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AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control For In Vitro Diagnostic Use

969056 AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Intended UseThe AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control is intended for use with next generation sequencing (NGS) assays that are designed to identify somatic mutations in DNA from human samples. The control is intended to provide a means for assessing day-to-day test variation and may help in identifying increases in random or systematic error, such as reagent lot changes, operator-based deviations, and instrument malfunction. This product is for in vitro diagnostic use.

Summary and ExplanationThe use of next-generation sequencing (NGS) methods in the clinical laboratory setting is increasing, affecting the need for standardization of procedures, protocols, and materials to ensure consistent testing results across laboratories, instrument and assay platforms, and laboratory operators.

Various regulatory agencies, professional societies, and public initiatives have responded to the rapid growth of NGS clinical testing by issuing guidance on aspects of quality control (QC) in clinical laboratory testing. For example, the CAP molecular pathology checklist requires that clinical labs use positive controls in each run1. Others, like the New York State guidelines, specify low frequency controls containing multiple variants of each kind2 while the CDC Nex-StoCT workgroup recommends the use of materials that contain most or all variants3.

As a highly-multiplexed, proprietary DNA quality control, the AcroMetrix Oncology Hotspot Control is designed to enable labs to control the hundreds of amplicons targeted by NGS panels. It contains over 500 mutations from the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) database, and has five variant types of varying nucleotide lengths. The 53 genes represented in the AcroMetrix Oncology Hotspot Control are: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Principles of the ProcedureThe AcroMetrix Oncology Hotspot Control consists of a mixture of synthetic DNA and genomic DNA in a stabilizing buffered solution. The genomic DNA is derived from the same cell line (GM24385) that is used for the development of a NIST Genome in a Bottle reference material. The synthetic DNA, which is present at low frequencies, introduces hundreds of variants that are frequently found as somatic mutations in cancer. These 521 variants have all been confirmed by Sanger sequencing.

Table 1. Distribution of variant types in the AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Target frequency range

Synthetic Variants Genomic Variants

5-15% 15-35% N/A

Single Nucleotide Variants 317 155 32*

Multiple Nucleotide Variants 0 2 0

Deletions 15 14 0

Insertions 9 8 2*

Complex Variants 0 1 0

* Variants detected in the genomic DNA were confirmed using publicly available whole genome sequencing information for GM24385. Genomic variants will be updated as information becomes available from the Genome in a Bottle reference material.

Control Reagents

Catalog Number Control Name Quantity

969056 AcroMetrix Oncology Hotspot Control 3 x 25 µL

Precautions and WarningThe AcroMetrix Oncology Hotspot Control contains unencapsidated DNA. Although unencapsidated DNA is not known to be dangerous, it is recommended that the product be handled as potentially biohazardous. Observe universal precautions for prevention of transmission of infectious agents when handling these materials.4,5,6

Do not pipette by mouth. Use personal protective equipment, including lab coats, gloves and safety glasses. Do not eat, drink or smoke in areas where specimens are handled.

Disinfect liquids, materials or spills with a 0.5% sodium hypochlorite solution. Dispose of all materials and liquids used in the procedure as if they contained pathogenic agents.

This product contains 0.0095% ProClin™ 950 as a preservative.

Material Safety Data Sheet (MSDS) can be found as MSDS product code 917335.

Storage InstructionsStore at -20°C or below. Do not use this product beyond the expiration date printed on the label.

To avoid contamination use standard techniques and good laboratory practices when handling the product.

Instructions for UseThaw the AcroMetrix Oncology Hotspot Control at room temperature, vortex gently, and pulse-spin in a centrifuge (4-6 seconds) to collect the contents at the bottom of the tube.

Introduce the control DNA as an independent sample at the library preparation step in the NGS workflow. The AcroMetrix Oncology Hotspot Control should be handled similarly to genomic DNA extracted from routine samples and run in parallel with routine samples.

The AcroMetrix Oncology Hotspot Control may be subjected to a maximum of five freeze-thaw cycles. Additionally, the product may be stored at 2-8°C for 6 days with up to four uses.

Interpretation of ResultsVariant detection results of the AcroMetrix Oncology Hotspot Control may differ according to the library preparation method, sequencing method, and the bioinformatics pipeline. In order to establish a baseline performance, the user should incorporate results from multiple runs under different conditions (e.g., operator, run, day) to create an expected variant list specific to his or her laboratory. Once the range of performance is understood, the expected variant list can be used to compare each subsequent run result of the AcroMetrix Oncology Hotspot Control.

Expected ResultsTo test how many variants on the AcroMetrix Oncology Hotspot Control could be detected by NGS, three different library preparation test panels were used: the Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) on the Personal Genome Machine™ (PGM™), the TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) on the MiSeq™, and the TruSight™ Tumor Panel (TSTP) on the MiSeq.

The following input volumes of the control were used in each library preparation test panel:

Library Preparation Test Panel Volume of AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 2.5 µL

TruSeq Amplicon Cancer Panel 5 µL

TruSight Tumor Panel 10 µL (into each Library Preparation

For each panel, two lots of the AcroMetrix Oncology Hotspot Control were tested in duplicate, in at least two sites. Additional sites only tested one of the lots at least twice or both lots once. Sources of variation between sites may include different instruments, operators and general workflows. Also, variation in bioinformatics pipelines may have contributed significantly to variation in performance results.

Figure 1. Performance across different sites and panelsThe average number of variants of different types detected in the AcroMetrix Oncology Hotspot Control are reported by site and grouped by panel. Note: The total number of variants of each type is different for each panel.

To assess the detection of specific variants across different panels, twenty-two clinically-relevant variants that were targeted by three panels were selected.

Figure 2. Detection of 22 selected variants across panelsAnalysis was conducted with data from sites that tested two lots of the control at least once or one lot at least twice. Detection is indicated in navy blue and absence indicated in light gray. Site-to-site differences are apparent, even amongst those utilizing the same library preparation method, indicating the likelihood of the bioinformatics pipeline having a strong impact on performance.

A summary of performance across methods for all variants is provided on the product page on the Thermo Scientific website: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Results provided by the Manufacturer are for informational purposes only. The end user is responsible for establishing their own performance criteria.

2

PanelPanelPanelPanel

Site #Site #Site #Site #

Lot #Lot #Lot #Lot # 1 2 1 2

RunRunRunRun 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 3 4 1 2 3 1 2 1 2 3 1 2 3 1 2 1 2 1 2 1 2 A B A B 1 1 1 2 3 4 1 2 3 4

GeneGeneGeneGene Mutation CDSMutation CDSMutation CDSMutation CDS Mutation AAMutation AAMutation AAMutation AA

Target Target Target Target

FrequencyFrequencyFrequencyFrequency H1111_CHP2_RL1_1_FrequencyH1111_CHP2_RL1_2_FrequencyH1111_CHP2_RL2_1_FrequencyH1111_CHP2_RL2_2_FrequencyH0003_RL1_1_Variant FrequencyH0003_RL2_1_Variant FrequencyH0004_RL1_1_FrequencyH0004_RL1_2_FrequencyH0004_RL2_1_FrequencyH0004_RL2_2_FrequencyH0002_RL1_1_FrequencyH0002_RL1_2_FrequencyH0002_RL2_1_FrequencyH0002_RL2_2_FrequencyH0026_RL1-1_FrequencyH0026_RL1-2_FrequencyH0026_RL1-3_FrequencyH0026_RL1-4_FrequencyH0020_RL1-1_FrequencyH0020_RL1-2_FrequencyH0020_RL1-3_FrequencyH0033_RL1-1_FrequencyH0033_RL1-2_FrequencyH1111_TSACP_RL1_1_Alt Variant Freq_13H1111_TSACP_RL1_2_Alt Variant Freq_13H1111_TSACP_RL1_3_Alt Variant Freq_13H1111_TSACP_RL2_1_Alt Variant Freq_13H1111_TSACP_RL2_2_Alt Variant Freq_13H1111_TSACP_RL2_3_Alt Variant Freq_13H0008_RL1-1_vafH0008_RL1-2_vafH0008_RL2-1_vafH0008_RL2-2_vafH0005_1-1_FrequencyH0005_1-2_FrequencyH0005_2-1_FrequencyH0005_2-2_FrequencyH0006_RL1-A_Alt Variant Freq_13H0006_RL1-B_Alt Variant Freq_13H0006_RL2-A_Alt Variant Freq_13H0006_RL2-B_Alt Variant Freq_13H0007_RL1_Var %H0007_RL2_Var %H1111_TSTP_RL1_1_Alt Variant Freq_13H1111_TSTP_RL1_2_Alt Variant Freq_13H1111_TSTP_RL1_3_FrequencyH1111_TSTP_RL1_4_FrequencyH1111_TSTP_RL2_1_Alt Variant Freq_13H1111_TSTP_RL2_2_Alt Variant Freq_13H1111_TSTP_RL2_3_FrequencyH1111_TSTP_RL2_4_Frequency

NRAS c.182A>G p.Q61R 9 8 8 8 7 8 6 6 8 7 7 7 8 8 6 8 10 10 10 9 9 9 12 3 8 2 4 3 8 5 5 5 6 4 3 4 5 4 4ALK c.3522C>A p.F1174L 10 9 10 10 8 9 8 8 7 9 8 9 9 10 8 9 9 11 9 11 11 10 9 7 7 7 7 5 6 4 3 3 3 3 4 7 8 8 8 5 5 5 5 6 6 6 7CTNNB1 c.121A>G p.T41A 9 7 9 8 8 9 7 8 8 7 8 9 8 8 8 8 7 8 9 9 10 9 7 2 2 8 7 7 9 8 8 6 4 5CTNNB1 c.134C>T p.S45F 8 7 9 8 8 9 8 8 8 8 8 9 8 9 8 8 7 8 9 10 11 8 8 2 2 8 5 7 5 7 9 8 7 6 4 5PIK3CA c.1624G>A p.E542K 9 9 8 7 10 10 10 9 7 14 6 5 8 10 11 7 9 10 8 9 8 5 3 5 5 6 7 4 8 8 6 9 5 4PIK3CA c.1633G>A p.E545K 9 9 8 7 11 10 10 9 7 14 6 6 8 10 11 7 9 10 8 9 8 5 3 5 5 6 7 5 9 8 6 7 5 4PIK3CA c.3140A>G p.H1047R 9 9 9 9 10 10 9 9 9 7 10 10 9 9 8 9 8 7 10 11 9 11 10 4 4 4 4 5 5PDGFRA c.2525A>T p.D842V 8 7 21 6 8 8 7 7 6 6 8 8 7 8 8 9 8 8 8 9 8 9 5 5 6 6 8 5 5 5 4 7 3 6 5 7 7 4 6 4 5 4 5 4 4KIT c.2558G>A p.W853* 15 17 34 14 15 14 13 14 16 14 15 15 15 16 18 16 16 14 16 15 18 15 9 10 11 7 7 12 6 6 11 42 7 5 8 11 8 10 8 7 5 6 5 6 7 6 7 7FGFR2 c.755C>G p.S252W 8 10 10 10 9 7 6 9 10 11 10 9 9 8 10 8 8 11 9 10 10 10 9 8 6 10 7 6 9 10 10 7 7 12 6 8 7 9 5 5 5 4 6 6 6 6KRAS c.183A>C p.Q61H 9 10 10 9 9 8 9 9 9 10 10 10 9 10 9 8 8 9 10 10 11 9 10 11 11 8 10 13 9 7 5 6 8 7 7 8 7 8 5 6 5 6 6 6 5 5KRAS c.35G>A p.G12D 8 8 10 10 9 8 8 9 8 8 8 8 7 8 7 8 7 8 10 9 11 10 10 18 20 27 19 17 19 6 6 7 6 3 7 8 8 8 8 7 5 6 4 5 7 6 6 6AKT1 c.49G>A p.E17K 7 9 8 8 6 8 7 7 6 6 7 6 5 6 8 7 6 6 8 7 8 7 9 11 15 12 7 8 11 6 6 6 5 54 11 9 6 5 5 5 7 5 6 5TP53 c.818G>A p.R273H 8 8 7 10 6 8 8 8 7 7 7 7 7 7 7 7 6 6 8 8 6 8 6 5 5 8 4 3 4 23 5 6 5 4 4 4 4 5 4 5 4TP53 c.743G>A p.R248Q 7 9 8 7 8 9 6 7 6 7 7 7 8 7 7 8 6 6 8 7 8 9 6 4 7 5 4 6 3 5 4 5 42 4 4 4 4 5 4GNAS c.601C>T p.R201C 9 9 9 9 8 8 11 6 10 9 8 9 9 9 9 8 9 8 8 10 9 8 5 7 8 6 5 6 6 9 4 6 10 8 8 9 7 7 5 5 5 5 7 6 7 6EGFR c.2235_2249del15 p.E746_A750delELREA 22 22 23 25 24 22 23 25 24 24 21 18 23 19 21 24 23 24 21 21 19 27 25 21 23 25 22 19 27 34 32 26 28 18 12 18 20 11 14 11 12 14 16 14 13EGFR c.2573T>G p.L858R 23 21 24 23 23 23 21 22 21 23 24 24 20 21 21 24 22 20 21 20 23 26 24 11 14 9 12 12 13 22 16 16 18 18 17 13 17 13 18 21 20 14 15EGFR c.2582T>A p.L861Q 22 21 24 23 23 23 21 21 22 23 22 23 24 21 21 22 22 20 21 22 23 26 22 10 12 8 11 11 12 22 16 16 18 18 17 13 16 14 18 21 20 14 15MET c.3757T>G p.Y1253D 21 24 22 24 25 23 22 22 23 22 23 22 21 23 23 23 25 22 22 24 23 22 23 14 17 12 12 10 10 15 17 14 17 11 13 12 11 13 14 17 19 9 11BRAF c.1799T>A p.V600E 22 21 22 23 24 22 23 23 20 22 26 25 25 24 21 22 22 20 23 22 21 24 25 25 22 27 26 24 15 17 15 15 12 15 14 17 14 16 20 20 14 16PTEN c.202T>C p.Y68H 24 32 28 35 20 20 17 24 21 22 25 26 32 26 23 30 23 26 20 21 23 28 24 21 14 23 23 13 16 13 9 20 8 9 12 18 14 17 12 10 7 10 7 8 9 11 9 10

1

CHPv2 TSACP TSTP

1 2 3 4 5 6 7 1 8 9 10 11

2 1 2 1 2 2

5-15%

15-35%

2 1 2 1 2 11 1 1 1 2 11

150

200

250

300

350

400

450

Av

era

ge

Nu

mb

er

of

Va

ria

nts

De

tec

ted

Av

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ge

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De

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ted

Av

era

ge

Nu

mb

er

of

Va

ria

nts

De

tec

ted

Deletion

Insertion

Complex

MNV

1 Proprietary & Confidential

CHPv2 TSACP TSTP

0

50

100

150

Site

1

Site

2

Site

3

Site

4

Site

5

Site

6

Site

7

Site

1

Site

8

Site

9

Site

1

Site

10

Site

11

Av

era

ge

Nu

mb

er

of

Va

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De

tec

ted

Av

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ted

Av

era

ge

Nu

mb

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of

Va

ria

nts

De

tec

ted

MNV

SNV

3

Microgenics GmbHSpitalhofstrasse 94D-94032 Passau, GermanyTel: +49 (0) 851 886 89 0Fax: +49 (0) 851 886 89 10

© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. ProClin is a trademark of Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq and TruSight are trademarks of Illumina, Inc. All other trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific or its affiliates.

For insert updates go to:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAUS Customer and Technical Support:1-800-232-3342

MAN0010820-B-EN2015 02

Legend of Labeling Symbols

Batch Code

Use-by date

Manufacturer

Temperature Limitation

Biological Risk

Catalogue Number

In vitro diagnostic medical device

European Mark of Conformity

Authorized Representative

Caution

Microgenics Corporation is a wholly owned subsidiary of Thermo Fisher Scientific Inc.

LimitationsThe AcroMetrix Oncology Hotspot Control is intended for In vitro diagnostic use. The AcroMetrix Oncology Hotspot Control is not intended for use as a substitute for the internal controls provided by in vitro diagnostic kit manufacturers.

References1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission

in health care settings. MMWR 1987; 36 (supplement no. 2S).5. Centers for Disease Control (CDC). Update: Universal precautions for prevention of

transmission of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus, and other bloodborne pathogens in health-care settings. MMWR 1988; 37:377-388.

6. Centers for Disease Control (CDC). Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers. MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.

To assess the consistency between production lots of the AcroMetrix Oncology Hotspot Control, two lots of the control were made and tested at four sites using the Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Each lot was tested 1-2 times in each site.

Figure 3. Lot-to-lot consistency Box plots for the observed frequencies by NGS are grouped by target frequency and variant type. Similar upper quartiles, lower quartiles, and median (indicated in red) between Lot 1 and Lots 2 for each variant type demonstrate the consistency of detection between different lots of the same control.

Freq

uenc

y

0

20

40

60

80

100Lo

t 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Lot 1

Lot 2

Control Lot

Com

plex DE

L

INS

MN

V

SN

V

DE

L

INS

SN

V

INS

SN

V Variant Type

15-35% 5-15% genomic Target Frequency

100

80

60

40

20

AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control In-vitro-Diagnostikum


Verwendungszweck:Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control ist zur Verwendung mit auf Sequenzierungsverfahren der nächsten Generation (Next Generation Sequencing, NGS) basierenden Assays bestimmt, deren Zweck es ist, somatische Mutationen in DNA aus Humanproben zu erkennen. Die Kontrolle ermöglicht die Beurteilung der täglichen Testdurchführung und kann außerdem zur Erkennung eines erhöhten Aufkommens von zufälligen oder systematischen Fehlern beitragen, wie z. B. Änderungen von einer Reagenzcharge zur anderen, Schwankungen von Bediener zu Bediener sowie Instrumentenstörungen. Dieses Produkt ist nur für die In-vitro-Diagnostik bestimmt.

Zusammenfassung und Erläuterung:Der zunehmende Einsatz von Sequenzierungsverfahren der nächsten Generation (NGS) in klinischen Labors erfordert eine Standardisierung der Verfahren, Protokolle und Materialien, um unabhängig von Labor, Instrumenten- und Assayplattform und Bediener einheitliche Testergebnisse zu gewährleisten.

Im Zuge des rapiden Wachstums auf NGS basierender klinischer Testverfahren haben diverse Regulierungsbehörden, Fachgesellschaften und öffentliche Initiativen Leitlinien zu bestimmten Aspekten der Qualitätskontrolle (QK) bei klinischen Labortests veröffentlicht. Die Checkliste für molekulare Pathologie des College of American Pathologists (CAP) schreibt beispielsweise den Einsatz positiver Kontrollen in jedem Lauf vor1. Andere, wie die Richtlinien des US-Bundesstaats New York, schreiben Low-Frequency-Kontrollen vor, die mehrere Varianten jeder Art enthalten2, während die CDC-Arbeitsgruppe Nex-StoCT die Nutzung von Materialien empfiehlt, die die meisten oder alle Varianten enthalten3.

Als hochgradig gebündelte, proprietäre DNA-Qualitätskontrolle ermöglicht es die AcroMetrix Oncology Hotspot Control einem Labor, die Hunderten von Amplikons zu kontrollieren, die von NGS-Panels getestet werden. Sie enthält mehr als 500 Mutationen aus der Datenbank Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) und verwendet fünf Variantenarten unterschiedlicher Nukleotidlängen. In der AcroMetrix Oncology Hotspot Control sind die folgenden 53 Gene vertreten: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Verfahrensprinzipien:Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control enthält eine Mischung aus synthetischer DNA und genomischer DNA in einer gepufferten Stabilisierungslösung. Die genomische DNA stammt aus derselben Zelllinie (GM24385), die auch zur Entwicklung von Referenzmaterial durch das Genome in a Bottle Consortium des NIST verwendet wird. Die synthetische DNA, die mit niedriger Häufigkeit vorkommt, steuert Hunderte von Varianten bei, die häufig als somatische Mutationen bei Krebs anzutreffen sind. Diese 521 Varianten wurden durch Sanger-Sequenzierung bestätigt.

Tabelle 1. Verteilung von Variantenarten in der AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Zielhäufigkeitsbereich

Synthetische Varianten Genomische Varianten

5-15 % 15-35 % —

Einzelnukleotidvarianten 317 155 32*

Mehrfachnukleotidvarianten 0 2 0

Deletionen 15 14 0

Insertionen 9 8 2*

Komplexe Varianten 0 1 0

* In der genomischen DNA detektierte Varianten wurden anhand von öffentlich verfügbaren Informationen über die Sequenzierung von Gesamtgenomen für GM24385 bestätigt. Genomische Varianten werden aktualisiert, sobald Informationen aus dem Referenzmaterial von Genome in a Bottle zur Verfügung stehen.

Kontrollreagenzien:

Katalognummer Name der Kontrolle Menge

969056 AcroMetrix Oncology Hotspot Control 3 x 25 μl

Warnungen und VorsichtsmaßnahmenDie AcroMetrix® Oncology Hotspot Control enthält nicht enkapsidierte DNA. Obwohl nicht enkapsidierte DNA nicht als gefährlich gilt, wird empfohlen, das Produkt als potenzielle Biogefährdung zu behandeln. Beachten Sie beim Umgang mit diesen Stoffen die universellen Vorsichtsmaßnahmen zur Verhinderung der Übertragung von Pathogenen.4,5,6

Nicht mit dem Mund pipettieren. Schutzkleidung wie Laborkittel, Handschuhe und Sicherheitsbrillen verwenden. In Bereichen, in denen Proben gehandhabt werden, ist Essen, Trinken und Rauchen verboten.

Flüssigkeiten, Materialien oder verschüttete Stoffe mit Natriumhypochloritlösung (0,5 %) desinfizieren. Alle beim Verfahren verwendeten Materialien und Flüssigkeiten so entsorgen, als enthielten sie pathogene Stoffe.

Dieses Produkt enthält 0,0095 % ProClin™ 950 als Konservierungsstoff.

Das zugehörige Materialsicherheitsdatenblatt (MSDS) ist unter dem MSDS-Produktcode 917335 zu finden.

Lagerung:Bei -20° C oder niedriger lagern. Nach dem auf dem Etikett aufgedruckten Verfallsdatum darf dieses Produkt nicht mehr verwendet werden.

Zur Vermeidung von Kontamination sind beim Umgang mit dem Produkt Standardtechniken und bewährte Labormethoden anzuwenden.

Gebrauchsanleitung:Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control bei Zimmertemperatur auftauen lassen, vorsichtig vortexen und in einer Zentrifuge pulszentrifugieren (4-6 Sekunden), um den Inhalt unten im Röhrchen zu sammeln.

Die DNA der Kontrolle als unabhängige Stichprobe im Bibliotheksvorbereitungsschritt („Library Preparation“) des NGS-Workflows einführen. Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control ist ähnlich zu handhaben wie aus Planproben gewonnene genomische DNA und parallel zu Planproben zu verwenden.

Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control darf maximal fünfmal eingefroren und aufgetaut werden. Darüber hinaus kann das Produkt 6 Tage lang bei 2-8° C gelagert und bis zu viermal verwendet werden.

Interpretation der Ergebnisse:Die Variantendetektionsergebnisse der AcroMetrix Oncology Hotspot Control können je nach Bibliotheksvorbereitungsverfahren, Sequenzierungsverfahren und Bioinformatik-Pipeline variieren. Um eine Bezugsgrundlage festzulegen, sollte der Nutzer Ergebnisse aus mehreren Testläufen unter unterschiedlichen Bedingungen (z. B. Bediener, Testlauf, Tag) berücksichtigen und so eine Liste der erwarteten Varianten erstellen, die speziell auf sein Labor zutreffen. Nach Bestimmung des Leistungsspektrums ermöglicht die Liste der erwarteten Varianten einen Vergleich der nachfolgenden Testergebnisse, die mithilfe der AcroMetrix Oncology Hotspot Control ermittelt werden.

Erwartete Ergebnisse:Um zu ermitteln, wie viele Varianten sich per NGS in der AcroMetrix Oncology Hotspot Control detektieren lassen, wurden drei verschiedene Testpanels zur Bibliotheksvorbereitung eingesetzt: Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) in der Personal Genome Machine™ (PGM™), TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) im MiSeq™ und TruSight™ Tumor Panel (TSTP) im MiSeq.

In den einzelnen Testpanels zur Bibliotheksvorbereitung wurde folgendes Volumen der Kontrolle verwendet:

Testpanel zur Bibliotheksvorbereitung Volumen der AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 2,5 μl

TruSeq Amplicon Cancer Panel 5 μl

TruSight Tumor Panel 10 μl (bei jeder Bibliotheksvorbereitung)

Für jedes Panel wurden zwei Chargen der AcroMetrix Oncology Hotspot Control an mindestens zwei Standorten doppelt getestet. Weitere Standorte testeten entweder nur eine der Chargen mindestens zweimal oder beide Chargen jeweils einmal. Die Schwankungen zwischen den Standorten sind auf unterschiedliche Instrumente, Bediener und allgemeine Arbeitsabläufe zurückzuführen. Darüber hinaus ist es möglich, dass Variationen in der Bioinformatik-Pipeline stark zu Schwankungen in den Leistungsergebnissen beigetragen haben.

Abbildung 1. Leistung über unterschiedliche Standorte und Panels hinwegDie durchschnittliche Anzahl von Varianten unterschiedlicher Arten, die in der AcroMetrix Oncology Hotspot Control detektiert wurden, sind nach Standort aufgeführt und nach Panel gruppiert. Hinweis: Die Gesamtzahl von Varianten jeder Art variiert je nach Panel.

Um die Detektion spezifischer Varianten über unterschiedliche Panels hinweg zu beurteilen, wurden 22 klinisch relevante Varianten gewählt, die von drei Panels getestet wurden.

Abbildung 2. Detektion von 22 ausgewählten Varianten über Panels hinwegDie Analyse wurde anhand von Daten von Standorten durchgeführt, die zwei Chargen der Kontrolle mindestens einmal oder eine Charge mindestens zweimal getestet hatten. Wenn eine bestimmte Variante detektiert wurde, erscheint das jeweilige Quadrat dunkelblau, ansonsten hellgrau. Unterschiede zwischen Standorten sind klar erkennbar, selbst bei Standorten, die das gleiche Bibliotheksvorbereitungsverfahren verwenden. Dies lässt darauf schließen, dass die Bioinformatik-Pipeline eine starke Auswirkung auf die Leistung hat.

Eine Leistungsübersicht für alle Varianten bei unterschiedlichen Verfahren ist auf der Produktseite auf der Website von Thermo Scientific zu finden: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Die vom Hersteller bereitgestellten Ergebnisse dienen nur zu Informationszwecken. Der Endnutzer ist für die Festlegung eigener Leistungskriterien verantwortlich.

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Alle Rechte vorbehalten. ProClin ist eine Marke der Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq und TruSight sind Marken von Illumina Inc. Alle anderen Marken sind Eigentum von Thermo Fisher Scientific oder ihrer angeschlossenen Unternehmen.

Aktualisierungen der Packungsbeilage finden Sie auf:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAKundenbetreuung und technischer Support:1-800-232-3342

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Zeichenerklärung:

Chargenkennung

Verfallsdatum:

Hersteller

Temperaturgrenzwerte

Biologisches Risiko

Katalognummer

Zur In-vitro-Diagnostik

Europäisches Prüfzeichen

Autorisierter Vertreter

Achtung

Microgenics Corporation ist ein Tochterunternehmen von Thermo Fisher Scientific Inc.

Grenzen des Verfahrens:Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control ist nur für die In-vitro-Diagnostik bestimmt. Die AcroMetrix Oncology Hotspot Control darf nicht anstelle der internen Kontrollen verwendet werden, die von Herstellern von In-vitro-Diagnosekits bereitgestellt werden.

Literaturhinweise:1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission




Um die einheitliche Leistung zwischen Produktionschargen der AcroMetrix Oncology Hotspot Control zu beurteilen, wurden zwei Chargen der Kontrolle angefertigt und mit dem Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 an vier Standorten getestet. Jede Charge wurde an jedem Standort ein- oder zweimal getestet.

Abbildung 3. Einheitliche Leistung von einer Charge zur anderen Boxplots für die beobachteten Häufigkeiten nach NGS sind nach Zielhäufigkeit und Variantenarten gruppiert. Ähnliche obere Quartile, ähnliche untere Quartile und ein ähnlicher Median (in rot) zwischen Charge 1 und Charge 2 jeder Variantenart zeigt die einheitliche Detektionsleistung bei unterschiedlichen Chargen derselben Kontrolle.

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AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control Réservé à un usage de diagnostic in vitro

969056 Contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix

Domaine d’utilisationLe contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix est destiné à être utilisé avec les tests de séquençage de nouvelle génération (SNG) destinés à identifier des mutations somatiques de l’ADN dans des échantillons humains. Ce contrôle est destiné à fournir un moyen d’évaluer les variations des tests d’un jour à l’autre et peut contribuer à identifier d’éventuelles augmentations des erreurs aléatoires ou systématiques telles qu’un changement de lot de réactif, des déviations liées à l’opérateur ou un dysfonctionnement de l’appareil. Ce produit est destiné à un usage de diagnostic in vitro.

Résumé et explicationL’utilisation de méthodes de séquençage de nouvelle génération (SNG) dans le cadre d’un laboratoire clinique est de plus en plus répandue, d’où la nécessité d’une standardisation des procédures, des protocoles et du matériel afin de garantir des résultats d’analyse plus reproductibles entre laboratoires, appareils et plates-formes de test, ainsi qu’entre les différents opérateurs du laboratoire.

Un certain nombre d’organismes de réglementation, de groupements professionnels et d’initiatives publiques ont répondu à la multiplication rapide des tests cliniques de SNG en proposant des directives sur les aspects liés au contrôle de qualité (CQ) dans les analyses des laboratoires cliniques. Par exemple, la liste de contrôle de pathologie moléculaire CAP exige que les laboratoires cliniques utilisent des contrôles positifs lors de chaque analyse1. D’autres, telles que les directives de l’état de New York, spécifient des contrôles de faible fréquence incluant plusieurs variants de chaque type2, tandis que le groupe de travail CDC Nex-StoCT recommande l’utilisation de matériel incluant la majorité ou la totalité des variants3.

En sa qualité d’ADN de contrôle de qualité propriétaire fortement multiplexé, le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix est conçu pour permettre aux laboratoires de contrôler les centaines d’amplicons testés par les panels de SNG. Il inclut plus de 500 mutations de la base de données du catalogue des mutations somatiques lors de cancer (base de données COSMIC) et contient cinq types de variants de différentes longueurs en nucléotides. Les 53 gènes présents dans le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix sont les suivants : ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Principes du mode opératoireLe contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix est constitué d’un mélange d’ADN synthétique et d’ADN génomique dans une solution tampon stabilisatrice. L’ADN génomique est dérivé de la même lignée cellulaire (GM24385) que celle utilisée pour le développement du matériel de référence du consortium Genome in a Bottle du NIST. L’ADN synthétique, qui est présent à faibles fréquences, introduit plusieurs centaines de variants que l’on rencontre fréquemment en tant que mutations somatiques lors de cancer. Ces 521 variants ont tous été confirmés par séquençage selon la méthode de Sanger.

Tableau 1. Distribution des types de variants dans le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix

Plage de fréquence cible

Variants synthétiques Variants génomiques

5-15% 15-35% S/O

Variants mononucléotidiques 317 155 32*

Variants polynucléotidiques 0 2 0

Délétions 15 14 0

Insertions 9 8 2*

Variants complexes 0 1 0

* Les variants détectés dans l’ADN génomique ont été confirmés à l’aide des informations de séquençage complet du génome disponibles publiquement pour GM24385. Les variants génomiques seront actualisés à mesure que des informations en provenance du matériel de référence du consortium Genome in a Bottle deviendront disponibles.

Réactifs de contrôle

Numéro de catalogue

Nom du contrôle Quantité

969056 Contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix

3 x 25 µL

Mises en garde et précautions d’emploiLe contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix contient de l’ADN non encapsidé. Bien que l’ADN non encapsidé ne soit pas reconnu comme dangereux, il est recommandé de manipuler le produit comme potentiellement dangereux. Observer les précautions universelles relatives à la prévention de la transmission des agents infectieux lors de la manipulation de ces produits.4,5,6

Ne pas pipeter à la bouche. Utiliser un équipement de protection individuelle comprenant une blouse de laboratoire, des gants et des lunettes de protection. Ne pas manger, boire ou fumer dans les zones où les échantillons sont manipulés.

Désinfecter les liquides, le matériel ou les éclaboussures avec une solution d’hypochlorite de sodium à 0,5 %. Jeter tout le matériel et les liquides utilisés au cours du mode opératoire comme s’ils contenaient des agents pathogènes.

Ce produit contient 0,0095 % de ProClin™ 950 comme agent de conservation.

Sa fiche de données de sécurité est disponible sous le code produit de fiche de données de sécurité 917335.

Instructions de conservationConserver à une température inférieure ou égale à -20°C.

Pour éviter toute contamination, manipuler le produit en respectant les techniques standard et les bonnes pratiques de laboratoire.

Instructions d’utilisationDécongeler le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix à température ambiante, mélanger délicatement au vortex et le soumettre à une brève centrifugation (4 à 6 secondes) afin de collecter le contenu au fond du tube.

Introduire l’ADN de contrôle comme un échantillon indépendant lors de l’étape de préparation de la bibliothèque de la procédure de SNG. Le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix doit être manipulé de la même manière que l’ADN génomique extrait des échantillons de routine et analysé en parallèle avec ces échantillons.

Le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix peut être soumis à un maximum de cinq cycles de congélation-décongélation. En outre, le produit peut être conservé à une température de 2 à 8°C pendant 6 jours pour un maximum de quatre utilisations.

Interprétation des résultatsLes résultats de détection des variants du contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix sont susceptibles de varier en fonction de la méthode de préparation de la bibliothèque préparation, de la méthode de séquençage et du canal de traitement bio-informatique. Pour établir les performances initiales, l’utilisateur doit inclure les résultats de plusieurs séries d’analyses réalisées dans différentes conditions (par ex. opérateur, série, jour) afin de générer une liste des variants attendus spécifique de son laboratoire. Lorsque la plage de performances a été interprétée, la liste des variants attendus peut être utilisée pour comparer les résultats de chaque analyse ultérieure du contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix.

Résultats attendusPour déterminer le nombre de variants du contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix pouvant être détectés par SNG, trois panels de test pour préparation de bibliothèque différents ont été utilisés : le panel Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot v2 (CHPv2) sur l’appareil Personal Genome Machine™ (PGM™), le panel TruSeq™ Amplicon Cancer (TSACP) sur l’appareil MiSeq™ et le panel TruSight™ Tumor (TSTP) sur l’appareil MiSeq.

Les volumes de contrôle suivants ont été utilisés dans chaque panel de test pour préparation de la bibliothèque:

Panel de test pour préparation de la bibliothèque

Volume de contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix

Panel Ion AmpliSeq Cancer Hotspot v2 2,5 µL

Panel TruSeq Amplicon Cancer 5 µL

Panel TruSight Tumor 10 µL (dans chaque préparation de la bibliothèque)

Pour chaque panel, deux lots du contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix ont été testés en double dans au moins deux laboratoires. Des laboratoires supplémentaires ont testé uniquement un des deux lots au moins deux fois ou les deux lots une seule fois. Les sources de variation entre laboratoires peuvent inclure des différences au niveau des appareils, des opérateurs et des procédures de travail générales. Des différences au niveau des canaux de traitement bio-informatique sont également susceptibles d’avoir contribué dans une mesure significative aux variations observées dans les résultats de performances.

Figure 1. Performances entre différents laboratoires et panelsLe nombre moyen de variants des différents types détectés dans le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix sont rapportés par laboratoire et groupés par panel. Remarque : Le nombre total de variants de chaque type est différent pour chaque panel.

Pour évaluer la détection de variants spécifiques avec les différents panels, on a sélectionné vingt-deux variants cliniquement importants qui étaient ciblés par trois panels.

Figure 2. Détection de 22 variants sélectionnés avec les différents panelsL’analyse a été réalisée sur les données des laboratoires ayant testé deux lots du contrôle au moins une fois ou un lot au moins deux fois. La détection est indiquée en bleu foncé et l’absence de détection en gris clair. Des différences entre laboratoires sont apparentes, même parmi ceux qui utilisent la même méthode de préparation de bibliothèque, ce qui indique la probabilité que le canal de traitement bio-informatique affecte fortement les performances.

Un résumé des performances entre méthodes pour tous les variants est disponible sur la page du produit du site Internet de Thermo Scientific : www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Les résultats fournis par le fabricant sont proposés exclusivement à titre d’information. Il incombe à l’utilisateur final de déterminer ses propres critères de performances.

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CHPv2 TSACP TSTP

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Tous droits réservés. ProClin est une marque commerciale de Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq et TruSight sont des marques commerciales d’Illumina, Inc. Toutes les autres marques commerciales sont la propriété de Thermo Fisher Scientific ou de ses filiales.

Pour obtenir des mises à jour concernant cette notice, consulter le site Webwww.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAService clientèle et assistance technique aux États-Unis :1-800-232-3342

MAN0010820-B-FR2015 02

Légende des symboles sur les étiquettes

Numéro de lot

Utiliser avant le

Fabricant

Limites de température

Risque biologique

Numéro de catalogue

Usage de diagnostic in vitro

Symbole européen de conformité

Représentant autorisé

Attention

Microgenics Corporation est une filiale en propriété exclusive de Thermo Fisher Scientific Inc.

LimitationsLe contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix est prévu pour un usage de diagnostic in vitro. Le contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix n’est pas destiné à remplacer les contrôles internes fournis par les fabricants de kits de diagnostic in vitro.

Références1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission

in health care settings. MMWR 1987; 36 (supplément n° 2S).5. Centers for Disease Control (CDC). Mise à jour : Universal precautions for prevention of


6. Centers for Disease Control (CDC). Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers. MMWR 1989; 38(S-6): 1-36

Pour évaluer la reproductibilité entre lots de production du contrôle de point chaud de mutation pour oncologie AcroMetrix, deux lots du contrôle ont été préparés et testés dans quatre laboratoires en utilisant le panel Ion AmpliSeq Cancer Hotspot v2. Chaque lot a été testé une à deux fois dans chaque laboratoire.

Figure 3. Reproductibilité entre lots Les diagrammes en boîte à moustaches représentant les fréquences observées par SNG sont groupés par fréquence cible et par type de variant. Des quartiles supérieurs et inférieurs et une médiane (indiquée en rouge) similaires entre les lots 1 et les lots 2 pour chaque type de variant démontrent la reproductibilité de la détection entre différent lots du même contrôle.

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AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control Per uso diagnostico in vitro


Uso previstoIl controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è destinato all’uso con i dosaggi di sequenziamento di nuova generazione (NGS, next generation sequencing) concepiti per identificare mutazioni somatiche nel DNA di campioni umani. Il controllo costituisce un mezzo per valutare le variazioni dei test tra una giornata e l’altra e può essere d’ausilio nell’identificare l’aumento di errori casuali o sistematici, come il cambio di lotto dei reagenti, deviazioni imputabili agli operatori e malfunzionamenti degli strumenti. Questo prodotto è destinato all’uso diagnostico in vitro.

Riassunto e spiegazioneL’adozione dei metodi NGS nei laboratori clinici si sta diffondendo, con la conseguente necessità di standardizzare procedure, protocolli e materiali per garantire coerenza nei risultati delle analisi tra laboratori, strumenti, piattaforme di test e tecnici di laboratorio.

Vari organismi normativi, associazioni professionali e iniziative pubbliche hanno risposto alla rapida crescita delle analisi cliniche NGS divulgando linee guida sui diversi aspetti del controllo qualità (QC) delle analisi cliniche di laboratorio. Ad esempio, la checklist del CAP (College of American Pathologists) per le analisi di patologia molecolare prevede che i laboratori clinici usino controlli positivi in ogni sessione analitica1. Altre direttive, come le linee guida fornite dallo stato di New York, specificano l’impiego di controlli a bassa frequenza contenenti diverse varianti di ogni tipo2 mentre il gruppo di lavoro Nex-StoCT del CDC consiglia l’uso di materiali contenenti la maggior parte delle varianti, se non tutte3.

In quanto controllo di qualità proprietario altamente multiplexato per la determinazione del DNA, il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è stato progettato per consentire ai laboratori di controllare le centinaia di ampliconi target dei pannelli NGS. Contiene oltre 500 mutazioni provenienti dal database COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer), oltre a cinque tipi di varianti con nucleotidi di lunghezza variabile. I 53 geni rappresentati nel controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control sono: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Principi della proceduraIl controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è composto da una miscela di DNA sintetico e DNA genomico in soluzione tampone stabilizzante. Il DNA genomico proviene dalla stessa linea cellulare (GM24385) usata per lo sviluppo di un materiale di riferimento del consorzio Genome in a Bottle del NIST. Il DNA sintetico, presente a basse frequenze, introduce centinaia di varianti spesso osservate come mutazioni somatiche nel cancro. Queste 521 varianti sono state tutte confermate con il metodo di sequenziamento Sanger.

Tabella 1. Distribuzione dei tipi di varianti nel controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Range di frequenza target

Varianti sintetiche Varianti genomiche

5-15% 15-35% N.p.

Varianti di singolo nucleotide (SNV) 317 155 32*

Varianti di più nucleotidi (MNV) 0 2 0

Delezioni 15 14 0

Inserzioni 9 8 2*

Varianti complesse 0 1 0

* Le varianti rilevate nel DNA genomico sono state confermate usando informazioni di pubblico dominio sul sequenziamento dell’intero genoma per la linea GM24385. Le varianti genomiche saranno aggiornate non appena saranno disponibili informazioni dal materiale di riferimento del Genome in a Bottle.

Reagenti di controllo

Codice catalogo Nome controllo Quantità

969056 AcroMetrix Oncology Hotspot Control 3 x 25 µl

Avvertenze e precauzioniIl controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control contiene DNA non incapsidato. Benché il DNA non incapsidato non sia ritenuto pericoloso, si consiglia di manipolare il controllo come prodotto a potenziale rischio biologico. Pertanto, durante la manipolazione di tali materiali, rispettare le misure precauzionali universalmente stabilite per prevenire la trasmissione di agenti infettivi.4,5,6

Non pipettare con la bocca. Servirsi di mezzi di protezione personale, quali camici, guanti e occhiali protettivi. Non mangiare, bere o fumare nelle aree dove vengono manipolati i campioni.

Disinfettare eventuali zone di dispersione di liquidi, materiali o schizzi con una soluzione di ipoclorito di sodio allo 0,5%. Smaltire tutti i materiali e i liquidi usati nella procedura come se contenessero agenti patogeni.

Questo prodotto contiene ProClin™ 950 allo 0,0095% come conservante.

Le schede dei dati di sicurezza dei materiali (MSDS) sono disponibili con il codice prodotto MSDS 917335.

Istruzioni per la conservazioneConservare a temperature pari o inferiori a -20 °C. Non usare questi prodotti oltre la data di scadenza stampata sull’etichetta

Per evitare la contaminazione, manipolare il prodotto seguendo tecniche standard e buone prassi di laboratorio.

Istruzioni per l’usoDecongelare il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control a temperatura ambiente, vortexarlo delicatamente e centrifugarlo in modalità pulse-spin (4-6 secondi) per raccogliere il contenuto al fondo della provetta.

Introdurre il DNA di controllo come campione indipendente nella fase del flusso di lavoro NGS che prevede la preparazione della libreria. Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control deve essere manipolato in modo analogo al DNA genomico estratto da campioni di routine e analizzato in parallelo con tali campioni.

Il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control può essere sottoposto a un massimo di cinque cicli di congelamento e decongelamento. Inoltre, può essere conservato a temperature comprese fra 2 °C e 8 °C per 6 giorni per un massimo di quattro utilizzi.

Interpretazione dei risultatiI risultati di rilevazione delle varianti del controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control possono differire in base al metodo di preparazione della libreria, al metodo di sequenziamento e alla pipeline bioinformatica. Al fine di determinare le prestazioni di base, l’utilizzatore deve includere risultati di più sessioni in condizioni diverse (ad es., operatori, sessioni analitiche, giornate differenti) per creare un elenco di varianti attese che sia specifico per il laboratorio di pertinenza. Una volta compreso il range di prestazioni, l’elenco di varianti attese può essere usato per confrontare i risultati del controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control per ciascuna sessione successiva.

Risultati attesiPer verificare quante varianti del controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control possono essere rilevate dal metodo NGS, sono stati usati tre pannelli di test per la preparazione della libreria: il pannello Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) su Personal Genome Machine™ (PGM™), il pannello TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) su MiSeq™ e il pannello TruSight™ Tumor Panel (TSTP) su MiSeq.

In ciascun pannello di test per la preparazione della libreria sono stati usati i seguenti volumi di input del controllo:

Pannello di test per la preparazione della libreria Volume di AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 2,5 µl

TruSeq Amplicon Cancer Panel 5 µl

TruSight Tumor Panel 10 µl (in ogni preparazione della libreria)

Per ciascun pannello, sono stati analizzati in duplicato due lotti di controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control in almeno due centri. Altri centri hanno analizzato uno solo dei lotti almeno due volte o entrambi i lotti una volta. Le variabili tra i centri possono essere riconducibili a differenze in strumenti, operazioni e flussi di lavoro generali. Inoltre, variazioni nelle pipeline bioinformatiche possono aver contribuito significativamente alla diversità dei risultati prestazionali.

Figura 1. Differenze prestazionali tra i diversi centri e pannelliIl numero medio di varianti dei diversi tipi rilevate con il controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è indicato per centro e raggruppato per pannello. Nota – Il numero totale di varianti per ciascun tipo è diverso in ciascun pannello.

Per valutare la rilevazione di specifiche varianti tra pannelli differenti, sono state selezionate 22 varianti clinicamente significative che erano state il target di tre pannelli.

Figura 2. Rilevazione di 22 varianti selezionate tra pannelliL’analisi è stata condotta con i dati provenienti dai centri che avevano analizzato due lotti di controllo almeno una volta o un lotto almeno due volte. La presenza delle varianti è indicata in blu scuro e l’assenza in grigio chiaro. Le differenze tra i centri sono evidenti, anche tra quelli che hanno utilizzato lo stesso metodo di preparazione della libreria, e ciò indica la probabilità che la pipeline bioinformatica abbia influito fortemente sulle prestazioni.

Un riepilogo delle prestazioni ottenute con i diversi metodi per tutte le varianti è disponibile nella pagina del prodotto sul sito Web di Thermo Scientific: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

I risultati forniti dal produttore hanno esclusivamente scopo informativo. L’utilizzatore finale ha la responsabilità di stabilire i propri criteri prestazionali

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Tutti i diritti riservati. ProClin è un marchio di Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq e TruSight sono marchi di Illumina, Inc. Tutti gli altri marchi sono di proprietà di Thermo Fisher Scientific o di sue affiliate.

Per aggiornamenti del foglietto illustrativo, andare all’indirizzo:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAAssistenza clienti e tecnica USA:1-800-232-3342

MAN0010820-B-IT2015 02

Legenda dei simboli sulle etichette

Codice lotto

Data di scadenza

Produttore

Limiti di temperatura

Rischio biologico

Codice catalogo

Per uso diagnostico in vitro

Marchio europeo di conformità

Rappresentante autorizzato

Attenzione

Microgenics Corporation è una sussidiaria di proprietà di Thermo Fisher Scientific Inc.

LimitazioniIl controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control è destinato all’uso diagnostico in vitro. Non è finalizzato alla sostituzione dei controlli interni forniti dalle ditte produttrici di kit diagnostici in vitro.

Bibliografia1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission




Per valutare la coerenza tra i lotti di produzione del controllo AcroMetrix Oncology Hotspot Control, presso quattro centri sono stati preparati e analizzati due lotti di controllo con il pannello Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Ogni lotto è stato analizzato 1-2 volte in ciascun centro.

Figura 3. Coerenza tra i lotti I diagrammi a scatola e baffi relativi alle requenze osservate con il metodo NGS sono raggruppati per frequenza del target e tipo di variante. La similarità tra quartili superiori, quartili inferiori e valore mediano (indicato in rosso) tra il lotto 1 e il lotto 2 per ciascun tipo di variante dimostra la coerenza della rilevazione tra i diversi lotti dello stesso controllo.

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Control AcroMetrix™ Onconlogy Hotspot Para uso en diagnóstico in vitro


Uso previstoEl control AcroMetrix Onconlogy Hotspot está concebido para usarlo con los ensayos de secuenciación de última generación (NGS) diseñados para identificar las mutaciones somáticas en el ADN de muestras humanas. El control pretende proporcionar un medio para evaluar la variación diaria de las pruebas y puede ayudar a identificar aumentos de los errores aleatorios o sistemáticos, como cambios de lotes de reactivo, desviaciones debidas al operador y averías del instrumento. El producto es para uso diagnóstico in vitro.

Resumen y explicaciónCada vez son más los métodos de secuenciación de última generación (NGS) que se utilizan en el ámbito del laboratorio clínico, lo cual crea la necesidad de normalizar los procedimientos, protocolos y materiales con objeto de garantizar la constancia de los resultados de las pruebas realizadas en distintos laboratorios, instrumentos y plataformas de ensayo, así como por diferentes operadores de laboratorio.

Algunas agencias regulatorias, sociedades profesionales e iniciativas públicas han respondido al rápido aumento de las pruebas clínicas de NGS publicando documentos de orientación sobre aspectos del control de calidad (CC) en las pruebas de los laboratorios clínicos. Por ejemplo, la lista de control de patologías moleculares del CAP exige a los laboratorios clínicos utilizar controles positivos en cada análisis1. Otras normativas, como las directrices del Estado de Nueva York, especifican controles de baja frecuencia que contienen múltiples variantes de cada clase,2 mientras que el grupo de trabajo CDC Nex-StoCT recomienda usar materiales que contengan la mayoría de las variantes o todas ellas3.

El control AcroMetrix Onconlogy Hotspot, un control de calidad de ADN altamente multiplexado patentado, está diseñado para permitir a los laboratorios controlar los centenares de amplicones probados por los paneles de NGS. Contiene más de 500 mutaciones de la base de datos del Catálogo de mutaciones somáticas en el cáncer (COSMIC), y tiene cinco tipos de variantes de longitudes de nucleótidos variables. Los 53 genes representados en el AcroMetrix Oncology Hotspot Control son: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Principio del procedimientoAcroMetrix Oncology Hotspot Control está compuesto de una mezcla de ADN sintético y ADN genómico en una solución tampón estabilizadora. El ADN genómico se obtiene de la misma línea celular (GM24385) que la utilizada para el desarrollo de un material de referencia de “Genome in a Bottle” de NIST. El ADN sintético, que está presente en frecuencias bajas, introduce centenares de variantes que normalmente se encuentran como mutaciones somáticas en el cáncer. Las 521 variantes han sido confirmadas por la secuenciación de Sanger.

Tabla 1. Distribución de tipos de variantes en el AcroMetrix Oncology Hotspot Control

Intervalo de frecuencia objetivo

Variantes sintéticas Variantes genómicas

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Variantes de un solo nucleótido 317 155 32*

Variantes de múltiples nucleótidos

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* Las variantes detectadas en el ADN genómico se confirmaron con información de secuenciación del genoma completo de dominio público para GM24385. Las variantes genómicas se actualizarán cuando se cuente con más información del material de referencia de “Genome in a Bottle”.

Reactivos del control

Número de catálogo Nombre del control Cantidad


Precauciones y advertenciasEl control AcroMetrix Onconlogy Hotspot contiene ADN no encapsidado. Aunque el ADN no encapsidado no se considera peligroso, se recomienda manipular el producto como un material con posible riesgo biológico. Respete las normas de precaución internacionales para prevenir la transmisión de agentes infecciosos cuando manipule los materiales.4,5,6

No pipetear con la boca. Utilizar un equipo de protección adecuado que incluya bata de laboratorio, guantes y protección ocular. No fumar, comer ni beber en las áreas en las que se manipulen muestras.

Desinfectar los líquidos, materiales o vertidos con una solución de hipoclorito sódico al 0,5%. Desechar todos los materiales y líquidos utilizados para realizar las pruebas como si contuvieran agentes infecciosos.

Este producto contiene ProClin™ 950 al 0,0095% como conservante.

La ficha técnica de seguridad de los materiales (MSDS) lleva el código de producto de MSDS 917335.

Instrucciones de conservaciónConservar a -20 °C o menos. No utilice este producto después de la fecha de caducidad impresa en la etiqueta.

Para evitar la contaminación, use técnicas estándar y aplique buenas prácticas de laboratorio siempre que manipule el producto.

Instrucciones de usoDescongelar el AcroMetrix Oncology Hotspot Control a temperatura ambiente, agitar con cuidado en el vórtex y centrifugar por impulsos en una centrifugadora (4-6 segundos) para recoger el contenido del fondo del tubo.

Introducir el ADN de control como muestra independiente en el paso de preparación de biblioteca en el flujo de trabajo de NGS. El control AcroMetrix Onconlogy Hotspot debe manipularse de forma similar al ADN genético extraído de las muestras de rutina y analizarse en paralelo con dichas muestras.

El control AcroMetrix Onconlogy Hotspot no debe someterse a más de cinco ciclos de congelación y descongelación. Además, el producto se puede conservar a 2-8 °C durante 6 días, con cuatro usos como máximo.

Interpretación de los resultadosLos resultados de detección de variantes del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot pueden variar según el método de preparación de biblioteca, el método de secuenciación y los procesos bioinformáticos. Para establecer un rendimiento basal, el usuario debe incorporar los resultados de varios análisis realizados en diferentes condiciones (p.ej., operador, análisis, día) para crear una lista de variantes previstas específicas de su laboratorio. Una vez entendido el intervalo de rendimiento, la lista de variantes previstas puede compararse con cada resultado de ensayo posterior del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot.

Resultados esperadosPara comprobar cuántas variantes del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot pueden detectarse con la NGS, se utilizaron tres paneles de prueba de preparación de biblioteca diferentes: el Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) en el sistema Personal Genome Machine™ (PGM™), el TruSeq® ™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) en el MiSeq™ y el TruSight™ Tumor Panel (TSTP) en el MiSeq.

Se utilizaron los siguientes volúmenes de entrada del control en cada panel de prueba de preparación de biblioteca:

Panel de prueba de preparación de biblioteca

Volumen del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot

Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 2,5 µL


TruSight Tumor Panel 10 µL (en cada preparación de biblioteca)

Para cada panel se analizaron dos lotes del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot por duplicado, al menos en dos centros. En centros adicionales solamente se analizó uno de los lotes, por lo menos dos veces, o los dos lotes una vez. La variación entre centros puede deberse a los diferentes instrumentos, operadores y flujos de trabajo generales. Además, la variación en los procesos bioinformáticos puede haber contribuido de forma importante a la variación de los resultados de rendimiento.

Figura 1. Rendimiento en diferentes centros y panelesEl número medio de variantes de diferentes tipos detectados en el control AcroMetrix Onconlogy Hotspot se muestra por centro y se agrupa por panel. Nota: El número total de variantes de cada tipo es diferente para cada panel.

Para evaluar la detección de variantes concretas en diferentes paneles, se seleccionaron veintidós variantes clínicamente relevantes que podían ser detectadas por tres paneles.

Figura 2. Detección de 22 variantes seleccionadas en los panelesLos análisis se llevaron a cabo con datos procedentes de centros en los que se habían analizado dos lotes del control por lo menos una vez o un lote al menos dos veces. El color azul marino indica la detección y el gris claro su ausencia. Las diferencias entre distintos centros son evidentes, incluso entre aquellos que utilizaron el mismo método de preparación de biblioteca, lo cual sugiere que los procesos bioinformáticos influyen notablemente en el rendimiento.

En la página del producto del sitio web de Thermo Scientific puede encontrar un resumen del rendimiento de los distintos métodos para todas las variantes: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Los resultados proporcionados por el fabricante se suministran con fines informativos exclusivamente. El usuario final es el responsable de establecer sus propios criterios de rendimiento.

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Todos los derechos reservados. ProClin es una marca comercial de Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq y TruSight son marcas comerciales de Illumina, Inc. Todas las demás marcas son propiedad de Thermo Fisher Scientific o de sus empresas subsidiarias.

Para obtener actualizaciones de prospectos, visite:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAServicio al cliente y asistencia técnica en EE. UU.:1-800-232-3342

MAN0010820-B-ES2015 02

Leyenda de los símbolos de las etiquetas

Código de lote

Fecha de caducidad

Fabricante

Limitación de temperatura

Riesgo biológico

Número de catálogo

Uso diagnóstico in vitro

Marca de conformidad europea

Representante autorizado

Precaución

Microgenics Corporation es una empresa filial cien por cien propiedad de Thermo Fisher Scientific Inc.

LimitacionesEl control AcroMetrix Onconlogy Hotspot es para uso diagnóstico In vitro. El control AcroMetrix Onconlogy Hotspot no debe utilizarse como sustituto de otros controles internos proporcionados por fabricantes de kits de diagnóstico in vitro.

Referencias bibliográficas1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission




Para evaluar la coherencia entre los lotes de producción del control AcroMetrix Onconlogy Hotspot, se fabricaron dos lotes de control y se analizaron en cuatro centros, utilizando el Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Cada lote fue analizado 1 o 2 veces en cada centro.

Figura 3. Coherencia entre lotes Los gráficos de cajas de las frecuencias observadas por NGS se agrupan por frecuencia objetivo y tipo de variante. La similitud de los cuartiles superiores, y la mediana (de color rojo) entre el Lote 1 y los Lotes 2 de cada variante demuestran la coherencia de la detección entre diferentes lotes del mismo control.

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Μάρτυρας AcroMetrix™ Oncology Hotspot Για in vitro διαγνωστική χρήση


Προοριζόμενη χρήσηΟ μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot προορίζεται για χρήση σε δοκιμασίες προσδιορισμού αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS), οι οποίες είναι σχεδιασμένες για την ταυτοποίηση σωματικών μεταλλάξεων στο DNA ανθρώπινων δειγμάτων. Ο μάρτυρας προορίζεται να αποτελέσει ένα μέσο για την αξιολόγηση των διαφοροποιήσεων στις δοκιμές από ημέρα σε ημέρα, και μπορεί να συμβάλλει στον εντοπισμό αυξήσεων σε τυχαία ή συστηματικά σφάλματα, όπως αλλαγές στις παρτίδες αντιδραστηρίων, αποκλίσεις στα αποτελέσματα ανάλογα με τον χειριστή και δυσλειτουργίες του οργάνου. Αυτό το προϊόν προορίζεται για in vitro διαγνωστική χρήση.

Σύνοψη και επεξήγησηΗ χρήση μεθόδων προσδιορισμού αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) σε περιβάλλον κλινικών εργαστηρίων ολοένα και αυξάνεται, με αποτέλεσμα να δημιουργείται η ανάγκη για τυποποίηση των διαδικασιών, των πρωτοκόλλων και των υλικών, προκειμένου να διασφαλίζεται η ομοιογένεια των αποτελεσμάτων μεταξύ των εργαστηρίων, των οργάνων και των πλατφορμών δοκιμασιών, καθώς και μεταξύ των χειριστών των εργαστηρίων.

Σε αυτήν την ταχεία ανάπτυξη των NGS έχουν ανταποκριθεί διάφοροι ρυθμιστικοί φορείς, επαγγελματικές ενώσεις και δημόσιες αρχές, εκδίδοντας κατευθυντήριες γραμμές για τον ποιοτικό έλεγχο στις αναλύσεις που πραγματοποιούν τα κλινικά εργαστήρια. Για παράδειγμα, η λίστα ελέγχου μοριακής παθολογίας της CAP απαιτεί από τα κλινικά εργαστήρια να χρησιμοποιούν θετικούς μάρτυρες σε κάθε δοκιμή1. Άλλες περιπτώσεις, όπως οι κατευθυντήριες γραμμές της Πολιτείας της Νέας Υόρκης, υπαγορεύουν τη χρήση μαρτύρων χαμηλής συχνότητας που περιέχουν πολλαπλές παραλλαγές από κάθε είδος2, ενώ η ομάδα εργασίας Nex-StoCT του Κέντρου Ελέγχου Νοσημάτων συνιστά τη χρήση υλικών που περιέχουν όλες ή τις περισσότερες από τις παραλλαγές3.

Ο μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot είναι ένα ιδιοσκεύασμα υψηλής πολύπλεξης για τον ποιοτικό έλεγχο του DNA, ο οποίος έχει σχεδιαστεί για να παρέχει στα εργαστήρια τη δυνατότητα να ελέγχουν τα εκατοντάδες αμπλικόνια που υποβάλλονται σε δοκιμή από τα συστήματα NGS. Περιέχει πάνω από 500 μεταλλάξεις από τη βάση δεδομένων του καταλόγου σωματικών μεταλλάξεων του καρκίνου (COSMIC), και διαθέτει πέντε τύπους παραλλαγών με διαφορετικά μήκη νουκλεοτιδίων. Τα 53 γονίδια που εκπροσωπούνται στον μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot είναι τα εξής: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Αρχές της διαδικασίαςΟ μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot αποτελείται από έναν συνδυασμό συνθετικού και γονιδιωματικού DNA σε ένα σταθεροποιητικό ρυθμιστικό διάλυμα. Το γονιδιωματικό DNA προέρχεται από την ίδια κυτταρική σειρά (GM24385) που χρησιμοποιείται για την ανάπτυξη ενός γονιδιώματος NIST σε μια φιάλη υλικού αναφοράς. Το συνθετικό DNA, το οποίο υπάρχει σε χαμηλές συχνότητες, εισαγάγει εκατοντάδες παραλλαγές που εντοπίζονται συχνά ως σωματικές μεταλλάξεις σε καρκίνους. Αυτές οι 521 παραλλαγές έχουν επιβεβαιωθεί με βάση τη μέθοδο προσδιορισμού αλληλουχίας κατά Sanger.

Πίνακας 1. Κατανομή των τύπων παραλλαγών στον μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot

Εύρος συχνότητας στόχου

Συνθετικές παραλλαγές Γονιδιωματικές παραλλαγές

5-15% 15-35% Δ/Υ

Παραλλαγές μονού νουκλεοτιδίου 317 155 32*

Παραλλαγές πολλαπλών νουκλεοτιδίων 0 2 0

Απαλοιφές 15 14 0

Προσθήκες 9 8 2*

Πολύπλοκες παραλλαγές 0 1 0

* Οι παραλλαγές που ανιχνεύονται στο γονιδιωματικό DNA εγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας δημόσια διαθέσιμες πληροφορίες προσδιορισμού αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος για GM24385. Οι γονιδιωματικές παραλλαγές θα ενημερώνονται μόλις γίνονται διαθέσιμα νέα στοιχεία από το υλικό αναφοράς του γονιδιώματος στη φιάλη.

Αντιδραστήρια μαρτύρων

Αριθμός καταλόγου Όνομα μάρτυρα Ποσότητα

969056 Μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot 3 x 25 µL

Προφυλάξεις και προειδοποιήσειςΟ μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot περιέχει μη εγκαψιδιωμένο DNA. Παρόλο που το μη εγκαψιδιωμένο DNA δεν είναι γνωστό ως επικίνδυνο, συνιστάται το προϊόν να αντιμετωπίζεται ως εν δυνάμει βιολογικά επικίνδυνο. Θα πρέπει να λαμβάνονται υπόψη οι διεθνείς κανόνες προφύλαξης, προκειμένου να αποτρέπεται η μετάδοση μολυσματικών παραγόντων κατά τη μεταχείριση τέτοιων υλικών.4,5,6

Μη χρησιμοποιείτε το στόμα αντί για πιπέτα. Χρησιμοποιείτε μέσα ατομικής προστασίας, όπως ποδιά εργαστηρίου, γάντια και προστατευτικά γυαλιά. Μην τρώτε, πίνετε ή καπνίζετε σε χώρους όπου λαμβάνει χώρα η μεταχείριση των δειγμάτων.

Απολυμάνετε τα υγρά, τα υλικά ή τυχόν διαρροές με ένα διάλυμα υποχλωριώδους νατρίου περιεκτικότητας 0,5%. Απορρίψτε όλα τα υλικά και τα υγρά που χρησιμοποιήθηκαν κατά τη διαδικασία, με τρόπο που αρμόζει για υλικά και υγρά που περιέχουν παθογόνους παράγοντες.

Αυτό το προϊόν περιέχει 0,0095% ProClinΤΜ 950 ως συντηρητικό.

Το δελτίο δεδομένων ασφαλείας (MSDS) μπορεί να αναζητηθεί ως MSDS με κωδικό προϊόντος 917335.

Οδηγίες αποθήκευσηςΑποθήκευση σε θερμοκρασία -20°C ή χαμηλότερη. Μη χρησιμοποιείτε αυτό το προϊόν μετά την ημερομηνία λήξης, η οποία αναγράφεται στην ετικέτα

Για να αποφύγετε την επιμόλυνση, χρησιμοποιείτε τυποποιημένες τεχνικές και σωστές εργαστηριακές πρακτικές κατά τη

μεταχείριση του προϊόντος.

Οδηγίες χρήσηςΑποψύξτε τον μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot σε θερμοκρασία δωματίου, περιδινίστε απαλά και περιστρέψτε παλμικά σε μια συσκευή φυγοκέντρησης (4-6 δευτερόλεπτα), προκειμένου να συλλέξετε τα περιεχόμενα στον πυθμένα του σωληναρίου.

Εισαγάγετε τον μάρτυρα DNA ως ανεξάρτητο δείγμα στο στάδιο προετοιμασίας της γονιδιωματικής βιβλιοθήκης στη διαδικασία NGS. Ο μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot πρέπει να τυγχάνει παρόμοιας μεταχείρισης με το γονιδιωματικό DNA που έχει εξαχθεί από δειγματοληψίες ρουτίνας και να εκτελείται παράλληλα με δειγματοληψίες ρουτίνες.

Ο μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot μπορεί να υποστεί το πολύ πέντε κύκλους ψύξης-απόψυξης. Επιπλέον, το προϊόν μπορεί να αποθηκεύεται σε θερμοκρασία 2 έως 8°C για 6 ημέρες και έως και για τέσσερις φορές.

Ερμηνεία των αποτελεσμάτωνΤα αποτελέσματα ανίχνευσης παραλλαγών του μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot μπορεί να διαφέρουν, ανάλογα με τη μέθοδο προετοιμασίας της γονιδιωματικής βιβλιοθήκης, τη μέθοδο προσδιορισμού αλληλουχίας και την αυτοματοποιημένη ανάλυση (pipeline) της βιοπληροφορικής. Προκειμένου να καθορίσει μια απόδοση αναφοράς, ο χρήστης πρέπει να ενσωματώνει αποτελέσματα από διαφορετικές δοκιμές, οι οποίες πραγματοποιήθηκαν υπό διαφορετικές συνθήκες (π.χ. χειριστής, δοκιμή, ημέρα), ώστε να δημιουργηθεί μια λίστα αναμενόμενων παραλλαγών για το εκάστοτε εργαστήριο. Μόλις γίνει κατανοητό το εύρος των αποδόσεων, η λίστα αναμενόμενων παραλλαγών μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη σύγκριση των αποτελεσμάτων κάθε επακόλουθης δοκιμής με το μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot.

Αναμενόμενα αποτελέσματαΓια να δοκιμαστεί πόσες παραλλαγές μπορούν να εντοπιστούν στον μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot μέσω της μεθόδου προσδιορισμού αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS), χρησιμοποιήθηκαν τρία διαφορετικά πάνελ προετοιμασίας γονιδιωματικής βιβλιοθήκης: το Ion AmpliSeqΤΜ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) στο Personal Genome MachineΤΜ (PGM™), το TruSeqΤΜ Amplicon Cancer Panel (TSACP) στο MiSeqΤΜ, και το TruSightΤΜ Tumor Panel (TSTP) στο MiSeq.

Χρησιμοποιήθηκαν οι ακόλουθοι όγκοι μάρτυρα σε κάθε πάνελ προετοιμασίας γονιδιωματικής βιβλιοθήκης βάσει δοκιμών:

Πάνελ προετοιμασίας γονιδιωματικής βιβλιοθήκης βάσει δοκιμών Όγκοςτου μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot Control



TruSight Tumor Panel 10 µL (σε κάθε προετοιμασία γονιδιωματικής βιβλιοθήκης)

Για κάθε πάνελ, δοκιμάστηκαν δύο παρτίδες του μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot εις διπλούν, σε τουλάχιστον δύο εργαστήρια. Επιπρόσθετα εργαστήρια δοκίμασαν μία από τις παρτίδες τουλάχιστον δύο φορές ή και τις δύο παρτίδες μία φορά. Οι διαφοροποιήσεις μεταξύ των εργαστηρίων μπορεί να οφείλονται στα διαφορετικά όργανα ή χειριστές, καθώς και στις διαφορές στη γενικότερη ροή εργασιών. Επίσης, οι διαφορές στις αυτοματοποιημένες αναλύσεις (pipelines) βιοπληροφορικής μπορεί να έχουν συμβάλει σε σημαντικό βαθμό στη διαφοροποίηση των αποτελεσμάτων των επιδόσεων.

Εικόνα 1. Επιδόσεις σε διαφορετικά εργαστήρια και πάνελΟ μέσος αριθμός παραλλαγών διαφορετικών τύπων που εντοπίζονται στον μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot αναφέρονται ανά εργαστήριο και ομαδοποιούνται ανά πάνελ. Σημείωση: Ο συνολικός αριθμός παραλλαγών κάθε τύπου είναι διαφορετικός για κάθε πάνελ.

Για να εκτιμηθεί η ανίχνευση συγκεκριμένων παραλλαγών σε διαφορετικά πάνελ, επιλέχθηκαν 22 κλινικά σχετιζόμενες παραλλαγές που είχαν αποτελέσει στόχο 3 πάνελ.

Εικόνα 2. Ανίχνευση 22 επιλεγμένων παραλλαγών ανάμεσα σε διαφορετικά πάνελΗ ανάλυση πραγματοποιήθηκε με δεδομένα από εργαστήρια που υπέβαλαν σε δοκιμή δύο παρτίδες του μάρτυρα τουλάχιστον μία φορά ή μία παρτίδα τουλάχιστον δύο φορές. Η ανίχνευση υποδεικνύεται με σκούρο μπλε χρώμα και η απουσία με ανοιχτό γκρι. Οι διαφορές μεταξύ των εργαστηρίων είναι εμφανείς, ακόμα και ανάμεσα σε εργαστήρια που χρησιμοποιούν την ίδια μέθοδο προετοιμασίας γονιδιωματικής βιβλιοθήκης, γεγονός που υποδεικνύει ότι η αυτοματοποιημένη ανάλυση (pipeline) της βιοπληροφορικής έχει έντονη επίδραση στις επιδόσεις.

Μια σύνοψη των επιδόσεων διαφορετικών μεθόδων για όλες τις παραλλαγές παρέχεται στη σελίδα του προϊόντος στον ιστότοπο της Thermo Fisher Scientific: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Τα αποτελέσματα που παρέχει ο Κατασκευαστής έχουν καθαρά ενημερωτικό χαρακτήρα. Ο τελικός χρήστης είναι υπεύθυνος για την καθιέρωση των δικών του κριτηρίων απόδοσης.

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Με την επιφύλαξη παντός δικαιώματος. Το ProClin αποτελεί εμπορικό σήμα της Rohm and Haas Company. Τα TruSeq, MiSeq και TruSight αποτελούν εμπορικά σήματα της Illumina, Inc. Όλα τα άλλα εμπορικά σήματα αποτελούν ιδιοκτησία της Thermo Fisher Scientific ή των θυγατρικών της.

Για ενημερώσεις του ένθετου, μεταβείτε στη διεύθυνση:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAΤεχνική υποστήριξη και υποστήριξη πελατών στις ΗΠΑ:1-800-232-3342

MAN0010820-B-EL2015 02

Επεξήγηση των συμβόλων της ετικέτας

Κωδικός παρτίδας

Ημερομηνία λήξης

Κατασκευαστής

Περιορισμός θερμοκρασίας

Βιολογικός κίνδυνος

Αριθμός καταλόγου

In vitro διαγνωστική χρήση

Ευρωπαϊκό σήμα συμμόρφωσης

Εξουσιοδοτημένος αντιπρόσωπος

Προσοχή

Η Microgenics Corporation είναι μια θυγατρική αποκλειστικής ιδιοκτησίας της Thermo Fisher Scientific Inc.

ΠεριορισμοίΟ μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot προορίζεται για In vitro διαγνωστική χρήση. Ο μάρτυρας AcroMetrix Oncology Hotspot δεν προορίζεται για να αποτελέσει υποκατάστατο των εσωτερικών μαρτύρων που παρέχουν οι κατασκευαστές in vitro διαγνωστικών κιτ.

Παραπομπές1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist [Λίστα ελέγχου διαπίστευσης εργαστηρίων

του Κολεγίου Αμερικανών Κλινικών Παθολόγων]2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards [Εργαστηριακά πρότυπα

προγράμματος αξιολόγησης κλινικών εργαστηρίων της Πολιτείας της Νέας Υόρκης]3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC) [Κέντρα ελέγχου νοσημάτων]. Recommendations for prevention of HIV transmission

in health care settings. [Συστάσεις για την αποτροπή της μετάδοσης του ιού HIV σε χώρους υγειονομικής περίθαλψης.] MMWR 1987; 36 (supplement no. 2S).

5. Centers for Disease Control (CDC) [Κέντρα ελέγχου νοσημάτων]. Update: Universal precautions for prevention of transmission of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus, and other bloodborne pathogens in health-care settings. [Διεθνείς κανόνες προφύλαξης για την αποτροπή της μετάδοσης του ιού της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας, του ιού της ηπατίτιδας Β και άλλων παθογόνων που μεταδίδονται με το αίμα σε χώρους υγειονομικής περίθαλψης.] MMWR 1988; 37:377-388.

6. Centers for Disease Control (CDC) [Κέντρα ελέγχου νοσημάτων]. Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers. [Κατευθυντήριες οδηγίες για την αποτροπή της μετάδοσης του ιού της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας και του ιού της ηπατίτιδας Β σε εργαζομένους σε χώρους υγειονομικής περίθαλψης και δημόσιας ασφάλειας.] MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.

Για να αποτιμηθεί η συνέπεια μεταξύ των παρτίδων παραγωγής του μάρτυρα AcroMetrix Oncology Hotspot, δύο παρτίδες του μάρτυρα ελέγχθηκαν σε τέσσερα εργαστήρια χρησιμοποιώντας το Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Κάθε παρτίδα ελέγχθηκε 1 με 2 φορές σε κάθε εργαστήριο.

Figure 3. Lot-to-lot consistency Τα θηκογράμματα από τις παρατηρούμενες συχνότητες ανά NGS ομαδοποιούνται κατά στοχευόμενη συχνότητα και τύπο παραλλαγής. Παρόμοια άνω τεταρτημόρια, κάτω τεταρτημόρια και διάμεσες τιμές (με κόκκινο χρώμα) μεταξύ της παρτίδας 1 και της παρτίδας 2 για κάθε τύπο παραλλαγής, καταδεικνύουν συνέπεια στην ανίχνευση μεταξύ των διαφορετικών παρτίδων του ίδιου μάρτυρα.

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Kontrola AcroMetrix™ Oncology Hotspot Do stosowania w diagnostyce in vitro

969056 Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot

ZastosowanieKontrola AcroMetrix Oncology Hotspot jest przeznaczona do użytku w oznaczeniach wykorzystujących sekwencjonowanie nowej generacji (next generation sequencing, NGS), służących wykrywaniu mutacji somatycznych w DNA izolowanym z próbek ludzkich. Kontrola ma na celu dostarczyć środków służących ocenie zmienności testów z dnia na dzień oraz pomóc w wykrywaniu wzrostu wartości błędów przypadkowych lub systematycznych wynikających ze zmiany odczynników z serii na serię, zmienności zależnej od wykonawcy oraz błędnych wskazań urządzeń pomiarowych. Ten produkt jest przeznaczony do diagnostyki in vitro.

Charakterystyka i wyjaśnienieWzrasta wykorzystanie metod opartych o sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) w laboratoriach klinicznych, co pociąga za sobą konieczność standaryzacji procedur, protokołów i materiałów, niezbędnej do zapewnienia spójności wyników uzyskiwanych w różnych laboratoriach, z wykorzystaniem różnych urządzeń pomiarowych i platform analitycznych oraz przez różnych laborantów.

Urzędy i agendy rządowe, stowarzyszenia zawodowe i inicjatywy publiczne odpowiadają na gwałtowny wzrost użycia technik NGS w laboratoriach klinicznych, wydając zalecenia dotyczące kontroli jakości (QC) laboratoryjnych testów diagnostycznych. Na przykład Stowarzyszenie Patologów Amerykańskich (College of American Pathologists, CAP) wymaga od laboratoriów klinicznych użycia kontroli pozytywnych w każdym wykonywanym oznaczeniu z zakresu patologii molekularnej1. W innych wytycznych, np. obowiązujących w stanie Nowy Jork, podawany jest skład kontroli zawierającej niewielkie ilości wielu wariantów każdego rodzaju2, zaś grupa robocza Nex-StoCT Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorobom (Centers for Disease Control and Prevention, CDC) zaleca używanie materiałów zawierających większość lub wszystkie warianty3.

AcroMetrix Oncology Hotspot, jako wysoce multipleksowa kontrola jakości DNA o zastrzeżonym składzie, została zaprojektowana, aby dostarczyć laboratoriom odpowiednie kontrole do setek amplikonów oznaczanych w panelach NGS. Zawiera ponad 500 mutacji wybranych z bazy COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) w pięciu wariantach różniących się liczbą nukleotydów. Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot obejmuje 53 geny: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL.

Zasady oznaczeniaKontrola AcroMetrix Oncology Hotspot składa się z mieszaniny syntetycznego i genomowego DNA w stabilizowanym buforowanym roztworze. Genomowe DNA pozyskano z tej samej linii komórkowej (GM24385), która jest używana do produkcji materiałów wzorcowych Genome in a Bottle przez Narodowy Instytut Standaryzacji i Technologii USA (National Institute of Standards and Technology, NIST). Syntetyczny DNA, obecny w małych ilościach, służy wprowadzeniu setek wariantów często identyfikowanych jako mutacje somatyczne w nowotworach. Wszystkie 521 wariantów zostało potwierdzonych przez sekwencjonowanie metodą Sangera.

Tabela 1. Rozkład rodzajów wariantów w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot

Docelowy zakres częstości

Warianty syntetyczne Warianty genomowe

5-15% 15-35% ND

Warianty różniące się pojedynczym nukleotydem

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* Warianty wykrywane w genomowym DNA zostały potwierdzone przy użyciu publicznie dostępnej informacji na temat sekwencji genomu linii GM24385. Warianty genomowe będą uaktualniane w miarę dostępności informacji uzyskiwanych z materiału wzorcowego Genome in a Bottle.

Odczynniki kontrolne

Numer katalogowy Nazwa kontroli Ilość

969056 Kontrola AcroMetrix® Oncology Hotspot 3 × 25 µl

Ostrzeżenia i środki ostrożnościKontrola AcroMetrix Oncology Hotspot zawiera DNA bez kapsydu. Jakkolwiek nie ma danych świadczących o tym, że DNA bez kapsydu jest niebezpieczny, zaleca się traktowanie tego produktu jako stwarzającego potencjalne zagrożenie biologiczne. Należy przestrzegać ogólnych środków ostrożności, aby zapobiec przeniesieniu czynników zakaźnych podczas pracy z materiałem.4,5,6

Nie należy pipetować ustami. Należy używać środków ochrony osobistej, w tym odzieży laboratoryjnej, rękawic i okularów bezpieczeństwa. Nie należy jeść, pić ani palić w pomieszczeniach, gdzie pracuje się z preparatami.

Płyny, materiały i wycieki należy dezynfekować 0,5% roztworem podchlorynu sodu. Wszystkich materiałów i płynów użytych podczas procedury należy pozbywać się w sposób przewidziany dla odpadów zawierających czynniki patogenne.

Ten produkt zawiera 0,0095% ProClin™ 950 jako środek konserwujący.

Kartę charakterystyki substancji (MSDS) dla tego produktu można znaleźć pod numerem katalogowym 917335.

Instrukcja przechowywaniaPrzechowywać w temperaturze nie wyższej niż -20°C. Nie należy używać tego produktu po upływie terminu ważności wydrukowanego na etykiecie.

Aby uniknąć zanieczyszczenia, podczas pracy z produktem należy używać standardowych technik zgodnie z zasadami dobrej

praktyki laboratoryjnej.

Instrukcja użyciaKontrolę AcroMetrix Oncology Hotspot należy rozmrozić w temperaturze pokojowej, delikatnie zworteksować i krótko odwirować w wirówce (4–6 sekund), aby zebrać zawartość probówki na dnie.

DNA kontrolny należy dodać jako niezależną próbkę na etapie przygotowywania biblioteki podczas pracy techniką NGS. Kontrola AcroMetrix Oncology Hotspot powinna być traktowana podobnie do genomowego DNA izolowanego rutynowo z próbek i oznaczana w tym samym czasie co zwykłe próbki.

Kontrolę AcroMetrix Oncology Hotspot można poddać maksymalnie pięciu cyklom rozmrażania i zamrażania. Co więcej, produkt można przechowywać w temperaturze 2–8°C przez 6 dni, używając go w tym czasie do czterech razy.

Interpretacja wynikówWyniki oznaczenia poszczególnych wariantów Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot mogą różnić się w zależności od metody przygotowywania biblioteki, techniki sekwencjonowania i opracowania bioinformatycznego. Aby ustalić wyjściową wydajność, użytkownik powinien uwzględnić wyniki wielu oznaczeń wykonywanych w różnych warunkach (np. przez różnych operatorów, różnymi zestawami, w różnych dniach), co pozwoli na stworzenie listy oczekiwanych wariantów w danym laboratorium. Po ustaleniu zakresu pracy, lista wariantów oczekiwanych może zostać użyta do porównywania kolejnych wyników oznaczeń prowadzonych za pomocą Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot.

Wyniki oczekiwaneW celu określenia jak wiele spośród wariantów obecnych w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot może zotać wykrytych techniką NGS, przygotowano trzy panele próbne różniące się sposobem przygotowywania biblioteki: Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) oznaczany za pomocą Personal Genome Machine™ (PGM™), TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) za pomocą MiSeq™ i TruSight™ Tumor Panel (TSTP) za pomocą MiSeq.

W każdym z paneli próbnych do przygotowania biblioteki wykorzystano następujące objętości wyjściowe kontroli:

Panel próbny - przygotowanie biblioteki Objętość Kontroli AcroMetrix® Oncology Hotspot

Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 2,5 µl

TruSeq Amplicon Cancer Panel 5 µl

TruSight Tumor Panel 10 µl (na każdą przygotowywaną bibliotekę)

W każdym z paneli sprawdzano dwie serie Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot w dwóch powtórzeniach, w co najmniej dwóch ośrodkach. Dodatkowe ośrodki testowały tylko jedną z serii co najmniej dwa razy lub obie serie naraz. Źródłem zmienności między ośrodkami mogą być różne aparaty pomiarowe, operatorzy i ogólne schematy pracy. Znaczący wkład w zmienność wyników może mieć także zróżnicowanie technik bioinformatycznych.

Rycina 1. Wyniki dla różnych ośrodków i paneliŚrednia liczba różnych rodzajów wariantów wykrywanych w Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot Control jest przedstawiona na ośrodek i zgrupowana w panelach. Uwaga: Całkowita liczba wariantów danego typu jest różna w różnych panelach.

Aby ocenić wykrywalność konkretnych wariantów przez różne panele, wybrano dwadzieścia dwa warianty o znaczeniu klinicznym testowane w trzech panelach.

Rycina 2. Wykrywalność 22 wybranych wariantów pomiędzy panelamiW analizie uwzględniono dane z ośrodków, które testowały dwie serie kontroli co najmniej raz lub jedną serię co najmniej dwa razy. Kolorem granatowym oznaczono pozytywny wynik detekcji, zaś jasnoszarym jej brak. Wyraźnie widoczne są różnice pomiędzy ośrodkami, nawet wykorzystującymi tę samą metodę przygotowywania biblioteki, co wskazuje, że na końcowy wynik prawdopodobnie duży wpływ mają techniki bioinformatyczne.

Podsumowanie wydajności metod dla wszystkich wariantów znajduje się na stronie produktu w witrynie Thermo Scientific: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Wyniki prezentowane przez Producenta służą wyłącznie celom informacyjnym. Końcowy użytkownik odpowiada za ustalenie własnych kryteriów wydajności.

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone. ProClin jest znakiem towarowym Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq i TruSight są znakami towarowymi Illumina, Inc. Wszystkie pozostałe znaki towarowe są własnością Thermo Fisher Scientific lub jej spółek zależnych.

Aktualną wersję ulotki można pobrać z witryny:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAUSA — wsparcie dla klientów i pomoc techniczna1-800-232-3342

MAN0010820-B-PL2015 02

Legenda oznaczeń na etykiecie

Kod partii

Użyć do

Producent

Ograniczenia temperaturowe

Zagrożenie biologiczne

Numer katalogowy

Użycie do diagnostyki in vitro

Europejski znak zgodności

Autoryzowany przedstawiciel

Ostrzeżenie

Microgenics Corporation jest spółką zależną w całości należącą do Thermo Fisher Scientific Inc.

OgraniczeniaKontrola AcroMetrix Oncology Hotspot jest przeznaczona do użytku diagnostycznego In vitro. Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot nie należy używać jako zamiennika kontroli wewnętrznych dostarczanych przez producentów zestawów odczynnikowych do analiz in vitro.

Literatura1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, i in. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Zalecenia dotyczące zapobieganiu

transmisji HIV w placówkach służby zdrowia (Recommendations for prevention of HIV transmission in health care settings). MMWR 1987; 36 (Suplement nr 2S).

5. Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Uaktualnienie: Ogólne środki zapobiegania transmisji wirusa ludzkiego niedoboru odporności, wirusa zapalenia wątroby typu B i innych patogenów krwiopochodnych w placówkach służby zdrowia (Universal precautions for prevention of transmission of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus, and other bloodborne pathogens in health-care settings). MMWR 1988; 37:377-388.

6. Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorób (Centers for Disease Control, CDC). Wytyczne dotyczące zapobieganiu zakażeniom wirusem ludzkiego niedoboru odporności i wirusem zapalenia wątroby typu B pracowników służby zdrowia i bezpieczeństwa publicznego (Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers). MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.

Aby oszacować powtarzalność serii Kontroli AcroMetrix Oncology Hotspot, przygotowano dwie serie kontroli, które badano w 4 ośrodkach za pomocą systemu Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Każda z serii była testowana 1–2 razy w każdym z ośrodków.

Rycina 3. Powtarzalność z serii na serię Wykresy skrzynkowe dla częstości wariantów oznaczonych techniką NGS pogrupowano z uwagi na częstość i typ wariantu docelowego. Podobieństwo wartości trzecich kwartyli, pierwszych kwartyli i median (oznaczonych czerwono) dla serii 1 i 2 dla każdego z typów danego wariantu wskazuje powtarzalność wykrywania w różnych seriach tej samej kontroli.

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AcroMetrix™ Controlo de Hotspot Oncológico Para utilização em diagnóstico in vitro

969056 Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix

AplicaçãoO Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix destina-se à utilização nos ensaios de sequenciação de nova geração (SNG), concebidos para a identificação de mutações somáticas no ADN de amostras humanas. O controlo destina-se a fornecer um meio para avaliar a variação diária dos testes e pode ajudar na identificação de acréscimos de erros aleatórios ou sistemáticos, tais como alterações de lotes de reagentes, desvios dos operadores e avarias de instrumentos. Este produto destina-se à utilização em diagnóstico in vitro.

Resumo explicativoA utilização de métodos de sequenciação de nova geração (SNG) em ambiente laboratorial clínico está em crescimento, afetando a necessidade de uniformização dos procedimentos, protocolos e materiais, de forma a assegurar a consistência dos resultados de testes entre laboratórios, instrumentos e plataformas de ensaios e operadores.

As diversas agências reguladoras, sociedades profissionais e iniciativas públicas responderam ao rápido crescimento dos testes clínicos de SNG publicando diretrizes sobre o controlo de qualidade (CQ) dos testes clínicos laboratoriais. Por exemplo, a lista de verificação de patologia molecular da CAP exige que os laboratórios utilizem controlos positivos em cada ensaio1. Outros, tais como as diretrizes do Estado de Nova Iorque, especificam controlos de baixa frequência contendo diversas variantes de cada tipo2, enquanto o grupo de trabalho Nex-StoCT do CDC recomenda a utilização de materiais que contenham a maioria ou todas as variantes3.

Enquanto controlo de qualidade de ADN patenteado altamente multiplexado, o Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix foi concebido para permitir que os laboratórios controlem as centenas de amplicons visados pelos painéis de SNG. Contém mais de 500 mutações da base de dados Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) e possui cinco tipos de variantes de comprimentos de nucleótido diferentes. Os 53 genes representados no Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix são: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Princípios do procedimentoO Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix consiste numa mistura de ADN sintético e ADN genómico numa solução-tampão estabilizada. O ADN genómico deriva da mesma linha celular (GM24385) utilizada no desenvolvimento do material de referência Genome in a Bottle do NIST. O ADN sintético, presente a baixas frequências, introduz centenas de variantes que são encontradas frequentemente como mutações somáticas no cancro. Estas 521 variantes foram todas confirmadas por sequenciação através do método de Sanger.

Tabela 1 Distribuição dos tipos de variantes no Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix

Intervalo de frequência-alvo

Variantes sintéticas Variantes genómicas

5-15% 15-35% N/A

Variantes de nucleótidos simples 317 155 32*

Variantes de múltiplos nucleótidos

0 2 0

Deleções 15 14 0

Inserções 9 8 2*

Variantes complexas 0 1 0

* As variantes detetadas no ADN genómico foram confirmadas utilizando informação de sequenciação de genoma completo disponíveis publicamente para GM24385. As variantes genómicas serão atualizadas à medida que ficarem disponíveis informações do material de referência de Genome in a Bottle.

Reagentes de controlo:

Número de referência

Nome do controlo Quantidade

969056 Controlo de Hotspot oncológico AcroMetrix 3 x 25 µL

Avisos e precauçõesO Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix contém ADN não encapsidado. Apesar de o ADN não encapsidado não ser considerado perigoso, recomenda-se que o produto seja manuseado como perigo biológico potencial. Devem ser respeitadas as precauções universais de prevenção de transmissão de agentes infeciosos ao manusear este material.4,5,6

Não pipete pela boca. Utilize equipamento de proteção individual, incluindo batas laboratoriais, luvas e óculos de proteção. Não coma, não beba e não fume nas áreas de manuseamento das amostras.

Desinfete líquidos, materiais e derramamentos com uma solução de hipoclorito de sódio a 0,5%. Elimine todos os materiais e líquidos utilizados no procedimento como se contivessem agentes patogénicos.

Este produto contém ProClin™ 950 a 0,0095% como conservante.

As Fichas de Dados de Segurança do Produto (MSDS) podem ser consultadas através da referência MSDS 917335.

Instruções de armazenamentoArmazene a -20 °C ou abaixo. Não utilize este produto além do prazo de validade impresso no rótulo.

Para evitar a contaminação, utilize técnicas padrões e boas práticas laboratoriais ao manusear o produto.

Instruções de utilizaçãoDescongele o Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix à temperatura ambiente, agite ligeiramente e centrifugue de forma intermitente (4-6 segundos) para recolher o conteúdo no fundo do tubo.

Introduza o ADN de controlo como uma amostra independente no passo de preparação da biblioteca no fluxo de trabalho de SNG. O Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix deve ser tratado de forma semelhante ao ADN genómico extraído de amostras de rotina e testado em paralelo com amostras de rotina.

Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix pode ser sujeito a um máximo de cinco ciclos de congelação-descongelação. Além disso, o produto pode ser guardado a 2-8 °C durante 6 dias com um máximo de quatro utilizações.

Interpretação dos resultadosOs resultados da deteção de variações do Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix podem diferir de acordo com o método de preparação da biblioteca, o método de sequenciação e o pipeline de bioinformática. Para definir um desempenho de referência, o utilizador deve incluir os resultados de diversos ensaios em diferentes condições (por ex., operador, ensaio, dia) para criar uma lista de variantes esperadas específica do seu laboratório. Quando o intervalo de desempenho for compreendido, a lista de variantes esperadas pode ser utilizada para comparar cada resultado posterior do Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix.

Resultados esperadosPara testar quantas variantes do Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix poderiam ser detetadas por SNG, foram utilizados três painéis de teste de preparação da biblioteca diferentes: o Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) na Personal Genome Machine™ (PGM™), o TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) no MiSeq™ e o TruSight™ Tumor Panel (TSTP) no MiSeq.

Os seguintes volumes de introdução do controlo foram utilizados em cada painel de teste de preparação da biblioteca:

Painel de teste de preparação da biblioteca

Volume de Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix



TruSight Tumor Panel 10 µL (em cada preparação da biblioteca)

Para cada painel, foram testados em duplicado dois lotes do Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix, em pelo menos dois laboratórios. Os laboratórios adicionais apenas testaram um dos lotes pelo menos duas vezes ou ambos os lotes uma vez. As fontes de variação entre laboratórios incluem instrumentos, operadores e fluxos de trabalho gerais diferentes. Da mesma forma, a variação nos fluxos bioinformáticos pode ter contribuído de forma significativa para a variação dos resultados do desempenho.

Figura 1. Desempenho entre laboratórios e painéis diferentesO número médio de variantes de tipos diferentes detetado no Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix é indicado por laboratório e agrupado por painel. Nota: O número total de variantes de cada tipo é diferente para cada painel.

Para avaliar a deteção de variantes específicas em painéis diferentes, foram selecionadas vinte e duas variantes clinicamente relevantes, visadas por três painéis.

Figura 2. Deteção de 22 variantes selecionadas entre painéisA análise foi realizada com dados de laboratórios que testaram dois lotes do controlo pelo menos uma vez ou um lote pelo menos duas vezes. A deteção é indicada a azul e a ausência indicada a cinzento-claro. As diferenças entre laboratórios são aparentes, inclusive entre os que utilizam o mesmo método de preparação da biblioteca, indicando a probabilidade do forte impacto do pipeline da bioinformática no desempenho.

Está disponível um resumo do desempenho entre métodos para todas as variantes no site da Thermo Scientific: www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Os resultados fornecidos pelo fabricante são fornecidos unicamente a título informativo. O utilizador final é responsável por definir os seus próprios critérios de desempenho.

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. Todos os direitos reservados. ProClin é uma marca comercial da Rohm and Haas Company. TruSeq, MiSeq e TruSight são marcas comerciais da Illumina, Inc. Todas as outras marcas comerciais são propriedade da Thermo Fisher Scientific ou das empresas afiliadas.

Poderá obter atualizações do folheto em:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAAssistência técnica e ao cliente nos EUA:1-800-232-3342

MAN0010820-B-PT2015 02

Legenda dos símbolos utilizados

Lote

Validade

Fabricante

Intervalo de temperatura

Risco biológico

Número de referência

Utilização em diagnóstico in vitro

Símbolo de conformidade da União Europeia

Representante autorizado

Cuidado

A Microgenics Corporation é uma filial detida na totalidade pela Thermo Fisher Scientific Inc.

LimitaçõesO Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix destina-se à utilização em diagnóstico in vitro. O Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix não se destina à utilização como substituto dos controlos internos fornecidos por fabricantes de kits de diagnóstico in vitro.

Bibliografia1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards.3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control (CDC). Recommendations for prevention of HIV transmission

in health care settings. MMWR 1987; 36 (suplemento n.º 2S).5. Centers for Disease Control (CDC). Atualização: Universal precautions for prevention of



Para avaliar a consistência entre lotes de produção do Controlo de Hotspot Oncológico AcroMetrix, foram realizados e testados dois lotes do controlo em quatro laboratórios utilizando o Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2. Cada lote foi testado uma ou duas vezes em cada laboratório.

Figura 3. Consistência lote a loteOs gráficos de caixas para as frequências observadas por SNG foram agrupados por frequência-alvo e tipo de variante. Os quartis superiores, inferiores e medianos semelhantes (indicados a vermelho) entre o Lote 1 e o Lote 2 para cada tipo de variante demonstram a consistência de deteção entre diferentes lotes do mesmo controlo.

Freq

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AcroMetrix™ Oncology Hotspot Control In vitro diagnosztikai használatra


RendeltetéseAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control a humán mintákból származó DNS szomatikus mutációinak kimutatására tervezett, következő generációs szekvenálási (NGS) próbákkal használandó. A kontroll rendeltetése, hogy eszközt biztosítson a tesztek napról-napra előforduló változásainak felméréséhez, és segíthet a véletlen vagy szisztematikus hiba (pl. reagenskészlet megváltozása, üzemeltetőtől függő eltérések, a műszer hibás működése) növekedésének azonosításában. Ez a termék in vitro diagnosztikai használatra szolgál.

Összefoglaló és magyarázatA következő generációs szekvenálási (NGS) módszerek használata nő a klinikai laboratóriumi környezetben, kihatva az eljárások, protokollok és anyagok szabványosításának szükségességére annak érdekében, hogy a különböző laboratóriumok, műszer- és vizsgálati platformok, illetve laboratóriumi kezelők közötti következetes vizsgálati eredmények biztosíthatók legyenek.

Különböző szabályozó ügynökségek, professzionális egyesületek és nyilvános kezdeményezések a klinikai laboratóriumi vizsgálat során végzett minőségellenőrzés (QC) szempontjaira vonatkozó útmutatók kiadásával reagáltak az NGS klinikai vizsgálat gyors növekedésére. Például a CAP molekuláris patológiai ellenőrzőlista megkívánja, hogy a klinikai laborok pozitív kontrollokat használjanak minden vizsgálatban1. Mások, pl. New York állam útmutatói mindegyik fajta2 több variánsát tartalmazó alacsony frekvenciájú kontrollokat adnak meg, míg a CDC Nex-StoCT munkacsoport olyan anyagok használatát javasolja, amelyek a legtöbb vagy az összes variánst tartalmazzák3.

Nagymértékben összetett, saját tulajdonjogú DNS minőségellenőrzésként az AcroMetrix Oncology Hotspot Control rendeltetése, hogy lehetővé tegye a laboratóriumoknak az NGS-panelek által megcélzott több száz amplikon kontrollálását. Ötszáznál több mutációt tartalmaz a szomatikus rákmutációk katalógusa (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer, COSMIC) adatbázisból, és öt eltérő nukleotidhosszúságú variánstípussal rendelkezik. Az AcroMetrix Oncology Hotspot Control az alábbi 53 gént képviseli: ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL.

Az eljárás alapelveiAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control szintetikus DNS és genom DNS keverékét tartalmazza pufferezett oldatban. A genom DNS ugyanabból a sejtsorozatból (GM24385) van levezetve, amelyet a NIST Genome in a Bottle (genom palackban) referenciaanyag kifejlesztésére használtak. Az alacsony frekvenciákon jelenlévő szintetikus DNS a rák szomatikus mutációiban gyakran megtalálható variánsok százait vezeti be. A 521 variáns mindegyikét igazolták Sanger-szekvenálással.

1. táblázat: A variánstípusok eloszlása az AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyagban

Cél frekvenciatartomány

Szintetikus variánsok Genomvariánsok

5–15% 15–35% N/A

Egyetlen nukleotidvariáns 317 155 32*

Több nukleotidvariáns 0 2 0

Törlések 15 14 0

Beszúrások 9 8 2*

Komplex variánsok 0 1 0

* A genom DNS-ben észlelt variánsok igazolása a GM24385-re nyilvánosan rendelkezésre álló, teljes genom szekvenálási információ használatával történt. A genom variánsok frissítése megtörténik, amint információ rendelkezésre áll a Genome in a Bottle referenciaanyagból.

Kontrollreagensek

Katalógusszám Kontroll neve Mennyiség


Figyelmeztetések és óvintézkedésekAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control nem beágyazott DNS-t tartalmaz. Noha nem ismeretes, hogy a nem beágyazott DNS veszélyes lenne, javasolt a termék potenciális biológiai kockázatként való kezelése. Tartsa be a fertőző ágensek átadásának megelőzésére vonatkozó univerzális óvintézkedéseket az anyagok kezelésekor.4,5,6

Tilos cseppentőbe szájjal felszívni. Használjon személyi védőfelszerelést, többek között laboratóriumi köpenyt, kesztyűt és védőszemüveget. Tilos enni, inni vagy dohányozni olyan helyen, ahol a mintákat kezelik.

Fertőtlenítse a folyadékokat, anyagokat vagy kifreccsenéseket 0,5%-os nátrium-hipoklorit oldattal. Az eljárásban használt minden anyagot és folyadékot úgy helyezzen hulladékba, mintha patogén ágenseket tartalmaznának.

Ez a termék 0,0095% ProClin™ 950 anyagot tartalmaz tartósítószerként.

Az anyagbiztonsági adatlap (MSDS) megtalálható a 917335 MSDS termékkód alatt.

Tárolási utasításokTárolja –20 °C-on vagy alatta. Ne használja a terméket a címkére nyomtatott lejárati időn túl.

A szennyeződés elkerülése végett használjon standard technikákat és jó laboratóriumi gyakorlatot a termék kezelésekor.

Használati utasításEngedje fel az AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyagot szobahőmérsékleten, óvatosan keverje, majd impulzus-centrifugálja (4-6 másodpercig), hogy a tartalmat összegyűjtse a kémcső alján.

Vezesse be a kontroll DNS-t független mintaként az NGS-munkafolyamatba a könyvtárkészítési lépésnél. Az AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyagot ugyanúgy kell kezelni, mint a rutin mintákból kivont genom DNS-t, és a rutin mintákkal párhuzamosan kell futtatni.

Az AcroMetrix® Oncology Hotspot Control anyagot maximum öt fagyasztási-felengedési ciklusnak szabad kitenni. Ezenkívül a termék 2-8 °C-on 6 napig tárolható, maximum négy használat mellett.

Az eredmények értelmezéseAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyag variánsészlelési eredményei különbözhetnek a könyvtárkészítési módszer, a szekvenálási módszer és a bioinformatikai folyamat szerint. Az alapteljesítmény meghatározása céljából a felhasználónak be kell foglalnia az eredményeket több különféle feltétel (pl. üzemeltető, futam, nap) mellett végrehajtott futamból, hogy létrehozza a saját laboratóriumára specifikus, várható variánslistát. Ha megtörtént a teljesítménytartomány megértése, a várható variánslista felhasználható az AcroMetrix Oncology Hotspot Control minden további futameredményének összehasonlítására.

Várható eredményekAnnak ellenőrzésére, hogy az AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyag hány variánsának észlelésére képes az NGS, három különböző könyvtárkészítési tesztpanelt használtak: az Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (CHPv2) a Personal Genome Machine™ (PGM™) eszközön, a TruSeq™ Amplicon Cancer Panel (TSACP) anyag a MiSeq™ eszközön és a TruSight™ Tumor Panel (TSTP) anyag a MiSeq™ eszközön.

A kontroll alábbi bemeneti mennyiségeit használták az egyes könyvtárkészítési tesztpanelekben:

Könyvtárkészítési tesztpanel Az AcroMetrix Oncology Hotspot Control mennyisége



TruSight Tumor Panel 10 µL (mindegyik könyvtárkészítéshez)

Mindegyik panelhez az AcroMetrix Oncology Hotspot Control két tételét ellenőrizték duplikátumként, legalább két helyen. További helyek csak a tételek egyikét ellenőrizték legalább kétszer, vagy mindkét tételt egyszer. A helyek közötti variációk az alábbiakat foglalhatják megukban: különböző műszerek, kezelők és általános munkafolyamat. A bioinformatikai folyamat megváltozása is jelentősen hozzájárulhatott a teljesítményeredmények megváltozásához.

1. ábra: Teljesítmény különböző helyek és panelek közöttAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyagban észlelt különböző típusok variánsainak átlagos száma helyenként van jelentve és panelenként csoportosítva. Megjegyzés: Az egyes típusok variánsainak teljes száma különböző minden panelre.

A specifikus variánsok észlelésének különböző panelek esetén való értékeléséhez három panel által megcélzott 22 klinikailag releváns variáns kiválasztása történt meg.

2. ábra: 22 kiválasztott variáns észlelése különböző panelekreElvégezték a kontroll két tételét legalább egyszer ellenőrző, illetve a kontroll egy tételét legalább kétszer ellenőrző helyekről származó adatok elemzését. Az észlelést sötétkék szín jelzi, a hiányt pedig világosszürke. A helyről helyre fellépő különbségek nyilvánvalóak, még az azonos könyvtárkészítési módszert használók között is, jelezve, hogy a bioinformatikai folyamat valószínűleg jelentősen befolyásolja a teljesítményt.

Az összes variánsra a teljesítmény módszerek szerinti összefoglalása megtalálható a Thermo Scientific webhely termékoldalán: www.thermoscientific.com/qualitycontrols.

Az eredményeket a gyártó csak tájékoztatás céljából bocsátotta rendelkezésre. A végfelhasználó a felelős saját teljesítménykritériumainak létrehozásáért.

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© Thermo Fisher Scientific Inc., 2015. Minden jog fenntartva. A ProClin a Rohm and Haas Company védjegye. A TruSeq, a MiSeq és a TruSight az Illumina, Inc. védjegyei. Minden más védjegy a Thermo Fisher Scientific vagy leányvállalatainak tulajdona.

A tájékoztató frissítése itt található:www.thermoscientific.com/qualitycontrols

Microgenics Corporation46500 Kato RoadFremont, CA 94538 USAÁltalános és műszaki ügyfélszolgálat az USA-ban:1-800-232-3342

MAN0010820-B-HU2015 02

A Microgenics Corporation a Thermo Fisher Scientific Inc. kizárólagos tulajdonában álló leányvállalata.

KorlátozásokAz AcroMetrix Oncology Hotspot Control rendeltetése In vitro diagnosztikai használat. Az AcroMetrix Oncology Hotspot Control anyagnak nem rendeltetése az in vitro diagnosztikai készletek gyártói által szolgáltatott belső kontrollok helyettesítése

Hivatkozások1. College of American Pathologists (CAP) Laboratory Accreditation Checklist (Amerikai Patológusok Testülete,

Akkreditációs ellenőrzőlista)2. New York State Clinical Laboratory Evaluation Program (CLEP) Laboratory Standards. (New York Állam klinikai

laboratóriumi értékelési program, laboratóriumi szabványok)3. Gargis AS, et al. Nature Biotechnology. 30, 1033–1036 (2012).4. Centers for Disease Control, CDC (Betegségmegelőzési és Járványügyi Hivatal). Recommendations for prevention of

HIV transmission in health care settings. (Javaslatok a HIV-fertőzés megelőzésére egészségügyi intézményekben.) MMWR 1987; 36 (supplement no. 2S).

5. Centers for Disease Control, CDC (Betegségmegelőzési és Járványügyi Hivatal). Update: Universal precautions for prevention of transmission of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus, and other airborne pathogens in health-care settings (Friss adat: A humán immunhiányvírus, a hepatitis B vírus és más vérrel terjedő patogének egészségügyi intézményi terjedését megelőző univerzális elővigyázatossági intézkedések.) MMWR 1988; 37:377-388.

6. Centers for Disease Control, CDC (Betegségmegelőzési és Járványügyi Hivatal). Guidelines for prevention of transmission of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus to health-care and public-safety workers. (Útmutató a humán immunhiányvírus és a hepatitis B vírus egészségügyi és közbiztonsági dolgozóknak való átadásának megelőzésére.) MMWR 1989; 38(S-6): 1-36.

Az AcroMetrix Oncology Hotspot Control termelési tételei közötti konzisztencia felmérése céljából elkészítették a kontroll két tételét, majd ellenőrizték négy helyen, az Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 használatával. Minden tételt 1-2-szer ellenőriztek minden helyen.

3. ábra: Konzisztencia tételről tételre Az NGS által megfigyelt frekvenciák oszlopdiagramjai célfrekvencia és variánstípus szerint vannak csoportosítva. Minden variánstípusra az 1. tétel és a 2. tételek közötti hasonló felső negyedek, alsó negyedek és középérték (pirossal jelezve) demonstrálják, hogy az észlelés konzisztens az azonos kontroll különböző tételei között.

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Hőmérséklet-korlátozás

Biológiai veszély

Katalógusszám

In vitro diagnosztikai felhasználás

Megfelel az EU-szabályozásnak

Meghatalmazott képviselő

Vigyázat

acrometrix™ oncology hotspot control · pdf filefigure 1. performance across different...

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