a molecular phylogeny of the acacias of the knp · pdf filesamanea saman lysiloma acapulcensis...
Post on 19-Mar-2018
220 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Mariosousa“Acacia coulteri” group:
AcaciellaSection Filicinae
SenegaliaSection Spiciflorare
Subgenus Aculeiferum
VachelliaSubgenus Acacia
AcaciaAcaciaSubgenus Phyllodineae
Acacia treated as multiple genera
Acacia treated as a single genus
Classification of Acacia (Maslin, 2005)
Aims of the project
To produced a molecular phylogenetic tree of Acacia species and close relatives occurring in the Kruger National Park
Material and Methods
Number of samples = 109
matK/trnK; trnL-F; psbA-trnH
Maximum Parsimony & Bayesian Analysis
Acacia permixtaAcacia exuvialisAcacia karrooAcacia borleaAcacia swazicaAcacia xanthophloeaAcacia davyiAcacia tortilisAcacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodiiAcacia niloticaVachellia pennatulaVachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosaAcacia burkeiiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia erubescensAcacia polycanthaAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia modestaAcacia caffraAcacia ataxacanthaAcacia macrostachyaAcacia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia roemerianaSenegalia berlandieriSenegalia sororiaAcaciella glaucaAcaciella angustissima var angustissimaAcaciella bolivianaAcacia melanoxylonAcacia mearnsiiAcacia elataAcacia tumidaAcacia coleiAcacia translucensAcacia lycopodiifoliaAcacia spinescensAcacia amplicepsParaserianthes lopanthaHarvadia pallensHavardia albicansEbenopsis ebanoAlbizia kalkoraAlbizia sinaloensisEnterolobium contortisiliquumEnterolobium cyclocarpumCathormion umbellatumInga edulisZygia latheticaSamanea samanLysiloma acapulcensisLysiloma tergeminumChloroleucon mangensePseudosamanea guachapelePararchidendron pruinosumFaidherbia albidaZapoteca tetragonaMariosausa coulteriMariosousa dolichostachyaMariosousa usumacintensisMariosausa acatlensisMariosousa salazariMariosousa willardianaMimosa tenuifloraPiptadenia peruvianaPiptadenia minutifloraPiptadenia stipulaceaPseudopiptadenia contortaPseudopiptadenia suaveolensStryphnodendron porcatumStryphnodendron rotundifoliumParapiptadenia rigidaParapiptadenia pterospermaMicrolobius foetidusAnadenanthera colubrineCalliandropsis nervosusGagnebina bakoliaeAlantsilodendron pilosumDichrostachys richardianaProsopidastrum mexicanumProsopis glandulosa var torreyanaProsopis pallidaDesmanthus bicornutusDesmanthus cooleyiLeucaena leucocephalaLeucaena retusaNeptunia monospermaAdenanthera pavoninaPiptadeniastrum africanumNewtonia buchananiiNewtonia hildebrandtii
1.0�100
1.0�98
1.0�67
1.0�100
1.0�99
0.93�71
1.0�54
1.0�71
1.0�74
1.0�98
0.991.0
0.94�66
1.0�70
1.0�98
1.0�81
1.0�69
0.93�78
1.0�75
1.0�100
1.0�99
0.68
0.97�57
1.0�93 0.97�
66
1.0�78
1.0�90
1.0�99
1.0�96
1.0�77
1.0�100
1.0�100
1.0�61
1.0�57
1.0�67
1.0�76
1.0�100
1.0�59
1.0
1.0�82
1.0�92
1.0�100
1.0�89 0.80�
65
1.0�89
0.93�65
1.0�100
1.0�100
�991.0�100
�55
1.0�100
1.0�82
1.0�75
1.0�99 1.0�
69
1.0�100
0.88�67
0.720.70
1.0�85
1.0�951.0�100
1.0�100
0.63
1.0�99
1.0�71
1.0�99
0.56�54
1.0�971.0�97
1.0�100
Vachellia
Senegalia
Acaciella
Acacia
Ingeae
Mariosousa
Mimosea
CladeA100 BP
PP 1.0
CladeB75 BP
PP 1.0
CladeC
67 BPPP 1.0
TL=2225 stepsCI=0.7RI=0.8
Acacia permixtaAcacia exuvialisAcacia karrooAcacia borleaAcacia swazicaAcacia xanthophloeaAcacia davyiAcacia tortilisAcacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodiiAcacia niloticaVachellia pennatulaVachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosaAcacia burkeiiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia erubescensAcacia polycanthaAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia modestaAcacia caffraAcacia ataxacanthaAcacia macrostachyaAcacia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia roemerianaSenegalia berlandieriSenegalia sororiaAcaciella glaucaAcaciella angustissima var angustissimaAcaciella bolivianaAcacia melanoxylonAcacia mearnsiiAcacia elataAcacia tumidaAcacia coleiAcacia translucensAcacia lycopodiifoliaAcacia spinescensAcacia amplicepsParaserianthes lopanthaHarvadia pallensHavardia albicansEbenopsis ebanoAlbizia kalkoraAlbizia sinaloensisEnterolobium contortisiliquumEnterolobium cyclocarpumCathormion umbellatumInga edulisZygia latheticaSamanea samanLysiloma acapulcensisLysiloma tergeminumChloroleucon mangensePseudosamanea guachapelePararchidendron pruinosumFaidherbia albidaZapoteca tetragonaMariosausa coulteriMariosousa dolichostachyaMariosousa usumacintensisMariosausa acatlensisMariosousa salazariMariosousa willardianaMimosa tenuifloraPiptadenia peruvianaPiptadenia minutifloraPiptadenia stipulaceaPseudopiptadenia contortaPseudopiptadenia suaveolensStryphnodendron porcatumStryphnodendron rotundifoliumParapiptadenia rigidaParapiptadenia pterospermaMicrolobius foetidusAnadenanthera colubrineCalliandropsis nervosusGagnebina bakoliaeAlantsilodendron pilosumDichrostachys richardianaProsopidastrum mexicanumProsopis glandulosa var torreyanaProsopis pallidaDesmanthus bicornutusDesmanthus cooleyiLeucaena leucocephalaLeucaena retusaNeptunia monospermaAdenanthera pavoninaPiptadeniastrum africanumNewtonia buchananiiNewtonia hildebrandtii
1.0�100
1.0�98
1.0�67
1.0�100
1.0�99
0.93�71
1.0�54
1.0�71
1.0�74
1.0�98
0.991.0
0.94�66
1.0�70
1.0�98
1.0�81
1.0�69
0.93�78
1.0�75
1.0�100
1.0�99
0.68
0.97�57
1.0�93 0.97�
66
1.0�78
1.0�90
1.0�99
1.0�96
1.0�77
1.0�100
1.0�100
1.0�61
1.0�57
1.0�67
1.0�76
1.0�100
1.0�59
1.0
1.0�82
1.0�92
1.0�100
1.0�89 0.80�
65
1.0�89
0.93�65
1.0�100
1.0�100
�991.0�100
�55
1.0�100
1.0�82
1.0�75
1.0�99 1.0�
69
1.0�100
0.88�67
0.720.70
1.0�85
1.0�951.0�100
1.0�100
0.63
1.0�99
1.0�71
1.0�99
0.56�54
1.0�971.0�97
1.0�100
TL=2225 stepsCI=0.7RI=0.8
Position of Faidherbia
Acacia nilotica Acacia karroo Acacia tortilisAcacia xanthophloea
Clade A
AFR
ICA
N
100
99
Acacia nilotica
Vachellia pennatula
Vachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosa
66
81
7098
Acacia tortilis
Acacia permixtaAcacia exuvialisAcacia karrooAcacia borleaAcacia swazicaAcacia xanthophloeaAcacia davyi
Acacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodii
0.93
0.99
71
5474
71
98
1.0
1.0
1.0
1.0
1.0
1.01.0
1.01.0
1.0
0.94
Vachellia
Clade A
Straight thorns, paired at the nodes Straight and recurved thorns, paired at the nodes
100
99
Acacia nilotica
Vachellia pennatula
Vachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosa
66
81
7098
Acacia tortilis
Acacia permixtaAcacia exuvialisAcacia karrooAcacia borleaAcacia swazicaAcacia xanthophloeaAcacia davyi
Acacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodii
0.93
0.99
71
5474
71
98
1.0
1.0
1.0
1.0
1.0
1.01.0
1.01.0
1.0
0.94
Vachellia
Acacia burkeiiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia erubescensAcacia polycanthaAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia modestaAcacia caffraAcacia ataxacanthaAcacia macrostachyaAcacia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia roemerianaSenegalia berlandieriSenegalia sororia
0.68
1.075
1.0100
1.099
1.096
1.061
1.0100
1.057
771.0
1.0100
1.099
1.0901.0
78
1.093 0.97
66
0.9757
Acacia brevispica Acacia caffra
Clade B
Afri
can
& A
sian
Am
eric
an &
Afri
can
Senegalia
In threes at the nodes Paired, located at the nodes
Scattered irregularly along the internodes
Clade B
Acacia burkeiiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia erubescensAcacia polycanthaAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia modestaAcacia caffraAcacia ataxacanthaAcacia macrostachyaAcacia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia roemerianaSenegalia berlandieriSenegalia sororia
0.68
1.075
1.0100
1.099
1.096
1.061
1.0100
1.057
771.0
1.0100
1.099
1.0901.0
78
1.093 0.97
66
0.9757
Senegalia
Acacia burkeiiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia erubescensAcacia polycanthaAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia modestaAcacia caffraAcacia ataxacanthaAcacia macrostachyaAcacia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia roemerianaSenegalia berlandieriSenegalia sororia
0.68
1.075
1.0100
1.099
1.096
1.061
1.0100
1.057
771.0
1.0100
1.099
1.0901.0
78
1.093 0.97
66
0.9757
Clade B
s pi c
a te
c ap i
tate
Senegalia
Acacia glauca Mariosousa coulteri Inga edulis
Clade C
Acaciella glaucaAcaciella angustiissimaAcaciella bolivianaAcacia melanoxylonAcacia mearnsiiAcacia elataAcacia tumidaAcacia coleiAcacia translucensAcacia lycopodiifoliaAcacia spinescensAcacia amplicepsParaserianthes lopanthaHarvadia pallensHavardia albicansEbenopsis ebanoAlbizia kalkoraAlbizia sinaloensisEnterolobium contortisiliquumEnterolobium cyclocarpumCathormion umbellatumInga edulisZygia latheticaSamanea samanLysiloma acapulcensisLysiloma tergeminumChloroleucon mangensePseudosamanea guachapelePararchidendron pruinosumFaidherbia albidaZapoteca tetragonaMariosausa coulteriMariosousa dolichostachyaMariosousa usumacintensisMariosausa acatlensisMariosousa salazariMariosousa willardiana
1.0100
1.082
1.092
1.0100
891.0
1.089
1.0100
1.0100
991.0100
55
1.0100
1.0
1.082
1.059
1.076
1.067
0.8065
0.9365
1.075
1.099 1.0
1001.069
0.8867
Acaciella
Acacia
Ingeae
Mariosousa
Conclusions
Vachellia
Acaciella
Mariosousa
Mimoseae
Acacia
Ingeae
Senegalia
Mimoseae
Mimoseae
(1) Polyphyly of Acacia s.l. and that it be split into at least five genera
Conclusions
(3) For the study of the Acacia’s of the Kruger National Park the following transfers are proposed:
(2) Faidherbia albida is placed in Ingeae
(1) Polyphyly of Acacia s.l. and that it be split into at least five genera
Vachellia borleaeVachellia exuvialisVachellia davyiVachellia gerrardiiVachellia grandicornutaVachellia karrooVachellia luederetzii var. retinensVachellia niloticaVachellia permixtaVachellia robusta subsp. clavigeraVachellia sieberiana var. woodiiVachellia swazicaVachellia tortilisVachellia xanthophloea
VACHELLIASenegalia burkeiSenegalia brevispicaSenegalia caffraSenegalia erubescensSenegalia polyacanthaSenegalia nigrescensSenegalia senegal var. leiorachisSenegalia senegal var. rostrataSenegalia schweinfurthiiSenegalia welwitschii subsp. delagoensis
SENEGALIA
Proposed combinations for the Acacias of the Kruger National Park.
Acacia karrooAcacia kosiensisAcacia sekukhuniensisAcacia robertseiAcacia ormocarpoidesAcacia swazicaAcacia swazicaAcacia borleaAcacia exuvialisAcacia nebrauwniiAcacia permixtaAcacia xanthophloeaAcacia kirkiiAcacia arenariaAcacia davyiAcacia davyiAcacia tortilisAcacia hebeclada tristisAcacia hebeclada cheboensisAcacia hebeclada tristisAcacia rhemanianaAcacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodiiAcacia mellifera melliferaAcacia reficiensAcacia sthulmaniiAcacia niloticaAcacia giraffeAcacia eriolobaVachellia pennatulaVachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosaAcacia burkeiiAcacia galpiniiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia montis ustiAcacia polycanthaAcacia erubescensAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia sieberieana sieberieanaSenegalia modestaAcacia caffraAcacia caffra multijugaAcacia chariessaAcacia ataxacanthaSenegalia macrostachyaAcacia eriocarpaSenegalia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaAcacia kraussianaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia berlandieriSenegalia roemerianaSenegalia sororiaAcaciella glaucaAcaciella angustissimaAcaciella bolivianaAcacia melanoxylonAcacia tumidaAcacia coleiAcacia translucensAcacia mearnsiiAcacia elataAcacia lycopodiifoliaAcacia spinescensAcacia amplicepsChloroleucon mangensePseudosamanea guachapelePararchidendron pruinosumAlbizia kalkoraAlbizia sinaloensisCathormion umbellatumEnterolobium contortisiliquumEnterolobium cyclocarpumHarvadia pallensHavardia albicansEbenopsis ebanoParaserianthes lopanthaInga edulisZygia latheticaSamanea samanLysiloma acapulcensisLysiloma tergeminumFaidherbia albidaZapoteca tetragonaMariosausa coulteriMariosousa dolichostachyaMariosousa usumacintensisMariosausa acatlensisMariosousa salazariMariosousa willardianaPiptadenia peruvianaPiptadenia minutifloraPiptadenia stipulaceaPseudopiptadenia contortaPseudopiptadenia suaveolensStryphnodendron porcatumStryphnodendron rotundifoliumParapiptadenia rigidaParapiptadenia pterospermaMicrolobius foetidusMimosa tenuifloraAnadenanthera colubrineCalliandropsis nervosusGagnebina bakoliaeDichrostachys richardianaAlantsilodendron pilosumProsopis glandulosa var torreyanaProsopis pallidaDesmanthus bicornutusDesmanthus cooleyiProsopidastrum mexicanumLeucaena leucocephalaLeucaena retusaNeptunia monospermaAdenanthera pavoninaPiptadeniastrum africanumNewtonia buchananiiNewtonia hildebrandtii
Acaciella
Senegalia
Acacia
Mariosousa
Vachellia
Acacia karrooAcacia kosiensisAcacia sekukhuniensisAcacia robertseiAcacia ormocarpoidesAcacia swazicaAcacia swazicaAcacia borleaAcacia exuvialisAcacia nebrauwniiAcacia permixtaAcacia xanthophloeaAcacia kirkiiAcacia arenariaAcacia davyiAcacia davyiAcacia tortilisAcacia hebeclada tristisAcacia hebeclada cheboensisAcacia hebeclada tristisAcacia rhemanianaAcacia luederetzii var retinensAcacia robusta subsp clavigeraAcacia grandicornutaAcacia gerrardiAcacia sieberiana var woodiiAcacia mellifera melliferaAcacia reficiensAcacia sthulmaniiAcacia niloticaAcacia giraffeAcacia eriolobaVachellia pennatulaVachellia campechianaVachellia collinsiiVachellia farnesianaVachellia constrictaVachellia schottiiVachellia vernicosaAcacia burkeiiAcacia galpiniiAcacia nigrescensAcacia welwitschii subsp delagoensisAcacia montis ustiAcacia polycanthaAcacia erubescensAcacia senegal subsp leiorachisAcacia senegal var rostrataAcacia sieberieana sieberieanaSenegalia modestaAcacia caffraAcacia caffra multijugaAcacia chariessaAcacia ataxacanthaSenegalia macrostachyaAcacia eriocarpaSenegalia catechuAcacia brevispicaAcacia schweinfurthiiSenegalia polyphyllaAcacia kraussianaSenegalia picachensisSenegalia gaumeriSenegalia gilliesiiSenegalia wrightiiSenegalia berlandieriSenegalia roemerianaSenegalia sororiaAcaciella glaucaAcaciella angustissimaAcaciella bolivianaAcacia melanoxylonAcacia tumidaAcacia coleiAcacia translucensAcacia mearnsiiAcacia elataAcacia lycopodiifoliaAcacia spinescensAcacia amplicepsChloroleucon mangensePseudosamanea guachapelePararchidendron pruinosumAlbizia kalkoraAlbizia sinaloensisCathormion umbellatumEnterolobium contortisiliquumEnterolobium cyclocarpumHarvadia pallensHavardia albicansEbenopsis ebanoParaserianthes lopanthaInga edulisZygia latheticaSamanea samanLysiloma acapulcensisLysiloma tergeminumFaidherbia albidaZapoteca tetragonaMariosausa coulteriMariosousa dolichostachyaMariosousa usumacintensisMariosausa acatlensisMariosousa salazariMariosousa willardianaPiptadenia peruvianaPiptadenia minutifloraPiptadenia stipulaceaPseudopiptadenia contortaPseudopiptadenia suaveolensStryphnodendron porcatumStryphnodendron rotundifoliumParapiptadenia rigidaParapiptadenia pterospermaMicrolobius foetidusMimosa tenuifloraAnadenanthera colubrineCalliandropsis nervosusGagnebina bakoliaeDichrostachys richardianaAlantsilodendron pilosumProsopis glandulosa var torreyanaProsopis pallidaDesmanthus bicornutusDesmanthus cooleyiProsopidastrum mexicanumLeucaena leucocephalaLeucaena retusaNeptunia monospermaAdenanthera pavoninaPiptadeniastrum africanumNewtonia buchananiiNewtonia hildebrandtii
Correctly identifiedAcacia galpinii
Johan Hurter
Future Work
(2) Additional nuclear gene (ITS) to resolve the relationships within Senegalia and Vachellia
top related