Download - Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq
![Page 1: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/1.jpg)
Київський національний університет імені ТарасаШевченка
ННЦ “Інститут біології”
![Page 2: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/2.jpg)
Відеододатки до презентації Ви можетезавантажити на:
www.ex.ua/213724430783
![Page 3: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/3.jpg)
Де я?
Навіщо?
Що нового?
![Page 4: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/4.jpg)
Де я?
● Цикл розповідей з ілюстраціями про те, яклюдям було цікаво побачити і зрозуміти те, чого ніколи не побачити неозброєним окомі до чого це призвело:)
![Page 5: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/5.jpg)
Навіщо?● Допомогти людям, що тільки йдуть до
лабораторії зрозуміти, а що взагалі можливозробити в лабораторії і наскільки це цікаво
● Показати і описати сучасні техніки, що вжевикористовують чи будуть використовуватисяу тих лабораторіях, куди ви прийшли чиприйдете.
● Використовуючи симульовані чи реальнідатасети показати функціонування певнихлабораторних технік на прикладі
● Розділити з іншими здивування і задоволеннявинахідливістю людини, якщо ну дуже-дужецікаво, що всередині шкарлупки:)
![Page 6: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/6.jpg)
Що нового?
● Відкритий проект без кафедральноїналежності (особлива подяка за допомогукафедрі вірусології!)
● Біоінформатичне спрямування
● Регулярність (сподіваємось):)
● Відкритість до співпраці, зворотньогозв'язку
![Page 7: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/8.jpg)
Секвенування- як прочитати текст, який формує
нас
![Page 9: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/9.jpg)
1927, Nikolai Koltsov
● inherited traits would be inherited via a "giant hereditary molecule" made up of "two mirror strands that would replicate in a semi-conservative fashion using each strand as a template"
![Page 10: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/10.jpg)
1953 рік – ось коли все почалося!
![Page 11: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/11.jpg)
1977
Лютий – Maxam AM, Gilbert W. "A new method for sequencing DNA". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 74 (2): 560–4.
● Грудень - Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. "DNA sequencing with chain-terminating inhibitors". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 74 (12): 5463–7
![Page 12: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/12.jpg)
Пурини↑ Піримідини↓
![Page 13: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/13.jpg)
Пройшло десять місяців...
![Page 14: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/16.jpg)
![Page 17: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/17.jpg)
1mg вашої геномної ДНК
5000$
Бажання дослідити специфічніоднонуклеотидні мутації (SNP), що відповідають за…ЗДАТНІСТЬ ВИМОВИТИ “НІКОТИНАМІДАДЕНІНДИНУКЛЕОТИДФОСФАТ” без жодноїзапинки
![Page 18: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/19.jpg)
NGS-cеквенування
Обробка NGS-даних тавиявлення SNP, з якимипов’язані певніознаки
Експериментальнаперевіркаотриманих даних
Quick start guide :)
![Page 20: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/20.jpg)
Центральна догмасеквенування:)
Підготовкагеномної
бібліотекиАмпліфікація
Власнесеквенування
![Page 21: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/21.jpg)
ВиділенняДНК
ФрагментаціяДНК
Лігування з адаптером
Ампліфікація
Лігування з лінкером
Циклізаціяфрагменту
Лінеаризаціяфрагменту
Ампліфікація
Бібліотеканепарних рідів
Бібліотекаспарених (Mate-
pair) рідів
![Page 22: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/22.jpg)
Фрагментація ДНК
● Рестриктазний метод
● Небулізація
● Сонікація
![Page 23: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/23.jpg)
Рестриктазний метод
![Page 24: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/24.jpg)
Небулізація
Зразок ДНК
Газ під високимтиском
![Page 25: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/25.jpg)
Сонікація
![Page 26: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/26.jpg)
Бібліотеки рідів
Парні
Власнепарні
Cпарені(mate-pair)
Непарні
![Page 27: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/27.jpg)
![Page 28: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/28.jpg)
Власне парні ріди
![Page 29: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/29.jpg)
Спарені (mate-pair) ріди
![Page 30: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/30.jpg)
Центральна догмасеквенування:)
Підготовкагеномної
бібліотекиАмпліфікація
Власнесеквенування
ДНК вжепідготовлене для
ампліфікації
![Page 31: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/31.jpg)
Ампліфікація – емульсійна ПЛР
![Page 32: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/32.jpg)
Ампліфікація - bridgePCR
![Page 33: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/33.jpg)
Центральна догмасеквенування:)
Підготовкагеномної
бібліотекиАмпліфікація
Власнесеквенування
ДНК вжепідготовлене для
ампліфікації
Збільшеннякількості копій ДНК
проведено
![Page 34: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/34.jpg)
SOLiD – піонер NGS
![Page 35: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/35.jpg)
FinishedVideo/SOLID.mp4
![Page 36: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/38.jpg)
Roche 454(Pyrosequencing)
FinishedVideo/Pyrosequencing.mp4
![Page 39: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/39.jpg)
![Page 40: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/40.jpg)
Завантаження на субстрат
![Page 41: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/41.jpg)
![Page 42: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/42.jpg)
Flowgramm(454)
![Page 43: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/43.jpg)
![Page 44: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/44.jpg)
Характеристики
• Час рану – 8 год
• Вихід за ран – 120Mb
• Довжина ріду – 300-400п.н.
• Якість секвенування - 99,7%
![Page 45: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/45.jpg)
Illumina – галузевий стандарт
![Page 46: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/46.jpg)
Все просте - геніальне
FinishedVideo/Illumina.mp4
![Page 47: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/47.jpg)
![Page 48: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/48.jpg)
Характеристики
• Якість секвенування – 99,9%
• Час рану 8 діб
• Вихід за ран – 250Gb
• Довжина рідів – 100-250п.о.
![Page 49: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/49.jpg)
IonTorrent-NGS із запасом намайбутнє
![Page 50: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/50.jpg)
IonTorrent Chip
![Page 51: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/51.jpg)
FinishedVideo/IonTOrrentNew.mp4
![Page 52: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/52.jpg)
![Page 53: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/53.jpg)
Характеристики чіпів
![Page 54: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/54.jpg)
PacBio2- Гості з майбутнього
FinishedVideo/Intruduction to SMRT Sequencing.mp4
![Page 55: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/55.jpg)
Епігенетичне секвенування
![Page 56: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/56.jpg)
Статистика
• Точність – 83% (13% помилок!!!!!!!!)
![Page 57: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/57.jpg)
![Page 58: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/58.jpg)
Статистика
• Точність – 83% (13% помилок!!!!!!!!)
• Для ампліфікації використовуєтьсяEmulsionPCR (як і в 454) НЕ ВИКОРИСТОВУЄТЬСЯ АМПЛІФІКАЦІЯ
• Вихід за ран - 217Mb
• Довжина рідів – 17000 п.н.
• Час рану – 30хв-2год. (залежить відпослідовності та довжини рідів)
![Page 59: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/59.jpg)
Найсолодше… :)
![Page 60: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/60.jpg)
Чим довелось пожертвувати?
● Довжина рідів (у перших модифікаціяхSOLiD – від 5 пар основ)
● Якість секвенування (відсоток помилок)
● Дороговизна обладнання
● Патентовані реактиви чи субстрат(неможливість випуску сумісних реактивів)
● Проблеми з розв'язуванням повторів
![Page 61: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/61.jpg)
NGS - р(ЕВОЛЮЦІЯ)
● Паралелізація
● Ущільнення
● ВІДСУТНІСТЬ ЕТАПУ ЕЛЕКТРОФОРЕЗУ
● Скорочення використання реактивів
● Швидка підготовка бібліотек
● Мала кількість необхідної ДНК
![Page 62: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/62.jpg)
MDA Sequencing
![Page 63: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/63.jpg)
`
![Page 64: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/64.jpg)
• Вступ: Біологічна проблематика>
Наявні методи>
RNA-seq, визначення>
• Метод: Протокол>
Платформи для RNA-seq>
Обробка данних>
![Page 65: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/65.jpg)
?..Дослідження та виявлення новихтипів РНК
Альтернативний сплайсинг, місця стику екзонів
РНК – модифікації
Мутації (SNP)
Профіль генної експресії
Біологічна проблематика
Яким чином вирішуються ці питання?
![Page 66: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/66.jpg)
Огляд методів
• кДНК, EST секвенування
• Мікроаррей
• RNA- seq
• Direct RNA-seq
![Page 67: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/67.jpg)
Принцип секвенуванняза Сенгером
зразок: кДНК
стик екзонів,
сплайс варіанти,
SNP(single nucleotide polymorphysm)
Огляд методів
![Page 68: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/68.jpg)
• кДНК, EST секвенування
• Мікроаррей
• RNA- seq
• Direct RNA-seq
Огляд методів
зразок : кДНК
аналіз експресії генів
комплементарна гібридизація з олігопослідовностями на чіпі
потребує знання послідовності транкрипту
![Page 69: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/69.jpg)
• кДНК, EST секвенування
• Мікроаррей
• RNA- seq
• Direct RNA-seq
![Page 70: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/70.jpg)
RNA- seqПряме визначення послідовності РНК повного
траскриптому>
сплайс-варіанти
SNP
профіль експресії генів
ідентифікація нових типів РНК
1 день:)
![Page 71: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/71.jpg)
• Вступ:
Біологічна проблематика>
Огляд методів>
RNA-seq, визначення>
• Метод:
Платформи для RNA-seq>
Протокол>
Обробка данних>
![Page 72: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/72.jpg)
IlluminaRNA-seq платформи
![Page 73: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/73.jpg)
SOLIDRNA-seq платформи
![Page 74: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/74.jpg)
Roche 454RNA-seq платформи
![Page 75: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/75.jpg)
Порівняння платформ
![Page 76: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/76.jpg)
Як же працюєRNA-seq?
Приготування бібліотеки:
Фрагментація РНК>
лігування з адаптерами>
cинтез кДНК>
ампліфікація>
- платформи використовуютьрізні принципи
Illumina SOLID Roche 454
![Page 77: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/77.jpg)
Illumina – bridge amplification>
Roche 454, SOLID – emulsion PCR>
Секвенування
Секвенування
![Page 78: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/78.jpg)
>мільйони коротких рідів – залежно від платформи
Накладання рідів на геном(транскриптом)
Збирання транскрипту de novo
Збірка послідовності
Накладання транкрипту на геном
![Page 79: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/79.jpg)
>дозволяє виявлення нових та альтернативних транскриптів
Виявлення двох ізоформтранскрипту
![Page 80: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/80.jpg)
• Вступ:
Біологічна проблематика>
Огляд методів>
RNA-seq, визначення>
• Метод:
Платформи для RNA-seq>
Протокол>
Обробка данних>
![Page 81: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/81.jpg)
Обробка данних
![Page 82: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/82.jpg)
Накладання рідів (сірим к.) на геном(транскриптом)/збірка de novo
Конструкція варіантів транкрипту
Аналіз графу
Готові ізоформи
![Page 83: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/83.jpg)
Збірка послідовності
програми-збиральники:
> Bowtie – накладання на геном
Проблема: а нові транскрипти??
√ TopHat, splicemap,
mapsplice,
rum, star –
De novo – Trinity,
EBARDenovo..
Обробка данних
![Page 84: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/84.jpg)
Накладання рідів (сірим к.) на геном(транскриптом)/збірка de novo
Конструкція варіантів транкрипту
Аналіз графу
>Готові ізоформи
![Page 85: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/85.jpg)
Визначення профілю експресії(кількості транскрипту)
Кількість послідовностей, що збігаються з геномом залежить від:
Кількості транкрипту>
Його довжини
Наявності в ньому послідовностей, що часто зустрічаються в геномі
Данні нормалізують>
Обробка данних
![Page 86: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/86.jpg)
RPKM (Reads Per Kilobase of exon model per
Million mapped reads)
FPKM (Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (paired-end sequencing)
І тд…
Обробка данних
![Page 87: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/87.jpg)
![Page 88: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/88.jpg)
І на цьому все ще не закінчується..
>Chip-seqІмунопреципітація хроматину + секвенування
![Page 89: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/89.jpg)
Chip-seq
ДНК – білок : транскрипційний фактор, тощо
В якій ділянці зв’ язуєтьсябілок?
![Page 90: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/90.jpg)
Секвенування – NGS
білок
антитіло
Ампліфікація зв’язаних фрагментів
Фіксація в метанолі + формальдегід
![Page 91: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/91.jpg)
База даних функціональних елементів в геномі людини
>Сайти зв’язування ТФ
>Модифікації гістонів
>Позиції нуклеосом
>ДНК-метилювання
>ДНКаза-чутливі елементи
Caenorhabditis elegans,Drosophila melanogaster
![Page 92: Review 1. NGS, RNAseq, ChiPseq](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022052508/5599f5931a28ab6f6d8b478b/html5/thumbnails/92.jpg)