![Page 1: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/1.jpg)
Dr Vanna Geromel
[email protected] scientifique et conseiller en génétique
Service de génétique moléculaire
Eurofins-Biomnis: génétique moléculaire
GFCO Mercredi 11 octobre 2017 1
![Page 2: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/2.jpg)
Point de depart : AGROALIMENTAIRE , ENVIRONNEMENT et PHARMA �acquisitions Europe et Monde
Groupe Eurofins
DIAGNOSTIC CLINIQUE
![Page 3: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/3.jpg)
Laboratoires Eurofins – Diagnostic clinique
Clinical Genetics India
Clinical Genetics Japan
GATC Laboratory
![Page 4: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/4.jpg)
Laboratoires Eurofins EU – Laboratoire de Génétique clinique somatique
Clinical Genetics India
Clinical Genetics Japan
- Génétique constitutionnelle (maladies orphelines et exome)
-Génétique somatique
- Prédisposition aux cancers
GATC Laboratory
![Page 5: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/5.jpg)
Laboratoires Eurofins Europe – Laboratoires de Génétique clinique somatique
Clinical Genetics India
Clinical Genetics Japan
-Génétique constitutionnelle
- Génétique somatique
-Génétique constitutionnelle
-Génétique somatique(panel somatique 15 / 23 / 50 gènes sur tissue et biopsie liquide)
- Prédisposition aux cancers (avec consultation oncogénétique) Plateformes Illumina et
Thermo Fisher
Plateforme Illumina
GATC Laboratory
![Page 6: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/6.jpg)
Offre NGS Eurofins
1. Cardiologie
2. Infectiologie
3. DPNI (aneuploïdie 13/18/21, sexe, microdélétions)
4. Carrier-testing
5. Maladies orphelines
6. Oncologie
7. Pharmacogénétique
8. Prédisposition aux cancers
9. AMP – Infertilité – diagnostic préimplantatoire
10.Exome (pathologie constitutionnelle)
11.Empreintes génétiques
12.……..
![Page 7: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/7.jpg)
Il était une fois ……..
GFCO Mercredi 11 octobre 20177
� Crée en 1897 le laboratoire Marcel Merieux à Lyon spécialisé dans la microbiologie,
� 2008 fusion du laboratoire MM avec le laboratoire LCL (Paris) et naissance du laboratoire Biomnis,
� 2015 intégration du groupe Eurofins
![Page 8: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/8.jpg)
Eurofins-Biomnis
� 737 collaborateurs en France entre les sites de Lyon et Paris: Biologistes, scientifiques, ingénieurs, techniciens de laboratoire, agents marketing, ….
� Plus de 32000 analyses par jour : de la chimie analytique (1er rang en Europe pour le dosage des immunosuppresseurs en LCMSMS), sérologie, biochimie, biologie moléculaire infectieuse , génétique constitutionnelle et oncologie moléculaire, pharmacogénomique, …..
� 5000 correspondants en France et des correspondants dans plus de 40 pays dans le monde
� Un chiffre d’affaire de plus 180Meuros
GFCO Mercredi 11 octobre 20178
![Page 9: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/9.jpg)
GFCO Mercredi 11 octobre 20179
Cytogénétique constitutionelle
Eurofins-Biomnis
BM Infectieuse
RIA
Biochime
Chimie analytique
Génétique oncologie (tumeurs solides)
Immunologie
oncohématologie
hématologie
Serologie
Génétique constitutionelle
Anapathologie
Recherche clinique
![Page 10: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/10.jpg)
Secteur de génétique moléculaire
GFCO Mercredi 11 octobre 201710
� Secteur de Génétique constitutionnelle post natal etanténatal
� Génétique « de routine » (secteur totalement automatisé)
Mutation facteur 5, Mutation facteur 2, MTHFR,Hémochromatose (C282Y, H63D, S65C), Typage HLA classe I(A et B) et classe II (DQB1* et DRB1*), Typage B27
� Génétique « spécialisée » post natal et anténatalMucoviscidose, X fragile, Prader Willi/Angelman, Microdélétionchromosome Y, Intolérance au lactose, Déficit en alpha-1antitrypsine, Génotypage Rhésus-D ADN fœtal circulant, DUP,…..Exome, DPNI, Fièvre méditerranéenne familiale,
� Pharmacogénétiquegènotypage DPYD, UGT1A1, B*5701
� Extraction d’ARN et d’ADN à partir des diversesmatrices
� PCR en point final (simplex, multiplex), PCR-RFLP
� PCR temps réel (discrimination allélique, QPCR,Taqman, SYBER Green, …)
� Séquençage de Sanger
� Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
� SNP Array (Illumina)
� Analyse d’ARN (technologie nanostring, qPCR,RNASeq)
Techniques utilisées
![Page 11: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/11.jpg)
Secteur d’onco-génétique
� Secteur d’Oncologie moléculaire
� somatique : tumeur solide (tissu)KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, GIST, PDGFRA,panel de 56G avec gènes, prosigna (signaturemoléculaire), septine 9
Rq: biopsie liquide en cours dedéveloppement
� somatique : hémopathie maligneBCR-ABL qualitatif et quantitatif, JAK2 (V617F),….
en développement panel de 23 gènes
GFCO Mercredi 11 octobre 201711
� Extraction d’ARN et d’ADN à partir des diversesmatrices
� PCR temps réel (discrimination allélique, qPCR, )
� Séquençage de Sanger
� Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
� Analyse d’ARN avec la technologie nanostring
Techniques utilisées
![Page 12: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/12.jpg)
Perspective du séquençage haut débit en France
France Médecine Génomique 2025
� en 2016 le ministere chargé de la santé lance l’appel à projets national amorçant le financement des 2 premières plateformes génomiques à visée diagnostique et de suivi thérapeutique, sur les 12 attendues dans les 5 ans
� en juillet 2017 lancement des deux premières plateformes françaises de séquençage génomique à très haut débit. A l’issue d’une sélection par un jury international, ont été retenus le projet SEQOiA et AURAGEN.
GFCO Mercredi 11 octobre 201712
![Page 13: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/13.jpg)
Projet AURAGENAUvergne Rhône-Alpes GENomique
1. Porteurs du Projet : Jean-Yves BLAY
2. Consortium composé :● GCS (Groupement de Centre de Santé) :
� 4 CHUs (Lyon, Grenoble, Saint-Etienne et Clermont)� 2 Centres de Lutte contre le cancer (Léon Bérard, jean Perrin)� Institut Cancérologie de la Loire
● Fondation Synergie Lyon Cancer● Universités et Ecole
� Université Claude Bernard Lyon 1� Université de Grenoble� Université de Saint Etienne� Université de Clermont-Ferrand� Ecole des Mines de Saint Etienne
● Partenaire Industriel : Eurofins Biomnis
GFCO Mercredi 11 octobre 201713
Objectif : Proposer une offre de séquençage à très haut débit aux acteurs impliqués en cancérologie et dans la prise en charge des pathologies rares au niveau national
![Page 14: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/14.jpg)
GFCO Mercredi 11 octobre 201714
HCL : Hospices Civils de Lyon
CLB : Centre Léon Bérard
CRefIX : Centre de référence , d’Innovation , d’Expertise et de transfert
CHUGA : CHU de Grenoble
CAD : Collecteur Analyseur de Données
Organisation globale du projet
Projet AURAGEN
![Page 15: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/15.jpg)
Schéma opérationnel
15
Prélèvement TransportRéception/
QualificationSéquençage
Contrôle qualité
Transfert des données brutes
Axe 1 : Orchestration logistique pré-analytique
Axe 2 : Analytique
Axe 3 : Bioinformatique
Implication de Eurofins-Biomnis dans AURAGEN
Consultation AnalysesInterprétationsCommunication au
prescripteur
1
2 3 4 5 6 7
8910
GFCO Mercredi 11 octobre 2017
![Page 16: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/16.jpg)
Projet AURAGEN
Le Post Analytique:
Etapes principales depuis la séquence jusqu’à la décision diagnostique ou thérapeutique
16
Curation et Interprétation :phases les plus critiques• Curation :
Réalisée par un biologiste génomiciende la plateforme ou d’une fédération nationale d’interpréteurs
• Interprétation :Réalisée par le prescripteur dans le
cadre d’une RCP, prenant en compte les données génomiques et le contexte clinique du patient
GFCO Mercredi 11 octobre 2017
![Page 17: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/17.jpg)
Projet AURAGEN
Objectifs opérationnels de la plateforme NGS (Pré-Analytique et Analytique):● Rendre des résultats à 4 mois en phase de production
� avec possibilité d’un circuit prioritaire pour un rendu en 15 jours
● A terme 18 000 équivalent génomes par an
● 1eres séquences délivrées fin 2018● 1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x
� Essentiellement des Exomes (75%)� 10 % RNA Seq� 15 % de Whole Genome constitutionnels et somatiques
● Validation des protocoles en lien avec le CrefIX, pour une production annuelle en année 4 de 9000 équivalent génomes
● Doubler la capacité en année 5 (2022) du projet
17GFCO Mercredi 11 octobre 2017
![Page 18: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/18.jpg)
Projet AURAGEN
� Autres objectifs● Formation :
� Définir de nouveaux métiers : managers clinico-biologique, le bioanalyste clinique ou le médecin génomicien� Formation continue des personnels de plateformes� Participation à la réflexion nationale en cours sur la création d’un Formation Spécialisée Transversale pour les
médecins� Formation des médecins en exercice dans le cadre du développement professionnel continu� Création d’un DIU de génomique fonctionnelle et intégrative� Création d’un master en génomique médicale fonctionnelle et intégrative� Cycles de conférences internationales� Formation et sensibilisation des familles puis du grand public
● Réglementaire� Développement d’un système de management de la qualité pour répondre à une certification COFRAC� Répondre aux exigences des normes ISO62304 et ISO13485 pour les logiciels de dispositifs médicaux� Atteindre la certification ISO15189 pour les processus d’analyse de séquences
● Ethique� Implication du Conseil régional d’éthique� Participation à un groupe de réflexion et de travail pluridisciplinaire national, pouvant être sollicité par des
praticiens des associations de patients et des familles individuelles
18GFCO Mercredi 11 octobre 2017
![Page 19: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/19.jpg)
19
Se réunir est un début, rester ensemble est un prog rès, travailler ensemble est la réussite.
Henry Ford,
PublicPrivé
GFCO Mercredi 11 octobre 2017
![Page 20: Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022042312/5edbc1daad6a402d666621b8/html5/thumbnails/20.jpg)
20GFCO Mercredi 11 octobre 2017