SBT（Sequencing Based Typing） について

HLA研究所 小島裕人

　　　NGS（Next Generation Sequencing） 3 施設

　　　　　　　　　　　　　Sanger法　　　　　　　　　　　　　　 5 施設

参加施設数

検査方法

NGS

Sanger法

Sanger法

NGS

検査対象領域

使用キット

Sanger法

19thQCWS：　AlleleSEQR（全施設） 20thQCWS：　AlleleSEQR（2施設）、SeCore（3施設）

DRB1座の検査対象領域：　AlleleSEQR：exon2（2施設）　SeCore： 　 exon2,3（3施設）

A*24:02,*33:03と A*24:03,*33:10 のPhaseAmbiguity

Ambiguityの見落とし　→　ダブルチェックが必要

C*03:04,*07:04と C*03:46,*07:04 の Ambiguity

最近追加されたアリルとのAmbiguity　→　最新データの使用

B*44:02,*51:01と B*44:05,*51:192 の Ambiguity

B*51:192 は、2015年10月（IMGT）に追加。

B*15:18,*40:03と B*15:197,*40:20 のAmbiguity

B*15:197:01 とはAmbiguity にならない。 B*15:197:02 は、2016年1月（IMGT）に追加。

最近追加されたアリルとのAmbiguity　→　最新データの使用

C*06:02,*08:01と C*06:04:02,*08:118 の Ambiguity

C*06:04:01 とはAmbiguity にならない。 C*06:04:02 は、2016年1月（IMGT）に追加。

最近追加されたアリルとのAmbiguity　→　最新データの使用

Codon86のAmbiguity　→　補助試薬（Codon86）の使用

Codon86のAmbiguity　→　解析時の設定変更

References → Primers より、 Codon 86 を選択

Ø 判定ソフト：Assign SBTの場合

Ø 判定ソフト：uTypeの場合

特に設定なし

Codon86のAmbiguity　→　解析時の設定変更

設定は必要ない。 codon 86 使用後は別表示になる。

codon 86 使用前

Ø 判定ソフト：SBT engineの場合

プライマー設計部位もしくは、設計部位付近のAmbiguity

プライマー設計部位もしくは、設計部位付近のAmbiguity

第3区域までの表記　①

Ⅲ．HLA タイピング結果のアリル表記法について（抜粋） １．DNA タイピングレベルでの表記 2）中または高解像度レベル（high resolution）のタイピング法 第 2 区域までの表記が必要である。また，第 3 区域でのアリルの細分化が知られている場合，アリルが特定できた場合にのみ第 3 区域までアリルを表記する。

それぞれ、DRB1*04:03:01, DRB1*10:01:01 と確定できる。

第3区域までの表記　②

それぞれ、DRB1*04:05:01, DRB1*14:05:01 と確定できる。

NGS法各施設で使用キットが異なるため、施設間評価はできなかった。 検査結果および、検査対象領域との整合性に問題はなかった。

1 2 � 8 �3 � 4 � 5 6 75´ 3´

第一区域血清学的HLA抗原型に対応

第二区域HLA抗原型サブタイプ

第三区域アミノ酸変異を伴わない塩基

置換

第四区域コード領域外で

の塩基置換

HLA–A*24:02:01:01

exon

結果1　

結果2　

結果3

結果4