UniProtKB

The Universal Protein Resource: UniProtKB

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Las bases de datos de UniProtKB

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UniProtKB: http://www.uniprot.org/

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UniProtKB: Acceso desde ExPASy

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UniProtKB: Acceso desde PIR

http://pir.georgetown.edu/

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Las anotaciones en UniProtKB

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Las anotaciones en UniProtKB

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Conexiones de UniProtKB con otras bases de datos

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El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot

La última versión (6-2-2013) contiene 539.165 registros

UniProtKB

Distribución taxonómica de las secuencias

UniProtKB

Distribución de la longitud de las secuencias

La longitud media de la secuencias es de 453 aa

La más corta tiene 2 aa

La más larga tiene 35213 aa

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Composición de aminoácidos en las secuencias

UniProtKB

La última versión (6-2-2013) contiene 29.769.971 registros

El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL

UniProtKB

Búsquedas en UniProtKB

Instrucciones básicas para empezar y diversas herramientas

para el análisis de secuencias

Animación que te enseña

a hacer búsquedas

Inicio de la búsqueda

Aquí se escoge la base de

datos que se quiere

consultar

Aquí se introduce el término que

queremos buscar: dUTPase

Otras aplicaciones

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Opciones para hacer búsquedas de texto en UniProtKB

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Resultados de la búsqueda en UniProtKB

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6242 secuencias encontradas Búsqueda

avanzada

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Búsquedas avanzadas en UniProtKB

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Escherichia coli

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Filtra los resultados para ver sólo los de

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Te puedes descargar los resultados de la búsqueda

Puedes agrupar los resultados según diversos criterios

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registro de UniProtKB

UniProtKB36 secuencias almacenadas

en UniProtKB/Swiss-Prot

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registro de UniProtKB

Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada

UniProtKB

Un registro de UniProtKB: P06968

Puedes poner la información del

registro en el orden que quieras

Puedes visualizar el registro según diversos

formatos: pincha en “text”

Salta directamente a los datos del registro

que te interesan

UniProtKB

Un registro de UniProtKB en formato texto

UniProtKB

Estructura de un registro de UniProtKB

UniProtKB

1.- Entry information

2.- Names and origin

3.- Protein attributes

4.- Alternative products

5.- Comments

6.- Ontologies

7.-Binary interactions

8.- Features

9.- Sequences

10.- Cross- references

11.- References

12.- Web resources

13.- Relevant documents

Los registros de UniProtKB constan

de 13 apartados

Secciones de un registro de UniProtKB

No todos los registros contienen

todos los apartados

UniProtKB

Secciones de un registro de UniProtKB (2)

1.-

2.-

UniProtKB

3.-

4.-

Secciones de un registro de UniProtKB (3)

UniProtKB

5.-

Secciones de un registro de UniProtKB (4)

UniProtKB

Anotaciones incluidas en los Comentarios

Las anotaciones generales (comentarios)

no dependen de la posición en la secuencia

UniProtKB

Secciones de un registro de UniProtKB (5)

6.-

UniProtKB

Secciones de un registro de UniProtKB (6)

7.-

8.-

Pincha aquí para obtener la secuencia completa en

formato FASTA

UniProtKB

secuencia completa en

formato FASTA

secuencia completa en código de una letra (60

aa por línea)

Busca secuencias parecidas con BLAST

Secuencia de un registro de UniProtKB

UniProtKB

Anotaciones de las características

Las anotaciones específicas

(características) dependen de la posición en la

secuencia

UniProtKB

Secciones de un registro de UniProtKB (7)

9.-

10.-

Enlace que te lleva a la secuencia del gen

en GenBank

Enlaces que te llevan a la estructura 3D de la proteína en el PDB

Bases de datos con información relacionada con la secuencia

Obtén la secuencia en formato FASTA

Herramientas adicionales para

analizar la secuencia: Blast, Prot Param,

ProtScale, Compute pI/MW, ProtScale,

Peptide Mass, Peptide Cutter

UniProtKB

11.-

Secciones de un registro de UniProtKB (8)

Enlace que te lleva al artículo en

PubMed

Enlace que te permite ver el Abstract del

artículo

UniProtKB

12.-

13.-

Secciones de un registro de UniProtKB (9)