First  Workshop  on  Maintainable  So3ware  Prac7ces  in  e-­‐Science  

Neil  Chue  Hong  So3ware  Sustainability  Ins7tute  

Jennifer  Schopf  IEEE  Computer  Society  

hDp://www.so3ware.ac.uk/maintainable-­‐so3ware-­‐prac7ce-­‐workshop  

Published  online  13  October  2010  |  Nature  467,  775-­‐777  (2010)    doi:10.1038/467775a  

Stopping  errors  before  they  maDer  •  Errors  unchecked  in  code  cause  retrac7ons  

•  Chang  –  Protein  Structure  –  Error  in  data  analysis  code  flipped  two  

columns  of    inver7ng  electron  density  map  –  Science  22  December  2006:  Vol.  314  no.  

5807  pp.  1856-­‐1857  DOI:  10.1126/science.314.5807.1856  

•  Bertoia  –  Hypertension  –  Error  in  code  led  to  doubling  of  sample  size  

and  significantly  different  es7mates  –  Hypertension.  2012;60:e29,  published  

online  before  print  August  6  2012,  doi:10.1161/HYP.0b013e318269bc7a  

Ensuring  so3ware  is  maintained  

•  OU  Knowledge  Network  – All  funding  stopped  a3er  8  years,  with  11,000  ac7ve  users  –  s7ll  available  

•  Atmospheric  Model  – Upgrades  to  hardware  meant  so3ware  did  not  run  –  took  effort  to  address    

So3ware  Preserva7on  Benefits  Framework:    hDp://www.so3ware.ac.uk/aDach/So3warePreserva7onBenefitsFramework.pdf  

A  typical  e-­‐Science  project  organisa7on?  

Steering  Group  

InvesJgators  

Researchers  

Students  

Project  Managers  

Developers  

10  partners  

Topics  of  Interest  •  So3ware  engineering  and  so3ware  product  management  best  

prac7ce  as  applied  to  e-­‐Science  and  computa7onal  science  •  Community  development,  collabora7ve  development,  and  

widening  adop7on  •  Licensing,  funding,  and  business  models  for  eScience  and  research  

so3ware  •  Managing  governance  and  organisa7onal  change  during  the  

so3ware  lifecycle  •  Measuring  and  analysing  the  impact  of  so3ware  and  so3ware  

processes  •  So3ware  aDribu7on,  cita7on,  and  credit  •  Interac7on  between  researchers,  developers  and  stakeholders  •  Transferable  so3ware  prac7ces  from  industry  

Agenda  –  morning  Communi7es  and  Prac7ces  

•  09:00  Introduc7on  to  the  Workshop  •  09:30  Sustainable  So3ware  for  Computa7onal  Chemistry    

     and  Materials  Modeling  •  10:00  Break  •  10:30  Adop7on  of  So3ware  by  a  User  Community:  The    

     Montage  Image  Mosaic  Engine  Example  •  11:00  On  Realizing  the  Concept  Study  ScienceSo3  of  the    

     European  Middleware  Ini7a7ve  -­‐  OpenSo3ware  for          Open  Science  

•  11:30  The  Rela7onship  Between  Development  Problems          and  Use  of  So3ware  Engineering  Prac7ces  in          Computa7onal  Science  

•  12:00  Lunch  

Agenda  –  a3ernoon  Models  and  Methods  

•  13:30  libHPC:  So3ware  sustainability  and  reuse          through  metadata  preserva7on  

•  14:00  Overview  of  the  TriBITS  Lifecycle  Model  •  14:30  IPOL:  Reviewed  Publica7on  and  Public    

     Tes7ng  of  Research  So3ware          Debate  introduc7on  

•  15:00  Break  •  15:30  Culture  Change  debate:  "What  can  we  do    

     to  change  the  status  quo?  Should  we  do  this?”  •  17:00  Close  

Area  of  Interest  from  Audience  •  Prac7ces  and  models  •  Portability  across  heterogeneous  

plalorms  •  Ways  of  reducing  complexity  •  Recording  informa7on  on  

so3ware  structure  •  Making  so3ware  verifiable  •  Building  communi7es  around  

so3ware  •  Cultural  issues  in  organisa7ons  •  Collabora7on  between  

ins7tu7ons  and  countries  •  Meta-­‐issues  of  so3ware  across  

science  and  social  science  

•  Mixed  industry/academic  projects  •  Integra7on  of  so3ware  

components  •  Sustaining  so3ware  on  liDle  

money  •  So3ware  engineering  applied  to  

computa7onal  science  •  Is  there  a  life  beyond  public  

funding  (e.g.  for  dCache)?  •  So3ware  +  data  preserva7on  for  

10  years  usage  (e.g.  Tevatron)    •  Taking  responsibility  for  orphaned  

so3ware  (e.g.  for  OSG)  •  Understanding  what  so3ware’s  

been  funded  and  what’s  happened  to  it?  

Culture  Change  Discussion  

•  Goals  – Understand  what  are  the  key  barriers  to  culture  change  with  respect  to  so3ware  in  research  

– Understand  who  and  what  needs  to  change,  to  change  the  status  quo  

– Record  the  studies,  examples,  prac7ces  and  models  that  the  workshop  par7cipants  agree  should  be  highlighted  

Ques7ons  

1  What  are  the  basic  so3ware  skills  and  understanding  every  scien7st  needs?  –  Beverly  Sanders  et  al.  

2  Life  beyond  public  grant  funding  –  what  happens  next?  –  Bruce  Berriman,  Michael  McLennan,  Jennifer  Schopf,  

Nigel  Ward,  Jim  Willenbring  3  So3ware  reward,  cita7on,  aDribu7on.  Tracking  

usage  and  impact  –  Neil  Chue  Hong,  Alberto  Di  Meglio,  Josh  Greenberg,  

Juan  Lalinde,  Kevin  Jorissen  

Process  

•  Brainstorm  issues  and  ideas  (45  mins,  around  break)  –  Put  down  ideas  without  judgement  (it  doesn’t  maDer  if  

someone  else  doesn’t  think  it’ll  work)  –  If  you’ve  heard  of  something,  write  it  down  

•  Understand  and  group  (15  mins)  –  Do  you  have  the  same  understanding  of  all  the  ideas  –  Are  some  of  the  ideas  linked  

•  Priori7se  and  record  (30  mins)  –  What  are  the  biggest  issues?  –  What  are  the  ideas  that  you’ve  seen  that  (don’t)  work  best?  –  Are  there  trends/correla7ons  that  should  be  explored?  

•  Share  your  findings  (15  mins)  •  Please  record  digitally  so  that  it  can  be  easily  shared