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DOCUMENT DIVERS 005 DD-GEN 019 03 09/12/2016 09/12/2019

MANUEL DE PRELEVEMENT DU LABORATOIRE D'ONCOGENETIQUE

EMETTEUR : GENETIQUE ONCOLOGIQUE

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Laboratoire de Génétique Oncologique

Numéro d’autorisation 760000166

Rédigé par : Pascaline Etancelin, oncogénétique_médecin/biologiste Approuvé par : Dominique Penther, oncogénétique_médecin/biologiste Elodie Marc, oncogénétique_cadre de département biopathologie Sandrine Tison, oncogénétique_technicienne principale, RAQ Christian Bastard, oncogénétique_chef de département biopathologie


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Sommaire

1 Présentation du laboratoire ............................................................................................................... 3

2 L’accueil au laboratoire ...................................................................................................................... 4

3 Un manuel de prélèvement, dans quel but ? ..................................................................................... 5

3.1 Renseignements du bon d’examen / Formulaire de consentement à la conservation des

échantillons ........................................................................................................................................... 6

3.1.1 Identification du patient ....................................................................................................... 6

3.1.2 Identification de la demande d’examen ............................................................................... 6

3.1.3 Identification du prélèvement ............................................................................................... 7

3.2 Les prélèvements ....................................................................................................................... 8

3.2.1 Précautions standards pour les actes de prélèvements ....................................................... 8

3.2.2 Spécificités liées au secteur concerné ................................................................................. 9

3.2.3 Différents types de prélèvements ...................................................................................... 10

3.3 Transport .................................................................................................................................. 11

3.3.1 Hygiène et sécurité............................................................................................................ 11

3.3.2 Transport ........................................................................................................................... 11

4 Critères d’acceptation des prélèvements ......................................................................................... 12

5 Politique du laboratoire concernant la protection des données personnelles ................................... 12

6 Procédure de réclamation ............................................................................................................... 12

7 Conseil clinique ............................................................................................................................... 12

ANNEXE 1 : Liste des examens de biologie moléculaire ................................................................... 13

ANNEXE 2 : Liste des examens de cytogénétique ............................................................................. 18


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Le Laboratoire de Génétique Oncologique

1 Présentation du laboratoire

Le laboratoire de Génétique Oncologique fait partie du Centre Henri Becquerel depuis 1998. Il regroupe deux unités : le laboratoire de Biologie Moléculaire et le laboratoire de Cytogénétique. Il a plusieurs missions parmi lesquelles, on distingue : -une activité de routine qui a un rôle clé dans le diagnostic et le suivi des hémopathies malignes -une activité de routine en cancérologie solide (sein, thyroïde) -une activité de recherche : le laboratoire travaille en étroite relation avec les unités de recherche du Centre Henri Becquerel.

Depuis 2012, le laboratoire de Génétique Oncologique s’intègre dans le Département de Biopathologie du Centre Henri Becquerel au même titre que le laboratoire de Biologie Clinique et le laboratoire d’Anatomopathologie.

L’interaction forte et la proximité géographique entre le secteur de Cytogénétique, le secteur de Biologie Moléculaire et le laboratoire d’Anatomocytopathologie jouent un rôle déterminant dans l’efficacité diagnostique des hémopathies malignes et des autres types de cancers.

Les prélèvements traités par le laboratoire de Génétique Oncologique proviennent du

Centre Henri Becquerel (CHB) pour une grande part, du Centre Hospitalo-Universitaire de Rouen, mais également de l’ensemble des hôpitaux et cliniques de la région Haute-Normandie puisque le laboratoire de Biologie Moléculaire est l’une des plateformes subventionnées par l’Institut National du Cancer (INCA). D’autres laboratoires sont également amenés à envoyer des examens (CHU de Caen, d’Amiens,…).

Le laboratoire centralise ainsi différents types de prélèvements : -prélèvements sanguins -prélèvements médullaires -biopsies (ganglionnaires, …) -liquides de ponctions (pleural, liquide céphalo-rachidien, ascite…)

Enfin, depuis plusieurs années, le laboratoire s’est engagé dans une démarche volontaire d’amélioration de la qualité dans le cadre de la démarche d’accréditation COFRAC notamment pour les technique de détection et de quantification de plusieurs transcrits et mutation, d’une part, et pour la réalisation des caryotypes standards et de la FISH métaphasique, d’autre part.


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2 L’accueil au laboratoire

Coordonnées du laboratoire

Biologie moléculaire : 02 32 08 25 79

Cytogénétique : 02 32 08 25 80 Fax : 02 32 08 25 66

@ : [email protected]

Laboratoire de Génétique Oncologique Centre Henri Becquerel

Rue d’Amiens 76 038 ROUEN Cedex

Les horaires d’ouverture

Du lundi au vendredi de 9h à 17h30 (Permanence technique et biologique jusqu’à 18h)

Les prélèvements destinés au laboratoire de Génétique Oncologique sont réceptionnés au secrétariat du laboratoire de Biologie Clinique de 8h30 à 17h30.

Secrétariat du laboratoire de Biologie Clinique

Centre Henri Becquerel Rue d’Amiens

76 038 ROUEN Cedex


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3 Un manuel de prélèvement, dans quel but ?

Le manuel de prélèvement définit les conditions relatives aux prélèvements (identification,

demande d’examens, prélèvement et acheminement du prélèvement).

Ce document est mis à dispositions de l’ensemble des partenaires du laboratoire de Génétique Oncologique (médecins cliniciens, biologistes des autres établissements de soins, internes, externes, personnel infirmier…) dans le but de définir les règles garantissant un traitement pré-analytique optimal.

Le manuel de prélèvement est disponible sur le site intranet du Centre Henri Becquerel (>Les services > Laboratoires d'analyses / Pharmacie > Biologie Moléculaire et Cytogénétique), mais également sur le site internet du CHB (http://www.becquerel.fr/ : espace professionnel > connectez-vous > identifiant et mot de passe = laboratoire) il est également disponible sur simple demande auprès du laboratoire.

Chaque prescription d’analyse médicale doit être analysée avant la réalisation du prélèvement afin de prélever la quantité de matériel nécessaire et suffisante pour la réalisation de l’ensemble des examens prescrits.

Le prélèvement doit être impérativement accompagné d’un bon d’examen dûment rempli et du consentement patient pour la conservation des échantillons (IM-LAB 008). Le laboratoire de Génétique Oncologique dispose de deux bons d’examens disponibles sur papier ou sur le système informatique du Centre Henri Becquerel (pour les prélèvements internes au CHB) (IM-GEN022 pour la Biologie Moléculaire et IM-GEN 023 pour la Cytogénétique). Un remplissage incomplet pourra conduire au refus d’un prélèvement le cas échéant.

Les bons d’examens doivent comporter différentes informations obligatoires et indispensables au traitement de l’échantillon, mais également à l’interprétation et à la validation biologique des résultats.

http://srv-ennov.chb.local/eDoc/actions/redirect?method=attachment&ref=IM-LAB%20008&datasource=psprod&workspace=intranet

http://srv-ennov.chb.local/eDoc/actions/redirect?method=attachment&ref=IM-GEN%20022&datasource=psprod&workspace=intranet




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3.1 Renseignements du bon d’examen / Formulaire de consentement à la conservation des échantillons

3.1.1 Identification du patient

L’identification du patient est fondamentale. La concordance entre la prescription médicale et le patient à prélever doit être obligatoirement vérifiée (nom de naissance, nom marital, prénom, date de naissance et numéro de dossier).

La procédure générale du Centre Henri Becquerel PG-QUA 011 intitulée « identitovigilance au CHB » rappelle que « pour vérifier correctement l’identité d’un patient, il faut lui demander de décliner ses noms, nom de jeune fille le cas échéant, prénoms et sa date de naissance. Cette vérification doit normalement être assurée à toutes les étapes diagnostiques et thérapeutiques de la prise en charge du patient. Certaines de ces vérifications doivent être tracées dans le dossier. »

Le statut du patient doit figurer sur le bon d’examen (consultant, hospitalisé ou externe). Pour les patients extérieurs au CHB, les données de sécurité sociale et de mutuelle doivent figurer sur le bon d’examen ou joints sous forme de liasse de soins. L’absence de ces données peut induire une facturation des examens erronée.

Une étiquette du patient ou une étiquette du système de gestion du laboratoire doit être apposée sur chaque tube prélevé.

IMPORTANT Comme la traçabilité des échantillons doit être parfaite (exigence de la norme NF EN ISO

15189:2012), le laboratoire ne peut accepter et traiter des échantillons qui ne sont pas correctement identifiés. Les échantillons doivent être traçables jusqu’à un individu identifié. Toute discordance ou absence d’information conduit à une procédure de prélèvement non-conforme, voire au renvoi de la demande.

3.1.2 Identification de la demande d’examen

Les bons d’examens sont disponibles sur le site intranet du Centre Henri Becquerel (>Les services > Laboratoires d'analyses / Pharmacie > Biologie Moléculaire et Cytogénétique), mais également sur le site internet du CHB (http://www.becquerel.fr/ : espace professionnel > connectez-vous > identifiant et mot de passe = laboratoire)

- Apposer sur la ou (les) feuille(s) de demandes l’étiquette identifiant le patient devant comporter au minimum le nom, le prénom, le nom de jeune fille, la date de naissance, le sexe

http://srv-ennov.chb.local/eDoc/actions/redirect?method=attachment&ref=PG-QUA%20011&datasource=psprod&workspace=intranet


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- Identifier le prescripteur (prénom et nom complet du prescripteur). - Identifier le préleveur (identifiant CHB ou nom complet du préleveur) et préciser sa qualité professionnelle.

Les informations relatives au prescripteur et au préleveur sont essentielles pour connaitre le destinataire du compte-rendu et pour contacter le préleveur si le prélèvement n’est pas conforme. Il s’agit là encore d’une exigence de la norme NF EN ISO 15189:2012.

En cas de prescripteur extérieur au CHB, l’adresse et le numéro ADELI du prescripteur sont essentiels afin d’orienter le compte-rendu des résultats vers le prescripteur et de contrôler les paramètres de facturation. Ces données permettent également de contacter le prescripteur en cas de nécessité (précisions cliniques…).

- Indiquer la date et l’heure du prélèvement - Préciser le type d’échantillon primaire (moelle, sang, type de biopsie…) - Indiquez précisément la nature des examens prescrits ainsi que la notion de diagnostic initial ou de suivi. - Indiquer tout renseignement clinique pertinent permettant une bonne prise en charge de la prescription. - Joindre le formulaire de consentement à la conservation des échantillons (IM-CHB 002) également disponible sur intranet CHB et le site internet) dument rempli pour la première prescription. - La notion d’urgence (ex : bilan de leucémie aigue) doit être justifiée et mentionnée sur le bon d’examen de Biologie Moléculaire et de Cytogénétique.

3.1.3 Identification du prélèvement

L’étiquetage des échantillons doit se faire au lit du malade ou en présence du patient après une vérification de l’identité de celui-ci. Toute identification a posteriori doit être bannie pour limiter les erreurs d’identitovigilance.


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3.2 Les prélèvements

3.2.1 Précautions standards pour les actes de prélèvements

Ces précautions sont à appliquer pour tous les patients, pour tout produit biologique, et

pour tout matériel souillé de liquide biologique. Les actes de prélèvements ne peuvent être réalisés que par du personnel habilité (fonction, diplôme ou certificat).

Les principales étapes de prélèvements sont les suivantes : Friction des mains par une solution hydro-alcoolique, avant et après chaque soin ou

chaque acte technique. Les plaies du préleveur doivent être pansées.

Le port des gants est fortement recommandé, tant pour la protection des patients, que pour la protection des soignants

Etiqueter les tubes au lit du patient ou dans la cabine de prélèvement

Ne jamais recapuchonner une aiguille

Après le prélèvement, jeter l’aiguille et le corps de pompe sans les désadapter, dans le conteneur adapté

Au moment du dépiquage, activer la sécurité des épicrâniennes, tout objet piquant ou tranchant doit être jeté immédiatement dans les conteneurs DASRI ainsi que tout matériel souillé.

Les emballages sont assimilés aux déchets ménagers et doivent être jetés dans les poubelles classiques.

Les containers à DASRI (Déchets d’Activités de Soins à Risque Infectieux) doivent comporter le nom de la personne les ayant mis en service ainsi que la date de mise en service. Ils doivent être éliminés 48h après leur ouverture et ne doivent pas être remplis au-delà de la limite de remplissage.

Séparer les feuilles d'examens des prélèvements (pochette plastique), afin d’éviter tout risque de contamination du personnel déballant les pochettes.

En cas de piqûre ou de coupure accidentelle, appliquer immédiatement la « Procédure en cas d’accident exposant au sang, DD-MTR 001 » définie par le Médecin du travail de l’établissement. La déclaration d’accident du travail est à faire rapidement, mais la priorité est de traiter la plaie et consulter le médecin du travail.

Les imprimés de demandes d’examens sont à remplir systématiquement et exhaustivement : identité du patient (avec étiquette), date et heure de prélèvement, identifiant du préleveur et du prescripteur (médecin ou services de soins), renseignements cliniques en relation avec les examens demandés.

http://srv-ennov/eDoc/actions/redirect?method=attachment&ref=DD-MTR%20001&datasource=psprod&workspace=intranet


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3.2.2 Spécificités liées au secteur concerné

Laboratoire de Biologie Moléculaire

Les prélèvements destinés au laboratoire de Biologie Moléculaire doivent être prélevés dans des tubes EDTA (bouchons violets) (sauf les sérothèques pour les leucémies lymphoïdes chroniques (LLC) qui nécessitent le prélèvement d’un tube neutre). Les prélèvements doivent être conservés entre 15 et 37°C.* *Recommandations (annexe 8) du Groupe des Biologistes Moléculaires des Hémopathies malignes de janvier 2014. Laboratoire de Cytogénétique

Les prélèvements destinés au laboratoire de Cytogénétique sont à prélever dans les flacons de caryotypes.

Les flacons de caryotype contiennent un milieu de transport de couleur rose. Ils sont préparés directement par le personnel du laboratoire de Cytogénétique et sont munis d’une étiquette indiquant la date de fabrication et la date de péremption du flacon. Celle-ci doit être respectée en raison d’un risque de contamination bactérienne du prélèvement qui empêcherait la culture des cellules. Les flacons de caryotype non utilisés à réception doivent être conservés au frigo (5°C +/-3°C), puis entre 15 et 37°C après prélèvement.

Date de péremption Ne pas coller l’étiquette patient sur l’étiquette de suivi de lot SVP


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3.2.3 Différents types de prélèvements

3.2.3.1 Prélèvements sanguins

En cas de prélèvements avec une tubulure, celle-ci doit être purgée avant de prélever les tubes nécessaires aux examens demandés. La quantité de sang nécessaire varie en fonction du type d’examen (cf annexes). La réussite des extractions d’ARN ou d’ADN dépend principalement de la richesse cellulaire des prélèvements et du respect des délais d’acheminement au laboratoire.

3.2.3.2 Prélèvements médullaires

Le prélèvement médullaire est un acte médical. Les premières gouttes de moelle doivent être étalées sur lame en verre afin de permettre un examen cytologique du prélèvement. Ces lames sont acheminées en cytologie au service d’Hématologie biologique du centre hospitalier concerné.

La seringue est ensuite branchée à nouveau sur le trocart ou sur l’aiguille de ponction et permet le prélèvement d’un volume plus important de moelle. Pour les analyses de biologie moléculaire, il est nécessaire de prélever environ 3mL. Pour les deux types d’analyses (biologie moléculaire ou cytogénétique), la réussite des examens dépendra, là-encore, de la richesse cellulaire du prélèvement.

3.2.3.3 Biopsies

Les ponctions biopsiques sont des actes médicaux. Les biopsies sont introduites dans un flacon à caryotype. Le laboratoire de Cytogénétique transmettra alors directement la biopsie au laboratoire de Biologie Moléculaire.

3.2.3.4 Liquides divers

Différents liquides peuvent être prélevés afin de préciser un diagnostic : liquide céphalo-rachidien, pleural, ascite…

Ces prélèvements doivent être introduits directement dans un tube EDTA (laboratoire de Biologie Moléculaire) ou dans un flacon de caryotype (laboratoire de Cytogénétique).

Cas particuliers des cytoponctions de thyroïde : le liquide de rinçage (sérum physiologique) des aiguilles est introduit dans un tube eppendorf et acheminé le plus rapidement possible au laboratoire.


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3.3 Transport

3.3.1 Hygiène et sécurité

Tous les tissus biologiques sont considérés comme potentiellement infectieux, il faut donc appliquer les mesures préventives standards selon l’accord européen relatif au transport des marchandises dangereuses par route (DE-GEN 047 et DE-GEN 048)

Les flacons et tubes doivent être hermétiquement fermés et propres pour le transport ;

placés dans un sachet plastique compartimenté permettant de séparer le bon d’examen de l’échantillon.

Le coursier ne fait qu’apporter les prélèvements pré-emballés par le personnel du service

qui a réalisé le prélèvement. Afin d’éviter toutes manipulations par le coursier et prévenir tout risque de contamination, la prise en charge des prélèvements est effectuée au secrétariat du laboratoire de Biologie Clinique pour l’enregistrement des dossiers, puis par le personnel technique du laboratoire de Génétique Oncologique pour le traitement pré-analytique des échantillons.

3.3.2 Transport

Les prélèvements doivent être conservés entre 15 et 37°C, jamais à 4°C (risque de destruction des cellules). Ils doivent parvenir au laboratoire le plus rapidement possible (délai recommandé inférieur à 24H, afin de limiter au maximum la destruction des cellules).

Il est de la responsabilité du prescripteur de mettre en place les dispositions nécessaires au

respect de ces recommandations. En cas de météorologie extrême (froid ou chaud) un container adapté doit assurer ces conditions.

Les pochettes de transport des prélèvements destinées au laboratoire de Génétique Oncologique sont en plastique de couleur jaune. Il ne doit y avoir qu’un seul type de prélèvement et un seul bon par sachet (cytogénétique et biologie moléculaire ne doivent pas être mélangés, sang et moelle ne doivent pas être mélangés)

L’ensemble des prélèvements est réceptionné au secrétariat du laboratoire de Biologie Clinique, rue d’Amiens où les dossiers patients seront enregistrés par les secrétaires dans le système de gestion du laboratoire.

Les coursiers du Centre Henri Becquerel effectuent 4 à 5 courses par jour : 9h30, 11h45, 15h, 16h20 (et 16h50 lorsque l’effectif le permet) ; et transportent les prélèvements du secrétariat de Biologie Clinique vers le laboratoire de Génétique Oncologique.


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4 Critères d’acceptation des prélèvements

Au delà du caractère précieux et unique des prélèvements traités, le laboratoire est soumis aux exigences réglementaires et normatives de tout laboratoire de biologie.

Le laboratoire a fait le choix d’accepter un certain nombre de demandes avec des non

conformités mineures, mais se réserve le droit de les refuser en cas de non-conformité majeure ou de redondance.

Toute non-conformité sera enregistrée et apparaitra sur le compte rendu final.

5 Politique du laboratoire concernant la protection des données

personnelles

Le laboratoire applique les règles de confidentialité et de protection des accès mises en place au sein du Département de Biopathologie et plus largement au sein du Centre Henri Becquerel.

6 Procédure de réclamation

Le laboratoire reçoit et traite toute réclamation reçues qu’elles soient orale, par courrier ou

par mail. (En interne au CHB, possibilité d’utiliser l’imprimé de réclamation IM-LAB 002) Des enquêtes de satisfaction sont par ailleurs réalisées périodiquement afin d’identifier les

axes d’amélioration qu’il serait possible de mettre en place.

7 Conseil clinique

Les praticiens du laboratoire sont à votre disposition pour tout conseil clinique concernant la prescription et l’interprétation des résultats d’examens.

Dr Bastard : 02 32 08 25 76

Dr Etancelin : 02 32 08 29 75 Dr Penther : 02 32 08 25 12

http://srv-ennov.chb.local/eDoc/actions/redirect?method=attachment&ref=IM-LAB%20002&datasource=psprod&workspace=intranet


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ANNEXE 1 : Liste des examens de biologie moléculaire

Concernant les bilans de biologie moléculaire, il est indispensable de respecter les consignes exposées dans le tableau ci après. Les contenants autorisés sont les tubes EDTA (bouchons violets).

Seules les sérothèques LLC sont réalisées sur tubes neutres / secs (bouchons rouges). Pour une prise en charge optimale des syndromes myéloprolifératifs, merci de bien vouloir remplir la fiche de renseignements complémentaires pour la prise en charge des syndromes myéloprolifératifs (IM-GEN 094) disponible sur intranet et sur internet. Cette fiche permet de compléter les examens en fonctions des indications. Méthodes utilisées : Le suivi du chimérisme peut être réalisé soit par PCR quantitative en temps réel (chimie Taqman) soit en PCR point final en fonction de la quantité et/ou de la qualité de l’ADN obtenu à partir du prélèvement. Les détections de transcrits de fusion au diagnostic sont réalisées soit par PCR quantitative en temps réel (chimie Taqman) soit en PCR point final. Les quantifications de transcrits de fusion dans le cadre du suivi de maladie résiduelle sont réalisées par PCR quantitative en temps réel (chimie Taqman). La recherche de duplication FLT3-ITD est réalisée en PCR point final. Le ratio FLT3 muté / FLT3 sauvage est quantifié en analyse de fragment. La recherche de mutation JAK2 V617F est réalisée par PCR point final multiplexe. Les quantifications de mutations JAK2-V617F, de certains types de mutations NPM1 et de l’expression de WT1 sont réalisées par PCR quantitative en temps réel (chimie Taqman). La recherche de clonalité IGH – TCR est réalisée en analyse de fragments. Toutes les autres mutations sont recherchées par séquençage méthode Sanger ou par séquençage nouvelle génération.


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Suivi de greffe

Bilan Pré Allogreffe Receveur – BANQUE ADN

Au moins 20ml de SANG /

Bilan Pré Allogreffe Donneur – BANQUE ADN

Au moins 20ml de SANG /

CHIMERISME Post Allogreffe

standard 10ml de SANG 7j (+/- 1sem)

trié 30 ml de SANG Le matin

Tout chimérisme trié reçu le vendredi après 14h ne pourra être traité

7j (+/- 1sem)

INDICATION PRELEVEMENT Délai de Réponse hors protocole et

urgence

LMC / Autre Syndrome Myéloprolifératif

Transcrit BCR-ABL t(9;22)

10ml de SANG et/ou MOELLE

7j (+/- 1sem)

Mutation ABL 15j (+/- 1 sem)

Mutation V617F de JAK2

10ml de SANG et/ou MOELLE

7j (+/- 1sem)

Mutation JAK2 - EXONS 12 à 15 1 mois

Mutation MPL 10ml de SANG 1 mois

Mutation exon 9 de CALR *si renseignements cliniques

10 ml de SANG 15j (+/- 1sem)

Quantification de la mutation V617F du gène JAK2

10mL de SANG (prescription argumentée) 1 mois

Mutations CSF3R, SETBP1… 10mL de SANG (prescription argumentée) 1 mois

Lymphomes non hodgkiniens

Réarrangement BCL2-JH t(14;18)(q32;q21)

10 ml de SANG

et/ou MOELLE

et/ou biopsie ganglionnaire

15j (+/- 1sem) Réarrangement BCL1-JH t(11;14)(q13;q32)

Hyper Expression Cycline D1 7j (+/- 1sem)

Plasmathèque CHB /

Mutations RHOA, FYN 15j (+/-1 sem)

Clonalité IgH-TCR 15j (+/- 1sem)

LLC

QMPSF 20 ml de SANG 15j (+/- 1sem)

Statut mutationnel IGVH

Sérothèque CHB 10 ml de SANG : tubes neutres 7j (+/- 1sem)

Mutations TP53 20 ml de SANG 1 mois


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LAM

Duplication FLT3 MOELLE

Ou 10 mL de sang si blastose sanguine 7j (+/- 1sem)

Transcrit PML-RAR t(15;17) 10 mL de SANG

et/ou MOELLE

Transcrit AML1-ETO t(8;21)

Transcrit CBFB-MYH11 inv(16)

Mutations gènes CEBPA, NPM1, FLT3

MOELLE

Ou 10 mL de sang si blastose sanguine

15j (+/- 1 sem)

Quantification de la mutation NPM1 (A, B, D)

15j (+/- 1 sem)

Quantification du ratio FLT3 muté sur FLT3

15j (+/- 1 sem)

Mutation KIT (LAM du groupe CBF)

15j (+/- 1 sem)

Panel myéloïde (séquençage de régions hotspots de

19 gènes) 1 mois

Expression de WT1 10mL de sang (toujours préférer le sang : expression physiologique dans la moelle)

7j (+/- 1sem)

LAL

Transcrit BCR-ABL t(9;22)

10ml de SANG

et/ou MOELLE

7j (+/- 1sem)

Transcrit PBX1-E2A t(1;19)

Transcrit MLL-AF4 t(4;11)

Transcrit TEL-AML1 t(12;21)

Transcrit SIL-TAL del(1p)

Hyper Expression HOX11L2

Transcrit TCF3-HLF t(17;19)

Mutations des LAL-B (IKZF1) et LAL-T (NOTCH1, PTEN, RAS)

10ml de SANG

et/ou MOELLE 15j (+/- 1sem)


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DIVERS

Mutation STAT3 (leucémie à grands lymphocytes)

20 ml de SANG : demander expressément un tri de cellules CD8+ et joindre le résultat

d’immunophénotypage 15j (+/- 1 sem)

Mutation c-KIT D816V (mastocytose)

10ml de SANG

et/ou biopsie de peau 1 mois

Transcrit FIP1L1-PDGFRA 10ml de SANG ou moelle 15j (+/- 1sem)

Mutation BRAF V600E (leucémie à tricholeucocytes)

10 ml de sang ou moelle 15j (+/- 1 sem)

Mutations ASXL1, TET2, DNMT3A (SMD)


Myélodysplasies Banque ADN

10ml de SANG ou moelle /

Myélome Banque ADN

10ml de SANG ou moelle /

Maladie de Waldenström (mutation MYD88 L265P)


BIOPSIE Flacon à caryotype /

BRAF V600E, cancers de la thyroïde Biopsie / cytoponctions 7j (+/- 1sem)


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Les délais de rendus de résultats sont donnés à titre indicatif, tout échantillon peut être traité en

urgence en fonction du contexte clinique et sur prescription argumentée (exemple : leucémies aigues).

Tout ajout d’analyse complémentaire peut être réalisé sans conditions de délais, sous réserve d’une

quantité et d’une qualité suffisantes du matériel extrait (ARN ou ADN), en accord avec le praticien du secteur concerné.

Enfin, certaines analyses rares ne figurant pas dans ce manuel peuvent être demandées : le

clinicien doit alors se mettre directement en relation avec le praticien du secteur de Biologie Moléculaire.

Examens rares, sur prescription

Lymphome de MALT t(11;18), AP12-MALT

10 ml de SANG


Lymphome de MALT t(11;20), NML-EBI

10 ml de SANG


Lymphome anaplasique à grandes cellules

t(2;5), NPM-ALK

10 ml de SANG


LA selon caryotype t(11;19), MLL-ENL

10 ml de SANG


LAM3 variant t(11;17), RARa-PLZF

10 ml de SANG


Protocoles Recherche Clinique Se référer aux fiches protocoles pour la

préparation des échantillons

Envoi par l’unité de Recherche

clinique


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ANNEXE 2 : Liste des examens de cytogénétique

Méthodes utilisées : Les caryotypes standards sont réalisés en bandes R. La FISH est réalisée en méthode AQUARIUS.

Caryotype standard

Flacon de caryotype Au moins 5ml de sang ou Moelle

Hybridation Fluorescente In Situ (FISH)

Hybridation Fluorescente In Situ sur Myelome trié

Le délai moyen de rendu d’un caryotype standard est de 21jours. Les délais de rendus de résultats pour les urgences sont inférieurs à 72h, jours ouvrables (pour les

leucémies aigues notamment). Tout échantillon peut être traité en urgence en fonction du contexte clinique et sur prescription argumentée.

Tout ajout d’analyse complémentaire de FISH peut être réalisé sans conditions de délais, sous

réserve d’une quantité et d’une qualité suffisantes du culot de cytogénétique, en accord avec le praticien du secteur concerné.

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