pubmed introduzione a cura di giovanna bruscolini – biblioteca area scientifica, università di...
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PUBMED
INTRODUZIONE
a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo ’
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Pubmed: che cosa è?
Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine’s)
La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti.
E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale
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un po’ di storia
1879: INDEX MEDICUS 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical
literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED
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MEDLARS
Attualmente è composto da 40 banche dati.
Ricordiamo: Pubmed Toxnet: base di dati di tossicologia che
permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX …
Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento)
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Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE :
citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale;
OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH
PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero
PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente
dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo
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Medline: Un po’ di numeri: circa 17 milioni di citazioni di articoli
scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno)
Copre circa il 25 % dell’intera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste)
Le riviste provengono per il 40% dall’area statunitense e l’88% degli articoli è in lingua inglese
Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli
il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ
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PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze
Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che integra la banca dati
Pubmed con archivi sulla biologia molecolare
permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche
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Accesso agli archivi disponibili
NUCLEOTIDE: sequenze di DNAPROTEIN: sequenze di proteineGENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3DTAXONOMYOMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini geneticiPMC (Pubmed central)
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PUBMED http://pubmed.gov
II. LA RICERCA
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http://pubmed.gov
Maschera per ricercare
Per raffinare la ricerca
Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili
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La Citazione bibliografica:
autoreTitolo articolo
Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine
n. Identificativo del premedline
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I record bibliografici:
Base dati è una collezione di dati organizzati in record
Ogni record è una citazione bibliografica
Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da
etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate
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TAG PRINCIPALI utili nella ricerca(elenco completo nell’help) [AU] campo autore
[TI] campo titolo
[TA] nome della rivista
[LA] lingua di pubblicazione dell’articolo
[MH] Mesh terms (soggetti)
[DP] data di pubblicazione(A/M/G)
[EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G)
[AB] abstract
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Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati Stopwords (articoli, congiunzioni…):
trascrizione superflua
Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune
Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo
Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità
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Tipologie di ricerca: semplice o complessa
RICERCA SEMPLICE
Per cercare gli articoli più recenti Quando si ha un solo termine di ricerca Per cercare gli articoli di un autore Per cercare gli articoli con il titolo di un
periodico
Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)
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1. RICERCA LIBERA
la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi.
N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca
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Ricerca libera
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2. RICERCA PER CAMPI
Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati
Come limitare ? Termine [TAG del campo]
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Esempi di ricerca per campi
CellCell [AU]Cell [TA]Cell [TI]
Come si ricerca un autore:
Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U)
oppureCognome [AU]
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RICERCA COMPLESSA:
Quando: si utilizza più di un concetto e bisogna
combinare più termini o più ricerche
si vogliono usare voci di soggetto (MESH)
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Ricerca complessa con più termini
Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo):
AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca
OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini
NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro
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Ricerca per frase
Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw]
Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata
Esempio:- Breast tumours =
così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593)
- “breast tumours” = tumori al seno (1347)
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Ricerca con parentesi: ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca
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Ricerca per soggetto: i MESH Tesauro MeSH (Medical Subject Headings)dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dell’articolo
Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o
voci affini Precisione nella ricerca
Svantaggi: Non si trovano record premedline e publisher
supplied (i più recenti!)
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I Mesh Per ogni articolo vengono assegnati uno
o più intestazioni (max=15)
Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh
Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline
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Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0
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Il Mesh database = Archivio dei soggetti
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Vantaggi del Mesh Database
Controllo del termine immesso:
se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni
Visualizzazione:dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni
Automatic explosion, No expl
Argomento principale (Major Topic)
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Esempio di ricerca con il mesh database
Definizione del concetto
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Mesh database: Struttura ad albero
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Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione
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![Page 43: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/43.jpg)
visualizza come viene
interpretata la strategia di ricerca da pubmed
Si possono inserire altri
termini liberi o intestazioni
usando AND,OR,NOT
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Altre funzioni utili nella ricerca:
A. La barra degli strumenti
1. Limits2. Preview/Index3. History4. Clipboard5. Details
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3. History (archivio delle ricerche) Pubmed conserva le strategia di ricerca
e i risultati numerandole e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite
Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto)
Accetta un massimo di 100 ricerche
Le ricerche vanno perse dopo un’ora
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![Page 47: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/47.jpg)
2. Preview/index(no premedline, né publisher supplied )
Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame
fra parentesi accanto c’è l’indicazione del numero dei record
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![Page 49: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/49.jpg)
Altre funzioni:B. La barra a sinistra PUBMED TUTORIAL
(guida ufficiale interattiva) PUBMED help
(strutturato a capitoli come un libro)
1. SINGLE CITATION MATCHER2. CLINICAL QUERIES ( per articoli che si
riferiscono alla ricerca clinica)3. JOURNAL DATABASE
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1. Single citation matcher utile per rintracciare rapidamente
una citazione
si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata
utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e l’anno
![Page 51: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/51.jpg)
3. JOURNAL DATABASE
Permette di selezionare un periodico tramite il titolo (anche abbreviato), ISSN.
Serve per cercare citazioni tratte da quel periodico
![Page 52: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/52.jpg)
PUBMED http://pubmed.gov
III. I RISULTATI DELLA RICERCA
IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI
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I risultati
Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in
determinati settori
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Visualizzazione dei risultati
![Page 55: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/55.jpg)
Risultati Lista in ordine cronologico inverso (dal più
recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sugli autori Per visualizzarne più di uno: spuntare le
citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato
Il formato automatico è il summary Altri formati:Brief (con primo autore parte del titolo e pmid)Abstract con ‘abstract ma non i meshCitation con abstract più meshMedline: con tutti i campi
![Page 56: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/56.jpg)
PUBMED: dalla citazione al full-text(A sinistra di ogni citazione)
Foglio vuoto: citazione priva di abstractFoglio scritto: citazione con abstractFoglio evidenziato in arancio e verde: citazione con fulltext disponibile in nell’archivio pubmed centralFoglio evidenziato in verde: citazione con link al sito dell’editore che offre gratuitamente il full text
![Page 57: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/57.jpg)
Pubmed: i servizi
Related articlespermette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza
Links: si può accedere a books (libri attinenti), link out (ulteriori risorse online), composti e altro. Variano per ogni citazione
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Link out: esempio
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Selezionando la citazione:Links al full text dell’editore e del
PMC
= related articles
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IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI
TEMPORANEA: Clipboard = blocco appunti
max 500 citazioni selezionatesi svuota dopo 8 ore di inattività
PERMANENTE:Send to file = salva fino a 10000 record alla volta in formato .txt o .html
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Per salvare una strategia di ricerca: MyNcbi Utile per strategie che hanno dato
ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti:
servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione
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TOXNET:l’informazione tossicologica
http://toxnet.nlm.nih.gov
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TOXNET: archivi contenutiBase dati Produttore Contenuto
CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys
NCINational Cancer Inst
8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità
CHEMID PLUS NLM 367000 schede di sostanze chimiche
DART/ETICDevelop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center
NLM > 100000 citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione
TOXLINE NLM + di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico
GENE-TOX EPAEnvironm Protection Ag
Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze
IRIS EPA Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche
TRI EPA Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nell’ambiente
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HSDB (Hazardous Substances Data Bank)
Base dati fattuale prodotta dalla NLM Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500
sostanze chimiche potenzialmente pericolose Dati peer-reviewed = revisionati da una
commisione di esperti (fra pari) nominati dalla NLM
Lactmed (Drugs and Lactation Database)
Base dati con informazioni riguardanti l’allattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono esposte madri e neonati
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Basi dati bibliografic
he
Basi dati fattuali
Dizionario chimico
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ChemIDPlus: l’informazione chimica
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LINK UTILI NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca
contemporanea in tutte le risorse della NLM
http://gateway.nlm.nih.gov Dizionario dei termini medici in internet
(italiano/inglese)http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp
Mesh / traduzione italianaa cura dell’Istituto superiore di Sanità: accesso gratuito previa registrazionehttp://www.iss.it/site/Mesh
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LINK utili
SCIRUS (http://www.scirus.com)motore di ricerca specializzato per informazione scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web)integra ricerca su web con ricerca su basi dati disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e CogPrints)
DOAJ (directory of open access journal) archivio di oltre 2500 periodici scientifici
disponibili gratuitamente online
http://www.doaj.org/
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NLM Gateway: interfaccia unica
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Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato
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Esempi
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Esempi di ricerca: all’inizio libera
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Poi con due termini per specificare l’aspetto che
interessa
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Poi con frase esatta “”
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Associando più termini con operatori
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Infine qualificando il termine come soggetto
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E associando il soggetto con un altro termine
![Page 83: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/83.jpg)
Riassumendo:
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Esempio di ricerca integrata: pubmed-Omim Ricerca di articoli sulla Corea di
Huntington (termine di soggetto)
Invia la ricerca in Pubmed
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Selezionare Linkout
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Link al Medline Plus: l’informazione per il
grande pubblico
Link ad un archivio del
Toxnet
![Page 87: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/87.jpg)
Archivio Hazardous Substances Database (toxnet)
![Page 88: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/88.jpg)
Medline Plus: informazione medica per tutti
Spiegazione del difetto genetico e link a banche dati genetiche
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Link all’archivio OMIM dei disordini genetici
![Page 90: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/90.jpg)
Per la localizzazione su cromosoma
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![Page 92: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/92.jpg)
Corea di Huntington: localizzazione sul cromosomaricerca in archivi GENE e OMIM
![Page 93: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/93.jpg)
Struttura dell’emoglobina
![Page 94: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/94.jpg)
Come impostare una strategia di ricerca: consigliato l’uso del mesh database
Scrivi la frase che esprime la tua ricercaEs cerco articoli che parlino del sangue dal naso
in rapporto all’ipertensione) Dividi il soggetto in concetti essenziali
es. sangue dal naso e ipertensione Traduci in inglese (nosebleed, hypertension) Cerca i termini nel Mesh database
(epistaxis, hypertension) Combina i concetti con AND, OR, NOT
![Page 95: PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo](https://reader033.vdocument.in/reader033/viewer/2022052410/5542eb5b497959361e8c869d/html5/thumbnails/95.jpg)
Per approfondimenti:
PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link ad altre pagine webhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/
Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza" http://w3.uniroma1.it/vrd-medicina/Sommario.htm
La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm