BioNamesThese are some notes to kickstart discussion about "BioNames". For background on the projectsee the original proposal http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.92091

BackgroundMy goal with BioNames is "evidence based taxonomy". Each (animal) name should be linked tothe publication that made that name available. Ideally, the user should be able to read thatpublication in situ, but an external link (e.g., DOI to paper behind a paywall) is also acceptable. Inthe short term this enables users to find the original description of a taxon, in the long term it willfacilitate data mining these descriptions for trait data. By linking names to taxonomic concepts,users could also see maps, phylogenies, and images associated with the taxonomic names.In many ways the underlying goal of BioNames is not "yet another names database", but rather away to visualise a large mapping of names to literature. This mapping is incomplete, partlybecause the original source database misses many links between names and literature.BioNames is partly a tool to help find these (e.g., by displaying articles that contain the taxonname, so that users can discover the original publications themselves).

Principles

Everything is a first class citizenA key principle is that every object we care about gets equal status. Most taxonomic databasesfocus, say, on the name, and the publication is relegated to a dumb text string. I want thepublication to have the same status as the name. It has its own page which displays what weknow about that publication, with (internal) links to the containing journal, the published names,the author(s), etc. The experience should be like reading a Wikipedia page, where eachimportant concept in the article on a topic is itself linked to another Wikipedia page. The user canexplore names, publications, journals, authors, all on the same site.

DashboardI like the idea of having a Google Analytic's style dashboard for displaying information. Obviousexamples are use of a name over time (like http://synynyms.com/ but with the ability to click on atime period and see the corresponding publications), the distribution of publications over time foran author, etc.

Multiple entry pointsThere are multiple ways to get "into" the data. Search is the default, but if we have an externalidentifiers (say, a DOI) we can append that to a base URL and get the corresponding item (e.g.,the DOI 10.1016/j.ode.2007.11.004 can be used like this:

http://bionames.org/id/10.1016/j.ode.2007.11.004 to get the database record for a publication).

What's in BioNames?

First releaseThe first release needs to have taxonomic names and literature, with the ability to search byname, citation, and to display full text of a publication (where it is available and open). Thisbasically requires a simple interface to the underlying database.

Second releaseThe second step is to add taxonomic concepts so users can have a taxonomy to browse to helpnavigation and discovery. This would also enable the addition of concept­specific stuff such asmaps (GBIF), sequence­based phylogenies (NCBI), and images (EOL). This would make theinterface much friendlier and accessible, but requires that I build a mapping between taxonnames and taxon concepts (this is in progress). It also needs tools to display maps andphylogenetic trees. I have code for this.

Stories

Feature: Tell me about a taxon name  In order to learn more about a species  Users should be able to  see a summary of the name, its authorship, and thumbnail of the relevant publication.

  As a result, they have a "bibliography" for the taxon (rather like the existing feature in BHL)  but also have the "key" publication, the original description, singled out. They can then explore  those publications (wherever possible these will be in the same database).

  Scenario: See original description    Given that we know the original description of a name    When I visit the page for that name    Then I should see the original description clearly marked    And be able to read it with minimal effort    Because that's the whole point of this project!

  Scenario: See a species with an unknown original description    Given that we don't know the original description of a name    When I visit the page for that name    Then I should see clearly that we don't know the original description

    And I should se all the literature we do know about    So that I might be able to find the OD in the existing literature

  Scenario: List all literature known about a name    Given that we have multiple articles containing a name    When I visit the page for that name    Then I should see a list of all the literature containing that name    And it should be ordered chronologically    So I can attempt to find an OD if BioNames doesn't have one marked

  Scenario: See a classification    When I visit the page for a name    Then I should see it in a classification    So I know where it lies in the tree of life, and what it might be related to

  Scenario: Navigate a classification    When I visit the page for a name    Then I should be able to click higher order taxa    So I can browse around the tree of life

  Scenario: Link to other projects    Given a name has links out to EoL, ALA, and an LSID    When I visit the page for a name    Then I should see a link to its taxa page in EoL    And a link to its page in ALA    And a link to resolve its LSID    So that I can discover more information about this taxa on other sites    And make Cyndy happy

  Scenario: Link to synonyms for this name    Given a name that has synonyms    When I visit the page for this name    Then I should see links to it synonyms    So that I can find more information about this critter

NCBI classification and trees

GBIF classification and maps

Feature: Tell me about a genus  In order to explore the tree of life  Users should be able to  see and browse all the species in a genus

  In order to find missing data  Curators should be able to  visually see which species do not have an OD

  Scenario: See species    When I visit a genus page    Then I should see all the species in that genus

    So I know what's available to me

  Scenario: Browse species    When I click on a species    Then I should be taken to that species' page    So I can see the OD and other information on the name

  Scenario: Visualize missing data    As a curator    When I visit a genus page    Then I should see the OD or lack thereof for all species    So I can spot species that still need their ODs identified

  Scenario: See a classification    When I visit the page for a genus    Then I should see it in a classification    So I know where it lies in the tree of life, and what it might be related to

  Scenario: Navigate a classification    When I visit the page for a genus    Then I should be able to click higher taxa    So I can browse around

Feature: Tell me about a family or higher­order taxa  In order to explore the tree of life  Users should be able to  see and browse the children of this taxon

  In order to find missing data  Curators should be able to  visually see what percentage of children have ODs

  Scenario: See children    When I visit a high­level taxon page    Then I should see all the species in that genus    So I know what's available to me

  Scenario: Browse child

    When I click on a child    Then I should be taken to that child's page    So I can see the information about the child

  Scenario: Visualize missing data    As a curator    When I visit a high­level taxon page    Then I should see a visual representation of how many species in each child have ODs    So I can spot species that still need their ODs identified

  Scenario: See a classification    When I visit the page for a higher­taxon    Then I should see it in a classification    So I know where it lies in the tree of life, and what it might be related to

  Scenario: Navigate a classification    When I visit the page for a higher­taxon    Then I should be able to click higher taxa    So I can browse around

Feature: Tell me about a publication  In order to read about a species, including its OD  Users should be able to  see the text of the publication in their browser  and be able to navigate to the journal, names contained, and author

  Scenario: Read a publication    Given a publication with an accessible digital copy    When I visit the page for a publication    Then I should see the scans in my browser    So I can read the text and do my work

  Scenario: Visit a publication behind a paywall    Given a publication locked up behind a paywall    When I visit the page for a publication    Then I should see a link to where I can view the text    So I can read the text

  Scenario: See all names in a publication    When I am reading a publication with species names mentioned    Then I should see all the names aggregated into one place    And I should be able to click on them to visit that name page    So I can explore species related to ones I was looking at

  Scenario: See the name originally described    Given an original description    When I'm reading that publication    Then I should see the originally­described name    And it should be specially­marked    Because ODs are ultimately what Bionames is all about

  Scenario: View citation information    When I'm reading a publication    Then I should be able to copy­and­paste a citation to it    And the citation is available in varying format styles    So I'm encouraged to cite it in my work

  Scenario: Visit external resources    Given a publication with external identifiers    When I'm viewing that publication    Then I should be able to click the identifiers and be taken out to their respective projects(Biostor, BHL, DOI resolver, etc)    So that our collaborators get more traffic

  Scenario: Browse all pubs by the authors    When I'm viewing a publication    Then the authors should be listed    And I should be able to click them to see their other pubs    So that I can explore related works and learn something new

  Scenario: Browse all pubs in journal    When I'm viewing a publication    Then I should see the journal it was published in    And I should be able to click on it to see its other pubs    So that I can get a big overview of potentially related publications

Feature: Tell me about an author  In order to discover more work by an author  Users should be able to  See and explore a summary of an author's output  eg publications, taxon names.

  Scenario: See all articles by an author    When I visit an author's page    Then I should see all the articles published by them    So that I can explore publications relevant to my interests

  Scenario: Group articles by Journal    When I visit an author's page    Then I should be able to slice and dice their publications    So that I can find what I'm looking for, or what may interest me

  Scenario: See all taxon mentioned by an author    When I visit an author's page    Then I should see all the taxa mentioned by them in print    So that I can see their area of expertise and explore taxa related to those I'm interested in

(you can see this live at http://iphylo.org/~rpage/afd/author/Distant%2CW+L). A nice thing abouttreemaps is you can quickly see gaps (e.g., publications that haven't been linked to their digitalequivalent).

Feature: Tell me about a journal  In order to get a big overview of publications  Users should be able to  browse articles by journal

  Scenario: See all the articles published in a journal    When I visit a journal page    Then I should see all the articles published in it    So that I can explore publications relevant to my interests

  Scenario: Refine the articles list    When I visit a journal page    Then I should be able to refine the list of articles by date and so forth    So that I can reduce the number of things on­screen to just what I may be interested in

  Scenario: Visualize publication trends    When I visit a journal page    Then I should be able to see the publication trends through time

    So that I have a rough idea of whether this journal is  relevant to what I'm looking forFeature: Full search  User treats site like Google and just types in a query (e.g., "homonym replacement name").  They get a list of publications that match the query, e.g.:

The search results show a thumbnail of the publication, and also the names in each publication(as "tags"). You can go to the publication, or click on the name.

Feature: Give me an overviewThere are various overviews that could be displayed to give people insight into the state oftaxonomy. For example, here is a bubble diagram of the numbers of names published in eachjournal, showing how Zootaxa dominates the landscape:

We could also display timelines for taxa, e.g within a genus what is the cumulative rate ofdescription of species:

Feature: Export data to EoL  We will export our data, including the original descriptions for species, to the Encyclopedia ofLife using a DwC­A.

Technology

DatabaseThe database is the JSON­based document store CouchDB. The data will be hosted athttp://cloudant.com, which means I don't have to manage a server, and interested users couldgrab the entire database.The actual data is currently in a MySQL database where it is being cleaned and linked. I havescripts for generating JSON documents from this database, which are then sent to theCouchDB database.

Web interfaceThe prototypes are currently a mixture of PHP and Javascript. The bulk of the database queryingcomprises simple PHP wrappers around calls to the CouchDB API. Very crude HTML templatesare then populated with Javascript functions which generate the web pages.