2a. dna gel electorphoresis 2007

8/18/2019 2a. DNA Gel Electorphoresis 2007

1/30


2/30

• DNA bermuatan negatif.

!

Po"er

DNA

• #ika diletakan pada medan listrik$ DNA bergerak ke kutub positif

%anode&.

'

()

• *el agarose digunakan untuk memperlambat memperlambat gerakan DNAdan terpisah berdasarkan ukurannya.

+canning Electron ,icrograph of

Agarose *el %-- /m&

• *el agarose berpori!pori$ DNA

bergerak mele"ati


3/30

!

Po"er

DNA

+eberapa cepat DNA migrasi0

Kekuatan medan listrik$ bufer$ konsentrasi gel agarose

ukuran DNA1

2DNA berukuran kecil bergerak lebih cepat daripada DNA yg pan3ang

elektroforesis memisahkan DNA berdasarkan ukurannya

kecil

besar

Dalam gel agarose$ DNA linier migrasi berbanding

terbalik dengan log-4 ukuran molekular.


4/30

Agarose

Agarose merupakan polimer linier diekstrasi dari rumput laut.

D!galactose 5$6!anhydro

7!galactose

• +"eetened agarose gels ha8e

been eaten in the 9ar East

since the -:th century.

• Agarose "as first used inbiology "hen Robert Koch2

used it as a culture medium for

;uberculosis bacteria in -


5/30

Membuat Gel Agarose


6/30

*el agarose dibuat dengan

mendidihkan serbukagarose dalam larutan

bufer.

Agarose

=ufer

7abu utk mendidihkan


7/30

Casting tray

+isir *el

Po"er supply

;angki *el ;utup

Kabel

Electrophoresis E>uipment


8/30

*el casting tray ? combs


9/30

+eal the edges of the casting tray and put in the combs. Place the casting

tray on a le8el surface. None of the gel combs should be touching thesurface of the casting tray.

Preparing the Casting ;ray


10/30

Agarose 7arutan bufer

Campur serbuk agarose dan larutan bufer. @se a flask that is

se8eral times larger than the 8olume of buffer.


11/30


12/30

Diamkan larutan agarose mendingin %64BC& dan kemudian

tuangkan dalam cetakan. #angan sampai ada gelembung udara.

,enuangkan gel


13/30

Each of the gel combs should be submerged in the melted agarose solution.


14/30

Ketika dingin$ agarose polimerisasi$ membentuk gel yg fleksibel.

+etelah dinging %54! minute& gel ber"arna agak putih. 'ati!hati copotsisir dan selotape.


15/30

7etakkan gel dalam alat elektroforesis.


16/30

buffer

;uangkan bufer sehingga diatas gel ! - mm. Cak setiap

sumuran terisi bufer.

Cathode

%negati8e&

Anode

%positi8e&

wells

DNA


17/30

6F 7oading =ufferG

• =romophenol =lue %for color&

• *lycerol %for "eight&

Preparasi +ample

Campur sample DNA dengan bufer sampel. Hni memudahkan sampel

masuk kedalam sumuran$ karena adanya gliserol yg memperberatsampel.


18/30

,emasukkan sampel ke *el

Carefully place the pipette tip o8er a "ell and gently eIpel the sample.

;he sample should sink into the "ell. =e careful not to puncture the

gel "ith the pipette tip.


19/30

7etakkan penutuo$ hubungkan dengan kabel$ hubungkan dengan po"er

supply. Cek kabel terhubungkan dengan benar ! DNA migrasi ke anode

%merah&. #ika dihidupkan$ terbentuk gelembung pada elektrode

Running the *el


20/30

"ells =romophenol =lue

Cathode

%!&

Anode

%&

*el

+etelah dihidupkan$ cek bah"a "arna bergerak pada arah yg benar.

=romophenol blue bergerak serah dg DNA.

DNA

%!&


21/30

-44

)44 544

-$64

-$444

44


22/30

As an alternati8e to purchasing costly DNA ladders$ one can be created

using meal "orm %Tenebrio molitor & DNA and a restriction enJyme.

httpGpeople.uis.edurmosh-DNAeIerciseLHHa4).pdf

P * l


23/30

Pe"arnaan *el

222PERHATIAN1 Etidium bromide merupakanl mutagen kuat

dan toksik. arung tangan harus di!akai setia! waktu"

• Etidium bromide interkalasi pada DNA dan berfluoresensi pada

sinar @L$ menyebabkan DNA terlihat pada *el.

• Etidium bromide dapat ditambahkan pada gel atau pada buf

elektroforesis sebelum atau sesudah elektroforesis.


24/30

Pewarna lain #g lebih aman

•

,ethylene =lue• =ioRAD ! =io!+afe DNA +tain

• Mards ! O@HKLie" DNA +tain

• Carolina BLU Stain

others

keuntungan;idak mahal

Kurang toksik

;idak perlu sinar @L

;idak ada sisa bahan berbahaya

kerugianKurang peka

diperlukan DNA lebih banyak pada gel

Perlu "aktu pe"arnaan lebih lama


25/30

Pe"arnaan *el

• 7etakan gel pada nampan yang berisi larutan pe"arna hangat.

• Diamkan gel selama )!54 minute.

• untuk menghilangkan kelebihan pe"arna$ diamkan gel dalam air.

• *anti air beberapa kali supaya efisien.


26/30

Etidium =romide sumber sinar ultra8iolet untuk dapat dilihat


27/30

Lisualisasi DNA %etidium bromide&

-44 )44 544

-$64 -$444

44


28/30

Lisualisasi DNA %OuikLHEM &

)4

-$44 -$444

44 :4

)$444 bp

DNA ladder

PCRProduct

"ells

! ! ! ! ! ! !

March 12, 2006

+amples Q -$ 6$ :$ -4 ? -) "ere positi8e for Molbachia DNA


29/30


30/30

2a. dna gel electorphoresis 2007

Documents