modul ncbi introduction blast 3d 10 april

8/18/2019 Modul NCBI Introduction BLAST 3D 10 April

1/16

Pengenalan NCBI (National Center for Biotechnology Information)

a. Searching dan Browsing Data Base NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data

base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein,

enya!a aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya

dibidang kesehatan yang terlengkap dan dia"u oleh para peneliti di dunia.

#u$uan%&. 'ntuk mempela$ari "ara men"ari dan mendapatkan data dari genebank

Berikut merupakan langkah-langkah untuk men"ari dan mendapatkan data dari genbank , misalnya untuk

men"ari sekuen insulin (IN)

&. *etikkan http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada lo"ation bar pen"arian

+. Pilih preferensi pen"arian yang digunakan (pada "ontoh ini dipilih nucleotie) dan ketikkan $uga molekul

yang ingin di"ari sebagai kata kun"i pen"arian (pada "ontoh ini diketikkan I!"#$ ) dan diketik

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST


2/16

. /un"ul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan I0&1 dan dipilih (dengan "ara mengklik kode)

sekuens sesuai kebutuhan. ekuens dengan kode a!al N/ menun$ukkan sekuens nukleotida sedangkan

NP menun$ukkan sekuens protein. Pada "ontoh ini dipilih kode N%&'''* dari 2omo sapiens

3. *ursor di s"roll ke ba!ah sampai diperoleh sekuens protein I0&1. ekuens yang dibutuhkan untuk

program B4A# adalah CD, oleh sebab itu sekuens pada CD di"opy.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/4557665?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSumhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/4557665?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSum


3/16

Cara lain alam searching an browsing ata ari Gen Bank

&. Pilih preferensi pen"arian yang digunakan (pada "ontoh ini dipilih nucleotie) dan ketikkan $uga molekul

yang ingin di"ari sebagai kata kun"i pen"arian (pada "ontoh ini diketikkan IN+) dan diketik

+. /un"ul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan IN+ dan dipilih (dengan "ara mengklik

kode) sekuens sesuai kebutuhan. ekuens dengan kode a!al N% menun$ukkan sekuens

nu,leotia sedangkan NP menun$ukkan sekuens protein.

. Berdasarkan pulihan tersebut maka akan diperoleh tampilan sebagai berikut


4/16

3. Pada tampilan tersebut dis"roll ke ba!ah maka akan diperoleh tampilan berikut. #erdapat

beberapa kode yaitu N% an NP. N% menun$ukkan kode untuk memperoleh informasi

mengenai nu,leotia, sedangkan NP menun$ukkan kode untuk memperoleh informasi mengenai

protein.

5. Diklik link 0A#A untuk memperoleh sekuen nukleotida dari IN dalam bentuk 0A#A

6. 0ormat 0A#A yang diperoleh adalah sebagai berikut.


5/16

7. Apabila diklik kode N% dan !en Ban, , maka akan diperoleh informasi mengenai sekuen

nukleotida, sebagai berikut


6/16


7/16

b. Analisis Alligment ekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis dengan data serupa yang

telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. alah satu bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya

adalah anlisis penye$a$aran. Analisis penye$a$ran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau

lebih. Program yang digunakan untuk analisis penye$a$aran yaitu program B4A# ( Basic Local Allignment

Search Tools). Program ini dapat diakses melalui !ebsite National Center for Biote"hnology Information at

#he National 4ibrary of /edi"ine in 8ashington, DC (http%99!!!.n"bi.nlm.nih.gov9B4A#).

#u$uan%

&. 'ntuk menganalisa data sekuens menggunakan program B4A#

4angkah-langkah menggunakan B4A# ditun$ukkan pada alur metode berikut, pada "ontoh kali ini

digunakan molekul IN dari Homo sapiens dan Mus musculus%

&. Buka halaman a!al NCBI dan pilih B4A# seperti pada tampilan berikut.

+. etelah memilih program B4A# maka akan mun"ul tampilan sebagai berikut.



8/16

. Pada tampilan tersebut, terdapat beberapa pilihan penye$a$aran, antara lain program B4A#

untuk nukleotida dan untuk protein. Pada modul ini deberikan "ontoh B4A# untuk nukleotida dari

IN Homo sapiens dan Mus musculus. (Pen"arian sekuen mengikuti langkah-langkah sebelumnya)

3. Klik kolom -llign two or more seuences untuk membandingkan + sekuen nukleotida.

*emudian dimasukkan sekuen yang ingin dibandingkan pada kolom yang telah tersedia. ekuen yang

dimasukkan harus dalam format 0A#A.


9/16

5. etelah sekuen dimasukkan diklik tanda B-+0 pada bagian ba!ah, maka akan diperoleh

tampilan sebagi berikut.

6. Pada tampilan tersebut terdapat suatu skala yang menun$ukkan tingkat kesamaan sekuaen

yang dibandingkan. Berdasarkan hasil tampilan tersebut terdapat suatu garis ber!arna merah, hal ini

menun$ukkan bah!a kedua sekuen tersebut memiliki urutan yang sangat mirip yaitu lebih dari +::

nukleotida. Apabila di scroll maka akan diperoleh tampilan sebgai berikut.


10/16

c. 1esain Primer PC$ (Polimerase Chain $eaction)

PC1 melibatkan tiga langkah berikut% denaturasi, annealing dan ekstensi. Pertama, materi genetik (DNA)

didenaturasi, mengubah untai ganda molekul DNA men$adi untai tunggal. *edua, Primer kemudian mengikat

ke DNA komplementer nya (annealing). ketiga, DNA akan digandakan9diperpan$ang oleh DNA polimerase.

emua langkah ini sangat tergantung dengan suhu9 suhu sensitif yang pada umumnya ter$adi berkisar pada

suhu ;3o C (denaturasi), 6:o C (analling) dan 7+o C (elongasi). Desain primer yang baik sangat penting untuk

keberhasilan reaksi PC1.

#u$uan%

&. 'ntuk mempela$ari "ara dan mendapatkan desain primer dari genbank

Berikut langkah-langkah mendesain primer menggunakan NCBI&. Buka !ebsite genbank http%99!!!.n"bi.nlm.nih.gov9tools9primer-blast9

+. /emasukkan urutan DNA dalam bentuk 0A#A ke dalam kolom yang telah disediakan, pada bagian akhir

diklik !20 P$I%2$


11/16

. Desain primer $uga dapat diperoleh dengan "ara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari

genbank (misal IN), untuk mempeoleh desain primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat

dilakukan dengan memilih -naly3e 0his +euence4Pic, primer, seperti tampilan berikut.

3. 2asil dari pemilihan tersebut adalah halaman untuk mengisikan karakter-karakter primer yang

diharapkan, kemudian pada bagian akhir diklik !20 P$I%2$ .


12/16

5. #ampilan yang diperoleh adalah beberapa alternatif desain primer sebagai berikut.


13/16

Analisis Struktur Protein

Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik.Prediksi struktur tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan metode yangdigunakan untuk membuat struktur protein dua dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanyamemiliki tingkat akurasi 70-75 %. Namun akurasi tersebut dapat meningkat seiring dengan

semakin banyaknya penelitian yang dilakukan di bidang bioinformatika.

Tuuan!". #ntuk mempelaari $ara dan mendapatkan data struktur & protein dari genbank '. (enganalisa struktur & protein menggunakan program Pymol

Berikut adalah salah satu $ara untuk mensearching gambar struktur & protein dari salah satusitus gene bank.

". Buka halaman utama )ebsite N*B+ ,http://www.ncbi.nlm.nih.gov) dan dipilih preferensipen$arian yang digunakan pada kolom esource kedudian dipilih Domain ! Structure.

'. elanutnya pada pilihan display dipilih "D Domain Database



14/16

". elanutnya ketikkan molekul yang ingin di$ari sebagai kata kun$i pen$arian ,pada $ontoh inidiketikkan #$S/ dan diklik %&

. &ipilih gambar protein & target dengan mengklik kode gambar. Pada $ontoh dipilih gambar dengan kode '(


15/16

5. elanutnya akan mun$ul gambar & yang di$ari disertai dengan informasi yang mendukung.elanutnya diklik PDB #D untuk memperoleh gambar & dalam format file PDB.

1. &ipilih do)nload file untuk menyimpan struktur & protein yang diperoleh. Namun untukmembuka struktur yang telah diperoleh komputer atau laptop yang digunakan harus sudahterinstal soft)are P*mol.


16/16

7. 2ile & protein yang telah diperoleh dengan program P*mol yang telah diinstal sebelumnyaselanutnya dibuka dengan $ara klik kanan pada file P&B yang diperoleh dipilih &pen withselanutnya di pilih P*molwin. (aka akan diperoleh tampilan sebagi berikut.

3. 4gar tampilan yang diperoleh lebih menarik dan mudah dianalisis dapat diubah dengan $araklik pada tombol S +kanan atas) dipilih as selanutnya dipilih cartoon. Berikut merupakantampilan struktur protein yang diperoleh.

modul ncbi introduction blast 3d 10 april

Documents