collezione di mutanti Activation tagging
Vettori con enhancer Trasferimento del T-DNA in pianta
L’inserimento del T-DNA determina lasovraespressione di geni a valledell’inserzione
c o r sformazione GenHORT
Collezione mutanti knockout: repressione totale dell’espressione genica
5I UTR
INSERZIONE T-DNALBa1
LB RB
1 182RP302 12671068
GENE 3’ UTR
LP
Arabidopsis thaliana: loss of funcion
Collezione mutanti knock-down: repressione parziale dell’espressione genica
c o r sformazione GenHORT
Ricerca di mutanti nel gene di interesse in popolazioni già indicizzate
Arabidopsis thaliana
c o r sformazione GenHORT
Diverse popolazioni di mutanti ready-to-screen sono già disponibili
Thellungiella halophila
Arabidopsis (4 settimane) Thellungiella (6 settimane)
SINONIMI: salt cress, Thellungiella salsuginea.
Alta similitudine (90-95%) con Arabidopsis
Tollera condizioni estreme di freddo, siccità esalinità (Bressan, 2001)
Sono disponibili li brerie BAC, ESTs e libreriecDNA full-lenght
c o r sformazione GenHORT