diversité du monde bactérien

Diversité du monde Bactérien

1-Introduction

2-Classification du monde vivant2.1-Classification phénotypique2.2-Classification phylogénétique: L’arbre du vivant2.3-Taxinomie2.4-LUCA

3-Les Archées

4-Diversité des Bactéries4.1-Thermotoga4.2-Aquifex4.3-Bacteroides/Cytophaga4.4-Planctomyces4.5-Cyanobactéries4.6-Spirochètes4.7-Proteobactéries4.8-Gram-positives4.9-Bactéries vertes filamenteuses

5-Explication d’une telle diversité5.1-Mutations et transfert horizontaux5.2-Transduction5.3-Transformation5.4-Conjugaison

6-La Métagénomique6.1-Principe6.2- Intérêt6.3- La métagénomique des Océans6.4-La métagénomique de notre corps6.4.4-Les microbes et nous6.4.5- « Human Microbiome Project » et « METAgenomics of the Human Intestinal Tract » 6.4.6-Un transfert horizontal entre un sushi et un japonais!!!

7-Conclusion

-Définir l’arbre du vivant (Les différents domaines du vivant-LUCA-Utilisation de l’ARN16S)

-Acquérir quelques notions de Taxinomie (Les différents niveaux)

-Savoir donner quelques caractéristiques des Archées (Caractéristiques cellulaires et métaboliques)

-Diversité des Bactéries (Citez les phyla majeurs et caractéristiques associées)

-Comprendre l’origine de la diversité bactérienne (Citez les mécanismes à l’origine du polymorphisme génétique)

-Définir/Comprendre/Analyser la métagénomique

Notions à Acquérir

Hier…

Anthonie Van Leeuwenhoek(1632-1723)

Haeckel(1866)

AnimaliaPlantaeProtista

(1950)

AnimaliaPlantaeProtistaMonera

Whittaker(1969)

AnimaliaPlantaeProtistaMoneraFungi

1960 Whittaker

2-Classification du monde vivant2.1-Classification phénotypique

Plantes AnimauxChampignons

Protistes

Monera

Whittaker's classification Tree of 1967

Hier…

Anthonie Van Leeuwenhoek(1632-1723)

Haeckel(1866)

AnimaliaPlantaeProtista

1950

AnimaliaPlantaeProtistaMonera

Whittaker(1969)

AnimaliaPlantaeProtistaMoneraFungi

WoeseFox

(1977)

ArchéesBactériesEucaryotes

2-Classification du monde vivant2.2-Classification phylogénétique

2-Classification du monde vivant2.2-Classification phylogénétique

Domaine:

Embranchement:

Des protéines paralogues anciennement dupliquées

Règne/Kingdom

Embranchement/Phylum/Division

Genre/genus

Eubacteria

Proteobacteria

Escherichia

Bacteria

Gamma Proteobacteria

Enterobacteriales

Enterobacteriaceae

Escherichia coli

2-Classification du monde vivant2.3-Taxinomie

2-Classification du monde vivant2.4-LUCA

3-Les Archées

http://fr.wikipedia.org/wiki/Bactéries_carrées_de_Walsby

Haloquadratum walsbyi

LUCA

Halobacterium et les marais salants

L’archée Ferroplasma acidarmanushttp://microbewiki.kenyon.edu/

Photo Karl Stetter

Pyrolobus fumarii

Blacksmoker in Atlantic Ocean

LUCA

Thermophiles avec un embranchement ancien

Thermotoga

Aquifex

4-Diversité des Bactéries4.1-Thermotoga4.2-Aquifex

Rappel

LUCA

Bacteroides

CytophagaKientz B. PLOS ONE 2012

4-Diversité des Bactéries4.3-Bacteroides/Cytophaga

LUCA

A thin-sectioned cell of Gemmata obscuriglobus prepared by a high-pressure freezing method, showing a clear nuclear body compartment bounded by a nuclear envelope that consists of two membranes. The nuclear envelope is clearly delineated by the ribosome-like particles. Courtesy of Kuo-Chang Lee and John A. Fuerst, University of Queensland

Planctomyces

4-Diversité des Bactéries4.4-Planctomyces

LUCA

Cyanobactéries

Spirochètes

4-Diversité des Bactéries4.5-Cyanobactéries4.6-Spirochètes

LUCA

4-Diversité des Bactéries4.7-Proteobactéries

Myxobactéries

Helicobacter pylori

Gram+

Gram-

microscopic image of a Gram stain of mixed Gram-positive cocci (Staphylococcus aureus ATCC 25923, purple) and Gram-negative bacilli (Escherichia coli ATCC 11775, red). Magnification:1,000”source: wikipedia

Rappel

LUCA

Chloroflexi

Staphyloccocus

Chloroflexux aurantiacus Pierson & Castenholz (1974) Arch. Microbiol. 100, 5-24.

4-Diversité des Bactéries4.8-Gram-positives4.9-Bactéries vertes filamenteuses

5-Explication d’une telle diversité5.1-Mutations et transfert horizontaux5.2-Transduction

Bactériophage T4. Modèle géant créépar l’artiste Gaelle Bauer pour les 4èmesjournées de microbiologie.

Conjugaison

5-Explication d’une telle diversité5.3-Transformation5.4-Conjugaison