knob knoppix for bioknob.osdn.jp/pub/doc/ja/knob_at_1st_open-bio.pdfknoppix for biofô Ø) g kernel...

KNOBKnoppix for Bio

Itoshi NIKAIDO <itoshi@users.sourceforge.jp>

というわけで

いままで紹介のツールが全部、すぐ使えるLinuxです

以上

伝えたいこと

Grasp the KNOB!

grasp1 つかむ, つかまえる (grip).

2 会得する, 理解する, わかる (understand).

[株式会社研究社　リーダーズ英和辞典第2版]

What’s KNOB

CD入れたらLinuxでBioinformatics

話すことKNOBとはなにかなにができるかどうやって動いているのかなにが違うのかどうやって作っているのかこれからどうするのか

Why KNOB?

Bioinformatics系のソフトが設定済み

What’s KNOB

KNOB = Knoppix for Bio

What’s Knoppix

CDいれたらいきなりDebian GNU/Linux

Knoppix for Bio

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file

GenomeNetKEGG

NCBIGenBank

EMBL

Bio databases

Internet

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS NTFS

Database

cloop =

700MB = 2GB┞

/home

KNOB have...

C/C++, Perl, Ruby, Python, Fortrun, R, Lisp

BioPerl, BioRuby, EMBOSS, NCBI-Tools (BLAST, epcr etc), boxshade, loki, Glimmer, ReadSeq, tree-puzzle, rasmol, pymol, Njplot, Bioconductor, SMA, ClustalW, FASTA2, FASTA3, G-language, fastlink, fastdnaml, Graphviz, gnuplot, HMMER...

Databases

EMBOSS

DDBJNEW, DDBJRELEASE, EMBL, REFSEQ, GenBANK, SpTrEMBL, PIR, REFSEQ Protein, SwissProt, SWall

BioPerl/BioRuby

KEGG, SwissProt, EMBL, GenBank, RefSeq

EMBOSS

JAMBO (JApan eMBOss Users Group) ゼ

EMBOSS 5

㈻ ops2_ ID ㈻

clustalW

$ seqret SWISSPROT:ops2_*

$ emma ops2.fasta

$ prettyplot ops2.aln

EMBOSS::GUI

http://localhost/EMBOSS/

Perl + BLAST + SOAP

DNA Internet ㈻

(SWISSPROT)(BLASTX)

I F G F

G \

H

84&5 1

^

" D \ !#

^ [D " 84&5 1 # [ H ] FH \ I , * ^ \ I

^ [DG " 84&5 1 # [ H ] FH \ I ' F \ I

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[DG # F H 8 G F ] 8<.88

F G F F F # G ]

G ]

'1&89= @& B

7 H & H 8 + 9 F 1 2FII & F I & 8H F

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F 3 H H &H I 7

6 ^"

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H F

8 F H I

8H *

8 H I H HF F G ;F

a5 a&)-&D-:2&3 & H I ^I F F F H F *(

a5 a&)-D2&(2: & H I ^I F F F H F *(

BioRuby

1.1.1.1

URL

1.1.1.1

I H F G

G [ G^

G

[ " ' 0*,, &5. \

F \F^ " [ F DF D F \F^ DG^D _^ F @ H B

F \F^ FH I a a

I

$ ruby ecMapper.rb

"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00010.args"

"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00350.args"

"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00561.args"

"http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00120.args"

“http://soap.genome.ad.jp/keggapi/mark_pathway_www?8611+hsa00071.args”

RealVNC/SSH VMware/Virtual PC/coLinux

SFS deamon

KNOB

Kernel

Boot LoaderInternet/LAN

Mini Root

SFS Server SFS clientSFS Knoppix

http://staff.aist.go.jp/k.suzaki/knoppix/sfs/sfs_file

SFS Client

cloop file

KNOBの作りかた

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file

GenomeNetKEGG

NCBIGenBank

EMBL

Bio databases

Internet

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS NTFS

Database

cloop =

700MB = 2GB┞

/home

ルートイメージを作る

KNOBの作りかた

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS

cloop =

700MB = 2GB┞

/master/source

展開

コピー

KNOBの作りかた

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file Internet

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS

cloop =

700MB = 2GB┞

HDD/master/source

aptserver

chroot ./configure; make; make install

apt-get install

KNOBの作りかた

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS

cloop =

700MB = 2GB┞

HDD/master/source

ルートイメージを作成

KNOBの作りかた

Kernel

Boot Loader

Mini Root

cloop file

BioRuby/BioPerl/BioJava, EMBOSS

cloop =

700MB = 2GB┞

HDD/master/source

CD imageを作成

KNOPPIXをブートRoot Shellを起動$ mkdir -p /mnt/sda1/source/v3.7$ mkdir -p /mnt/sda1/master/$ cp -a /KNOPPIX/* /mnt/sda1/source/v3.7$ cp -p /cdrom/* /mnt/sda1/master$ chroot /mnt/sda1/source/v3.7$ mount -t proc /proc proc$ apt-get install hoge$ wget http://hogeurl/hoge.tar.gz$ tar zxvf hoge.tar.gz; cd hoge;$ ./configure; make; make install;$ umount /proc$ mkisofs -R -L -V "KNOB 1.3.0" -hide-rr-moved -v /mnt/sda1/source/v3.7 | create_compressed_fs - 65536 > /mnt/sda1/master/KNOPPIX/KNOPPIX$ cd /mnt/sda1/master$ mkisofs -v -R -J -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -b boot/isolinux/isolinux.bin -c boot/isolinux/boot.cat -hide-rr-moved -o /mnt/sda1/master/knob1.3.0.iso /mnt/sda1/master

KNOBの大変なところ

パッケージの取捨選択と依存性動作確認アップデート

対決! KNOB vs. hoge

Mac OS X

買ってくれないXcodeを入れないと

Windows

Cygwinでのコンパイルは大変Linux

やっぱりインストールが大変

KNOBの将来

淡々と粛々とアップデートパッケージを増やすいろいろなKNOB

Project KNOB

http://knob.sourceforge.jp/

Download

http://knob.sourceforge.jp/pub/

Mailing List

Knob-friends ( )

Knob-friends@sourceforge.jp

Knob-dev ( )

Knob-dev@sourceforge.jp

Itoshi NIKAIDO

http://itoshi.tv/

伝えたいこと

Grasp the KNOB!

grasp1 つかむ, つかまえる (grip).

2 会得する, 理解する, わかる (understand).

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