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This presentation is part of the European Joint Programme One Health EJP. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under Grant Agreement No 773830. Das One Health EJP Glossar Eine web-basierte Lösung zur Unterstützung der sektor-übergreifenden Kommunikation im „One Health“ Bereich Tasja Buschhardt, Taras Günther, Matthias Filter BfR-Symposium „Zoonosen und Lebensmittelsicherheit“ 04.11.2019, Berlin

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Page 1: Das One Health EJP Glossar - BfR · • Über KNIME Server Infrastruktur: Kuratoren von ORION, COHESIVE & NOVA Automatisierter Webdienst „Glossar Text Mining“ • Unterstützung

This presentation is part of the European Joint Programme One Health EJP. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under Grant Agreement No 773830.

Das One Health EJP Glossar

Eine web-basierte Lösung zur Unterstützung der sektor-übergreifenden Kommunikation im „One Health“ Bereich

Tasja Buschhardt, Taras Günther, Matthias Filter

BfR-Symposium „Zoonosen und Lebensmittelsicherheit“

04.11.2019, Berlin

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Agenda

Vorstellung von One Health EJP & AGINFRA+

OHEJP Glossar - Hintergrund

OHEJP Glossar - Entwicklungsstrategie

OHEJP Glossar - Technische Infrastruktur

OHEJP Glossar – Ausblick

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• Entwicklung effektiver Lösungsansätze für die Prävention und Überwachung von Zoonosen und Antibiotikaresistenzen

• Sektorenübergreifende und transdisziplinäre Zusammenarbeit zwischen nationalen und internationale Einrichtungen

European Joint Programme (EJP)

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HORIZON 2020 50% CO-FUNDED € 90 MILLION

39 ORGANISATIONS IN 19 MEMBER STATES

5 YEAR PROGRAMME

https://onehealthejp.eu/

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One Health EJP Projekte (2018 – 2022)

Creating a network of research institutes that focuses on food-borne zoonoses, antimicrobial resistance and emerging zoonotic threats

Joint Research Projects (JRPs)

Education & Training

Joint Integrative Projects (JIPs)

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Aims to exploit core e-infrastructures such as EGI.eu, OpenAIRE,

EUDAT and D4Science and customize/ extend them towards

providing a sustainable channel for addressing adjacent but not fully

connected user communities around Agriculture and Food

The AGINFRA+ Projekt (2017 – 2019)

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AGINFRA+ basiertes Virtual Research Environments (VRE)

https://aginfra.d4science.org/home

Virtual Research Environments =

ein geschützter Raum im WWW

Für vereinfachte Zusammenarbeit

Zum Teilen, Speichern und Bearbeiten von Daten

Für besseres Wissensmanagement

Private und öffentlich zugängliche Bereiche

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Vorstellung von One Health EJP & ANGINFRA+

OHEJP Glossar - Hintergrund

OHEJP Glossar - Entwicklungsstrategie

OHEJP Glossar - Technische Infrastruktur

OHEJP Glossar – Ausblick

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Problem für Kommunikation und Zusammenarbeit: One Health Sektoren „sprechen“ unterschiedliche „Sprachen“

Motivation

Bedarf eines One Health Glossars

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Zielsetzung

Sector-specific

definitions

Cross-sectoral

definitions

Cross-sectoral terms

Sector- specific terms

Highlight consensus & differences

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Vorstellung von One Health EJP & AGINFRA+

OHEJP Glossar - Hintergrund

OHEJP Glossar - Entwicklungsstrategie

OHEJP Glossar - Technische Infrastruktur

OHEJP Glossar – Ausblick

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Arbeitsgruppen mit Fachexperten aus verschiedenen One Health Sektoren

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Entwicklungsstrategie

Terms provided by OHS experts from

each sector

Setting the frame: defining aim, scope, etc.

Adopted stakeholder

definitions, where available

Created list of reference sources from stakeholders*

Performed several reviewing rounds

Introduced term categories**

* https://bit.ly/2M2IeNV ** https://urlzs.com/J5vTg

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Gewonnen Erkenntnisse

Spezielle Kurations- und Wartungsinfrastruktur wird benötigt

Integration mit Literaturverwaltungsprogramm

Kontinuierliche Qualitätskontrolle und Einheitlichkeitsprüfung

Sektorenübergreifende und transdisziplinäre Zusammenarbeit

Sinnvoll, Begriffe und Definitionen an einem Ort zu haben

Glossar Portal

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Vorstellung von One Health EJP & AGINFRA+

OHEJP Glossar - Hintergrund

OHEJP Glossar - Entwicklungsstrategie

OHEJP Glossar - Technische Infrastruktur

OHEJP Glossar – Ausblick

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Technische Infrastruktur & Software

Arbeiten in Google Sheets Gleichzeitig an derselben Tabelle arbeiten mit live Updates.

Entwickelte App Scripts Um Versionierung zu verfolgen Für einheitliche Formatierung von Metadaten

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Anforderungen an das Glossar Portal

OHEJP Glossar

Benutzer-freundliche

Bedienoberfläche Frei zugängliche

Infrastruktur

Gemeinsam-nutzbare und

referenzierbare Inhalte

Such- und Filterfunktion

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Das OHEJP Glossar Portal - Zugang

Endnutzer

Offizielle ORION-Webseite

Direkter Link zum Glossar Portal

Direkter Link zu jeder Definition

https://foodrisklabs.bfr.bund.de/oh-collaboration/ https://aginfra.d4science.org/web/orionknowledgehub/catalogue

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Das OHEJP Glossar Portal – Infrastruktur in VRE

https://foodrisklabs.bfr.bund.de/oh-collaboration/ https://aginfra.d4science.org/web/orionknowledgehub/catalogue

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Das OHEJP Glossar Portal – Tags

https://foodrisklabs.bfr.bund.de/oh-collaboration/ https://aginfra.d4science.org/web/orionknowledgehub/catalogue

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Das OHEJP Glossar Portal – Metadaten

Definition

Identifizierungskennzeichen

eindeutige Ressourcenbezeichner

Referenzinformation

Sektor, Kategorie, Status der Definition

Link zu Literaturverwaltungsprogramm

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Vorstellung von One Health EJP & AGINFRA+

OHEJP Glossar - Hintergrund

OHEJP Glossar - Entwicklungsstrategie

OHEJP Glossar - Technische Infrastruktur

OHEJP Glossar – Ausblick

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Das OHEJP Glossar – Ausblick

Kurationsstrategie • Über KNIME Server Infrastruktur: Kuratoren von ORION,

COHESIVE & NOVA

Automatisierter Webdienst „Glossar Text Mining“ • Unterstützung der Übernahme harmonisierter Begriffe in OH-

Überwachungsberichte aus verschiedenen OH-Sektoren

Versionierungsstrategie • Ein System zur Erfassung von Änderungen an Begriffen und

Definitionen, um unterschiedliche Versionsstände zu erhalten

Glossary Webinar • https://data.d4science.net/nPk4

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An das OHEJP Glossar Team Valerie De Waele, Maria-Eleni Filippitzi ,Jörn Gethmann, Sandra Stelzer, Mia Torpdahl, Taran Skjerdal, Fernanda Dorea, Victor Oliveira, Jenny Frössling, Lesley Larkin, Soeren Aabo, Johanne Ellis-Iversen, Solveig Jore, Zuzana Nordeng, Katrin Kuhn, Umaer Naseer, Marika Hjertqvist, Estibaliz Lopez de Abechuco Garrido, Kitty Maassen, Mathilde Uiterwijk, Taras Günther, Matthias Filter

UND an das AGINFRA+ Team & unsere BfR Kollegen, die uns bei der technischen Entwicklung des Glossar Portals unterstützt haben: Leonardo Candela, Ahmad Swaid, Thomas Schüler, Esther Sundermann, Lars Valentin This work was also supported by the AGINFRA PLUS project funded by the European Commission's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 731001.

Danksagung

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This presentation is part of the European Joint Programme One Health EJP. This programme has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under Grant Agreement No 773830.

Thank you for your attention!

[email protected]

Danke für Ihre Aufmerksamkeit!

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Sektorspezifische Glossararbeit- Ein wichtiger Schritt in der Glossarentwicklung

Common glossary

Animal health glossary

Food safety glossary

Public health glossary

Merged glossary

Sector-specific glossaries

61 terms 390 terms