SUPPLEMENTARY  FIGURE  01  Ortho

Grou

ps  associated  with

 5,798  yeast  gen

es  

126  ordered  species  (from  “03-­‐OG_vs_Species-­‐Sorted.txt”)  

archaea   bacteria  non-­‐chordate  

animals   fungi   plants  eukaryoYc  parasites  

chordate  animals  

Supplementary  Figure  1.    Expanded  heat-­‐map  showing  conserva<on  of  yeast  genes  in  each  of  the  131  species  analyzed.    Binarized  data  represenYng  the  presence  or  absence  of  an  ortholog  to  each  protein  is  represented  as  green  (presence)  or  grey  (absence)  for  each  of  the  126  species  analyzed  in  this  manuscript  (a  sub-­‐set  of  the  species  present  in  the  OrthoMCL  database).    The  individual  species  data  were  collapsed  into  taxonomic  groups  for  Figure  01.    See  the  Materials  and  Methods  secYon  for  details  on  data  binarizaYon,  species  selecYon,  and  ordering  of  genes.  

SUPPLEMENTARY  FIGURE  02  

Species  with  Orthologs  Present  

0%   100%  0.1%  

Fungi  +  Non-­‐Chordates  +  Plants  (24  genes)  

Fungi  +  Chordates  +  Plants  (26  genes)  

Fungi  +  Non-­‐Chordates  (12  genes)  

Fungi  +  Chordates  (21  genes)  

Fungi  +  Non-­‐Chordates  +  Plants  +  Bacteria  (9  genes)  Fungi  +  Chordates  +  Plants  +  Bacteria  (3  genes)  

Fungi  +  Plants  +  Bacteria  (32  genes)  

Fungi  +  Animals  +  Bacteria  (12  genes)  

Fungi  +  Bacteria  (20  genes)  Fungi  +  Non-­‐Chordates  +  Plants  +  Archaea  (3  genes)  Fungi  +  Plants  +  Archaea  (9  genes)  All  (-­‐  plants)  (3  genes)  All  (-­‐  chordates)  (20  genes)  All  (-­‐  animals)  (13  genes)  

Fungi  +  Bacteria  +  Archaea  (6  genes)  All  (-­‐  plants)  (4  genes)  

Supplementary  Figure  2.    Fine-­‐scale  analysis  of  Minor  Phylogroups.    Expanded  view  of  the  Minor  Phylogroups  with  included  labels  for  rough  phylogeneYc  categories  to  the  right.    An  asterisk  (*)  indicates  that  only  one  gene  is  present  with  the  idenYfied  phylogeneYc  pabern,  and  due  to  space  limitaYons  is  not  fully  described  in  the  phylogeneYc  categories  to  the  right.  

SUPPLEMENTARY  FIGURE  03  

Supplementary  Figure  3.    Gene  Ontology  (GO)  func<onal  category  term  enrichment  of  phylogroups.    GO-­‐Slim  Mapper  was  used  to  idenYfy  GO  terms  that  are  enriched  in  each  phylgroup.    The  most  significant  results  are  presented  in  a  heat-­‐map  with  yellow  intensity  corresponding  to  significance  of  enrichment  (see  legend  -­‐  the  color  intensity  scale  was  defined  using  our  significance  threshold  of  p  <  10-­‐7).    Phylogroups  analyzed  are  listed  across  the  top  of  the  heat-­‐map.    

Enrichment  Significance  

p  =  1   p  <  10-­‐7  p  =  10-­‐3.5  

FuncYo

n  

nucleic  acid  binding  TF  

molecular  funcYon  unknown  

DNA  binding  

structural  molecule  acYvity  

translaYon  factor  acYvity  

ATPase  acYvity  

ligase  acYvity  

lyase  acYvity  

hydrolase  acYvity  (C-­‐N  bonds)  

oxidoreductase  acYvity  

ribosome  structural  consYtuent  

SUPPLEMENTARY  FIGURE  04  

Supplementary  Figure  4.    Comparison  of  phylogene<c  break-­‐down  amongst  defined  sets  of  yeast  genes.    GO-­‐Slim  Mapper  was  used  to  idenYfy  GO  terms  that  are  enriched  in  each  phylgourp.    The  most  significant  results  are  presented  in  a  heat-­‐map  with  yellow  intensity  corresponding  to  significance  of  enrichment  (see  legend  -­‐  the  color  intensity  scale  was  defined  using  our  significance  threshold  of  p  <  10-­‐7).    Phylogroups  analyzed  are  listed  across  the  top  of  the  heat-­‐map.    

Total  genome  (5,798)  

PHYLOGROUPS  ALL  

ALL  (-­‐archaea)  

ALL  (-­‐bacteria)  

ALL  (-­‐animals)  

EUKARYOTES  

ANIMALS  +  FUNGI  

PLANTS  +  FUNGI  

FUNGI  

MINOR  PHYLOGROUPS  

NO  DATA  

Perce

nt

010

2030

4050

60

20  

0  

10  

60  

50  

40  

30  

Perce

nt

010

2030

4050

60

20  

0  

10  

60  

50  

40  

30  

EssenYal  genes  (1,109)  

Genes  of  unknown  funcYon  (1,222)  

Perce

nt

010

2030

4050

60

EssenYal  genes  of  unknown  funcYon  (26)  

Perce

nt

010

2030

4050

60

Percen

t  Pe

rcen

t  

Percen

t  Pe

rcen

t  

A.  

C.   D.  

B.  

20  

0  

10  

60  

50  

40  

30  

20  

0  

10  

60  

50  

40  

30  

SUPPLEMENTARY  FIGURE  05  

Hierarchical  clustering  

with  opYmal  leaf  ordering  

Manual  ordering  

A   B  

Supplementary  Figure  5.    Alterna<ve  clustering  approaches  result  in  similar  clusters  of  genes.  Comparison  of  manual  ordering  (employed  in  this  study)  and  hierarchical  clustering  with  opYmal  leaf  ordering  as  in  Bar-­‐Joseph,  2001  (note  that  in  accordance  with  the  original  figure  the  data  for  panel  B  was  binarized  using  the  0.2  threshold  and  eukaryoYc  parasites  were  not  included  for  the  clustering).  (  A)  and  (B)    The  column  order  is  the  same  as  in  Figure  1.    The  red  bar  refers  to  the  group  of  genes  found  in  all  species  except  bacteria.    Note  that  the  main  difference  appears  to  be  in  the  scabering  of  

genes  that  were  placed  into  a  group  called  “minor  clusters”  for  the  original  figure.    (C)  Venn  diagram  showing  overlap  of  the  genes  (in  all  species  except  bacteria)  idenYfied  by  each  method.  The  overlap  is  highly  significant  (p<10-­‐308,  hypergeometric  distribuYon).