ejercicio nona y winclada
TRANSCRIPT
Apuntes: trabajando con Nona y Winclada
E. García-Barros (2006)
Depto. Biología
UAMhttp://www.uam.es/garcia.barros [2006, 2007, 2008]
Dos referencias útiles (pero tienes que leer en inglés, y bastante rato):
General, principios metodología análisis filogenético:Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb, Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb
Para manejo y análisis cladístico de secuencias de nucleotidosBaldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial. TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf
Ahora pueden ocurrir dos cosas:
a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o de cualquier otro tipo, categóricos (no numéricos), y puedo designar una de mis “especies” como grupo externo ……. Paso siguiente
b) No tengo eso. Entonces visito la página web de Enrique (http://[email protected]), pincho en “docencia”, “laboratorio de taxonomía”, y abajo del todo, puedo descargar un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.
Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad).Pero me acordaré de: guardar el fichero usando el menú (no voy a darleal iconito del disquete ¡NO!)
Con Word:• acrhivo• guardar como• TEXTO SIN FORMATO
pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios nipuntos ni tildes ni nada más que letras y números (ejemplo: “fichero”, “matriz1”)
Con Word Pad:• archivo• guardar como• Documento de texto – formato MS Dos
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
xread'a:pongidos‘10 4Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 4Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
número de caracteres
número de taxones
ponesto
ponestootro
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;
xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;
Me valen estos dos formatos.
Importante: Que tuGRUPO EXTERNO vaya en primer lugar
xread'a:ponpon‘361 2
Hylobates000000000000000-----?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????cttcaagcagtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag
Pongo10101111010110111111atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttagggactggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag; proc/;
nona.exe
winclada.exeque estén en la misma carpeta, juntocon tu fichero de datos (matriz paraanalizar)
Si tengo caracteres “multiestado” y quiero que sean desordenados:
1- selecciono todos los caracteres
CHARS - SELECT ALL CHARS, y
2- los hago “no aditivos”
CHARS - MAKE SEL CHARS NONADDITIVE (fitch)
1
2 Make sel chars NONADDITIVE (fitch)
Tree 6 of 6
L= 428
Ci= 63
Ri= 60
¿Cuántos árboles obtuve? ¿Uno? ¿Más de uno? ¿Necesitaré un árbol de consenso?
Longitud del árbol (número de pasos, número de cambios a lo largo del árbol)
Índice de consistencia (apomorfías/nº pasos)
Índice de retención
número carácter
homoplasia
no homoplasia
estado carácter
continuará... (tal vez)
¿Apuntaste todo bien?
Esta presentación se distribuye al precio de 50 euros, consulte a su proveedor habitual.
(vale, vale, es broma; no me denuncies)