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Bern Center for Precision Medicine (BCPM): Die ersten Schritte in die Zukunft
Erbgut Editieren– Collegium Generale, Bern, 25.09.2019
Mark A. Rubin, MD
(BCPM): Die ersten Schritte in die Zukunft
PRÄZISIONSMEDIZIN
Präzisionsmedizin ist ein personalisierter Ansatz in der modernen Medizin. Individuelle Merkmale wie genetische Prädisposition, Umweltfaktoren oder Lebensstil der Patienten werden in die Behandlung miteinbezogen.
PRÄZISIONSMEDIZIN
Die Initiative der UniversitätBern und des Inselspitalsstrebt an, dass die richtigeBehandlung zur richtigen Zeitzum richtigen Patientengelangt.
DAS VERSPRECHEN UND DIE ZUKUNFT DER PRÄZISIONSMEDIZIN
Knowledge Network
Taxonomy
Basic, Translational, & Population Sciences
Diagnose Behandlung Health Outcome
Clinical Medicine
Observational StudiesDuring clinical care (EHR)
Genau Gezielt Verbessert
Validiert
Modified From National Academy of Medicine
KREISMODELL
Anbieterdes
Gesundheitswesen
Unter-schiedliche
Populationen“Small Data”
Datendes
Patienten
DigitalePatienten-
Daten
GenomischeDaten
Forschung
PRÄZISIONSMEDIZIN
Interdisziplinäre Zusammenarbeit
MEDIZIN
MOLEKULARE BIOLOGIE
INFORMATIONS-WISSENSCHAFTEN
ETHIK & RECHT
ÖKONOMIE MATHEMATIK
Genomik
Transkriptomik
Proteomik
Metabolomik
Gesundheitsökonomie
Abläufe & Prozesse
Organisation
DatenschutzEthische Überlegungen
Krankheiten
Gesundheit generell
Human & Veterinär
Bioinformatik
Machine Learning
Datensicherheit
Wearables
Statistik
Epidemiologie
Prospektive Modellierung
Datenwissenschaften
BERNER ZENTRUM FÜR PRÄZISIONSMEDIZIN
ANBIETERDES
GESUNDHEITSWESEN
UNTER-SCHIEDLICHE
POPULATIONEN“SMALLDATA”
DATENDES
PATIENTEN
DIGITALEPATIENTEN-
DATEN
GENOMISCHE DATEN
FORSCHUNG
PRÄZISIONSMEDIZIN
Wir werden unsereExzellenzbereiche stärken, indem wir auf unsere Fakultätund unsere Mitglieder hören.
BERNER ZENTRUM FÜR PRÄZISIONSMEDIZIN: EIN SCHRITT VORWÄRTS
SMALL DATA
Wo bist Du? Wo warst Du?
Was kaufst Du?
Was suchst Du imInternet? Wann? Wie oft?
Wieviele Leutewohnen bei Dir?
Wie oft schreibst Du Emails?
WIEVIEL ANGST SOLLTEN WIR HABEN?
Netflix
BEDEUTUNG VON GENOMISCHEM DATENSCHUTZ
Das allgemeine Dilemma der genomischen Privatsphäre
� Wie kann man Risiken und Belohnungen ausgleichen?
� Aus dem Informationsaustauschkann die betroffene Person in ihrer Privatsphäre beeinträchtigtwerden, aber die Gesellschaft profitiert von der medizinischenForschung
WAS SIND DIE KOSTEN?
Krankheit Diagnose Behandlung Gewinn Kosten
F (PM)=Social and economic PM Model
Wochen
Monate
Jahre
Keine
$1000
$10,000
$100,000
$100
LERNSYSTEM FÜR DAS GESUNDHEITSWESEN
Wir schaffen ein Lernsystem für unser Gesundheitswesen, in
dem die Behandlung aktiv überwacht und stetig verbessert
wird
� Dies erlaubt uns, aktuelle Behandlungsstandards kontinuierlich zu verbessern.
� Die Verwendung von Genetik eröffnet völlig neue Wege zur Behandlung von Krankheiten
� Unser Ziel ist es, den Behandlungsplan eines Patienten so einzigartig zu gestalten, wie es auch das individuelle Genmaterial ist
� Wissenschaftliche Erkenntnisse werden direkt in die Ausbildung der ersten Generation von ÄrztInnen im Gebiet der Präzisionsmedizin einfliessen
INTERAKTIONEN
KLEINE INVESTITIONEN MIT GROSSEM GEWINN
Gleiche Therapie für Alle Pro Patient die am besten geeignete Therapie
TRADITIONELLE MEDIZIN PRÄZISIONSMEDIZIN
klinischeForschung
ForschungGrundlagenforschung
TranslationaleForschung
1,6 MillionenBrustkrebsfälle werdenjedes Jahrdiagnostiziert.300.000 haben eineHer2-Mutation
In den 1980er Jahren hatten Frauen mitHer2-Mutationen einäußerst schlechtesErgebnis
Im Jahr 2019 überlebten 85% mehrals 10 Jahre
klinischeForschung
Grundlagenforschung
TranslationaleForschung
Forschung
TranslationaleForschung
klinischeForschung
ForschungGrundlagenforschung
TranslationaleForschung
klinischeForschung
ForschungGrundlagenforschung
TranslationaleForschung
Wie wiederholen wir diesen präzisenmedizinischen Erfolg? Nicht einmal, aber oft?
WIE WIRD DIE PRÄZISIONSMEDIZIN IN DER SCHWEIZ AUSSEHEN?
PRÄZISIONSMEDIZIN: LEHREN AUS DEM FELD
Medikament Mutation Sichtbare Wirkung
Wie sieht genomische Analyse heute in der Schweiz aus?
Wie können wir den Wert der genomischenDaten in der Schweiz verbessern?
Swiss Molecular Pathology and Tumor Immunology Platform (SOCIBP)
� Hauptantragsteller: Mark A. Rubin (UniBe); Mitantragsteller: Gunnar Rätsch (ETH), George Coukos(CHUV/ UniL), Holger Moch (University Hospital ZH), Laurence de Leval (CHUV), Thomas McKee (UniGe)
� Förderperiode: 2018-2020� SPHN Förderung CHF 2 300 000.-� Hauptziele: Erstellung einer bahnbrechenden Genomik-Plattform für Datenmanagement und Datenaustausch
schweizweit, um die Komplexität therapiebedingter Resistenzen zu entwirren.
� Hauptleistung:
SPHN
U N I V E R S I T Ä T S S P I T A L : E I N H E I T L I C H E S R E P O R T I N G
WP1. Festlegen der optimalen Konfigurationfür einheitliche Genomik-Berichterstattung,
welche einen sicheren Austausch von klinischenund Forschungsdaten ermöglicht. (SIB/andere)
D A T E N A U S T A U S C H F Ü R F O R S C H U N G / K L I N I K
WP2. Harmonisierung der Formate der Schweizer einheitlichen Genomik‐Bericht‐erstattung für klinische, pathologische und wissenschaftliche Interoperabilität. (SPO und Patholink SNF)
WP3. Externe SOCIBP Standorte und Verbesserung der Benutzung/BedienerFunktionen für breitere klinische und
wissenschaftliche Konnektivität (cBioportal, SIB / SAKK/Internat.)
SPHN/PHRT Proposal from Bern, Zurich, Lausanne, and Geneva (+Liestal, etc…)
U N I V E R S I T Y H O S P I TA L U N I F O R M R E P O RT I N G
WP1. Determine optimal configuration for
uniform genomics reporting to enable reliable sharing of clinical and
research data.(SIB/Others)
DATA S H A R I N G F O R R E S E A RC H & C L I N I C A L
WP2. Harmonize Swiss uniform genomics reporting format(s) for clinical and
research interoperability. (PatholinkSNF & Onco SPHN)
WP3. Establish external SOCIBP sites and
improve use/operator features for broader clinical and research
connectivity (SIB/SAKK/Intern'l)
WES / gezielteSequenzierung
Rohdaten (*.fastq)
SOCIBP NGS vorverarbeitende Pipeline
SOCIBP NGS vorverarbeitende Pipeline
Gefilterte Varianten: SNV/ SV/ CNV (*.vcf)
SOCIBP NGS nachbearbeitende Pipeline
SOCIBP NGS nachbearbeitende Pipeline
SOCIBP NGS DATENVERARBEITUNG
StandardisierterGenomikbericht
Wir brauchen viele Daten, um zu verstehen, welchePatienten von den teuren Behandlungen profitieren
LERNSYSTEM FÜR DAS GESUNDHEITSWESEN
Wir schaffen ein Lernsystem für unser Gesundheitswesen, in
dem die Behandlung aktiv überwacht und stetig verbessert wird
� Dies erlaubt uns, aktuelle Behandlungsstandards kontinuierlich zu verbessern.
� Die Verwendung von Genetik eröffnet völlig neue Wege zur Behandlung von Krankheiten
� Unser Ziel ist es, jeden Behandlungsplan eines Patienten so einzigartig zu gestalten, wie es auch das individuelle Genmaterial ist
� Wissenschaftliche Erkenntnisse werden direkt in die Ausbildung der ersten Generation von ÄrztInnen im Gebiet der Präzisionsmedizin einfliessen
DANKE
Erste Runde – April 2019
PROJEKTAUFRUF
Next Generation Sequencing7 ProjekteBis CHF 100K für 1 Jahr
PROJEKTAUFRUF 1. RUNDE
ANDERE18
KARDIOLOGIE4
IMMUNOLOGIE4
INFEKTIONSKRANKHEITEN4
NEUROLOGIE3
ONKOLOGIE18
51 Projekteingaben Entzündungskrankheiten 3Gynäkologie 2Bevölkerungswissenschaften 2Vorgeburtliche Untersuchung 2Transplantation 2BPH 1Dermatologie 1ENT 1Hämatologie 1Ophthalmologie 1Orthopädie 1Chirurgie 1
PROJEKTAUFRUF 1. RUNDE
Disease modelling in Skin Explant Cultures (DisSECt)
Kategorie: Dermatologie
Projekt PI:Prof. Christoph Schlapbach, MD, PhDUniversitätsklinik für DermatologieUniversität Bern, Inselspital
Predictive factors of cirrhosis regression in patients with advanced chronic liver disease
Projekt PIs:Annalisa Berzigotti, MD, PhDUniversitätsklinik für Viszerale Chirurgie und Medizin, InselspitalDepartment for Biomedical Research, Universität Bern
Cédric Bovet, PhDProf. Jaime Bosch, MD, PhD Yuly Paulin Mendoza
Kategorie: Entzündungskrankheiten
High-definition personalized analysis in individual Crohn’s disease patients to define microbiota
bottlenecks
Kategorie: Immunologie
Projekt PIs:Prof. Andrew J. Macpherson, MD, PhDUniversitätsklinik für Viszerale Chirurgie und Medizin, Inselspital, Bern
Bahtiyar Yilmaz, PhD
Whole genome sequencing and single cell transcriptome analysis of pro-gestin resistance in
endometriosis
Projekt PIs:Konstantinos Nirgianakis, MDUniklinik für Frauenheilkunde,Universität Bern, Inselspital
Brett McKinnonMichael D. Mueller
Kategorie: Entzündungskrankheiten
Non-muscle invasive bladder cancer a personalized approach: defining the genomic landscape and
response to therapy
Projekt PIs:Marianna Kruithof-de Julio, PhD, PDDepartment for BioMedical ResearchUniversität Bern, Inselspital
Roland Seiler, MD, PD
Kategorie: Onkologie
Preclinical development of an adoptive T cell therapy strategy to treat patients with
non-small cell lung cancer
Projekt PIs:Sean R.R. Hall, PhDUniversitätsklinik fürThoraxchirurgieUniversität Bern, Inselspital
Prof. Eliane J. Müller, PhDGabriela M. Baerlocher
Kategorie: Onkologie
Targeting the niche of drug-tolerant tumor-repopulating cells to eradicate residual disease in breast cancer
Projekt PI:Prof. Sven Rottenberg, PhDVetsuisse-Fakultät, Universität Bern
Kategorie: Onkologie
KLEINE INVESTITIONEN MIT GROSSEM GEWINN
PROJEKTAUFRUF 2. RUNDE
1. Reproduzierbarkeit / QualitätskontrolleFörderung von bis zu 5 Projekten bis CHF 50’000 pro Projekt.
2. Zusammenarbeit / Datenintegration unterverschiedenen PlattformenFörderung von bis zu 3 Projekten bisCHF 200’000 pro Projekt
Im Juli 2019 wurde ein zweiter Projektaufruf veröffentlicht. Die BCPM-Mitglieder wählten im Rahmen eines Workshops folgende Themen:
www.stemcellsbern.ch
Joint International Meeting under the umbrella of SSCNInnovation in Clinical Bio-manufacturing
Friday June 26 2020Bern
Organoids & other specialized cell cultures
Organizing Committee Scientific Committee
BCPM SCRMTimo Staub (Lead)BCPM
Volker Enzmann (Lead)Ophtalmology, Inselspital
Stephan ChristenDBMR, Medical Faculty
Benjamin GantenbeinDBMR, Medical Faculty /Traumatology & Orthopedics, Insel
Claudia RequetaBCPM
René AeberhardDBMR, Medical Faculty / Dermatology, Insel
BCPM SCRMMark Rubin (Lead)DBMR, Medical Faculty
Eliane J. Müller (Lead)DBMR, Medical Faculty
Marianna Kruithof-de Julio DBMR, Medical Faculty
Carsten RietherDBMR, Medical Faculty / Oncology, Insel
Sven RottenbergDIP, Vetsuisse Faculty
Amiq GazdharDBMR, Medical Faculty / Pneumology, Insel
Präzisionsmedizin in Bern: Aktive Mitarbeit istentscheidend.
Das Zentrum zählt bereits 48 Mitglieder, Tendenzsteigend.
Das Zentrum wird als tragender Webgereiter fürneue Möglichkeiten und Partnerschaften agieren.
BERNER ZENTRUM FÜR PRÄZISIONSMEDIZIN
Um erfolgreich in unseremUnterfangen zu sein, braucht esZeit, Einsatz, Infrastruktur und Teamarbeit.
DIE ZUKUNFT DER PATIENTENPFLEGE IN BERN
DAS STEUERUNGSGREMIUM UND LEITUNG TEILPROJEKTE
Daniel Candinas Matthias Gugger
Daniel M. Aebersold
Anne Angelillo-Scherrer
MichaelDahlweid
AurelPerren
Carlo Largiadèr
FranziskaSprecher
Hans-Uwe Simon
DIE ZENTRUMSLEITUNG UND ADMINISTRATION
Carlo Largiadèr Rémy Bruggmann Claudia Kühni Tosso Leeb
Timo Staub
Claudia Requeta
DANKE FÜR IHRE AUFMERKSAMKEIT