I  dag  

Hvad  er  computa.onal  chemistry?  

Proteinfoldning  med  Molecular  Workbench  

Proteinfoldning  med  Foldit  

Frokost  

Proteinfoldning  med  Foldit  

14:00  Rundvisning  med  Jes  Andersen  (45  min)  

Proteinfoldning  med  Foldit  

16:00  Slut  

Netværk:  KU  Guest  /  Brugernavn:  xxx/  Password:  xxx  

1  

Protein  Structure  Determina6on  

Biotechnology  and  Medicine:  No  ra#onal  design  without  protein  structures  

2  

The  underlying  physical  laws  necessary  for  the  mathema.cal  theory  of  a  large  part  of  physics  and  the  whole  of  chemistry  are  thus  completely  known,  and  the  difficulty  is  only  that  the  exact  applica.on  of  these  laws  leads  to  equa.ons  much  too  complicated  to  be  soluble.  

Paul  Dirac,  1929    

i ∂∂t

Ψ = HΨ

The  6me-­‐dependent  Schrödinger  Equa6on  (1926)  

Computa6onal  Chemistry  

3  

i ∂∂t

Ψ = HΨ

HΨn (x) = EnΨn (x)

Ψ(x,t) ≈ Ψ(x)e− iEt /

i ∂∂t

Ψ = EΨ

HΨ(x) = EΨ(x)

Approxima6ons  

pn =e−En /kT

e−En /kTn∑

Sta6s6cal  Mechanics  (probability  of  state  n)  E(x) ≈ 1

2 c2 (x − xo )

2 + ...

Molecular  Mechanics  Force  Fields  

x(t + Δt) = 2x(t) − x(t − Δt) − Δt 2

m∂E∂x

⎛⎝⎜

⎞⎠⎟

Molecular  Dynamics  

p(x,t) = Ψ(x,t)( )2Probability  

4  

What  is  possible  with  today’s  computers  

5  

Fold.it  

hWp://molecularmodelingbasics.blogspot.com/2010/06/foldit-­‐solve-­‐puzzles-­‐for-­‐science.html  

6  

En  alpha-­‐helix  er  stabiliseret  af:  

A.  Hydrofobe  interak.oner  

B.  Hydrogenbindinger  

C.  Interak.oner  mellem  ladede  aminosyre  

D.  Ved  ikke  

hQp://m.socra6ve.com  Room  number  9076  

7  

En  alpha-­‐helix  er  stabiliseret  af:  

A.  Hydrofobe  interak.oner  

B.  Hydrogenbindinger  

C.  Interak.oner  mellem  ladede  aminosyre  

D.  Ved  ikke  

hQp://m.socra6ve.com  Room  number  9076  

8  

Hvad  er  den  mest  sandsynlige  posi.on  for  isoleucine:  

A.  I  kernen  af  proteiner  

B.  På  ydersiden  af  proteinet  

C.  Som  den  første  aminosyre  i  proteinet  

D.  Ved  ikke  

9  

Hvad  er  den  mest  sandsynlige  posi.on  for  isoleucine:  

A.  I  kernen  af  proteinet  

B.  På  ydersiden  af  proteinet  

C.  Som  den  første  aminosyre  i  proteinet  

D.  Ved  ikke  

10  

Et  beta-­‐sheet  er  stabiliseret  af  hydrogenbindinger:  

A.  Mellem  sidekæde  atomer  

B.  Mellem  sidekæde  og  backbone  atomer  

C.  Mellem  backbone  atomer  

D.  Ved  ikke  

hQp://m.socra6ve.com  Room  number  9076  

11  

Et  beta-­‐sheet  er  stabiliseret  af  hydrogenbindinger:  

A.  Mellem  sidekæde  atomer  

B.  Mellem  sidekæde  og  backbone  atomer  

C.  Mellem  backbone  atomer  

D.  Ved  ikke  

hQp://m.socra6ve.com  Room  number  9076  

12  

Hvad  kan  man  bruge  proteinstrukturer  .l?  

13