knob knoppix for bioknob.osdn.jp/pub/doc/ja/knob_at_1st_open-bio.pdfknoppix for biofô Ø) g kernel...
TRANSCRIPT
というわけで
いままで紹介のツールが全部、すぐ使えるLinuxです
以上
伝えたいこと
Grasp the KNOB!
grasp1 つかむ, つかまえる (grip).
2 会得する, 理解する, わかる (understand).
[株式会社研究社 リーダーズ英和辞典第2版]
What’s KNOB
CD入れたらLinuxでBioinformatics
話すことKNOBとはなにかなにができるかどうやって動いているのかなにが違うのかどうやって作っているのかこれからどうするのか
Why KNOB?
Bioinformatics系のソフトが設定済み
What’s KNOB
KNOB = Knoppix for Bio
What’s Knoppix
CDいれたらいきなりDebian GNU/Linux
Knoppix for Bio
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file
GenomeNetKEGG
NCBIGenBank
EMBL
Bio databases
Internet
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS NTFS
Database
cloop =
700MB = 2GB┞
/home
KNOB have...
C/C++, Perl, Ruby, Python, Fortrun, R, Lisp
BioPerl, BioRuby, EMBOSS, NCBI-Tools (BLAST, epcr etc), boxshade, loki, Glimmer, ReadSeq, tree-puzzle, rasmol, pymol, Njplot, Bioconductor, SMA, ClustalW, FASTA2, FASTA3, G-language, fastlink, fastdnaml, Graphviz, gnuplot, HMMER...
Databases
EMBOSS
DDBJNEW, DDBJRELEASE, EMBL, REFSEQ, GenBANK, SpTrEMBL, PIR, REFSEQ Protein, SwissProt, SWall
BioPerl/BioRuby
KEGG, SwissProt, EMBL, GenBank, RefSeq
EMBOSS
JAMBO (JApan eMBOss Users Group) ゼ
EMBOSS 5
㈻ ops2_ ID ㈻
clustalW
$ seqret SWISSPROT:ops2_*
$ emma ops2.fasta
$ prettyplot ops2.aln
EMBOSS::GUI
http://localhost/EMBOSS/
Perl + BLAST + SOAP
DNA Internet ㈻
(SWISSPROT)(BLASTX)
I F G F
G \
H
84&5 1
^
" D \ !#
^ [D " 84&5 1 # [ H ] FH \ I , * ^ \ I
^ [DG " 84&5 1 # [ H ] FH \ I ' F \ I
[DG # ]^ HF "#
[DG # F H 8 G F ] 8<.88
F G F F F # G ]
G ]
'1&89= @& B
7 H & H 8 + 9 F 1 2FII & F I & 8H F
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H F
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a5 a&)-&D-:2&3 & H I ^I F F F H F *(
a5 a&)-D2&(2: & H I ^I F F F H F *(
BioRuby
1.1.1.1
URL
1.1.1.1
I H F G
G [ G^
G
[ " ' 0*,, &5. \
F \F^ " [ F DF D F \F^ DG^D _^ F @ H B
F \F^ FH I a a
I
$ ruby ecMapper.rb
"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00010.args"
"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00350.args"
"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00561.args"
"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00120.args"
“http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00071.args”
RealVNC/SSH VMware/Virtual PC/coLinux
SFS deamon
KNOB
Kernel
Boot LoaderInternet/LAN
Mini Root
SFS Server SFS clientSFS Knoppix
http://staff.aist.go.jp/k.suzaki/knoppix/sfs/sfs_file
SFS Client
cloop file
KNOBの作りかた
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file
GenomeNetKEGG
NCBIGenBank
EMBL
Bio databases
Internet
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS NTFS
Database
cloop =
700MB = 2GB┞
/home
ルートイメージを作る
KNOBの作りかた
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS
cloop =
700MB = 2GB┞
/master/source
展開
コピー
KNOBの作りかた
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file Internet
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS
cloop =
700MB = 2GB┞
HDD/master/source
aptserver
chroot ./configure; make; make install
apt-get install
KNOBの作りかた
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS
cloop =
700MB = 2GB┞
HDD/master/source
ルートイメージを作成
KNOBの作りかた
Kernel
Boot Loader
Mini Root
cloop file
BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS
cloop =
700MB = 2GB┞
HDD/master/source
CD imageを作成
KNOPPIXをブートRoot Shellを起動$ mkdir -p /mnt/sda1/source/v3.7$ mkdir -p /mnt/sda1/master/$ cp -a /KNOPPIX/* /mnt/sda1/source/v3.7$ cp -p /cdrom/* /mnt/sda1/master$ chroot /mnt/sda1/source/v3.7$ mount -t proc /proc proc$ apt-get install hoge$ wget http://hogeurl/hoge.tar.gz$ tar zxvf hoge.tar.gz; cd hoge;$ ./configure; make; make install;$ umount /proc$ mkisofs -R -L -V "KNOB 1.3.0" -hide-rr-moved -v /mnt/sda1/source/v3.7 | create_compressed_fs - 65536 > /mnt/sda1/master/KNOPPIX/KNOPPIX$ cd /mnt/sda1/master$ mkisofs -v -R -J -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -b boot/isolinux/isolinux.bin -c boot/isolinux/boot.cat -hide-rr-moved -o /mnt/sda1/master/knob1.3.0.iso /mnt/sda1/master
KNOBの大変なところ
パッケージの取捨選択と依存性動作確認アップデート
対決! KNOB vs. hoge
Mac OS X
買ってくれないXcodeを入れないと
Windows
Cygwinでのコンパイルは大変Linux
やっぱりインストールが大変
KNOBの将来
淡々と粛々とアップデートパッケージを増やすいろいろなKNOB
Project KNOB
http://knob.sourceforge.jp/
Download
http://knob.sourceforge.jp/pub/
Mailing List
Knob-friends ( )
Knob-dev ( )
Itoshi NIKAIDO
http://itoshi.tv/
伝えたいこと
Grasp the KNOB!
grasp1 つかむ, つかまえる (grip).
2 会得する, 理解する, わかる (understand).
[株式会社研究社 リーダーズ英和辞典第2版]