be aware: diploid hybrid potatoes are coming! pim lindhout ... · d4 nematode grp1, early, long...

Be aware: diploid hybrid potatoes are coming!Pim Lindhout,

Menno ter Maat and Michiel de Vries

Vico Equense, Italy

November 15th – 18st, 2015

www.solynta.com

Food Valley 140313EAPR meeting, OULU, Finland 2

Theo Schotte, breeding

Hein Kruyt,businessdevelopment

Johan Trouw, Seed production

Pim Lindhout, R&D

Solynta staff in 2006 - 2011

Solynta staff in 2015

Hybrid breeding

Corn as example for F1 hybrid breeding

Potato today

Traditional breeding Hybrid breeding

Introduction one trait

Trait stacking

Phytophthora resistance

Multiplication

Seed health

Conclusion

Hybrid breeding has great advantages

15 – 50 years

Impossible

> 50 years

Vegetative > 5 y

contaminated

2 – 3 years

3 – 7 years

4 years

½ year

Dynamic introductionsof innovative productsValue creationDisruptive change

Russet Burbank (1876)

400.000 plants = 10 ha commercial potato field

~ 200 gram seeds = envelope

~ 25 ton seed tubers = big sea container

The first draft potato genome sequence

• Frequency of SNPs in DNA comparing man and chimpanzee

• Frequency of SNPs in DNA comparing the two genomes of the heterozygous diploid RH

1 per 80 bp

1 per 28 bp

So, potato has tremendous genetic variation

Potato is an extremely heterozygous crop, that harbours many deleterious alleles, which are the cause of inbreeding depression

Proof of Principle:

• Generate inbred lines

• Make hybrid by crossing these inbreds

Conclusion:

Homozygocity increase by selfing is much faster in diploids as compared to tetraploids

Abbr. Short description

H Sli locus donor+ fertility+ homozygosity

D1 Y (yellow flesh), Qcook

D2 Early, Y, Qcook

D3 R3, Nematode H1, Gpa2, virus RXadg, Y

D4 Nematode Grp1, early, long (shape)

D5 Early, long, Y, Qfry

D6 Long, Y, Qfry, H1, Qcook

D7 Early, long, Y, H1, Qcook, Zep (orange flesh)

D8 Early, y (white flesh)

D9 Qstarch, Y

D10 Wild species hybrid: late blight Rpi-avl (S. avilesi)

D11 Wild species hybrid: late blight Rpi-rch (S. rechei)

D12 Round (shape), Qcook, Qfry

D13Early, round, Zep (orange flesh), Y, spectacled, Qcook, blue

anthocyans

D14 Wild species hybrid: late blight Rpi-tar (S tarijense)

D15 Early, late blight Rpi-vnt1 (S. venturii), round, Y, H1

D16 Early, round, y (white flesh)

diploid germplasm

Donor Sli gene

The donor material is weak: bad germination, slow emergence, weak seedling growth, late and poor flowering, fragile flowers, limited pollen production, lack of vigour, poor tuber shape and quality and low tuber yield.

Proof of inbreeding depression or basis for developing good performing inbred clones?

Sli parent Elite clone

F3 progeny clones

2009: Proof of principle F1 hybrid breeding

Hybrid breeding

Requirements:

Diploid germplasm

Self-compatibility (Sli-gene)

Goal: homozygous self-compatible lines

EAPR meeting, OULU, FinlandEAPR meeting, OULU, FinlandEAPR meeting, OULU, FinlandBreeding started in 2010

Planting mechanisation

(Ex-)minister of Agriculture Sharon Dijksma

supporting Solynta breeding in greenhouse

SNP markers in inbred development in diploid potato

F1 F2F3parents

% homozygocity

F1 F2F3parents

observed expected

DS parent 98

D2 parent 39

F1 30 - 38 31

F2 27 - 70 65

F3 58 - 87 82

F4 49 - 96 91

F5 65 - 97 95

C:C C:T C:C C:C T:T C:C C:T C:T C:C C:T C:T C:T T:T T:T C:T C:C C:C C:C T:T C:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T T:T C:T C:C C:C T:T C:C T:T C:T T:T C:T C:T C:T C:C C:C T:T C:C T:T C:T C:C C:T T:T C:C C:T C:C C:C T:T C:T C:T T:T C:T C:C C:T C:T C:T T:T C:C T:T C:T C:C C:T T:T C:C C:T T:T C:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:A G:G G:A A:A G:A G:A A:A A:A G:G A:A G:A G:A A:A G:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A G:G G:G A:A G:G G:A A:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A A:A A:A G:A A:A G:A G:G G:A G:G G:A A:A G:G G:A G:G G:A G:A A:A G:G G:A G:G A:A G:A G:G G:G G:A G:G G:G G:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:A G:G G:A G:G A:A A:A G:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T C:C T:T T:T T:T C:C C:C T:T T:T C:C C:C C:C T:T C:C C:C T:T C:C T:T C:C C:C C:C T:T T:T C:C C:C T:T C:C T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C T:T T:T C:C C:C T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:A A:A A:A A:A G:A G:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A G:A G:A G:A G:A G:G A:A G:A G:A G:A G:G G:A G:A A:A G:G G:A G:A G:A A:A G:G G:G G:A G:A G:G A:A G:G G:A A:A G:G G:A G:A G:A G:A G:A G:A A:A G:A G:A G:A G:G G:G G:A G:A G:A G:A A:A G:G G:A A:A A:A G:G G:A G:A A:A A:A G:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

? C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:G A:A A:G A:A A:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:G A:G A:G A:G A:G A:A G:G A:A G:G A:G A:A G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:G G:G A:G A:G A:G A:G A:G A:G A:A A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:A A:G A:G A:G G:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G A:A A:A A:G A:A A:A A:A G:G G:G A:G

C:T C:C C:T C:C C:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T C:C C:T C:T C:T C:T T:T C:C C:T C:T C:T C:T C:T C:T C:C T:T C:C T:T C:T C:C T:T T:T C:T C:T T:T C:T T:T C:T C:T T:T C:T C:T C:T C:T C:T C:T C:C C:T C:T C:T T:T C:C C:T C:C C:T C:T C:T T:T C:T C:C C:T T:T C:T C:T C:C C:C C:T C:C C:C C:C T:T T:T C:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:G ? A:G A:A A:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:G A:G G:G A:G A:G A:A G:G A:G A:G A:G A:A G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:A G:G A:G A:G A:G A:G A:G A:G A:A A:G A:G A:G G:G G:G A:G A:G A:G A:G A:A G:G A:G A:A A:A G:G A:G A:G A:A A:A G:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C ? C:C T:C T:T T:C T:C T:C T:C T:T T:T T:C T:C C:C C:C T:C C:C T:C T:T T:C C:C T:C T:C C:C T:C C:C T:C C:C T:C C:C T:C T:C T:C C:C C:C T:C T:T T:C C:C T:T T:C T:C T:C T:C C:C T:T T:C T:C C:C T:T T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C T:C C:C T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:G A:A A:A G:G A:A A:G A:G A:A A:G A:G A:G G:G G:G A:G A:A A:A A:A G:G A:G A:G A:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:A A:A G:G A:A G:G A:G G:G A:G A:G A:G A:A A:A G:G A:A G:G A:G A:A A:G G:G A:A A:G A:A A:A G:G A:G A:G G:G A:G A:A A:G A:G A:G G:G A:A G:G A:G A:A A:G G:G A:A A:G G:G A:G G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:C ? C:C A:C A:A A:A A:C A:C A:C A:C ? A:C A:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A C:C C:C C:C A:C C:C A:C C:C A:C C:C A:C C:C A:C A:C A:C C:C A:C A:C A:A A:C C:C A:A A:C A:C A:C A:C C:C A:A A:C A:C C:C A:A A:C A:C A:C A:C A:C A:A C:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C A:C C:C A:C C:C A:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T T:C T:C T:C T:C ? ? T:C T:T T:C T:T T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C T:C T:C T:T T:T T:C ? T:C T:T T:C T:C T:C T:T T:T T:C T:C T:C T:T C:C T:C T:T T:T T:C T:C T:T C:C T:C T:T T:T T:C C:C T:C T:T T:C T:T T:T T:T T:C C:C T:C T:C T:C T:T T:C T:C T:C C:C T:T T:T T:C T:T T:C T:C T:C C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:T T:T C:T C:T T:T T:T ? C:T C:T T:T ? T:T C:T T:T C:T C:T T:T C:T C:T T:T T:T C:T C:T T:T T:T C:C T:T C:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T C:C C:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T T:T T:T T:T ? C:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T C:T T:T C:T C:C C:T C:T C:C C:C T:T C:C C:T C:T C:C C:T T:T C:C C:T C:T T:T C:C T:T T:T C:C T:T C:T C:C C:T C:T C:T C:T C:T C:T C:C C:C C:T C:T C:T T:T C:T T:T C:T C:C T:T C:T T:T C:T C:T C:C T:T C:T T:T C:C C:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:T T:T C:T T:T C:C C:C C:T

C:C T:C C:C T:C T:T T:C T:C T:T T:T C:C T:T T:C T:C T:T T:C C:C T:T T:C T:C C:C T:T C:C C:C T:T C:C T:T T:T T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T T:T T:C T:C T:C C:C T:C C:C T:C T:T C:C T:T C:C T:C T:C T:T C:C ? C:C T:T T:C T:C C:C T:C C:C C:C T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:C C:C T:C C:C T:T T:T T:C

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:T A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G ? G:A G:A G:A A:A A:A G:A G:G G:A G:G G:A A:A G:A G:A A:A G:A G:G A:A G:A G:A G:G G:A G:A A:A G:A G:G G:G G:A G:A G:G G:G A:A G:A A:A G:G A:A G:G G:G G:G G:A G:A G:G A:A G:A G:G G:G G:A A:A G:A G:G G:A G:G G:G G:G G:A A:A G:A G:A G:A G:G G:A G:A G:A A:A G:G G:G G:A G:G A:A A:A G:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C

T:T C:T T:T C:T C:C T:T C:T C:T C:C C:T C:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:C C:T C:T C:T T:T C:T T:T C:C C:T C:C T:T C:T C:T T:T C:C C:C C:T C:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T C:C T:T C:C T:T C:T C:T C:T T:T C:C C:T C:C C:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:T T:T C:T T:T C:T C:C T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C T:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C T:C T:C C:C T:C C:C T:T T:C T:C T:C T:T C:C T:C T:C C:C T:C T:T T:C T:T T:C T:T T:C T:C T:C T:C T:T T:T T:T T:C T:C T:C T:C C:C T:T T:C C:C C:C T:C T:T T:C C:C T:C T:T C:C T:C T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

98% 99%

2012: Essentially homoygous inbreds

Good performance, not good enough for parent

Solynta breeding germplasm

F2 F2 F3

What about the genetic compostion

of the breeding germplasm?

diploid germplasm

Abbr. Short description

H Sli locus donor+ fertility+ homozygosity

D1 Y (yellow flesh), Qcook

D2 Early, Y, Qcook

D3 R3, Nematode H1, Gpa2, virus RXadg, Y

D4 Nematode Grp1, early, long (shape)

D5 Early, long, Y, Qfry

D6 Long, Y, Qfry, H1, Qcook

D7 Early, long, Y, H1, Qcook, Zep (orange flesh)

D8 Early, y (white flesh)

D9 Qstarch, Y

D10 Wild species hybrid: late blight Rpi-avl (S. avilesi)

D11 Wild species hybrid: late blight Rpi-rch (S. rechei)

D12 Round (shape), Qcook, Qfry

D13Early, round, Zep (orange flesh), Y, spectacled, Qcook, blue

anthocyans

D14 Wild species hybrid: late blight Rpi-tar (S tarijense)

D15 Early, late blight Rpi-vnt1 (S. venturii), round, Y, H1

D16 Early, round, y (white flesh)

17 original diploid donor genotypes

2010 – 2015:

Breeding for good performing homozygous

self-compatible inbred lines

Present Solynta breeding germplasm:

Genetically biased progenies

Is genetic bottleneck driving hybrid

breeding into similar genotypes?

G:A G:G G:G G:G A:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A A:A A:A A:A G:G G:G G:A G:G A:A G:A G:G G:G G:G G:G G:A A:A A:A G:G G:A G:G A:A A:A G:A G:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:T C:C C:C C:C T:T C:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T C:C C:C C:T C:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? C:T C:T C:C

G:A G:G G:G G:G A:A G:A G:A A:A G:A G:A A:A A:A A:A A:A G:A G:G G:A G:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G A:A A:A ? G:G A:G ? G:G ? A:A G:G G:G G:G G:G ? A:A ? ? G:G ? A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A A:G A:G ? A:G A:A A:G A:G A:G A:A G:G G:G G:G G:G

C:C A:C A:A C:C C:C C:C A:C C:C A:C A:A C:C C:C A:C C:C A:C A:C A:C A:C C:C A:C A:A A:A A:A A:A C:C C:C C:C C:C A:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T T:T C:T C:C C:T C:C T:T C:T C:T C:T C:T T:T T:T C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G A:G A:A A:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G G:G G:G A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:C C:C T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

T:C T:C T:T T:C T:C T:T T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:T T:C T:C C:C T:C T:T C:C T:T C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:C T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:C T:T C:C

? A:G G:G A:A A:G G:G A:G A:G A:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G A:A A:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:A G:G A:A

G:G G:G ? ? ? C:C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? G:G C:C C:C C:C C:C C:C G:G G:G ? G:G

A:G A:G A:A G:G A:A A:G A:A A:G G:G A:G G:G A:G A:G A:G A:A G:G G:G A:A G:G A:A G:G A:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G G:G A:A

A:A A:G A:A G:G A:A A:G A:G ? G:G A:G A:G A:G A:A A:G A:A A:G G:G A:A A:G A:G G:G A:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:T C:T T:T C:C C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:T C:C C:T C:C C:T T:T C:C C:T C:T T:T C:T C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

T:T T:C C:C C:C ? T:C T:C T:C C:C T:C T:C C:C T:T T:C T:T T:C C:C T:T T:C T:C T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:C C:C G:C C:C C:C G:G G:C G:C G:G G:G G:C G:C C:C G:C G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A C:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G G:G G:G G:G C:C C:C G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C C:G C:G C:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:A G:A

C:C C:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T C:C C:T C:T C:T C:C C:C C:T C:T C:T C:C T:T C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:T

G:G G:G G:G A:G A:G A:G A:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G A:G A:A A:G G:G A:G A:A A:G A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:T C:T C:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:A A:A C:C C:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:A G:G A:G

C:T C:T C:C C:T C:C C:C C:T T:T C:C T:T T:T C:T C:T C:C C:T C:T C:C T:T T:T C:C C:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:C A:C C:C A:C ? ? A:C A:C C:C A:A A:A A:A A:C ? A:A A:C C:C A:A A:A A:C ? ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C A:A A:A A:A A:A

A:C A:C C:C A:C C:C C:C A:C A:A C:C A:A A:A A:C A:C C:C A:C A:A A:C A:A A:A C:C A:C A:A A:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A C:C A:C

? ? A:A A:G A:A A:A A:G G:G A:A G:G G:G A:G A:G A:A A:G A:G A:G G:G G:G A:A A:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G

A:G A:G A:A A:G A:A A:A A:G G:G A:A G:G G:G A:A A:G A:A A:G G:G A:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:G G:G A:A A:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T G:G T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:T C:T C:C C:T C:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T C:C T:T C:T T:T C:C C:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

T:C T:C T:C T:C T:C T:T T:T T:T T:C T:T T:T C:C T:T T:C T:T C:C T:C T:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:T C:C

A:C A:C A:A A:C A:C A:A A:A A:C A:C A:A A:A C:C A:A A:C A:C C:C A:C A:C A:A C:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C A:C C:C A:A A:A A:A A:A A:A A:C A:A A:A C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:T T:T G:G T:G T:G G:G T:T T:T T:T G:G T:G T:G G:G G:G G:G G:G

A:C A:C A:C A:A A:A C:C A:C A:C A:A A:A A:C A:C A:A A:C A:C A:A A:C A:A A:C A:C A:A A:C A:C A:A A:C A:C A:C A:C C:C A:C A:A C:C C:C A:C A:C A:A A:A A:A A:A A:A

A:C A:C A:C C:C A:C A:A C:C A:C C:C C:C C:C A:C C:C A:C A:C C:C A:C C:C A:C A:C A:A A:A A:A A:A A:C A:C C:C A:C C:C A:C C:C A:A A:A A:C A:C ? C:C C:C C:C C:C

T:C T:C T:C C:C C:C T:T C:C T:C C:C C:C T:C T:C C:C T:C T:C C:C T:C C:C T:C T:C T:T T:T T:T T:T T:C T:C T:C T:C C:C T:C C:C T:T T:T T:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:C T:C T:C T:T T:T C:C T:T T:C T:T T:T T:C T:C T:T T:C T:C T:T T:C T:T T:C T:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C T:C T:T T:C T:T C:C ? T:C T:C T:T T:T T:T T:T T:T

G:A G:A G:A A:A G:A G:G A:A G:A A:A A:A G:A G:A A:A G:A G:A A:A G:A A:A G:A G:A G:G G:G G:G G:G G:A G:A G:A G:A A:A G:A A:A G:G G:G G:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A

A:G A:A G:G G:G A:G A:A ? A:A G:G A:G G:G G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G G:G A:A A:G A:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:A A:G A:G A:G A:A G:G G:G G:G A:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G A:G G:G G:G G:G G:G A:A A:G A:G A:A A:A G:G A:A A:A A:G A:A A:G A:G G:G G:G G:G G:G

A:A C:A C:A C:A A:A C:C C:C C:C C:A A:A C:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A C:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T T:C T:C T:C T:T ? C:C C:C T:C T:T T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C T:C C:C C:C C:C C:C T:T T:C C:C T:T T:T C:C T:T T:T T:C T:T T:C T:C T:C C:C T:C T:T

G:G A:G A:G A:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G G:G G:G A:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:G G:G C:C G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G G:G G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:T A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:T T:T A:T A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C T:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:T C:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:C C:T T:T C:T C:T C:C C:T T:T C:C C:T C:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A A:A A:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A G:G G:A A:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A A:A G:G G:A A:A A:A G:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A G:A ? G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T C:T C:T C:T C:T C:T C:T C:C C:T T:T C:C C:T C:T C:T C:C T:T T:T C:C C:T T:T T:T C:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T C:T C:C C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:C A:A A:C A:C A:C A:C A:C A:A A:C C:C A:A A:A A:C A:C A:C C:C C:C A:C C:C C:C C:C A:C C:C A:C A:A A:A C:C C:C A:C A:C A:C C:C C:C A:A A:C A:A C:C C:C C:C C:C

T:T G:G T:G T:G T:G T:G T:G G:G T:G T:T G:G G:G T:G T:G T:G T:T T:T T:G T:T T:T G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:T T:T T:G T:G G:G T:T T:T G:G T:G G:G T:T T:T T:T T:T

C:C A:A A:C A:C A:C A:C A:C A:A A:C C:C A:A A:A A:C A:C A:C C:C A:C A:C C:C C:C C:C A:C C:C A:C A:A A:A A:C C:C A:C A:C A:C C:C C:C A:A A:C A:A A:A A:C C:C A:C

A:A G:G A:G G:G A:G A:A A:G A:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G A:A A:G A:G A:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G A:A G:A A:A G:A G:G G:A G:A G:A G:G G:A A:A G:A G:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A G:G A:G A:G A:A A:G A:G A:G A:A A:G A:G G:G A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C T:T T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C T:T C:T T:T C:T C:T C:T C:T C:T C:C C:T C:T C:T C:C C:C C:T C:T C:T C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:T T:T C:T C:T C:T C:C C:T T:T C:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T

G:G T:T G:G T:T T:T T:G T:G T:G T:G T:G T:G T:G T:G G:G T:T T:T T:G T:G G:G T:T G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:T G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G A:A G:G G:A A:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A G:G A:A A:A G:A G:A G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:A G:A G:A A:A A:A A:A G:G G:G G:A G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G

T:T C:C T:T C:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C C:C T:C T:C T:T T:C T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C G:G C:G G:G G:G C:G C:G C:G C:G C:C C:G C:G C:G C:C C:C C:G C:G C:G C:C G:G C:C C:C C:C C:C C:G G:G C:G C:G C:G C:C C:G G:G C:G G:G C:G G:G G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C T:T C:T T:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T C:T C:T C:T C:C

C:C C:C ? C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:C T:C T:T

A:A G:G G:G A:A G:A G:A G:A G:G G:G G:A G:A G:A G:G G:A A:A A:A G:A G:G G:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:A G:A A:A

T:T C:C C:C T:T C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:C C:T T:T T:T C:T C:C C:T C:T C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T T:T

G:G A:A A:A G:G A:A G:A A:A A:A A:A A:A G:A G:A A:A G:G G:G G:G G:A A:A G:A G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A

T:T C:C C:C T:T C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:C T:T T:T C:T C:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

C:C T:C T:C C:C T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:C T:C T:T C:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T

T:C T:C C:C C:C T:T T:C T:T T:C T:C T:T T:C T:C T:C C:C T:C T:C T:C C:C T:T T:T C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:C T:T C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:T C:T C:T C:C T:T C:C C:T C:T C:C C:T T:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T C:C C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A T:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:A T:A T:T T:A T:A A:A T:A A:A A:A A:A A:A T:T T:A T:A T:A A:A A:A A:A A:A

A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G A:G

G:G C:C C:C G:C G:C G:G C:C G:C C:C C:C G:G G:C G:C G:C C:C C:C G:C G:C G:C C:C G:G G:C G:C C:C G:C G:C G:G G:C G:G C:C G:C G:G C:C G:C G:C G:C G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T

C:C T:T T:T T:C T:C C:C T:T T:C T:T T:T C:C T:C T:C T:C ? T:C T:C ? T:C T:C C:C T:C T:C T:C T:C T:C C:C T:C C:C T:T T:C C:C T:T T:C T:C T:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T

C:C ? C:C ? C:C ? C:C C:C C:C ? C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

C:C C:A C:C C:C A:A C:C C:A A:A C:A A:A C:A C:A C:A C:A C:A A:A A:A C:A A:A C:A C:A A:A A:A C:A A:A A:A A:A A:A A:A C:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:C T:C T:T T:C T:T T:C C:C T:C C:C T:T T:C T:C T:C T:C C:C C:C T:C C:C T:C T:C C:C C:C T:C T:C T:T C:C T:T C:C T:C C:C T:C T:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C T:C T:C

A:A A:G A:A A:A A:G A:A A:G G:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G A:G G:G G:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:G G:G T:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G A:A G:G G:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A A:A G:A G:G G:A G:A G:A G:A G:G G:G G:A G:A G:A G:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:A G:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:C G:G G:C G:G G:G G:G G:G G:G C:C G:C G:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A T:A T:A T:A A:A T:A A:A A:A A:A T:T T:A A:A T:A A:A A:A T:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:A T:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C C:C T:C C:C C:C C:C T:T T:C C:C T:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:C T:C T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:T C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T

T:T C:T C:T C:T C:C C:C C:T C:T T:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:T C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:T C:T C:C T:T T:T C:T T:T C:T C:C C:T C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G A:A G:A A:A A:A G:G A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A G:A G:G G:A G:A G:G G:A G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A

T:T A:A T:A A:A A:A T:T A:A A:A T:A A:A A:A A:A A:A T:A T:T T:A A:A T:T T:A T:A T:T T:T T:T T:T ? ? ? ? T:T T:T A:A ? T:T T:T ? A:A A:A A:A A:A A:A

C:A C:A C:C C:A C:C A:A C:C C:C C:A C:A C:C C:C C:C C:A A:A C:A C:C A:A C:A C:A A:A A:A A:A A:A C:A A:A C:A C:C A:A A:A C:C C:A A:A C:A C:A C:C A:A A:A A:A A:A

G:A G:A A:A G:A A:A G:G A:A A:A G:A G:A A:A A:A G:A G:A G:G G:A A:A G:G G:A G:A G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:G A:A G:G G:G A:A G:A G:G G:A G:G A:A G:A G:A G:A G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G C:C G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:A T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:T C:C

G:G G:G G:A G:G G:A G:G G:G G:A G:A G:A G:G G:G G:A A:A G:G G:G A:A G:A G:A G:A G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:G A:A

22 19 19 19 13 15 13 19 16 15 21 17 17 17 18 19 16 21 20 12 25 23 25 25 22 24 25 22 16 17 20 25 25 26 22 25 21 21 24 21

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C ? C:C ? T:T ? ? C:C ? ? ?

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:C C:T T:T C:C

A:A A:A A:G A:G A:G G:G A:G A:G A:A A:G G:G A:A

C:C C:C T:T T:C T:C T:T C:C T:C C:C T:T T:C C:C

A:G A:A G:G A:G A:G G:G A:G A:G A:A A:G A:G A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

C:C C:C ? C:C ? ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C

? C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? ? C:C C:C C:C

G:G G:G G:T G:G T:T G:G G:T G:G G:T G:G G:G G:G

T:G G:G T:G G:G T:T T:G T:T G:G T:G T:T G:G G:G

A:C C:C A:A A:A A:C A:C A:C A:C A:A C:C A:C C:C

T:C T:T C:C C:C T:C T:C T:C T:C C:C T:T T:C T:T

T:C C:C T:T T:T T:C T:C T:C T:C T:T C:C T:C C:C

T:T T:T C:T T:T T:T T:T C:T C:C T:T ? C:C T:T

A:C A:C C:C A:C C:C C:C A:A A:C A:C A:C A:C A:C

T:G T:G T:T T:G T:T T:T G:G T:G T:G T:G T:G T:G

A:C A:C C:C A:C C:C C:C A:A A:C A:A A:C A:C A:C

A:G A:G A:A A:G A:A A:G A:G G:G G:G A:G A:G G:G

G:A G:A G:G G:A G:G G:A G:A A:A A:A G:A G:A A:A

T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

G:A G:A G:A G:A A:A G:A G:A G:A G:A G:G G:A G:A

C:T C:T C:T C:T C:C C:C C:T C:T C:T C:C C:T C:T

T:C T:C T:C T:C T:T T:T T:C T:C T:C T:T T:C T:C

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C ? C:C ? C:C

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ?

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:G C:C

T:T C:C C:C T:C T:C C:C T:T C:C T:T T:C C:C T:C

C:C C:C ? C:C C:C ? C:C ? C:C ? ? ? ? ? ? ? ? C:C ? ? ? ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:T C:C T:T C:T T:T C:T C:T T:T T:T T:T C:C C:C T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:A G:A G:G G:A G:G G:A G:A G:G G:G G:G A:A A:A G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:T T:T C:C C:T C:C T:T C:T C:C C:C C:C T:T T:T C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:G A:G A:G A:G A:G A:A ? A:G A:G G:G A:G A:G A:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A A:C A:C A:C A:C ? C:C A:C C:C A:C A:A A:C C:C A:C

C:C C:T C:C T:T C:T T:T C:C T:T C:T C:T T:T C:C C:T T:T C:C C:T C:T C:C C:T C:C T:T C:C C:T C:C T:T T:T C:T C:C C:T C:C C:C C:C C:T T:T C:C C:T C:T C:C C:T C:C C:T T:T C:T C:C C:T C:T C:T

A:A A:G A:A G:G A:G G:G A:A G:G A:G A:G G:G A:A A:G G:G A:A A:G A:G A:A A:G A:A G:G A:A A:G A:A G:G G:G A:G A:A A:G A:A A:A A:A A:G ? A:A A:G A:G A:A ? A:A A:G G:G A:G A:A A:G A:G A:G

T:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C C:C C:C C:C T:C C:C T:C C:C T:C C:C T:C C:C C:C T:T C:C T:C T:T T:C C:C T:C C:C T:T

A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A ? ? A:A A:A A:G ? A:A A:G A:A ? A:A A:A A:G A:A ? A:A A:G A:G A:G A:A A:G A:G G:G

A:A G:G G:A G:G G:G G:A G:G A:A G:G G:A G:A G:A A:A G:A G:G G:A G:A G:A G:A G:A G:G A:A G:G G:A G:A G:A A:A A:A G:A G:A A:A G:A A:A G:A A:A A:A G:A G:A G:G G:A G:A G:A G:A A:A A:A G:A G:G

C:C ? C:C ? ? C:C C:C C:C ? C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ?

A:A G:G A:G G:G G:G A:G G:G A:A G:G A:G A:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G A:G A:G A:G G:G A:A A:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:A A:A A:G A:G G:G A:G A:G A:G A:G A:A A:A A:G G:G

A:A G:G A:G G:G G:G A:A G:G A:A G:G A:G A:G A:G A:A A:G G:G A:G A:G A:G A:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:G A:G G:G A:G A:G A:G G:G A:A A:A A:G A:G

C:C T:T C:T T:T T:T C:C T:T C:C T:T C:T C:T C:T C:C C:T T:T C:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:T C:T T:T C:T C:T C:T T:T C:C C:C C:T C:T

T:T T:C C:C T:C C:C T:C T:C T:T C:C T:C T:C T:C T:T C:C C:C C:C T:C T:C T:C C:C C:C T:C T:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:C T:C C:C T:C T:C T:C C:C T:T T:C C:C T:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G C:G C:C C:G C:G C:C C:C C:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A A:A G:A G:A G:A G:A G:A G:G G:A G:A G:A A:A G:G G:A

C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C T:T T:T T:T ? C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T

A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A

C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:A C:A C:A C:A C:A C:C C:C A:A C:C A:A C:C A:A C:C A:A C:C A:A C:A C:A C:A C:C C:C A:A C:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:A C:A C:A C:A C:A C:C C:C C:C ? C:A C:A A:A C:C C:A

A:G A:G A:G A:G A:G G:G G:G A:A G:G A:A G:G A:A G:G A:A G:G A:A A:G A:G A:G G:G G:G A:A A:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G A:G A:G A:G G:G G:G G:G A:G A:G A:G A:A G:G A:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A A:C A:A A:C C:C ? A:C A:A A:C A:C A:A C:C A:C

A:A A:A A:A A:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C A:A A:C A:A A:C C:C C:C A:C A:A A:C A:C A:A C:C A:C

G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? ? ? ? ? ? ? A:G G:G ? ? ? ? A:A G:G

G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:T G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T G:T T:T

C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T

C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T C:C T:T T:C ? T:C T:C T:T T:C T:C T:T T:C T:C

C:C C:C C:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C A:A C:C A:C A:C ? A:C A:C A:A A:C A:C A:A A:A C:C

T:T T:T T:T T:G T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T G:G ? G:G ? G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C A:C A:C A:A A:C A:C A:C C:C A:C A:C A:A A:C C:C

C:C C:C C:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C C:C A:C C:C C:C C:C C:C A:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C T:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:C T:C T:C T:C T:C T:C C:C C:C T:C T:C T:T T:T C:C

A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

A:G A:A A:G G:G A:G A:A A:A G:G A:A A:G G:G A:G A:A A:G G:G A:G A:A A:G A:G A:A A:G G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G G:G A:A A:G A:G A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A

C:A A:A C:A C:C C:A A:A A:A C:C A:A C:A C:C C:A A:A C:A C:C C:A A:A C:A C:A A:A C:A C:C C:C C:A C:A C:C C:A C:C C:C A:A C:A C:A C:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A C:C ?

T:C T:T T:C C:C T:C T:T T:T C:C T:T T:C C:C T:C T:T T:C C:C C:C T:T T:C C:C T:T T:C C:C C:C T:C T:C C:C T:C C:C C:C T:T T:C T:C T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:C C:C G:C G:G G:C G:C G:G G:G G:G G:G G:C G:G G:G G:G G:G G:G G:C G:G G:C G:C G:C G:G G:G G:G G:G G:C G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:C C:C

A:T T:T A:A A:T A:A A:T A:A A:A A:T A:A A:T A:A A:A A:A A:A A:A A:T A:A A:T A:T A:T A:A A:A A:A A:A T:T A:A A:A A:A A:T A:A A:A A:A T:T T:T T:T T:T ? ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:T T:T

T:C T:T C:C T:C C:C T:C C:C C:C T:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C T:C T:C ? C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:T C:T C:T C:T C:T C:C T:T C:T C:T C:T C:T

G:G G:G G:G G:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A A:A ? A:A G:A A:A G:A G:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T T:T C:T T:T C:T T:T C:T C:T C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C C:C A:C C:C A:C C:C A:C A:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C A:C C:C

G:G G:G G:G T:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G T:G T:T T:G T:T T:G T:T T:G T:G G:G T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:G T:T

A:A A:A A:A A:C A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:C C:C A:C C:C A:C C:C A:C A:C A:A C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G G:G G:G A:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? A:G G:G A:A G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G G:G

A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:G G:G A:A A:A A:G A:G A:A G:G G:G A:G A:A A:G G:G

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C C:C C:C T:C T:C C:C T:T T:T T:C C:C T:T T:T

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T

G:G G:G G:G T:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G G:G G:A G:G G:A G:A G:A G:G A:A A:A G:A G:G G:G A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C G:G

T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:C C:C T:T C:C C:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:T T:T C:C T:T T:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A G:A G:G G:A A:A G:G G:A G:G G:G G:G G:A G:G G:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C C:T C:T T:T C:C T:T C:T T:T C:T T:T C:T T:T C:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? ? ? ? ? ? T:T ? ? ? ? ? ? ?

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:C T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

T:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:T T:T T:T C:C C:C C:T C:T T:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

? A:A A:A T:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? ? A:A T:T A:A A:A A:A A:A ? ? A:A T:A T:A A:A T:A ? T:A T:T T:A A:A A:A A:A T:A

A:A A:A A:A A:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:G A:A G:G A:A A:A A:A A:A ? G:G G:G A:G A:G G:G A:G G:G A:G A:A A:G G:G G:G A:A A:G

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C G:G C:C

C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

C:C C:C C:C T:C T:C C:C T:C C:C T:C T:C T:T C:C C:C T:C T:T T:T T:C T:C C:C T:C T:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T

T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:C T:T C:C C:C C:C T:C

C:C C:C C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T C:T T:T C:T C:T C:C T:T C:T T:T C:T

T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C T:C T:C T:C T:C C:C C:C T:C T:C C:C T:C ? T:C

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? A:A A:A C:A A:A A:A A:A A:A ? C:A C:A C:A C:A C:C C:A C:A C:A A:A C:A C:C C:C C:A C:C

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C T:C T:C T:C T:T T:C T:C T:C C:C T:C T:T T:T T:C T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:C T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:A

G:G G:G G:G T:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G

? ? ? C:C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? T:T ? ? ? ? ? ? ? T:T ? ? ? ? ? ? ? C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:G A:A

C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? G:G G:G G:G G:C G:C C:C C:C C:C G:C G:G G:G G:G C:C G:C

A:A T:A T:A A:A T:A T:A T:A T:A A:A T:A T:T T:A A:A T:A A:A T:A T:A T:A A:A A:A A:A T:A A:A A:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A T:A A:A

C:C T:C T:C ? T:C T:C T:C T:C C:C T:C T:T T:C C:C T:C C:C T:C T:C T:C C:C C:C C:C T:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C C:C C:C T:C T:C T:T T:T T:T T:C C:C C:C C:C T:C T:C

T:T C:T T:T T:T C:T C:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T T:T C:T T:T T:T C:T C:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:C T:T

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C ? C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T C:T C:T C:T C:C C:T C:T T:T C:T C:T C:T C:T C:C T:T C:C

A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A G:G A:A G:G A:A G:A G:G G:A G:A G:G G:A G:A A:A G:A G:A G:A G:A G:G A:A G:G

G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A G:G G:A G:G G:A G:A A:A G:G G:G A:A A:A A:A A:A G:A G:A G:G G:A G:A A:A G:A A:A G:G A:A

T:T T:T T:T T:A T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:T T:T T:A T:T T:A T:T T:A T:A A:A T:T T:T A:A A:A A:A A:A ? ? T:T ? ? A:A ? A:A T:T A:A

A:A A:A A:A C:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:A A:A G:A A:A A:A G:A G:G A:A A:A A:A A:A A:A A:A G:A G:G G:A G:A G:G A:A G:A A:A G:G G:A

C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:T C:C C:T C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G C:C G:G

A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:G A:G A:G G:G G:G A:A A:G A:G A:A A:A A:G A:G A:G A:A

T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:A T:A T:A A:A A:A T:T T:A T:A T:T T:T T:A T:A T:A T:T

G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G ? G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G G:G A:G A:G A:G A:A A:A G:G A:G A:G G:G G:G A:G A:G A:G A:G

C:C C:C C:C T:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C C:C T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T T:T ? T:C T:T T:C T:C T:T T:T T:C T:C T:C T:C T:T T:C T:C

A:A A:A A:A G:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A A:A ? A:A A:A G:A G:G G:A G:G G:A G:A G:A G:A G:A A:A G:A G:G G:A G:A G:G G:G G:A G:A G:A G:A G:A G:A G:A

Some F5 populations

High level of homozygosity, but still genetic

variation among and within populations

What about inbreeding depression?

Inbreeding depression and hybrid vigour

F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F1

Average Plant Vigour

• Inbreeding depression is still

present but declining

• It will take decades before

inbred lines are at same level

as hybrids

What about level of homozygosity?

D1 × DS

AGV008-0206

AGV009-048D1

SOL011-357

SOL012-1312

SOL013-304

SOL014-1025

SOL015-0044 SOL015-0046 SOL015-0047 SOL015-0053

SOL015-3034 SOL015-3733 SOL015-3734 SOL015-3735

×× ×

× × × ×

6 years

1 year

Development of homozygous inbred lines

SNP genotyping – marker distribution

• 180 SNP markers used polymorphic between D1 and DS

SOT01-02505120

SOT01-10559698SOT01-11774418

SOT01-17370636

SOT01-32954018

SOT01-39256105

SOT01-46270954SOT01-47097440SOT01-51293720SOT01-51324358

SOT01-61269756SOT01-62155125

SOT01-68293538

SOT01-75199256

SOT01-80162442

SOT01-84983696SOT01-84986138

SOT02-05170759SOT02-14356628SOT02-17760016SOT02-17761702SOT02-24387762SOT02-27325060SOT02-29705380SOT02-31350493SOT02-33161478SOT02-33161874SOT02-34027352SOT02-36599213SOT02-37369714SOT02-39079979SOT02-41359775SOT02-41360439SOT02-43166698SOT02-44565469SOT02-45099153SOT02-45105742SOT02-46731334SOT02-46774414SOT02-46963872

SOT03-07599703

SOT03-16887361

SOT03-35930877

SOT03-40197844

SOT03-48224603SOT03-48230187SOT03-50790774SOT03-56290202SOT03-56290487

SOT03-61394421

SOT04-03548052

SOT04-11199167SOT04-12425864

SOT04-22839393

SOT04-32779431SOT04-33100604

SOT04-45356695SOT04-52033738SOT04-52951983SOT04-58830957SOT04-58838906SOT04-64055406SOT04-64087153SOT04-64216808SOT04-66147380SOT04-67166601SOT04-70251359SOT04-70251642

SOT05-01105208SOT05-01105486

SOT05-07667963SOT05-10111321SOT05-13344852SOT05-15768069SOT05-18945963SOT05-20273826SOT05-23536510SOT05-26397339SOT05-28304402SOT05-28521192SOT05-30598959SOT05-35165614SOT05-39678340SOT05-43513048SOT05-47810806

SOT05-51486277

SOT06-00104091SOT06-03214652

SOT06-06445075

SOT06-29622294

SOT06-34294457

SOT06-43297148SOT06-48428474SOT06-48429967SOT06-50739526SOT06-53487550SOT06-54085611SOT06-57874021SOT06-57946683

SOT07-04466022

SOT07-09119537

SOT07-18715095

SOT07-36350942SOT07-36356834SOT07-39384833

SOT07-44164318

SOT07-49405578SOT07-52417113SOT07-54271266

SOT08-01078910

SOT08-05438901

SOT08-11695077

SOT08-18393399

SOT08-23895193

SOT08-34342007

SOT08-38666935

SOT08-43993811SOT08-46167248SOT08-50484929SOT08-52832533SOT08-53836906SOT08-55621111

SOT09-02142413SOT09-02470833

SOT09-07835623

SOT09-11805410

SOT09-15572748

SOT09-20712307SOT09-21044695

SOT09-34192084

SOT09-47586990SOT09-47587566SOT09-52408174SOT09-55501417SOT09-58582477SOT09-60565011SOT09-60570643

SOT10-00197674

SOT10-03908993SOT10-06151401

SOT10-11539446

SOT10-17630382SOT10-20101484

SOT10-27379373SOT10-29626410

SOT10-36225437SOT10-36743832SOT10-38722150

SOT10-44048179

SOT10-48721966SOT10-49584558SOT10-53707878

SOT10-59675124

SOT11-00786787SOT11-03072948SOT11-05051415SOT11-09379722SOT11-11001175

SOT11-15009691

SOT11-20780633SOT11-22213990

SOT11-34059404SOT11-34061926

SOT11-41840983

SOT11-45421901

SOT12-04399051

SOT12-09356334

SOT12-20336319

SOT12-30582910

SOT12-48851340SOT12-53989918SOT12-53990411SOT12-56878727SOT12-59957346SOT12-59979591

Development of homozygous line

SOL015-0044-231

56.356.3

64.164.2

04 05 06 07

still three heterozygous regions

SOL015-3034-1002

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10

no heterozygous regions

Development of homozygous lineSOL015-3034-1002

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10

Homozygous by using 180 informative SNP markers

Sequencing to define homozygosity

no heterozygous regions

Homozygous lines available for research purposes:

• Segregating populations (F2, BC, RIL, IL, etc) fot genetic studies

• Nearly isogenic lines (NILs) for functional studies

• Mutant population to identify new alleles • Development and testing of isogenic series of

hybrid varities

What about the hybrid varieties?

Yield trials in 2015

Control (4n) F2×F2 F2×F2 F3

Some breeding germplasm

Diploid Hybrids and Inbred lines vs 4n Checks

Genotype

Felsina

Checks

Hybrids

Inbreds

LSD α=0,05

Diploid Hybrids and Inbred lines vs 4n Checks

Genotype

Felsina

Checks

Hybrids

Inbreds

LSD α=0,05

EU demonstration project:

Marker assisted backcrossing in potato

Desiree + GM

Desiree, healthy crop Desiree, susceptible

Desiree, one R-gene Desiree, two R-genes

Geert Kessel

Delay in late blight onset, GM Desiree (2015)

Jack Vossen

Objective for 2017:

Double stack

Phytophthora resistant varieties

NB: Combination of resistance genes involved in diferent steps of the pathogenesis may render more durable resistance

Thanks

be aware: diploid hybrid potatoes are coming! pim lindhout ... · d4 nematode grp1, early, long...

Documents

results presentation h1 fy2015 - bapcor · 5 burson h1...

how early childhood education brings life long success

alexandria waterfront commission tuesday, may 19, …...h1...

characterization of the early stages of long bone

interim results 2014 - cobham(1) = h1 2013 data presented at...

h1 2015 h1 2016

solid pharmahandingequipment · ntc200 ntc300 ntc400 ntc600...

this document has not been audited€¦ · this document...

h1 fy18 results - temple & webster · 2018. 2. 19. · h1...

h1 2007 h1 2007 results resultsresults presentation

long-term monitoring of vermont’s forest soils: early

h1 2019 results - pbinvestmedia.s3.amazonaws.com · h1 15...

management presentation of h1 2019 results · 8 segmental...

e.on road show - delivering step by step - h1/2017 ·...

q2 / h1 2015 results - vallourec - world leader in premium...

fy20 half year results · h1 h2 h1 h2 h1 h2 h1 h2 h1 h2 h1...

h1 2018 financial results - renault · investor relations...

long-term effects of early-life development: evidence …

charter court financial services group plc h1 2019...

intermot - advanced - motors iam series h1 … · pag. 16...