gmo detection

1

GENETICALLY MODIFIED ORGANIS

(DETECTION)Presenter:fatemeh choopani

94/8/16

2

.Aارگانیسم تغییر یافته از طریق تکنولوژی ژن

.B ارگانیسم که صفات خاصی را از یک ارگانیسم اولیه به ارث برده است که آنصفت در خود ارگانیسم اولیه توسط تکنولوژی ژنی ایجاد شده است

.C هر چیزی که طبق آیین نامه به عنوانgenetically modified organism عنوان genetically یا به طبقه ای متعلق باشد که توسط آیین نامه هابه شده باشد

modified organism متعلق است

نمی شوند:GMOمواردی که شامل پوشش داده شده A!!!!!اگر انسان توسط مفاد انسان یک

باشد فقط میتوان تغییراتی در سلولهای سوماتیک و به قصد درمان باشد

not to be genetically هر چیزی که طبق آیین نامه به عنوان modified organism یا به طبقه ای متعلق عنوان شده باشد

not to be genetically modifiedباشد که توسط آیین نامه هابهorganism متعلق است

Genetically modified organism

3

TYPES

Animals

MicroorganismsPlants

4

Recombinant DNA Technology1. Remove bacterial DNA (plasmid).2. Cut the Bacterial DNA with

“restriction enzymes”.3. Cut the DNA from another

organism with “restriction enzymes”.

4. Combine the cut pieces of DNA together with another enzyme and insert them into bacteria.

5. Reproduce the recombinant bacteria.

6. The foreign genes will be expressed in the bacteria.

5

ANIMALSCreating Transgenic Animals

Nuclear Microinjection

Engineered Retroviruses

Embryonic Stem Cells

Transgenic Insects

Transgenic People, Primates, and Pets

Transgenic fish

6

PLANTS

7

GMO Detection

8

GMO تشخیص ضرورت

GMOکاربرد های تجاری و خاص از ■ارزیابی رهاسازی محیطی■ برای انسانها و حیواناتGMOمصرف مواد ■Labalingحمایت از آزادی انتخاب مصرف کننده برای ■

9

Sisgenic .A هنگامی که کلDNA(بدون بازآرایی) از هماند گونه گرفته شود

.Bاز گونه هایی که می توانند با هم تبادل ژنی داشته باشند)intra gene (

transgenic جابجایی مواد ژنتیکی بین دو گونهکه نمی توانند به صورت نرمال تبادل ژنی داشته باشند

سطح( ۱ در شناساییDNAتغییرات

فنوتیپی و ژنوتیپی شناسایی GMOسطوح

10

در سطح رونویسی-۲: سنتز رونوشت های جدیدمستقیم

تنظیم در سطح رونویسی می تواند بسیار تحت تاثیر شرایط بیرونی •(نمو و سن) نوع ارگان و بافت تاثیرات موقتی مثل شبانه روز و ..

باشدبه علت افزایش میزان پاسخهای مثبت و منفی کاذب•سختی آنالیز•غیر معمول •

)RNAi: خاموش کردن رونوشت های آللی (غیر مستقیم

11

یک رونوشت به پروتئین های متمایز به علت دژنرسی و فزونی کد ژنتیکی•وابستگی به رونویسی •پایداری پایین•نامناسب برای شناسایی•

شناسایی -۳:درسطح ترجمه

در سطح -۴:فنوتیپ herbicideبرای مثال مقاومت به مواد •

نیاز به زمان بیشتر برای ظهور فنوتیپ •عدم تمایز میان فنوتیپ های مهندسی شده و جهش • محدودیت در شناسایی و نامناسب•

12

طبقه بندی GMOs

منشا عناصر ژنیکی درجی

single trait :نسل اول transgenes:نسل دومstacked trait

GMOs:نسل سومnear-intragenics: نسل چهارمintragenics and cisgenics

شناخت اطالعاتDNA توالی

GMOs not fully characterized but transformed with known construct(s) (ISK-class 2)GMOs transformed with constructs containing genetic elements from GMOs of ISK-class 1 but where the specific construct is different from the GMOs of ISK-class 1 (ISK-class 3GMOs transformed only with genetic elements not used in GMOs of other ISK-classes (ISK-class 4)

Fully characterized GMOs (ISK-class 1)

13

های GMO در این نسل و بسیاری از cut-pasteاستفاده از تکنولوژی •تجاری

و ترمیناتور cauliflower mosaicvirus (CaMV) 35S (P35S)پروموتور •)T35S(

• nopaline synthase promoter (P-nos) and terminator (T-nos) derivedfrom Agrobacterium tumefaciens

ایجاد برای کد کردن فنوتیپی با قابلیت شناسایی و انتخاب آسان•استفاده از وکتورهای کلونینگ برای انتقال به باکتری و انتخاب کلونی های •

دارای ژن مارکر حداقل شامل یک پروموتور یک ژن و یک ترمیناتور•و اینترون و یا موتیف نشانه برای تنظیم رونویسی Enhancerو اغلب دارای •دارای عناصر مشتق از وکتورهای کلونینگ مثل مارکرها و پلی لینکر ها و •

GMO sعناصر مرزی در بسیاری و نه همه GMOsفراهم آوری اطالعات برای آنالیز و تخلیص •

single trait نسل اول :transgenes


14

کراس هیبرید های میان نسل اول bt11×ga21 maize GMO

یاGMO های نسل اول دوباره ترانسفورم شده

mon15985 cotton, retransformed from mon531

cotton تمایز دادن این نسل و والدینشان

مشکل است بسیاری ازmaize و cotton های

تجاری کنونی از این نسل می ٪ موارد ۵۰باشند و نزدیک به

را شامل ECدریافت شده توسط می شوند

stacked traitنسل دوم:GMOs


15

NEAR –INTRAGENIC که در آنها عناصر ترانسژنیک درجی ، های شناخته شده تا کنون به کار نرفته است .GMOدر سایر

قسمت عمده ای از درج مشتق از میزبان و قسمت نوترکیبدرج بسیار محدود است

a.(قطعاتی محدود یا کوتاه مشتق از وکتورهای کلونینگ)

. نسبت به نسل اول و دوم برای شناسایی مشکل ترند

-near : نسل سومintragenics


16

•INTRAGEN واقعی و بعضی سیس ژنهای خاص • عناصر درجی به صورت ثابت از مخزن ژنی موجود برای نوترکیبی های طبیعی •

برای گونه های پذیرنده مشتق می شوند

ناتوانی برای شناسایی تغییرات ژنتیکی به تنهایی•

ترتیب خاص و جایگاه درج عناصر درجی. پتانسیل برای تشخیص و شناسایی با • رامی دهد DNAاساس

مناسب برای نشان دادن الگوهای بیان ژنی• CIS GENIC و INTRAGENICمحدودیت شناسایی •

intragenicsنسل چهارم :and cisgenics

intragenicsنسل چهارم :and cisgenics


17

)insert sequence knowledge (ISK)طبقه بندی بر اساس شناخت اطالعات توالی (

GMOs بطور کامل مشخص شده )ISK 1 کالس(

تمام توالی درجی و نواحی مجاور آن شناخته شده است شامل تمام ۱کالس gmo s که برای اهداف تجاری مجوز

داده میشوند است

می تواند با استفاده از ۱تشخیص و شناسایی صحیح کالس انجام بگیرد event specificمقیاسهای

18

GMO S کامال شناخته شده نیست ولی با ساختارهایی شناخته شده ترانسفورم شده اند

)ISK -CLASS- 2( دارای ساختارهای ژنتیکی یکسان که برای ایجاد چندین ترانسفورم استفادهمیشوند

به ندرت برای اهداف تجاری و آزمایشگاهی ایجاد میشوند

مثالهای مساوی از خطاهای انسانی و ناکافی بودن کنترل کیفیت درزاد در محیط رها گشته و سپس ردیابی GMOآوری وجود دارد و بدنبال ان این

شده اند

شامل تمام ۲کالس GMO S است که در آنها عناصر کایمرا درون یک ساختار معلوم ولی با طول کامل نامشخص وجود دارد


19

GMO های ترانسفورم شده با ساختار دارای عناصر ۱ژنتیکی از کالس

متفاوت با کالس SPECIFIC CONSTRUCTولی )۱Class-3(

تنظیم کنندههای رونویسی در بسیاری ازGMO S ها استفاده شده است (هم تجاری و هم تجربی )

ابتدا برای اختصاصی کردن و یا تعدیل رونویسی و ترجمه دریوکاریوتها ایجاد شدند را بوجود آوردندDNAو توالیهای منحصرمصنوعی

برخی از این عناصر از دهنده های غیرGM که در محیط یافت می شوند و بعضی مواقع در زنجیره های غذایی هستند مشتق می شوند

برای عناصر ژنتیکی خاص تفاوت های آللی در توالیDNA میان GMO های و دهنده های طبیعی دیده میشود GMOمختلف و میان

روشهای تشخیصی که این عناصر را هدف قرار می دهند کامال سود مند اند وبدست آوردن اطالعات مفید در مورد طبیعت GMO(حضور یا عدم حضور

GMO(مفروض تفاوتهای آللی میتواند در جایگاههای اتصال پروب و پرایمر قابلیت تشخیص را

تحت تاثیر قرار دهد.


20

Gmo خاص ژنتیکی عناصر با یافته تغییرکالسهای سایر در نمیشود iskکه class -4دیده

با ظهور تکنولوژیهای توالی یابیDNA با کارایی باال اطالعات ژنتیکی جدید مثل مشخص کردن عملکرد ژنها و تنظیم کننده

های رونویسی کل موجودات زنده با سرعت باالیی در حال جدیدGMOرشد است باعث نامحدود بودن ترکیب و معرفی

. معیار تشخیصی قابل اعتمادی وجود ندارد

سرعت باالی معرفی تغییرات کوچک در حد یک نوکلئوتید در ۳-۲-۱عناصر ژنتیکی کالسهای


21

The matrix approachthe testing paradigm of today

با وجود تعداد فراوانGMO در بسیاری محصوالت و غذاها بسیار GMOامکان آزمایش مستقیم برای حضور یا عدم حضور

مشکل پیچیده و پرهزینه است

استفاده از غربالگری های همزمان برای چندین نمونهGMO

ماتریکس در اینجا به معنی ریاضی آن یعنی ارتباط میان دومتغیر برمی گردد

ایجاد و اجرای رویکرد ماریکس یک پروسه ی چند مرحله ای

است :ابتدا ایجاد یک ماتریکس ارتباطی جدولی شامل یک دید کلی از

و GMOوجود یا عدم وجود هدفهای آنالیزی برای دسته ای از مارکرهای مواد مرجع از یک منبع قابل اطمینان

23

The general principle of matrix approach based GMO detection

انجام میشود و نتایج ترکیبی از PCRابتدا یک سری از تست های این تستها به صورت سیستمیک با پاسخ به تستهای انجام شده

مقایسه میشود ودر یک ماتریکس پیش بینی GMOبرای هرمیشود .

نتایج: کدامGMO شناسایی نشد (برای این GMO یک یا بیشتر

عنصر یا آنالیز شناسایی نشد ) کدامGMO میتواند حضور داشته باشد (تمامی عناصر قابل

شناسایی اند)کدام تستهای اضافیPCR میتواند برای تشخیص های بعدی

های ظاهرا باقی مانده انجام گردد GMOمیان

25

Examples of GMO analysis tools based on the matrix approach

بر اساس ترکیب مارکر های GMOغربالگری و REAL-TIME PCRعمومی و اختصاصی ساختار

حاوی یک ماتریکس برای آنالیز . EXCELیک صفحه

تفسیر نتایج

اهداف:پیدا کردن پروموتورها و ترمیناتورها و GMOژنهای مرتبط با

26

Differential quantitative PCR (dQ-PCR) evaluation for UGM assessment

با استفاده از مادولهایpcr کمی برای غربالگری در یک نمونه gmoو شناسایی

سپس اختالف میان نتایج غربالگری و شناسایی

تخمین و آماده سازی یک روش ممکن برای UGMشناسایی

27

این روش با کارایی باال بر اساس ترکیب یک یا چند

OLIGOPLEXPCRS و بدنبال آن مولتیپلکس برای

تکثیر شده DNAشناسایی PCRو یا برای چندین

همزمان

Multiplex quantitative PCR screening approaches

28

Chip based detection methods

در ابتدا یک چیپ میکرو اری با دانسیته پایین ایجاد شد

®DualChipامروزه که نتایج غربالگری بدست آمده با

,pcr genericروشهای construct-specific, trait-

specific and taxon-specific ترکیب می کند و توسط نرم

افزاری داده ها را بررسی تفسیر کرده و گزارش می دهد

مجاز در اروپا gmo.در حال حاضر را کاور می کند اما قابلیت گسترش

دارد

29

Tools for optimised matrix design and data interpretation

GMOTRACK (Novak et al., 2009)

تست استراتژیهای صرفه gmoمولد به مقرون

Co-Extra DSS

گیری تصمیم پشتیبانی سیستم

Unapproved GMO checker

) ژاپن ) مخصوص شناسایی روش یک با کاربرد برای افزاری نرم(Mano et al., 2009)

31

تکنولوژیهای

تشخیص موجود

و کاربرد آنها

Protein based methods

DNA based amplification methods

DNA based hybridisation methods

DNA quantification methods

32

Protein based methods

2D-protein gel electrophoresis

Western blots

ELISA

Lateral flow strips

immunological techniques

33

استخراج پروتئین جداسازی توسط الگوی دو بعدی

بوسیله ایزوالکتریک و جداسازی بر حسب« اندازه

توزیع پروتین ها در الگویی با قابلرویت کردن وتشخیص یک پروتیئن

منفرد مزایا:قابلیت تمایز میان پروتئین های

ایزوفرم ترکیب با رنگ آمیزی ایمونولوژیکی یک روش مناسب برای شناساییgmo

34

بر اساس یک ژل دو بعدی الکتروفورز با بالت کردن پروتئیهای مجزا به یک غشا و شناسایی باند پروتئینهای خاص بوسیله

پروب بوسیله آنتی بادیهای نشاندار مزایا:شناسایی پروتین با ترکیب اندازه و الحاق ایمونولوژیکی

Western blotting

35

ابزار محبوب و کارایی برای شناسایی سریع آنتی بادی روی یک سطح حمایتی جامد ثابت شده است

اضافه کردن پروتئیندر صورت تطابق آنتی ژن آنتی بادی یک کنژوگاسیون صورت می گیرد

شستن پروتئینهای متصل نشده اضافه کردن آنتی بادی دوم برای یک آنتی ژن دیگر از همان پروتئین و

نشاندار قابل رویت کردن پروتیئن هدف

Enzyme linked immunosorbent assays (ELISA)

36

ارتباط دارد ELISA بامحلول آزمایش از میان یک ماتریکس با نیروی کاپیالری عبور داده میشود

و آنتی بادی دوم با محلول آزمایش مخلوط شده است بالفاصله بعد ازاینکه محلول آزمایش وارد فیلترمیشود

در صورت حضور پروتئین هدفاتصال آنتی بادی دوم به هدف و حرکت در طول پروتئین

و گیر افتادن توسط آنتی بادی اول که در یک دریچه خوانش ثابت شده است استفاده گسترده به عنوان ابزار آزمایش برای نمونه های حجیم کاالهای کشاورزی

برای حضور پروتئین های ترانسژنیک , مجاز و غیر مجاز با همان صفت gm معایب:حساسیت پایین برای تمایز میان

Lateral flow strips

37

:modularityمفهوم یا مقیاس moduleتعریف

و شود می انجام ورودی های داده روی بر که محدود و مشخص عملیاتیدهد می را ای یافته تغییر خروجی مواد یا اطالعات

38

که برای تشخیص توالی اتصال میان ساختار درج DNA: تست EVENT-SPECIFICد GM ژنومی طراحی شده است این تست برای تعین کمیت نسبی یک DNAشده و EVENTبه کار می رود

CONSTRUCT : یک توالی کایمریک مهندسی شدهDNA که برای انتقال به یک سلول یا بافت طراحی شده است

معموال از ژن دلخواه ژن مارکر و توالی های کنترلی مناسب درون یک مجموعه تشکیل درون DNAترانسفورماسیون یک ارگانیسم با درج قطعه ای از : EVENTشده است

درون ژنوم میزبان و نیز در توالی CONSTRUCTها در جایگاه درج خاص EVENTژنوم .DNA دقیق درج شده درون ژنوم متفاوت اند

TRAIT-SPECIFIC تست بر اساس پروتئین که صفت جدید یا ویژگی جدیدی را در: تشخیص دهند GMیک نوع

CONSTRUCT-SPECIFIC تست های:DNA که برای تشخیص توالی ایجاد شده طراحی می شوند و به صورت طبیعی یافت نمی شوند.مثال:اتصال میان دو جز مختلف

می توانند یک CONSTRUCT-SPECIFIC)بعضی تست های ORFیک ساختار(پروموتور و را نیز تشخیص بدهندGMصفت

SCREENING (غربالگری):آزمایشی برای شناسایی حضورGMO این روش ها کمی خاصی را اثبات کنندGMنیستند و نمی توانند حضورصفت

40

Element specific modules مجزای منفرد را مورد هدف قرار می دهد DNA یک توالی درجی single element specific PCRمادول • می باشد یا نهGMOمناسب برای غربالگری اینکه یک نمونه حاوی •GMOs و ارائه کلید هایی برای شناسایی GMOمحدود کردن لیست منتخب •پروموتور اینترون اگزون یا ترمیناتور و مارکر های انتخابی و وکتورهای کلونینگ • GMO از دهنده های غیر single elementبه علت حضور • را فراهم نمیکندGMO مثل ویروسها و باکتریها و گیاهان همیشه مدرک قطعی حضور • برای کنترل حضور یک ارگانیسم دهندهTaxon specific modulesاستفاده از •مقرون به صرفه •


41

Taxon specific modulesشناسایی یک توالی شناخته شده برای یک گونه یا تاکسون• آل یک توالی کامال اختصاصی برای همان گونه بدون تنوع آللیدر صورت ایده•در موارد استفاده برای اهداف کمی استفاده از ژنوم هاپلویید•مناسب برای تعیین کمیت موادی که از گونه ی دهنده •


42

مورد هدف قرار دادن یک موتیف توالی درجی که حد اقل دو عاملبه صورت طبیعی در ساختار وجود ندارند

از دو عنصر مجزا .۳ و ۵ یا یک توالی کا یمریک با انهای پر«ایمر الیگو نوکلئوتیدی مجزا جهت اتصال به یک عامل از کایمر هیبرید ۲استفاده از مناسب برای غربالگری و کمیت یابی شواهد قطعی در حضورGMOدر نتایج مثبت مناسب بر«ای شناساییGMOs به هنگام حضور همان ساختار کایمریک در بیش از یک GMO

Construct specific modules

43

Event specific modules

منفرد GMOهدف قرار دادن یک موتیف منحصر به یک • می باشدTAG GMO یک مشخصه صریح از یک Event specificموتیف توالی • بعد از ادغام ساختار به ژنوم پذیرنده ایجاد می شودdenovoدر بسیاری موارد به صورت •دارای مناطق حاشیه ای ادغام میباشند • ادغام شده و جفت بازهای مجاور جایگاه درج در ژنوم پذیرنده)DNA(جفت بازهای انتهایی • باشدEvent specific نمیتواند Construct specificیک هدف • جدید به کار می رود GMO زیرا همان ساختار به صورت مکرر برای ساختن ••Event specific مناسب برای شناسایی و کمیت یابی برای اهداف تجاری

http://gmo-crl.jrc.ec.europa.eu/

44

طراحی برای مطالعات در زمینه ژنتیک ،بیان •ژن ،فیلوژنتیک و جمعیت

در ابتدا توسط گونه میزبان gmoبسیاری از ژنهای •توصیف شده اند

gmoروش تشخیصی پیش از ترانسفورماسیون •

و کدون truncationsچالشهایی از قبیل جایگزینی ها و •های تغییر یافته باید پیشبینی شود


Gene (trait) specific methods

45

هر دو موتیف های مشتق شده از منابع طبیعی مانند ویروس •باکتری و گیاهان را مورد هدف قرار می دهند

سیگنالهای مثبت مشاهده شده از این روش ها بنابر این از مواد • منشا می گیرند gmغیر

می توانند برای تمایز دادن Donor specificروش های کنترلی . • های مورد نظر هدف gmمیان نمونه های مثبت برای

و نمونه های مثبت به علت GMبه علت حضور دهنده های غیر • می باشد.GMحضور مواد

CaMV, Agrobacteriumمثالها شامل:روشهایی برای تشخیص•tumefaciens وBacillus thuringiensis دهنده های ژن)

CRY( حضور موادی از دهنده امکان حضور هدف را به علت •

رد نمیکندGMOحضوربر خالف آن عدم حضور دهنده معموال یک شاهد قوی برای منشا •

GM(ومنفی کازب را رد می کند) هدف می باشد

Donor specific control methods

46

Fingerprinting/fragment profiling methods این روش معموال قطعاتی در اندازه های مختلف ایجاد می کنند الگوی ترکیبی قطعات که توسط الکتروفورز دیده می شود می تواند مشخصه EVENTخاصی باشداین پروفایل میتواند وارد یک پایگاه داده شده و برای مقایسه های بعدیبا پروفایل های بدست آمده از نمونه های تست به کار رود بسیاری از این تکنیک ها کاربردی در تستGMOندارند چون تعداد پروفایل متفاوت بد ست می آید حتی برای مواد متعلق به همان GM به حدی زیاد است که مفید نمی باشد , اگرچهanchor-PCR محصول کمی دارد اما نسبتا قابل تکرار است و میتواند قطعات منحصر به فردی تولید می کنند که تنها بوسیله حضور موتیف هایanchor-primer و یک موتیف adaptor-primer تکثیر شوند بنابر این یک.UGM یک پروفایل anchor-PCRمنحصر به فرد دارد

47

Whole genome amplification را در یک DNAیک استراتژی تکثیر وجود دارد که می تواند •

روش غیر هدفمند تکثیر کندکه برای تشخیص مستقیم مناسب نمیباشد • خالص از نمونه های کوچک DNAقابلیت تولید مقادیر زیادی از ••DNAبدست آمده نسبتا بدون سوگیری است و با توجه به تعداد نسخه از الگو تا تولید تکثیر نهایی محصول •

می باشد•DNA بدست آمده میتواند برای بررسی نسبت به

DNAژنومی آسان تر باشد(برای مثال از طریق تکنیک های هیبریداسیون)•

48

DNA sequencingDNA sequencing نسبت بهPCR یا کلون قطعات DNA با وفور بیشتری انجام

میشود تکامل تکنولوژیهای اخیر آنرا قادر به اجرای توالی یابی کل ژنوم و ترنسکریپتوم

کرده است هزینه ی باالیی دارد توالیDNA اطالعات بسیار کاملی دارد که می توان برای هر تغییر ژنتیکی بدست

آورد اکر توالی استنباط شده از هرEVENT غیر مجاز و یک منشا غیر GM بدست

DNAآید ،توالی مدرک قطعی از حضور UGMبدست می دهد توالیDNA امکان ارزیابی خطر با مقایسه توالی ژن با عملکرد بیولوژیک پایگاه های داده توالی هایDNA منتشر شده شلمل میلیونها توالی ژنی است و

می تواند به راحتی در یک جستو بدست آید این پایگاه های داده همچنین حاوی هزاران توالی ثبت شده اند وبه صورت مداوم

در حال گسترده شدن می باشند.

50

Next generation sequencing technologies هزینه باالیDNA sequencing توالی ترانسکریپتوم تنها برای بیان کردن ترانسکریپت های جدیدGMO کاربردی استساخته شده بر اساس استفاده ازکاستن علیه ترانسکریپتومهای غیرGM در آزمایشگاه و درINSILICO Genomic subtraction برای غنی سازی توالیهای مخصوص ژنوتیپ برای دو دهه به کار می رفته است ولی به علت زمان بر بودن استفاده از تکنولوژی جدیدNGSترجیح داده شد نقش کلیدی در مشخص سازیGMO

51


روی ژل بعد از الکتروفورز بوسیله ی DNAآنالیز قطعات بالتینگ روی ژل روی غشا و هیبریداسیون پروب های نشاندار

دنبال می شود و برای چندین دهه استفاده میشد این اختصاصیت رویکرد بسیار به پروب و تکنیک تولید

DNA(تکثیر یا آنزیم های اندونوکلئاز) وابسته استو میتوانند وضوح پروفایل قطعات را تغییر دهد

توانایی پروب برای هیبرید و سختگیری پایین به پروب امکان هیبرید شدن با قطعات متفاوت با توالی پروب را می دهد

را تسهیل میکند اگر یک نوع خاص از ژن مد UGMشناسایی به علت جایگزینیهای کوچک در پرایمر ها در PCRنظر باشد و

تشخیص شکست بخوردو باعث نتایج مثبت کاذب بشود

Southern blots

53

استفاده از یک پروب اختصاصی برای باال بردن اختصاصیت آزمایش

کمیPCR برای کاربردی ترین تکنیک real-time PCR در حال حاضر

می باشد برای اهداف تائید شناسایی این تکنیک قابلیت اجرای

مطمئنی داشته است

Probe based amplification methods including real-time PCR


55

Low density targeted screening arraysآرایه هایی از پروب برای تکثیر اختصاصی هدف• دارای دو مرحله می باشد• PCRتکثیر اولیه معموال با •هیبریداسیون تکثیر ها با آرایه و شناسایی اتصال پروب به محصول• می باشد100تعداد ویژگی (پروب ها و اهداف)روی آرایه > • کاربردی multiplex assayو در حال حاضر تنها •

DualChip GMOchip v2.0 from EATمی باشد


56

High density targeted screening arrays آرایه یک روی پروب چندین روی تطابق عدم چندین داشتن امکان خاطر جای UGMبه به هاMrna کنند می استفاده ژنتیکی عناصر از شده بیان های برای تنها ها کار DNAآرایه به هدف عناصر باالی نسبتا غلظت با

شوند می برده است کاربردی ترکیبی اجزای اجزای حاوی های نمونه برای

به قادر نیز آرایه این ژنوم کل تکثیر های تکنیک با ترکیب درهای نمونه از باشد DNAاستفاده می پایین مقدار با


57

High density profiling arraysDNA based hybridisation methods

طراحی پروب ها در یک سبک تصادفی•

برای افزایش احتمال تولید سیگنال هیبریداسیون مثبت یک •عنصر با توالی جدید

تفسیر و پردازشهای بعدی سیگنالهای مشاهده شده نیازمند •بیو انفورماتیک می باشد

بزای تائید تنوع درون گونه ای anchor-PCRاستفاده از •میخواهد

58

DNA quantification methods حجم کلیDNA میتواند توسط اندازه گیری جذب

260nm در UVاشعه در ترکیب با اسپکتروفوتومتر(به کار رفته در real-

time PCRباشد ( تغییر حجم کلیDNA در واکنش PCR ظاهرا از

تکثیر یک موتیف توالی خاص باشد

gmo detection

Health & Medicine