Download - Cours docking gros grain
![Page 2: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/2.jpg)
À l’exception des illustrations et images dont les crédits sontindiqués à la fin du document et dont les droits appartiennent àleurs auteurs respectifs, le reste de ce cours est sous licenceCreative Commons Paternité (CC-BY).http://creativecommons.org/licenses/by/2.0/fr/
PP Université Paris Diderot - Paris 7 2
![Page 3: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/3.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 3
![Page 4: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/4.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 4
![Page 5: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/5.jpg)
Docking ?
PP Université Paris Diderot - Paris 7 5
![Page 6: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/6.jpg)
Amarrage moléculaire
![Page 7: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/7.jpg)
The Machinery of Life D. Goodsell
![Page 8: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/8.jpg)
Model of the bacterial cytoplasm
![Page 9: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/9.jpg)
Pourquoi ?
fonctionl
interaction (complexe)
S. cerevisiae ∼ 4 000 protéines ∼ 2/3 en complexesKrogan et al., Nature 440 : 637 (2006)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 9
![Page 10: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/10.jpg)
intégrines αIIb + β3 (3FCS)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 10
![Page 11: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/11.jpg)
sHSP 1GME 12-mère (1GME)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 11
![Page 12: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/12.jpg)
nucléosome (1KX5)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 12
![Page 13: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/13.jpg)
Docking in silico
Prédire un complexe(macro)moléculaire
PP Université Paris Diderot - Paris 7 13
![Page 14: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/14.jpg)
Principe
PP Université Paris Diderot - Paris 7 14
![Page 15: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/15.jpg)
Principe (2)
Prédire un complexe (macro)moléculaire
1. Explorationdes associations possibles
2. Évaluationscoring
PP Université Paris Diderot - Paris 7 15
![Page 16: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/16.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 16
![Page 17: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/17.jpg)
Gros grain
1 bille (grain) = n atomes
PP Université Paris Diderot - Paris 7 17
![Page 18: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/18.jpg)
Intérêt principal
PP Université Paris Diderot - Paris 7 18
![Page 19: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/19.jpg)
Un modèle de protéine
PP Université Paris Diderot - Paris 7 19
Zacharias, Protein Sci 12 : 1271 (2003)
![Page 20: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/20.jpg)
Résolution et modèle gros graintrypsine et son inhibiteur (PDB 1BZX)
tout-atome(2133 part.)
Zacharias(603 part.)
Cα(280 part.)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 20
![Page 21: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/21.jpg)
Un modèle d’ADN
PP Université Paris Diderot - Paris 7 21
Poulain et al.,J Comput Chem 39 : 2582 (2008)
![Page 22: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/22.jpg)
Un modèle d’ADN (2)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 22
![Page 23: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/23.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 23
![Page 24: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/24.jpg)
PTools
bibliothèque C++/Python [GPL]
protéine – ADN
atome – gros grain
https://launchpad.net/ptools
PP Université Paris Diderot - Paris 7 24
Saladin et al., BMC Struct Biol 9 : 27 (2009)
![Page 25: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/25.jpg)
ATTRACT
Amarragegros grain
systématiqueen corps rigides
PP Université Paris Diderot - Paris 7 25
![Page 26: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/26.jpg)
Amarrage gros grain
PP Université Paris Diderot - Paris 7 26
![Page 27: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/27.jpg)
Amarrage systématique
∼ 60 000 positionsPP Université Paris Diderot - Paris 7 27
![Page 28: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/28.jpg)
Amarrage en corps rigidesRigid body docking
PP Université Paris Diderot - Paris 7 28
![Page 29: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/29.jpg)
6 degrés de liberté
PP Université Paris Diderot - Paris 7 29
![Page 30: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/30.jpg)
Énergie d’interaction
IJ
E =∑i∈I
∑j∈J
(Bij
r8ij−
Cij
r6ij
)+∑i∈I
∑j∈J
(qiqj
εrij
)
ε = 15rij
PP Université Paris Diderot - Paris 7 30
![Page 31: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/31.jpg)
Protocole complet
PP Université Paris Diderot - Paris 7 31
![Page 32: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/32.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 32
![Page 33: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/33.jpg)
Étude de cas 1
Insights on protein-DNA recognitionby coarse grain modelling
P. Poulain, A. Saladin, B. Hartmann et C. PrévostJ Comput Chem 29 : 2582 (2008)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 33
![Page 34: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/34.jpg)
Étude de cas 1
(a) ETS-1/DNAPDB 1K79
(b) ARC/DNAPDB 1PAR
(c) E2/DNAPDB 2BOP
(d) I-PpoI/DNAPDB 1A74
(e) TBP/DNAPDB 1YTB
(f) NFATC1/DNAPDB 1A66
PP Université Paris Diderot - Paris 7 34
![Page 35: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/35.jpg)
Modélisation gros grain
PP Université Paris Diderot - Paris 7 35
![Page 36: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/36.jpg)
Modélisation gros grain 2
PP Université Paris Diderot - Paris 7 36
![Page 37: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/37.jpg)
Résultats
PP Université Paris Diderot - Paris 7 37
![Page 38: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/38.jpg)
Étude de cas 2
Modeling the early stageof DNA sequence recognition
within RecA nucleoprotein filaments
A. Saladin, C. Amourda, P. Poulain, N. Férey,M. Baaden, M. Zacharias, O. Delalande et C. Prévost
Nucleic Acids Res 38 : 6313 (2010)
PP Université Paris Diderot - Paris 7 38
![Page 39: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/39.jpg)
Les questions
PP Université Paris Diderot - Paris 7 39
![Page 40: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/40.jpg)
Quelques réponses
PP Université Paris Diderot - Paris 7 40
![Page 41: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/41.jpg)
D’autres questions
PP Université Paris Diderot - Paris 7 41
![Page 42: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/42.jpg)
![Page 43: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/43.jpg)
D’autres méthodes
PP Université Paris Diderot - Paris 7 43
![Page 44: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/44.jpg)
D’autres réponses
http://www.ibpc.fr/chantal/VR-RecA.m4v
PP Université Paris Diderot - Paris 7 44
![Page 45: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/45.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 45
![Page 46: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/46.jpg)
ATTRACT et les autresHigh Ambiguity Driven biomolecular DOCKing (HADDOCK)http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/http://haddock.chem.uu.nl/services/HADDOCK/haddock.php [server]
RosettaDockhttp://graylab.jhu.edu/docking/rosetta/http://rosettadock.graylab.jhu.edu/ [server]
Hexhttp://hex.loria.fr/http://hexserver.loria.fr/ [server]
DOThttp://www.sdsc.edu/CCMS/DOT/
PP Université Paris Diderot - Paris 7 46
![Page 47: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/47.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 47
![Page 48: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/48.jpg)
Complexes (macro)moléculaires
= « machines » du vivant
Comprendre leur organisation↓
Docking
PP Université Paris Diderot - Paris 7 48
![Page 49: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/49.jpg)
Complexes (macro)moléculaires 2
= xxxxxxxxx atomes
Simulations↓
gros grain + corps rigide
PP Université Paris Diderot - Paris 7 49
![Page 50: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/50.jpg)
Menu1 Docking
2 Gros grain
3 PTools/ATTRACT
4 Études de cas
5 ATTRACT et les autres
6 Conclusion
7 Collaborateurs, références et créditsgraphiques
PP Université Paris Diderot - Paris 7 50
![Page 51: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/51.jpg)
CollaborateursDSIMBInserm UMR-S 665 et Université Paris Diderot - Paris 7 (Paris)B. Hartmann
MTiInserm UMR-M 973 et Université Paris Diderot - Paris 7 (Paris)A. Saladin
LBTIBPC, CNRS UPR 9080 (Paris)C. Amourda, O. Delalande, N. Férey, M. Baaden, C. Prévost
LCMBACMRS UMR 6001 et Université de Nice-Sophia Antipolis (Nice)S. Fiorucci
Physik-DepartmentTechnische Universität München (Munich)M. Zacharias
PP Université Paris Diderot - Paris 7 51
![Page 52: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/52.jpg)
RéférencesCoarse-grained models for proteinsTozzini V, Curr Opin Struct Bio 15 :144 (2005)doi 10.1016/j.sbi.2005.02.005
Protein-protein docking with a reduced protein model accounting forside-chain flexibilityZacharias M, Protein Sci 12 :1271 (2003)doi 10.1110/ps.0239303
Insights on protein-DNA recognition by coarse grain modellingPoulain P et al., J Comput Chem 29 : 2582 (2008)doi 10.1002/jcc.21014
PTools : an opensource molecular docking librarySaladin A et al., BMC Struct Biol 9 : 27 (2009)doi 10.1186/1472-6807-9-27
Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecAnucleoprotein filamentsSaladin A et al., Nucleic Acids Res 38 : 6313 (2010)doi 10.1093/nar/gkq459
PP Université Paris Diderot - Paris 7 52
![Page 53: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/53.jpg)
Références 2The Machinery of LifeGoodsell D S, Springer-Verlag (2009)ISBN 978-0387849249existe en français : La machinerie de la vie, EDP Sciences (2010)
Protein-protein complexesZacharias M, World Scientific (2010)ISBN 978-1848163386
Understanding DNA : The Molecule & How It WorksCalladine C R, Drew H R, Luisi B et Travers A, Academic Press (2004)ISBN 978-0121550899
PP Université Paris Diderot - Paris 7 53
![Page 54: Cours docking gros grain](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042623/5478a0055806b55d048b4584/html5/thumbnails/54.jpg)
Crédits graphiques
TopTechWriter US (Flickr, CC-BY-NC-SA)
D. Goodsell (copyright)http://mgl.scripps.edu/people/goodsell/
dullhunk (Flickr, CC-BY)
Brintam (Flickr, CC-BY-NC)
David Lanham (Findicons, NC)PP Université Paris Diderot - Paris 7 54