saliva as dna’s source
DESCRIPTION
saliva dnaTRANSCRIPT
SALIVA as DNA’S SOURCE
FOR DNA TESTINGBY:
DR.AGUNG SOSIAWAN,DRG, M.KES
Sources of Biological Evidence
• Blood• Semen• Saliva• Urine• Hair• Teeth• Bone• Tissue
Collection of Bite Mark Evidence
Label with a ruler Swab for saliva Swab for DNA analysis Swab for microorganisms Photograph the bite mark Make impression of the bite mark Cast of teeth made from suspect to
compare to impression
Various Bite Marks
Analyzing bite marks
Bite marks are photographed with a scale Bite marks on skin are taken
over repeated intervals Casts of impression are
taken Impression traced onto
transparencies Casts of suspects teeth
are taken Comparison between
suspect cast and bite mark
Comparison of Evidence
Evidence of saliva (amylase) proves it is a bite mark
Finding positive association between the ABO blood type in the bite mark and the saliva of the suspect means the suspect cannot be excluded as the biter
DNA keep suspect from being excluded Similar microorganisms in bite and suspect keep
him from being excluded Comparison of casts and impressions
Collection of Suspect Evidence
Swab mouth of suspect for amylase, ABO blood grouping and DNA
Swab gums for microbiology analysis Photograph suspect’s teeth and biting patterns Make impression of suspect’s teeth for the
making of casts Record biting pattern in semi-solid material to
compare with bite mark
Terms
Amylase: Enzyme group responsible for the
catalysis of starches, specifically amylose and amylopectin. Found in human saliva
Criminalistics
Saliva Evidence
Submit evidence in its entirety, if possible
Can be collected using sterile swabs Use one slightly moistened swab,
followed by one dry swab
Collect a control Package separately
Alat & Bahan: -mikropipet 100ul-1000ul -beaker glass 50 ml -conical tube -aqua water -centrifuge 12.000 rpm
Praktikum collecting saliva:
Saliva untuk keperluan analisis DNA
Complex mixture of enzymes, cells, proteins, leukosit, inorganic substances
Darah :2 komponen utama
Red Blood Cells = No DNA
White Blood Cells = DNA
Komponen saliva :
Sample Volume: Whole saliva, dengan volume 500 μL
Untuk hasil yang bagus direcommendasikan melakukan collecting saliva sebanyak 2 kali, dimana sampel saliva kedua diambil 15 menit setelah “initial collection”.
Collection for DNA Analysis
DNA EXTRACTION RESULT
Kumur mulut dengan air aqua untuk menghilangkan sisa makanan, dan tunggu selama 10 menit sebelum dilakukan pengambilan saliva
Diinstruksikan pada mahasiswa yang akan diambil salivanya untuk “menghasilkan”saliva sebanyak-banyaknya, untuk membayangkan sdg mengkonsumsi makanan favorit mereka dsb,
Disiapkan beaker glass 50 ml yang digunakan untuk menampung saliva yang berasal dari RM sampel
Tahapan Praktikum
Sampel saliva yang akan diperiksa divortex, dan kemudian dilakukan centrifuge selama 15 menit dengan kecepatan sekitar 3,000 RPM (1500 x g).
Pemeriksaan harus dilakukan hanya pada “clear saliva”, untuk menghindari adanya sedimen yang ada pada dasar tabung.
Kemudian dilakukan aspirasi secara perlahan untuk menghindari terbentuknya “bubbles”.
Sampel siap dilakukan ekstraksi dan isolasi DNA
Lanjutan tahapan Praktikum:
1. To Sample add Digest Buffer:SDS, EDTA, Tris, Proteinase K
3. Add Phenol/Chloroform
Cells
Digested cells: DNA, Proteins, lipidsPhenol/Chloroform
DNA/RNAProteins
Lipids
DNA/RNALipids
Proteins
2. Incubate at 56°C
4. Vortex; centrifuge
5. Transfer DNA-containing aqueous layer into new microfuge tube
DNA is separated:
Organic Extraction 1 – Phenol/Chloroform
Fungsi komponen ekstraksi DNA
fenol-kloroform yang berfungsi sebagai pendenaturasi protein. Presipitasi DNA dengan menggunakan etanol,berfungsi sebagai penghilang fenol-kloroform(apabila fenol-kloroform masih berada di dalam sampel maka dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim-enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler).Etanol absolut untuk presipitasi : menghilangkan kontaminan. Isopropanol dingin untuk mengendapkan DNA SDS adalah sejenis deterjen yang mampu mengemulsi lipid.Etanol 70% untuk presipitasi lanjutan. mendapatkan pelet DNA krn berfungsi memekatkan DNA
METODE ISOLASI DNA DENGAN DNAZOL DARI SAMPEL SALIVA
Sampel saliva dimasukkan kedalam tabung
sentrifus Sampel disentrifus dengan kecepatan 12.000 rpm
selama 10 menit Supernatan hasil pemusingan dibuang Endapan / pellet ditambah dengan DNAZol 1 cc
kemudian divortex Inkubasi selama 15 menit Tambahkan chloroform 0,2 cc kemudian divortex Centifuge 8000 rpm selama 15 menit
LANJUTAN….
Ambil supernatan dengan hati-hati, lalu dimasukkan kedalam eppendorf tube baru
Tambahkan isopropanol 0,5 cc, dihomogenkan dengan cara dibolak balik dengan pelan.
Inkubasi 15 menit Centrifuge 12.000 rpm selama 10 menit Buang supernatan Cuci pellet dengan etanol 70 % sebanyak 0,5 cc Centrifuge 12.000 rpm selama 5 menit Buang supernatan. Pellet ditambah aquadest steril sebanyak 50 µl.
References10. “Forensic Odontology.” Dental Students: The dental students network.
(2000). 30 Jan 2005 <http://www.studentdoctor.net/dental/forensics.html>11. “Forensic Odontology.” (2004). 27 Feb 2005
http://faculty.ncwc.edu/toconnor/425/425lect16.htm>12. “Forensic Odontology.” The thin blue line: information section. 27 Feb 2005
<http://www.policensw.com/info/forensic/forensic5.html>.13. James, S., Nordby, J., Eds. Forensic science: an introduction to scientific and
investigative techniques. CRC Press, New York, 2003.14. Kouble, R., Craig, G. A comparison between direct and indirect methods
available for human bite mark analysis. J Forensic Sci 2004; 49(1).15. Lee, S., Choi, J., Yoon, C., Kim, C., Shin, K., The diversity of dental patterns in
orthopantomography and its significance in human identification. J Forensic Science 2004; 49(4).
16. Lewis, C. Leventhal, L. Locator system versus WinID3 versus CAPM14: identifying vicims from dental remains in a large disaster. J of Forensic Identification 2004; 52(4):185-202.
17. Martin-de las Heras, S., Valenzuela, A., Ogayar, C., Valverde, A., Torres, J., Computer-based production of comparison overlays from 3D-scanned dental casts for bite mark analysis. J Forensic Sci 2005; 50(1).