herramientas libres y machine learning....a medida que los algoritmos ingieren datos de...

Herramientas libres y

machine learning.

Carlos López Pablo Servicio de Anatomía Patológica Hospital de Tortosa Verge de la Cinta clopezp.ebre.ics@gencat.cat

Patología Oncológica y Bioinformática

FIJI (is just image J)

http://fiji.sc

Fiji is Just ImageJ, with extras. It is a distribution of ImageJ with many plugins useful

for scientific image analysis in fields such as life sciences. It is actively maintained,

with updates released often.

Requisitos instalación

Ejecutar FIJI

Fiji-win64 Fiji.app ImageJ-win64

¿Pero que es Machine Learning?

El aprendizaje automático o aprendizaje automatizado o aprendizaje de máquinas (del inglés, "Machine Learning") es el subcampo de las ciencias de la computación y una rama de la inteligencia artificial, cuyo objetivo es desarrollar técnicas que permitan que las computadoras aprendan. De forma más concreta, se trata de crear programas capaces de generalizar comportamientos a partir de una información suministrada en forma de ejemplos

¿Pero que es Machine Learning?

- El Machine Learning es una forma de IA que permite a un sistema aprender de los datos en lugar de a través de la programación explícita. Sin embargo, el Machine Learning no es un proceso simple. - El Machine Learning utiliza una variedad de algoritmos que aprenden iterativamente de datos para mejorar, describir datos y predecir resultados. A medida que los algoritmos ingieren datos de entrenamiento, es posible producir modelos más precisos basados en esos datos. Un modelo de aprendizaje automático es el resultado generado cuando entrena su algoritmo de machine learning con datos. Después del entrenamiento, cuando proporciona un modelo con una entrada, se le dará un resultado.

¿Pero que es Machine Learning?

EN NUESTRO CASO SERÁ CON ANÁLISIS DE IMÁGENES DIGITALES

¿Pero que es Machine Learning?

Información

Resultado

¿Pero que es Machine Learning?

¿Pero que es Machine Learning?

Información

Resultado

Patólogos

Biólogos

Técnicos

Patólogos

Biólogos

Técnicos

¿Pero que es segmentación? Segmentación Selección de objetos, áreas o características de

interés dentro de una imagen(foreground) y no

selección del resto de imagen(background).

26

- Imagen digital Píxel

- Píxel Es la unidad menor de la que se compone

una imagen.

28

R

G

B

0 255

R G B

0 0 0

R G B

166 166 166

R G B

118 62 69

R G B

255 255 255

16.777.216

R G B

0-175 0 -139 0 -139

R G B

118 62 69

R G B

0-175 0 -139 0 -139

R G B

118 62 69

ANÁLISIS DE

IMAGEN **$$!!!xx

¿Pero que significa WEKA?

No confundir con el Waka Waka de Shakira

Que significa WEKA?

Waikato Environment for Knowledge Analysis

El proyecto WEKA empezó 1992-1993

¿Pero que significa WEKA?

Hall 2009 actualización de los últimos algoritmos de Machine Learning

WEKA es un entorno unificado que permite a los investigadores acceder a los algoritmos de Machine Learning

¿Pero que significa trainable?

Segmentación supervisada

Segmentación sin supervisión (clustering)

Trainable WEKA segmentation

Segmentación supervisada

VAMOS A ENTRENAR EL WEKA

Una imagen de 32 bit donde hace un hyperstack, donde se clasifican los píxeles

en función de la probabilidad de pertenecer a cada una de las tres clases.

A más blanco más probabilidad de pertenecer a una clase concreta

- Edge detectors (Laplacian and Sobel filters, difference of Gaussians, Hessian matrix o Gabor filters). - Texture filters (Mínimum, máximum, median, variance, entropy, structure, tensor). - Noise reduction filters (Gaussian blur, bilateral filter, Anisotropic diffusion, Kuwahara and Lipschitz). - Membrane detectors (thickness and size) - Introducir user-defined features

Segmentación supervisada

Segmentación sin supervisión (clustering)

Trainable WEKA segmentation

ATENCIÓN

BRICONSEJOS WEKA

- No se puede entrenar directamente en más de una imagen sino es un stack

- Se puede salvar los datos de las áreas de interés en diferentes imágenes consecutivas y entonces hacer el training con toda la información

- El training se sobreescribe si se carga de una imagen a otra.

BRICONSEJOS WEKA

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