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MRI Technical Operations Manual

Version 4.0 28.June.2012

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PPMI DTI Operations Manual Version 4.0 28.June.2012

Table of Contents

1. Introduction ........................................................................................................ 3 2. Installation of the EDX file ..................................................................................... 3 3. MRI Subject and Phantom ID Naming Convention .................................................... 3

3.1. Subject Naming Convention .............................................................................................................. 3

3.2. Phantom Naming Convention ........................................................................................................... 4

4. Human Subject Data collection Protocol .................................................................. 4 4.1. Fiducial Marker Placement ................................................................................................................. 4

4.2. Subject Positioning ............................................................................................................................... 4

4.3. Finger Pulse Signal Setup ................................................................................................................... 5

4.4. Subject Registration ............................................................................................................................. 5

4.5. MRI Acquisition Protocol ..................................................................................................................... 5

5. Phantom acquisition ............................................................................................. 8 6. MRI Transmittal Procedure to IND .......................................................................... 9

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1. INTRODUCTION

A subset of subjects will undergo DTI acquisitions. Site participation in this sub-study is

dependent upon model and software version of each site’s MRI scanner. The specific

scanner model to be used in this sub-study is the Siemens 3T TIM Trio. Software versions

must be VB15 or higher. Data will be collected using a 12 channel Matrix head coil.

DTI MRI’s will be performed on Parkinson Disease subjects at visits BL, 04, 06, 10, 12 and

PW (only if DTI not done in last 12 months). For Healthy Control subjects, DTI will be

performed at visits BL, 04 and PW (if DTI not done in last 12 months).

Sites will be supplied with software version specific electronic protocol (EDX file) that will

need to be imported into each scanner. Use only the imported PPMI sequences when

scanning a subject.

2. INSTALLATION OF THE EDX FILE

Select the appropriate file for your system software version (e.g. if you are at VB15

choose the WIP EDX file if you have the 386B WIP installed). Save the EDX file to a

USB drive. You should scan your USB for viruses after saving the file to make sure

you do not infect your scanner’s host computer.

While the scanner is not being used, insert your virus free USB drive.

Go to the protocol editing tool in the Exam card. It is the icon in the bottom right

that has a pencil on it. See Figure 1 (red arrow).

In the protocol editing tool, highlight the USER tree with a single click.

Go to the File heading and choose import. You will be warned that this will take some

time but it is relatively quick.

On the bottom right, select the USB drive (typically F:) and then navigate to the file

you saved in step 1.

Select the install button. Once it finishes, close the editing tool. The protocol will

appear at the bottom the USER tree. Verify that it is there.

3. MRI SUBJECT AND PHANTOM ID NAMING CONVENTION

3.1. Subject Naming Convention

Each set of subject MRI data transferred to the imaging core lab will be identified by

registering the human subject according to the following structure: SSS_NNNN_V

Where SSS is the 3 digit site code, NNNN is the 4 digit subject number, and V is the visit

number according to the key below.

1 = MRI 1 (Baseline)

2 = MRI 2 (Month 12/Visit 4)



5 = MRI 5 (Premature Withdrawal)

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Example subject data collected at baseline for subject number 1455 acquired from site 023

will be indentified as “023_1455_1”.

3.2. Phantom Naming Convention

A phantom scan needs to be acquired each subject imaging day. If more than one subject

is scanned on the same day, only one phantom scan is to be acquired.

Each set of phantom MRI data transferred to the imaging core lab will be identified by

registering the phantom scan according to the following structure: SSS_DDMONYR.

Where SSS is the 3 digit site code, DDMONYR represents the 7 digit date of acquisition,

according to the key below.

Example phantom data collected acquired from site 023 on August 11, 2010 will be

indentified as “023_11AUG10”.

4. HUMAN SUBJECT DATA COLLECTION PROTOCOL

4.1. Fiducial Marker Placement

A fiducial marker is to be used for each scanning session in order to accurately determine

right to left subject orientation during image review. Prior to the start of each scanning

session, adhere a vitamin E capsule to the right temple of the subject. See Figure 1 for

correct placement of the vitamin E capsule.

Figure 1: Fiducial marker placement using vitamin E capsule (image courtesy of ADNI).

4.2. Subject Positioning

The subjects must be scanned head first in supine position in the 12 channel Matrix head

coil. The head should be placed in a comfortable position in the head coil. The laser

crosshairs should line up with both the nasion and the marks on the coil. Padding and the

calipers should be used to keep the head in a comfortable position and to constrain

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excessive movement. The use of a soft neck brace is encouraged as this keeps the subject

in the same position during a single scanning session as well as across multiple sessions.

In patients that are particularly kyphotic or stiff, we have found that removing the spine coil

from the table is helpful. The thin cushion can be placed on the table for comfort.

Positioning the body lower reduces the angle on the neck.

4.3. Finger Pulse Signal Setup

Use the standard Siemens finger pulse device. Place this on the middle or ring finger since

they are less calloused. Remind the subject not to move this hand as it will disrupt the pulse

signal. You may place a towel under their arm to make them more comfortable and to

minimize movement. Select the physiologic monitoring button in the EXAM tab to view the

pulse waveform; see figure 1 (green arrow). You will have to select pulse/trigger as the

input signal. Verify that you have an appropriate looking waveform and that the subject is

not moving their finger.

Figure 2: Physio tab with the physiological signal displayed above. The pulse waveform

must be selected. The average cycle indicates the RR interval for that beat and gives a

variance. The TR, Acquisition Window, and concatenations parameters are on this page.

4.4. Subject Registration

Follow the naming convention described in section 3.1 and register the subject. Enter the

subject’s date of birth so that the scanner can calculate the Specific Absorption Rate (SAR).

Remember to use your site’s anonymization procedures to remove the date of birth when

preparing the data to be sent to the core lab.

4.5. MRI Acquisition Protocol

All scan parameters are described in the accompanying PDF document. The following scans

will be performed in the exact order below:

A. Localizer scan

B. Cardiac triggered DTI

C. MPRAGE with GRAPPA

Protocol

editing tool

Physiologic

source

selector and

waveform

RR time which

changes with each

beat Activate

physiologic signal

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D. Resting State MRI (for sites participating in sub-study)

E. T2 Weighted Acquisition

F. Repeat DTI acquisition

A. Localizer scan (less than 1 min)

B. Cardiac Triggered DTI: 10-15 minutes depending on heart rate

1. Positioning

a) Position the axial DTI slices along the AC-PC plane with particular care

that slices cover from the vertex through the cerebellum. The slices

should be centered in the axial plane to prevent aliasing in the

Anterior/Posterior direction. The next step is to set the triggering

parameters described below.

2. Cardiac triggering

a) Go to the PHYSIO tab on the EXAM card. Verify that the signal source is

pulse.

b) Monitor the subject’s RR value. The RR is the time between consecutive

beats. This time varies slightly from beat to beat so watching the average

value for a minute will give you an idea of the variability and range of the

RR value. The variability will inform you on how much additional buffer to

build into the parameters below.

c) SET THE TR AND ACQUISITION WINDOW PARAMTERS: The safe useable

value for the TR (bottom of window) is 90% of the average RR displayed

at the top. In the example in Figure 1, you would enter 900ms for the TR

when the RR is 1000ms. Now enter the same value (90% of the RR) for

the acquisition window value. The number of concatenations will change.

Make sure that the number of concatenations is set to the minimum value

after adjusting the TR and acquisition window times. The variability is 0 in

this example so 90% is good but with some variability you would reduce

the TR and acquisition window. These parameters can be adjusted in the

physio window before the sequence is started. In the example in Figure 1,

the number of concatenations is 11 so it will take 11 heart beats to collect

a single direction.

d) Once the number of concatenations has been set to the minimum, reduce

the TR and the acquisition window to the minimum values. This will

provide additional time for the scanner to capture the next pulse wave.

This small adjustment will make sure to minimize the missed heartbeats.

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Figure 3: Physiological signal

and the acquisition of data. The

red triangles indicate each heart

beat. The green bar is the

acquisition window for each

group of slices. Note the slight

gap between beats. The use of

only 90% of the RR allows for

variations. If the subject has a

large range in their heart rate

then this setting may need to

be reduced to 80%.

e. You can now start the scan. The automated shimming scan will be acquired

for about a minute. Then the DTI scan will be ready to start. Make sure to

monitor the study in case the subject’s heart rate changes or they move their

fingers. You should hear a rhythmic acquisition coming from the scanner and

no missed beats in the physiological monitoring window, see Figure 2. A few

missed heart beats is not a problem, but consistent missed triggering will

make the scan time very long, see Figure 3. The RR should be re-evaluated

and the scan restarted.

Figure 4: The physiologic trace when the TR and acquisition window are

not correctly set; the TR=750ms so it extends into the next pulse

waveform and misses that beat. This setting doubles the scan time. To

remedy this problem, the TR and acquisition window setting should be

reduced to 650ms. The number of concatenations will increase but will

trigger on every beat.

When issues arise during the gated sequences that cause a variable heart

rate (e.g., tremor, increased anxiety or minor cardiac arrhythmias) this can

interfere with the gated acquisition. In such cases you may notice a much

longer scanning time during the DTI sequence (e.g. from the usual 12 to

more than 15 min) or variable triggering of the scanner. This can be

detected by noticing frequent pauses in the scanning sounds or gaps

between scans as shown by the green bar below the pulse waveform in the

physiologic window (see Figure 3 in the operations manual for an example

of delayed triggering).

If a variable heart rate prevents an appropriate acquisition window from

being set quickly and easily, or frequent pauses are noted during the DTI

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acquisition you should stop the gated DTI sequence and perform a non-

gated DTI acquisition. Any remaining DTI sequences should also be non-

gated. However, it is not necessary to repeat any gated sequences if they

have already been completed. If some or all sequences are non-gated, or if

a scan is interrupted please note this on the IND transfer document.

C. MPRAGE Acquisition Sequences: 5 minutes 12 seconds

The brain must be centered in the field of view (FOV) to avoid wrap around in the

ANT/POST and the L/R directions. The MPRAGE scan will be acquired in a sagittal

orientation using an IPAT factor of 2. The image plane should be aligned in the

Sagittal plane along the hemispheric fissure and axially along the AC-PC plane.

The slices will cover the entire brain from the bottom of the cerebellum to the vertex.

The 176 slices needs to cover the entire head from ear to ear. In order to

accommodate larger brains, the number of slices can be increased up to a maximum

of 192 and any corresponding increase in TR timing that is calculated automatically

should be accepted. No other parameters other than TR will be changed.

D. Resting State fMRI (rsfMRI) (8 min, 4 sec)—For Sites Participating in

Sub-study

Position the axial rsfMRI slices along the AC-PC plane with particular care that there

is 1 slice above the vertex, and then cover the rest of the brain and as much of the

cerebellum as possible with the remaining slices. Do not change the number of slices

or the TR. The slices should be centered in the axial plane to prevent aliasing in the

Anterior/Posterior direction.

Subjects should be instructed to rest quietly with their eyes open, to clear their

mind, and to not fall asleep.

E. T2 axial Acquisition Sequence: 5 minutes 8 seconds

This Turbo Spin echo scan is used to quickly screen for pathology or changes in the

brain during the course of the study. The orientation is axial and should be copied

from the DTI positioning automatically when the entire protocol is copied into the

scanning window. Verify that the brain is centered in the field of view to avoid any

aliasing in the Left/Right direction. Confirm that the phase encoding direction is L/R.

F. Repeat Cardiac Triggered DTI:

Follow steps outlined in item #2 above.

5. PHANTOM ACQUISITION

The phantom scan should take place on each subject acquisition day. If there are multiple

human subjects being imaged on the same day, only one phantom scan needs to be

acquired.

DTI + Resting state sites are to use the fBIRN agar phantom only.

DTI only sites may use whatever phantom they are currently scanning: either the

fBIRN agar phantom or the Siemens phantom (after waiting 10 minutes to allow the

water to settle).

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The phantom should be in the center of the coil (physical marker on coil) at the isocenter of

the magnet. The data will be acquired without cardiac triggering and will use the protocols

at the bottom of the protocol tree labeled phantom scans.

All Sites

1. Register the phantom as a subject according to the naming convention described in

section 3.2 above.

2. Run the localizer scan.

DTI + Resting State sites

1. Run the DTI protocol designated for phantoms, which uses the same settings as the

human subject scan but without triggering. The scans should be acquired in the axial

plane centered on the phantom in all three orientations.

2. Run the Resting state protocol designated for phantoms, which uses the same settings

as the human subject but with fewer slices. The scans should be acquired in the axial


DTI only sites

1. Run the DTI protocol designated for phantoms, which uses the same settings as the

human subject scan but without triggering. The scans should be acquired in the axial


6. MRI TRANSMITTAL PROCEDURE TO IND

The following files are to be forwarded to the imaging core lab in DICOM 3.0 format. These

can be sent either by sFTP transfer, direct DICOM transfer, or on CD. All data should be

registered and labeled according to the file naming procedure specified in Section 3.0.

Files to be transferred:

DTI + Resting State Sites:

Phantom Data

DTI Sequence

Resting State Sequence

Subject Data

DTI sequence

Repeat DTI sequence

MPRAGE with GRAPPA

T2 Weighted Acquisition

Resting State Sequence

DTI only Sites:

Phantom Data

DTI Sequence

Subject Data

DTI sequence

Repeat DTI sequence

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MPRAGE with GRAPPA

T2 Weighted Acquisition

An MRI Transmittal Source Document, Figure 5, should be sent to the imaging core lab with

each MRI transmission.

Please note: MRI images should be sent de-identified (i.e. no patient names or dates of

birth). Also, if CDs are sent, please make sure that both the CD case and the CD itself are

labeled with Site ID#, Site Name and subject PID#.

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Figure 5: MRI Imaging Data Transmittal Source

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Appendix A: Resting state protocol

Version: 6/22/2012 3:24 PM 1

PPMI: Resting State Functional MRI Sub‐Study BACKGROUND: Resting state functional magnetic resonance imaging (rsfMRI) examines the brain's intrinsic functional connectivity by measuring the synchrony of low frequency fluctuations of BOLD (blood oxygen level dependent) MR signal. These signals are thought to reflect spontaneous metabolic fluctuations reflecting the baseline state of the brain. Studies have demonstrated that variations in inter‐regional temporal synchrony of rsfMRI data are related to the brain’s underlying structural network architecture and individual functional networks identified by rsfMRI have been linked to a variety of high‐level brain functions (Greicius, 2008; van den Heuvel and Hulshoff Pol, 2010). Importantly, studies have demonstrated that rsfMRI can show specific alterations in brain networks for a number of neurodegenerative disorders (Seeley et al., 2009). STUDY OBJECTIVE AND SPECIFIC AIM: The primary objective of this sub‐study is to acquire rsfMRI data on a subset of PPMI participants with Parkinson’s disease and Controls, and to release this data to the scientific community. The specific aims to accomplish this objective are:

1. Scan 30 PD patients and 30 controls at study entry. 2. PD patients will be scanned yearly over the next 3‐4 years (depending on the date of study entry) 3. Perform a quality control analysis on all rsfMRI data in order to assess subject factors (e.g., movement)

that can affect the data. 4. Perform a quality control analysis on phantom data obtained on the same day as subject scanning in

order to assess scanner noise and stability. 1. SUBJECTS:

1.1. Parkinson’s Disease Subjects: 30 subjects

1.1.1. Inclusion:

All standard PPMI inclusion criteria 1.1.2. Exclusion

Contraindication to MR scanning

Head tremor

1.2. Control Subjects: 30 subjects

1.2.1. Inclusion: All standard PPMI inclusion criteria

Age and gender matched to the rsfMRI PD cohort

1.2.2. Exclusion:

Contraindication to MR scanning

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2. MRI METHODS:

2.2. Scanning Sites: All rsfMRI scans will be obtained at sites with Siemens 3T Trio or Verio scanners and BOLD license keys.

2.3. Scan parameters:

ITEM Value

TR 2400 msecs TE 25 msecs Slices 40 Slice thickness 3.25 mm Slice gap 0 mm Flip angle 80 deg FoV 222 x222 mm Matrix 68 x 68 Voxel size 3.25 x 3.25 x 3.25 mm3 Acquisition Ascending Number of scans 212 Duration 8 min, 29 seconds

2.4. Orientation: Axial plane oriented parallel to AC‐PC 2.5. Scanning instructions: Subjects told to lie still with eyes open and to try to clear their minds.

2.6. Head coil: 12 channel (as currently used in the PPMI study) 2.7. PD subjects :

2.7.1. Study Entry: 2.7.1.1. Scans: PD subjects will undergo a single resting state scan as part of the baseline MRI

imaging 2.7.1.2. Medications: None by PPMI inclusion criteria.

2.7.2. Longitudinal:

2.7.2.1. Scans: PD subjects will undergo yearly rsfMRI scans (along with other MR scanning) 2.7.2.2. Medications: Per PPMI standard. MRI scans for PD subjects who initiated dopaminergic

therapy will be obtained ON their standard medication regiment 2.7.2.3. In case subjects develop motor fluctuations scans will be obtained in the medication ON

state (on average an hour after the last dose of medications )

2.8. Control subjects:

2.8.1. Study Entry: 2.8.1.1. Scans: Control subjects will undergo a single resting state scan at study entry. 2.8.1.2. Medications: None

2.8.2. Longitudinal:

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2.8.2.1. Scans: No longitudinal component for control subjects.

2.9. Phantoms 2.9.1. Phantoms will be scanned on the same day as subject scans.

2.9.1.1. Sequence: Same as for subjects 2.9.1.2. Coil: 12 channel 2.9.1.3. Frames: 212

3. QUALITY CONTROL:

3.2. Subject Data: 3.2.1. Validation of scanning parameters against the known sequence

3.2.2. Calculated images

3.2.2.1. Mean image intensity collapsed across time (for voxels within the brain mask) 3.2.2.2. Standard Deviation image intensity collapsed across time (for voxels within the brain

mask) 3.2.2.3. Mask (simple threshold) 3.2.2.4. SNR image (mean / standard deviation)

3.2.3. Calculated graphs 3.2.3.1. Mean slice intensity plotted by scan 3.2.3.2. Motion parameters (translations, rotations) by scan 3.2.3.3. Framewise displacement by scan (Power et al., 2012)

1. Rotations converted to mm using a sphere of radius 50 mm to model the head.

2. |∆ | ∆ |∆ | |∆ | |∆ | |∆ | 3. Where ∆ and similarly for the other rigid body movement

parameters: translations (x, y, z) and rotations (, , ). 3.2.3.4. DVARS (temporal derivative of the root mean square (RMS) variance over voxels) by

scan (Power et al., 2012)

1. ∆ ⟨ ⟩ 2. Where is image intensity at voxel x on frame i, and angle brackets ⟨ ⟩ denote

the spatial average over the whole brain.

3.2.4. Calculated summary values 3.2.4.1. Mean 3.2.4.2. Standard deviation 3.2.4.3. SNR 3.2.4.4. Mean framewise displacement 3.2.4.5. Maximum framewise displacement 3.2.4.6. Mean DVARS 3.2.4.7. Maximum DVARS

3.2.5. Quality control page to be reviewed by staff performing QC, see Appendix A.

3.3. Phantom Data: (Friedman and Glover, 2006) 3.3.1. Validation of scanning parameters against the known sequence

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3.3.2. Calculated Images (based on center slice of phantom)

3.3.2.1. Mean 3.3.2.2. Standard deviation 3.3.2.3. Static Spatial noise ( mean(even frames – odd frames) ) 3.3.2.4. SFNR (signal to fluctuation noise ratio)

3.3.3. Calculated graphs (based on a 30 x 30 voxel ROI in the center of the center slice) 3.3.3.1. RMS stability (percent fluctuation over time) 3.3.3.2. Power spectrum of detrended time series. 3.3.3.3. Weisskoff plot (Standard deviation vs. ROI size (Weisskoff, 1996)).

3.3.4. Calculated Values (based on a 20 x 20 voxel ROI in the center of the center slice) 3.3.4.1. Mean 3.3.4.2. SNR (should be at least 150) 3.3.4.3. SFNR (should be at least 150) 3.3.4.4. Percent fluctuation (less than 0.2%) 3.3.4.5. Drift (less than 1.2%) 3.3.4.6. Radius of Decorrelation (RDC) (greater than 6.0)

3.3.5. Quality control page to be reviewed by staff performing QC, see Appendix B.

Version: 6/22/2012 3:24 PM 5

Appendix A: Human Subject Quality Control Review Sheet. Subject ID: Check 1 Initial: Date: Visit #: Scan Date: Check 2 Initial: Date:

Scanning Parameters

TR: 2400 ms Acc OOR

TE: 25 ms Acc OOR

Flip angle: 80 deg Acc OOR

Matrix: 68 x 68 Acc OOR

# Slices: 40 Acc OOR

Slice thickness: 3.25 mm Acc OOR

FOV: 222 x 222 mm2 Acc OOR

Voxel size: 3,25x3.25x3.25 mm3 Acc OOR

# Frames: 212 Acc OOR

Slice‐based tSNR

Good (150‐299)

Questionable (100‐140, 300+)

Bad (0‐99)

Pass QC?

Yes – Data passed QC

No – Data Failed QC

Comments:

Volumetric measures

Mean Intensity:

Std. Dev:

Good

Questionable

Bad

Motion

Mean FD:

Max FD:

Mean DVARS:

Max DVARS:

FD Threshold:

DVARS Threshold:

Frames removed:

Frames remaining:

Good

Questionable

Bad

Head Coverage

Good

Questionable

Bad

KEY

Acc: Within range

OOR: Out of range

FD: Framewise Displacement

Good: No problems identified

Questionable: Minor problem, data/brain unaffected

Bad: Major problem, data compromised

Version: 6/22/2012 3:24 PM 6

Appendix B: Phantom Quality Control Review Sheet.

Subject ID: Check 1 Initial: Date: Phantom ID: Check 2 Initial: Date: Scan Date:

Scanning Parameters

TR: 2400 ms Acc OOR

TE: 25 ms Acc OOR

Flip angle: 80 deg Acc OOR

Matrix: x 68 68 Acc OOR

# Slices: 40 Acc OOR

Slice thickness: 3.25 mm Acc OOR

FOV: 222 x 222 mm2 Acc OOR

Voxel size: 3.25x3.25x3.25 mm3 Acc OOR

# Frames: 212 Acc OOR

Values

Mean: Good Questionable Bad

SNR: Good Questionable Bad

SFNR: Good Questionable Bad

Percent fluct: Good Questionable Bad

Drift: Good Questionable Bad`

RDC Good Questionable Bad

Images Rating Comment

Mean Good Questionable Bad

Difference Good Questionable Bad

Std Deviation Good Questionable Bad

SFNR Good Questionable Bad

Pass QC?

Yes – Data passed QC

No – Data Failed QC

Comments:

KEY

Acc: Within range

OOR: Out of range

RDC: Radius of decorrelation

SNR: Signal to Noise Ratio

SFNR: Signal‐to‐Fluctuation‐Noise Ratio

Good: No problems identified

Questionable: Minor problem, data/brain unaffected

Bad: Major problem, data compromised

Version: 6/22/2012 3:24 PM 7

References. Friedman, L., Glover, G.H., 2006. Report on a multicenter fMRI quality assurance protocol. J Magn Reson Imaging 23, 827‐839.

Greicius, M., 2008. Resting‐state functional connectivity in neuropsychiatric disorders. Curr Opin Neurol 24, 424‐430.

Power, J.D., Barnes, K.A., Snyder, A.Z., Schlaggar, B.L., Petersen, S.E., 2012. Spurious but systematic correlations in functional connectivity MRI networks arise from subject motion. NeuroImage 59, 2142‐2154.

Seeley, W.W., Crawford, R.K., Zhou, J., Miller, B.L., Greicius, M.D., 2009. Neurodegenerative diseases target large‐scale human brain networks. Neuron 62, 42‐52.

van den Heuvel, M.P., Hulshoff Pol, H.E., 2010. Exploring the brain network: A review on resting‐state fMRI functional connectivity. European Neuropsychopharmacology, undefined.

Weisskoff, R.M., 1996. Simple measurement of scanner stability for functional NMR imaging of activation in the brain. Magn Reson Med 36, 643‐645.

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Appendix B: Siemens Tim Trio VB17 Sequences (DTI only)

SIEMENS MAGNETOM TrioTim syngo MR B17

\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\localizer

TA: 0:10 PAT: Off Voxel size: 1.9×1.5×8.0 mm Rel. SNR: 1.00 SIEMENS: gre

PropertiesPrio Recon OffBefore measurementAfter measurementLoad to viewer OnInline movie OffAuto store images OnLoad to stamp segments OffLoad images to graphicsegments

Off

Auto open inline display OffStart measurement withoutfurther preparation

Off

Wait for user to start OffStart measurements single

RoutineSlice group 1 Slices 1 Dist. factor 20 % Position Isocenter Orientation Sagittal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degSlice group 2 Slices 1 Dist. factor 20 % Position Isocenter Orientation Coronal Phase enc. dir. R >> L Rotation 0.00 degSlice group 3 Slices 1 Dist. factor 20 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. R >> L Rotation 90.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 280 mmFoV phase 100.0 %Slice thickness 8.0 mmTR 20.0 msTE 5.00 msAverages 1Concatenations 3Filter Raw filter, Prescan NormalizeCoil elements HEA;HEP

ContrastTD 0 msMTC OffMagn. preparation NoneFlip angle 40 degFat suppr. NoneWater suppr. NoneSWI Off

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Averaging mode Short termReconstruction MagnitudeMeasurements 1Multiple series Off

ResolutionBase resolution 192

Phase resolution 75 %Phase partial Fourier OffInterpolation Off

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

PAT mode NoneMatrix Coil Mode Auto (CP)

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Image Filter OffDistortion Corr. OffUnfiltered images OffPrescan Normalize OnNormalize OffB1 filter OffRaw filter OnIntensity WeakSlope 25Elliptical filter Off

GeometryMulti-slice mode SequentialSeries Ascending

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Saturation mode StandardSpecial sat. None

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Tim CT mode Off

SystemBody OffHEP OnHEA On

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Positioning mode REFTable position HTable position 0 mmMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HSave uncombined OffCoil Combine Mode Adaptive CombineAutoAlign ---Auto Coil Select Default

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Shim mode Tune upAdjust with body coil OffConfirm freq. adjustment OffAssume Silicone Off? Ref. amplitude 1H 0.000 VAdjustment Tolerance AutoAdjust volume Position Isocenter Orientation Transversal Rotation 0.00 deg R >> L 350 mm A >> P 263 mm F >> H 350 mm

Physio1st Signal/Mode NoneSegments 1

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Tagging NoneDark blood Off

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Resp. control Off

InlineSubtract Off

1/+


Liver registration OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Wash - In OffWash - Out OffTTP OffPEI OffMIP - time Off

SequenceIntroduction OnDimension 2DPhase stabilisation OffAsymmetric echo OffContrasts 1Bandwidth 180 Hz/PxFlow comp. NoAllowed delay 0 s

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

RF pulse type NormalGradient mode FastExcitation Slice-sel.RF spoiling On

2/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\DTI_gated

TA: 11:15 PAT: 2 Voxel size: 2.0×2.0×2.0 mm Rel. SNR: 1.00 SIEMENS: ep2d_diff

PropertiesPrio Recon OffBefore measurementAfter measurementLoad to viewer OnInline movie OffAuto store images OnLoad to stamp segments OnLoad images to graphicsegments

On


On

Wait for user to start OnStart measurements single

RoutineSlice group 1 Slices 72 Dist. factor 0 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 230 mmFoV phase 100.0 %Slice thickness 2.0 mmTR 900 msTE 88 msAverages 1Concatenations 11Filter Raw filter, Prescan NormalizeCoil elements HEA;HEP

ContrastMTC OffMagn. preparation NoneFat suppr. Fat sat.

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Averaging mode Long termReconstruction MagnitudeDelay in TR 0 msMultiple series Off

ResolutionBase resolution 116Phase resolution 100 %Phase partial Fourier 6/8Interpolation Off

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PAT mode GRAPPAAccel. factor PE 2Ref. lines PE 32Matrix Coil Mode Auto (Triple)Reference scan mode Separate

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Distortion Corr. OffPrescan Normalize OnRaw filter OnIntensity WeakSlope 25Elliptical filter OffHamming Off

GeometryMulti-slice mode Interleaved

Series Interleaved- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

SystemBody OffHEP OnHEA OnSP4 OffSP2 OffSP8 OffSP6 OffSP3 OffSP1 OffSP7 OffSP5 Off

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Positioning mode FIXTable position HTable position 0 mmMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HCoil Combine Mode Adaptive CombineAutoAlign ---Auto Coil Select Default

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Shim mode StandardAdjust with body coil OffConfirm freq. adjustment OffAssume Silicone Off? Ref. amplitude 1H 0.000 VAdjustment Tolerance AutoAdjust volume Position Isocenter Orientation Transversal Rotation 0.00 deg R >> L 230 mm A >> P 230 mm F >> H 144 mm

Physio1st Signal/Mode Pulse/TriggerAverage cycle 21345 ± 0 msAcquisition window 900 msTrigger pulse 1Trigger delay 0 msPhases 1

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Resp. control Off

DiffDiffusion mode MDDWDiff. weightings 2b-value 1 0 s/mm²b-value 2 1000 s/mm²Diff. weighted images OnTrace weighted images OnAverage ADC maps OnIndividual ADC maps OffFA maps OnMosaic OnTensor OffNoise level 20Diff. directions 64

3/+


SequenceIntroduction OnBandwidth 1596 Hz/PxFree echo spacing OffEcho spacing 0.71 ms

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EPI factor 116RF pulse type NormalGradient mode Fast*

4/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\MPRAGE GRAPPA

TA: 5:12 PAT: 2 Voxel size: 1.0×1.0×1.0 mm Rel. SNR: 1.00 SIEMENS: tfl


Off


On


RoutineSlab group 1 Slabs 1 Dist. factor 50 % Position Isocenter Orientation Sagittal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degPhase oversampling 0 %Slice oversampling 0.0 %Slices per slab 176FoV read 256 mmFoV phase 93.8 %Slice thickness 1.00 mmTR 2300 msTE 2.98 msAverages 1Concatenations 1Filter Distortion Corr.(3D), Prescan

NormalizeCoil elements HEA;HEP

ContrastMagn. preparation Non-sel. IRTI 900 msFlip angle 9 degFat suppr. NoneWater suppr. None

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Averaging mode Long termReconstruction MagnitudeMeasurements 1Multiple series Off

ResolutionBase resolution 256Phase resolution 100 %Slice resolution 100 %Phase partial Fourier OffSlice partial Fourier OffInterpolation Off

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PAT mode GRAPPAAccel. factor PE 2Ref. lines PE 32Accel. factor 3D 1Matrix Coil Mode TripleReference scan mode Integrated

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Image Filter Off

Distortion Corr. OnMode 3DUnfiltered images OnUnfiltered images OffPrescan Normalize OnNormalize OffB1 filter OffRaw filter OffElliptical filter Off

GeometryMulti-slice mode Single shotSeries Interleaved

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Shim mode StandardAdjust with body coil OffConfirm freq. adjustment OffAssume Silicone Off? Ref. amplitude 1H 0.000 VAdjustment Tolerance AutoAdjust volume Position Isocenter Orientation Sagittal Rotation 0.00 deg F >> H 256 mm A >> P 240 mm R >> L 176 mm

Physio1st Signal/Mode None

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

SequenceIntroduction OnDimension 3DElliptical scanning Off

5/+


Asymmetric echo OffBandwidth 240 Hz/PxFlow comp. NoEcho spacing 7.1 ms

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RF pulse type FastGradient mode NormalExcitation Non-sel.RF spoiling On

6/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\Axial PD-T2 TSE FS

TA: 5:35 PAT: Off Voxel size: 0.9×0.9×3.0 mm Rel. SNR: 1.00 SIEMENS: tse


Off


On


RoutineSlice group 1 Slices 54 Dist. factor 0 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. R >> L Rotation 90.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 240 mmFoV phase 89.1 %Slice thickness 3.0 mmTR 3270 msTE 1 11 msTE 2 101 msAverages 1Concatenations 3Filter Prescan Normalize, Elliptical

filterCoil elements HEA;HEP

ContrastTD 0.0 msMTC OffMagn. preparation NoneFlip angle 150 degFat suppr. Fat sat.Fat sat. mode StrongWater suppr. NoneRestore magn. Off

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ResolutionBase resolution 256Phase resolution 100 %Phase partial Fourier OffTrajectory CartesianInterpolation Off

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Image Filter OffDistortion Corr. OffUnfiltered images OffPrescan Normalize On

Normalize OffB1 filter OffRaw filter OffElliptical filter OnMode Inplane

GeometryMulti-slice mode InterleavedSeries Interleaved

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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Tim CT mode Off


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Positioning mode FIXTable position HTable position 0 mmMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HSave uncombined OffCoil Combine Mode Adaptive CombineAutoAlign ---Auto Coil Select Default

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Shim mode StandardAdjust with body coil OffConfirm freq. adjustment OffAssume Silicone Off? Ref. amplitude 1H 0.000 VAdjustment Tolerance AutoAdjust volume Position Isocenter Orientation Transversal Rotation 90.00 deg A >> P 240 mm R >> L 214 mm F >> H 162 mm


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor Off

7/+


MIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

SequenceIntroduction OnDimension 2DCompensate T2 decay OffReduce Motion Sens. OffContrasts 2Bandwidth 186 Hz/PxFlow comp. NoAllowed delay 30 sEcho spacing 11.2 ms

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Define Turbo factorTurbo factor 7Echo trains per slice 33RF pulse type Low SARGradient mode Normal

8/+





On


On




- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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Physio1st Signal/Mode Pulse/TriggerAverage cycle 21345 ± 0 msAcquisition window 900 msTrigger pulse 1Trigger delay 0 msPhases 1

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


9/+



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10/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\Phantom\localizer



Off


Off




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Tim CT mode Off


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Tagging NoneDark blood Off

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Resp. control Off

InlineSubtract Off

11/+


Liver registration OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


SequenceIntroduction OnDimension 2DPhase stabilisation OffAsymmetric echo OffContrasts 1Bandwidth 180 Hz/PxFlow comp. NoAllowed delay 0 s

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


12/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\Phantom\DTI



On


On


RoutineSlice group 1 Slices 72 Dist. factor 0 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 230 mmFoV phase 100.0 %Slice thickness 2 mmTR 9000 msTE 88 msAverages 1Concatenations 1Filter Raw filter, Prescan NormalizeCoil elements HEA;HEP


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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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Resp. control Off



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13/+



14/-

14


Appendix C: Siemens Tim Trio VB17 Sequences (DTI and Resting state)


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\localizer



Off


Off




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Tim CT mode Off


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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffLiver registration Off

1/+


Std-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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MapIt NoneContrasts 1

SequenceIntroduction OnDimension 2DPhase stabilisation OffAsymmetric echo OffBandwidth 180 Hz/PxFlow comp. NoAllowed delay 0 s

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2/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\DTI_gated



On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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Physio1st Signal/Mode Pulse/TriggerAverage cycle No Signal msAcquisition window 900 msTrigger pulse 1Trigger delay 0 msPhases 1

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Resp. control Off


3/+



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4/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\MPRAGE GRAPPA



Off


On





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Image Filter Off



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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


SequenceIntroduction OnDimension 3DElliptical scanning Off

5/+


Asymmetric echo OffBandwidth 240 Hz/PxFlow comp. NoEcho spacing 7.1 ms

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6/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\ep2d_RESTING_STATE

TA: 8:29 PAT: Off Voxel size: 3.3×3.3×3.3 mm Rel. SNR: 1.00 SIEMENS: ep2d_bold


Off


On


RoutineSlice group 1 Slices 40 Dist. factor 10 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 222 mmFoV phase 100.0 %Slice thickness 3.3 mmTR 2400 msTE 25 msAverages 1Concatenations 1Filter Prescan NormalizeCoil elements HEA;HEP

ContrastMTC OffFlip angle 80 degFat suppr. Fat sat.

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Averaging mode Long termReconstruction MagnitudeMeasurements 210Delay in TR 0 msMultiple series Off

ResolutionBase resolution 68Phase resolution 100 %Phase partial Fourier OffInterpolation Off

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Distortion Corr. OffUnfiltered images OffPrescan Normalize OnRaw filter OnElliptical filter OffHamming Off

GeometryMulti-slice mode InterleavedSeries Ascending

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Special sat. None


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BOLDGLM Statistics OffDynamic t-maps OffStarting ignore meas 0Ignore after transition 0Model transition states OnTemp. highpass filter OnThreshold 3.00Paradigm size 30Meas[1] BaselineMeas[2] BaselineMeas[3] BaselineMeas[4] BaselineMeas[5] BaselineMeas[6] BaselineMeas[7] BaselineMeas[8] BaselineMeas[9] BaselineMeas[10] BaselineMeas[11] BaselineMeas[12] BaselineMeas[13] BaselineMeas[14] BaselineMeas[15] Baseline

7/+


Meas[16] ActiveMeas[17] ActiveMeas[18] ActiveMeas[19] ActiveMeas[20] ActiveMeas[21] ActiveMeas[22] ActiveMeas[23] ActiveMeas[24] ActiveMeas[25] ActiveMeas[26] ActiveMeas[27] ActiveMeas[28] ActiveMeas[29] ActiveMeas[30] ActiveMotion correction OffSpatial filter Off

SequenceIntroduction OffBandwidth 2536 Hz/PxFree echo spacing OffEcho spacing 0.46 ms

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EPI factor 68RF pulse type NormalGradient mode Fast

8/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\Axial PD-T2 TSE FS



Off


On





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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Tim CT mode Off


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Positioning mode FIXTable position HTable position 0 mmMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HSave uncombined OffCoil Combine Mode Adaptive CombineAutoAlign ---Auto Coil Select Default

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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor Off

9/+


MIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


10/+





On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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Resp. control Off


11/+



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12/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\localizer



Off


Off




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Tim CT mode Off


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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffLiver registration Off

13/+


Std-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

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14/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\DTI



On


On


RoutineSlice group 1 Slices 72 Dist. factor 0 % Position Isocenter Orientation Transversal Phase enc. dir. A >> P Rotation 0.00 degPhase oversampling 0 %FoV read 230 mmFoV phase 100.0 %Slice thickness 2 mmTR 9000 msTE 88 msAverages 1Concatenations 1Filter Raw filter, Prescan NormalizeCoil elements HEA;HEP


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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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Resp. control Off



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15/+



16/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\ep2d_RESTING_STATE



Off


On




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Special sat. None


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BOLDGLM Statistics OffDynamic t-maps OffStarting ignore meas 0Ignore after transition 0Model transition states OnTemp. highpass filter OnThreshold 3.00Paradigm size 30Meas[1] BaselineMeas[2] BaselineMeas[3] BaselineMeas[4] BaselineMeas[5] BaselineMeas[6] BaselineMeas[7] BaselineMeas[8] BaselineMeas[9] BaselineMeas[10] BaselineMeas[11] BaselineMeas[12] BaselineMeas[13] BaselineMeas[14] BaselineMeas[15] Baseline

17/+


Meas[16] ActiveMeas[17] ActiveMeas[18] ActiveMeas[19] ActiveMeas[20] ActiveMeas[21] ActiveMeas[22] ActiveMeas[23] ActiveMeas[24] ActiveMeas[25] ActiveMeas[26] ActiveMeas[27] ActiveMeas[28] ActiveMeas[29] ActiveMeas[30] ActiveMotion correction OffSpatial filter Off


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18/-

15


Appendix D: Siemens Verio VB17 Sequences (DTI only)

SIEMENS MAGNETOM Verio syngo MR B17

\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\localizer



Off


Off




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Set-n-Go Protocol OffTable position HTable position 0 mmInline Composing Off


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Positioning mode REFMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HCoil Combine Mode Adaptive CombineAuto Coil Select Default

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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffLiver registration OffStd-Dev-Sag Off

1/+


Std-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra OffMIP-Time OffSave original images On

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2/+





On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Positioning mode FIXMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HCoil Combine Mode Adaptive CombineAuto Coil Select Default

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Resp. control Off

DiffDiffusion mode MDDWDiff. weightings 2b-value 1 0 s/mm²b-value 2 1000 s/mm²Diff. weighted images OnTrace weighted images OnAverage ADC maps OnIndividual ADC maps OffFA maps OnMosaic OnTensor OffNoise level 20

3/+


Diff. directions 64- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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4/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\MPRAGE GRAPPA



Off


On





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Image Filter Off



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Positioning mode REFMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HSave uncombined OffCoil Combine Mode Adaptive CombineAuto Coil Select Default

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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


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Sequence

5/+


Introduction OnDimension 3DElliptical scanning OffAsymmetric echo OffBandwidth 240 Hz/PxFlow comp. NoEcho spacing 7.1 ms

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6/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\HUMAN\Axial PD-T2 TSE FS



Off


On





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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra Off

7/+


MIP-Time OffSave original images On

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8/+





On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Resp. control Off


9/+


Diff. directions 64- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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10/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\Phantom\localizer



Off


Off




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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


11/+



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12/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4\PD GATING\Phantom\DTI



On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Resp. control Off


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SequenceIntroduction OnBandwidth 1596 Hz/Px

13/+


Free echo spacing OffEcho spacing 0.71 ms

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14/-

16


Appendix E: Siemens Verio VB17 Sequences (DTI and Resting state)


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\localizer



Off


Off




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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


1/+



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2/+





On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Resp. control Off


3/+


Diff. directions 64- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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4/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\MPRAGE GRAPPA



Off


On





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Image Filter Off



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Positioning mode REFMSMA S - C - TSagittal R >> LCoronal A >> PTransversal F >> HSave uncombined OffCoil Combine Mode Adaptive CombineAuto Coil Select Default

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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


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Sequence

5/+


Introduction OnDimension 3DElliptical scanning OffAsymmetric echo OffBandwidth 240 Hz/PxFlow comp. NoEcho spacing 7.1 ms

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6/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\ep2d_RESTING_STATE



Off


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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BOLDGLM Statistics OffDynamic t-maps OffStarting ignore meas 0Ignore after transition 0Model transition states OnTemp. highpass filter OnThreshold 3.00Paradigm size 30Meas[1] BaselineMeas[2] BaselineMeas[3] BaselineMeas[4] BaselineMeas[5] BaselineMeas[6] BaselineMeas[7] BaselineMeas[8] BaselineMeas[9] BaselineMeas[10] BaselineMeas[11] BaselineMeas[12] BaselineMeas[13] BaselineMeas[14] Baseline

7/+


Meas[15] BaselineMeas[16] ActiveMeas[17] ActiveMeas[18] ActiveMeas[19] ActiveMeas[20] ActiveMeas[21] ActiveMeas[22] ActiveMeas[23] ActiveMeas[24] ActiveMeas[25] ActiveMeas[26] ActiveMeas[27] ActiveMeas[28] ActiveMeas[29] ActiveMeas[30] ActiveMotion correction OffSpatial filter Off


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8/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\HUMAN\Axial PD-T2 TSE FS



Off


On





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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off

InlineSubtract OffStd-Dev-Sag OffStd-Dev-Cor OffStd-Dev-Tra OffStd-Dev-Time OffMIP-Sag OffMIP-Cor OffMIP-Tra Off

9/+


MIP-Time OffSave original images On

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10/+





On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Resp. control Off


11/+


Diff. directions 64- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -


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12/+


\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\localizer



Off


Off




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Dark blood Off- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Resp. control Off


13/+



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\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\DTI



On


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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Resp. control Off


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SequenceIntroduction OnBandwidth 1596 Hz/Px

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Free echo spacing OffEcho spacing 0.71 ms

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\\USER\PPMI PD STUDY VB17A V4 +RESTING\PD GATING\Phantom\ep2d_RESTING_STATE



Off


On




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Special sat. None- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -



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BOLDGLM Statistics OffDynamic t-maps OffStarting ignore meas 0Ignore after transition 0Model transition states OnTemp. highpass filter OnThreshold 3.00Paradigm size 30Meas[1] BaselineMeas[2] BaselineMeas[3] BaselineMeas[4] BaselineMeas[5] BaselineMeas[6] BaselineMeas[7] BaselineMeas[8] BaselineMeas[9] BaselineMeas[10] BaselineMeas[11] BaselineMeas[12] BaselineMeas[13] BaselineMeas[14] Baseline

17/+


Meas[15] BaselineMeas[16] ActiveMeas[17] ActiveMeas[18] ActiveMeas[19] ActiveMeas[20] ActiveMeas[21] ActiveMeas[22] ActiveMeas[23] ActiveMeas[24] ActiveMeas[25] ActiveMeas[26] ActiveMeas[27] ActiveMeas[28] ActiveMeas[29] ActiveMeas[30] ActiveMotion correction OffSpatial filter Off


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18/-

mri technical operations manual version 4.0 28.june technical operations manual version 4.0...

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