Using MaxQuant for proteomics ‐‐‐‐A step‐by‐step guide 

Rongxiao Sa , Department of Chemistry 

Pra@k Jagtap , Minnesota Supercompu@ng Ins@tute Nov24, 2009 

Outline 

•  Step by step procedure on using MaxQuant for  protein iden@fica@on (saliva proteins, 6 raw files) 

    Raw data processing          Mascot searching           protein grouping and file genera@ng 

•  Brief procedure on using MaxQuant for SILAC data 

Why choose MaxQuant 

•  Free and user friendly, great user support from discussion group 

•  Faster than other algorithms 

•  Great for large datasets(>5G) 

•  More protein iden@fica@on, or more MS/MS iden@fied 

•  Cross reference to various databases ( GO, Swissprot, Ensembl, KEGG) 

•  Great for SILAC quan@fica@on 

System requirements for running MaxQuant 

•  Windows XP or vista 32 bit opera@ng system 

•  Xcalibur installed on the same computer 

•  Mascot Daemon installed or access  

•  At least dual core processor ( or 2 Duo) 

•  At least 2G RAM 

Correct data acquisi@on mode on LTQ‐orbitrap 

•  MS scan should be  acquired in profile mode, MS/MS centroid mode 

•  Use lock mass calibra@on 

Log in 

•  Either on sdvlapp32 or on pc1, pc2, pc3 in Walter library 585  with your user account 

•  Double click on the MaxQuant  folder shortcut on the desktop 

Tutorial file loca@on 

My computer\C:\Document and secngs\all users\shared tutorial 

For your own purposes, put your files in U drive 

Acknowledgements 

•  Eric Sanford in MSI 

•  Mad Stone in BMBB 

A step‐by‐step guide 

Log in view 

Protein and pep@de grouping, quan@fica@on 

Generate MSM files for mascot searching 

Generate decoy databases 

Modules of MaxQuant 

Quant.exe 

Loading raw files C:\Documents and secngs\ all users\shared documents\proteomic‐workshop \raw files 

Select number of threads=2 

Select Parameters 

Select Singlets for non‐labeled data Select Doublets  for SILAC data with 2 experiments Select  triplets for SILAC data with 3 experiments 

Select  hIPI_Maxquant for data base  for human samples 

Select trypsin for  enzyme 

Star@ng Quant.exe 

Processed files are located in the same folder as raw files are and are in the folder named combined 

Quant.exe  Done 

Quant.exe generated files 

C:\documents and secngs\all users\shared documents\proteomics workshop\raw files \combined 

Allspectra.CID.iso.par                            Allspectra.CID. iso_0.msm Allspectra.CID.sil0.par                           Allspectra.CID.sil0_0.msm Allspectra.CID.sil1.par                            Allspectra.CID.sil1_0.msm 

Mascot parameter files  Corresponding MSM files 

Mascot database searching 

Select search parameters Parameter file loca@on: C:\documents and secngs\all users\shared documents\ proteomics tutorial\processed files 

Cau@on: Parameter files can not be on net drive ( U drive), it has to be saved on C: or E drive on  Sdvlapp32, pc1,pc2 and pc3 

Select task editor parameters 

Select MSM file for searching 

Search Finished 

File Loca@on 

Dat file download 

Dat file download 

Protein grouping with iden@fy.exe 

Upload raw files 

Raw files loca@on: C:\Documents and Secngs\all users\shared documents\ Proteomics workshop\Raw files 

Upload Dat files 

Dat files loca@on: C:\Documents and Secngs\all users\shared documents\ Proteomics workshop\dat‐files 

Upload Protein Database 

Protein Database loca@on: C:\Documents and Secngs\all users\shared documents\ Proteomics workshop\databases 

Upload Experimental design file 

Protein Database loca@on: C:\Documents and Secngs\all users\shared documents\ Proteomics workshop\Processed files\combined 

Changing  parameters for protein pep@de grouping 

Protein and  pep@de grouping in process 

Protein and pep@de group files loca@on 

Protein and pep@de group files