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Nucleic Acids I-B-4 DEC 98 Primate Lentivirus Complete Genomes |-> 5' LTR U3 start B_FR.HXB2R TGGAAGGGCTAATTCACTCCCAACGAAGACAAGATATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTACTTCCCTGATTAGCAGAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGT 135 B_FR.HXB2RA _W__K__G__$__F__T__P__N__E__D__K__I__S__L__I__C__G__S__T__T__H__K__A__T__S__L__I__S__R__T__T__H__Q__G__Q__G__S__D__I__H__$__P__L__D__G_ 43 B_FR.HXB2RB X_G__R__A__N__S__L__P__T__K__T__R__Y__P__$__S__V__D__L__P__H__T__R__L__L__P__$__L__A__E__L__H__T__R__A__R__D__Q__I__S__T__D__L__W__M__V 44 B_FR.HXB2RC XX_E__G__L__I__H__S__Q__R__R__Q__D__I__L__D__L__W__I__Y__H__T__Q__G__Y__F__P__D__$__Q__N__Y__T__P__G__P__G__I__R__Y__P__L__T__F__G__W__ 45 B_US.WEAU160 --------------T--------AA-------------------------G------------------T-----------G--------------------------CT-----C------TG----------- 135 A_UG.U455 0 C_ET.ETH2220 0 D_ZR.84ZR085 0 AE_TH.CM240 0 F_VI850 0 G_SE.SE6165 0 H_CF.90CF056 0 AGI_CY.94CY0323 0 J_SE.SE92809 0 AG_NG.IBNG 0 AB_RU.KAL153-2 ----T---T-----T-----A-GAA---------A---------------G----T-------------------------G----...............--------T----TC-----A--A-----G---- 120 O_CM.ANT70 --------T-----T-------TAA----GC---A-----G-----T---G-G--TA----T--G--A-T-----------G------------------A-----A-C---G-TC--------A---------- 135 N_CM.YBF30 0 SIVCPZUS --------T--G--T-T---AG-A----------G-----A-----C---G-T-----T--------AAT---------C-G------T-----C--------T--AG-A--------C--A--A-A---GC--- 135 SMM251 --------A-TTA-T--AGTGC-A-------TAGA---T-A--CA---ACT-AG-AA-GGA-G-----AT-A-A--A----G----G-T-----CT----A-----A--T-----C---AA---A-----C---C 135 SMM9 0 STMM83293 --------A-TTA-T--AGTG-GA----........................................................................................................... 28 H2A_DE.BEN --C-----A-GT--T--AGTAGGA-G-----TAGA-----A--CA-A-ACC-AG-AA-AGAGG----GATAA-A--A----G------T--T--T-AT--------AG-A--G--C---A--TA---C--G---C 135 H2A_DE.BENA _C__K__G__C__F__T__V__G__G__D__I__E__S__$__G__Y__T__$__K__K__R__K__G__$__Y__Q__I__G__R__I__I__L__M__G__Q__E__$__G__G__Q__C__T__S__G__G_ 41 H2A_DE.BENB X_A__R__D__V__L__Q__$__E__E__T__$__N__P__R__H__I__P__R__K__R__G__R__D__N__T__R__L__A__E__L__Y__S__W__A__R__S__K__V__P__N__V__L__R__V__A 44 H2A_DE.BENC XX_Q__G__M__F__Y__S__R__R__R__H__R__I__L__D__I__Y__L__E__K__E__E__G__I__I__P__D__W__Q__N__Y__T__H__G__P__G__V__R__Y__P__M__Y__F__G__W__ 46 H2A_SN.ST 0 H2B_GH.D205 --------A-GTA-T-TAGTG-GA-------CAGA--AT-A--CACA-ATT-TG-GA-TGA-G-----ATTG-GT---GC-G---A-----T--T-AT-----------A--GC----CAAATA------T---C 135 H2B_CI.EHO --------A-TT-CT-TAGTG-GA----G--TA-A--A--A--CACA-ACT-AG-AA-TGA-G-----ATTG-GT---GA-G--------------AT--------AG-A--------CAA-TT------C---C 135 STAN1 ----G--CA--TA-TGG--A-C-AAG---G-GC-A-----GA----C-ATGC-CTAA-TGA-TGG---ATTA-AGA-----G---AGCA--TT-C--T--------C-C---GA-G--C-GATG---C--C-TT- 135 SSAB1C --------A-TTA-T--AGTG--A-G---A-GA-G---T-G-----C-ATGCTCTTA-TGAGTGG---ATAG-AGA--GA-G------T--T---GAT--------T-C---G--C---AA-TG----------- 135 SVERTYO 0 SVERAGM3 0 SVER9063 ----T---A-TTA-T-----G--A-G--GA-TAGA-----CA-C----ATGCTCTTA-TGA-TGG--AAT-A-TGA-----G-A-CGC--GGT--A----A-----CG-A--------C-GCTG------C-TT- 135 SVER155 ----T---A-TTA-T-----G-TA-G---A-TA-G------A------ATGC-CT-A-TGA-TGG--AAT-A-TGA-----G-A-CGCA-GGT--AA---A--T-----A-----C--GAG-TG------C-TC- 135 SGRI677 ----T---A--TA-T----TG--A-----G--A-G-----GA--T---ATGC--TGA--GAGTGG--AATAA-AGA-----G---AGCT---T-------C--G-----A--G--C--GAGAGT------C-TC- 135 SMNDGB1 0 SIVSYK173 ---A-C-C-G--C--GT-A-T----------- 32 SIVLHOEST -----------TA-TGG-----GA-------G--C---T-AAT---C-ACTGTG-GA-TGAGTGG--TCT-A-TGGA--C-TCAT----------GAT--A-----A-CA-----C--T-----A---------- 135 SIVLHOESTA _W__K__G__Y__I__G__P__R__E__D__R__G__S__$__F__S__T__V__R__M__S__G__V__S__L__E__G__S__$__T__T__Q__M__D__Q__E__Q__D__G__L__$__H__L__D__G_ 42 SIVLHOESTB X_G__R__A__I__L__V__P__E__K__T__G__H__L__N__S__L__L__$__E__$__V__G__S__H__W__R__L__H__E__L__H__R__W__T__R__N__K__I__P__S__D__I__W__M__V 44 SIVLHOESTC XX_E__G__L__Y__W__S__Q__R__R__Q__D__I__L__I__L__Y__C__E__N__E__W__G__L__I__G__D__F__M__N__Y__T__D__G__P__G__G__R__Y__P__L__T__F__G__W__ 46

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  • Nucleic A

    cids

    I-B-4DEC 98

    Primate Lentivirus Complete Genomes

    |-> 5

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    F_

    _G

    __

    W_

    _ 4

    6

  • Nucleic A

    cids

    I-B-5DEC 98

    Primate Lentivirus Complete Genomes

    B_

    FR

    .HX

    B2

    R G

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    GT

    T 2

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    B_

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    B_

    FR

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    85

  • Nucleic A

    cids

    I-B-6DEC 98

    Primate Lentivirus Complete Genomes

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    36

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    IVL

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    IVL

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    K_

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    _N

    __

    R 1

    22

  • Nucleic A

    cids

    I-B-7DEC 98

    Primate Lentivirus Complete Genomes

    B_

    FR

    .HX

    B2

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    C.G

    AG

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    B_

    FR

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    B_

    FR

    .HX

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    K.......... 1

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    B_

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    --T------.......... 3

    49

    A_

    UG

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    R.8

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    CF

    .90

    CF

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    0A

    G_

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    3-2

    CC

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    AC

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    TG

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    GA

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    TG

    AC

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    GA

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    .TT

    GC

    TG

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    46

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    CA

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    93

    CA

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    __

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    ..... 14

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    GH

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    05

    CA

    AG

    AG

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    AG

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    --A--A

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    ..... 45

    6H

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    GG

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    AG

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    --A---G

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    92

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    GG

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    4S

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    R1

    55

    CA

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    TT

    CC

    TG

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    TG

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    05

    SG

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    77

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    TG

    GT

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    GC

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    A.................................................................................. 3

    78

    SM

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    GB

    1 0

    SIV

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    K1

    73

    CA

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  • Nucleic A

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    I-B-9DEC 98

    Primate Lentivirus Complete Genomes

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