bio16s :une interface web d’analyse du géne arnr 16s breakthrough session (hiba jabri)

Bio16S :Une Interface Web d’analyse du géne ARNr 16S

Breakthrough Session

Hiba JABRI

Hiba Jabri-Breakthrough session-2016 2

La vision Traitement des Bigdata

en Micro-biologie


Metagénomique

Métagenomique = l’étude de l’ensemble des génomes des population de micro-organismes dans un échantillon prélever.Gène 16S ARNr = Le gène est le marqueur génétique le plus connu utilisé pour identifier et classer les bactéries, notamment parce qu'il se compose à la fois de régions très bien conservées et de régions hypervariables.

Whole-genome shotgun

Géne 16S ARNr


Séquençage à haut débit

Géne 16S ARNr

Problème :Quantité de données à traiter est énorme,

Complexité,recoure à des outils boinformatiques...

L'objectif de l'analyse métagénomique est d'identifier l'abondance en microorganismes (qualité et quantité) dans un echantillon.


Outils de Metagénomique

Problème :Peu d'outils proposent une interface

conviviale pour le biologiste, la plus part des outils

sont en ligne de commande et génèrent des outputs difficile à interpréter


Interface Web : Bio16S

● Facilité d’utilisation de ces outils d’analyse par les biologistes via une interface web.● Gestion de données massives et complexes.● Traitement rapide et complet des données.

Solution proposée pour contourner ce problème


Solution proposée

utilisateur

Email :« html »

Charger un Fichier paire-end

« fastq »

Interface web

Pipeline d’interfaceMetagenomique du

géne 16SServeur

Envoi du résultatl'utilisateur sera alerté lorsque le job est fini


Exemple de Résultat


Stratégie d'accés au marché

● Diffusion de l'existence du service dans tout le réseau de l’institut Pasteur et dans les réseaux sociaux.


Le Marché disponible

● Tellement de données NGS publique ou privée qui sont très difficiles à exploités, il faut avoir toujours recoures a un bio-informaticiens.

● On vise tout d’abord Les marchés Nationaux (les hôpitaux, institution, les agences de surveillance de l’environnement, les industries...) et même internationaux.

● L'interface serait ouverte au pasteuriens et payante pour les utilisateurs extérieurs.


Équipe : Laboratoire de Bioinformatique

● Dr. Kais Ghedira (Biologist Assistant), Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : Superviseur du projet.

● Dr. Haïtham SGHAIER, (Profeseur associées au Centre National des Sciences et Technologies Nucléaires (CNSTN) ([email protected], Sidi Thabet Technoparc, 2020 Ariana,Tunisie) : Superviseur du projet.

● Hiba JABRI (Étudiante en thèse),Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : mètre au point un pipeline bioinformatique intégrant les différents outils d’analyse taxonomique

● Ines Tiouiri (Administateur systeme),Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT) : Administrateur système.


Nos besoins :Des Formations

● Formation en langage python, perl et XML: pour la combine des outils bioinformatique.

● Une formation en langage Php/ htmL/ CSS pour la création de l’interface web.

Des Formations


Merci pour votre attention

Contact : Hiba JABRI, Kais Ghedira ,Haithem Sghaier, ines Tiouiri Laboratoire de bioinformatique, bioMathématique et bioStatistique (BIMS), Institut Pasteur de Tunis (IPT), Tunis, Tunisie.Email : [email protected] : [email protected]

mailto:[email protected]

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