GemStone™ is a revolutionary approach to high‐dimensional flow, spectral, and mass cytometry data analysis. Based on patented Probability State Modeling™ technology*, GemStone's approach is scalable, science‐based, and reproducible. 

Simple wizards guide you through model development and automatically generate beautiful reports. Cen‐se' ™ and overlay plots reveal the hidden correlations in your data. 

GemStone is built from the ground up for automated, high‐dimensional analysis, integrating supervised and unsupervised approaches.

*US Patent 7,653,509, EU Patent EP2183681

Force‐directed map provides a visual summary of all populations and subsets defined in the supervised model.

High resolution Cen‐se’ cleanly identifies populations in an unsupervised, improved t‐SNE labeled by the model.  

Automated analysisDesign your model with wizards and you're ready to roll.

Probability‐basedForget gates. Let probabilities define your populations.

Reproducible resultsIn study after study, everyone gets the same answers. 

Comfortable interfaceComfortable, like you already know how to use it.

www.vsh.com Windows 7, 10+ MacOS 10.12+

Cen‐se'Faster than t‐SNE, better than UMAP, and labeled.

Understand your cellsCoplot markers to see coordinated changes in expression.

Share your workShare your analysis with free GemStone Reader.

Export resultsEasily integrates with LIS and spreadsheets.

sales@vsh.com Windows 7, 10+ MacOS 10.12+

Best of both worldsLeverage supervised and unsupervised analysis in one, integrated approach.

Exploration toolsInteractively explore populations using animation to understand relationships.

Features and Benefits

AnalysisProbability‐basedProbability State Modeling is an objective, science‐based approach. Reproducible Different users at different sites get the same results. Cell type wizard Identifying populations is a breeze, and report pages are created automatically. Batch files Drop in your files and go! Easy, versatile, and automated batch processing. HD ready From the ground up, GemStone is built for high dimensional data. Scalable Adding a measurement only requires one additional plot in a cell type. PerformanceAn objective, statistical assessment of how well each cell type in the model is performing. RatiosCreate ratios and other calculated measurements quickly and easily. 

AutomationAutomatic analysis Designed for automation, GemStone adjusts your model to your data, along with saving graphics, reports, and database. Unlimited files Your experiment can be as large as you want! Easy batch setup Choose batch options from simple selections. Save graphics Export the graphics where you want them to go, in the format you want! 

Dimensionality ReductionCen‐se' Based on t‐SNE, the Cen‐se' algorithm provides better separation and much better performance. You need to see 300,000 events? Not a problem. Automatic labels Because Cen‐se' is integrated with the model, it can display population labels on the plot automatically. No other solution provides this level of integration. High speed Cen‐se' is multi‐threaded, allowing it to process more events in less time. Consistent locations Cen‐se' uses the model to determine where populations are oriented on the plot, so you'll find them in the same location each time you run the model. 

User InterfaceProject based Keep all your project files together. FCS, PDF, graphics, templates, results ‐ all within the same project. Ribbon interface A ribbon with clean, vibrant, and meaningful icons makes finding what you want easy. Measurement wizard Easily edit measurement names, setup transforms and scaling, and check staining. Context menus Right‐click any object to perform related actions. 

Quality ControlFully tested Written under the strictest quality guidelines, GemStone doesn't go out the door until it passes extensive testing. Stain assessment Select positive and negative populations for each stain and get detailed stain assessment plots and results. Alerts Flag out‐of‐range values and missing measurements and include flags in reports. No double‐counting Each event belongs to one and only one cell type. You never have to worry about double‐counting due to overlapping gate definitions. Built‐in QC Reduced Chi‐Square for each cell type, customizable alerts for out‐of‐range stats, and a model performance table provide solid QC. 

Statistics and DatabaseCustom equations Create user‐defined equations to compute additional statistics for reports and database. Database GemStone creates a comprehensive database of results which can be automatically exported for integration with LIM systems. StatisticsMedians, means, SD, robust SD, event counts, percent of total, percent of cell type, SSMD, and more. TablesCreate tables to display results and sample information.

GraphicsPopular formats Save graphics in PDF, SVG, PNG, JPG, and all other popular formats. PrintingGet high‐quality hard copy of your reports at any printer resolution. PDFGenerate PDF output with user‐defined resolution. Publication quality Output in vector format with SVG, or up to 1200dpi for raster formats. Overlay plot Unique to GemStone, the overlay plot allows visualization of correlated markers in one graph to examine changes in staging, timing of marker expression, and progression. Summary map The summary map is a force‐directed graph of all cell type populations, with labels and frequencies. 

ReportsAutomatic pages The Cell Type wizard generates a clean and comprehensive report page for each population automatically. Customizable A master page makes it easy to add logos and header text to all pages. All elements can be customized, and new elements added to any page. Comprehensive Add 1P and bivariate plots, expression profiles, Cen‐se', TriCOM™, and overlay plots. Other objects include tables, legends, text, lines, arrows, boxes, ellipses. Reusable Report layouts can be saved and reused for other projects. 

Import and ExportFCS files Read all popular data file formats from major vendors. CSV files Import data from CSV and tab‐delimited text files. Export FCS Export FCS files for further analysis in other software. Export database The database can be exported in tab‐delimited text format. ArchiveProjects can be archived in ZIP format and tagged with keywords for later retrieval. Share projects Projects can be easily shared with collaborators using the ZIP format. 

SupportUser guide A comprehensive user guide with meaningful tutorials is included. Training Contact us to find out when our next in‐house training class will be or to arrange on‐site training at your facility. Video tutorials Check out our comprehensive library of video tutorials on YouTube. ResponsiveOur tech support representatives are here to help via phone or email!