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Universidad de Puerto Rico en Cayey, Departamento de BiologíaItinerario para el Laboratorio de Biología General I (Biología 3033)

Auspiciado por el Howard Hughes Medical Institute, Science Education Alliance,National Genomics Research Initiative (NGRI)

Primer Semestre 2010 - 2011RESUMEN DEL CURSO

Profesor: Dr. Edwin Vázquez Laboratorio (BIOL 3033, Sección 128: jueves 12:30 PM – 3:30 PM)Teléfono: 787-738-2161 X3213Email: [email protected]: NEC210Horas de Oficina: Lunes: 1-3 PM; Miércoles: 1-3 PM: Viernes 10-12 AM (Sujeto a cambios con previo aviso)

Objetivo General: Proveer al estudiante experiencias educativas relacionadas a la investigación biológica específicamente envueltas en el descubrimiento, aislación, purificación y caracterización molecular de bacteriófagos de suelo denominados mycobacteriófagos.Objetivos Generales y Específicos del Curso: Los objetivos generales y específicos se enumeren en el manual de laboratorio descrito a continuación.

Manual de Laboratorio: National Genomics Research Initiative (NGRI) Phage Resource Guide, Science Education Alliance, Howard Hughes Medical Institute, Chevy Chase, MD. 2009. Nota: El manual se entrega sin costo a los participantes del NGRI.Moodle y Wiki: Este curso utiliza recursos tecnológicos suplementarios como parte integral del programa de estudio.Referencias Adicionales: Algunas referencias adicionales se desglosen en el recurso electrónico de Wiki asociado con este curso.Acomodo Razonable: Este curso provee acomodo razonable a estudiantes que según dispone la Ley 51 de Servicios Educativos Integrales para personas con impedimentos, así lo soliciten al Profesor(a).

EVALUACION DEL ESTUDIANTE

Criterio Puntuación Valor PorcentualDos Exámenes Teóricos (a Mitad del Curso y al Final) 200 40%Dos Exámenes Prácticos 50 10%Pruebas Cortas u Otros Trabajos Escritos 50 10%Portafolio de artículos sobre Bacteriófagos 25 5%Informes de Laboratorio (Libreta y Informe Para Archivar Datos Finales) 25 5%Informe Escrito Tipo Publicación Científica 50 10%Informe Oral Final de los Resultados Científicos 50 10%Asistencia y Participación 50 10%Bono (Seminarios, Preguntas Especiales) (Opcional) 25 5%Total 500 Puntos 100%

Auspiciado por el Howard Hughes Medical Institute, Science Education Alliance, National Genomics Research InitiativeProfesores: Dr. Edwin Vázquez, Departamento de Biología, UPR-Cayey – Página 1

Evaluación Para el Laboratorio (500 Puntos) (100%):Exámenes Teóricos (2) (200 puntos)EXAMEN 1 100 puntosEXAMEN 2 100 puntosTOTAL 200 puntosExámenes Prácticos (2) (50 puntos)EXAMEN 1 25 puntosEXAMEN 2 25 puntosTOTAL 50 puntosEl estudiante tendrá 10 días para resolver con el profesor cualquier reclamación relacionado con sus exámenes.Si por alguna razón debidamente justificada usted no puede tomar algún examen, la reposición se hará durante la última semana de clases con un examen de substitución comprensivo (cubre todo el material del semestre entero). No se repondrán exámenes finales! Si falta a algún examen sin justificación éste no será repuesto y recibirá una calificación de cero (“0”).

Pruebas Cortas u Otros Trabajos Escritos (Máximo de 50 puntos) Se ofrecerán pruebas cortas a discreción del instructor y sin previo aviso (Máximo de 50 puntos en pruebas cortas). Si el estudiante falta una prueba corta, la próxima cuenta doble hasta un máximo de una vez, después de cual las pruebas cortas faltadas resultarán en cero (“0”). En adición, posiblemente se ofrecerán otros trabajos escritos como asignaciones.

Portafolio de Artículos Científicos Sobre Bacteriófagos (Máximo de 25 puntos) Se entregarán artículos científicos y los estudiantes buscarán artículos científicos adicionales sobre bacteriófagos para leer, estudiar, presentar y discutir en el laboratorio.

Informes de Laboratorio (Libreta y Informe Para Archivar Datos Finales) (Máximo de 25 puntos) Cada estudiante mantendrá una libreta de laboratorio durante todo el semestre para documentar la teoría, procedimientos, resultados y discusión de los resultados de su investigación relacionada con su mycobacteriófago aislado y caracterizado. Al fin del semestre, los estudiantes completarán y entregarán un informe estandarizado para archivar los datos finales de su mycobacteriófago aislado y caracterizado.

Informe Escrito Tipo Publicación Científica (Máximo de 50 puntos) Los estudiantes redactarán un informe final escrito estilo publicación en el formato científico donde se presentarán la teoría, procedimientos, resultados, datos y discusión de los resultados de su investigación relacionada con su mycobacteriófago aislado y caracterizado.

Informe Oral Final de los Resultados Científicos (Máximo de 50 puntos) Los estudiantes presentarán un informe final oral antes sus colegas y facultad con recursos audiovisuales en el formato científico donde se explicarán la teoría, procedimientos, resultados, datos y discusión de los resultados de su investigación relacionada con su mycobacteriófago aislado y caracterizado.

Preparación, Presentaciones, Asistencia, y Participación Activa en la Clase (Máximo de 50 puntos)Se requiere la asistencia y la participación activa en la clase (Máximo de 50 puntos en preparación, presentaciones, asistencia, y participación activa). Se les asignarán a todos los estudiantes varios temas para preparar informes y ofrecer presentaciones frente a la clase en varias ocasiones durante el semestre. La asistencia de los estudiantes se registrará durante cada clase. Ausencias resultarán en una reducción en la nota final del estudiante. Tres ausencias injustificadas durante el semestre resultarán en una nota final de “F” en el curso BIOL3033.

Bono (Seminarios, Preguntas Especiales) (Opcional) (Máximo de 25 puntos)


Los estudiantes podrán asistir a seminarios científicos y contestar preguntas especiales en el SEA Wiki para acumular puntos adicionales de bono (completamente opcional).


Forma de Otorgar las Calificaciones (Sujeto a Cambios):90% - 100% A80% - 89% B70% - 79% C60% - 69% D 0% - 59% F

Nota Importante:Cada examen se estandarizará considerando la puntuación más alta y la distribución de las notas de los estudiantes.Una posible estandarización ajuste las notas de tal modo que la puntuación más alta equivaldrá a la nota "A".

Posibles Ejemplos: Si la puntuación más alta fue de 90/100, entonces no habrá factor de estandarizacióny 90% es "A". Todas las puntuaciones de los estudiantes permanecen inalteradas.Si la puntuación más alta fue de 78/100, entonces se procederá a añadir 12 puntos a los exámenes de todos los estudiantes, 78 + 12 = 90% que equivale a "A".

REGLAS Y NORMAS1. La asistencia a la conferencia y al laboratorio son requisito y el estudiante debe llegar a tiempo. Si el estudiante llega

tarde, debe entrar callado y no molestar a los demás. Solamente se permite salir de las conferencias en caso de emergencia.

2. El estudiante es responsable de leer y estudiar la lectura y el material asignado para la conferencia y el laboratorio. Esto prepara al estudiante para seguir y entender mejor la conferencia y llevar a cabo los experimentos. También prepara al estudiante para participar en la clase y contestar preguntas, oralmente o por escrito en la pizarra, relacionados con los temas. Es importante que el estudiante estudie la materia regularmente.

3. El uso de celulares está estrictamente prohibido en la clase y en el laboratorio y resultará en una reducción de puntos que afectará la nota final del curso! Favor de apagar los mismos durante las clases o ponerlos en función de vibrar.

4. No se permitirá el uso de computadoras durante el laboratorio a menos que el profesor así lo indique.

5. Cada estudiante está obligado a observar todas las reglas de seguridad del laboratorio.

Nota: Cualquier forma de intentar de evitar una evaluación justa (por trampa o engaño) resultará en una puntuación de cero para esa evaluación ("Cheating in any form will result in a zero"). Además, el profesor podría tomar medidas punitivas adicionales y más severas.

Sugerencias:Establezca un horario de trabajoLea todas las instruccionesPiense antes de actuarPrepare una lista de los materiales y equipo necesario para el proyecto (ejercicios de laboratorio)Escriba los procedimientos, observaciones, y conclusiones (ejercicios de laboratorio)Los informes de laboratorio se escriben en un formato científicoCada persona en el grupo es responsable de su propio informeRecuerde los 5 P's: "Proper planning prevents poor performance"


Universidad de Puerto Rico en Cayey, Departamento de BiologíaItinerario para el Laboratorio de Biología General I (Biología 3033)

Auspiciado por el Howard Hughes Medical Institute, Science Education Alliance,National Genomics Research Initiative (NGRI). Primer Semestre 2010 - 2011

TEMAS A CUBRIR POR SEMANA (Sujeto a Cambios)

Semana Tema(s) Páginas del Manual1 Formularios y Avalúo, Entrega de Materiales y Manual

Orientación al Proyecto y al Laboratorio (HHMI Video)Seguridad en el LaboratorioPipetas, Micropipetas y Técnica EsterilLibreta de LaboratorioIntroducción a BacteriófagosCoordinados de GPSColección de Muestras

I – ix

Before You Start A.1 – A.7Before You Start B.1 – B.4Capture A1 – A6Documento SuplementarioCapture B1 – B2

2 Estilos de Vida de BacteriófagosProcesamiento de Muestras de SueloEnriquecimiento y Siembra Directa

Capture C1 – C6Capture B1 – B4Capture B1 – B10

3 Verificar Placas (“phage plaques”)Prueba de Punto (“spot test”) para FagosPurificación de PlacasDeterminar Número de Fagos en el Filtrado

Tame A1 – A4Tame A1 – A4Tame A5 – A10Tame A5 – A10

4 Purificación de PlacasPurificación de Fagos por reinfección (3X)

Tame A11 – A16

5 Purificación de PlacasPurificación de Fagos por reinfección (3X)

Tame A11 – A16

6 Prueba Empírica Tame B1 – B4

7 Preparar filtrado de fagosInfectar BacteriasCosechar lisado con filtroPrueba de Punto (“spot test”) para FagosDeterminar Número de Fagos en el Filtrado

Tame B5 – B9Tame B5 – B9Tame B7 – B8Tame A1 – A4Tame A5 – A10

8 Aislar DNA del Bacteriófago Coleccionar y Cosechar DNA del Bacteriófago

Dissect B1 – B3

9 Examen 1 (Teórico y Práctico)10 Purificar DNA del Bacteriófago

Determinar Cantidad y Calidad del DNA del BacteriófagoDissect B1 – B3Dissect B1 – B3Documento Suplementario

11 Análisis de Restricción por Digestión Enzimática del DNA del Bacteriófago

Dissect C1 – C8

12 Compara Mapa de Restricción Entre Bacteriófagos Dissect C1 – C813 Evaluación de la Calidad del DNA Genómico

Enviar DNA a la Facilidad de SecuenciaciónDissect D1 – B4

Evaluación de la Calidad del DNA GenómicoEnviar DNA a la Facilidad de Secuenciación

Dissect D1 – B4

14 Visualizar el Bacteriófago con el Microscopio Electrónico Dissect A1 – A315 Visualizar el Bacteriófago con el Microscopio Electrónico Dissect A1 – A316 Examen 2 (Teórico y Práctico)

Presentaciones Finales (a Ser Programado)El profesor se reserva el derecho de admisión tanto a la conferencia como al laboratorio.

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