acd/ms workbook suite - fujitsu global...1.3. open data panelの操作 open data...

ACD/MS Workbook Suite Tutorial i

ACD/MS Workbook Suite Version 2012 for Microsoft Windows

Tutorial

目次

ACD/MS Workbook Suite Tutorial 2

目次

1. ACD/Spectrus Processor の基本......................................................................................................................... 4

1.1. ACD/Spectrus Processor の起動 ................................................................................................................ 4

1.2. ファイル関連付けの設定 ......................................................................................................................... 5

1.3. Open Data Panel の操作 ............................................................................................................................. 5

1.3.1. お気に入りフォルダの追加 ............................................................................................................. 6

1.4. Workflow bar の操作 .................................................................................................................................. 7

1.4.1. Workflow bar でのアイコンのカスタマイズ .................................................................................. 7

1.5. Raw データの読み込み ............................................................................................................................ 8

1.6. スペクトル表示のプリファレンス.......................................................................................................... 9

1.7. 拡大・縮小 ................................................................................................................................................. 9

1.8. Preprocessing オプション ....................................................................................................................... 11

2. LC/UV/MS データの処理・解析.................................................................................................................... 12

2.1. Processor ウィンドウの構成（LC/UV/MS） ....................................................................................... 12

2.2. 手動ピーク・ピッキングと積分............................................................................................................ 12

2.3. 目的成分の確認 ....................................................................................................................................... 13

2.3.1. 構造式の貼り付け ........................................................................................................................... 14

2.3.2. 目的成分の確認 ............................................................................................................................... 14

2.4. クロマトグラムへの帰属 ....................................................................................................................... 15

2.5. 平均 MS スペクトルの切り出し ............................................................................................................ 15

2.6. MS スペクトルの帰属 ............................................................................................................................. 17

2.7. フラグメント自動帰属 ........................................................................................................................... 18

2.8. 帰属結果の転送 ....................................................................................................................................... 21

2.9. フラグメント予測単体での実行............................................................................................................ 22

3. レポートの作成 ............................................................................................................................................... 24

3.1. 標準的なレポートの作成 ....................................................................................................................... 24

3.2. テンプレートを利用したレポートの作成 ............................................................................................ 26

3.2.1. レポート・テンプレートの作成.................................................................................................... 27

① Report Template モードへの切り替え........................................................................................... 28

② テンプレート・オブジェクトの挿入............................................................................................ 28

③ 表示プリファレンスの設定 ........................................................................................................... 29

④ テンプレート・オブジェクトの配置............................................................................................ 34

⑤ レポート・テンプレートの保存.................................................................................................... 35

4. IntelliXtract ........................................................................................................................................................ 36

4.1. LC-MS の代謝物追跡 .............................................................................................................................. 36

4.2. 複数のコンポーネント比較 ................................................................................................................... 43

5. データベースへの登録 ................................................................................................................................... 45

目次


5.1. クロマト-MS データの DB 登録 ............................................................................................................ 45

5.2. クロマト-MS データの DB の閲覧 ........................................................................................................ 48

1. ACD/Spectrus Processor の基本


1. ACD/Spectrus Processorの基本

1.1. ACD/Spectrus Processor の起動

Spectrus Processorの起動手順は以下の通りです。

1. Windowsを起動します。

2. Spectrus Processor アイコンをダブルクリックします。

–又は–

Windowsタスクバーのスタート＞プログラム＞ACD/Labs 2012をポイントし、Spectrus Processor アイコ

ンを選択します。

–又は–

ACD/Labs製品をインストールしたフォルダ（デフォルトではC:¥Program Files¥ACD2012）から

SPECTRUS.EXE をダブルクリックします。

3. スプラッシュ画面表示後、Processor画面が表示さます。

4. 初めてSpectrus Processorを起動した場合には、使い方が確認できるGetting started with ACD/Spectrus

Processorダイアログボックスが表示されます。毎回以下のダイアログボックスを表示させたくない場合に

は、右下のDo not show at startupにチェックを入れてからダイアログボックスを閉じます。

Tip 一度非表示にしたGetting started with ACD/Spectrus Processorダイアログボックスを再び表示さ

せるには、HelpメニューからGetting Started…を選択します。表示されたGetting started with

ACD/Spectrus ProcessorダイアログボックスのDo not show at startupの選択を解除します。

動作環境、およびインストール/アンインストールについてはソフトウェア付属のドキュメントをご覧くださ

い。



1.2. ファイル関連付けの設定

ファイルをダブルクリックすることで、自動的にACD/Labsにて開くように設定するには、ファイル関連付け

を設定する必要があります。

1. FileメニューからFile Association を選択します。File Association ダイアログが表示されます。

2. 自動的にACD/Labsから開くことができるファイルの拡張子とファイルタイプのリストが表示されます。関

連付ける種類にチェックを入れYes をクリックします。

–又は–

関連付けが必要でない場合にはチェックボックスを空欄にし、No をクリックします。

Note Windows NTではファイルの関連付けを変更するには権限が必要です。権限を持たないユーザ

ーで行った場合には警告メッセージが表示されます。その際にはシステム管理者(administrator）

とご相談ください。

Windows Explorerから以下のようにして変更することも可能です。

1. Windows Explorer を開き、関連付けされている拡張子を持つファイルを選択します。

2. SHIFTを押したまま右クリックし、ローカルメニューから“プログラムから開く”を選択します。

3. ファイルを開くために使用するプログラムを選択し、この種類のファイルを開くときは選択したプログラ

ムをいつも使うにチェックを入れます。

4. OK をクリックし、Windows Explorerを閉じます。

1.3. Open Data Panelの操作

Open Data Panelは次のような構成になっています。

Recent files・・・過去に使用したファイルの一覧が表示されます。

All files・・・PC内のすべてのフォルダがツリー形式にて表示されます。をクリックすると、ツリ

ーを展開することができます。

その他・・・自身で設定したお気に入りフォルダが表示されます。



1.3.1. お気に入りフォルダの追加

1. お気に入りフォルダを追加・設定するには、All filesエリアにてお気に入りに指定したいフォルダを選択

し、フォルダ右に表示される星印をクリックします。

2. 星印が選択されたフォルダはお気に入りフォルダとしてOpen Data Panelに表示されます。

Tip お気に入りフォルダから削除したい場合には、フォルダ名の右の星印をクリックして選択を解除

します。

3. お気に入りフォルダをポイントするとが表示されます。このボタンをクリックすることで、フォルダ

内を表示/非表示することができます。



1.4. Workflow barの操作

今回のバージョンから、基本的な操作はWorkflow barから行うことが可能となりました。Workflow barはアク

ティブなスペクトルによって若干異なりますが、ほぼ統一されたデザインとなっています。

＜1D NMR＞

＜LC/MS、GC/MS＞

デフォルトでは、Workflow barに全てのアイコンは配置されていません。作業フローにあわせて、アイコンの

表示/非表示を自由にカスタマイズすることが可能です。

1.4.1. Workflow barでのアイコンのカスタマイズ

1. Workflow barの空いている個所を右クリックします。

2. 表示されたショートカット･メニューからShow/Hide Buttonsを選択します。

3. 表示/非表示可能なアイコンの一覧が表示されるので、Workflow Barに配置したいアイコンを選択します。

選択されたアイコンの左にはチェックマークが表示され、チェックマークの付いたアイコンのみが

Wortkflow barに表示されます。



1.5. Raw データの読み込み

データを開くには、Open Data Panelから目的のスペクトルデータをWork Spaceへドラッグ＆ドロップしま

す。

ファイルをドラッグ＆ドロップした時・・・選択したファイルのみインポートされます。

フォルダを〃・・・そのフォルダに含まれる全スペクトルが一括して

インポートされます。

本チュートリアルでは、4-クロロビフェニルのGC/MSスペクトル

（EXAMPLES¥spectrus¥MULTI¥A_6-AMINO-1_3-DIMETHYLURASIL¥A-INSTR1-A.RAW）を利用して機能を

紹介していきます。

1. Open Data PanelにてExamplesフォルダをポイントし、をクリックします。

2. 先のフォルダ（EXAMPLES¥spectrus¥MULTI¥A_6-AMINO-1_3-DIMETHYLURASIL¥A-INSTR1-A.RAW）

を、フォルダごとワークスペースへドラッグ＆ドロップします。

Tip Workflowバーのをクリックすることで、Open Data Panelの動作をさらに設定することが

できます。

フォルダをドラッグ＆ドロップ



1.6. スペクトル表示のプリファレンス

Preferences ダイアログボックスからProcessorウィンドウに読み込まれたスペクトルの表示方法について設

定できます。

1. このダイアログボックスを表示する為に、Options メニューから LC/UV/MS Preferencesを選択します。

2. 必要な設定をし、OKをクリックします。

1.7. 拡大・縮小

スペクトルの解析作業でピークをより詳しく観察するためにスペクトルの領域を拡大することが良くありま

す。ACD/Spectrus Processorには様々な拡大ツールが搭載されています。この拡大機能は以下の表に示すよう

にViewメニューやGeneral tool barから操作可能です。先ほど開いたFIDでこれらのコマンドを練習してみま

しょう。

Command Function Shortcut

Horizontal Zoom

水平方向に拡大します。拡大したい範囲をワークワークスペース上ス

ペース上でドラッグ選択します。CTRLキーを押しながら選択すると

開始点を中心に選択できます。この拡大ツールが有効な時にクリック

するとクリックした点を中心に３倍に拡大します。

Workspaceにて右ク

リック



Rectangular Zoom

選択した矩形をワークスペース全体に拡大します。拡大したい領域を

ドラッグ選択します。ドラッグ選択する際にCTRLキーを押しながら

選択すると選択開始点を中心とした矩形で選択できます。この拡大ツ

ールが有効な時にクリックするとクリックした点を中心に３倍に拡

大します。

workspaceにて

CTRL+右クリック

Manual Zoom

表示したい領域をダイアログ内に数値入力

Zoom Out

拡大表示をすべて解除

Zoom Undo

最後に行った拡大操作をキャンセルし、前の状態に戻します。

Vertical Zoom >

Fit Spectrum

表示領域を縦方向に表示されているピークの最も大きいものに併せ

て拡大

CTRL+PAGE UP

Vertical Zoom >

Increase

表示領域を縦方向に拡大 PAGE UP

Vertical Zoom >

Decrease

表示領域を縦方向に縮小 PAGE DOWN

Vertical Zoom >

Zoom Out

縦方向の拡大を解除 CTRL+PAGE

DOWN

拡大操作の練習後、Zoom Out をクリックしてデフォルト表示に切り替えてください。

Tip View メニューにあるZoom Undo と Zoom Redo コマンドから、拡大に関する変更を元に戻す

ことや、やり直すことが可能です。

Note スペクトル上を右クリックした際の動作（コンテキストメニュー、またはHorizontal Zoom）は、

自身の使いやすい方を設定することが可能です。設定を変更するには、Optionsメニューから

Common Preferences…を選択します。表示されたCommon Preferencesダイアログボックスの

Mouseタブにて変更します。



1.8. Preprocessing オプション

Preprocessingオプションから、スペクトルをインポートした際に自動で適用させたい処理を予め設定してお

くことが可能です。設定するには以下のように行います。

4. Workflowバーのをクリックし、表示されたメニューからPreprocessing Options…を選択しま

す。

5. 表示されたPreprocessing Optionsダイアログボックスにて自動で適用させたい処理を設定し、OKをクリ

ックします。

今回は上図のように設定されていることを確認します。

2. LC/UV/MS データの処理・解析


2. LC/UV/MSデータの処理・解析

2.1. Processor ウィンドウの構成（LC/UV/MS）

Spectrus ProcessorにてLC/UV/MSデータをインポートした際には、以下のようにウィンドウ構成がLC/UV/MS

データに合わせて自動的に変更されます。

2.2. 手動ピーク・ピッキングと積分

LC/UV/MSデータを読み込んだ際に、自動的に各クロマトグラム（TAC、TIC（+/-））に自動的にピーク・ピ

ッキングが適用されます。目的のピークがピッキングされていない場合や、不要なピークがピッキングされて

いる場合には、以下のようにしてピークを追加/削除することができます。

1. Workflow baにてPeak by Peak をクリックし、ピークピッキング・モードをOnにします。

2. 目的のTAC、TIC（+/-）上にマウスカーソルを移動し、スペクトル上をポイントします。

3. 下図のように、ポイントされたピークがハイライト表示された状態で、クリックします。

Work Space

Workflow bar

LC/UV/MS

Legend

Menu bar

Table of Components

UVスペクトル

平均スペクトル

MS スペクトル



4. ピークがピッキングされ、積分範囲がオレンジ色で表示されます。

5. 積分範囲を修正するには、積分範囲の境界線にマウスポインターを合わせます。マウスポインターが

に変更されるので、その状態でドラッグすることで任意に設定できます。

2.3. 目的成分の確認

LC/UV/MSデータから目的成分を確認するには、LC/UV/MSデータに構造式を貼り付けるだけで簡単に確認す

ることができます。



2.3.1. 構造式の貼り付け

LC/UV/MSデータへ構造式を貼り付けるには、Table of ComponentsのStructureカラムにて操作します。こ

のカラムからは3種類の操作が可能です。

Paste・・・クリップボード経由で構造式をStructureカラムに貼り付けることができます。

ACD/ChemSketchやChemDrawなど他社ソフトで作図したい場合に利用できます。

Draw・・・Spectrus Processor上で構造式が作図可能なShemical Structureウィンドウが表示されます。

Load・・・すでに作図した構造式ファイルを読み込むことができます。ChemSketchにて対応してい

るファイルフォーマットを読み込むことが可能です。

Tip 構造式をファイル（ACD形式, Molファイル, ChemDraw形式）で保存している場合には、それらフ

ァイルを直接スペクトル上へドラッグ＆ドロップすることでも、Loadと同じ操作が行えます。

Tip 構造式ファイルに複数構造式が含まれていた場合には、全ての構造式を一度に貼り付けることが可

能です。

2.3.2. 目的成分の確認

構造式を貼り付けることにより、Table of Componentsの他のカラムも自動的に計算されます。MS Matchカラ

ムでは貼り付けた構造式から計算される同位体パターンとインポートしたLC/UV/MSデータを比較し、貼り付

けた構造式がデータ中に存在する可能性を判断しています。

また、貼り付けた構造式に対応するマスクロマトグラム(+/-)も自動的に計算、表示されます。



2.4. クロマトグラムへの帰属

入力した構造式とクロマトグラム・ピークを帰属することが可能です。帰属しておくことで、高度なレポート

を簡単に作成することが可能となります。

1. Table of Componentsから帰属したい行のtR(min)カラムから、帰属先のピークまでドラッグします。同位

体パターンの一致するピークは緑色にハイライト表示されます。

2. 帰属されtR(min)にはそのピークのリテンションタイムが入力され、またクロマトグラム上のピークはMS

Matchと同じ色でハイライト表示されます。

3. 同時に、帰属されたピークの平均スペクトルも自動で計算・表示されます。

2.5. 平均MSスペクトルの切り出し

自動的に計算された平均MSスペクトルを切り出すことで、構造式と平均MSスペクトルピークとの手動帰属が

可能となります。

1. LC/UV/MS Legendにて切り出したい平均MSスペクトルを右クリックします。



2. 表示されたショートカット・メニューからExtract Spectrumを選択します。別ウィンドウにて平均スペ

クトルが表示されます。

Tip 同様の方法でUVスペクトルを切り出すことも可能です。



2.6. MSスペクトルの帰属

切り出した平均MSスペクトルに対しては、構造式との手動帰属を行うことが可能です。手動帰属は以下のよ

うに行います。

Note Spectrus ProcessorではMSスペクトルの手動帰属のみ可能です。自動帰属を行うには、上位機

種となるMS-ID Workbookが必要となります。

1. 構造式を添付するために、Workflow BarにてDraw Structure をクリックします。Chemical Structure

ウィンドウが表示されます。

2. Chemical Structureウィンドウにて目的の構造式を作図します。作図した構造式はスペクトル上にも表示

されます。

3. Workflow barにてAssignment をクリックし、帰属モードに切り替えます。Manual Assignment

ダイアログボックスが表示されます。



4. 構造式上をドラッグし、帰属したいフラグメントを選択します。

5. 選択したフラグメントが構造式上にて赤くハイライト表示され、対応するピークが観測されている場合に

は、Manual AssignmentダイアログボックスにてAssign Fragment ボタンがアクティブにな

ります。

6. Assign Fragmentボタンをクリックすることで、帰属処理が適用されます。

7. 自動的にTable of Fragmentが表示され、帰属結果がこのテーブルに格納されていきます。

8. 続けて帰属処理を行うには2~4の操作を繰り返します。

9. 帰属処理を終了するには、再度Workflow barにてAssignment をクリックします。

2.7. フラグメント自動帰属

ACD/Spectrusは、構造をフラグメント化して、提案された構造フラグメントとスペクトル上のMS値との相関

関係を自動的にFragments Tableへ登録します。

1. スペクトルへ構造式を貼り付けます。（本資料では、

ACD_HOME¥Examples¥SPECMAN¥MASS¥MASS.ESPを使用しています。）



2. Options|Mass Accuracy…メニューコマンドを選択し、Mass Accuracyダイアログボックスを表示します。

Assignmentボックスの値が適切な値になっているか確認し、OKをクリックします。（標準では0.5Daと

なっています。）

3. Assignment Optionsボタンをクリックするか、Analysis|Assignment|Options…メニューコマンドを

選択します。Auto Assignment Optionsダイアログボックスが表示されます。



設定項目の詳細については“MS_AutoAssignment_Settings_V2012_J.docx”をご確認ください。

4. をクリックし、処理を実行します。Table of Fragmentsパネルが表示され、帰属されたフラ

グメントリストが表示されます。

5. ボタンをクリックし、ダイアログボックスを閉じます。



2.8. 帰属結果の転送

自動帰属、手動帰属したフラグメント情報を別のスペクトルへ転送できます。

1. スペクトルを取り込みます。本資料では、ACD_HOME¥Examples¥SPECMAN¥MASS¥MASS1.ESP,

MASS2.ESPを使用します。

2. MASS1.espには構造式が貼り付けられています。先の手順のように自動帰属を実行します。

3. WorkflowバーのInterpretグループのAssignment:transfer をクリックします。Select Assignment

Transfer Targetsダイアログボックスが表示されます。



4. 現在転送先として選択可能なスペクトルが表示されています。MASS2.ESPが選択されていることを確認

し、OKをクリックします。

5. スペクトルをMASS2.espに切り替えます。フラグメント情報がコピーされていることが確認出来ます。

2.9. フラグメント予測単体での実行

帰属されなかったピークに対して考察を行う際には、フラグメント予測を単体で実行し、予測結果から研究者

自身の考察を加えてフラグメントを決定することが有効です。

1. 構造式が表示されているStructureパネルにて右クリックし、表示されたショートカット・メニューから

Run MS Fragmenterをクリックします。



2. 予測されたフラグメントをすべて表示するMS Fragmenter画面に切り替わり、予測結果が表示されます。

3. 画面右下の予測フラグメントの質量数にチェックをいれることで、その質量数のフラグメントまでのパス

ウェイのみに絞り込むことができます。

3. レポートの作成



ここでは§2.7にて帰属を行ったMSスペクトルを利用します。

GeneralツールバーにてHorizontal Zoom をクリックします。レポートにしたい範囲が含まれるようにス

ペクトルを拡大表示しておきます。

3.1. 標準的なレポートの作成

1. Workflow barにてReport: Auto をクリックします。

2. ChemSketch画面に自動的に切り替わり、標準的なレポートがChemSketch上に表示されます。



3. 標準的なレポートへ出力する情報を指定するには、Workflow barのReportエリアにある▲をクリックし、

Report Setup…を選択します。

4. 表示されたReport Page SetupダイアログボックスのSpectrumタブで、レポートに出力する範囲をスペク

トル全体か、部分か（あるいは両方）を選択します。

5. Showタブではレポートに出力する要素を選択します。

6. 必要な変更を行い、OKをクリックします。ChemSketchウィンドウに切り替えられ、レポートが作成され

ます。

7. ChemSketchウィンドウのGeneralツールバーにてFull Page をクリックするとページ全体が表示され

ます。これはページ全体を確認する際に便利な方法です。



3.2. テンプレートを利用したレポートの作成

Spectrus Processorモジュールからテンプレートを利用してレポートを作成することができます。言い換えれ

ばChemSketchウィンドウ上でレポート・テンプレートを作成することができ、そのテンプレートを保存する

ことで、その後のレポートの作成時にテンプレートとして利用することができます。

本資料では MS を例に説明していますが、その他の手法についても同様の操作となります。

1. 初めに、出力したいテンプレートを予め指定しておく必要があります。Workflow barのReportエリアにあ

る▲をクリックし、Set Template…を選択します。

レポート・テンプレートの作成方法に関する詳細は続くSection4.2.1をご覧下さい。

2. Specify Report Templates(LU/UV/MS)ダイアログボックスのAdd… をクリックし、テンプ

レート・ファイルを選択します。ここではCHROM&CURRENTMS.SK2を利用します。このファイルは

ACD2012¥ EXAMPLES¥SPECMAN¥MASSフォルダにあります。OKをクリックしダイアログボックスを

閉じます。



3. 再度、Workflow barのReportエリアにある▲をクリックし、ReportからBy Templateを選択しTemplateか

ら使用するレポート・テンプレートを選択します。その後、Workflow barのReportをクリックすると

ChemSketchウィンドウに切り替わり、テンプレートに則ってレポートが表示されます。

3.2.1. レポート・テンプレートの作成

レポート・テンプレートを作成することで、繰り返しレポートを同じ形式で簡単に作成することが出来ます。

この様なレポート用のテンプレートは、ACD/ChemSketchにて作成することが可能です。テンプレートは、ス

ペクトル関連製品意外にも、物性値予測製品など多くのACD製品にて同様にご利用いただけます。

レポート・テンプレートはテンプレート・オブジェクト(又はたんにオブジェクト)と呼ばれるSpectrus

Processorのアイテム(spectrum, table, chemical structure等…)やその他アイテム(text label)が帰属された物か

ら構成されており、また、テンプレート・オブジェクトではそれらアイテムの表示方法に関する情報も保持さ

れています。テンプレート・オブジェクトの大部分は、対応するモジュールのSpectrus Processorのプロパテ

ィに関連しています。もし、テンプレート・オブジェクトに対して異なるIDが割り振られている場合、それら

は異なるSpectrus Processorのドキュメントを参照します。IDが割り振られていない場合には、テンプレート

中の全てのオブジェクトは同一のドキュメントを参照します。



Report Template ツールでは、複数のオブジェクト(tables, graphs, parameters, structures等)を複数ページに

わたって配置することも可能です。

自社のロゴ(ビットマップ)を挿入することも可能です。(挿入方法についてはReport Template Helpをご覧下さ

い。)

さらに、テンプレートを用いたレポートでは、オブジェクトをダブルクリックすることで表示される各オブジ

ェクト・パネルから、手軽にスタイルを変更することが出来ます。

① Report Template モードへの切り替え

1. ChemSketchには構造式を作図する為のStructureモードとその他の図形を作図する為のDrawモードがあ

ります。この作業を行うにはChemSketch画面右上のDrawモードが選択されていることを確認します。

2. 左に表示されているツールバーにてReport Template をクリックします。カーソルが切り替わりま

す。レポート・テンプレートには様々な情報を指定することが出来ます。以下にその方法の一例をあげて

説明します。

② テンプレート・オブジェクトの挿入

1. Report Template モードにて、ワークスペースの右端からドラッグし、最初のテンプレート・オブジェク

トのサイズを指定します。

Note ボックスのサイズは後から変更できるため、この段階でサイズを細かく調節する必要はありま

せん。

2. マウスボタンを離すと、ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスが表示されます。Template

Typeリストには、COMMONの他に現在インストールされているSpectrus Processor モジュールが表示さ

れています。選択されたTemplate Type によって、Objects リストは異なったものが表示されます。



Note 選択したTemplate TypeはChemSketch上のオブジェクトに表示されます。

3. ここでは、Chromatogram とMSモジュールを例に説明します(両モジュールをお持ちでない場合には、適

宜、読み替えてください)。Template TypeリストにてMassを選択し、ObjectsリストではChromatogram

を選択します。ワークスペース上のオブジェクトが変更されます。ID ボックスでは、"1"を指定します。

Note Spectrus ProcessorのドキュメントへIDを割り当てる方法については、Report Template Help の

How to create a template based report をご覧下さい。Report Template Help はChemSketch

Help と Spectrus Processor Help に含まれています。

4. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにてOKをクリックします。ダイアログボックスは閉じ

ますが、Report Template モードは終了しません。

5. 先に作成したオブジェクトの右側をドラッグして、同じサイズのテンプレート・オブジェクトを再度挿入

します。ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスが表示されます。

6. Template Type リストにてMassを選択し、Objects リストではSpectrumを選択することで、クロマトグ

ラムスペクトルを割り当てます。このスペクトルは先に作成したオブジェクトとは異なるドキュメントを

参照する必要があるので、異なるIDを割り当てる必要があります。IDボックスに"1" を入力します。

Note IDのみ異なる同一のオブジェクトを2つ挿入すると、2つのドキュメントからの同一タイプの異

なるスペクトルを2つ表示することが出来ます。

③ 表示プリファレンスの設定

1. クトマトグラムスペクトル表示のパラメーターを設定するために、Settings をクリックしま

す。



Note ChemSketch Template ダイアログボックスにてSettings をクリックすると、

現在アクティブなテンプレート・オブジェクトに対応するダイアログボックスが表示されます。

テンプレート・オブジェクト毎に表示されるダイアログボックスは異なります。各モジュール

に対応するSpectrum Template ダイアログボックスを開いた際にも、ダイアログボックスの内

容は異なります。しかしながら、それらダイアログボックスには、各モジュールのPreference

ダイアログボックスと同じオプションを含んでいます。オプションに関する詳細は、Helpをご

覧ください。

2. ここでは、各モジュールに共通する設定を行います。Spectrum Region エリアにて、Whole Spectrumを

選択します。これにより、挿入されるスペクトルは、テンプレートの設定に基づいて出力されます。

Note Spectrum Regionを設定した場合には、拡大した領域のみ出力されます。

3. 必要に応じて、View や Peaks タブにて設定を行います。

4. OK をクリックし、変更を適用します。

5. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにてOKをクリックします。ダイアログボックスは非表

示となりますが、Report Template モードは終了しておらず、テンプレート・オブジェクト (MS Spectrum )

も選択されたままとなっています。

6. 始めに挿入したテンプレート・オブジェクトをダブルクリックし、ACD/ChemSketch Template ダイアロ

グボックスを表示します。Objects リストにてChromatogramオプションが選択されていることを確認し

ます。次に、クロマトグラムスペクトルに関する表示プリファレンスを設定するために、Settings

をクリックします。Chromatogram Template ダイアログボックスが表示されます。



7. Peaks タブをクリックします。

8. Positionエリアにて、ピーク・ラベルの表示形式について設定するために、Near Peakを選択します。

Orientation エリアではVerticalを、Decimal Placesには”2”を設定します。

Note ピーク・ピッキングされていないスペクトルを出力した際には、ピーク・ラベルは表示されません。

また、他のオプション(integrals, multiplets, curves…)についても同様のことが言えます。

9. Chromatogram タブをクリックします。Chromatogram Region エリアにて、Whole Chromatogram

を設定します。さらに、TIC チェックボックスを選択します。

10. 自身のモジュールと関連するダイアログボックスの他のタブ中の設定も確認します。詳細については、Help

をご覧ください。必要なオプションを設定後、OK をクリックしてオプションを適用します。

11. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにてOKをクリックし、ダイアログボックスを閉じます。



12. Report Template ツールを選択し、構造式を挿入するために、Mass テンプレート・タイプのChemical

Structure オブジェクトを挿入します。このオブジェクトに対してはID=1 を設定します。

ACD/ChemSketch TemplateダイアログボックスにてSettings をクリックし、構造式の表示

をカスタマイズします。

13. Base Font エリアにて、構造式を表示する際のフォント・サイズ・表示色を設定します。Bond Color ボ

ックスのカラー・パレットをクリックし、結合の表示色を選択します。Show Atom Numbers チェックボ

ックスを選択し、Number Font Styleにて原子付番に使用するフォントを設定します。OKをクリックし、

両ダイアログボックスを閉じます。

14. もう一つオブジェクトを追加します。Massタイプにて、Chromatogram Parameters (ID=1を設定)を挿入

します。Settings をクリックし、このオブジェクトの表示設定は次のように設定します。

15. Parameters Template ダイアログボックスのFields タブでは、表示するパラメーターの種類と表示順を

指定します。ダイアログボックス上部のSelect Fields オプションを選択し、Comment, Date, File Name,

Mobile Phase以外のチェックボックスを全てクリアします。これにより、選択されたもののみレポートに

出力されます。



Note All Fields オプションを選択した際には、現在のスペクトルにて利用可能なすべてのパラメータ

ーがレポートに挿入されます。Move Up と Move Down ボタンを使

用することで表示順を変更することが可能です。

16. Styles タブをクリックし、各パラメーター間に罫線を挿入するために、Show Borders チェックボックス

を選択します。フィールド名を表示するにはShow Names チェックボックスを選択し、また、One Column

チェックボックスを選択すると、同一カラムにてパラメーターを表示します。

17. 両ダイアログボックスにてOK をクリックします。

18. 次に、テンプレートの作成者を挿入してみます。Report Template ツールが選択されていることを確認し、

Section 13.4のようにして、テンプレート下部に細長い長方形を挿入します。表示されたACD/ChemSketch

Template ダイアログボックスにて、Template Type リストではCOMMON を、Objects リストでは

Formatted Textを選択します。Settings をクリックします。

19. Formatted Text Template ダイアログボックスが表示されます。このダイアログボックスから、このテン

プレートを用いて作成された全てのレポートで共通表示するテキスト情報を追加することが出来ます。例

えば、"このテンプレートは、練習の為に作成しました。"などと入力します。さらに、Insert ボタン



をクリックし自動的に入力される情報(current date, time, page number, any other user

defined label)を設定します。表示されるSelect Field ダイアログボックスにてName リストからDate を

選択しOKをクリックします。フォント等も指定することが可能です。

Note Formatted Text Template ダイアログボックスの右上にあるAlignment ボタンでは、横位置

、縦位置の設定が可能です。この位置はテンプレート・オブジェクトの

枠が基準となります。

以下のようなテンプレートが作成されます。

④ テンプレート・オブジェクトの配置

全てのテンプレート・オブジェクト挿入後、オブジェクトの位置や大きさを変更する必要があるかもしれませ

ん。

1. Select/Move/Resize ツールに切り替えます。

2. 位置やサイズを変更したいオブジェクトを選択します。

3. テンプレート・オブジェクト内をポイントすると、Move ポインタが表示されます。この状態でドラ

ッグすることでオブジェクトの位置を移動することが出来ます。

4. ノードをポイントすると、Resize ポインタが表示されます。この状態でドラッグすることでオブジェクト

のサイズを変更することが出来ます。

上記のようにし、テンプレートの体裁を整えます。



⑤ レポート・テンプレートの保存

テンプレートを用いてレポートを作成するには、準備したレポート・テンプレートを*.sk2 形式にて保存する

必要があります。

1. File メニューからSave As を選択し、Save Document As ダイアログボックスを表示します。保存先と

ファイル名を指定します。

Tip 保存する前にテンプレートを試用したい場合には、ChemSketchのタイトル・バーにて、作成中の

レポート・テンプレートのドキュメント名(noname00, 01, 02, etc.)を確認し、そのドキュメント名

をSelect Report Template ダイアログボックスにて指定します。

4. IntelliXtract


4. IntelliXtract

IntelliXtractはLC-MSデータから自動コンポーネント検出を行い、分子イオン判別を行います。また、データセ

ット間で特定されたコンポーネントの比較が行えます。完全に自動処理を行う為、微量成分の見落としが無く、

興味あるコンポーネントを素早く判別できます。

4.1. LC-MSの代謝物追跡

薬物代謝物の追跡を行います。投与した薬物、その代謝物を自動判別させます。

4. データを取り込みます。本資料では、ACD_HOME]¥Examples¥IX¥S_AMSN1_1_MS1_ESI+.espを使用し

ます。

4. IntelliXtract


5. WorkflowバーのAnalysisのIntelliXtract Algorithm をクリックします。IntelliXtract Optionsダイアログ

ボックスが表示されます。

6. Ion Presenceタブに追跡する化合物の情報を設定します。以下の設定項目があります。

オプション説明

Ion Presence Table

クロマトグラムをラベルするための様々な設定を行います。

No. 通し番号

Reference

Mass

質量数を設定します。対応するマスクロマトグラムコンポーネントにPn(n:通

し番号)がラベルされます。

Formula 組成式を設定します。Reference Mass 項目に組成式に応じた値が自動的に反

映されます。

Mass Delta 質量数の差を設定します。Reference Massの値から設定値の差を持つマスク

ロマトグラムコンポーネントにMn(n:通し番号)がラベルされます。

Ion Mode ドロップダウンリスト（Auto (automatically detected), +H, -H, El, Cation,,

Anion.）からラベルするイオンタイプを選択します。

Label ラベル名を設定します。

Mode

ラベルするモードを設定します。

Ref—リファレンス（親）ピークをラベルします。

Delta—親+Deltaに対応するピークをラベルします。

Parent—それぞれの存在を考慮せず、親、Mass Deltaともにラベルします。

tR ピークを検出する保持時間の値を設定します。指定がない場合はデータセット

全体から検出します。

4. IntelliXtract


tR Window 保持時間ウィンドウを設定します。

以前に作成したラベルテーブル(.XML file)を読み込みます。

現在のラベルテーブルを.XML fileに保存します。

MDL SDfile (.SDF), molfile (.MOL), ACD Spectrum file (.ESP)を取り込むImportダイアログボ

ックスを表示します。

テーブルに行を追加します。

テーブルから選択行を削除します。

テーブルの全ての行を削除します。

Use Label Descriptor Only このチェックボックスを選択すると、Label項で指定したラベルのみがつけられます。選択さ

れていない場合は、加えてM1, M2, ..., etc.がつけられます。

Overwrite Manually

Created Labels このチェックボックを選択すると、手動のラベルが自動作成されたものに置き換わります。

Overwrite Automatically

Created Labels

このチェックボックスを選択すると、自動作成されたラベルが手動のラベルに置き換わりま

す。

7. ここでは、用意された設定ファイルを読み込みます。をクリックします。Open XMLダイア

ログボックスが表示されます。[ACD_HOME¥Examples¥ix¥default_ion_presence.xml]を指定し、開く(O)

をクリックします。

4. IntelliXtract


8. 以下の様に追跡対象の化合物の情報が設定されます。

9. 続いてModificationsタブで追跡する修飾を登録します。必要に応じて追加・削除することが可能です。

4. IntelliXtract


次の項目があります。


Table

テーブルには以下の項目があります。

Combination Number—通し番号

Modification Description—エントリされている修飾の説明

Formula—変化分の実験式

Type (modification type)—リスト（増分(+), 差分(–), 両方(+/–)）から選択します。新規に追加する場

合はデフォルトで(+)が設定されます。

Mass Delta—最大精度で自動的に質量数が計算され、mass accuracy設定に従い表示されます。

Maximum No—一致する変化体の最大数

Cross Combinations—構造への化学変化のバランスをとるため、数字、あるいは元素の違いを指定し

ます。None(デフォルト設定)か、数の組み合わせ（例：+1+2–(2H), +2+3–1+(OH)) が登録出来ます。

セルをダブルクリックし編集します。

ダイアログボックス下部のボタンを使って、行の追加や削除が行えます。

現在の設定をXML Document file (.XML)に保存するSave XML ダイアログボックスを表示します。

以前に保存したXML Document file (.XML)を読み込むOpen XML ダイアログボックスを表示します。

リスト最終行に新規行を追加します。

選択した行を削除します。

10. 情報が何も登録されていなければ、をクリックし、Open XMLダイアログボックスで、

[ACD_HOME¥Examples¥ix¥default_ion_presence.xml]を指定し、開く(O)をクリックします。

4. IntelliXtract


11. Processing Optionsタブでコンポーネント抽出処理に関する設定を行います。通常はデフォルト設定で利

用いただけます。マスの測定モードやサンプルによって変更が必要になる場合もあります。

以下のオプションがあります。


List of Parameters

IntelliXtratc/IntelliTargetのパラメータが表示されます。各パラメータは表示、非表示が切

り替えられます。クリックすると編集できます。

規定値とは異なる値が設定されている場合は強調表示になります。またそのセクション

名にアスタリスク(*)が表示されます。

Advanced チェックボックスを選択すると、全てのパラメータを確認出来ます。このチ

ェックボックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されま

す。このチェックボックスを選択するとそのパラメータはAdvancedモードでのみ表示さ

れるようになります。

各パラメータの説明は本資料では省略します。

Remove All Previously

Calculated Mass

Chromatograms

このチェックボックスを選択すると、以前にCODAやCOMPARE LCMSモードで計算さ

れた結果や手動で作成された結果が削除されます。

リストを拡張し、全ての値が確認出来ます。

4. IntelliXtract


リストを畳んで全ての値を隠します。

選択されている値をデフォルト値に戻します。

選択されているセクションの全ての値をデフォルト値に戻します。

全てのパラメータの値をデフォルト値へ戻します。

デフォルト値はプログラムに内蔵されており、対応するボタンをクリックすると復帰できます。

IntelliXtractパラメータを保存したINI-file (.INI)ファイルを指定するBrowse File ダイア

ログボックスを表示します。

IntelliXtractパラメータを保存するINI-file (.INI)ファイルを指定するBrowse File ダイア

ログボックスを表示します。

Advanced

このチェックボックスを選択すると全てのパラメータが確認出来ます。このチェックボ

ックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されます。この

チェックボックスを選択するとそのパラメータはAdvancedモードでのみ表示されるよ

うになります。

12. 設定が確認出来たら処理を実行します。をクリックします。処理が終わったらを

クリックし、ダイアログボックスを閉じます。

13. 結果が表示されます。

4. IntelliXtract


14. マスクロマトテーブルの項目名をクリックすると、その項目でデータをソートします。Labelをクリック

します。Ion Presenceに設定した化合物に一致するコンポーネントにラベルが入っています。

15. Shiftキーを押しながらさらに項目名をクリックすると複数のデータでソートできます。Shiftキーを押しな

がらModificationsをクリックします。さらに変化体と一致するコンポーネントにラベルが入っています。

4.2. 複数のコンポーネント比較

複数のデータに対し、一度にIntelliXtract処理を実行できます。データ毎のコンポーネントの一致を確認出来ま

す。ブランクデータとの比較や反応追跡に利用できます。

16. データを読み込みます。本資料では、[ACD_HOME]¥Examples¥IX¥ U_BL401_1_MS1_ESI+esp,

U_DEX01_1_MS1_ESI+.esp]を使用します。

17. 対象のデータを選択します。U_DEX01_1_MS1_ESI+.espをアクティブにします。

4. IntelliXtract


18. WorkflowバーのAnalysisのIntelliXtract Algorithm をクリックします。IntelliXtract Optionsダイアログ

ボックスが表示されます。Ion Presencesは空白にしておきます。

19. をクリックします。Select Data to Compare withダイアログボックスが表示されます。もう

一つのデータがリストに表示されています。データのチェックボックスが選択されていることを確認し、

OKをクリックします。処理が実行されます。

20. 処理が終わったらをクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

21. マスクロマトグラムテーブルのUniqueness項目に結果が反映されます。

22. Uniquenessの値は以下の通りです。

Unique—現在のデータセット無い独自のコンポーネント（比較対象のデータには無い）

Different—双方のデータセットに存在しているが、異なるもの

Similar—双方のデータセットに共通のもの

5. データベースへの登録



MS-ID Workbookでは独自のスペクトルDBを構築することができます。本資料では、クロマト-MSデータのDB

構築方法を紹介します。

5.1. クロマト-MSデータのDB登録

1. クロマト-MSデータを取り込みます。本資料では、

ACD_HOME¥Examples¥SPECMAN¥MASS¥HP_GC_MS¥DATA.MSを使用します。



2. 必要に応じてピークピッキング、構造式のピークへの帰属処理を行います。（例：ビフェニルを6.4min

のピークへ、4-PCBを7.7minのピークへ帰属してみましょう。）

3. 登録するデータベースを用意します。WorkflowバーのDatabaseのSwitch to Database をクリックし

ます。データベースウィンドウに切り替わります。



4. Database|New…メニューコマンドを選択します。Create New Databaseダイアログボックスが表示され

ます。データベースファイルを作成するフォルダを選択し、ファイル名をしてし、保存(S)をクリックし

ます。（本資料ではtest00.nd9としています。）次回以降はこのファイルを開きます。

5. Enter Passwords for New Databaseダイアログが表示されます。必要に応じてパスワードを設定し、OK

をクリックします。

この後、ファイル形式に関するメッセージが表示されることがあります。

6. タイトルバーにファイル名が表示され、データベースが準備されます。

7. をクリックし、Processorウィンドウへ戻ります。続いてデータを登録する作業に入ります。

登録したいデータがアクティブになっていることを確認し、WorkflowバーのDatabaseのUpdate

Database をクリックします。

8. 以下のメッセージが表示されます。一連のデータを警告無しに登録していく旨の警告です。OKをクリッ

クします。



9. データベースウィンドウに切り替わります。対象のデータがデータベースに登録されました。

5.2. クロマト-MSデータのDBの閲覧

1. Record Treeパネルを確認します。

データはTICとラベルしたピークのマススペクトルが関連付けられて格納されます。それぞれのドキュメ

ントをクリックすると対応するスペクトルが表示されます。



2. Record User Dataパネルを確認します。

データのソースへのリンクが保存されています。ダブルクリックすると、元のクロマト-MSデータが読み

込まれます。（ダブルクリックする際には、データベースウィンドウにてBrowse mode が選択さ

れていることを確認してください。）

acd/ms workbook suite - fujitsu global...1.3. open data panelの操作 open data...

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