universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

22
UNIVERSITI PUTRA MALAYSIA ARASH JAVANMARD FP 2012 67 GENETIC PARAMETERS AND POLYORPHISM IN CANDIDATE GENES FOR GROWTH AND CONFORMATION TRAITS IN BOER GOATS

Upload: lamdien

Post on 14-Jan-2017

213 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

UNIVERSITI PUTRA MALAYSIA

ARASH JAVANMARD

FP 2012 67

GENETIC PARAMETERS AND POLYORPHISM IN CANDIDATE GENES FOR GROWTH AND CONFORMATION TRAITS

IN BOER GOATS

Page 2: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

i

��

��

���������������� ������������������ � ���

������������ ���� ��������������������������������������������������

�������������

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

������� �

�������������������

��������������������

��

��

��

�����

Page 3: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

ii

���������������� ������������������ � ���

������������ ���� �������������������������������������������������

�������������

���

������� �

�������� !"�##�$�#%�#����&�%%'�%(��)*$ *#���# $���+��,�-�)��#��� #)*����

�*'*���*+��,�� '(�'"�,#�%(�#����. �)�"�,#��(%)�#��� �/)���%(�������������������

%&#%)�%(����'%�%0���

������

��

�*)&�������

Page 4: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

iii

��������������������� ������������ ���������������������

��� ���� ��� ��������������������� ������

��������������������������������������������������������� ������� �������

� � ��������

��������������������������������� �� ����������� ������ ����� ��

����� ����������������� �� ���� ��!��������������� ����� ����������

Page 5: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

iv

" #�������� ��������!������������������������ �$ �� �������%������ ����������

� �� ����� �������&����� ���� ��������������� �' ������� �%�����!���

������

���������������� ������������������ � ���

������������ ���� �������������������������������������������������

�������������

�����������������������������������������������������(��

������� �

�*)&�������

��*�)1�������������)%(���%)� )2��%#����*'*)��*,*,$*"+��� ��

����������*& '#�1���������/)�& '# )��

����(��������������� ������ ����!�!����� ������!��#������������ ���������

� ������� ��)�#���������������������������� ������� �����������������������

&������ ���� �*������ #���� ��� ��� ������� � ������� ���� �� !������ �����

��� #���� � � (���� ������ ��� �� ��!� ����� ��� ���� ��� ���� ��������� ��� �����

���!����� ��� ��� �� !������� ��� ������ �� ������� �� �������� ���� ��� ��� ����

��!������� �� !�� ��� ����� � � ���� (���� ����� ��� ������ ��� ������� �!��� ��

#�������� ���� ��������� !������ ��� ���� �#����� �� � � ����� ������ ��� ���

� ������ ������� ��� ������!������� ��!�� ��� ������ �(����������������

&��������� ������� ��������!!�������������������!��������������� ����

�������� ����� � ��� ���� ����� ������� )��� ��� ��� ���� ���� ��!������� ��

Page 6: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

v

!�� ��� ����� ����� �������#�����������+�������� ������� ��������� ����

������ �#��������*�� �����)������������!���!����������������������������������

�������� ������� ����� ���� ������� ��� ��� ���� ��!������� �� ���� #����

��� ��� ��������������' ���� �������������� �����#������� ��� ������ � ������

��� ���, ������(���-��� �����.�����(��)��%�����������!�������#��������/001�

����234�!���#����(����� �!������#�������� �����������546����������51�

#��)�� ��� �� #���� !�!������� �� !������ ��� � " ��������� ���� ��������� ����

����� ��������� ��� � ���� ��� � ���������� ����� /050�� ������� ����� ����

!�������� �� ��� ���������5000������� ����#��������7 �����#���������� �����

��� ��� ��� ���� !�� ��� ����� ������� ���� ������ ����� ������ �� ����

�� ��������� ������������ ��� ����������� ��� ����� ������������ ��� �+

�����!!������� ������������� �*�� �� ��)��������������� ������� ������

���������#������ ��������2�� ��������������1�� ������� ����� ���2�5/80�44�

)���50�398/�33�)������/5�3980�20�)������!���� ��������� ����������������

����� ������!����������� ��� ��� �0+2�� 2+1� ����0+1� � ������� ����� ����

94�35822�/����506�1/864�5:�������509�2/859�2�������!���� ��������� ������

������ ��;�� ��� 5�1680�14� !��� #������ ���� � ������ #���� ������� ������� ���

�������� ������ ������ ���� ������ ��!��� ��� ������� ���� 62�:8:�96� �� ��

66�285/�00��� ��64�/681�2/��� ������/0�98/�24��� �����!���� �������� �����

� �������� ��#������� ��� ������������������*�� ������� ����� ����:3�584�6:�

�� �� :1�18:�61� �� �� :9�481�09� �� �� ���� //�638/�93� �� �� ���!���� ���� ' ������

������#������� ��/�� ��� ������ ������ �������� ���� 0�/380�03�� 0�/480�00�� ����

Page 7: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

vi

0�1380�04� ������� ��� #������ ������� ���� 1� � ������� ���!���� ��� ����

0�0:80�00�� 0�9280�0/�� ���� 0�:480�09�� ��� � ������ ����� ����� ��� � #����� ���

������� ������������������*�� ������� ��������� ��� �#����������*�� ������� �

����� ���!���� ���� � ���� � ����� � � ���� ����� � � #������ ��*� � � )��� ���� ������

��!�� ���� ����� ������ �!<0�05�� ��� � ���� � � ���� � �������� ��� ��� ���������

7 �����#����� ����� ����� ��� � ���� � � ���� !�� ��� ����� ������� �� ����� ��

� ��������� ��� ��������� ����#����������������������

��� ���� ������� ������� ��� �� ����������� ��� �������� ���� ��� ������ ���� ����

!��� ��!���� � ��� ������ ���������� ������ ��� (���� ������ ���� �� ����������

������ ���� ��!��������� ������+�)�� ��� ��� ������ #������� !������� 2��

)�!!�+�������� �!����� � ���������� !��������+�!��� ��� ��������!����� �������

�������+= �" � ������������ ���� �+�������� %��� ������ ������ ���������

������������ ���� ����������!��� ��!���� ��%= > +>-?%��������� ���������

��� ������!�� ������ ���������� ������ ��� ����� ���� ��� ���� �#��� ��� ����

��;�� ��� ���� 5/� ���� �� ���������� ��� ��� ���� ��� ����� ��!������ ��� ����

����������� @ ����� � ���� � � ������������� ��� !��� ��!���� � �*��!�� ���

���� �A -(%2� ���� )�!!�+������� ������� ���� (���� ������ ��� ��� �� �����

��&������� �����(� �����!���������0�:6��������� ����!���5��0�::�������

" � ��� �!���/� �0�9:��� ���� �� ��� �!���2� �0�1:��� ���� ���� �� ��� %@ $ -5�

�0�1/�����

Page 8: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

vii

����������������������!����������� ������� ������������������������ ������

&��������� �� ������ ���� �B �?�� ���������� !�� ��� ����� ���� #����

��� ��� ����������� �!� ����B �?� ���� ��#���� ���������� ��� ����#����

��� ��� ������ ������� ��� �� !���#���� (���� ����� !�!�������� � ���!�� B �?�

�������� ������ 6:� � ������������ � ��)���� �!������� 10:� ������ ������ ���

����� ���� ��5��/��:��1�����/1� ���������������' ���� ��������;���������

���� �� � ��#� �*!���� ����� ������� ���� ���� ������ B �?� C*!����� !������ ��

� �� B �?�� ����������� ���� #����� ������ ���� ������ ����� ����� ����

������� #�� ���� � ��)���� (� = 5003� ���� >� 0/3� ��� ����� ���� �� :�� ����

����� � ��)��� �D >" (CD 54/� ��� ����� ���� �� /1� �!<0�05��� @ �����

����� ���� �� �������� ���� ���� ��� � ���� B �?� ��� ���� ��� ��� ������� � ��

B �?�� �������#������� ��� ������������� ����������������������� ���� ��

5�����/1��

������������������������������������������������ ���������� ������������(����

���������� ��������� ����� ���������������#���������� ����� ����������� ���

��������#��� ���� ���#������������� ������������������ ���� ��!������ �

��� �� !�� �� ��� ��� ����������������� ���� � ��������� � � ���� ������#�����

����� ����� ��� ������� ���� !���� ������� ������� ���������� ����� ������

������� �������!�������� ��������������7 � � ��������� �������#������ �

��������;�� ����������#������������� ��������� ��������#�������#��������

������ � ��� �������� ���� �� ����� ����� �������� ����� ����� ����

Page 9: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

viii

�� !�� �� ���� � � ������ ������� ��� �)��� ��� #�� ����� ��� ��������

�����#�������� ��� �� !�� ��� ������� ���� � ������ ���� !���������� ����

���&����� �������� ��������� � �)��� ��� !����#�� ��� �� !�� �� ���� (���� �����

!������� ���� ��� � �������� ��� ����� ������� ���� (���� ����� ���� ��� ��� ��

� ����� � � �� � � !��� ��!���� � ��� ���� ���������� ������ �� �����������

7 � � ���� ��� � �������� � � ���� !������!��� �������� ��� ��� ���� � ����

&������ ���� ����� � � ���� ������������ #�� ���� ����E������!��� ���� ����

������� �� �� ��� #�� �������� ���� #� ���� ���� ���� ��� ������ ���� � ��� #��

���������������� � ���#������������������!������ �� �������(������������

������ ����� ������ � ������� B �?� � � ��� ��� ���� �� !������� ���� ���� ����

!�������� ��� ����� ������� ��������� ���� ����� � � �������� �� !�� �� ����

����������������� �� ��)��+������������������������������� ���������������

������ ����B �?� �������� ��� ����� ������ ����� �� ����� ������� ��� ������

�����������B �?�� �!!��������������������!������� �����

��

Page 10: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

ix

" #����)��������������)�� �)�)���)�!����������$ �� �������%������ �������

��#������ �� ������)�!����������)����;���' �)����-��� ���

���3�

������������3� ������������� �������

���������3��������������� ��3��������� �

3����������

@ ���

������� �

�*&������

��,/�) ����1������������)%(���%)� )2��%#����*'*)��*,*,$*"+��� �

�*4 '#�������1�������������)#*,�*,�

� �� #���� (����� ����� ����!���� #�)�� !�������� ����� !�!���� ���������

� �� !������#����)������� �����)���!�����)�����!����� #������������!����

)������ )��)��� ����� ������� ���� )�� ��� ���� #����� ����� ��� �������

� �� #����(������������� !������� ���� ��������#�����)��� ��������������

� ������� ������ #��)���� ���� � �)�� ���� !������)��� )�� #�����

%�� ���� ��� �)���+ �)���� ����� � �� !��������� ����� !����� #�����

��!���)��� ����)� � ��)����)��� !�� #��)��� ���� !������ � !�� ������

����� �!��� �� �� @ #��)�� � )������ ���� ������ ����)� � ������ !��������

!�� #��)���)�� #����(������������ �������)���!����)�����)��������� �

���� � ��)����� ����� )������ #���������� ����� ������)���� ' ��� � )������

Page 11: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

x

!����� ���!����� #��������)�)�� #��������!��������!�� #��)���)�� #����

(���� #������ ����� ������� #�������)��� ������� ����� )����� #�)��� �)����

������)�������������������������)��#����������)������������)����!������

����������)������������������ ����������� �)���+ �)����������)�#����#����

������� !����� #������ ����+����� !�� #��)��� ���� !�� #����)��� #�����

)�� #���� (����� ' ���� ����)� )������ ���� ��!������� ����!���� ����� ������

)�� �������, ������(���-��� �����.�����(��)��%�������� ��������%����)�����

#��� ��� !���� ������ /001� ������� 234� �)��� ���)� (���� ����� �����

������)��� ��� � ������� ���� 546� �)��� #������ ���� 51� �)��� ������� ��#�����

!�!�������������� !���������" ���������%�������)�������)��)�������������

������ �����#��� �������)��� ������� ������ /050� ��� ���� � �)�� ���

!�������� ����!���� 5000� �)��� )�� #���� ����� ��!�������� " ��������

������#����� ����)� )�#����)��� ����� !����� #����� ���� !�������� �����

�������)��� � �������)��� #�#���!�� � ���� ��� ��� ��� ������ ����

� ��� ������ ������� !����)����� #�#��� ���� ��� � #���� �������� ��

)�� ���)������ �)��� �� � ��������%������)����������#�����#�����������

����!��� ���� !���� ���� � #���� � �����+� ������ ������ 2�5/80�44� )���

50�38/�33� )�� ���� /5�3980�20� )��� %������ )���������� !���� #����� #�����

�����������)���� !��������#��#�;��������+��������������#�����������������

���� � #���� ���� ����� ������� ���� � #����� � �����+� ������ ������

94�35822�/� ��� 506�1/864�5� �� ���� 509�2/859�2� ��� � %������ )���������� ���;�

)��������������5�1680�1������!�)���������%������!�������#�������������

Page 12: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xi

!����#������)���������������)����� ����������� ��������!���� �����+

� ������ ������ 62�:8:�96� �� �� 66�285/� �� �� 64�/681�2/� �� � ���� /0�948/�24�

�� ��D ���+������������� ��#���������!�� #����)���#�����!������������� �

#���� � �����+� ������ ������ :3�5584�6:� �� �� :1�18:�61� �� �� :9�481�09� �� �

���� //�68/�93��� ��� 7 �����#����� ����������/������ ���������� ��� �������

� �����+� ������ ������ 0�/380�03�� 0�/480�00� ���� 0�1380�04� � ����)� #�����

������ #����� ����!��� ���� #����� !���� 1� #����� 7 �����#����� �������� ��/��

���� � �������� �� ��� ������� � �����+� ������ � ������ 0�0:80�00�� 0�9280�0/�

���� 0�:480�09� #���� !������ !���� #����� #����� ������� !���� !�����)���

)�������+����� #����� 2+1� #���� ���� ����+1� #����� � ����� �)���� #�)���

������)� ����� ��)���� ������� ������ �������� ���)� )�� #���� ���� ���;�

)���������������#����������������#����)�#����)����� ��+�� ����������)�����

" �������� ������#����� #���� )�#����)��� ����� !�������� � �������)���

!��#�;���� ����� ������)� #������!� ����������� ' ��� � )������ )������

!����������� ����� ������)��� ����)� � ������)��� !��� �� ��� � ���� �

�!���������������� �)�� #����#������(�����A ��+�����������)���� �����

)�!��������� �)���� !����� #����� � �����#���� !������� 2� � ������!���

�������� )�����+)�!!��� �!����� � ���������� �)���� �����)��!��� �!��� �)�

!���������������������������+= �" ������)�����+���$ �����!��� �� ��� ��������

��������������������� ���� �����������%= > +>-?%�� �����������)�������)�

� ��������!� ��� ���� ���;� ��� !���� 5/� �)�� ����� ��)���� ������ ��� ��

��!����� ����� ����� ���!��)���� ������� )�������������� )�#����)��� ����

Page 13: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xii

� ������))��� !��� �� ��� �� )������ �A -(%2� ���� ���+���� )�!!�� )�������

� �� #���� (���� � ������))��� )�)���!��� ������� #���� ��� (� ����)�

)�!���������0�:6��������#�����!����5��0�::������" �����)��!����/��0�9:���

���" �����)��!����2��0�1:������������#����%@ $ -5��0�14���

' ��� � )������ )������� �� #����� ��!���� ����� � ������)��� ����)�

� ������!������)����� ����)��������� ��B �?�������� ���� ��!������������

!�� #����)��� #������ $ ���)� � �� ���)��� B �?� #���� #����� #����� ����!��

!����� #��������������+�����!�� #����)���#��������� �!�!�����)�� #����

(���� #�)�� ������ !�#����� �������� B �?� � �������)��� 6:� !�������

� �)���������� �����)�� ��10:��� �!����)��� ���� �5��/��:��1�����/1������

������)����' ��������������� �������)�����)�#����)��)�!���� ��������)�

#�����)� ��#�!�� ���� !������ � ����� � �� ��������� ' ��� B �?� #��)������

������� #����� #����� ����� ����� ��)���!����F� ������)� ��������� !�������

(� = 5003� ���� >� 0/3� !���� )��� ���� � :�� ���� #����)����� �������

!������� �D >" (CD 54/� ���� � )��� ���� � /1� �!<0�05��� � � �����

)��� ���� ���������)�� ������))���B �?�!��������+�����!����� #������' ���

B �?� ����)� ����� !�� #����)��� #����� ����� ��� ������ ������)� ���� �

)��� ���� �5�����/1���%����)���� !�������������������#��� �������!���

������� ������)� ����� � ���� � )�� #���� (���� ��� � �������� " ��������

������#�����!��������!�����������������������������)������!����� #�����

� ���������!������)���#������!����� #���)�������)�� ���)��!������ �

Page 14: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xiii

������ �)�� �#����� �����)��)��������!����� #����������!�������#�����#����

#����� ����!��� ���� ���!��� ����!��� � ������))��� ����� ���� �)��� #�������)�

)�!����!�� �������G ���#����� ���!����������#���������������������)�

���;�)��������#�)��������������#�#)������� �������������)������������!��

�)���� ���� ��!����� �)���� !����)������� ����� ����)� ��)���!������ , �������

������)� ����� � ����)�!�� � �� #���)��� !����)�� ���� )�� #���� (���� ���

� ������� ������)��)���� ' ��� � )������ ����� )�� #���� (���� � ������))���

����!� !��� �� ��� � ����� ������� ���� � ���+���� ����� ����� ��)�����

G ���#����� ���!���� ����� !�������� �������!� ��)��� ������!� ����)�

!����� #���������)�������������������������#���������������E������!�

��������+�����!����������)�����#��� ���#���������!�����)��+�)�������

#���� ��!����� #���)��� ����)� ������)��� ���� � !������ � !�� ������

)�� #���� (����� � ������!����� ���+���� ����� � �� !��������� ����+�����

)��������� ��B �?��!����� #�����������!������������ �� !������!�������

����)� � �����)��)���)����� !�����)����� ������)� ������� )������� �����

!�� ������ � �������)��� !�������� � �!������� ����+����� ���� ����

��������B �?����� �)������ ����#����� �����������)�������)�)������� ����

��!������� �!�� ������B �?�����)�� �����)��)���!����)�� ����)�� #�����

Page 15: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xiv

�3��� �� ��������

-������ �� � ����#� � ��� " � ������" ���� ����� ���� ��������� ����#��� �������

�����#���������#�����������#���� �����!����� ��� ������!�� ������ ��

�����!!�������������������)��� ��%�' ����������

� ��������������������������������� �� #����� �� ����!�� ��������� � �������

��!������%�� ������' ���' �����%���)��� ��������H��� �� �������)�����

����!���������+��!�� ����� ����������� ��)� ���������� ��#����!����#��

������� ���� �� � ����� ��!� ���� ���� !��� ������� ��� ���� ���� �#��������

�����������

�� �����)���������)�� ���, ����, �� ������ �' ��������� ����� ����� �����

����������� ���������������������� ��� ������)������������������������ ����

���� ��� � �����������!��������!���������

� ����������������������������������������� �� �����' �!���� ����� �" ��� ��

��������� -������ � � " ����������� $ %� � ��� ���� ����+�������� �����������

����� ���� ���������������-�������!���� � ������������� ���������� �����!����

���� �� ���� ��������� ��������� ���� ����������� ��� �� �� ������#�����

����������� ����������� ����� ��#������)�������������� ��������!!����� �

� ��������� ������������)�������������" ���;��, ��������� �������� ������

Page 16: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xv

��� ����� ���� ���� ��� �� ��� ������ ��� � �� !��#�� ��� ����)�� ���� ��� � �����

C#����� ���" #����;������ ����-����� ������" ��C��� ��� ���������!������� �

��������!�������!!�������������)������������D �)#����� �������� �������

7 �� ����� (����� " �� � �� ��;�� ���� H� � G ���� � ���� 7 ������ � 7 ����

" #�� ������>�;����������" ���;��� �������� �����%���#�����?���%���G ���

����� �� ������.�� ����� ����������� ��������!�������!�����

����)�� ��� ��� � �� � �� ��#���� � A ���� ����� ������� ��� � �� ����� ����

�� ������� !����������� ���������)�� ����������������� ������������������

� ��������!!����������� � �������������� ��� ����� ����

���*!������ �����!��!!�������������� ������I�� �� ��� �������������!!�����

���!������������ ������!!�������� ������������)������ �� �� ��� ���������

��������� ���� ��!!���� ����������� � �� ��������� ��������� �� ����)� � ��

!������� ���������� �������� ����������!!���������������!����������

���

Page 17: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xvi

�� ����� �� ����� ��� C*�� �������� = �� � ������ ���� � ��� ��� $*#�� %(� -�-*� -%&�� ���

������������ �����*�� ��������� �)*����*-*,"*)$��������' ������� �%�����!���

������� �������� JA ������� !���� ������ ���� !��� ��!���� � ��� ���������� ������ ���

��� ���������� ��� ����������������(�����������" ���5390�����$ �� �������%���������

� ������� �7 ������ ' �������>���������� 5395�� ���� = �� � ������ ����� � ����� �����

���� ���������� #�� � ������ ���� ��� ���� �������� � � �� #���� � � ���� C*�� ��������

= �� � ������������� �� K���

������

�*'�"*# ,��**4 !+��� �

" ���������%�� ������

-������� �" ����������

$ �� �������%������ �������

�= ����!�������

��"*�'��$)��+��� �

" ���������%�� ������

-������� �" ����������

$ �� �������%������ �������

���������C*�� ������

�%�*"�$�)�((���,��"*)+��� �

%�� ������

-������� �, ����������� ��������

$ �� �������%������ �������

���������C*�� ������

��)%� 4����)%%4*+��� �

%�� ������

-������� �" ����������

� �����$ �� ��������.�!���

�C*������C*�� ������

________________________________ SEOW HENG FONG, PhD Professor and Dean School of Graduate Studies Universiti Putra Malaysia Date:

Page 18: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xvii

������������ �����#� ��������������������� �$ �� �������%������ �����������

#��������!������� � �� ����� �������&����� ���� ��������������� �' ������� �

%�����!��������� �� #����� �������!�� ������= �� � ������ ������� �� �K�

�%#����*'*)��*,*$*"+��� �

%�� �������

-������� �" ����������

$ �� �������%������ �������

�= ����!�������

*#�,��*$ 4*�3�*#�5*��� �%((+��� �

%�� �������

-������� �(����������������(��+� ����������������

$ �� �������%������ �������

�� �� #����

� "�#*�� /,*���'*,+� ��+��� �

�������?���������

-������� �" ����������

$ �� �������%������ �������

�� �� #����

________________________________ BUJANG BIN KIM HUAT, PhD Assoc. Professor and Dean School of Graduate Studies Universiti Putra Malaysia Date:

Page 19: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xviii

��������

�� ������� ����� ���� ������� ��� #����� ��� � �� �������� ��)� �*��!�� ���

&���������� ���� ����������� ����� �� �� #���� ���� ��)�� ������� � �� ����

�����������������������#����!�� ������������������������������#� ������ ���

��������������������$ �� �������%������ ������������������������������

�������������

__________________________ ARASH JAVANMARD Date:9 March 2012

Page 20: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xix

�����������������

����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������*/��

����������� � �

���3����� �*�

�3��� �� �������� *� �

������ * ��

���������� * ����

���������������� **���

��������������� **����

������������������������ **� �

1� GENERAL INTRODUCTION 1�

5�5� @ #����� ���� ������� 6�

5�/� �!��� ���@ #����� ��� 6�

2� LITERATURE REVIEW 5�/�5� ����A ������������� :�

/�/� ����A ����������������� ������� 9�

/�2� (����A ���� 9�

/�6� A �� ����������� �(����A ����� 3�

/�:� >�!������� ���������� �(����A �����������������������������������������������������������������13��������������������������������/�1� C ������ �D ���A �������-����������A �� ��������������������������������������������14�

/�1�5� (�����H��� ..................................................................................... 14�/�1�/� ��* ................................................................................................. 14�/�1�2� (�������!� ...................................................................................... 15�/�1�6� %����� ............................................................................................ 16�/�1�:� ������������� �����#�� �������+�������� ������ ........................ 17�

/�4� C ����� �A �������-����������A �� �������������������������������������������������������20�/�9� A ��������� !�� �� �������A ����������������������������������������������������������������������28�

/�9�5� = �� ��������#��������!������ � .............................................. 28�/�9�/� � ��)�������������������� ............................................................ 29�

/�3� ' D " �� ��)��������� ������������������������������������������������������������������������30�/�50�' D " �� ��)���� ���?� �����)��� !�� �� ������������������������������������������������34�/�55�= �� !����� ������� ��� �>�� ���������������������������������������������������������������38�/�5/�= ���������A ����� ���A �� �������= ������������������������������������������������40�

/�5/�5�?�!��� ........................................................................................... 40�/�5/�/�� �������� ..................................................................................... 41�/�5/�2��������+= �" ��������������= ' � ................................................. 42�/�5/�6�������+�)����� ��� ������#�������!������ ............................... 42�

Page 21: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xx

/�5/�:�%����������!��� �����������!����� ����� ........................................ 43�/�5/�1�� �!!��������������+������ .......................................................... 44�/�5/�4�= �!������� ................................................................................... 45�

/�52�B ��������� �������������B �?�������������������������������������������������������� 47�/�52�5�7 � ���#������� ............................................................................. 50�/�52�/�A ������������������� ................................................................ 51

3� KID GROWTH AND DOE REPRODCTIVE PERFORMANCE IN BOER

GOATS 53�2�5� ��������������������������������������������������������������������������������������������������������������53�2�/� � ������������� �������������������������������������������������������������������������������������57�

2�/�5� ?��������� ������ ......................................................................... 57�2�/�/� " ��� �� ........................................................................................ 57�2�/�2� -��)�� ������ ��� ...................................................................... 58�2�/�6� ' ����= �������� ........................................................................... 60�

2�2� �����������" �������������������������������������������������������������������������������������������� 63�2�6� >����������������������������������������������������������������������������������������������������������������71�

2�6�5� A �� ��������� ................................................................................ 71�2�6�/� D ����������� ��������� ����������� ��������� .......................... 72�2�6�2� D ����������� ��������� ����������!��������� .......................... 76�2�6�6� (������� ��� ������������ ............................................................ 78�2�6�:� D ����������� �������� ��������#������� ��� ������������ ........ 79�2�6�1� A �������!���� ����������������#������ ������� ............................ 84�2�6�4� %������!�������������������������� .......................................... 91�

2�:� ' ������������������������������������������������������������������������������������������������������������� 92�2�1� = �����������������������������������������������������������������������������������������������������������103�

4 POLYMORPHISM AT CANDIEDATE GENES FOR GROWTH 106

6�5� ������������������������������������������������������������������������������������������������������������106�6�/� � ������������� ���������������������������������������������������������������������������������� 107�

6�/�5� C*!���� ������ ������� ............................................................. 107 �6�/�/� ' D " ���� !��!��!������� ......................................................... 108�6�/�2� ' D " �&����������&������� ........................................................ 109�6�/�6� = �������������������!��� �����&������ .................................. 110�6�/�:� %= > +>-?%�������&�� ................................................................. 113�

6�2� �����������" ������������������������������������������������������������������������������������������116�6�6� >������������������������������������������������������������������������������������������������������������ 119�6�:� ' ������������������������������������������������������������������������������������������������������������126�

5� QTL ANALYSIS OF GROWTH AND BODY CONFORMATION TRAITS 145�

:�5� ������������������������������������������������������������������������������������������������������������145�:�/� � ������������� �����������������������������������������������������������������������������������146�

:�/�5� C*!���� ��������� �� ............................................................... 146�:�/�/� %������!���' ��� ........................................................................ 147�

Page 22: universiti putra malaysia arash javanmard fp 2012 67 genetic

© COPYRIG

HT UPM

xxi

:�/�2� ������ ��������� �!��� ��!����� ��������������� ................... 147�:�/�6� %��� �������������������� ........................................................ 153�:�/�:� ' � ��!� ����� �� ���!�*������� ........................................... 154�:�/�1� -���� ����������� ..................................................................... 155�

:�2� �����������" ������������������������������������������������������������������������������������ 158�:�6� �:�6�5���%��� ��!���� �� �� �������������������������������������������������������� 160�

:�6�/� B �?�� �!!��� ............................................................................ 169�:�:� ' ������������������������������������������������������������������������������������������������������������174�

6 GERNERAL DISCUSSION AND CONCLUSION 181� REFERENCES 188

���� ��������������������������������������������������������������������������������������������������������� 201��������������������������������������������������������������������������������������������������� 226���� �������� ������������������������������������������������������������������������������������227�

��