projet génome de plasmodium: approches utilisées et résultats attendus
DESCRIPTION
Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus - Présentation de la 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - KARENZO Jeanne et LABOUDI MajdaTRANSCRIPT
Ministère de la Santé, du Planning
Familial et de la Protection Sociale
Madagascar
Projet GProjet Géénome de nome de PlasmodiumPlasmodium : :
Approches utilisApproches utiliséées et res et réésultats attendussultats attendus
Présentée
Par
Melle LABOUDI Majda Dr KARENZO Jeanne
EVALUATION
par les FACILITATEURS
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PlanPlan
II-- Introduction Introduction
IIII-- Pourquoi les projets gPourquoi les projets géénome nome PlasmodiumPlasmodium??
IIIIII-- IntIntéérêt des projets grêt des projets géénome du nome du PlasmodiumPlasmodium
IVIV-- Projets de gProjets de géénome nome PlasmodiumPlasmodium connusconnus
VV-- PlasmoPlasmo DBDB
VIVI-- Approches utilisApproches utiliséés dans le projet gs dans le projet géénome nome Plasmodium Plasmodium
VIIVII-- RRéésultats attendus sultats attendus
VIIIVIII-- Pourquoi le sPourquoi le sééquenquenççage du gage du géénome nome Plasmodium Plasmodium des des animaux?animaux?
Conclusion Conclusion
Perspectives Perspectives
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IntroductionIntroduction
�� 140 140 àà 150 esp150 espèèces ces plasmodialesplasmodiales connues infectant des connues infectant des vertvertéébrbrééss
P. P. malariaemalariaeP. ovaleP. ovaleP. P. vivaxvivaxP. P. falciparumfalciparum,,
ll’’homme et homme et
aux grands aux grands
singessingesspspéécifiques de lcifiques de l’’hommehomme
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Pourquoi les projets gPourquoi les projets géénome nome
Plasmodium?Plasmodium?
�� L’échec de toutes les tentatives de vaccin.
�� L’apparition de résistances aux Antipaludiques
�� Le faible nombre de nouvelles cibles thérapeutiques, lié au fait que le génome de P. falciparum n’est pas très
bien connu
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IntIntéérêt des projets grêt des projets géénome du nome du
PlasmodiumPlasmodium
�� Recherche des nouvelles méthode de diagnostic du Plasmodium
�� Identification des gIdentification des gèènes rnes réésistantssistants
-- Permet de comprendre le mPermet de comprendre le méécanismecanisme- Recherche de nouveaux médicaments- Développement de nouveaux outils performants de suivi
évaluation des activités de lutte contre le paludisme
�� Permet le dPermet le dééveloppement des nouvelles stratveloppement des nouvelles stratéégies gies Recherche vaccinale
�� Avoir une base de données sur le génome de Plasmodium accessible par le web
�� Comprendre la biologie du parasite Comprendre la biologie du parasite
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Red: indicates species for which sequencingis requested
( John Adams et al, 2007 )
Blod : species already sequenced,
Phylogenetic tree of Plasmodium
**: Denotes species that infect humans
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Projets de génome Plasmodium Connus
( Carlton J, 2003)
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Projets génome plasmodium réalisés par Wellcome Trust Sanger Institute
(http://www.sanger.ac.uk,Wellcome trust Sanger institut (2007) projet de génome de
P. falciparum)
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SangerSangerTIGRTIGRSanger Sanger SangerSangerTIGRTIGRTIGR, USA, TIGR, USA,
Sanger Sanger Institut Institut
PubPubPub Pub En En prprééppPubPubIn In prepprepPub Pub SituationSituation
4X4X5X5X8X8X2x2x10X10XSSééquence quence
complcomplèèteteFinal dataFinal data
14.970*14.970*5,8785,878NKNKNKNKNKNK5.4035.403## GGèènesnes
24,324,322,822,8~~ 3535NKNK~~ 454519,419,4(G+C) %(G+C) %
14141414nknkNKNK14141414# # ChromosomeChromosome
16,916,923?123?1~ ~ 2525NKNK~~ 272723,323,3Taille( Mo)Taille( Mo)
RodentRodentRodentRodentMonkeyMonkeyChimpChimpHumanHumanHumanHumanHôte Hôte
NK: non connu; En prép: en préparation; TIGR: The Institute for Genomic Research;
* Une surestimation en raison du caractère partiel des données du génome
Caractéristiques du génome de Plasmodium
P.P.
falciparumfalciparumP.P.
vivaxvivaxP.P.
relictumrelictum
P.P.knowlesiknowlesi
P.P.
yoeliiyoelii
P.P.
ChabaudiChabaudi
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Global distribution of P. falciparumparasites that have been sequenced
( John Adams et al, 2007 )
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Approches utilisApproches utiliséés dans s dans
le Projets de gle Projets de géénome nome PlasmodiumPlasmodium
�� Un consortium a Un consortium a ééttéé formforméé en 1996 pour sen 1996 pour sééquencer le quencer le
ggéénome nome
�� le travail est rle travail est rééparti entre trois groupes :parti entre trois groupes :
-- Le Le Wellcome Trust Sanger Institute --
-- L'universitL'universitéé de de StanfordStanford. .
-- L'institut pour la recherche gL'institut pour la recherche géénomique/ Centre naval nomique/ Centre naval
de recherches mde recherches méédicalesdicales
(http://www.sanger.ac.uk,Wellcome Trust Sanger Institute, 2007)
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Le Le PlasmoDBPlasmoDB
�� Augmenter l'utilisation des vastes quantités de données émergeant des
projets génome par la communauté mondiale de recherches sur le paludisme
But:
(www.plasmoDB.org)
�� Base de donnBase de donnéées officielle de ses officielle de sééquence de gquence de géénome nome P. P. falciparumfalciparum,,
�� RRéésultat dsultat d’’un consortium dun consortium d’’Institutions de recherchesInstitutions de recherches
ActuellementActuellement
Banque dBanque d’’information sur 5 espinformation sur 5 espèèces parasitairesces parasitaires
donne des outils pour la comparaison croisdonne des outils pour la comparaison croiséée entre les espe entre les espèècesces
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DonnDonnéées disponible danses disponible dans
le le plasmoDBplasmoDB
�� Contient des donnContient des donnéées finie et non finie sur es finie et non finie sur
la sla sééquence du gquence du géénome de 5 espnome de 5 espèèces du ces du
PlasmodiumPlasmodium : : P. P. falciparumfalciparum
P. P. vivaxvivax. .
P. P. yoeliiyoelii
P. P. chabaudichabaudi
P. P. bergheiberghei
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Pourquoi le sPourquoi le sééquenquenççage du gage du géénome de nome de
PlasmodiumPlasmodium des animaux ?des animaux ?
�� Permettra de connaPermettra de connaîître le comportement des parasites de tre le comportement des parasites de
PlasmodiumPlasmodium avec leurs hôtes et les vecteursavec leurs hôtes et les vecteurs
�� Facilitera les Facilitera les éétudes biologiques, biochimiques et cellulaires tudes biologiques, biochimiques et cellulaires
ddéétailltailléées du es du PlasmodiumPlasmodium
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Pourquoi faire le sPourquoi faire le sééquenquenççage du gage du géénome nome
de de PlasmodiumPlasmodium des animaux ?des animaux ?
Modèle d’étude des aspects biologiques du
parasiteP. berghei
Modèle dans la recherche des vaccins agissant
au niveau du stade pré-erythrocytaireP. yoelii:
Réponse immunologiques et la virulence dans
le paludismeP. chabaudi
P. vivax : les études sur l’efficacité des médicaments
P. cynomolgi
Usage Espèces plasmodiales
( John Adams et al, 2007 )
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RRéésultats attendussultats attendus
La découverte d’un nouveau traitement
anti-paludique
L’importante utilisation des données génome permettra de développer un vaccin efficace contre le paludisme
Progresser dans l'inventaire des cibles possibles
pour des traitements antipaludiques
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Conclusion Conclusion
�� La comparaison des génomes entre les espèces de Plasmodium pourraitalors fournir une indication plus claire sur la position phylogénétique duPlasmodium et constituer un repère génétique
�� La détermination du génome de Plasmodium et l'analyse moléculaire des populations de parasites devrait augmenter le potentiel pour la découverte
Le temps et les fonds nécessaires pour générer les Ressourcesgénomique et postgénomques du Plasmodium sont importants
Investissement est indispensable pour progresserdans la recherche
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Perspectives (1)Perspectives (1)
�� ccomprendre comment et pourquoi les espomprendre comment et pourquoi les espèèces ces plasmodialesplasmodiales entraentraîînent la maladie et survivent dans nent la maladie et survivent dans leurs hôtes et vecteurs: leurs hôtes et vecteurs:
--les interactions hôte les interactions hôte –– parasiteparasite
-- vecteur vecteur -- parasite parasite
-- vecteur vecteur -- hôte hôte
�� EEtudiertudier ll’’expression des gexpression des gèènes et les caractnes et les caractèères res structurels des protstructurels des protééines ines
�� ccomprendre les gomprendre les gèènes clefs qui sont impliqunes clefs qui sont impliquéés dans la s dans la vie du parasites du paludisme humain aux diffvie du parasites du paludisme humain aux difféérentes rentes éétapes qui se produisent chez le hôte et le vecteurtapes qui se produisent chez le hôte et le vecteur
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Perspectives (2)Perspectives (2)
�� DDéévelopper des systvelopper des systèèmes modmes modèèles animaux et des les animaux et des éétudes humaines de population qui aideront tudes humaines de population qui aideront àà rréépondre pondre aux questions scientifiques concernant le aux questions scientifiques concernant le Plasmodium.Plasmodium.
DDéévelopper des nouveaux mvelopper des nouveaux méédicaments, dicaments,
des vaccins?des vaccins?
�� EEtablirtablir une une ccomparaison des gomparaison des géénomes des diffnomes des difféérentes rentes espespèèces de ces de PlasmodiumPlasmodium
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RRééfféérence bibliographiquerence bibliographique
� Carlton J, 2003: The Plasmodium vivax genome sequencing project, Review, TRENDS in Parasitology, Vol.19 N°5, P: 227 -231,http://parasites.trends.com
� Carlton J, 2007 : Génomique comparative des parasites eucaryotes,,http://http://www.vivaxmalaria.comwww.vivaxmalaria.com
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� Wellcome Trust Sanger Institute, 2007: projet de génome de P. falciparum, http://www.sanger.ac.uk
� Gardner, M.J. et al, 2002: Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nature 419, 498–511
� www.sgpp.org/structures.shtml
� www.plasmoDB.org
�� MouchetMouchet J et al, 2004: J et al, 2004: BiodiversitBiodiversitéé dudu paludismepaludisme dansdans le le mondemonde, Editions J. , Editions J. LibbeyLibbey..
� Jane Carlton, 2007: génomique comparative des parasites eucaryotes, Institute for Genome Research, Medical parasitology
� Poonam Verma & Y.D. Sharma, 2003: Malaria genome project and its impact on the disease, Vect Borne Dis 40, p 9–15
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