Data summaries and statistical analysis for the St. Mary (EP1365) and Shelterwood (EP1104.01) projects 

 

Submitted by Marc Jones 

Contract No. RE09SAK052 

 

This report provides summary tables, statistical analyses, and model diagnostics for data collected in 2008 for the St. Mary and Shelterwood projects. Summary tables provide means and standard deviations of treatments for vegetation layers, common species (species with mean cover values >1%), and species richness. Values are for 2008 data from the St. Mary (Table 1) and Shelterwood (Table 2) projects. Means and standard deviations of treatment units for the St. Mary and Shelterwood projects are provided in Appendix A and B, respectively. 

 Methods 

Two criteria were used to determine whether response variables would be analyzed with analysis of variance or a non‐parametric alternative (Kruskal‐Wallis test for St. Mary data, Friedman rank sum test for Shelterwood data): homogeneity of variance across treatment groups and the normal distribution of model residuals. I initially analyzed all variables with ANOVA, using a one‐way ANOVA based on plot averages (algebraically equivalent to a mixed model where plots are nested within treatment units) for St. Mary data and ANOVA for a randomized block design for the Shelterwood data. I examined diagnostic plots to determine whether model assumptions were met. I then compared ANOVA diagnostic plots after response cover values had been arcsine square root transformed (log transformed in the case of species richness data). For the St. Mary data, transformed cover values improved model assumptions for Amelanchier alnifolia, Juniperus communis, and Larix occidentalis, while transformation improved model assumptions in nearly all cases for the Shelterwood data (Appendices C and D). Finally, I tested the assumption of constant error variance with either Levene’s test (St. Mary data) or with the Breusch‐Pagan test using the Cook‐Weisberg criterion (Shelterwood data). Based on tests and diagnostic plots, all response variables were analyzed with ANOVA, except for Arctostaphylos uva‐ursi, Calamagrostis rubescens, Chimaphila umbellata, Linnaea borealis, Shepherdia canadensis, and Symphoricarpos albus, which were analyzed with Kruskal‐Wallis tests (St. Mary data), and the C vegetation layer, Acer glabrum, Amelanchier alnifolia, Mahonia aquifolium, and Ptilium crista‐castrensis, which were analyzed with Friedman tests (Shelterwood data). I assessed multiple comparisons between treatment levels for ANOVA models with Tukey’s Honest Significant Difference, which uses a Studentized range statistic with a specified family‐wise probability (set at α = 0.05). Multiple comparisons for Kruskal‐Wallis tests were done with two‐sample Wilcoxon rank sum tests with a Bonferroni correction. No post‐hoc testing was done for Friedman tests, as treatment effects were not significant in any of these models. Analysis results are incorporated into the treatment summary for the St. Mary data (Table 1), but are presented in Table 3 with transformed cover values for the Shelterwood data. Response values are based on summed cover values for the B1 and B2 layers.  

   

Table 1. Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by RBA treatments for 2008 St. Mary data. Differences in treatment means were evaluated using ANOVA (F‐ratio statistic based on 3 and 12 degrees of freedom), except for Arctostaphylos uva‐ursi, Calamagrostis rubescens, Chimaphila umbellata, Linnaea borealis, Shepherdia canadensis, and Symphoricarpos albus, which were evaluated with Kruskal‐Wallis tests (χ2‐statistic). F‐ratios for Amerlanchier alnifolia, Juniperus communis, and Larix occidentalis are based on arcsine square root transformed data. Means with different superscript letters are significantly different according to Tukey’s Honest Significant Different method (ANOVA models).   Treatments (μ ± sd)     

Layer  uncut  high  med  low  F / χ2  p B1  8.6 ± 4.7  10.3 ± 5.2  9.7 ± 7.1  8.9 ± 4.9  0.08  0.97 B2  17.2 ± 9.3  24.8 ± 6.7  23.3 ± 6.0  21.2 ± 4.1  0.95  0.45 C  6.3 ± 2.2a  14.8 ± 3.8b  20.4 ± 6.5b  14.4 ± 1.8ab  8.33  0.003 D  3.3 ± 1.3  5.6 ± 5.2  7.6 ± 5.6  3.1 ± 2.3  1.11  0.38              Species             AMELALN  1.4 ± 1.6  1.4 ± 1.4  1.9 ± 2.2  0.5 ± 0.4  0.64  0.60 ARCTUVA  0.0 ± 0.1  1.6 ± 1.3  2.5 ± 3.8  1.1 ± 1.2  8.15  0.04 CALARUB  3.5 ± 0.7  6.3 ± 2.0  9.3 ± 4.5  6.3 ± 3.0  6.83  0.08 CHIMUMB  0.9 ± 1.0  1.0 ± 0.6  1.0 ± 0.7  1.1 ± 0.2  0.37  0.95 JUNICOM  4.8 ± 9.3  1.0 ± 1.5  0.6 ± 1.0  1.6 ± 2.5  0.23  0.87 LARIOCC  0.3 ± 0.4  1.5 ± 0.9  1.4 ± 1.9  1.8 ± 1.5  2.24  0.14 LINNBOR  0.6 ± 0.4  2.1 ± 1.2  3.8 ± 0.9  3.7 ± 2.6  10.13  0.02 MAHOAQU  1.8 ± 0.8  3.0 ± 1.0  2.3 ± 1.4  3.9 ± 1.9  1.77  0.21 PSEUMEN  9.0 ± 4.8  12.2 ± 5.7  9.8 ± 6.4  11.0 ± 4.1  0.28  0.84 SHEPCAN  0.6 ± 0.6  3.9 ± 2.9  4.5 ± 6.3  2.0 ± 2.2  4.53  0.21 SPIRBET  6.3 ± 1.7  9.7 ± 1.5  7.4 ± 2.4  7.3 ± 2.6  1.84  0.19 SYMPALB  1.2 ± 1.1  1.0 ± 1.1  4.8 ± 5.6  0.8 ± 0.8  1.81  0.61 richness  13.0 ± 2.1  16.5 ± 2.9  18.2 ± 2.3  17.8 ± 2.8  3.42  0.05  

 

Table 2. Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by RBA treatments within blocks for 2008 Shelterwood data.   Treatments 

  15 m2  20 m2  30 m2  40 m2  60 m2 

Layer  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd Total  85.6  12.2  81.1  6.4  85.7  11.8  91.2  5.8  93.6  0.3 B1  28.5  22.0  21.2  19.2  8.0  8.8  4.3  4.8  6.9  0.4 B2  40.4  6.1  39.1  8.0  37.2  10.0  39.2  4.4  34.5  10.0 C  45.2  19.1  44.1  10.0  54.2  10.2  43.5  16.8  35.7  8.2 D  16.1  15.1  11.5  6.7  17.0  5.7  33.0  17.6  44.6  8.8                      Species                     ACERGLA  0.6  1.0  1.1  1.9  0.7  1.2  0.2  0.3  2.8  4.8 ALNUVIR  3.5  3.8  1.6  2.4  0.0  0.0  0.4  0.6  1.2  2.1 AMELALN  1.0  0.5  1.3  0.2  2.0  0.9  1.3  0.1  0.7  0.2 ARALNUD  3.0  2.2  3.4  3.8  4.6  4.4  4.3  4.8  4.5  3.6 ASTECIL  0.5  0.5  1.1  1.3  1.5  2.2  3.7  4.9  2.2  3.5 CALARUB  4.0  6.4  2.3  2.8  1.3  2.1  1.8  1.5  1.5  2.4 CLINUNI  1.7  1.2  1.5  1.7  1.5  1.1  0.9  0.9  1.3  1.1 CORNCAN  6.0  1.8  4.9  2.4  4.5  1.1  7.2  4.2  5.0  3.2 FRAGVES  1.7  1.9  2.1  2.4  3.2  5.1  2.8  3.9  1.4  1.8 LATHNEV  1.3  1.2  0.5  0.7  1.9  2.5  1.0  1.8  0.4  0.6 LINNBOR  16.4  5.3  18.0  2.5  19.5  7.5  11.5  3.9  6.5  2.9 MAHOAQU  0.8  0.3  0.7  0.5  0.8  0.7  1.8  2.0  1.2  1.2 ORYZASP  1.3  1.1  2.0  1.6  4.7  2.8  4.1  3.1  2.9  1.9 PICEENE  1.1  1.9  4.7  3.4  1.4  0.6  1.8  3.1  0.4  0.3 PLEUSCH  13.0  13.2  9.0  5.8  14.4  5.7  28.8  17.4  32.8  3.2 PSEUMEN  19.2  20.3  17.8  24.8  7.7  10.7  4.9  7.3  3.8  3.1 PTILCRI  2.3  3.7  0.5  0.6  0.2  0.1  0.6  0.4  4.0  3.2 RHYTTRI  0.1  0.2  0.2  0.2  0.8  0.6  1.3  1.5  2.8  3.1 ROSAACI  6.1  3.0  7.6  6.8  5.2  1.4  6.9  3.5  5.2  1.7 RUBUPAR  3.6  1.8  5.5  5.9  5.5  0.3  5.7  3.7  6.5  3.7 SHEPCAN  3.6  3.6  2.8  3.7  3.9  4.8  1.8  0.8  2.2  2.7 SPIRBET  2.9  1.0  4.7  3.3  3.1  1.9  4.1  1.5  3.5  2.9 SYMPALB  0.6  1.0  0.3  0.6  1.9  2.1  1.0  1.7  2.5  2.0 VACCMEM  4.9  3.7  3.2  2.0  3.5  4.3  7.2  7.5  1.6  1.3 richness  37.0  7.5  40.4  9.5  40.3  7.0  37.5  7.2  37.1  7.4 

 

 

Table 3. Arcsine square root transformed mean cover values of vegetation layers, common species, and species richness for 2008 Shelterwood data. Differences in treatment means were evaluated with ANOVA for randomized block design (F‐ratio statistic based on 4 and 8 degrees of freedom), except for the C vegetation layer, Acer glabrum, Amerlanchier alnifolia, Mahonia aquifolium, and Ptilium crista‐castrensis, which were evaluated with Friedman rank sum tests (χ2‐statistic). Means with different superscript letters are significantly different according to Tukey’s Honest Significant Different method.   Treatments     Layer  15 m2  20 m2  30 m2  40 m2  60 m2  F / χ2  p Total  68.8  64.4  68.8  73.3  75.3  1.79  0.22 B1  31.3a  26.0ac  14.9bc  10.8bc  15.2bc  7.43  0.008 B2  39.4  38.7  37.5  38.7  35.8  1.29  0.35 C  42.1  41.6  47.5  41.0  36.6  7.20  0.13 D  22.2a  19.2ab  24.1a  34.4a  41.9ac  5.13  0.02                Species               ACERGLA  2.5  3.5  2.7  2.0  5.6  0.44  0.98 ALNUVIR  9.8  5.2  0.0  2.0  3.7  1.93  0.20 AMELALN  5.5  6.6  8.0  6.6  4.7  6.40  0.17 ARALNUD  9.3  9.1  10.8  10.9  11.3  0.24  0.91 ASTECIL  3.5  4.9  5.1  8.9  5.9  1.80  0.22 CALARUB  8.7  7.4  4.9  7.2  5.0  0.47  0.76 CLINUNI  7.1  5.9  6.7  5.0  6.2  0.67  0.63 CORNCAN  14.1  12.5  12.1  15.0  12.5  0.34  0.85 FRAGVES  6.0  6.9  7.2  7.3  5.4  0.49  0.74 LATHNEV  5.2  3.2  6.4  3.6  2.8  0.78  0.57 LINNBOR  23.7a  25.1a  26.0a  19.6ab  14.4b  11.72  0.002 MAHOAQU  5.1  4.4  4.7  7.1  5.6  1.30  0.86 ORYZASP  5.9a  7.3ac  12.1bc  10.9ac  9.5ac  6.09  0.01 PICEENE  3.5  11.9  6.7  4.5  2.8  1.82  0.22 PLEUSCH  19.5  16.8  22.0  31.4  34.9  4.36  0.04 PSEUMEN  21.3  21.4  13.6  9.4  10.5  1.83  0.22 PTILCRI  6.6  3.4  2.3  4.5  10.7  4.50  0.34 RHYTTRI  1.7  2.0  4.7  5.6  8.7  3.79  0.05 ROSAACI  14.0  15.0  13.0  14.9  13.1  0.32  0.86 RUBUPAR  10.7  12.3  13.6  13.2  14.4  0.37  0.83 SHEPCAN  9.7  8.1  10.0  7.6  6.6  0.44  0.78 SPIRBET  9.7  12.0  9.8  11.6  10.2  1.87  0.21 SYMPALB  3.2  2.1  7.1  4.1  8.7  1.23  0.37 VACCMEM  12.3  9.9  9.4  12.6  6.6  1.00  0.46 richness  37.0  40.4  40.3  37.5  37.1  2.50  0.13  

Appendix A.  

Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by treatment units for 2008 St. Mary data.   Treatment Unit   1  2  3  4  5  6  7  8 Layer  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd 

B1  17.0  12.3  10.4  7.6  15.0  10.1  13.0  8.7  1.8  2.1  3.1  3.4  9.3  4.3  9.3  10.0 B2  16.9  5.7  18.0  10.4  9.1  3.1  25.5  8.3  31.4  11.9  29.0  8.7  22.4  9.2  13.0  5.9 C  27.8  14.2  10.6  6.0  4.6  1.2  16.3  6.3  22.8  10.2  18.3  8.7  13.3  5.5  7.9  6.0 D  14.3  11.2  11.8  12.0  3.3  3.0  6.0  7.9  0.8  0.7  0.7  0.9  0.4  0.5  4.0  10.5                                  Species                                 AMELALN  0.5  1.1  0.2  0.3  0.4  0.7  0.2  0.3  0.7  0.7  1.1  0.6  0.7  0.7  1.4  1.8 ARCTUVA  8.1  9.9  0.3  0.4  0.0  0.0  0.4  0.7  1.5  1.7  3.0  1.1  0.3  0.5  0.1  0.4 CALARUB  12.5  7.6  7.9  5.2  3.5  1.5  10.8  7.2  12.8  6.8  5.9  2.9  4.8  2.6  3.1  2.1 CHIMUMB  1.0  1.6  0.3  0.4  0.0  0.0  1.0  1.8  0.6  0.5  1.0  1.4  1.2  1.3  2.1  5.2 JUNICOM  2.1  5.2  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  3.1  8.8  5.3  10.6  0.0  0.0 LARIOCC  4.3  5.3  1.5  2.3  0.8  1.2  4.0  2.6  0.9  1.1  0.4  1.1  1.3  2.1  0.3  0.7 LINNBOR  4.7  5.3  1.1  1.7  0.4  0.7  1.6  1.5  2.5  1.5  1.1  1.4  5.3  3.5  0.7  1.2 MAHOAQU  0.8  0.7  2.0  3.3  1.4  0.9  2.0  1.2  3.4  1.8  3.6  3.1  5.9  4.3  2.8  3.2 PSEUMEN  16.6  14.5  10.8  7.1  15.4  9.6  14.6  12.5  2.6  2.4  4.9  3.9  9.9  4.0  9.7  9.2 SHEPCAN  1.4  1.7  1.5  2.8  0.4  1.1  5.3  8.9  13.9  11.7  7.3  3.8  1.3  1.7  0.3  0.7 SPIRBET  10.1  5.0  11.4  7.2  5.3  2.3  10.9  2.7  5.9  2.9  9.1  4.5  4.8  1.7  5.5  4.4 SYMPALB  0.2  0.3  0.1  0.4  0.0  0.0  0.0  0.0  7.0  9.0  2.0  1.3  1.8  2.4  2.0  2.3 richness  16.3  2.6  12.4  4.3  10.8  3.8  14.1  1.8  17.1  6.2  18.8  3.8  19.3  3.3  14.8  6.8  

 

 

Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by treatment units for 2008 St. Mary data.   Treatment Unit   9  10  11  12  13  14  15  16 Layer  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd 

B1  15.1  10.6  11.4  4.2  6.0  4.8  4.3  5.1  1.9  2.6  6.0  3.3  14.1  10.7  12.5  4.1 B2  20.3  10.6  15.8  5.1  22.6  17.0  16.1  8.6  21.1  9.6  30.5  12.6  22.5  5.2  31.9  9.4 C  12.6  6.0  12.5  4.8  12.4  7.0  8.5  5.0  15.8  8.1  4.3  2.9  18.8  6.8  17.8  7.6 D  2.0  3.4  3.1  2.6  6.6  7.4  1.4  1.7  3.0  3.9  4.4  7.1  8.8  8.6  8.0  8.1                                  Species                                 AMELALN  1.1  1.1  0.2  0.3  1.3  1.4  3.8  6.4  1.0  1.2  0.2  0.3  5.3  9.0  3.4  3.7 ARCTUVA  0.6  1.1  2.8  3.1  0.1  0.1  0.0  0.0  0.9  1.1  0.0  0.0  0.2  0.3  2.5  3.5 CALARUB  3.6  1.2  5.3  2.3  3.1  2.4  4.5  4.7  4.5  2.4  3.0  2.5  8.8  4.7  7.9  5.7 CHIMUMB  1.8  1.9  1.3  2.3  0.3  0.4  1.4  2.4  0.9  1.1  0.3  0.7  2.0  1.9  0.9  1.0 JUNICOM  1.0  1.5  0.0  0.0  0.0  0.0  0.3  0.7  1.0  1.9  18.8  15.8  0.1  0.4  0.0  0.0 LARIOCC  2.5  6.3  1.0  1.8  0.1  0.4  0.0  0.0  0.8  0.9  0.0  0.0  0.4  1.1  1.6  2.3 LINNBOR  3.5  3.1  1.4  1.6  4.0  3.5  1.1  1.7  6.6  9.3  0.1  0.4  3.9  3.7  2.5  3.2 MAHOAQU  4.0  3.4  2.5  1.2  3.6  6.7  2.1  1.6  5.1  2.5  1.0  1.3  1.3  1.0  2.4  2.9 PSEUMEN  15.7  9.8  13.8  3.3  6.4  5.1  4.4  5.9  5.6  3.2  6.7  2.7  13.5  11.2  17.6  7.5 SHEPCAN  1.5  2.1  0.8  1.2  0.1  0.4  0.4  0.5  0.6  0.9  1.5  2.0  2.5  3.1  5.5  7.0 SPIRBET  8.0  2.3  7.4  4.0  4.9  2.5  5.5  3.3  6.0  4.7  8.9  4.5  8.8  3.3  10.3  7.0 SYMPALB  1.9  3.4  0.2  0.3  11.8  16.7  2.3  2.0  1.1  1.5  0.5  0.8  0.3  0.5  0.1  0.4 richness  18.3  5.3  17.3  2.5  21.5  5.3  14.8  4.0  20.6  7.2  11.8  4.2  17.8  4.9  16.8  2.7  

Appendix B Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by treatment units for 2008 Shelterwood data.   Treatment Unit 

  BEE‐15  BEE‐20  BEE‐30  BEE‐40  BEE‐60  GLR‐15  GLR‐20  GLR‐30 

Layer  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd 

Total  71.6  44.3  83.4  33.8  72.3  44.6  84.6  12.0  93.5  4.4  94.3  6.5  86.1  13.2  94.1  3.6 

B1  53.8  23.0  43.1  27.3  18.1  18.5  9.8  7.8  7.4  6.7  18.1  11.6  13.1  14.5  3.5  2.6 

B2  39.1  10.2  43.5  17.3  44.4  10.2  40.0  12.7  40.9  14.6  47.0  18.6  44.0  14.7  41.5  10.7 

C  25.6  14.0  37.3  20.6  44.8  18.6  24.4  16.6  37.1  21.9  46.3  12.7  39.4  14.1  52.9  10.6 

D  33.3  24.6  17.6  10.0  22.3  15.2  42.6  20.3  36.3  13.0  10.1  9.2  4.4  3.3  10.9  9.6 

Species                                 

ACERGLA  0.0  0.0  0.0  0.0  2.0  5.7  0.5  1.4  0.0  0.0  1.7  2.2  3.3  6.1  0.0  0.0 

ALNUVIR  7.8  11.9  0.4  1.1  0.0  0.0  1.1  3.2  0.0  0.0  0.8  2.1  0.0  0.0  0.0  0.0 

AMELALN  0.5  1.1  1.1  1.6  3.0  2.0  1.3  1.2  0.6  0.7  0.9  0.9  1.3  1.6  1.8  2.6 

ARALNUD  3.1  2.2  7.6  4.7  4.5  3.4  2.1  2.6  5.5  4.6  5.1  3.5  2.2  1.2  9.0  4.3 

ASTECIL  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.1  0.2  0.0  0.0  0.4  0.7  0.9  1.8  0.4  1.1 

CALARUB  0.6  1.4  0.1  0.4  0.1  0.4  3.4  4.7  0.0  0.0  0.1  0.4  1.3  3.5  0.1  0.2 

CLINUNI  2.9  2.9  3.4  2.4  2.6  1.4  0.7  0.9  2.5  3.0  1.8  1.1  1.0  0.9  1.5  1.1 

CORNCAN  4.6  4.5  7.6  4.9  4.0  1.2  2.5  2.5  8.5  11.9  8.0  5.4  3.8  2.6  5.8  4.1 

FRAGVES  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  1.4  1.4  1.6  2.7  0.5  0.7 

LATHNEV  0.0  0.0  0.0  0.0  1.0  2.8  0.0  0.0  0.0  0.0  2.3  2.2  0.3  0.3  0.0  0.0 

LINNBOR  12.0  10.0  17.6  17.3  15.0  11.6  11.8  12.5  8.5  7.3  22.3  8.3  20.7  12.6  28.3  10.4 

MAHOAQU  0.6  0.6  1.1  1.0  1.5  1.4  0.6  0.4  2.6  1.7  1.1  0.8  0.7  1.0  0.2  0.2 

ORYZASP  0.1  0.2  0.2  0.2  1.9  2.4  0.8  1.0  1.5  2.0  2.2  3.3  3.3  2.8  4.5  3.8 

PICEENE  0.0  0.0  8.2  21.8  1.9  3.6  5.4  6.5  0.6  1.6  3.3  7.3  4.8  9.8  0.8  2.2 

PLEUSCH  27.9  19.5  14.9  8.9  20.6  14.8  39.3  20.4  31.0  12.6  8.1  8.6  3.3  3.2  9.4  9.3 

PSEUMEN  40.5  30.2  46.4  20.3  20.1  20.4  13.3  16.6  7.2  11.1  17.1  18.5  4.6  6.9  1.3  3.6 

PTILCRI  6.6  8.5  1.1  1.4  0.2  0.3  0.4  0.7  0.7  1.7  0.4  1.0  0.1  0.2  0.1  0.2 

RHYTTRI  0.4  0.7  0.4  0.7  0.8  0.8  1.0  0.9  1.3  1.7  0.0  0.1  0.0  0.0  0.2  0.2 

ROSAACI  2.9  2.0  2.7  3.5  4.1  4.6  3.8  2.5  3.9  3.3  6.6  5.4  4.7  4.9  4.6  2.8 

RUBUPAR  5.6  6.5  2.7  3.6  5.8  5.0  1.7  3.5  4.4  12.4  3.0  3.9  12.3  12.4  5.3  8.1 

SHEPCAN  0.3  0.7  0.9  2.1  1.3  2.4  2.7  3.2  1.3  2.4  7.4  7.7  7.0  12.1  9.4  9.2 

SPIRBET  4.0  4.0  8.4  5.0  5.3  2.5  5.6  3.6  6.9  7.5  2.6  3.6  2.9  2.6  2.4  2.0 

SYMPALB  0.0  0.0  0.0  0.0  4.3  4.0  0.0  0.0  1.0  1.9  1.8  4.2  1.0  2.4  0.8  1.7 

VACCMEM  3.2  2.8  4.9  6.5  1.3  1.5  6.6  4.9  2.5  2.6  9.1  6.2  3.9  2.6  8.4  4.9 

richness  28.4  4.7  29.4  3.1  33.4  5.7  29.3  4.7  28.6  6.7  40.6  7.1  45.5  5.7  40.0  3.9 

  

Mean cover values and standard deviations of vegetation layers, common species, and species richness by treatment units for 2008 Shelterwood data.   Treatment Unit 

  GLR‐40  GLR‐60  UBC‐15  UBC‐20  UBC‐30  UBC‐40  UBC‐60 

Layer  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd  μ  sd 

Total  93.3  2.9  93.4  2.5  91.0  6.2  73.9  33.4  90.6  4.1  95.8  3.1  93.9  6.6 B1  2.1  3.5  6.8  5.2  13.6  17.7  7.5  4.7  2.3  2.3  1.0  1.9  6.6  6.5 B2  43.1  18.5  39.8  10.9  35.0  10.7  29.9  14.5  25.8  9.3  34.4  9.4  23.0  8.5 C  49.8  12.9  26.9  11.9  63.8  16.0  55.6  18.6  65.0  12.2  56.3  14.1  43.1  15.6 D  12.8  15.4  43.9  15.2  5.0  2.7  12.4  8.6  17.9  10.3  43.8  19.4  53.8  15.3 Species                             

ACERGLA  0.1  0.4  8.3  9.2  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0 ALNUVIR  0.0  0.0  0.0  0.0  2.1  5.8  4.4  6.1  0.0  0.0  0.0  0.0  3.6  5.6 AMELALN  1.2  0.9  0.5  0.4  1.5  1.2  1.6  1.0  1.2  1.3  1.4  0.8  0.8  1.1 ARALNUD  9.9  4.2  7.5  2.9  0.7  0.8  0.3  0.2  0.2  0.2  1.1  1.0  0.6  0.6 ASTECIL  1.7  3.1  0.2  0.4  1.0  1.3  2.5  2.1  4.0  2.1  9.3  5.8  6.3  2.9 CALARUB  0.5  0.9  0.3  0.7  11.4  10.7  5.4  6.6  3.8  2.5  1.4  2.8  4.3  4.2 CLINUNI  1.9  1.1  1.2  0.9  0.4  0.4  0.1  0.0  0.5  0.5  0.2  0.4  0.3  0.4 CORNCAN  10.5  3.7  4.6  4.7  5.4  3.8  3.2  2.4  3.6  1.6  8.5  5.2  2.0  0.8 FRAGVES  1.2  1.7  0.7  0.6  3.8  5.0  4.8  5.6  9.1  12.8  7.3  4.4  3.5  0.9 LATHNEV  0.0  0.0  0.2  0.2  1.5  2.4  1.3  1.5  4.8  4.0  3.1  1.6  1.1  1.1 LINNBOR  15.3  8.3  7.8  8.2  15.0  7.9  15.8  7.4  15.4  9.8  7.4  5.9  3.1  2.5 MAHOAQU  0.8  1.7  0.2  0.2  0.8  1.4  0.2  0.2  0.5  0.6  4.1  5.6  0.9  1.3 ORYZASP  4.6  3.5  2.1  1.6  1.8  2.2  2.4  2.6  7.5  5.0  7.0  3.5  5.1  2.4 PICEENE  0.0  0.0  0.5  1.4  0.0  0.0  1.3  2.0  1.5  2.9  0.0  0.0  0.0  0.0 PLEUSCH  8.8  10.5  30.9  15.1  3.1  2.6  8.8  9.1  13.1  5.4  38.4  16.3  36.4  18.6 PSEUMEN  1.5  3.2  3.0  8.5  0.0  0.0  2.4  4.6  1.8  5.0  0.0  0.0  1.1  3.2 PTILCRI  0.4  0.7  7.2  8.7  0.0  0.1  0.1  0.4  0.3  0.4  1.1  1.6  4.1  6.5 RHYTTRI  0.0  0.1  0.8  1.4  0.0  0.0  0.1  0.4  1.3  2.7  2.9  3.9  6.4  6.3 ROSAACI  6.3  5.8  7.1  2.0  8.9  4.9  15.4  10.6  6.8  3.8  10.8  7.2  4.6  2.3 RUBUPAR  9.0  7.0  10.7  11.1  2.2  3.1  1.5  1.6  5.5  4.5  6.5  5.3  4.3  3.2 SHEPCAN  1.7  2.4  5.3  6.5  3.3  4.9  0.4  1.1  1.0  1.8  1.1  1.4  0.0  0.0 SPIRBET  4.1  5.1  1.8  1.1  2.1  2.1  2.7  3.4  1.6  1.1  2.7  1.8  1.8  1.0 SYMPALB  0.2  0.4  1.8  3.4  0.1  0.4  0.0  0.0  0.6  0.7  3.0  2.9  4.8  4.5 VACCMEM  15.0  13.3  2.3  3.2  2.4  2.4  0.9  0.9  0.7  0.8  0.0  0.0  0.1  0.4 richness  41.1  4.7  40.3  4.4  41.9  7.1  46.3  8.2  47.4  3.9  42.1  4.8  42.4  1.9 

Appendix C  Diagnostic plots of ANOVA model assumptions for 2008 St. Mary data. The leftmost plot shows model residuals against the fitted values: a trend in the mean implies a violation of the assumption of independence, while a trend in the variability of residuals implies a violation of the assumption of constant variance. The middle plot is a normal quantile‐quantile plot of standardized model residuals against quantiles from a standard normal distribution: a linear relationship between the two implies that the assumption of normally distributed residuals has been met. The rightmost graph plots the square root of the standardized residuals against fitted values: a trend in the relationship implies a violation of the constant variance assumption. Arcsine square root transformed response values were used in models where transformation improved model assumptions. 

 asin sqrt transformed AMELALN 

  

asin sqrt transformed ARCTUVA 

 

   

 B1 layer 

 

B2 layer 

 

C layer 

 

 

 

CALARUB 

 

CHIMUMB 

 

D layer 

 

 

 

asin sqrt transformed JUNICOM  

 

asin sqrt transformed LARIOCC 

 

asin sqrt transformed LINNBOR 

 

 

 MAHOAQU 

 

 

PSEUMEN 

 

asin sqrt transformed SHEPCAN 

 

SPIRBET 

 

SYMPALB 

  

Species Richness 

 

 

Appendix D  

Diagnostic plots of ANOVA model assumptions for 2008 Shelterwood data. The leftmost plot shows model residuals against the fitted values: a trend in the mean implies a violation of the assumption of independence, while a trend in the variability of residuals implies a violation of the assumption of constant variance. The middle plot is a normal quantile‐quantile plot of standardized model residuals against quantiles from a standard normal distribution: a linear relationship between the two implies that the assumption of normally distributed residuals has been met. The rightmost graph plots the square root of the standardized residuals against fitted values: a trend in the relationship implies a violation of the constant variance assumption. Response values were arcsine square root transformed for all variables. 

 

ACERGLA 

   

ALNUVIR 

  

 

AMELALN 

   

ARALNUD 

   

ASTECIL 

      

B1 Layer 

   

B2 Layer 

   

C Layer 

      

CALARUB 

   

CLINUNI 

   

CORNCAN 

      

D Layer 

   

FRAGVIR 

   

LATHNEV 

      

LINNBOR 

   

MAHOAQU 

   

ORYZASP 

      

PICEENE 

   

PLEUSCH 

   

PSEUMEN 

      

PTILCRI 

   

RHYTTRI 

   

ROSAACI 

      

RUBUPAR 

   

SHEPCAN 

   

SPIRBET 

      

SYMPALB 

   

TOTAL 

   

VACCMEM 

      

Species Richness