gene prediction and annotation -...
TRANSCRIPT
![Page 1: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/1.jpg)
GENE PREDICTION AND ANNOTATION
![Page 2: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/2.jpg)
...AGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGATTTAGATCGATGATAGGGAGGGCTGTAGTGGTGTGATGCTAGTGGATGATAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGAGTATTTGAGGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGGATGACGATGGAGTACGTTGATCGTGATGTCTAGCTGATGTCAGTAAGTTTAGTCGATTTAGATCGATGATAGGGAGGGCTGTAGTGGTGTGATGCTAGTGAGGGCTGTAGTGGTGTGATGCTAGTGGATGATAGGATGACGATGGAGTACGATCGTGATGTCTAGCTGATGG...
![Page 3: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/3.jpg)
GENE PREDICTION
![Page 4: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/4.jpg)
GENE PREDICTION
Identification of genetic elementsin a genomic sequence
![Page 5: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/5.jpg)
GENE PREDICTION
Identification of genetic elements in a genomic sequence
Approaches
1) de-novo predictions (← training set)
2) Evidence Based (← EST e Proteine)
3) Comparatve genomics (← other genomes)
4) RNA-seq (← NGS reads)
5) Combiner (← training set)
![Page 6: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/6.jpg)
A gene prediction platform
GeneID SNAP TigrscanGlimmer
HMMEST Proteins
GenomicaComparata
RNA seq
TrainingSet
TrainingSet 2
Vitis
Vigna
Dicot
SwissProt
Trembl
A.thaliana
O.sativa
Populus t.
SOLiD
SOLEXA
JIGSAW GFF PARSER
GBROWSE
Annotazione
![Page 7: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/7.jpg)
GBROWSE
The Gbrowse helps in the understanding of the predictions
Il gbrowse (http://gmod.org/wiki/GBrowse) is a tool for the visualization of genetic annotations.
It is based on a relational database (MySQL or Postgres) where all the traces are stored.
![Page 8: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/8.jpg)
GBROWSE
DeNovo Prediction
many false positives
![Page 9: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/9.jpg)
GBROWSE
Alignment of EST and proteins: very good but not all genes are covered.
![Page 10: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/10.jpg)
GBROWSE
RNA Seq
![Page 11: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/11.jpg)
GBROWSE
The objects in the Gbrowser can be linked to the annotation platform
![Page 12: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/12.jpg)
GBROWSECan also be linked to other servces
![Page 13: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/13.jpg)
Functional AnnotationAutomatic and manual annotation
![Page 14: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/14.jpg)
Metodi di annotazione
Assegnamento di una funzione, di un ruolo metabolico, regolativo o stutturale al set di geni predetti
Esistono numerose risorse bioinformatiche e database per l'identificazione e l'annotazione di domini proteici, famiglie geniche, domini transmembrana, localizzazione cellulare, …
![Page 15: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/15.jpg)
Metodi di annotazione
Annotazione automatica
Relativamente veloce Grande numero di annotazioni Solitamente le annotazioni derivano da similarità di sequenza e file di “mapping” Utili nella fase preliminare dell'annotazione genomica → forniscono la “bozza” del “libro genomico”
Annotazione manuale
Annotazioni di alta qualità Richiede biologi esperti Processo molto lungo
Sistema automatizzato
processo di revisione mediante annotazione manuale
![Page 16: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/16.jpg)
Alcune delle informazioni utilizzate
UniProtKB: risorsa universale di sequenze proteiche
Pfam, SMART, Prosite: famiglie proteiche, domini funzionali e strutturali
KEGG: enzimi e pathway metabolici
Gene families: clusterizzazione, allineamento multiplo e creazione di alberi filogenetici
InterPro: risorsa integrata classificare e annotare geni e proteine
WoLFPSORT, TargetP: predizione di localizzazione cellulare
HMMTop, TMHMM: identificazione di eliche transmembrana
Gene Ontology: dizionario universale e gerarchico di funzioni proteiche, processi biologici e compartimenti cellulari
![Page 17: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/17.jpg)
Riassumendo...
![Page 18: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/19.jpg)
![Page 20: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/20.jpg)
![Page 21: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/21.jpg)
ANNOTAZIONE STRUTTURALE di GENI
![Page 22: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/22.jpg)
L’annotazione strutturale dei geni comprende una serie di operazioni:
1) Inserimento di nuovi geni in regioni dove non ci sono predizioni
2) Rimozione di geni predetti
3) Modifica di predizioni geniche- Splitting di predizioni- Fusione di predizioni- Inserimento/rimozione Esoni- Modifica siti di Start e Stop
4) Inserimento di trascritti alternativi
ANNOTAZIONE STRUTTURALE di GENI
![Page 23: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/23.jpg)
ANNOTAZIONE STRUTTURALE di GENI
Evidenze:- Osservazioni Gbrowse- Esperimenti- Letteratura... ... ... ...
Strumento di annotazione strutturale
Chado DBgene pred
specialist
GBROWSE
![Page 24: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/24.jpg)
ANNOTAZIONE STRUTTURALE di GENI
Perchè usare APOLLO1) Interfaccia grafica semplice2) Integrato al database chado su cui puo’ leggere e scrivere (progetto GMOD)3) Permette controlli di traduzione e dei siti di splicing4) Lavora in locale per cui non sovraccarica i server che gestiscono le annotazioni5) Multipiattaforma (Windows, Linux, Mac)6) Sviluppato per lavorare in gruppi
![Page 25: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/25.jpg)
APOLLO (1)
LOGIN
solo gli utenti abilitati possono accedere al database con Apollo. Ogni modifica inoltre viene registrata con lo user di chi la esegue
![Page 26: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/26.jpg)
APOLLO (2)
Dopo il LOGIN viene aperta una finestra sulla regione specificata.
Questa schermata individua delle aree ben specifiche.
![Page 27: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/27.jpg)
APOLLO (2.1)
BLACK AREARegione delle evidenze (non modificabile)
![Page 28: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/28.jpg)
APOLLO (2.2)
BLUE AREARegione delle predizioni (modificabile)
![Page 29: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/29.jpg)
APOLLO (2.3)
Frame PLUS
Frame MINUS
CoordinateGenomiche
![Page 30: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/30.jpg)
APOLLO (3)
Creare un nuovo Gene:
1) Da Evidenze- trascritti alternativi- nuovi geni
2) Senza nessuna Evidenza
![Page 31: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/31.jpg)
APOLLO (3.1)
Creare un nuovo Gene: Da EVIDENZE
DRAG and DROPDalle Evidenze alle Predizioni
![Page 32: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/32.jpg)
APOLLO (3.1)
Creare un nuovo Gene: Da EVIDENZE
Il nuovo gene ha CDS in comune con 2 predizioni
1) Creare un nuovo gene ?
2) Unire i geni overlappanti ?
3) Rendere il nuove gene come trascritto alternativo di uno dei due geni ?
Apollo chiede
![Page 33: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/33.jpg)
APOLLO (3.1)
Creare un nuovo Gene: Da EVIDENZE
CREARE UN NUOVO GENE
![Page 34: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/34.jpg)
APOLLO (3.1)
Creare un nuovo Gene: Da EVIDENZE
CREARE UN NUOVO GENE
Esistono comunque molti metodi alternativi per raggiungere lo stesso risultato
![Page 35: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/35.jpg)
APOLLO (3.2)
Creare un nuovo Gene: Senza Evidenze
Tast DX mouse su una regione della BLUE ZONE.Vieni chiesto se creare una nuova Annotazione
![Page 36: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/36.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
![Page 37: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/37.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
2) Aggiungere Esoni ad un trascritto → Trascinare l'esone da una evidenza
![Page 38: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/38.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
2) Aggiungere Esoni ad un trascritto → Trascinare l'esone da una evidenza
Siti di splicing anomali!!!
![Page 39: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/39.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
2) Aggiungere Esoni ad un trascritto→ Trascinare l'esone da una evidenza
3) Merge Exon → Selezionare gli esoni (con shift) → tasto dx → “merge”
![Page 40: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/40.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
2) Aggiungere Esoni ad un trascritto→ Trascinare l'esone da una evidenza
3) Merge Exon → Selezionare gli esoni (con shift) → tasto dx → “merge”
4) Split Exon → Selezionare l'esone → tasto dx → “split”
![Page 41: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/41.jpg)
APOLLO (4)
Modificare Geni
1) Eliminare Esoni → Selezionare l'esone → tasto dx → “delete feature”
2) Aggiungere Esoni ad un trascritto→ Trascinare l'esone da una evidenza
3) Merge Exon → Selezionare gli esoni (con shift) → tasto dx → “merge”
4) Split Exon → Selezionare l'esone → tasto dx → “split”
5) Modifiche Ulteriori a Esoni con “Exon Detail Editor”
![Page 42: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/42.jpg)
Integrazione Apollo - GbrowseGBROWSE
Apollo e Gbrowse sono entrambi progetti di GMOD. Questo implica una completa integrazione dei due strumenti. Alla base vi è un database CHADO che sia il GBROWSE che Apollo possono utilizzare
![Page 43: GENE PREDICTION AND ANNOTATION - didattica.cribi.unipd.itdidattica.cribi.unipd.it/genomica/Genomics_2012/gene_prediction_annotation/Gene... · KEGG: enzimi e pathway metabolici Gene](https://reader030.vdocument.in/reader030/viewer/2022040622/5d14628288c993b80f8b8aee/html5/thumbnails/43.jpg)
Integrazione Apollo - GbrowseGBROWSE
Apollo e Gbrowse sono entrambi progetti di GMOD. Questo implica una completa integrazione dei due strumenti. Alla base vi è un database CHADO che sia il GBROWSE che Apollo possono utilizzare
chado
GBROWSESolo lettura
Lettura + scrittura
I cambiamenti introdotti da Apollo sono subito visibili nel Gbrowse