il tesauro mesh, l’unified medical language system ... · indicizzazione mesh ... il medical...

Il tesauro Mesh, l’Unified Medical Language System:

ricerca su Pubmed per parole libere e con uso del tesauro

Corso ECM I segreti di PubMed:

metodologia della ricerca delle informazioni

(Roma, 23-24 giugno 2015 I ed 8-9 luglio 2015 II ed)

Gaetana Cognetti [email protected]

I segreti di PubMed Roma, 23-24 giugno 2014


PubChem


Aspirin


Structure search tool


BREAST CANCER ALL DATABASES


BREAST CANCER

Posso fare una ricerca incrociata su numerosi archivi NLM molti di genetica ma anche libri e rapporti, articoli a testo intero (PubmedCentral), studi di epinogenomica e molto altro ancora…….

Medline/PubMed

•MEDLINE copre i campi della medicina, del’ infermieristica, del’

odontoiatria, della medicina veterinaria, delle scienze precliniche,

corrisponde in parte all’ International Nursing Index e all’ Index to Dental

Literature. Copertura: 21 milioni di articoli di rivista dal 1949 in poi (26 milioni PUBMED) negli anni recenti è possibile anche trovare alcuni capitoli di monografie selezionate •Gli articoli sono tratti da circa 5006 riviste internazionali in 37 lingue Aggiornamento quotidiano: 2000-4000 nuove citazioni al giorno;

•E’ stata resa gratuita a giugno del 1997 (conferenza stampa Gore)

Nel primo anno di libero accesso via Internet le ricerche su Medline sono

passate da 7 milioni a 120 milioni (30% studenti e pubblico in generale)

Dal 1998 la NLM ha aggiunto alla base dati lo spoglio di riviste divulgative

per pazienti/parallelamente molte importanti riviste mediche stanno

sviluppando pagine per pazienti e anche traduzioni divulgative di articoli

scientifici per i pazienti


1864 John Shaw Billings un chirurgo militare di 27 anni inizia a costituire a Washington il primo nucleo della biblioteca che diverrà nel 1876 la National Medical Library divenuta poi National Library of Medicine

Nel 1879 nasce l’ Index Medicus

Nel 1964 inizia ad essere attivo il sistema Medlars (Medical Literature Analysis and Retrieval System

Le ricerche erano molto lente: una mezz’ora per leggere il nastro magnetico con un circa un milione di records

Nel 1971 si passa a un sistema più veloce e in linea:Medlars on line o MEDLINE

Negli anni novanta (avvento del WEB) si sperimenta la prima interfaccia amichevole, Internet Grateful Med per gli utenti finali (precedentemente il sistema era utilizzato da bibliotecari)

Pubmed inizia a operare nel 1992 …..


“Upon the title page of the Washington City Directory is printed the following aphorism: to find a name you must know how to spell it”

This has a very extensive application in medical bibliography. To find accounts similar to your own rare case you must know what your own case is”.

Jonh Shaw Billings(1881)


Vi è capitato di avere una enorme quantità di informazione?

oppure:

Vi è capitato di non avere nessuna risposta o risposte che non erano coerenti con ciò che volevate ottenere?


“Le informazioni-che-non-ci-sono se ne stavano zitte e ben nascoste alla vista degli studiosi cosicché quel luogo dava l’impressione di un deserto ove regnava un silenzio mortale che gelava il sangue nelle vene.

Ma ecco che esse, apparendo all’ improvviso, si precipitavano con molto rumore, tutte insieme, come pipistrelli o vampiri, addosso ad un malcapitato studioso e lo sommergevano soffocandolo.

In realtà, come succede anche a molti uomini, esse divenivano selvagge e cattive quando erano in branco, da sole infatti erano educate e di buon cuore”.

G. Cognetti – La Biblioteca che-non-c’è

(racconto inedito)


Old Medline: circa due milioni di citazioni relative agli anni precedenti dal 1946 al 1965 (Cumulated Index Medicus e Current List of Medical Literature (1946-1965)

Medline: che ha incorporato una serie di basi dati prima separate (sulla bioetica, l’oncologia, l’ aids ecc) che costituiscono altrettanti sotto-archivi di Pubmed

Pre-Medline: articoli supplied by publishers +

Pubmed in process

Ma anche monografie e capitoli di monografie


Pubmed offre la ricerca di citazioni bibliografiche includendo anche:

Old Medline cioè circa due milioni di citazioni relative agli anni precedenti dal 1946 al 1965 (Cumulated Index Medicus e Current List of Medical Literature (1946-1965)


In medicina si ritiene che vadano utilizzati solo studi recenti e aggiornati

E. Garfield sosteneva che spesso gli studi svolti nel passato sono sottovalutati in medicina

In realtà vi sono molti studi utili non prodotti di recente che evidenziano ad esempio tossicità di sostanze o effetti collaterali di farmaci

oppure studi di grande rilevanza (i classici..) anche per i nostri anni……….

Perciò è necessario recuperare anche la letteratura degli anni passati

http://www.embase.com/info/what-is-embase/embase-classic/classic-use-cases


















Collegarsi a PUBMED ………

Ricercare:

1) Articoli sugli aspetti chirurgici del tumore della prostata

2) Articoli sulle problematiche infermieristiche relative alle malattie oncologiche


TUMOR NURSING

Se il record ha lo status di “supplied by publisher” o di “pubmed in process” non ha i MESH solo i record “pubmed indexed for Medline” sono completamente indicizzati

I termini MESH appaiono appesi all’ articolo. L’asterisco indica gli argomenti/ MESH principali dell’ articolo

Sottovoci topiche

Argomento principale articolo*

La sottovoce nursing

limita la ricerca ad

articoli infermieristici

Sinonimi del descrittore MESH “neoplasms”

Termini MESH correlati al Descrittore “neoplasms”

Struttura classificata ad albero (Tree structure) Esplosione dei termini Mesh Se cerco Neoplasms io faccio una ricerca su tutti i tipi di tumore (come mettessi in OR tutte queste voci)

Nel caso di un solo termine e indifferente l’operatore booleano

Clickando su : Restrict research to

Major Topic otteniamo solo gli articoli

In cui l’argomento ricercato è principale

Ricerca infermieristica in archivi strutturati:

Pubmed

E-mail:

[email protected]

Biblioteca Digitale Centro di Conoscenza “R Maceratini” – Istituto Regina Elena

mailto:[email protected]

Tumore della mammella non è tra i sinonimi vi è al plurale

La ricerca con il tesauro MESH è possibile solo nei record che hanno lo status: Pubmed indexed for Medline

Tutti gli altri record possono essere recuperati solo con la ricerca per parole libere


Non risolve le ambiguità di significato dei termini •Rende necessario l’uso di tantissimi sinonimi •Pesca tutte le parole indistintamente ma non si sa quanto queste siano significative in un determinato contesto (es. abstract)

I segreti di PubMed

Roma, 23-24 giugno 2014

Sono strumenti terminologici che concettualizzano le conoscenze permettendo di recuperare utilizzando un unico termine tutte le informazioni relative a quel termine(concetto)


Pubmed –indexed for Medline

Pubmed in process

Pubmed as supplied by publisher

Articoli che hanno completato l’indicizzazione ed hanno subito un rigoroso controllo

Articoli di cui è in corso l’indicizzazione

Articoli forniti elettronicamente da editori e non indicizzati


PubMed OldMedline

PubMed

Vecchi articoli su cui non si è ancora portato a termine il processo di indicizzazione MESH

Articoli “out of scope” ; articoli da fascicoli precedenti all’indicizzazione

Manoscritti di articoli di riviste (portfolio) non indicizzate in Pubmed Central

Libri e capitoli di libri in NCBI Books database


Un dizionario controllato di termini univoci che identificano i concetti

contenuti negli articoli con cui è stata indicizzata l’informazione


Il Medical Subject Headings è il tesauro della base dati PUBMED prodotta dalla National Library of Medicine


…There are 27,149 descriptors in 2014 MeSH.

There are also over 218,000 entry terms that assist in finding the most appropriate MeSH Heading, for example, "Vitamin C" is an entry term to "Ascorbic Acid.“

In addition to these headings, there are more than 219,000 headings called Supplementary Concept Records (formerly Supplementary Chemical Records)


UMLS Knowledge Sources and Software Tools

There are three UMLS Knowledge Sources: the Metathesaurus®, the Semantic Network, and the SPECIALIST Lexicon.


http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlsmeta.html

http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlssemn.html

http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlslex.html

http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlslex.html

The Unified Medical Language System® (UMLS®) Metathesaurus® is a large, multi-purpose, and multi-lingual thesaurus that contains millions of biomedical and health related concepts, their synonymous names, and their relationships

the Metathesaurus contains over 150 source vocabularies, such as MeSH®, RxNorm, SNOMED CT®, ICD-9-CM, ICD-10-CM, CPT®, and LOINC®. Many of the vocabularies are designated to meet US health standards for electronic health records.


http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/MSH/

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/RXNORM/

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/SNOMEDCT/

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/SNOMEDCT/

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/ICD9CM/










http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/CPT/

http://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/LNC/

Il Mesh e l’ UMLS sono utilizzati per varie applicazioni

Basi dati NLM, Cinahl ecc.

Cartelle cliniche elettroniche

Realizzazione di siti e portali con indicizzazione semantica

ecc. ecc.


Prima di cercare una seconda voce MESH verificare se il concetto è coperto da una sottovoce (/therapy e non AND therapy)

Le sottovoci si esplodono automaticamente

Le sottovoci possono essere coordinate tra di loro: esempio neoplasms/ drug therapy

cisplatin/therapeutic use


Leggere le note di ambito delle sottovoci

ad esempio: “drug therapy” non comprende farmaci basati su sostanze biologiche (immunoterapia) per cui si usa “therapy”

“toxicology” riguarda solo gli aspetti di tossicità da studi sperimentali su uomini o animali o relativi all’ambiente (es. tossicità da inquinamento)


Molte voci MESH hanno una sottovoce uguale

Psychology è presente sia come “voce principale” (Mesh Heading) che come sottovoce (subheading)

Qual’ è la differenza?

Come capire la differenza d’uso?



Il più accanto alle categorie identifica i rami principali di ogni categoria del tree structure

Home page del Mesh Browser Toxicity solo per sperimentazioni sull’ uomo o sull’animale

o per esposizione ad agenti ambientali Vedere /adverse effect o poisoning per effetti avversi di un farmaco in ambito Clinico



Manuale dell’ indicizzatore: non confondere toxicity con Adverse effects Contraindications Poisoning

Facendo click sul più si possono vedere i descrittori inseriti nelle diverse categorie



Mesh on demand: un aiuto trovare i MESH relativi ad un testo


Posso copiare un testo, un abstract di un articolo (max 10.000 cartatteri)

Dispongono di propri tesauri per indicizzare le informazioni

Ad esempio EMBASE ha come tesauro l’ EMTREE

I termini utilizzati sono diversi ma i tesauri e le modalità di interrogazione hanno di solito le stesse o simili caratteristiche (ricerca per campi, filtri, argomento principale, organizzazione gerarchica, sottovoci ecc.)


La filosofia del MESH è molto complessa

Indicizzare e ricercare con i MESH non è semplice

Metodo utile il “quick and dirty” (rapido e sporco)

Faccio una ricerca con i miei termini e poi analizzo gli articoli pertinenti per individuare i MESH che sono alla fine degli articoli

I segreti di PubMed


1. Per la ricerca su MESH scomponi la ricerca in concetti semplici e verifica se vi è il descrittore (termine univoco) per tali concetti leggendo attentamente la Scope note .

2. Verifica se esiste un MESH specifico per la nostra ricerca (es. per l’ insulina non cercare Hormones ma Insulin). Solo se

non si trova lo specifico Mesh si può utilizzare quello più generico.

(Verifica con l’uso del tree structure) 3. Dato il Mesh principale verifica se vi è una sottovoce

(subheading) relativo all’ aspetto che ti interessa (es. therapy, diagnosis ecc.)

4. Se sono interessato ad una tipologia di articoli (es letter, review, clinical trial, guideline) posso inserire un publication type (es. dai limits) e non una voce MESH principale . Per selezionare solo materiale EBM, ricordarsi di usare il filtro: Systematic Reviews dai Publication Type


1. Combinare i MESH con gli operatori booleani appropriati

2. Se i risultati sono troppi restringere con i Limits (tipo pubblicazione, data, età, genere ecc. )

3. Se i risultati sono pochi, oltre ad aver applicato l’esplosione, eliminare sottovoci (subheading) e filtri.

4. Usare anche termini liberi con troncamento, utilizzare funzione “ citazioni correlate”

I segreti di PubMed


risposta clinica o ricerca sistematica?

Ricordarsi che:

Se si usa il tesauro in AND con una parola libera la ricerca si effettua solo nei record indicizzati

Nella ricerca con tesauro prima di usare un secondo termine MESH principale verificare sempre se il concetto ricercato non sia già coperto da una sottovoce o dai filtri (tipi di pubblicazioni, genere,età ecc.)

I segreti di PubMed


il tesauro mesh, l’unified medical language system ... · indicizzazione mesh ... il medical...

Documents