research development of a 950-gene dna array for examining … · 2017-08-25 · lockhart dj, dong...

10
http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.1 comment reviews reports deposited research interactions information refereed research Research Development of a 950-gene DNA array for examining gene expression patterns in mouse testis John C Rockett*, J Christopher Luft*, J Brian Garges*, Stephen A Krawetz , Mark R Hughes , Kwan Hee Kim § , Asa J Oudes § and David J Dix* Addresses: *Reproductive Toxicology Division, National Health and Environmental Effects Research Laboratory, United States Environmental Protection Agency, Research Triangle Park, NC 27711, USA. Center for Molecular Medicine and Genetics and Department of Obstetrics and Gynecology, Wayne State University School of Medicine, Detroit, MI 48201, USA. § School of Molecular Biosciences, Washington State University, Pullman, WA 99164-4234, USA. Correspondence: John C Rockett. E-mail: [email protected] Abstract Background: Over the past five years, interest in and use of DNA array technology has increased dramatically, and there has been a surge in demand for different types of arrays. Although manufacturers offer a number of pre-made arrays, these are generally of utilitarian design and often cannot accommodate the specific requirements of focused research, such as a particular set of genes from a particular tissue. We found that suppliers did not provide an array to suit our particular interest in testicular toxicology, and therefore elected to design and produce our own. Results: We describe the procedures used by members of the US Environmental Protection Agency MicroArray Consortium (EPAMAC) to produce a mouse testis expression array on both filter and glass-slide formats. The approaches used in the selection and assembly of a pertinent, nonredundant list of testis-expressed genes are detailed. Hybridization of the filter arrays with normal and bromochloroacetic acid-treated mouse testicular RNAs demonstrated that all the selected genes on the array were expressed in mouse testes. Conclusion: We have assembled two lists of mouse (950) and human (960) genes expressed in the mouse and/or human adult testis, essentially all of which are available as sequence-verified clones from public sources. Of these, 764 are homologous and will therefore enable close comparison of gene expression between murine models and human clinical testicular samples. Published: 22 March 2001 Genome Biology 2001, 2(4):research0014.1–0014.9 The electronic version of this article is the complete one and can be found online at http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014 © 2001 Rockett et al., licensee BioMed Central Ltd (Print ISSN 1465-6906; Online ISSN 1465-6914) Received: 17 November 2000 Revised: 27 December 2000 Accepted: 31 January 2001 Background DNA arrays, variously called microarrays, complementary DNA (cDNA) arrays, gene arrays and gene expression arrays, have been widely heralded and are becoming increasingly integrated into the current research and future plans of many laboratories [1]. The main utility of DNA arrays lies in their ability to report the expression level of thousands of genes simultaneously, although other uses are being continually introduced. There are an increasing number of different com- mercially available DNA array formats. These include: the glass-slide based oligonucleotide array system [2-4] devel- oped by Affymetrix; the glass-slide-based cDNA clone Gene Expression Microarray (GEM) line from Incyte Genomics (IGI); the filter and glass-slide-based Atlas arrays developed

Upload: others

Post on 07-Apr-2020

0 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.1

com

ment

reviews

reports

deposited research

interactions

inform

ation

refereed research

ResearchDevelopment of a 950-gene DNA array for examining geneexpression patterns in mouse testis������������� ������������������� ��������������� ����������������� �����!������ ������!���"# �������$�%�# ��%�&�'�%���&�(�

�%%����)������%����'�*�(���+��,�&�'����� �-������+�!�+�����%�.�'����"���+�.���������������/������, �0���%������.�'����"���+�1�������������, ��������*�����+�1�� �-��23344 �0��5����������� �+��+��� %�������%����������%��&����"�����$/����������%��,���+��, �6�,�������0��'����,������+���� %���� �&����� � 7�892:4 �0��5�#�����+���� �+��+������������ 6���������������0��'����, �1�++"�� �6��;;4<8=82>8 �0��5

��������%��)�������������5�.="��+)������5?���@��5��'

Abstract

Background: Over the past five years, interest in and use of DNA array technology has increaseddramatically, and there has been a surge in demand for different types of arrays. Althoughmanufacturers offer a number of pre-made arrays, these are generally of utilitarian design andoften cannot accommodate the specific requirements of focused research, such as a particular setof genes from a particular tissue. We found that suppliers did not provide an array to suit ourparticular interest in testicular toxicology, and therefore elected to design and produce our own.

Results: We describe the procedures used by members of the US Environmental ProtectionAgency MicroArray Consortium (EPAMAC) to produce a mouse testis expression array on bothfilter and glass-slide formats. The approaches used in the selection and assembly of a pertinent,nonredundant list of testis-expressed genes are detailed. Hybridization of the filter arrays withnormal and bromochloroacetic acid-treated mouse testicular RNAs demonstrated that all theselected genes on the array were expressed in mouse testes.

Conclusion: We have assembled two lists of mouse (950) and human (960) genes expressed in themouse and/or human adult testis, essentially all of which are available as sequence-verified clones frompublic sources. Of these, 764 are homologous and will therefore enable close comparison of geneexpression between murine models and human clinical testicular samples.

Published: 22 March 2001

Genome Biology 2001, 2(4):research0014.1–0014.9

The electronic version of this article is the complete one and can befound online at http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014

© 2001 Rockett et al., licensee BioMed Central Ltd (Print ISSN 1465-6906; Online ISSN 1465-6914)

Received: 17 November 2000Revised: 27 December 2000Accepted: 31 January 2001

Background&-�� ����,� � '������+,� ��++%� "��������,� � ��"�+"����,

&-��A�&-�B�����,� ��������,����%����(������������,�

��'� /�� ��%+,� ���+%%� ��%� ��� /��"���� ���������+,

�������%�������������������������%��������+�������"��,

+�/���������C4D5�*��"�������+��,����&-������,�� +��� �������

�/�+��,� ��� ������ ��� (�������� +'+� ��� �������%�� ��� ���

��"�+������+, � �+������� ����� ���� ��� /���� ��������++,

�����%��%5�*���������������������"/�����%���������"=

"����++,� �'��+�/+� &-�� ����,� ���"���5� *��� ���+�%)� ��

�+���=�+�%� /��%� �+������+���%� ����,� �,��"� C2=8D� %'+=

��%�/,����,"���(E� ����+���=�+�%=/��%� �&-���+�����

.(�������� ��������,� A�. B� +��� ���"� 7��,�� ���"���

A7�7BE������+�����%��+���=�+�%=/��%�F��+��G�����,��%'+��%

Page 2: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

2 Genome Biology Vol 2 No 4 ������������

/,� �+������ ��/�������� � ��"���%� ��� �+��%� ������� ��

1��=�"�+���%�����H����E���+��=/��%���I�+�������"

������� ������� A��7B� ����� � +�� 7�7G�� �. � � ���+��

������+� ��� ��++=+����� �&-�� �+���5� ��,� ������� �������=

����������+�����'�����������������+��������� ����������������

������������+�/������,�CJ <D �������%�����������������+��

��%K��� �+���� ����,�� ���"� 1��� ���%����� ��� �+���� ���"� ��

7������%� �+��+������+,����������"����%������.(���=

�����A7 ��.B����������" ����������+���5���%���+%�(�+�=

�������������%��������/��������'�����������,����"���

��%� ����� ������� ��� ������� &-�� ����,� �����+��,� ���� /

����%��������'���/,���������%�&�(�C3D5

*�� �������, � ������'��,� ��%� ����%���/�+��,� ��� ��""�=

���++,� �'��+�/+� ����,�� ��� ���%� ��%� �"���'��� � /��� ��,� ��

+�"��%��������"��������)�����������������++���"��������=

��/���'� ���� ��"� +�/�E� ��� ��"/�� ��� ������ ���� �����

����,������'��+�/+�����"�++E���������'��+�/+����+�"��%

��� ����� ��%� ��"/�5� �+������� "��,� ��"������ ����� �

�����"���'����������%����������,� ��������������(����'

��%���"/���" ���%�%������� +�%� ���+���++� ��� �����"=

"��+,�����������%���������������5� ������""����++,

�'��+�/+� ���=��=��+�� ����,�� �������� �� ���"���+����� ����

����++�����������%�����(����%��������"��,��++��,��5

���"���� ��������� ������ ��� ��� ��� ���� ������� ��+, � ����

�+�/�+� ��������� ��� ����,� ���%������� ��� ��"�����������+5

7��"��,����� �������+%�/�����"�������+���������������

(�������������+,��������������������������������������=

��"����������������������5�*��� ���������������%������

+�'��"�,� /� /���� ��'%� /,� �� ����� ����������� ��+,� ����

����(����%�������+�'� ���%�������� ����������������

������%� ��� ��� ����� � ����+%� ���%�"��� '�+�� ��� �� �����

(������������5�6����������%�����������������'����=

"���++,���%��%�"�+�������+��, �������������������������"=

������� ��� ��� ������ ������� ��� �� "���� ��� ��%����

H��+��������'��H������������%���������"��+�(�����5

7��"�,��+���/������/+� ������ ����� ��� (��������%���� ��

+���%������"������"�����������������(�����������%��%�=

���,�����������'����� ����������+��������/������'���'���

��++����'�������5�*��%'+��"�����������=���������,�����

��"�+(������� ����'� �������"�����'���"�����"/�

���+��������+����/+"�5

6�%����/��������������������%'+��������������(���=

���������, � ���+�%�����������+��������%��������������=

%���5� 6� ��'� ���"/+%� ���� +����� ��� ���� A��� ��� ;J:

"���� ��� � ��%� ��� ��� ;<:� ��"��� ���B� ����� ��

(����%� ��� ����� "���� ������ ��� ��"��� ������ ��� /���5

*�������%��������������������=(����%���� �����������

3<8���"�+��� ���'���/+%�������������������������"��

�������+,���%�/�������%'+������������������(�������

�������� ��� �'����"���++,� ��%� ������++,� ���++��%

"���� "�%+�5� 7�� ��� ���������%� ����� ��� ���%������� ��

��"��� ������ (������������,����++� ��++�� � �������"������

���%�������"��������������(������������������"���

"�%+�� ��%� ��"��� �+�����+� ��"�+�5� *���� "�,� ��%� ��� ��

+���%������������"�+��+���"������"����%�+,��������=

��++,���%��'����"���++,���%��%�"�+�������+��,5

Results and discussion*�������������%'+��"������"��������������������+����

��%������"�+�����������"��H����������?������++�����

"�� ��� �����/+� ��� ���� ��� �����"�""�+���� ���"� ����

��� ����,5� 7�� "���� ���� � ���'� � ��������� %�� ���

�H�����������'�����"�������������"����� ���%�����,�����=

���������+��������������������"����++�/�"�������=���=

��'�������%�����%����%�������"���"���������"�����+��5

��""����+� �'��+�/�+��,� ��� ����� ����,�� ��� ������+,� '�,

+�"��% � ��� ���� ��� ����� �� �%� ���� ��=����� %'+��"��

��%����%�������������,�����H���%5�$���������������%

��� ���+,����� ��� ������ ��� �������++,� �����%���� �'����=

"���+������ ����������������C9D���%������%�����������/,=

���%����� C;D � ��� "/�,����� %'+��"��� ��%� ��� "�+

����%����'������5�$����������������+��++���������"���������

��� ��� ���"��� �����+��, � �������+��+,� &-�� ����,� � ��

(�"������(�����������"�%+����"�+��,��"����++�����

����"���������+��%������5������"���� ��� ������% ��

%'+��%���%����%��%������=�����"�����&-������, ���

/������+���A*����I�+��B���%��+���=�+�%�A*�����+�%B����"��

������������������+,������������=(����%����5�*���������

��"=�����"���� ��%� ��"�+(� ������� �H������� ��� �'�=

��"�����������"/�����+��������+����/+"�5�6������%����/

������%�����������������%�����%������%����%'+��

��%� ���%��� ��� *����I�+��� ��%� *�����+�%� ����,�� A�

I���� 4������'�'������������B5

*����������������������"/+�����+��������;J:������������=

����� ����� ��� ��� �%�+�� �J3��K<� "���� ��%� �%�+�� ��"��

�����������������"�5�*��������%�����������+��������������"

����,� ��� ������ ��� ���� ��� ���+�%� �+���� ��� (����%

�H���� ����� A.�*�B� ��� �%%������ ��� ����� ���5� 6��

����������� +�"��% � ��� ������%��� ��������+,���"%����

�������'�/����'����+,�����������%5�7��"�,�/������/+���

�/������'��+��������%�������+��� �%��%���������������

��� ������5� .�*�� ���"� �����=�������� �&-�� +�/������ ���� /

���+�%%� ��� �������� ��� �����"������� %����� � ��� ��� ��

�������� ���"���������%�������%������������������'

���� /�� ��'����+,� ��������%� ����� �� �������+��� "�%+5� 7�

"���� ��������� �� %�%� ���� ��� .�*� � ��� ���� ��� �� +���

��"/�� ��� �+���� ��� ��"%� "���� ���� �'��+�/+� ���"

'������� ����+���5� 7�� ��"� ���� � ���'� � ����+,� �+'���

���������+,��'��+�/+����.�*��H����5�6�����������

�����'��+�/+ �"����.�*��%����/%����F����+,���"�+��G������

������������������������%�A2<�������"����+��� �24���

�����"���+���B5�F �%���+,���"�+��G�.�*��H����������%

����������+,���������/+�A�'�� ������"���� +��� ����� �����

��"���+���B ���%�F��+,���"�+��G�.�*��H�����������+�%%

��+,������+����������A�������"��� ����������"��B5

$������������ ���%'+�������� +������� �����=(����%����

���� ��� ������ ��%� �������� ��� (�������� %���� ���"� �

Page 3: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

com

ment

reviews

reports

deposited research

interactions

inform

ation

refereed research

http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.3

Figure 1Flow chart of the procedure used to compile mouse and human testis expression array gene lists.

������������������� ��

����������������

����������������

������������������� ��

����������������������� ��

������

���������������� ������������

������������������� ��

�����

������������������ ���

����������������

����������������

� ��������������� �

���������������

������

�������������� �� ���

����������������� ���

��������������

�������������� ������

���������������������

���� ���������

������������������� ��

���������������������

������������������

������������������ ���

����������������������� ��

������

�� ���������������� ���

����������������������� �

���������������

������

���������������� ������������

������������������� ��

�����

����������������������

�� �!���������������"�������# �����

$������ ����%�!�&������

���������$������'�����

�� ����������(��"������� ���'

�$�������������������������

����$����)

*����������������"�����# �����

$������� ���%�!�&�������

�$�������������)��*��������

��������� ����

����������������

� ��������

��������� ����

����������������

����������

*����������������"�����# �����

$������ ����%�!�&�������

�$�������������)��*��������

����������������������

�� �!���������������"�������# �����

$������� ���%�!�&������

���������$������'�����

�� ����������(��"������� ���'

�$�������������������������

����$����)

Page 4: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

+������"/����� ������ � ���+�%�����'��+�%�����������,�5

*���%����,���"�������"��,�����(����%����������"�+

�%�+�� F"�""�+���G� ����� � �� �,/��%��%� �%�+�� "���� ��%

��"���������+����-�������'����,����%���������""����++,

�'��+�/+�&-������,�� ���� � ��� ����+ ��������%��'��+� ����=

���%�����%���������"%����5�7���������������"��� ��

�+�����%��-�����"����=����%�����������%������%����,

������%��%�/,����������������5�1��+�������"�����-�

���� �����(���"���+� ���� ��� �"������� ������'�����(���=

�������������������������%��������������(�������

'��/������%�'�%��+����������"�������5�*��+�������

��"/�������%�'�%��+����%����%��'�������+ ����"�����=

�������'� ��� ����+� +���� ��� (����%� ���� ��� +�+,� ��� /5

1�/+���%���/������%����+������������+�����%�����%����,

���� (����%� ��� �%�+��"���� ��%� ��"��� ����5� 7�� ����

��� �����(����%�����++����������������+���%'+��"��

��%�%�����������% ���������������+���"������������(�=

��+�����+���%��������������5

����"/��%����������������������%�����++����� ����/,

��������������������,���� ����+����������� ���������

/��� ���� ��� ���� ���� ��%� ��� ������ ���� ��� ��"�+���5

*���%�����������������"�+������ ���%����/+, ���"=�����"=

��� �/�����%���/����������������%��C4: 44D���������+����

���������5�$������� ������"�+������������+��,������

��� �'��+�/+5� I�����"�� � ��� (�������� ��� �� ��� ��� ��

������ ��� "�""�+� %��� ���� �������+,� "��� ��� ��++� /

(����%� ���������5������ ���%'+��"���+���%���,���=

+�����+� ��������������� ��� ��� "�+� ����%����'� ������ ��

����+,� �����'%� �������"�""�+���� ����� � ���'� � ����

����%"%����������/+�����%�������%��"�����������=

(����%����5�7�%% ����"��,��������� �������/+���

�+��������������'��������"�+���������"������%�"��5

*���� ��++ � ��� ����� � �++��� ��� ��� "�� %����� ��"��������

/����������(����������������������"����"�%+�

��%���"����+�����+���"�+�5

$�� ��� ��� "���� %������+�� ��%� ��"=�����"���� ������� ��

���"/+����"�+���+�+��������(����%�������������"����

��� ��� �������� +�"�������� ��� %��+����� ���� ���"� ��

"����� +���5� *���� ����%��� ��� ��"�+����%� /,� ��� ����� ����

"���� ���� ��'�"��� ����� �����"� ��� %���������� /���

���������%�/����������A*�/+�4 ��'��+�/+�����������"=

�+�� '������ ��� ����� �����+� ��+��B5� 7�� �����+�%������ %���

���"���"�����%�������� ������ � ��� ��� ����� ��� � �� �����+

�����������%���/��� �������������%�� ��� ���������� ���

���� �%����,���� ��%� �"�'���� �%��%���� ��� ��"�5� �

����%��������%��������������������������������+��%���

"����/���%�'�%��++,������%����������++�������������5

Availability of a publicly accessible clone�+������� ����+���� ����� ��� �+����� � 7�7� ��%� ��� 7 ��.

���������"�C42D����'�%���/+��� ������ ����� '������"/����

��++=+�������%�������+��+�������"�����"/���������� ����

�++� ���� ��� ������%� /,� �� ��/+��+,� ������/+� �+��� ��

��� ��� ��� ��� ����"��5� *���� ���/+"� ��� "���� ����

�������% ������+,�%����'�%��������������%����

��'�/���+��%����"����+�������5�

Availability of a sequence-verified clone7������"������������+����H���='����%��+�����������=

��/+� ��� ����� ����� ������� �H����� ��� �/����%5� I��

(�"�+ ��+�������'�%%�/,�7 ��.�A/,��������+�������+�=

����������/+��+,��'��+�/+��+���B�����/�"��+�/+%�A/���

3���%�4>L�C4>DB5

3’-end clones6��� ��� ������ ��� �'��+�/+� A����� 0����� %���/��� C48D

'����������B � �+��������� ��>G=�%��+��� ���%����/+ � ��� ��

���+������ ��� ��� >G� 0*�� ��++ � ��� "���� ���� � ������ ��

���������,��������������"���������������������,/��%���=

�����������5�

Length of clone�+��%��+���� ����+%�/����%� ��� ������"� ����� ��,���

���� ��� �"�++� ����� ��,� �++��� �� ����� %��� ��� ���=�������

�,/��%������� � ��%� ���� ��� +���� ��� ��� �����%��� �������

�/����/�����/+�����"�+��,����������/,�1������������������

��� ����,5� ��� ����"���� ��� ��� ����� ��� 2::=4 :::� /��

������A/�B��������"�+5

7�� ����+%� �+��� /� �������%� ����� 7 ��.� ��%� ����� �+���

��� ��H���+,� �������%� ��� %������� ��� �+������ ��� ��

0����� %���/�� � ��%� ����� 0����� ��"/��� ��%� ��

���K�+������,������������/��"�'%������,���������

��� �����"������ /��"�� �'��+�/+5� ����H���+, � ��

�������� ��%� ��"���� ��� �+���� ��� ��� �����+� �"�������� ��

���?���������������� ���%����+���������+%�/����������%���

���'�%� ��� "���� %���+� ��� �����/+5� *��� � ��� ��� ���%��� ��

���+�%�����������������%���+����)� ���0�������"/�

A��%��������/��+%����"�����������������BE����7 ��.���

����� �+��� ��"/�E� ��� ������ ��������� ��"/�� C4JDE

��� �����1���� ��"/�� C4<DE� ��� ������ ��� �+����� � �����

"�,�/���� '�+�� ���H�������� ��/�H���+,������ ���������

���������+���5�

�+��%� %���+�� A0����� ��"/� � 7 ��.� ��"/�� ��%

�����"B�����������+����+�������������"������%���"��

&-������,��������������*�/+��2���%�> �������'+, ��'��+=

�/+�����������"�+��'�������������������+���+��5�*��3<8

��"�+�������+����������������*�/+�4 ��'��+�/+��������

��"�+�� '������ ��� ����� �����+ � ��+��5� ��� %���+%� +����

��'� /�� ����%� ��� ��� 0�� .�'����"���+� 1��������

����,� ��������,� ���������"� A.1� ��B� �/���� C43D

������,������+,�������/+��������/+���������5

���"/+���� ��� +���� ��� ���� ��� /� ���+�%%� ��� �� �����=

�������� ����,� ��� ������� ��� "���� ���++������ ����� ��� ��

������5� *�� ��/�H���� ��H��������� ��� �+���� ���� /� ��

��"�+������%�������������������"�����+�����+��5�7������

��� �������"/+,����������+������++�/�+�"��%�/,�������=

�+��G�� +�/���,5� !��'� � %�����/������ ��� 7 ��.� �+���

4 Genome Biology Vol 2 No 4 ������������

Page 5: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

�+��+,� ��'� �� '�,� +���� �+������ ��%� ��� ����������+,

�H���='���,������%��������� ����� '���� ��������������

�����"�������5� 1��������,� �+���� ��� �+��� �'��+�/+� ���"

��"���������������+��������%�7�75��+�������������%���

/� �� +���+� "��� ����+,� ����� 7 ��.� �+��� � ��,� ���+�%

�����������������'��+�/+���������7 ��.5

*��������&-������,� ��+�����������������/������%���

����� �����+��"�%�����������������������"�������+��%

��%� ��� ��� ����"���� �"�+���%� ������ 1��� A�� C49D� ���

%���+%��������+�B5�*��������/�%�����=������� �����������

��� ����'�%%�����������������'���/,�����+�������+��5�7�

��������� 1��� ���%����� ��� �� �+��� ��� ���� �������� � ��� ��

���%��� ��� ���� ����� �+��� �������"�,� ���� ������ ��� ��"

����5���(��������;<>��H���%��+����A:5<LB��������%���

F��������G5�!��'� �����������������������������+���

���%��%�������'����+��� �������*����I�+����,/��%��������5

*���� �������� ���� � ��� ���� ���� � +�"��%� /������+� ������

%�%������++,������ ���"�������������+����������"�++��"�����

����+��"�%���%���/�H�������%�����������"�++��"��������

1������%��� ������+'+�����/+������%�������+�"�����

����+����%����������"5�!,/��%�������������+�����"�����

������ ����+%� /� ����%� ����� ������� � ��� ��� ��� ���� ����

������������1������%��������%�����%���������""=

/�������/����(�����������������&-��������������"�+5

7���%%����� �1����"�+�������������7 ��.�A��%�����B��+���

���� /� (���%� ��� ���+� ��� �� �"�++� ���5�$�� ��� ;<>� �������+

�"�+����������� A�����%� ���� /,���7B � 8J� A853LB� %�%� ���+� ��%

��%� ��� /� ����%� ��%��"��� �����++,� ������++%� ���%�=

������ ��� �/����� ���%���5� I�����"�� � �� �"�++� ��"/�� ��

1������%���������/�(���%�������%���"�+���+�/��%����

�"�����5���������+������"����+�+,�������+�����"�����"=

���� '���� ��� ���1��� ������� � �+������� ��� ��� �����/+� ����

����������+� ������"�,�/� �����"����%������������"��

�%%������+��+���5�7����������/��'%������J5JL�AJ>K;<>B���

���� 1��� ���%����� �������%� �� %��/+� 1��� /��% � >5:L

A2;K;<>B��������%�������+�/��% �:5>L�A>K;<>B��������%��

H��%���+� /��%� ��%� :5JL� AJK;<>B� ���%��%� �� �"��5

&������������"�+�����"�+���������� ��������%����"��++

�++�� �������� �=������� ��� +�"����� ��� ���"�+���� 1��

���%����5��+��������������'%���"���%�������� ������'��

��� ����� ������������ ���+��� ���"� �++� ��/�H���� ����,

�,/��%��������� "���� /� ���%� �������� ����� +���� ��� ����=

���++,� ��������� �+���5� 7���,/��%�������������� ��� ������ ���=

�������� "�+���+=/��%� 1��� ���%����� ����%+,� ��'

����������++,� ������������ ������ � ��� ����+%� /� �����/+� ��

���+��� ��%� �H���� ��� %������� 1��� ���%���� � ��%� ��

����� �����"������ ���� ������"����,� ���+,��� � ������� �����

�'���������������=��+,"������������������A�*=1��B5

���� ���"� ��� "���� �����=(����%� ��� +���� ��� ���=

���%����/�����+������%�1������%��������"�������+�����+��

A��7B5�I�'��%%������+��������������%%%����"�1����"�+�=

����������������=�������������+�����'��+�/+��������+�/���=

���,5�*��������+�������1������%��������������%�������������5

1������%�����������������%������+�������,��/,�������������

A��%�������������B5��+���'+,��"�++��"���������&-����

�H���%�������%���"�+���+�����,�5�6��/����%�98�����,�

�������������������%����%��+���� ����"������(�"��+,�> ��

���1������%����������%%����42��+�>(����5�

1�+�"����,��,/��%�����������������%���������������,������

�%�+��"����������+����-�����"��J3��K<�"���AI���� 2� /B5

���"���+��������� ���%� A��� � 24< "�K�K%�,B �����������

�%"������%� %��+,� /,� ��'��� ���� 48� %�,�5� �-�� (�����%

���"� ���� ����� ��%� �,/��%��%� �������� ��� *����I�+���

���%��%�"�����/+������+� ��� ���%��+��������������'����=

�++,��++� �������,%���� � ������"���� ���(����������� ��

�������+��%5���������"����������� �����������"�++

��"/���������A48B������%�%��������������/�(����%���

��� ������ ��� ����� ����� ���� "�%+� ��� �� ����% � "��++�=

�������� ������� A42;�'1��� /�������%� C4;DB � "�%+

������ ���� �+��� ��'������%5� I���� ��� ���� ���� ��� F��

�����G5�*����������"�,���'�������%������������

���� (����%� ��� ��� ����"�%+�� �� ���% � �+������� ��,

���+%��+�����������+�����������%�/��0����=�+����%

����� ��������� ��5� ��� %����/%� ��+�� � ��� �+������ ��

��"���� ���������� �����"���� ����������,�����/��%���

���+��� ����� ��"��� (�������� ����,� � �������� ����� ���

�����=����������������������+�����������'��/+�"������

�%����,�������%�%���������������������=������������,�5

6� �+��� ���%��%� �+�%=/��%� &-�� ����,�� ��� ���� �����=

(����%� �+��� ��� ��� ��� ����� ���� �+��+��� %����

��%� ������� A6�,�� ����� 0��'����, � &����� � 7B5� �

����������������������, ������%������1$1$=>���%�%�A �+=

��+���1��/�B �������������I���� >5�.(���"���+���"�+�

��%�����/�����+�%�������������,���������"����������� �/��

���1$1$=>� ������ �+��+,� ������ ���H��+��,���������������%

��� ����������������� ��� ��/=���%���� ������������� ��� ����,5

*�� *�����+�%�� ��� �����%� ��� /��=��%%� �+�%� � ��

��"/��� /���� '���/+� ��� /���� ��� ��%� ,� ��%� ��� ��

�+�������=�����%��"��5�*��������������+�%���������+,

���""�%% �������������������,/��%��������������%����=

��� �-�� ����+������� ���� /� �%�����%� H���+,� ��%� +��%

���"/������+,������/�H�����"�����%�%�������+,���5

&������H������������"�/�������*����I�+�����%�*�����+�%

�H����� ����� ��� �%����,� ��� ��� �&-�� ������ /� �+��%� ��

�����������'����������������+�������+�����+�%5�*���������=

"������ ���� /� "/%%%� ��� ����������� .(�+� ����%=

����5� I��� ��� *����I�+��� � �� ��� ������+,� ������� ���

����������������H��������������,�'�+������"�%�����+�����=

�����"������� ����,/��%��%�����,�5� 7�� ��� ������ ��������

��%����%� �"�+����"�������� ���������"�������&-�

��������������+����������7"��M��������� ���������A �+�=

�+���&,��"���B5�*����"�+���������%�����'�+�"����=

�������� ��� �� "����� ��� �����+� �������,5� $��� ����%

��������� ���+���� 1�����( ����,� '25:� �������� A-��+����

0��B��������"�����++,������������H����������"�+�����%

�����"�'�+�"���������������������&-�������5���������

�������������������""�%���/�������%�%��"�������

com

ment

reviews

reports

deposited research

interactions

inform

ation

refereed research

http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.5

Page 6: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

��%���/�������� ���%����-��+��������������+������������%���

���"�+�������5�*�����+�%�����/���� �"��%���������������=

��,� 8:::� �������+� +���� ������� A1����%� �������� *����+�=

���B� ��%� %���� ��H��������� ����"�+���%� ������ M��������,

�����������"������"�'�%��5

�+������� ��� ��� ��%+,� �����+%�%� ����� &-�� ����,�� ��

"���� ������+� ���� ��,� �������� ��� "��,� %������� ��

���/����������/+ �����������������������������%����������

+���� ����,�� ��� �����/���'� ���� "���� ��������5� *��� � ��

���"��,� �%'������ ��� %'+������ �� �+���'+,� �"�++� �����=

������������,� ��� ��������", ����/,������������ ������

�/+��%�����/���������/�����%�����,�����+�/����������������

�������������������"���'������������'�������������%K��

���"����������5���������%'������������������+��������

�+��������%�/,��������������%�����/����%������++���

���������+��� ���%� ���� ������� ����,���������5�-�� �+���

�����+���/��%%%���������������,�/��"��'��+�/+5�������

����+����++��������������� ���/�"������ +��� �����%� ��

����������������������(�����������+,��� ���"���������

��� ��� ��++� ��� ��� ��/���5� *���� ��������� ��/+�� ��

�������� ��� �+��� ���� ����� ��� ��� ������� � ���/�/+� ��

�����/+� ������� ��� �� �������+��� ����(� � ��%� ����� ��� ���+��

��� ����+� ����,� (�+���'+,� ��� ��� "�%+A�B� ��� ������5� I��

(�"�+ ������������"�,���������(�"����������������

��"���+� ����"��� ��� �� �������+��� ��� ������,

A��� (�"�+ � �+,��+,���B� ��� ��"�+,� ��� ���� A���� (�"�+

���=����� ������� � �,������"� 18J:�B� ��� �� �������+��

�����5� �+���'+,� �"�++� �����%� ����,�� ���� /� ��%� ��� ����

����(�� ������'�%��� �����%��+�����"� ��������� +�%�� ���

��������%����%���=%��'��������� ����� ������%��++,����=

�+��������,�������=%��'��(���"��������������"���5

&����� ���� �%'������ � ��� ����+%� �'���+��� /� ����=

���%����� �+����""����++,��'��+�/+�����,� ��������+�+������

���� �+��%� ���� ����� ����,� ��� ��/�����,� ��� ����� ��,� ��

�+��%� ��� ��� /����� ��� ��� ��"����� ��������'� ��"/���=

����� ��� ��%�'�%��+� ?�%�"��� ��%� ��� +�"��%� �'��+�/�+��,� ��

�H���='����%� �+��� � ��%� ������� "�,� ���� ��+��� �

��� ���"����'�����+��������"�+����������������������

����,5�I���(�"�+ ���������"��������������������/+

�����H�����H���='����%�7 ��.��+���������� ����

���� ��%�����"/����� �"���������,�+��� ��++������������'

,� ��+�� ��� ������+��� ��������5�I�������+, � �����"/����

�'��+�/+� �H���='����%� 7 ��.� �+���� ��� ���������

%��+, � ��� ��� ��� ��%�����%���� ��� "�+��+��� "������"�

��%�+,���� �++� ��������5� *��� � ����,�� %'+��%� ��� �����

��++� /����� ���"� ����� ������%� ������� ��%� ���+%�

/�� � ��%���++� ������� /� +��� ��/�����,� ����� ������� '�=

����� ���"����������'��"������������������������5

7������%�+���������� �������+%��������+���������,����+

�����������������"����� ������++������/+� �����������������=

��+������/��������%����5�7������+%�/����% ����'� �����

6 Genome Biology Vol 2 No 4 ������������

Figure 2Hybridization of mouse TestisFilter against mouse testicular RNA. Eight-week-old male mice were dosed for 14 days viagavage with (a) water (control) or (b) 216 mg/kg acid BCA. Four hours after the final dose, total RNA was extracted fromhalf a testis from each animal, and 1 �g was used to make [33P]CTP-labeled cDNA using reverse transcription. The labeledcDNA population was hybridized against the filter overnight at 42°C. After washing, the image was captured on a Kodakphosphorimaging screen using three days of exposure and visualized using a BioRad FX phosphorimager. Selected genes withdemonstrably altered expression in the BCA-treated versus control testis are highlighted (a-f).

� �

��

� �

� �

��

���������� ��� +,-���.(��/�!

��0�����������������

��0�������1+

��0��� ����# �������������

�0��� �������������(������������

��0�� (��������������������������������2&

��0�������������3

Page 7: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

�� ��"�+�� F���"�+� �%�+�� "���� �����G� �����������"� A��

����������,��������������������B���++�/�(��"+,�%������+�

��� ���"/+ � ��'�� ����� (��������%����������%��/�%+,

(���� /���� �������� ��%� '�� /���� ��%�'�%��+�� ��� ��

��"���/�%�������5� ����������++�����������""����++�����

�+��� ��"�+����� ��� ����5���"�+�������� ��� �H������� ��

"���� ��%� ����� +�/������,� ���"�+� ���"����++� ����+����

��� ���%������� ��� "��� %����%� ����,� � /��� ����+� ��� ��++

��������������+���%�����=��������������+� A����� �� � �+������'

��+�����B� �������� ��� '�,� �++� �,�� ��� '�,� ���%������ ��

'�,� ������� ��� '�,� ��� ���"���%���� � %'+������ �� ��++,

���������'� ����,� ��� ����+�����5� -'���+�� � �� ��'

%����/%� ��� ������ ���� � ��%� ��� ��'���� ��� �����%� � ���

����������������/����%'+�����������%���������=�����++=

������������,���������++ ���/+�' �/���%���������������

��H���,�/,��������,���""����,5

Materials and methodsObtaining a mouse testis transcriptomeAnimals �+� �J3��K<� "��� ��� �/����%� ���"� ����+�� ��'�

��%������/������������9�����+% ���%�"�������%� ����

�"������=� ��%� ��"�%��,=������++%� ���"� ��� �� 42 �

+����K%����,�+5�*�����"�+���������%�����+,������+,���=

/����������������������'�����/%%������%������������

���%���%�����5�

Heat-shock treatment ��� 4:� ��� ��� �� � ���� ���"�+�� ��� �%��%� /,� ��

������������+� ��?������ ��� 4::��+� ��� 4:� �� /�%,������� ��

4:L� ��"��� AI���� &�%�� ��/��������B� ��� ��������=

/����%���+���A�!�358B5�*��+������+��������������������

���"�+�������/"��%������8>N�������/��������2:�"�� �����

������������"�+�����%��%�������%������%�������������5

*����������"��������"�+��������'��%�8���+���5�*�

������������������% ��%�+��"�+��J3��K<�"���������=

'��%����������+,5

Arrays*���+��-������(�����%� ��%�'�%��++,� ���"���� �������� ��

�����"�������������(������������������*���������A���"�B5

*��������+���%����=����%�����+��-����"�+����� ���

���+%� ��%� ����%� ����� �������� ��� $+����(O� "�-�

1������������ �,��"� AM����B� ��� ���%��� ��+,A�B��-�5�$�

"�������"� ���� ��� ���"�+� ��%� ���=����%� ������+��

��+,A�B��-��������/"���%�������"��,��"��A�����������

7�7B� ���� ��������� �,/��%�������� �������� ����� "���� ��

.(�������� ��������,�7�A�. �4�C2:DB5�!,/��%�������������

��"�+�� ��%� ���+,���� ��� ��� ��� (�������� ������� ���

�����%�����/,���7���������%����%���������%�+��������++,5

�++� ��"%� (����%� ������� �%%%� ��� ���"���� �����

�����������"����+���5�*����"��-����"�+�������%���

���/���+���"���� �&-��(�������� ����,� AJ99����B� ��%

�����K*�(� ����,� A48;� ���B� A�+������ ��/��������B5� >21=

+�/+%��&-���������%��%����"�2��������������+%��-�

com

ment

reviews

reports

deposited research

interactions

inform

ation

refereed research

http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.7

Figure 3POPO-3 iodide staining of mouse TestisSlide array. POPO-3iodide was diluted 1:10,000 in water. The TestisSlide waswetted with water and incubated in the POPO-3 solutionwith gentle agitation for 30 min at room temperature.Excess stain was washed away for 10 min under a gentleflow of reverse osmosis-distilled water, and the imagecaptured using a ScanArray 4000. The number at thebottom of the TestisSlide is a unique identifier, in numericand barcode form, for this particular slide and can be usedto quickly link the image to the specific experimentalconditions used to generate it.

Page 8: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

������ ��� ������� ����+�%� ����� ���""/���� ����,� ���5

!,/��%�������� ��� ��� ""/���� ����,�� ���� �����%� ���

�����%���� ��� ��� "����������G�� ������������5� *�� ������+

��%����=������-�����+����������,/��%��%������������

%�������""/������������""/�����,�5�&������(��=

���� ��������,��������"����������2(������������%���+��

����������%�����+����������5�7"�������%'+��%������

��1�������7"����A �+��+���&,��"���B5�7"����������=

+,�%� ������ ��+��� 7"��� '45:4� A�+�����B5� ���� ����

�%?���%� �����+� �������,� A�'���� �������,� "����� /��=

�����%B�����������+��������������������'�/�������%

'�+�� ��� /���� ""/����� ��� ���� �����%�%� �����

�����+����%�%�����%% ������� ��������������(����%

��� ��+,� ��� ""/���5� *�� �"������� F(����%G� ���

����%%%�������"���������������������"����+���5

Homolog search 7���%%������������"��������,�(��������%��� ������������

"���� ��"�+���� ��� ���� (����%� ��� ��"��� ����

A�����%�����������+��������%���7�����,�B �������������

������%� ��� ��� "���� ����,� � ���� �����%� ���� �����

0�������%K��������%�5��������"���������+�������

����%%%�������"���������������������"����+���5�

Database search for testicular transcriptome genes*��-��7�0���� ����������/��������� �������.(���=

����� A�P&B � ��%� -������+� ��/���,� ��� %����� A .&�7-.B

%���/������������%�����%����,�����(����%����"���

������C24 22D5������������������+��%,�������������"���

�����������������"����+��������%%%5

Literature search for testicular transcriptome genes���(����'�+�����������',��������%���%�������%�"����

�����=(����%����5������������������+��%,������

������"���������������������"����+��������%%%5

Collaborator contributions for testicular transcriptome genes.1� ��� ��++�/�������� ������/��%� ��� ��"�� ��� "����

�����=(����%���������������������"�����+���5

Obtaining a human testis transcriptomeGenes expressed in human testis�%�+����"���������+�������+��-�������������%����"��+��=

���5�*�������+%��-����������%����"���"�+���������"

4;�����������"�+��A����"��'����"�B������������"�4;����J8

,���� ��� ��5� *��� �,��� ��� ��+��� ��"��� ��+��� ����,�� ��

��%)����J99=����&-��.(��������'454�����,���%����2>8=

��������K*�(���+��,�����,5�*���"�������"���������+��-�

�����'�����������/%������>21=%�*1 ���%����+�/+%�����=

������ ��++��%� ������ ����"������ A��"��B� ��+�"��5� $�

"�������"� ��� �-�� ���� �+��� �,/��%��%� �������� J 498=

+"��� ��"��� ��I�+��� ""/���� ����,�� A��7E� ��=

I�+���� 7� ��� 7Q ���%�-�"%=���B� ��++���������������������

��� C>>1D%�*1=+�/+%� ���/� ����� �������<� ��+�"��

A�����%B5� !,/��%�������� ��� �++� ��� ""/���� ����,�� ���

�����%� ���� �����%���� ��� ��� "����������G�� ������������5

������������ ��������,�����(���%�������������"�����

����������4=3�%�,����%��"����%'+��%���������1������=

�7"���� A �+��+��� &,��"���B� ��� �� �+��+��� 7"���� IP

A�����%B5��+����������,� �"����������+,�%���������+��

7"��� '45:45� ��7� ����,� �"���� ��� ���+,�%� ������ 1���=

��,��'525:4� ������� � ��%��++� (����%������%%%� ��� ��

��"��������������������"����+���5

Homolog search7���%%��������������"�������,�(��������%��� ������������

��"��� ��"�+���� ��� ���� (����%� ��� "���� ����

A�����%�����������+��������%�7�7�����,����%����%���/��

�����B � ������ ��� ���� ������%� ��� ��� ��"��� ����,�

���� �����%� ���� ������ 0����� ��%K��� �����%�5� ���

���"� ��������+� ������� ��� �%%%� ��� ��� ��"��� �����

�����������"����+���5

Literature search for testicular transcriptome genes���(����'�+�����������',��������%���%�������%���"��

�����=(����%����5������������������+��%,������

��������"��������������������"����+��������%%%5

Collaborator contributions for testicular transcriptome genes.1� ��� ��++�/�������� ������/��%� ��� ��"�� ��� ��"��

�����=(����%���������������������"�����+���5

Assembly of a master mouse-human testistranscriptome gene list*��"������%���"��������� �����������"���� +�������

/��������������������"�������5�1������������+�����%������

�������+�;<:��������������%������H�����++,������%������

��� ��++������ �������)� �++� ���� ������ %�%� ���� ��'� �

�H���='����%� "���� 7 ��.� �+��� �'��+�/+� ��

�"�'%� A�����%� /,� ������� �������� ��7� ��'����,� ��

�'7 ��.��+���BE

�++��������������/����+�������������%E��++����������=

��������������������+'����%�������++�/����������������%

��� ��� ����� ����� ���'�� ��� ������%� ��(���+�����+� �+=

'���E��������������/�(����%�����������,�(���"���

����+���'+,������%��'��������/����%����"����+����=

��� � ������ ��� ��� ����� �+���'+,� �����%� �'�� ����

�/����%����"�%���/����������� �������������������+�=

��'+,������%��'��������/����%����"���"�+���������5

7���������,�������/+�������%�����������+�"�����+�������

;<:������=(����%���������/������"�����%�"��� ��++���

����� �(������' �����/�����/+����"�������+�������A��7B5

Procurement of mouse clones and PCR products�H���='����%�"����7 ��.��+������� ���;<>�������

�������+�������+��������������"����+��������/����%����"

��7 ��+���������1������%�������������"����������������>=

J����&-�������5�$����������%���%�7 ��.����0����

��"/��%��+�����������������/"���%�+�������;JJ���� ���+,

;8J� ���H�� �+���� ��� ���'%5� 1��� ���%����� ��� ��'

8 Genome Biology Vol 2 No 4 ������������

Page 9: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

���=�������������A!�13:=4 �!�13:=2 �!�13:=> �!��3:���%

!��3:�B�������%��%���=�������%��%%%�������+�/���, ���

���%���������+�����+����;J:����H�����1������%����5

Array printing*��1������%�����������������% �����% �%��%���%�����=

��%%� ��� 42� �+� >(� ���� ��� Q=/����"%� ;<=�++� "��������

�+���5� *��� ��"�+�� ��� ��%� /,� ��%���� ���������� ��

������98�42��"�(�9��"���+���5�.����������������%����%��+�=

���� ��� ���� ��+��5� �+�%=/��%� ����,����� �����%� /,� ��

����,�����+��,���������������� �+��+��� %�������%����=

���� A6�,�� ����� 0��'����,B� %����+,� ���"� ��� �+��� ��5

����,����������%���������I+(,����/���A���"�����+������B

�����;�(�;�%��/+=�����%����%������8:: �"���������/���

�����5� ���=��%%� � *=��1�� A��""�� �"���� ����,+� ��+��B

����%��+�%��A�������B������%5�

Hybridization of TestisFilter with adult mouse RNA.����=�=�+%�"�+� �J3��K<�"������ %��%� '��� ��'��

������������������24<�"�K����������48�%�,�5�I���������

����� ��� ����+�%�� ����"�+�������������%���%���������=

'��%5�*���+��-������(�����%����"���+����������/,���"��=

������������*���������A���"�B���%�����%���������������

���&-���A�"/���B5�$��"�������"�����������+��-�����"��

����+� ���"�+� ���� ���"%� ����� �+���� %*� ��%� ����/��%� ��

3:N�� ����4:�"��� ��++��%�/,���/���� ���++���� ��5���(�"����=

+��������J(������=�����%�/�����A��7B�A4��+�4::�" �&** �45J��+

%-*1��A2:�" B �45J��+��'����������������A�����������77

��/������B �4:��+�C>>1D%�*1�A7�-BB���������%%%������

���"%��-�5�.+������������������%��������>3N������;:�"��

�����������3:��+�����������%%%5�0�����������%�������

���� ������%� ������ �������<� ��+�"��� A�����%B5� I�+���

������,/��%��%� �������+�����������������J�"+� �����,/

A��7B � J� �+� "���� ���=4� &-�� ��%� J� �+� ��+,A�B� ���� 2� �� ��

82N�5�*�����/������%%%���%�����/��%��'����������82N�5

I�+�����������%�����������2(���� �4L��&�����J:R�����

>:�"�� ���%����������:5J(���� �4L��&��������"��"���=

���� ���� >:�"��5� *�� ��+������� ���� (���%� ��� ����%�

���������"�������������������%�,����%�'����+��%�������

�+��+���7"����IP�A�����%B5

Data acquisition from TestisFilter and TestisSlide��� 7"��M����� ���� ��������� A �+��+���&,��"���B� �"=

�+���"�����������������"�������&-��������������*��=

��I�+��� ���� ��%� ���� '�+�"� ����������� ��� �� "����� ��

�����+��������,5��+������'+, �1�����( ����,�'25:�����"���=

��++,� �����%� ��� ��H��������� �"�+��� ��%� �����"%

'�+�"� �����������5�*�����+�%�� ��� �"��%������� �� ����=

����,� 8:::� �������+� +���� ������� A1����%��������� *��=

��+����B���%�%������H���%������M��������,������������"

�����"�'�%��5�

Additional data files*�� ��++������ �%%������+� %���� ��+�� ��� ���+�%%� ����� ��

��+���'��������� ����������+)�*�/+� 4 �*��3<8���"�+�����

"���� ��%� ��"��� ���� ������ ��� �����=(�������� ��

+����E�*�/+�2 �;J:������=(����%��������+�%%����"���

*����I�+�����%�*�����+�%�����,�E���%�*�/+�> �;<:���"��

�����=(����%������+��%��������%����������"���*��=

��I�+�����%�*�����+�%5

AcknowledgementsThe following members of EPAMAC suggested genes for inclusion in thetestis DNA arrays: Sally Darney (US EPA), Sue Fenton (US EPA),Norman Hecht (University of Pennsylvania), Jeff Welch (US EPA) andTim Zacharewski (Michigan State University). We also thank Sue Fenton(US EPA) and Jie Liu (NIEHS) for scientific review of this manuscriptbefore submission. The information in this document has been funded inpart by the US Environmental Protection Agency. It has been subjectedto review by the National Health and Environmental Effects ResearchLaboratory and approved for publication. Approval does not signify thatthe contents reflect the views of the Agency, nor does mention of tradenames or commercial products constitute endorsement or recommenda-tion for use.

References1. Rockett JC, Dix DJ: Application of DNA arrays to toxicology.

Environ Health Perspect 1999, 107:681-686.2. Fodor SPA, Read JL, Pirrung MC, Stryer L, Tsai Lu A, Solas D: Light-

directed, spatially addressable parallel chemical synthesis.Science 1991, 251:767-773.

3. Lipshutz RJ, Morris MS, Chee M, Hubbell E, Kozal MJ, Shah N, ShenN, Yang R, Fodor SPA: Using oligonucleotide probe arrays toaccess genetic diversity. BioTechniques 1995, 19:442-447.

4. Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS,Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton H, Brown EL: Expres-sion monitoring by hybridization to high-density oligonu-cleotide arrays. Nat Biotechnol 1996, 14:1675-1680.

5. Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO: Quantitative moni-toring of gene expression patterns with complementaryDNA microarray. Science 1995, 270:467-470.

6. The Brown Lab [http://cmgm.Stanford.EDU/pbrown/]7. Rockett JC, Dix DJ: DNA arrays: technology, options and toxi-

cological applications. Xenobiotica 2000, 30:155-177.8. Dix DJ, Garges JB, Hong RL: Inhibition of hsp70-1 and hsp70-3

expression disrupts preimplantation embryogenesis andheightens embryo sensitivity to arsenic. Mol Reprod Dev 1998,51:373-380.

9. Luft JC, Garges JB, Rockett JC, Dix DJ: Male reproductive toxic-ity of bromochloroacetic acid in mice. Biol Reprod 2000, 62(Suppl 1):246.

10. GeneCards: human genes, maps, proteins and diseases[http://www.dkfz-heidelberg.de/GeneCards/]

11. Nelson M: A one-step source for information about humangenes. Genome Biol 2000, 1:reports2049.

12. The I.M.A.G.E. consortium [http://image.llnl.gov/]13. I.M.A.G.E. quality control - process and results

[http://image.llnl.gov/image/qc/bin/display_error_rates#Results]14. UniGene Resources [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/]15. GenBank Database [http://www.psc.edu/general/software/pack-

ages/genbank/genbank.html]16. Swiss-Prot [http://www.ebi.ac.uk/swissprot/]17. Environmental Protection Agency MicroArray Consortium

[http://www.epa.gov/nheerl/epamac/]18. Hegde P, Qi R, Abernathy K, Gay C, Dharap S, Gaspard R, Earle-

Hughes J, Snesrud E, Lee N, Quackenbush J: A concise guide tocDNA microarray analysis. BioTechniques 2000, 29:548-562.

19. Masters BA, Kelly EJ, Quaife CJ, Brinster RL, Palmiter RD: Targeteddisruption of metallothionein I and II genes increases sensi-tivity to cadmium. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91:584-588.

20. Mouse GEM 1[http://www.incyte.com/reagents/gem/products.shtml]

21. Halgren RG, Fielden MR, Zacharewski TR: Gene expression inthe mouse testis: development of a murine testis transcrip-tome by mining public databases. The Toxicologist 2000, 54:386.

22. dbTEST - Database of Transcripts Expressed in Spermato-genesis and Testis [http://35.8.60.132/dbtest.html]

com

ment

reviews

reports

deposited research

interactions

inform

ation

refereed research

http://genomebiology.com/2001/2/4/research/0014.9

Page 10: Research Development of a 950-gene DNA array for examining … · 2017-08-25 · Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton

10 Genome Biology Vol 2 No 4 ������������

*���������+����������%����"�Genome BiologyAims and ScopeGenome Biology ��"�������'����/��+�����+����������""����,������������������+�����" �/���������������%��������/ �������%���"������� �%������������%��������+� �'������ �����"�������/�����++� ��������/��+��,� �����"%�/,����"��� ������5���/?���

��'�%����+�%���,����������"�+��+�� ��++�+�� ��������"�+��������+������/��+��,����%�%����"������"����������' �����++���

���"��� ������"��� �/�������"����� ����"���"���%��A���+�%���������������%������B ���"���������+�/��+��, ��H�������+,=

����A���+�%����+���=���+���%������=���"����+,��B ���"������'�/��+��,���%�'�+�����5

Publication of primary research on the webGenome Biology ��������'�,��������/+�����������%�+����+���"����������������������=�'��5�������/����������������%��/��/������������/�+��,������������������+��"������%�������/"��������H���,5�*��%��������++����'�%����������+����������

�++�����/"��������H��������%���/"���%������+�������������������%�,���%���++�"��'�,������������'�����������%������

��++����������'�����������������������������+G����/"������5������+�������/+���%�+��������++,�������"��+,���������/+

�������,���������% ���%�����������"����������������5�*����/+��������%���������������+�������%��������/+����������

����/5����������������� ����������� ���� ���� ����������������������������������� ��������� ������������

Copyright, advertising and subscriptionsGenome Biology"�����������������%�'�%��+��������������%����� ���"��,�������������+� ���%������������������,����������������������+���AGenome Biology ���������������������������%�%�����/��������+�B5�*��������������'�%������=�'�����%��/+������� ���"��,� ������ ��� ������ ��� ����� /,� ��� ��/���������� �� �����%� ���� ������ ��� ��� �'�� � ��""��� ��%� ���+,���

��'�������'�%�/,�Genome Biology ��%���������/,��%'�������5�7������%'����"��������������������� �������/?�������+%�/'��%������"�+�+,���%��%���������������������������+�/������ �� � ������� ��+�������������������������"��������"��,

��������'��+�/+������������5���

I���������������"����� ��+��������������%�����)�%������+@���"/��+��,5��"

advertisement

?How do youkeep informed of thelatest innovationsin RNA researchAmbion’s TechNotes NewslettersWith each FREE issue of Ambion’s TechNotes Newsletter you will receive:• In-depth technical articles detailing current RNA technologies• Information about innovative new products• Answers to your questions about the isolation, detection and quantitation of RNA• Research that investigates the dogma on which many protocols are based

Ambion’s RNA FlashNotes E-mail NewsletterSign up for RNA FlashNotes for the latest information about advances in RNA isolation,detection and quantitation. Once every three weeks Ambion, The RNA Company, will emailinformation to you concerning the hottest technologies, the newest products and the mostinfluential RNA based research to enable you to make informed decisions about your RNAresearch methodologies. THE RNA COMPANY™

Sign up for your FREEsubscription today by:

• Faxing this sheet to (512) 651-0201 or

• E-mailing your complete postal mailing addressto [email protected] stating whichnewsletter you would like to subscribe to.

Name_____________________________________

Institution__________________________________

Dept______________________________________

Bldg/Room_________________________________

Street Address______________________________

__________________________________________

City/State__________________________________

ZIP______________Country__________________

O I would like a FREE subscription toRNA FlashNotes, Ambion’s e-mailnewsletter.

Email address_______________________________