rennes20140912035806mgaliberpr.galibert - paces 2014-15

8/15/2019 RENNES20140912035806mgaliberPr.galibert - PACES 2014-15

http://slidepdf.com/reader/full/rennes20140912035806mgaliberprgalibert-paces-2014-15 1/38



2

3

CHAPITRE I:

LES AMINO-ACIDES

4

I. DEFINITION AA

R CH COOH

NH2



3

5

II. PROPRIETES PHYSICOCHIMIQUES

A. CARATÈRE AMPHOTERE

pp K1

R CH

NH3+

COO-

R CH COOH

NH2

6

pKN: Dissociation de la fonction ammoniumpH ! 10

pKC: Dissociation de la fonction acidepH= 2-3

p K2p K1

R CH COOH

NH3

R CH

NH3+

COO-

R CH COO-

NH2

pH alcalinpH acide

pHi: Point Isoélèctrique

AnionCation

H H H

pKC pKN



4

7

pKN: Dissociation de la fonction ammoniumpH ! 10

pKC: Dissociation de la fonction acidepH= 2-3

p K2p K1

R CH COOH

NH3

R CH

NH3+

COO-

R CH COO-

NH2

pH alcalinpH acide

pKR: Dissociation du groupement R

AnionCation

pKC pKN

8

pKN: Dissociation de la fonction ammoniumpK2= 9.21

pKC: Dissociation de la fonction acidepK1= 2.2

pKR: Dissociation du groupement RpKR= 10.46



5

9

7

10

II. PROPRIETES PHYSICOCHIMIQUES

B. STEREO-ISOMERIE: géométrie dans l’espace

L D



8

15

ACIDES AMINES ALIPHATIQUES

AA Ramifiés

Glycocolle

16

ACIDES AMINES HYDROXYLES

AA Aromatique



9

17

ACIDES AMINES SOUFRES

18

CYSTINE : produit de déshydrogénation de deux cystéines

2METHIONINE

CYSTEINE

NH2

HS C H2 C H C O OH

CH3 S CH CH2 C H C O OH

NH2

NH2

COO H CH C H2 S S CH2 C H CO O H

NH2

2 x

Pont Disulfure



10

19

ACIDES AMINES DICARBOXYLIQUESET LEURS AMIDES

20

ACIDES AMINES DIBASIQUES

Noyau Imidazole

Groupement Guanidine



11

21

ACIDES AMINES AROMATIQUES

22

IMINO ACIDES

Noyau Pyrrol



12

23

glycine (G)

alanine (A)

valine (V) leucine (L)

Structures des AminoStructures des Amino AcidesAcides

serine (S) threonine (T)

cysteine

methionine (M)

phenylalanine (F) tyrosine (Y)

proline

isoleucine (I)

lysine (K)

tryptophan (W)

histidine (H)

aspartic

acid (D)

glutamic

acid (E)

aspargine (N) glutamine (Q)

arginine (R)

3+

+2

24

N Methyllysine :

H3C NH (CH2)4 C H C OO H

NH2

V. AA RARES et DERIVES D’ACIDES AMINES



14

27

Tyrosine - Mono et Diiodotyrosine - Hormones Thyroïdiennes T3 et T4

T3 = 33’5 Triiodothyronine

T4 = 33’55’ tetraiodothyronine

OH

II

CH2

C H NH2

COOH

3 5

OH

I

CH2

C H NH2

COOH

Mono et Diiodotyrosine

(Parahydroxy

CH2 C H C O OH

NH2

HO Tyrosine

28

Neurones Dopaminergiques:Arrêt au stade Dopamine

Poursuite de la Biosynthèse:Neurones AdrénergiquesGlandes Surrénales

Tyrosine => Adrénaline



17

33

CHAPITRE II:

LA STRUCTURE

DES PEPTIDES ET DES PROTEINES

34

Extrémité N-ter Libre Extrémité C-ter Libre

=> Orientation des protéines : N-ter >> C-ter

Liaison Peptidique

AA N°1 + AA N°2 DIPEPTIDE

AA1 AA2 AA3 AA4



18

35

CH3

CH

CH3

CH2

C

H

H2N CO NH CH2 CO NH CH COOH

CH3

Leucyl Glycyl Alanine

Ex : LEUCYL-GLYCYL-ALANINE

Extrémité N-ter Libre Extrémité C-ter Libre

36

Glutathion : glutamyl cysteinyl glycine

NH2

HO O C C H C H2 CH2 CO NH CO NH CH2 COOH

CH

CH2

SH

Cas particulier : la liaison se fait

avec la fonction ! carboxylique.

=> ISOPEPTIDIQUE/ PSEUDOPEPTIDIQUE



19

37

Liaison Peptidique (fonction amide) => Rigide et plane

38

Rotations possibles : degré de liberté autour des Carbones



20

39

Structure I: Chaîne Principale

Chaîne Latérale : RN-ter LibreC-ter Libre

C N OCa

40

S

S

VASOPRESSINEOCYTOCINE

C O NH2C O NH2

NH2NH2

CYS

TYR

ILE

GLN

ASN

CYS

PRO

LEU

GLY

CYS

TYR

PHE

GLN

ASN

CYS

PRO

ARG

GLY

S

S

AA Cter: glycinamideNH2-CH2-CO-NH2

Pont Disulfure



21

41

Hélice Alpha

C

R

N

O

Ca

H

Liaison H: CO---NH

=> 3,6 AA par tour de spire

42



22

43

Visualisation des AA d’une Hélice : “Helical Wheel”

44

Hydrophobes

Hydrophyles

Hélices alpha Amphipathiques

Tête polaire hydrophileChaine carbonée aliphatique Bicouche

lipidique



23

45

Le feuillet plissé #

R N OC H

C

Liaison H

Liaison peptidiqueAnti-Parallèle

ParallèleR : chaînes latérales se dressentpresque à angle droit: vers le haut - vers le bas

46

anti-parallèleparallèle ‘twisted’+

Coude #

NO

C

Représentations des Hélices Alpha et Feuillets Béta

Hélice



24

47

Coude #

48

Les protéines PRIONS

PrPscPrPc

43% de feuillet #



25

49

Structure en Doigt de Zinc

25 AA stabiliséspar un ion Zn2+: - 2Cys + 2His - 4Cys

Eléments Répétitifs: 2-3 Doigts de Zn => Liaison ADN

50

Famille des Récepteurs Stéroïdiens : Motif commun de Liaison à l ’ADN

Estrogènes - Glucocorticoïdes - H. Thyroïdes - Progestérone - Vit D.- Ac. Rétinoïques

2 Doigts de Zn=> Motif de Liaison à l’ADN



26

51

(1) Structure primaire: ordre des acides aminés le long de la chaîne polypeptidique.

(2) Structure secondaire: repliement local des acides aminés en hélices, en feuillets.(3) Structure ter tiaire: agencement stable dans l'espace de ces hélices et feuillets.

(4) Structure quaternaire: agencement des sous-unités entre elles, quand la protéine est constituée de

plusieurs sous-unités indépendantes (ex : l'hémoglobine).

Acquisition d’une structure III et IV: conformation native

52

Les Protéines Chaperon et Chaperonin

hsp70(chaperon)

hsp60(chaperonin)

Protéine repliée Protéine repliéeRibosome

Protéolyse



27

53

Système Ubiquitine - PROTEASOME : Dégradation des protéines

54

Immunoglobuline(Domaine V)

Pyruvate Kinase

(Domaine 1)Pré-Albumine

Myohemerythrine



28

55

Myoglobine (hélice )

Tétramère: Hémoglobine

56



29

57

Enroulements super hélicoïdaux : le Collagène

3 Hélices

58



31

61

62

Spectres d’absorption des AA Aromatiques dans l’UV



32

63

CHAPITRE III:

STRUCTURE FONCTION

DES PEPTIDES ET PROTEINES

64

INSULINE:

Protéolyse de la PréProInsuline

S SSS S S

NH2 NH2

C B

A

Peptide signal

COOH

A

B

ProInsulinePréProInsuline



33

65

S S

NH2

S SS

S

S SS

S S S

NH2 NH2

COOHCOOH

A

A

B

B

ProInsuline

C

Insuline

21AA 30AA

66

Structure Tertiaire de l’Insuline: Chaîne A + Chaîne B

Chaîne A

Chaîne B



35

69

Structure IgG

Structure IgA

Structure IgM

70

Hème => GP de l’hémoglobine

R1 = R3 = R5 = R8 = $ CH3

R2 = R4 = $ CH = CH2

R6 = R7 = $ CH2 - CH2 $ COOH

CH 2

Fe

N

N N

N

CH

CH

COOH

HOOC H2CH2C

CH3

CH2 CH3

CH2

CH2

CH3H3C

++



37

73

Configuration spatiale de la chaîne # de l’Hémoglobine

NH2

D

A

B CE

FG

H

COOH

Poche de l’Hème:Entre E et F

74

LIAISON DE L’HEME A LA GLOBINE

63#

ou 58

His E7

92#

ou 87

His F8

E

F

Hème



75

STRUCTURE QUATERNAIRE de l’HEMOGLOBINE

#1

#2"2

"1

Fe Fe

FeFe

Cavité centrale

76

T - tendue /Réduite -Désoxy R - relax /Oxygénée

cavité centrale

2.3 DPG

rennes20140912035806mgaliberpr.galibert - paces 2014-15

Documents