Transcript
Page 1: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

We analyzed highly pathogenic avian infl uenza

A(H5N1) viruses isolated from humans infected in Egypt

during 2007–2011. All analyzed viruses evolved from the

lineage of subtype H5N1 viruses introduced into Egypt in

2006; we found minimal evidence of reassortment and no

exotic introductions. The hemagglutinin genes of the viruses

from 2011 formed a monophyletic group within clade 2.2.1

that also included human viruses from 2009 and 2010 and

contemporary viruses from poultry; this fi nding is consis-

tent with zoonotic transmission. Although molecular mark-

ers suggestive of decreased susceptibility to antiviral drugs

were detected sporadically in the neuraminidase and matrix

2 proteins, functional neuraminidase inhibition assays did

not identify resistant viruses. No other mutations suggesting

a change in the threat to public health were detected in the

viral proteomes. However, a comparison of representative

subtype H5N1 viruses from 2011 with older subtype H5N1

viruses from Egypt revealed substantial antigenic drift.| } ~ � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � | � � � � � � } � � � � � � � � � � | � } � � � � � � � } � � �� � � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � � �� | � � � � � � � � } � � � � � � } � � � � � � � � �   � � } � � � } � � � } � � � � � � � � � �

� � � } � � � � � � � � � � � � ~ � � � | � � �   } �   � | � � � } � � � � � � � � � � � � ¡ � ¢ � �� � � � } � � � � � � � � � � � � � � | � � � � £ � � } � � } � � } � � � � � � | � } � � � �¤ � ~ � | � � � ¥ ¦ ¦ § � � � � � � � � � � � ¥ ¦ ¦ § � } � � £ � � } � | � � � � � � � �  } � � � � � � � � } � � } � � � ¨ � ¢ © | � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � �~ � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � } � � � � � � � �� � � � � � } � � } � � } � | ~ } � � � � � � � � � � | � � � � � � � ~ � ~ � � } � � � �  � � � } � � } � � � � � } ~ � � � � � ~ � � � � � � � � � } � � � � � � � } � � ª � � � � � �« � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � ¬ � ­ � � | ~ � � � � � ® � � � � � � } � � � � � �� � ¥ ¦ ¦ � � ¯ � ¢ � � � � � � � � � � } � � � � � � | } � � � � � � | ~ } � � � � � � �� � � | � � � � � � � � � } � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � ° � � |  � � � � � � � � | � � } � � � � � � � � � � ¥ ¢ ¥ � � � | � � � � � � � | � } � � � � � � � � � } � � �� � � } � � � � | ~ } � � � � � � � � � � | � � � � � � ~ � � � � � } � � � | � � � � ± � ¢© | ~ � � ² | � � } � � � � } � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � ¥ ¢ ¥ � � � � � � � |  } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � | � } � � � � � � � � } � � � }� � � � � � � � � } � � � � � | � � � � � � � � } � � � � � � � ¥ ¢ ¥ ¢ � � � � � � � � � � � � �  � } � � � � � � � � � � � � � } � � � � | � } � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � £ � �� � � } � � � � � | � � � � � � � � � � � � � ¥ ¢ ¥ ¢ � ¢ � � � � � � � � � � � � } � � � � | � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ± ³ ´ � ¢� � ¥ ¦ � � � � } � } � � � � µ ¶ � | � � � � � � � � � � � | ~ } � � � � � � � � �  � � � } � � � � � � � � � � � � } � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � } · � } �  } � � � � � � ¸ � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � | � � � � ¥ ¦ ¦ § ³¥ ¦ � � � � � � � � � � � � � } } � � � � | � } � � � � } � } � � � � � � � � � � � � � � }� | � ~ � � � � � | � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � ¹ � ¢ � � � � � � � � � � � } � �� � � | � � � | � ~ � � � � � | � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �  � � � � � � � � � � � � �   � � } � � � } � � � } � � � � � � � � � } � | � � � � ¥ ¦ ¦ ¶ ³ ¥ ¦ � � �� � � � � � � � � � } � } � � � � � � ¥ ¦ ¦ § ³ ¥ ¦ ¦ ¸ � � � � } � } � � � � � � } � � � � �} � � } } � � � � � � | � � } � � � � � � | � � � � � � � � � � � � ² | � � � � � � � } � � � } � �  � � � � � � � � � � � � � } � � � � º � ¢ » � � � � � � � � } � � � � � � | � � � � � } | � � � �} � � � � � � } � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � } � � � � | ~ } � � � � � � � � �  � | � � � � � � � � } � � � � � � � | � � � � � � � � � � } � | � � � � ¥ ¦ ¦ ¼ ³ ¥ ¦ � � ¢� � � � � � � � � � ¶ ¦ � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � | � } � � } �

Microevolution of Highly Pathogenic Avian Infl uenza A(H5N1)

Viruses Isolated from Humans, Egypt, 2007–2011½ ¾ ¿ À Á Â Ã Ä ¾ Ä Å Æ ½ Ç Ç È É ¾ Ä Ê Â Ë Å Æ Ì Í ¾ Î Ì Ï ¾ Ð Ð ¾ Ï Å Æ Ñ Â Î Î Ò ¾ Ó É Ð Å Ê É Ç ¿ ¿ Ç Ô É Ó ¾ É Ï Ï Ç ¿ Å Õ Í ¾ Ä Î ¾ Ö × Ø ¾ Ï É Ð Ë ÅÙ ¾ Ú Â Ð Ë ¾ Û É Í Ü Ð Â Ä Å Ý Â À Þ Ç Ý Â Ä Ç Ð Å ß ¾ ¿  à à Ë Ò Ç À Î Ç Å Ô Â Ð Ç Ú Ú Ç Ö Â Ã à Ë Ï É Ä Å á â Ç Ê Ç ¿ ¿ À Å Ö ¾ ¿ É Ð ¾ ã Ã ä ¾ ¿ Ç Ó ¾ Ž ¾ Ë ¾ Õ × Ì Ï Ø ¾ Î ¿ À Å Û Ë ¾ Ã Ä Ñ ¿ Ã Ç Ï Â Ó Ç Å Õ Ä Ä Ç ½ × ã ¾ À Ä Â ¿ Å Ì Í ¾ Î ½ Â Ë ¾ ¿ Ç ä Å ½ ¾ à Î À Õ Í É Ä Å å Ï ¾ É ¿ Ç å  ¿ Ä Ç Ï É Ã Ð Åã Ã É Ï Ï Ç ¿ Í Â Ê É Í Ç Ä Ú Ç Ï Å È Ç Ä Ä Ç Ú Ë Ì ¾ ¿ Ë ¾ ¿ Ú Å Õ Í Ç Ï Ù ¾ à Ã É ä Å Õ Ë Í Ç Î Û × Õ ä Î Ç Ï à Ë ¾ Ä É Å Û ¾ Í É ¿ Ô Ç æ ¾ Ç À ÅÕ Ï Ç ç ¾ Ä Î Ç ¿ á × È Ï É Í Â Ó Å Ô Ã ä Ç Ä è × Ò Â Ä É Ð Å ¾ Ä Î Õ Í ¿ È ¾ Ä Î Ç Ç Ï

Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 43

Author affi liations: US Naval Medical Research Unit No.3, Cairo,

Egypt (M. Younan, E. Elassal, M.A. ElBadry, S. Truelove, A.M.

Gaynor, E. Mohareb, C. Cornelius, G. Pimentel, K. Earhart); Centers

for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA (M.K.

Poh, T. Davis, P. Rivailler, A.L. Balish, N. Simpson, J. Jones, V.

Deyde, R. Loughlin, I. Perry, L. Gubareva, A.I. Klimov, R.O. Donis);

Cairo University, Cairo (M. Amin); and Ministry of Health and Popu-

lation, Cairo (A. Naguib, A.S. Abdelghani, S. Refaey, A. Kandeel)

DOI: http://dx.doi.org/10.3201/eid1901.121080 1These authors contributed equally to this article.

Page 2: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHé ê ë ê ì í î ï ê ð ñ ë ò ê ó ì ê é ô í î ï õ ï ë ö ê ï ô ë ÷ ó ê ô ø ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ðÿ î ì ú ù ê ù î ï ø ê � ë î ï ö ò ú í õ ï ù õ ï é � ñ ô ë ò ê ì í ô � ê � ú � õ ì � ò õ ï ö ê ùë ò õ ë � ô ú � é ù ú ö ö ê ù ë õ � ë ê ì ê é ó ò ê ï ô ë ÷ ó î � ó ì ô ó ê ì ë î ê ù � ù ú ù � ê ó ë î �û î � î ë ÷ ë ô õ ï ë î ÿ î ì õ � é ì ú ö ù � ô ì ë ò ê ï ê ê é ø ô ì é ê ÿ ê � ô ó í ê ï ë ô ø ï ê �� õ ï é î é õ ë ê ÿ õ � � î ï ê ÿ î ì ú ù ê ù �� � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � ! � � " � � #$ ê ê % ë ì õ � ë ê é & þ ' ø ì ô í � � î ï î � õ � ù õ í ó � ê ù ø ì ô í ó õ ë î ê ï ë ù� î ë ò ù ú ù ó ê � ë ê é ü ( ' ) î ï ø ê � ë î ô ï û ÷ ú ù î ï ö ë ò ê * ) ' í ó + î ì õ �& þ ' , î ï î - î ë . * ) ' / 0 þ ) ï � � � + õ � ê ï � î õ � 1 ' � 2 3 ' ñ � õ � �� ô ì é î ï ö ë ô ë ò ê í õ ï ú ø õ � ë ú ì ê ì 4 ù ó ì ô ë ô � ô � � $ ê ó ê ì ø ô ì í ê é ì ê õ � �ë î í ê ì ê ÿ ê ì ù ê ë ì õ ï ù � ì î ó ë î ô ï ( 1 & ú ù î ï ö ë ò ê 1 ê ï ë ê ì ù ø ô ì 5 î ù ê õ ù ê1 ô ï ë ì ô � õ ï é ( ì ê ÿ ê ï ë î ô ï 4 ù . 1 5 1 ñ ó ì î í ê ì � ó ì ô û ê ó õ î ì ù ø ô ì ë ò êé ê ë ê � ë î ô ï ô ø î ï 6 ú ê ï 7 õ ' . í õ ë ì î % ö ê ï ê ñ ô ì ü ý õ õ ï é ü ý û . ü 'ö ê ï ê ñ � õ ù é ê ù � ì î û ê é . 8 ñ � ( ô ù î ë î ÿ ê ì ê ù ú � ë ù � ê ì ê � ô ï 9 ì í ê é õ ëë ò ê 1 ê ï ë ì õ � ( ú û � î � ü ê õ � ë ò : õ û ô ì õ ë ô ì ÷ ô ó ê ì õ ë ê é û ÷ ë ò ê 0 ö ÷ ó �ë î õ ï , î ï î ù ë ì ÷ ô ø ü ê õ � ë ò õ ï é ( ô ó ú � õ ë î ô ï õ ï é õ ë ë ò ê 2 3 þ õ ÿ õ �, ê é î � õ � & ê ù ê õ ì � ò 2 ï î ë þ ô � ; î ï 1 õ î ì ô � 0 ö ÷ ó ë � + î ì ú ù ê ù � ê ì êî ù ô � õ ë ê é ø ì ô í ( 1 & � ó ô ù î ë î ÿ ê � � î ï î � õ � ù õ í ó � ê ù î ï ê í û ì ÷ ô ï õ ë ê é� ò î � < ê ï ê ö ö ù � ' � � ó ì ô � ê é ú ì ê ù ú ù î ï ö � î ÿ ê ÿ î ì ú ù � ê ì ê � ô ï é ú � ë �ê é î ï û î ô ù õ ø ê ë ÷ � ê ÿ ê � ; ø õ � î � î ë î ê ù � î ë ò ê ï ò õ ï � ê í ê ï ë ù ì ê � ô í �í ê ï é ê é û ÷ ë ò ê 2 ï î ë ê é 3 ë õ ë ê ù 5 ê ó õ ì ë í ê ï ë ô ø ' ö ì î � ú � ë ú ì ê �= ÿ ê ì � õ ó ó î ï ö õ í ó � î � ô ï ù ô ø ê õ � ò ö ê ï ê ù ê ö í ê ï ë � ê ì êö ê ï ê ì õ ë ê é û ÷ ì ê ÿ ê ì ù ê ë ì õ ï ù � ì î ó ë î ô ï ( 1 & ú ù î ï ö ù ú û ë ÷ ó êü ý þ ð ÿ î ì ú ù > ù ó ê � î 9 � ó ì î í ê ì ù . ó ì î í ê ì ù ê ? ú ê ï � ê ù õ ì ê õ ÿ õ î � �õ û � ê ú ó ô ï ì ê ? ú ê ù ë ñ � $ ê ë ò ê ï ù ê ? ú ê ï � ê é ë ò ê õ í ó � î � ô ï ù û ÷ú ù î ï ö ë ò ê @ î ö 5 ÷ ê A ê ì í î ï õ ë ô ì ÿ ; � ð 1 ÷ � � ê 3 ê ? ú ê ï � î ï ö - î ë. ' ó ó � î ê é @ î ô ù ÷ ù ë ê í ù � B ô ù ë ê ì 1 î ë ÷ � 1 ' � 2 3 ' ñ � 3 ê ? ú ê ï � ê ù� ê ì ê õ ù ù ê í û � ê é õ ï é ê é î ë ê é û ÷ ú ù î ï ö 3 ê ? ú ê ï � ò ê ì C � D . / ê ï ê1 ô é ê ù 1 ô ì ó � � ' ï ï ' ì û ô ì � , ) � 2 3 ' ñ �E F G � � # � � � " H � � � G � � � � � � I � � " � � � � J F � � � " � � � K � � � � �B ô ì õ ï õ � ÷ ù î ù � � ê ú ù ê é õ ë ô ë õ � ô ø ý D ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ð ÿ î �ì ú ù ê ù ø ì ô í ò ú í õ ï � � î ï î � õ � ù ó ê � î í ê ï ù . ù ê ? ú ê ï � ê é ø ô ì ë ò î ùù ë ú é ÷ ñ õ ï é ; ð ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ð ÿ î ì ú ù ê ù ø ì ô í û î ì é ù . ø ì ô íó ú û � î � é õ ë õ û õ ù ê ù ñ � ô � � ê � ë ê é î ï 0 ö ÷ ó ë é ú ì î ï ö � L L M > � L ð ð. ô ï � î ï ê A ê � ò ï î � õ � ' ó ó ê ï é î % ð � � � � ï � � � é � � ö ô ÿ N 0 ) 5 Nõ ì ë î � � ê N ð D N ð N ð � � ð L O L � A ê � ò õ ó ó ð � % � ù ñ � ) ï õ é é î ë î ô ï � � ê ù ê �? ú ê ï � ê é ð ; ü ' ö ê ï ê ù é î ì ê � ë � ÷ ø ì ô í & þ ' ê % ë ì õ � ë ê é ø ì ô í� � î ï î � õ � ù ó ê � î í ê ï ù � þ ú � � ê ô ë î é ê ù ê ? ú ê ï � ê ù � ê ì ê õ � î ö ï ê éî ï @ î ô 0 é î ë . ) û î ù @ î ô ù � î ê ï � ê ù � 1 õ ì � ù û õ é � 1 ' � 2 3 ' ñ ú ù î ï ö, 2 3 1 : 0 . P Q ñ � $ ê ú ù ê é ø ú � � � � ê ï ö ë ò ü ' ù ê ? ú ê ï � ê ù ø ô ìÿ î ì ú ù ê ù � ô � � ê � ë ê é é ú ì î ï ö � L L R > � L ð ð ë ô ö ê ï ê ì õ ë ê ë ò ê � � õ é ê� � � � ð õ ï é � � � � ð � ð ü ' ö ê ï ê ó ò ÷ � ô ö ê ï ÷ S ë ò ê ù ê ? ú ê ï � ê ù � ô í �ó ì î ù ê é M � ö ê ï ê ù ù ê ? ú ê ï � ê é û ÷ 1 5 1 õ ï é 2 3 þ õ ÿ õ � , ê é î �� õ � & ê ù ê õ ì � ò 2 ï î ë þ ô � ; õ ï é ý R ó ú û � î � � ÷ õ ÿ õ î � õ û � ê ü 'ù ê ? ú ê ï � ê ù . B î ö ú ì ê ð ñ � 3 ê ? ú ê ï � ê ù � ê ì ê õ � î ö ï ê é õ ï é ë ì ê ê ù� ê ì ê û ú î � ë � î ë ò , 0 / ' ý ù ô ø ë � õ ì ê . P P ñ � ú ù î ï ö ë ò ê ï ê î ö ò û ô ì �T ô î ï î ï ö í ê ë ò ô é û õ ù ê é ô ï õ í õ % î í ú í � ô í ó ô ù î ë ê � î < ê � î ò ô ô éí ô é ê � � A ò ê ì ê � î õ û î � î ë ÷ ô ø ë ò ê ë ì ê ê ù � õ ù ê ù ë î í õ ë ê é û ÷ û ô ô ë �ù ë ì õ ó ì ê ù õ í ó � î ï ö õ ï õ � ÷ ù î ù . ð � L L L ì ê ó � î � õ ë î ô ï ù ñ �44 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Figure 1. Phylogenetic tree of the infl uenza A(H5) virus

hemagglutinin genes, clade 2.2.1, generated by neighbor-joining

analysis. Subgroups of clade 2.2.1 are indicated on the right.

Bootstrap values (>79) generated from 1,000 neighbor-joining

replicates are shown above branches, and Bayesian posterior

probabilities are shown below the branches at relevant nodes.

Scale bar represents 0.002 nt substitutions per site. Viruses

recommended by the World Health Organization for development

of candidate pandemic vaccines are indicated with a V; viruses

inoculated into ferrets to raise antiserum for hemagglutinin

inhibition assays are indicated with an R. Underlined names

denote 23 human viruses collected in 2011. Sequences used for

full genome analysis in this study are annotated with a dot.

Page 3: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, EgyptU V V W X W Y Z [ \ ] X [ X W ] X W ^ [ \ ] _ ` ` Y a X b Y a X a c c X Y ` Y \ Y d e f [ ] [ ] g] c ] ] c V h e ` c a b Y a i W Z d j [ e c ] W [ Z [ Z [ \ e ] c ] k _ ] W Z d X l c ] [ i cV [ X [ ] c X ] [ ] V c ] ^ a W h c V [ h Y m c [ Z V h c \ Y f n j [ e c ] W [ Z ` Y ] X c a W Y a` a Y h [ h W \ W X W c ] f c a c c ] X W i [ X c V _ Z V c a [ o [ a p Y m q l [ W Z o Y Z X cq [ a \ Y i c X l Y V f W X l r s i W \ \ W Y Z d c Z c a [ X W Y Z ] W i ` \ c i c Z X c V W Zj t U u v k _ ] W Z d [ u w x s y ] _ h ] X W X _ X W Y Z i Y V c \ z { | } n u X a [ W Z U ~X _ a p c e ~ v _ a p c e ~ � ~ � s s r f [ ] _ ] c V X Y a Y Y X [ \ \ X a c c ] n � c d c Z gc a [ X c V ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c ] W Z [ i [ Z Z c a ] W i W \ [ a X Y X l [ X V c g] ^ a W h c V [ h Y m c z b Y a � U } b Y a c [ ^ l d c Z c ] c d i c Z X b a Y i m W a _ ] c ]X l [ X l [ V b _ \ \ d c Z Y i c ] [ m [ W \ [ h \ c � a c ` a c ] c Z X [ X W m c m W a _ ] c ] [ a c] l Y f Z W Z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � � W d _ a c � z f f f Z ^ n^ V ^ n d Y m ~ t � x ~ ` V b ] ~ � � g � s � s g v c ^ l [ ` ` � n ` V b } n v a c c ] b Y a c [ ^ ld c Z c f W X l [ \ \ ] c � _ c Z ^ c ] [ Z [ \ e � c V b Y a X l W ] ] X _ V e [ a c ] l Y f ZW Z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � � W d _ a c � n� W a [ \ ` a Y X c Y i c ^ l [ a [ ^ X c a W � [ X W Y Z f [ ] ^ Y Z V _ ^ X c V [ b X c ab _ \ \ g \ c Z d X l Y ` c Z a c [ V W Z d b a [ i c Z _ ^ \ c Y X W V c ] c � _ c Z ^ c ] f c a c[ \ W d Z c V _ ] W Z d o � u q � t [ Z V X a W i i c V X Y h c d W Z [ X X l c U v �] X [ a X ^ Y V Y Z n � Y a X l c � U ` a Y X c W Z ] c � _ c Z ^ c [ Z [ \ e ] W ] k [ i W Z Y[ ^ W V Z _ i h c a W Z d f [ ] h [ ] c V Y Z X l c i [ X _ a c � U ` a Y X c W Z ] c g� _ c Z ^ c [ b X c a a c i Y m [ \ Y b X l c ] W d Z [ \ ` c ` X W V c n� � � � � � � � � � � � � � � � �U Z X W d c Z W ^ ^ l [ a [ ^ X c a W � [ X W Y Z f [ ] ` c a b Y a i c V h e _ ] gW Z d [ ` [ Z c \ Y b b c a a c X [ Z X W ] c a [ W Z l c i [ d d \ _ X W Z [ X W Y Z W Z l W h W gX W Y Z z � � } X c ] X ] f W X l X _ a p c e c a e X l a Y ^ e X c ] k [ ] V c ] ^ a W h c V z { � }z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � v [ h \ c } n � c _ ] c V X _ a p c ec a e X l a Y ^ e X c ] X Y h c X X c a a c ] Y \ m c [ Z X W d c Z W ^ V W ] X [ Z ^ c ] h c X f c c Zm [ a W [ Z X ] W V c Z X W � c V W Z X l W ] ] X _ V e n U \ \ [ Z X W ] c a [ f c a c X a c [ X c Vf W X l X l c a c ^ c ` X Y a g V c ] X a Y e W Z d c Z � e i c Z c _ a [ i W Z W V [ ] c z � U }b a Y i � � � � �   ¡ ¢   £ ¤ � ¥ ¤ z w x t ¦ a c ^ c ` X Y a V c ] X a Y e W Z d c Z � e i c § �x c Z p [ u c W p c Z q Y n k � X V n k v Y p e Y k ¨ [ ` [ Z } k [ ^ ^ Y a V W Z d X Y X l ci [ Z _ b [ ^ X _ a c a © ] a c ^ Y i i c Z V [ X W Y Z k [ Z V ` a c g [ V ] Y a h c V f W X lX _ a p c e c a e X l a Y ^ e X c ] n� � � � ª � « � � ¬ ­ � � � ® � � ¯ � � � � � ° � � � � � �v Y V c X c a i W Z c X l c [ Z X W m W a [ \ V a _ d ^ Y Z ^ c Z X a [ X W Y Z a c � _ W a c VX Y W Z l W h W X r s ± Y b X l c � U [ ^ X W m W X e k f c ^ Y Z V _ ^ X c V [ ² _ Y ga c ] ^ c Z X � U W Z l W h W X W Y Z [ ] ] [ e [ ] V c ] ^ a W h c V z { ³ } n v l c [ ] ] [ e ]f c a c ^ Y Z V _ ^ X c V _ Z V c a h W Y ] [ b c X e \ c m c \ ´ µ c Z l [ Z ^ c V ^ Y Z X [ W Z gi c Z X [ X q x q n¶ · ¸ ¹ º » ¸¼ ® � ½ � ¾ � ¿ � ¿ � � ¿ À ¬ ­ ¯ � � ® � Á Â Ã Ä Å � À � � � � ¿ � �o Y ] X Y b X l c � r � ` c a ] Y Z ] W Z t d e ` X W Z b c ^ X c V f W X l ] _ h gX e ` c � r � � m W a _ ] V _ a W Z d � s s Æ µ � s � � f c a c a c ] W V c Z X ] Y b X l c� W \ c x c \ X [ a c d W Y Z k Z Y a X l Y b q [ W a Y z � W d _ a c � k U ` ` c Z V W � kf f f Z ^ n ^ V ^ n d Y m ~ t � x ~ [ a X W ^ \ c ~ � Ç ~ � ~ � � g � s � s g � � n l X i } nv l c ^ [ ] c ] f c a c d c Y d a [ ` l W ^ [ \ \ e V W ] X a W h _ X c V W Z � ´ Y b X l c � Æd Y m c a Z Y a [ X c ] W Z t d e ` X n U ] V c X c a i W Z c V h e È [ Z V c c \ c X [ \ nz | } k f Y i c Z É � r e c [ a ] Y b [ d c f c a c [ X d a c [ X c ] X a W ] p b Y a W Z b c ^ gX W Y Z [ Z V V c [ X l � ´ y ± Y b W Z b c ^ X W Y Z ] [ Z V y Ç ± Y b V c [ X l ] f c a cW Z f Y i c Z W Z X l W ] [ d c d a Y _ ` z | } n w W ] p a [ X W Y ] z w w ] } b Y a V c [ X l

W Z ^ \ _ V c V b c i [ \ c ] c � z w w � n � y k ` Ê s n s s � } k [ d c É � r e c [ a ]z w w � s n � y k ` Ë s n s s s � } k [ Z V a c ^ c W m W Z d X l c � a ] X V Y ] c Y b Y ] c \ X [ gi W m W a É � V [ e ] [ b X c a W \ \ Z c ] ] Y Z ] c X z w w Ì n � r k ` Ë s n s s s � } nÍ � � ¿ ¾ � � Î Ï � � ¿ � � � � ¿ À ¬ ­ ¯ � � ® � Á Â Ã Ä Ð � « ­ �Å � ¿ � � � � � À « ¿ ¾ Á ­ ¾ � � �� c ] c � _ c Z ^ c V X l c ^ Y i ` \ c X c d c Z Y i c ] Y b r Ç ] _ h X e ` c� r � � m W a _ ] W ] Y \ [ X c ] [ Z V � ´ � U d c Z c ] ] c � _ c Z ^ c V V W a c ^ X \ eb a Y i ^ \ W Z W ^ [ \ ] ` c ^ W i c Z ] X l [ X f c a c Y h X [ W Z c V b a Y i [ X Y X [ \ Y bÆ � ` c a ] Y Z ] W Z t d e ` X V _ a W Z d � s s Æ µ � s � � n v l c ` l e \ Y d c Z c X W ^X a c c ] Y b X l c � U d c Z c ] c � _ c Z ^ c ] f c a c [ Z Z Y X [ X c V [ ^ ^ Y a V W Z dX Y ^ \ [ ] ] W � ^ [ X W Y Z ^ a W X c a W [ c ] X [ h \ W ] l c V h e X l c � Y a \ V � c [ \ X lÑ a d [ Z W � [ X W Y Z z � � Ñ } k X l c � Y a \ V Ñ a d [ Z W ] [ X W Y Z b Y a U Z W i [ \� c [ \ X l k [ Z V X l c � Y Y V [ Z V U d a W ^ _ \ X _ a c Ñ a d [ Z W � [ X W Y Z k [ Z V^ \ [ V c ] f c a c b _ a X l c a ] _ h V W m W V c V [ ] a c ` Y a X c V z Ò k Ó k { � } nv l c ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c Y b X l c � U d c Z c ] l Y f c V X l [ X X l cÆ � d c Z c ] b a Y i X l c W Z b c ^ X c V ` c a ] Y Z ] z � W d _ a c � k ^ Y V c V V Y X ] }l [ m c c m Y \ m c V W Z X Y Ì d a Y _ ` ] X l [ X V W m c a d c V b a Y i X l c [ Z ^ c ] X a [ \U ~ X _ a p c e ~ v _ a p c e ~ � s s r g \ W p c d c Z c ] n v l a c c d a Y _ ` ] W V c Z X W � c Vf W X l W Z ^ \ [ V c � n � n � f c a c ] _ ` ` Y a X c V h e h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c ] É � Ç[ Z V f c a c V c ] W d Z [ X c V � n � n � g j k � n � n � g q k [ Z V � n � n � g x n q \ [ V c� n � n � n � b Y a i c V X l c b Y _ a X l d a Y _ ` k ] _ ` ` Y a X c V h e [ h Y Y X ] X a [ `m [ \ _ c Y b � s s n U \ \ m W a _ ] c ] ^ Y \ \ c ^ X c V W Z � s � � z Z Ê � ´ } f c a c^ \ _ ] X c a c V f W X l W Z � n � n � g q k [ Z V � � Y b X l c � ´ b Y a i c V [ i Y Z Y g` l e \ c X W ^ d a Y _ ` k ] _ ` ` Y a X c V h e [ h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c Y b Ç Ì k f W X l[ Z [ m c a [ d c V W b b c a c Z ^ c Y b � y Z X n v l c a c ] X Y b X l c d a Y _ ` q m W ga _ ] c ] k W Z ^ \ _ V W Z d X l c U ] f [ Z W ] Y \ [ X c U ~ t d e ` X ~ � s Ì � ´ ~ � s � � kY a W d W Z [ X c V b a Y i [ V W ] X W Z ^ X \ W Z c [ d c h _ X ] l [ a c V [ Z ^ c ] X a e f W X lX l c U ~ t d e ` X ~ ´ s Æ � ~ � s � s m [ ^ ^ W Z c ^ [ Z V W V [ X c m W a _ ] z � W d _ a c ] � k� } n � W a _ ] c ] b a Y i ^ \ [ V c � n � n � n � W Z ^ \ _ V c V Y Z \ e � W ] Y \ [ X c b a Y il _ i [ Z ] k f l c a c [ ] ] _ h d a Y _ ` q Y b ^ \ [ V c � n � n � ^ Y i ` a W ] c V r yl _ i [ Z W ] Y \ [ X c ] n v l c V c X c a i W Z [ Z X ] Y b X l W ] V W b b c a c Z ^ c l [ m cZ Y X h c c Z c ] X [ h \ W ] l c V nv Y V c X c ^ X c m W V c Z ^ c Y b d c Z c X W ^ a c [ ] ] Y a X i c Z X [ i Y Z d ] _ h gX e ` c � r � � m W a _ ] c ] b a Y i ` Y _ \ X a e [ Z V � Y Y Z Y X W ^ W Z b c ^ X W Y Z ] kf c ^ Y i ` [ a c V X l c X Y ` Y \ Y d W c ] Y b ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c ] b a Y i X l c^ Y i ` \ c X c d c Z Y i c ] Y b Ç s m W a _ ] c ] b a Y i t d e ` X z r Ç ] c � _ c Z ^ c Vb Y a X l W ] [ Z [ \ e ] W ] [ Z V ´ � [ m [ W \ [ h \ c W Z � c Z j [ Z p } n v l c X Y g` Y \ Y d W c ] Y b � U [ Z V Ô j � X a c c ] f c a c W V c Z X W ^ [ \ k W Z V W ^ [ X W Z d[ Z [ h ] c Z ^ c Y b a c [ ] ] Y a X i c Z X z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � �� W d _ a c � } n v l c Y X l c a y X a c c ] W Z V W ^ [ X c V X l [ X X l c ] c d c Z c ] c W gX l c a ^ Y g c m Y \ m c V f W X l � U z W V c Z X W ^ [ \ X a c c X Y ` Y \ Y d e f W X l l W d lh Y Y X ] X a [ ` ] _ ` ` Y a X } Y a l [ V W Z ] _ b � ^ W c Z X V W m c a d c Z ^ c X Y ] _ ` ` Y a X_ Z [ i h W d _ Y _ ] c m Y \ _ X W Y Z [ a e a c \ [ X W Y Z ] l W ` V c X c a i W Z [ X W Y Z ]z \ Y f h Y Y X ] X a [ ` ] _ ` ` Y a X } n v l c c � ^ c ` X W Y Z f [ ] X l c Z Y Z ] X a _ ^ gX _ a [ \ z � u } d c Z c Y b [ ] _ h d a Y _ ` q m W a _ ] k U ~ t d e ` X ~ Ç � Æ Ì g� U o w � ´ ~ � s s Ç k f l W ^ l b Y a i c V [ i Y Z Y ` l e \ c X W ^ d a Y _ `z h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c Ç r } f W X l ] c m c a [ \ ] _ h d a Y _ ` j m W a _ ] c ] W ] Y g\ [ X c V W Z X l c ] [ i c e c [ a k W Z V W ^ [ X W Z d [ ` Y ] ] W h \ c a c [ ] ] Y a X i c Z X Y b� u d c Z c h c X f c c Z X l c ] c ^ Y g ^ W a ^ _ \ [ X W Z d ] _ h d a Y _ ` ] W Z � s s Ç n� c [ \ ] Y [ ] ] c ] ] c V X l c ` Y ] ] W h \ c X a [ Z ] h Y _ Z V [ a e i Y m c gi c Z X Y b ] _ h X e ` c � r � � m W a _ ] c ] h e [ Z [ \ e � W Z d X l c ` l e \ Y gd c Z c X W ^ a c \ [ X W Y Z ] l W ` ] h c X f c c Z m W a _ ] c ] b a Y i t d e ` X z � s s Æ µ Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 45

Page 4: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHÕ Ö × × Ø Ù Ú Û Ü Ý Þ ß à á Ü â Ú Ý à ã ß ä å æ ç ç Ý Þ ß è ß Ú ß ä é à Ü ê ë ã à â ä ß ä é à Ü êì è í î Ý é Ü à ê ß Û ä ã Ú è ç ß ê Ü Ú Ü î Þ í ç ß Ý ã á è à Ü â î ä ï ð Þ ã á Þ ã Ú á ç â Û ß Ûã ä Ü ç Ù Ý ß ä ß ñ á ç â ä ã ë ß ç í é à Ü ê ì è í î Ý ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú ôÛ ã ñ Õ õ ã è â à ß ä × ï ö Ø ï Ù Ú Û ð ß à ß Û ã ä Ý ã Ú á Ý é à Ü ê Ü Ý Þ ß à á ç Ü ä ß ç íà ß ç Ù Ý ß Û è ß Ú Ü Ý í î ß ÷ ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è á ç Ù Û ß Õ å Õ ë ã à â ä ß ä î à ß ôë ã Ü â ä ç í á ã à á â ç Ù Ý ã Ú è ã Ú Ü Ý Þ ß à à ß è ã Ü Ú ä Ü é æ é à ã á Ù ï Ý Þ ß ø ã Û Û ç ßì Ù ä Ý ï Ù Ú Û ì â à Ü î ß ò ù ú ï ù û Ø å ó Þ ß ä ß à ß ä â ç Ý ä ã Ú Û ã á Ù Ý ß Û Ý Þ Ù Ý Ú ÜÙ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä ð ß à ß ã ê î Ü à Ý ß Û ã Ú Ý Ü ì è í î ÝÙ é Ý ß à Ý Þ ß ã à ã Ú Ý à Ü Û â á Ý ã Ü Ú ã Ú Õ Ö Ö þ � Õ Ö Ö � å ó Þ ß Û Ù Ý Ù Ù ç ä Ü ã Ú Û ã á Ù Ý ßÝ Þ Ù Ý ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä Þ Ù ë ß Ú Ü Ý à ß Ù ä ä Ü à Ý ß Û ð ã Ý Þ ç Ü ðî Ù Ý Þ Ü è ß Ú ã á Ù ë ã Ù Ú ã Ú � â ß Ú � Ù ò � � æ � Ø ë ã à â ä ß ä ä ã Ú á ß Ý Þ ß ã à ã Ú ã ôÝ ã Ù ç ã Ú Ý à Ü Û â á Ý ã Ü Ú ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ õ ã è â à ß × Ø å� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � �ó Þ ß × Ö ê Ù � Ü à ë ã à Ù ç î à Ü Ý ß ã Ú ä ß Ú á Ü Û ß Û ü í Ý Þ ß ä â ü ôÝ í î ß ý þ ÿ × è ß Ú Ü ê ß ä ð ß à ß ä á à ß ß Ú ß Û Ý Ü ã Û ß Ú Ý ã é í ë Ù à ã Ù ôÝ ã Ü Ú ä Ù Ý ä ã Ý ß ä î à ß ë ã Ü â ä ç í Ù ä ä Ü á ã Ù Ý ß Û ð ã Ý Þ é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç Ý à Ù ã Ý äÜ é î â ü ç ã á Þ ß Ù ç Ý Þ á Ü Ú ä ß � â ß Ú á ß ò ó Ù ü ç ß Ø ò ù ! " # Ø å ó Þ ß ê â ç ôÝ ã ü Ù ä ã á á ç ß Ù ë Ù è ß ä ã Ý ß á Ü ê ê Ü Ú Ý Ü á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ý æ î à Ü Ý ß ã Ú äò $ % & � ' ( ì ) * * * ) ) *↓

( $ $ $ Ø à ß ê Ù ã Ú ß Û â Ú á Þ Ù Ú è ß Û ã Ú ë ã à â ä ôß ä á Ü ç ç ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × é à Ü ê ã Ú é ß á Ý ß Û Þ â ê Ù Ú ä å æ ä î à ß ë ã Ü â ä ç íÚ Ü Ý ß Û ï ë ã à â ä ß ä ü ß ç Ü Ú è ã Ú è Ý Ü Ù ä â ü ä ß Ý Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × å ×è à Ü â î á Ü ç ç ß á Ý ß Û Û â à ã Ú è Õ Ö Ö + ! Õ Ö × × ç Ù á , ß Û Ù ä ã Ú è ç ß ü Ù ä ã áà ß ä ã Û â ß ã Ú Ý Þ ß ý æ á ç ß Ù ë Ù è ß ä ã Ý ß Ý Þ Ù Ý ð Ù ä î à ß ä ß Ú Ý ã Ú á ç Ù Û ßÕ å Õ å × Ù Ú Û Õ å Õ å × å × á ç ß Ù ë Ù è ß ê Ü Ý ã é ä ò - Ø åó Þ ß ý æ î à Ü Ý ß ã Ú ä Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Õ Ö × ×Ù ç ä Ü ç Ù á , ß Û è ç í á Ü ä í ç Ù Ý ã Ü Ú Ù Ý î Ü ä ã Ý ã Ü Ú × þ . ï Ù ä Ü ü ä ß à ë ß Ûã Ú Ü ç Û ß à ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä é à Ü ê ì è í î Ý å ý Ü ð ß ë ß à ï æ � ì è í î Ý �ÿ × Ö � Õ × � Õ Ö × × Ù Ú Û æ � ì è í î Ý � ÿ � � þ / � Õ Ö × × Ù á � â ã à ß Û Ù Ú Ù Û ôÛ ã Ý ã Ü Ú Ù ç è ç í á Ü ä í ç Ù Ý ã Ü Ú ä ã Ý ß Ù Ý æ ä Ú × × + Ù Ú Û Õ × þ ï à ß ä î ß á ôÝ ã ë ß ç í ï ã Ú Ý Þ ß è ç Ü ü â ç Ù à Þ ß Ù Û Ü é ý æ å ó ð Ü ä ã è Ú Ù Ý â à ß Ù ê ã Ú ÜÙ á ã Û á Þ Ù Ú è ß ä ò Ù Û ß ç ß Ý ã Ü Ú Ü é 0 ß à × Õ + ã Ú Ý Þ ß ý æ è ß Ú ß ï Ù Ú Û Ù Ú� ç ß × þ × ó Þ à ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú Ø ð ß à ß Ü ü ä ß à ë ß Û ã Ú ý æ î à Ü Ý ß ã Ú ä Ü éá ç Ù Û ß Õ å Õ å × è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä á Ü ç ç ß á Ý ß Û Û â à ã Ú è Õ Ö Ö 2 ! Õ Ö × × 3ü Ü Ý Þ á Þ Ù Ú è ß ä ê Ù í ß Ú Þ Ù Ú á ß ü ã Ú Û ã Ú è Ý Ü 4 ô Õ ï � ! ç ã Ú , ß Û à ß á ß î ôÝ Ü à ä ò - ï ù 5 ï " ú Ø å æ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û á Ü ê î Ù à ã ä Ü Ú ä à ß ë ß Ù ç ß ÛÝ Þ Ù Ý Ý Þ ß ý æ Ü é Ý Þ ß ë ã à â ä é à Ü ê Ý Þ ß æ ä ð Ù Ú à ß è ã Ü Ú Ü é ì è í î Ýç Ù á , ß Û Ý Þ ß Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ä Þ Ù à ß Û Ù ê Ü Ú è Ý Þ ß ë ã à â ä ß äá Ü ç ç ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × é à Ü ê Ú Ü à Ý Þ ß à Ú ì è í î Ý å ý Ü ð ß ë ß à ï Ý Þ ß ý æè ß Ú ß é à Ü ê Ý Þ ã ä ë ã à â ä é ß Ù Ý â à ß Û Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ä Þ Ù à ß ÛÙ ê Ü Ú è Ü ç Û ß à è à Ü â î Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä ã ä Ü ç Ù Ý ß Û ã Ú ä Ü â Ý Þ ß à Ú Ù Ú ÛÚ Ü à Ý Þ ß à Ú ì è í î Ý ò ó Ù ü ç ß Ø åæ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç î Ü ç í ê Ü à î Þ ã ä ê ä Ü é î Ü Ý ß Ú Ý ã Ù ç à ß ç ß ë Ù Ú á ß ã Úá ç Ù Û ß Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä ã Ú á ç â Û ß Û Ý Þ ß ) � × þ * ê â Ý Ù Ý ã Ü Ú ã Ú Ý Þ ßî Ü ç í ê ß à Ù ä ß Ù á ã Û ã á ò � æ Ø è ß Ú ß ï î à ß ë ã Ü â ä ç í à ß î Ü à Ý ß Û Ý Ü ü ßÙ ä ä Ü á ã Ù Ý ß Û ð ã Ý Þ ê Ù ê ê Ù ç ã Ù Ú Þ Ü ä Ý Ù Û Ù î Ý Ù Ý ã Ü Ú ò " 6 Ø å 0 ß ë ß à ôÙ ç Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç î Ü ç í ê Ü à î Þ ã ä ê ä ð ß à ß Ù ç ä Ü é Ü â Ú Û ð ã Ý Þ ã Ú Ý Þ ß, Ú Ü ð Ú é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç Û Ü ê Ù ã Ú ä Ü é Ý Þ ß ã Ú Ý ß à Ú Ù ç è ß Ú ß ä ï ä â á Þ Ù äÝ Þ Ü ä ß ã Ú ë Ü ç ë ß Û ã Ú * ÿ æ Ù Ú Û � Ü à Ú â á ç ß Ü î à Ü Ý ß ã Ú ü ã Ú Û ã Ú è ò ù !" # Ø ò ó Ù ü ç ß Ø å ó ð Ü Ü é Ý Þ ß ã ä Ü ç Ù Ý ß ä ò æ � ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × ×Ù Ú Û æ � ì è í î Ý � ÿ 2 þ � Õ � Õ Ö × × Ø î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù ä Ý Ü î á Ü Û Ü Ú Ù Ýî Ü ä ã Ý ã Ü Ú Õ þ ã Ú Ý Þ ß î Ü ç í ê ß à Ù ä ß ü Ù ä ã á × ò � 7 × Ø ! õ Õ á Ü Û ã Ú è

à ß è ã Ü Ú ò Ù ç Ý ß à Ú Ù Ý ß Ü î ß Ú à ß Ù Û ã Ú è é à Ù ê ß Ú ß Ù à Ý Þ ß þ′

ß Ú Û Ü éÝ Þ ß � 7 × è ß Ú ß Ø ï á Ù â ä ã Ú è Ù Ý à â Ú á Ù Ý ß Û î à Ü Ý ß ã Ú å 8 Ú ß Ü é Ý Þ ßî Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ß ä Ù ç ä Ü î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù î à ß ê Ù Ý â à ß ä Ý Ü î á Ü Û Ü Ú Ù Ýî Ü ä ã Ý ã Ü Ú + ã Ú � 7 × ô õ Õ å æ ä ã Ú è ç ß î Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ï æ � á Þ ã á , ß Ú �ì è í î Ý � Ö / ö � Õ Ö Ö / ï Þ Ù Û Ü Ú ç í Ù Õ Õ ô Ù Ù � æ ô 9 î à Ü Ý ß ã Ú ï Ù Ú Û Ù ç çÜ é Ý Þ ß Þ â ê Ù Ú Ù Ú Û Ü Ý Þ ß à î Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ß ä Þ Ù Û � æ ô 9 î à Ü Ý ß ã Ú äá Ü ê î à ã ä ã Ú è Ý Þ ß é â ç ç � × ô Ù Ù ä ß � â ß Ú á ß å ÿ Ü Û ã ä Ý ã Ú á Ý Ù ê ã Ú ÜÙ á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ð ß à ß é Ü â Ú Û ã Ú Ý Þ ß Ú â á ç ß Ü î à Ü Ý ß ã Ú Ü à ÿ 0 Õî à Ü Ý ß ã Ú ä å æ ç ç Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä Ù Ú Û Ý Þ ß Ü Ý Þ ß àá ç Ù Û ß Õ å Õ å × Ù Ú Û Õ å Õ å × å × ë ã à â ä ß ä à ß Ý Ù ã Ú ß Û � 7 Õ � Õ 2 ) Ù Ú Ûÿ 0 × + Õ ì ï Ý ð Ü ê â Ý Ù Ý ã Ü Ú ä ã ê î Ù à Ý ã Ú è Þ Ü ä Ý ô ä î ß á ã : á ë ã à â ç ß Ú á ßî Þ ß Ú Ü Ý í î ß ä ã Ú ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä ï Ý Þ Ù Ý Ù à ß Ù ç ä Ü á Ü Ú ôä ß à ë ß Û ã Ú Ú ß Ù à ç í Ù ç ç á ç Ù Û ß Õ å Õ ô Ü à ã è ã Ú ë ã à â ä ß ä ã ä Ü ç Ù Ý ß Û é à Ü êÞ â ê Ù Ú ä Ù Ú Û ü ã à Û ä ò " û ï " Ø å; � � � < � � � � � � � � � � � � � � � = � � � > � ? � @ A � B C � � � � � � � � � � � � � � �ó Ü Ù ä ä ß ä ä Ý Þ ß ß ñ Ý ß Ú Ý Ü é Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á Û à ã é Ý Ù ê Ü Ú è à ß á ß Ú ÝÞ â ê Ù Ú ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ã ä Ü ç Ù Ý ß ä à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü D ý 8 ôà ß á Ü ê ê ß Ú Û ß Û á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß ë Ù á á ã Ú ß ë ã à â ä ß ä ï ð ß î ß à é Ü à ê ß ÛÞ ß ê Ù è è ç â Ý ã Ú ã Ú ã Ú Þ ã ü ã Ý ã Ü Ú ò ý � Ø Ý ß ä Ý ä â ä ã Ú è é ß à à ß Ý Ù Ú Ý ã ä ß à Ùà Ù ã ä ß Û Ù è Ù ã Ú ä Ý Ù î Ù Ú ß ç Ü é ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è æ � ì è í î Ý �ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ò Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë Ù á á ã Ú ß á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß à ß á Ü ê ôê ß Ú Û ß Û ü í D ý 8 Ø ò " - Ø Ù Ú Û ã ä Ü ç Ù Ý ß ä é à Ü ê î à ß ë ã Ü â ä í ß Ù à ä åæ Ú Ý ã ä ß à â ê è ß Ú ß à Ù Ý ß Û Ù è Ù ã Ú ä Ý æ � ì è í î Ý � ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö à ß ôë ß Ù ç ß Û ý � Ý ã Ý ß à ä Ý Ü à ß î à ß ä ß Ú Ý Ù Ý ã ë ß ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ã ä Ü ç Ù Ý ß äé à Ü ê Õ Ö × × Ý Þ Ù Ý Û ã é é ß à ß Û E . ô é Ü ç Û ï á Ü ê î Ù à ß Û ð ã Ý Þ Ý Þ ß Þ Ü ôê Ü ç Ü è Ü â ä Ý ã Ý ß à Ü é Ý Þ ß á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß ë Ù á á ã Ú ß ë ã à â ä ò Ü Ú ç ã Ú ßó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ ó Ù ü ç ß Ø å 1 Ü ê î Ù à ß Û ð ã Ý Þ æ � ì è í î Ý �ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ï ê Ü ä Ý Ü é Ý Þ ß Ù Ú Ù ç í � ß Û ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Þ â ê Ù Ú äã Ú é ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × Þ Ù Û � ! / Ù Ù á Þ Ù Ú è ß ä ã Ú Ý Þ ß ý æ × î à Ü Ý ß ã Úò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ ö ï ð ð ð Ú á å á Û á å è Ü ë � ì � F �Ù à Ý ã á ç ß � × + � × � × Õ ô × Ö / Ö ô ó ß á Þ Ù î î ö å ñ ç ä Ø å * ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß ë Ù á ôá ã Ú ß ä Ý à Ù ã Ú ï Ý Þ ß ä ß ë ã à â ä ß ä ä Þ Ù à ß Û ö á Ü Ú ä ß à ë ß Û Ù ê ã Ú Ü Ù á ã ÛÛ ã é é ß à ß Ú á ß ä Ù Ý î Ü ä ã Ý ã Ü Ú ä î à ß ë ã Ü â ä ç í ä Þ Ü ð Ú Ý Ü ü ß ã Ú ë Ü ç ë ß Ûã Ú Ù Ú Ý ã ü Ü Û í à ß á Ü è Ú ã Ý ã Ü Ú ò F × þ . ÿ Ù Ú Û ÿ × þ þ F Ø Ü à à ß á ß î ôÝ Ü à ü ã Ú Û ã Ú è ò G × ö . æ Ø å * ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß Þ Ü ê Ü ç Ü è Ü â ä Ý ã Ý ß à ïý � Ý ã Ý ß à ä Ü é Ù Ú Ý ã ä ß à â ê Ý Ü æ � ì è í î Ý � ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ð ß à ß à ß ôÛ â á ß Û ü í / ô é Ü ç Û ð ã Ý Þ æ � ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × × Ù Ú Û æ � ì è í î Ý �ÿ 2 þ � Õ � Õ Ö × × ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ ó Ù ü ç ß Ø å æ �ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × × î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù á Þ Ù Ú è ß Ù Ý î â Ý Ù Ý ã ë ß Ù Ú Ý ã ôè ß Ú ã á ä ã Ý ß æ ò æ × Õ 2 ó Ø à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ü Ý Þ ß à è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ïü â Ý Ý Þ ß à ß ð ß à ß Ú Ü Ü Ý Þ ß à Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú äÙ Ý , Ú Ü ð Ú é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç ä ã Ý ß ä Ý Ü ä â î î Ü à Ý Ý Þ ã ä : Ú Û ã Ú è ò Ü Ú ç ã Ú ßó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ ö Ø åó Þ ß ý � Ý ã Ý ß à ä Ü é Ù Ú Ý ã ä ß à Ù Ý Ü ß Ù à ç ã ß à á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë ã à â ä ß äò è à Ü â î ä æ ï 7 ï Ù Ú Û F Ø ð ã Ý Þ è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Õ Ö × × ð ß à ßà ß Û â á ß Û H / ô é Ü ç Û à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß Þ Ü ê Ü ç Ü è Ü â ä ë Ù ç â ß ä ï ã Ú Û ã ôá Ù Ý ã Ú è ä â ü ä Ý Ù Ú Ý ã Ù ç Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á á Þ Ù Ú è ß ã Ú à ß á ß Ú Ý í ß Ù à ä å ó Þ ß ä ßß Ù à ç ã ß à ë ã à â ä ß ä Þ Ù Û ê Ù Ú í Ü Ý Þ ß à Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç ý æ × ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú äã Ú á Ü ê î Ù à ã ä Ü Ú Ý Ü Ý Þ ß è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è ä ß ë ß à Ù ç ã ÚÜ à Ú ß Ù à Ý Ü Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á ä ã Ý ß ä 7 Ù Ú Û 1 ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú ôÛ ã ñ ö Ø å � Ú Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú ï Ü Ú ç í Ý Þ ß è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ò ã Ú á ç â Û ã Ú è Ý Þ ß46 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 5: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, Egypt

I J K K L M N I L O P Q R Q S J O N T J T N U N V L W M W X J Y L M W J K L T O N Q L T P N Z [ \ ]^ S L K S L Q M N J O W O J T _ J K N M V V W V S N Z ` a b U W W c W X V S N d e O N K N c bV W O b f L M T L M g Q L V N h i j R k l S N U J O g N M P Y f N O W X K S J M g N Q J V L Y bY P M W T W Y L M J M V Q L V N Q f N V ^ N N M V S N K U J T N [ k [ k Z k Z I L O P Q N Q J M Tg O W P c m I L O P Q N Q ] V W g N V S N O ^ L V S J U J K n W X J M V L g N M L K K O W Q Q O N J K bV L I L V o L M [ b ^ J o V N Q V Q ] L M T L K J V N T L Q c J O J V N N I W U P V L W M J O o c J V S QW X V S N Q N U L M N J g N Q k p M J g O N N Y N M V ^ L V S c O N I L W P Q q M T L M g Q h r s R ]^ N Q S W ^ N T V S J V Q N O J g N M N O J V N T J g J L M Q V V S N K U J T N [ k [ k Z k Z I L bO P Q N Q h N k g k ] e t K S L K n N M t u g o c V t \ v a ` b w e x y z ` t [ a a { J M T V S Ne t u g o c V t ` ` a a b w e x y z ` t [ a a | I J K K L M N K J M T L T J V N R T L T M W VK O W Q Q O N J K V ^ L V S V S N g O W P c m I L O P Q N Q k} ~ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �e M J U o Q N Q W X c P V J V L I N Y W U N K P U J O Y J O n N O Q W X O N Q L Q bV J M K N V W J M V L I L O J U T O P g Q h J T J Y J M V J M N Q J M T w e L M S L f L V W O Q R

L T N M V L q N T X N ^ I J O L J V L W M Q W X K W M K N O M X W O c P f U L K S N J U V S k e tu g o c V t v ` \ � b w e x y z ` t [ a a \ S J T J M p U N b V W b l S O Y P V J V L W M J Vc W Q L V L W M [ [ ` h p [ [ ` l R L M V S N w e J K V L I N Q L V N � S W ^ N I N O ] V S L QK S J M g N T L T M W V J X X N K V Q P Q K N c V L f L U L V o W X V S N I L O P Q V W W Q N U V J Y L bI L O h � a � L M S L f L V W O o K W M K N M V O J V L W M � k [ ` M x R k e t u g o c V t a � a � bw e x y z ` t [ a a \ S J T J Y P V J V L W M W X p Z Z { x L M V S N w e ] J M TK W Y c J O N T ^ L V S V S N Q N M Q L V L I N K W M V O W U I L O P Q ] ^ S L K S U J K n N TV S L Q Y P V J V L W M ] e t u g o c V t a � a � b w e x y z ` t [ a a \ S J T J � b X W U TO N T P K N T Q P Q K N c V L f L U L V o V W W Q N U V J Y L I L O h Z � k v � M x I Q k [ k � |M x R k � W P O I L O P Q N Q S J T V S N � [ { e Y P V J V L W M L M V S N x [ c O W bV N L M h e t u g o c V t [ [ | \ t w e x y z ` t [ a a | ] e t u g o c V t [ � v � tw e x y z ` t [ a a | ] e t u g o c V t w � { { v t [ a Z Z ] J M T e t u g o c V tw { { [ v t [ a Z Z R ] J M T Z I L O P Q S J T V S N � ` Z w Y P V J V L W M h e tu g o c V t ` ` a a t w e x y z ` t [ a a | R k l S N Q N I L O P Q N Q J O N c O N T L K V N TV W f N O N Q L Q V J M V V W x [ L W M b K S J M M N U f U W K n L M g T O P g Q k Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 47

� � � � � � � � � � �   ¡ ¢ � � £ � � ¤ � ¥ � ¦ § ¤ ¨ � © � � � � � ¨ � ¡ � � ª � « ¬ ­ ® ¯ ° ± © � ¢ ¡ § � § � � ¨ � ¥   � � � ² ¡ £ � � § � � ³ � ´ µ   § � � ¥ � ¶ · · ¸ ¹º ¢ ¤   � � � » � £ � � ¤� ¥ � ¦ µ ¤ § �   � ¤ � ¼ ½ ¾ ¿ À Á ¾  ¿ Ã Ä Å ¡ � ¥   � ¤ � � � ¢ � � � © � � ¥ � ¬ ¢ � ¨ � ¢ � � ¥ � Æ ±¶ � ¶ � ° Ç È É Ê Ë Ì Í ¶ · · Ω � ¢ � � �   § Ï ¶ · · ¸ Ð ¶ · · Ñ© � ¢ � � �   § Ò « » Ó » � � ¦ Ô ¶ � ¶ � ° � °º Ó ¶Ñ · Õ Õ Õ Õ Ö Ö ¯ º � � � ¦ � � � § �   � ¬ × Ø Ù × Ú ±° ¶ Î Û Û Û Û � �¶ Î ¶ Ü Ü Ý Ý Ý Ý ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �º Ó °à Ñ á â â â ã ã ã ¥ ä ¯ « � � � ¦ � � � ¬ × å ±º Ó ° Ç Å ¶á · æ æ Ô ç è Ô Ô Ô ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �º « á · · é é � � � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �ê ° ® Õ Õ Ö ç ä Ö Ö Ö ê ° ® ä £ � £ £ � � � � � ² ¤ §   � ¦ � µ   �   � ¤ � ¬ ë ì ±­ « á à Û Û Û Û Ô Ô « �   � � � � � ¥ § �   � È ¬ ë × ±° ¶ · Û Û í î Û Û � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �° ¶ Î î ï ð î ï ð î ï ð î ï ð � ã ç � ¯ � � ¢ ¤ ¢ � ¦ ñ � ¥ � �     ¤   ² � ¢ � ¥ � µ   ¤ ¢� � � ¦ � � � § �   � ° à · Ç � ¤ ¤ µ ¬ ë × ±° ® ° é é é é Ý Ý « �   � � � � � ¥ § �   � Ó � � ¦ ¢ � ¥ � µ   ¤ ¢ � � � ¦ � � �¬ ë × ±¯ « ¶ ¶ á Ü Ü Ü ã ã ã ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �á ® · æ æ æ � � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �ò ° Î ® ó ó ó ä ä ä ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �° ê Ñ é é Ý Ý Ý Ý ä ¯ º � � � ¦ � � � § �   � ¬ ë ë ±¶ · ¸ â â ¯ ¯ ¯ ¯ò ¶ ® ° ô ô È È È È ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �¯ � °á Ñ â ¯ â ¯ ¯ ¯ ä ¯ « � � � ¦ � � � § �   � ¬ ë õ ±° Î Ñ ö ö Ý ç ÷ Ý Ý Ý ç ÷ ³ ¨ ¨ � ¥   ¤ ¢ ¦ ¤ £ � � � ø � � ² � � �   � ¤ � ¤ ¨£ �   ¡ ¢ �   � ¤ � � � ¦ � ù µ ¤ ¢   �   � ¤ � ¤ ¨ ² ¤ §  � �   � © � ¢ � � £ ä ¯ « § ¬ ë õ ±¶ ¶ Î ú ú Ö Ö Ö Ö º Ô û � � � � � ¦ £ ¤   � ¨ ¤ ¨ ­ º « Ý � ü ¡ � � § ³ � ³ ÷¬ ë õ » ë ý ±þ ÿ � � � � � � � � � � � � ÿ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ÿ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ! " � � � # � � � � � � � � � � ! � � � � $ % � " � � � � � � � � � � � � $ � � "� � � � � � $ � � � & ! " � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � '¢

� � � � � � � � � � � � � � $ � " � � � # � � � � � � � � � � � � � � $ ( � � " � � � � � � � � $ % " � � � � � � � � � � � � � $ ) "� � � � � * � � � � $ + % � " � � � � � � � � � � � � � � � � $ % , " � � � � � � � � � � � � � � � � $ � ( - " � � � � � # � � � � � � � � � � � # � � � � � � � " . / 0 1 0 2 3 4 5 6 � � � 7 � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � " � � � 8 � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � $ ÿ � 9 " � � � � � # � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � 8 � $ : , : ; " ÿ ' % � � ( - � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �< = > ? @ A B C D � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ! � ! � � � E � � � � � � � �F G H I J K L M N O J H M P L K Q L I N P N L O O R P M L H M S J P T O � : � # � � � � � U V � % ) + W X � ! Y Y � �Z � : � # � � � Y � Y � � % ) + W X � ! Y Y � " � : � # � � � ! U ' ! � % ) + W X � ! Y Y � " � : � # � � � X V ' Y � % ) + W X � ! Y Y � �[ : � � � # ! � ! � � � E � � � � � � � � � � � ! Y Y U \ ! Y Y ] ^ � : � # � � � X � V � % ) + W X � ! Y Y U " � : � # � � � ! ' V � � % ) + W X � ! Y Y ] " � : � # � � � ! ! ] � � % ) + W X � ! Y Y ] �_ + � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �

Page 6: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCH` a b c d b b a e fg h i j k l m m n o p q r s t u v w x k s y x t k z v u h q u k x i { | } k x y ~� � � � � � � � � � � h x { w h i ~ k j t h y i w h i u { | v i w t u v i v i r y t u k xj y { i t x r � � t t u k k i z y ~ l m � � o p q r s t u v z x k s y x t k z � n � � � � �y ~ t u k t y t v � � l u { | v i j v w k w h i t u k � y x � z ~ y x t u v t r k v x os � v j h i q p q r s t w k j y i z y i � r t y � i z y i k w h v h i t u k i { | } k xy ~ x k s y x t k z u { | v i h i ~ k j t h y i w w h i j k l m m � � � � � p � s y w { x kt y w h j � y x z k v z s y { � t x r u v w } k k i x k s y x t k z v w t u k � h � k � rw y { x j k y ~ h i ~ k j t h y i ~ y x i k v x � r v � � u { | v i j v w k w h i p q r s t� � � � � � y w t y ~ t u y w k k � s y w { x k w � k x k z k w j x h } k z v w y j j { x �x h i q h i } v j � r v x z s y { � t x r w k t t h i q w � v � t u y { q u h i ~ k j t h y i h ih i z { w t x h v � � j y | | k x j h v � w k t t h i q w j y { � z i y t } k x { � k z y { t h ~w y | k y i k � y x � k z h i y x � h w h t k z t u k w k w k t t h i q w � � � � � � � u kj y i t x v w t } k t � k k i t u k x h w h i q i { | } k x w y ~ u { | v i h i ~ k j t h y i wz k t k j t k z k v j u r k v x h i p q r s t v i z t u k z k j � h i h i q j v w k � ~ v t v � h t rx v t h y w w h i j k l m m n � k z t y w s k j { � v t h y i v } y { t t u k k � y � { t h y iy ~ i k � � h x y � y q h j s x y s k x t h k w h i � { k i j h i q t u k k s h z k | h y � y q ry ~ w { } t r s k � � � � � h x { w h i p q r s t � � o � o � � � � � y h i � k w t h q v t ks y w w h } � k | y � k j { � v x k s h z k | h y � y q h j j y x x k � v t k w y ~ t u k w kt x k i z w o � k v i v � r � k z t u k j y | s � k t k q k i y | k w y ~ � h x { w k w h w y �� v t k z ~ x y | u { | v i w h i p q r s t z { x h i q l m m � � l m � � �� u r � y q k i k t h j v i v � r w h w y ~ � � q k i k w h i z h j v t k z t u v t w { } �t r s k � � � � � h x { w k w ~ x y | j � v z k w l � l � � v i z l � l � � � � j y i t h i �{ k z t y j y � j h x j { � v t k h i x k j k i t r k v x w � � � � � i v z z h t h y i o t u k � �y ~ j � v z k l � l � � � h x { w k w � v w v � w y ~ y { i z t y j � { w t k x h i � y ~ �z h w t h i j t | y i y s u r � k t h j q x y { s w � s x k � h y { w � r t k x | k z q x y { s w� �   � � � o ¡ ¢ � � £ ~ t u k u { | v i h i ~ k j t h y i w z { x h i q l m m n � l m � � on � � � k x k j v { w k z } r � h x { w k w ~ x y | v w h i q � k s u r � y q k i k t h jq x y { s o j � v z k l � l � � � ¤ o � u k x k v w h i ~ k j t h y i w z k t k j t k z z { x h i ql m m � � l m m ¥ h i � y � � k z � h x { w k w ~ x y | l � l � � � ¦ v i z �   �� i j y i t x v w t � h t u t u k | { � t h s � k u { | v i h i ~ k j t h y i w j v { w k z} r t u k j � v z k l � l � � � h x { w k w o y i � r � u { | v i h i ~ k j t h y i } r vj � v z k l � l � � � � � h x { w � v w z k t k j t k z � § h q { x k � � � � u k s x k z y | h �i v i j k y ~ j � v z k l � l � � � ¤ � h x { w k w v | y i q � y y i y t h j h i ~ k j t h y i wh i u { | v i w v s s k v x w t y } k v w w y j h v t k z � h t u t u k s k x w h w t k i t j h x �j { � v t h y i y ~ t u h w q x y { s y ~ � h x { w k w h i } v j � r v x z y x s k x h z y | k w �t h j s y { � t x r � � m � � � y � k � k x o t u k x k x k | v h i w w y | k k � y � { t h y i v x rz h � k x q k i j k } k t � k k i l z h w j x k t k � � j � { w t k x w z k t k j t k z h i l m � �t u v t | v r j y x x k � v t k � h t u t u k q k y q x v s u h j w k s v x v t h y i } k t � k k it u k | v ¨ y x h t r y ~ q x y { s ¤ q k i k w t u v t y x h q h i v t k z ~ x y | t u k � h � k  k � t v v i z t u y w k ~ x y | w t x v h i � � p q r s t � � m � l � � l m � � o � u h j u� v w j y � � k j t k z ~ x y | t u k � w � v i q y � k x i y x v t k h i t u k w y { t u y ~t u k j y { i t x r � � u k s v { j h t r y ~ u { | v i h i ~ k j t h y i w � h t u j � v z kl � l � � � � � h x { w k w o � u h j u j h x j { � v t k s x k z y | h i v i t � r h i j y | | k x �j h v � s y { � t x r � ¢ © � o | v r x k w { � t ~ x y | h i t x h i w h j � h x v � s x y s k x t h k wy x ~ x y | u { w } v i z x r s x v j t h j k w t u v t x k z { j k t u k s x y } v } h � h t r y ~� y y i y t h j h i ~ k j t h y i � � u { w o k � s y w { x k t y w { } t r s k � � � � � h �x { w h i } v j � r v x z y x s k x h z y | k w t h j k i � h x y i | k i t w o x v t u k x t u v ij y | | k x j h v � w k t t h i q w o v s s k v x w t y } k j y x x k � v t k z � h t u q x k v t k xx h w � ~ y x � y y i y t h j � � � � h i ~ k j t h y i w �� u k q k i k t h j � v x h v t h y i t u v t � v w y } w k x � k z v | y i q t u k � �q k i k w y ~ j � v z k l � l � � � h x { w k w j y x x k � v t k z � h t u v i h i j x k v w k zj y | s � k � h t r h i t u k v i t h q k i h j j u v x v j t k x h w t h j w y ~ t u k � h x { w k w

j { x x k i t � r j h x j { � v t h i q h i p q r s t � � � t u y { q u v � � j � v z k l � l � � � h �x { w k w x k | v h i j x y w w x k v j t h � k t y w k x v s x y z { j k z v q v h i w t x k ~ k x �k i j k � h x { w k w ~ x y | t u k w v | k j � v z k o � � v w w v r x k w { � t w h i z h j v t k zt u v t j y i t h i { k z � v x h v t h y i v | y i q � o ¦ o ¤ o v i z   � h x { w k w u v wx k w { � t k z h i x k z { j k z t h t k x w y ~ x k j k i t l � l � � � ¤ � h x { w k w v q v h i w tv i t h w k x v t y y � z k x j � v z k l � l � � � h x { w k w � � t w u y { � z } k i y t k z o t u v tt u k x k j k i t l m � � h w y � v t k w � k x k v i t h q k i h j v � � r j � y w k � r x k � v t k zt y t u k s x y s y w k z ª � £ j v i z h z v t k � v j j h i k � h x { w o � � p q r s t �� m � m � l � l m � m o h i z h j v t h i q v q y y z v i t h q k i h j | v t j u } k t � k k ij { x x k i t � r j h x j { � v t h i q w t x v h i w v i z t u k s x y s y w k z � v j j h i k �� � t u y { q u t u k � � v i z � � q k i k w s � v r v | v ¨ y x x y � k h it u k t x v i w | h w w h y i y ~ � � � � � � � � � � � h x { w o t u k h i t k x i v � q k i k wj v i v � w y | y z { � v t k s v t u y q k i h j h t r v i z t x v i w | h w w h } h � h t r y ~ t u k� h x { w � ¡ � � � � � � � y ~ { x t u k x h i � k w t h q v t k t u k k � y � { t h y i y ~ t u kh i t k x i v � q k i k w y ~ w { } t r s k � � � � � h x { w k w ~ x y | u { | v i w v i zz k t k j t s y w w h } � k x k v w w y x t | k i t � h i t x v j � v z k y x y t u k x � o � k s k x �~ y x | k z v w r w t k | v t h j v i v � r w h w y ~ t u k s u r � y q k i k t h j x k � v t h y i �w u h s w v | y i q v � � t u k q k i k w � � u k x k � v w v i y t v } � k z h ~ ~ k x k i j kh i t u k t y s y � y q r y ~ t u k s u r � y q k i k t h j t x k k y ~ t u k � g q k i kj y | s v x k z � h t u y t u k x h i t k x i v � q k i k w � w { s s y x t k z } r } y y t �w t x v s � v � { k w « ¥ m � h i t u v t i y z h w t h i j t l � l � � � ¦ v i z l � l � � �  w { } q x y { s w � k x k k � h z k i t ~ y x t u k � g q k i k t x k k � � � � t u k h i t k x �i v � q k i k w t u v t z h z i y t v s s k v x t y j y � k � y � � k � h t u t u k h x w { x �~ v j k q k i k w w u y � t u k j � y w k w t x k � v t h y i w u h s t y t u k q k i k w y ~ � �t { x � k r � � { x � k r � l m m � o h i z h j v t h � k y ~ v � v j � y ~ w t x y i q w k � k j t h � ks x k w w { x k � � u k w k ¬ i z h i q w v � w y j y i ¬ x | k z s x k � h y { w x k s y x t wt u v t w { } t r s k � � � � q k i k w u v � k i y t } k k i h i t x y z { j k z ~ x y |� w h v h i t y p q r s t w h i j k l m m � � � u k s u r � y q k i h k w y ~ v � � t u kq k i k w ~ x y | t u k � h x { w k w h i p q r s t � v j � k z k � h z k i j k y ~ x k v w �w y x t | k i t � h t u y t u k x v � h v i h i � { k i � v q k i k w �� u k j y � j h x j { � v t h y i y ~ � n � l v i z s y t k i t h v � � r y t u k x­ � � � � � h x { w k w h i p q r s t u v w } k k i x k s y x t k z � ¢ ¡ � ® t u { w o t u kv } w k i j k y ~ q k i k t h j x k v w w y x t | k i t } k t � k k i w { } t r s k � � � �v i z ­ � � � v � h v i � h x { w k w ~ x y | s y { � t x r j y { � z } k j y i w h z k x k z{ i k � s k j t k z � � i j y i t x v w t t y x k v w w y x t v i t q k i y t r s k w t u v t u v � k} k k i h z k i t h ¬ k z h i y t u k x j y { i t x h k w o t u k u y | y q k i k y { w q k i k t h j| v � k { s y ~ w { } t r s k � � � � � h x { w k w h i p q r s t | v r w t k | ~ x y |t u k j u v x v j t k x h w t h j w y ~ t u k s y { � t x r t x v z k � h t u i k h q u } y x h i qj y { i t x h k w y x ~ x y | y t u k x ~ v j t y x w � k v z h i q t y ~ k � k x y s s y x t { �i h t h k w ~ y x j y � h i ~ k j t h y i w � h t u y t u k x v � h v i h i � { k i � v � h x { w k w �� t t u k s x y t k h i � k � k � o k � y � { t h y i v | y i q l � l � � � ¤ � h x { w �k w o j y | s v x k z � h t u t u v t v | y i q y t u k x j � v z k l � l � � � h x { w k w ou v w x k w { � t k z h i t u k ¬ � v t h y i y ~ v t � k v w t � w { } w t h t { t h y i w h it u k � � s x y t k h i � ª u k i ~ y { i z t y q k t u k x o l y ~ t u k � � � | { �t v t h y i w u v � k } k k i h | s � h j v t k z v w s y w w h } � k u y w t v z v s t v t h y i| v x � k x w ¯ t u k z k � k t h y i y ~ x k w h z { k � l n v i z t u k � � � � � w { } �w t h t { t h y i k i v } � k z h i � h t x y } h i z h i q t y ° � l o � w h v � y w h z k w v i z� h x { � k i j k h i | h j k � � � � � � y � k � k x o t u k w k l | { t v t h y i w | v rv � w y | k z h v t k v i t h q k i h j z x h ~ t � � © � � � u k ± � � � ² w { } w t h t { t h y ih i t u k � � s x y t k h i w y ~ l � l � � � ¤ � h x { w k w x k s x k w k i t w v i y t u k xs y t k i t h v � | v x � k x y ~ u y w t v z v s t v t h y i � ¡ � � � � y | v x � k x w y ~v i t h � h x v � z x { q x k w h w t v i j k � k x k ~ y { i z t y } k j y i w k x � k z h ik h t u k x t u k � � y x � l y ~ v i r y ~ t u k u { | v i � z k x h � k z w { } t r s k48 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 7: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, Egypt³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ½ ¾ ¿ ¸ À ¼ Á ¸ Â Ã Â Ä ¸ Å ¸ Æ · ¼ » Ç ¸ Ä È Ç ¸ Â Æ » Â É Ç Ê ¼ Ê º Á È ÆÅ È » ¼ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ É ¹  Á Í Ê ¸ Å Ê Ç Ê ¼ » Ç º À ̸ » Â Ã È Ç ¼ » Í ¼ ¹ ¼ À ¼ ¹ ¸ · ¼ À Å Â º à À Æ Â Ç Å Â Æ Î ¹ Á Í Ê ¸ Å Ê ¿ È Ç ¸ ¼ Æ Ç »Ê È À ¹ ¼ Å ¼ ¸ · ¼ À  » ¼ Ã Ç È Á ¸ · ¸ ¹  ¹ Â Ç Ê ¼ ¹ È Æ Ç ¸ · ¸ ¹ È Ã Ç ¹ ¼ È Ç Á ¼ Æ Ç » ½³ Â Í ¼ · ¼ ¹ Ï ¿ ¹ ¼ · ¸  º » È Æ È Ã Ì » ¼ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ »  ÐÃ È Ç ¼ À É ¹  Á ¿  º Ã Ç ¹ Ì ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç Í ¼ ¹ ¼ É Â º Æ À Ç Â Ê È · ¼ Ñ Ò È Æ Àµ Ó ¿ ¹ Â Ç ¼ ¸ Æ » Í ¸ Ç Ê È Æ Ç ¸ · ¸ ¹ È Ã ¹ ¼ » ¸ » Ç È Æ Å ¼ Á È ¹ Ô ¼ ¹ » Ï ¸ Æ À ¸ Å È Ç ¸ Æ ÄÇ Ê È Ç Ç Ê ¼ » ¼ Á º Ç È Ç ¸ Â Æ » ¼ Õ ¸ » Ç Ç Â »  Á ¼ ¼ Õ Ç ¼ Æ Ç ¸ Æ · ¸ ¹ º » ¼ » Å ¸ ¹ Å º ÐÃ È Ç ¸ Æ Ä Í ¸ Ç Ê ¸ Æ Ç Ê ¼ ¿  º Ã Ç ¹ Ì ¿  ¿ º Ã È Ç ¸ Â Æ Ö × Ø ½Ù Æ » º Á Á È ¹ Ì Ï Â º ¹ Î Æ À ¸ Æ Ä » ¸ Æ À ¸ Å È Ç ¼ Ç Ê È Ç Ç Ê ¼ ¹ ¼ Å ¼ Æ Ç » º Ë ÐÇ Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ » Â Ã È Ç ¼ À É ¹  Á Ê º Á È Æ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ »  ¹ ¸ Ä ¸ ÐÆ È Ç ¼ À É ¹  Á ¿  º Ã Ç ¹ Ì ½ Ú Ê ¼ » ¼ · ¸ ¹ º » ¼ » ¼ ·  à · ¼ À É ¹  Á È » ¸ Æ Ä Ã ¼Ä ¼ Æ Â Ç Ì ¿ ¼ ¸ Æ Ç ¹  À º Å ¼ À ¸ Æ Ç Â ¾ Ä Ì ¿ Ç ¸ Æ Ò Û Û ´ Ü Ò Û Û Ý Þ Ç Ê ¼ ¹ ¼ ¸ » Æ Â¼ · ¸ À ¼ Æ Å ¼ Â É » º Ë » ¼ ß º ¼ Æ Ç ¹ ¼ È » »  ¹ Ç Á ¼ Æ Ç Í ¸ Ç Ê Æ ¼ Í » º Ë Ç Ì ¿ ¼³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » Ä ¼ Æ ¼ » ¸ Æ Ç ¹  À º Å ¼ À ¸ Æ Ç Â ¾ Ä Ì ¿ Ç Â ¹ ¹ ¼ » ¸ À ¼ Æ Ç à á Ó Ù· ¸ ¹ º » ¼ » ½ Ú Ê ¼ · ¸ ¹ º » ¼ » Ê È · ¼ Ë ¼ ¼ Æ Â Ë » ¼ ¹ · ¼ À ¸ Æ È Ã Ã » º Ë Ç Ì ¿ ¼³ ´ µ ¶ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ » ¸ Æ Ê º Á È Æ » » ¸ Æ Å ¼ Ò Û Û â È Æ À Ë ¼ Ã Â Æ Ä Ç Â È » º Ë ÐÄ ¹  º ¿ Ï Ç ¼ ¹ Á ¼ À Ò ½ Ò ½ ¶ Ð ã Ï Í ¸ Ç Ê º Æ ¸ ß º ¼ Ä ¼ Æ ¼ Ç ¸ Å » ¸ Ä Æ È Ç º ¹ ¼ » Ç Ê È ÇÁ È Ì Å Â Æ Ç ¹ ¸ Ë º Ç ¼ Ç Â Ç Ê ¼ ¸ ¹ ¿ ¼ ¹ » ¸ » Ç ¼ Æ Å ¼ ¸ Æ ¿  º Ã Ç ¹ Ì ½ Ó ¹ È Ç ¸ Â Æ È Ã ¼É  ¹ à ¸ Æ Ô ¸ Æ Ä Ç Ê ¼ Â Ë » ¼ ¹ · ¼ À È Á ¸ Æ Â È Å ¸ À Å Ê È Æ Ä ¼ » Ç Â Ç Ê ¼ À ¼ Å Ã ¸ Æ ¼¸ Æ Å È » ¼ Ð É È Ç È Ã ¸ Ç Ì ¹ È Ç ¸  » » ¸ Æ Å ¼ Ò Û Û â Å Â º à À Æ Â Ç Ë ¼ ¸ À ¼ Æ Ç ¸ Î ¼ À ½ä Ì » Ç ¼ Á È Ç ¸ Å È Æ È Ã Ì » ¸ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç ¸ »Å ¹ ¸ Ç ¸ Å È Ã Ç Â Ë ¼ Ç Ç ¼ ¹ º Æ À ¼ ¹ » Ç È Æ À Ç Ê ¼ Ä ¼ Æ ¼ Ç ¸ Å È Æ À ¿ Ê ¼ Æ Â Ç Ì ¿ ¸ ż ·  à º Ç ¸ Â Æ Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç È Æ À Ç Â ¸ Æ É Â ¹ Á¿ º Ë Ã ¸ Å Ê ¼ È Ã Ç Ê ¿ ¹ Â Ä ¹ È Á » Ç Â ¹ ¼ À º Å ¼ Ç Ê ¼ ¹ ¸ » Ô É Â ¹ å Â Â Æ Â Ç ¸ Å ¸ Æ ÐÉ ¼ Å Ç ¸ Â Æ » È Æ À ¿ ¹ ¼ · ¼ Æ Ç Â ¹ Á ¸ Ç ¸ Ä È Ç ¼ È ¿ Â Ç ¼ Æ Ç ¸ È Ã ¿ È Æ À ¼ Á ¸ Å ½æ ç è é ê ë ì í î ï ð í é ñ òó ô õ ö ÷ ø ù ú û ÷ ø ü ý ö ô õ ÷ þ ÿ ÷ ø ÷ � � ÷ � � � þ � � � ÷ ö � û ý ÷ � ô � þ � ö ÷ �ú û � � þ � û ÷ ø ÿ ô � ö ÷ õ þ � ô � � ø ÷ ÷ ö ÷ õ þ ÷ ø � � ô � ÷ ÷ � � � � õ ö ô � �� ø õ � � � � õ � ø � õ õ ö � � û ÷ ø � � � � � � õ ÷ ø � õ ö ô � � � � � � � õ � õ ö ô � � � �ô � õ � ó ô ÷ � � õ ö ÷ ø ù � � � ÷ ø ø � � ÷ õ õ � � � � � � � � � � ø � ô � � ô ø � ô � ÷ õ ÷� � û � � � õ � ü � � � � � ô � � � õ ô � � ø � � ý ú � � � õ ö ô � � � ÷ � � ø � õ � ÷ õ � � ô øý ö ÷ � � ø ú � � � ø � � ô ø � ÷ � ÷ õ ÷ � � � ô ø û � � ÷ ø ÷ � ü � ô � � ó ô � ÷ õ ô � � � �� ü ÷ � ù ø � � ô � ô õ ö ô ÷ � õ ö � � ÷ ø � õ ö ô � � � ø ÷ õ � ø ÷ ø � � � � û � õ õ � ø � ÷ � � ÷ õ � � ô � � õ ö ô � ô � � ô ø � ô � � � û � � ý ú � � � � � � � � � � ÷ õ ÷ � ÷ � ô þ ø � ö � � ö õ ö � � � ô � ô ÷ � � ö � � � ÷ � ô � � ! ö ô � � � õ � ÷ � � � õ � ø ÷ � � ô � � ô ø � ô �õ ö ÷ õ � ô � ô � � ô � � � � û � ÷ � � � ø � � � � ÷ õ ô � � ø ø � � ø ô ! ô � ö ø � � ÷ � ú � �� ô ø � � " # � $ ô � � ø � � ö � � � û � õ õ ô � � ô � � ô ø � ô � ÷ õ ÷ û ÷ ü � ô � ø õ ÷ � õ ô �� � � ô � õ � ü õ ö � � ö � � ý ú � � � � � � � � � ÷ � � � � � �ÿ � � % � ø ÷ ø ö ÷ � ÷ � ÷ � ö ô � � � � � � ô ø � ô � ô � ô ô � ø � ö ÷ � û ÷ �� ô � õ � � ÷ � � � � ô ø � ô � ÷ ø � � � ù � ÷ � ÷ û ô � � � ÷ � � ô � ô ÷ � � ö õ ô � ö ø � � � õ� ø õ ö ô � � � ÷ � ÷ ø � & ø õ � � � � � ô ÷ � ô ' ô � ô ÷ � � ö $ � � ÷ û ÷ õ õ ö ô ( ý) ÷ � ÷ � ÿ ô � � � ÷ � ' ô � ô ÷ � � ö ( ø � õ ) � * � ø � ÷ � � þ � ü � õ � ú � � õ � ø �õ ö � � � � ù � ô � � ô � ô ø õ � ö ô � ÿ ÷ � õ ô � � � õ ö ô � � � � ø � � � ÷ � � ÷ õ � ø � � õ ö õ ö ô ÷ � � � õ ü � $ ö ÷ � û ÷ � ü þ � ÷ � � ( ø � � ô � � � õ ü þ � ÷ � � þ � ü � õ �+ í , í - í é ç í ò. / 0 1 2 3 2 4 5 6 7 8 8 2 3 3 9 9 7 : 3 ; 9 < 9 = 7 4 > 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 6 7 4 DE F ? 3 A 3 2 7 4 7 4 6 ? 2 4 2 = A ? G E H 9 = 3 E 7 : @ F 8 A 4 I 4 : 9 = 3 2 7 4 J 2 3 ; G K 2 A 4 I 4 L F D9 4 C A G / M @ N O . P Q 2 1 F E / R H > A 3 9 7 4 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E2 4 : 9 = 3 2 7 4 2 4 ; F 8 A 4 E / O S 4 5 ? T U 9 > / V W W X Y Z N X [ V \ . ] ^ Z / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . W N \ _ O S T U 1 A W ^ W ^ V ^ a

V / b A 4 > 9 9 ? G c U A 4 7 4 = 7 F 1 3 < c G d > 9 ? b A 1 9 9 8 S c U 7 ; A 8 9 > G ; 8 9 >G O c S ? D e 9 : A 2 9 < c S E E 8 A 3 @ c 9 3 A ? / f 7 7 4 7 3 2 = 3 1 A 4 E 8 2 E E 2 7 4 7 : A K 2 A 42 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E M @ N O . P c S 5 g H 3 c V W W \ ] V W W a / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E /V W . W Y . \ [ . . W . ] ^ / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . \ W ^ / W a . \ a NZ / < A A > U h c G ; 8 9 > i < c j A 8 A ? D S ? > 9 2 4 U G c k 7 F > A U b c b ; A ? 2 ?k c l 2 4 5 E 3 < i c 9 3 A ? / m 7 E E 2 d ? 9 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A M @ N O . P : 1 7 8 8 2 5 1 A D3 7 1 g d 2 1 > c S 5 g H 3 / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E / V W W ^ Y . Z [ . . V W ] . / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . Z W ^ / W \ . V V Vn / k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / @ N O . @ m G I 5 ? 7 d A ? 7 K 9 1 K 2 9 J /V W W a / I E E F 9 . n o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J / : A 7 / 7 1 5 _ A K 2 A 4 L F _ 9 4 _7 K 9 1 K 2 9 J / ; 3 8N / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 _ 0 7 1 ? > B 1 5 A 4 2 E A 3 2 7 4 : 7 1 G 4 2 8 A ? @ 9 A ? 3 ; _k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 @ N O . S K 7 ? F 3 2 7 4 0 7 1 q 2 4 5j 1 7 F H / 6 7 4 3 2 4 F 2 4 5 H 1 7 5 1 9 E E 3 7 J A 1 > E A F 4 2 r 9 > 4 7 8 9 4 = ? A 3 F 1 9 : 7 13 ; 9 ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = @ N O . A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E 9 E [ > 2 K 9 1 5 9 4 = 9 7 := ? A > 9 V / V K 2 1 F E 9 E / I 4 L F 9 4 C A B 3 ; 9 1 e 9 E H 2 Q 2 1 F E 9 E / V W W a Y Z [ N a ] \ V /\ / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 _ 0 7 1 ? > B 1 5 A 4 2 E A 3 2 7 4 : 7 1 G 4 2 8 A ? @ 9 A ? 3 ; _k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 @ N O . S K 7 ? F 3 2 7 4 0 7 1 q 2 4 5j 1 7 F H / 6 7 4 3 2 4 F 9 > 9 K 7 ? F 3 2 7 4 7 : ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C AG M @ N O . P [ F H > A 3 9 > 4 7 8 9 4 = ? A 3 F 1 9 / I 4 L F 9 4 C A B 3 ; 9 1 e 9 E H 2 Q 2 1 F E 9 E /V W . V Y \ [ . ] N /^ / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / 6 F 8 F ? A 3 2 K 9 4 F 8 d 9 1 7 : = 7 4 r 1 8 9 > ; F D8 A 4 = A E 9 E : 7 1 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P 1 9 H 7 1 3 9 > 3 7 0 @ B c V W W Z ]V W . V / V W . V o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J / J ; 7 / 2 4 3 _ 2 4 L F 9 4 C A _ ; F D8 A 4 s A 4 2 8 A ? s 2 4 3 9 1 : A = 9 _ S O s j I m s V W . V W V W X 6 F 8 F ? A 3 2 K 9 O F 8 d 9 1 @ N O. = A E 9 E / H > :X / b A g A ? 2 j c 0 9 d d g e T c h F = A 3 9 C U k c S ? < ; 9 E ; 9 4 g e G c b A 4 > 9 2 ? G U cj 7 K 7 1 q 7 K A S G c 9 3 A ? / t ; 9 9 H 2 > 9 8 2 7 ? 7 5 2 = A ? A 4 > 8 7 ? 9 = F ? A 1 A E H 9 = 3 E7 : 2 4 L F 9 4 C A @ N O . K 2 1 F E 9 E A 3 3 ; 9 ; F 8 A 4 ] A 4 2 8 A ? 2 4 3 9 1 : A = 9 2 4 S 5 g H 3 /m i 7 < B O S / V W . . Y \ [ 9 . ^ ^ Z W / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . Z ^ . _ u 7 F 1 4 A ? /H 7 4 9 / W W . ^ ^ Z Wa / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / e 9 = 7 8 8 9 4 > A 3 2 7 4 E A 4 > ? A d 7 1 A 3 7 1 g H 1 7 D= 9 > F 1 9 E : 7 1 > 9 3 9 = 3 2 7 4 7 : A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E 2 4 E H 9 = 2 8 9 4 E: 1 7 8 E F E H 9 = 3 9 > ; F 8 A 4 = A E 9 E / V W . V o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J /J ; 7 / 2 4 3 _ 9 4 3 2 3 g _ 2 4 : ? F 9 4 C A _ 1 9 E 7 F 1 = 9 E _ > 7 = F 8 9 4 3 E _ ; N 4 . s ? A d 7 1 A 3 7 1 g sH 1 7 = 9 > F 1 9 E _ 9 4 _ 2 4 > 9 ` / ; 3 8 ?. W / S > 5 A 1 e 6 / U R < 6 i S [ 8 F ? 3 2 H ? 9 E 9 v F 9 4 = 9 A ? 2 5 4 8 9 4 3 J 2 3 ; ; 2 5 ; A = D= F 1 A = g A 4 > ; 2 5 ; 3 ; 1 7 F 5 ; H F 3 / O F = ? 9 2 = G = 2 > E e 9 E / V W W n Y Z V [ . ^ a V ] ^ /; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . W a Z _ 4 A 1 _ 5 q ; Z n W. . / t A 8 F 1 A b c m 9 3 9 1 E 7 4 h c m 9 3 9 1 E 7 4 O c < 3 9 = ; 9 1 j c O 9 2 U c b F 8 A 1 < /U S j G N [ 8 7 ? 9 = F ? A 1 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g 5 9 4 9 3 2 = E A 4 A ? g E 2 E F E 2 4 5 8 A ` 2 8 F 8? 2 q 9 ? 2 ; 7 7 > c 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g > 2 E 3 A 4 = 9 c A 4 > 8 A ` 2 8 F 8 H A 1 E 2 8 7 4 g 8 9 3 ; D7 > E / U 7 ? w 2 7 ? S K 7 ? / V W . . Y V X [ V ^ Z . ] a / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . W a Z _ 8 7 ? Dd 9 K _ 8 E 1 . V .. V / h 1 F 8 8 7 4 > G T c e A 8 d A F 3 G / w S G < t [ w A g 9 E 2 A 4 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g A 4 A ? g DE 2 E d g E A 8 H ? 2 4 5 3 1 9 9 E / w U 6 S K 7 ? w 2 7 ? / V W W ^ Y ^ [ V . n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . . X \ _ . n ^ . D V . n X D ^ D V . n. Z / w A ? 2 E ; G i c h A K 2 E 6 t c < A A > U h c S ? D < A g 9 > O c S E 8 A 3 @ c t u A > 9 4 T G c 9 3A ? / G 4 3 2 5 9 4 2 = A 4 > 5 9 4 9 3 2 = > 2 K 9 1 E 2 3 g 7 : ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = A K 2 A 4 2 4 L F D9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E 9 E 2 E 7 ? A 3 9 > 2 4 S 5 g H 3 / G K 2 A 4 h 2 E / V W . W Y N n M < F H H ?. P [ Z V a ] Z n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . \ Z ^ _ X a W Z D W n V a W a D e 9 5 / .. n / O 5 F g 9 4 @ t c < ; 9 F t j c U 2 E ; 2 4 Q m c b ? 2 8 7 K G I c j F d A 1 9 K A i Q / G E E 9 E E D8 9 4 3 7 : H A 4 > 9 8 2 = A 4 > E 9 A E 7 4 A ? 2 4 L F 9 4 C A G M @ . O . P K 2 1 F E E F E = 9 H 3 2 Dd 2 ? 2 3 g 3 7 4 9 F 1 A 8 2 4 2 > A E 9 2 4 ; 2 d 2 3 7 1 E 2 4 3 ; 1 9 9 9 4 C g 8 9 A = 3 2 K 2 3 g 2 4 ; 2 d 2 D3 2 7 4 A E E A g E / G 4 3 2 8 2 = 1 7 d G 5 9 4 3 E 6 ; 9 8 7 3 ; 9 1 / V W . W Y N n [ Z \ ^ . ] ^ / ; 3 3 H [ _ _> ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . . V X _ G G 6 / W W N X . D . W. N / h F A 4 i c w A ; ? T c < 8 2 3 ; j T c 0 A 4 5 T c Q 2 u A g q 1 2 E ; 4 A h c f ; A 4 5 i T c 9 3A ? / t ; 9 > 9 K 9 ? 7 H 8 9 4 3 A 4 > 5 9 4 9 3 2 = > 2 K 9 1 E 2 3 g 7 : @ N O . 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E2 4 6 ; 2 4 A c . a a \ ] V W W \ / Q 2 1 7 ? 7 5 g / V W W X Y Z X W [ V n Z ] N n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . W . \ _ u / K 2 1 7 ? / V W W X / W ^ / W Z X. \ / < 8 2 3 ; j T c Q 2 u A g q 1 2 E ; 4 A h c S ? ? 2 E t U c h g 1 3 2 4 5 b 6 c i 9 F 4 5 l @ c w A ; ? T c9 3 A ? / 6 ; A 1 A = 3 9 1 2 C A 3 2 7 4 7 : A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E 9 E G M @ N O . P : 1 7 8 J 2 ? >d 2 1 > E c @ 7 4 5 b 7 4 5 c V W W n ] V W W X / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E / V W W a Y . N [ n W V ] ^ /; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . N W Z / W X . . a W Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 49

Page 8: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHx y z { | } ~ � � � { � � | � } � ~ � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � � � � � � � � � � z � � �� � ~ | � � � � � � � ~ | � � � � � � | � � � | � | � � | � � � � � � | � | � � | � � � � � � � � | � � ~ � � � �| � | � � | � � | � � � � � z � ~ � � � | � � � � | � � � � � � � z   ¡ ¡ ¢ £ x ¡   ¤ x ¥ ¢ ¦ ¡ § ¢ z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ y « ¨ � � | � z ¡ ¢ ¡ y ¬ x ¢ x ¡  x ¥ z � � � � � ­ � ­ � � � � � � ® � � � | � � ¯ � � � ª | ~ � � z ° � � � � � � � | � � � � | � � � � � � � �� � � � � � � | � � � ~ � � � �   � ~ � � � � � ¤ � � � � � � ± � | � � � � � � � � ² | � � � � x ² } � � � ²� � ª � � � � � z ³ � ~ � � � ª � z   ¡ ¡ ¬ £ «   x ¤ x   ¡ § « « z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ x ´ ¨ µ z� � ~ � � z   ¡ ¡ « z x   z ¡    x ¦ z { � � � ¶ � � � � � � ~ � � � � z � � � � � � � � ~ � ª � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � � � � x � � � � ²� � ~ | � � � � } � � � � ~ � � � ª � � � � � · � � | � � � · � � � � � � � | � � � z ­ ® � � � zx ¦ ¦ ¦ £ x ¥ ¤ « y ´ y § y ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¦ « ¨ � � } � µ ¨ x ¥ z x « z « y ´ y  ¡ z � � � � | � � ® � � � � � � � � � ¸ � � � � | � | � z � ¹ � � � � | ~ | � � � � º � � � � � � � � � �  � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � · � � � | � ² } � � � � � ª � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � � · � �� � � � � � ~ | � � z { � � � � » � � � � z x ¦ ¦ ¦ £ ¬ ¤ ¬ y ¢ § ¥ ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¬ ´ ¨µ z x « ´ ¢ ²   ¬ ¬ « z x ¦ ¦ ¦ z ¡ ¡   y ¢ z ©  x z � � � � � � � � � � � � © � � � � � � � � � � ® � � | � } � � } � ~ ª � ~ � � � � | � � � � � � » � � � � ²� � � ¸ � z � � ~ � � � � ~ � | � � ~ � � � � � � ~ � � � � � ± � � � � � � � � � � � � | ª ª � � � � � � � � ~ � �| � � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � z � � � � � � � z   ¡ ¡ ´ £ « x   ¤ ¬ ¡ ¬ § x ¡ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z� ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � � � � � z x x   ¬ ¢ x «    z � | � � � � ° � � � � � � ¸ � � � � � � � � � � ~ � � � · � � ª ~ � � · � z ¸ � � � � ~ � � � � � � � ²� � � � � � � � � � � � } ~ | � � | � � · � � } � � � � � ª | � � � � � � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � �® x � ~ � � � � � z ³ � ~ � � � ª � z   ¡ ¡ x £   ¥ x ¤ x ¡   § ¥ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¡ ´ ¨� � ~ � z   ¡ ¡ ¡ z ¡ ¥ ¡ ¬  « z ¯ � � � � ¯ | � � � ¼ � | � ª ¼ z � � ~ � � � � ~ � | � � � � � � � � � � � � � � � � � x � ~ � � � � � � � � � ²� � � � � | � � � ~ � � z � � � | � � � � � � � � � � � � � � � � � ½ � � | � ª � | � ¾ z   ¡ ¡ y £ « ¦ ¤ x ¢ ¢ §´   z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x x x ¨ µ z x y ¬ ¢ ² y   y ¡ z   ¡ ¡ y z ¡ ¡   ´ « z ©  ¬ z � } � � | � � ~ � » � � � � � � � � � ® � � � | � � � � � ¿ � ® � � | � � ~ | � � ° � � � � � � � � � �� � � � � | � z ¯ | ~ ª � ² � � | � � � � º � � � � � | � | � � � � � � � | � � | � � � � � � � � | � � � ²� | � � � z � � � � � � � z   ¡ ¡ ´ £ « x x ¤ x ¢ y ´ § ¥ ¡ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � ²� � � � z x x   x ¢ ¥ ´

  ¢ z � | � | � | } � À � ¸ } ~ | � � � ® � � ­ � � | � | � � � ° � � | ¹ | � � � � | � � ® � � � � � � · �� � ~ | � | � � � � � � � | � z � � º � � � � � � � � � � � � � | � ² � � � � ~ � � � � � � ~ } � � � � � ª� � � � � ± � � � � } � � � ¹ � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � � � } � � � � | ª � � � � ~ � � ª � � � � ~� � � ~ ª � � � � � � } � ~ � � � � ­ ª � � � z � ¯ � � � | � � � ª z   ¡ x x £ y ¤ � x ¡ ¡   ¡ ´ ¥ z � � � � ¤ ¨ ¨� © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x « y x ¨ µ � � ~ � | � z � � | � z x ¡ ¡   ¡ ´ ¥  ´ z � | � � | ® � { | � � � � | � � � | � � � � � | ¹ | � � | À z ® � � � � � � | ~ } | � � � � � ~� � ª � � � ~ � � � � � � � � � � � ª � � � ª � ¢ � x � � � � � � � | � � � ~ � � � � z � � � � � � � z  ¡ ¡ x £   ¦ « ¤ x ¥ ¬ ¡ §   z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � � � � � z x ¡ ´   ¥ ¥    y z � � � � � � � � � � � | � � ­ � � � } � � � ~ · { z ¯ � � � | � � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � � �� � � | � � � � � � | � � � ² � � ~ | � � � � � � � � � ~ � � � � � � � � z � | � ® � � z   ¡ ¡   £ ¥ ¤ ¦ ¢ ¡ § ¬ z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ « ¥ ¨ � � y ¢ y  ¥ z � � ~ � � � � | � � � � ~ ª | � � � | � � � � z � � | � � | } � � � � � � � | � � ¹ ~ � � � � } � � | � �� ½ � ¢ � x ¾ � | � � � � � � � ~ � � z   ¡ x x Á � � � � �   ¡ x   � | � ¥  z � � � � ¤ ¨ ¨ ¹ ¹ ¹ z ¹ � � z� � � ¨ � � � � � � � | ¨ � | � � � � � � ¨ � � ~ � � ¨ � ¢ � x � � ~ � � à � � � � � � } � ~ ¨ � � ¨  ¦ z � � ~ � � � � | � � � � ~ ª | � � � | � � � � z { � � } | � � � � ~ � | � � · � � � � � � � ½ { � · ¾ z � � � ²| � � � � � � � � | Ä � � � � | � � � � � � ­ ª � � � Ä � � � | � � z   ¡ x   Á � � � � �   ¡ x   � � � ¢  z� � � � ¤ ¨ ¨ ¹ ¹ ¹ z ¹ � � z � � � ¨ � � ~ ¨ � � � ¨   ¡ x   à ¡   à     ¨ � � ¨ � � � � © z � � � �« ¡ z » | � � � � � { � ° � � | ~ � � � ® � � � � ¸ � » � � � � ° � � � | � � � � � � ­ � ² � | � � � � � �� � | � z ­ � � � � � � � � � ~ � � � � � ~ � � ª � � � � � � � � � | ~ � � � � | � � � � � � � ¨ � ¢ � x� � ~ � � � � | � � � ª � � � � � ~ � � � | � � � � � � ª � ~ � � � | � � � � � � ª | � � | � � � � � � � � |� | � � � � | � � � � � � � � � � � ~ � z ³ | � � � � � z   ¡ x x £   ¦ ¤ ¦ « ´ ¥ § y ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z� ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ x ´ ¨ µ z � | � � � � � z   ¡ x x z ¡ ¦ z x   y« x z ­ � ² ¼ � ª � } � ­ ° � � ~ | � | � � � � | � � | � ® � � � � � ® ® � � � � � � � � � � � | � �� � � � � | � z ¸ � � � | � � � � � � � ¦ �   | � � | � � � � � � � � | � � ~ � � � ~ � � } � } ¹ � � � �º � | � � ½ Å Æ Ç È É Ê Ë Ì È Í Î È É È Ï É Ê Ë ¾ � � ­ ª � � � z � ~ � � ³ � ~ � � z   ¡ x   £ x ¢ y ¤ x x ´ y § y   z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¡ y ¨ � ¡ ¡ y ¡ ¢ ² ¡ x   ² x   ´ ¦ ² �� � � ~ � � � � � ~ � � ~ ~ � � � � � � � � � � ¤ · � } � � � � � � � � » � � � � ~ � � � ~ � � � � | � � » � � � ~ � �| � � � ~ � � � � � � � � � x ´ ¡ ¡ » � � � � � � · � � ­ � ® | � � � � � � { x ´ � � � � | � � | � { � « ¡ « « « �� � � £ � � | � � ¤ ~ � � ´ Ð � � � z ª � �

50 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 9: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Article DOI: http://dx.doi.org/10.3201/eid1901.121080

Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Viruses Isolated from

Humans, Egypt, 2007–2011

Technical Appendix 2

Technical Appendix 2 Figure 1 (next page). Phylogenetic relationships among highly pathogenic avian

influenza A(H5N1) viruses isolated from humans, Egypt, 2007–2011. Trees were built on the basis of

representative viral genomes from the 90 isolates analyzed in this study (Technical Appendix 2 Figure 2).

Bootstrap values >79 generated from 1,000 neighbor-joining replicates are shown above branches, and

Bayesian posterior probabilities are shown below the branches at relevant nodes. The trees were rooted

to the A/turkey/Turkey/1/2005 genes. The viruses are labeled and colored according to the clade 2.2

subgroups of their HA sequences (i.e., B, D, C, and 2.2.1.1); branch colors in all trees are used similarly

to those in the HA tree. Red branches denote human viruses. Triangles, variant viruses with clade 2.2.1-

C HA lacking unique genetic signatures in the internal genes (as shown in the Table in the main text);

underlining, viruses isolated in 2011; dots, isolate from the Aswan governorate; hash mark, NS gene

reassortant. HA, hemagglutinin; NA, neuraminidase; PB2, polymerase basic 2 gene; PB1, PB 1 gene; PA,

polymerase acidic gene; NP, nucleoprotein; M, matrix gene; NS, nonstructural gene. Scale bar indicates

nucleotide substitutions per site.

Page 10: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1
Page 11: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Technical Appendix 2 Figure 2 (next page). Phylogenetic trees of 90 viral genomes analyzed in a study of

highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses isolated from humans, Egypt, 2007–2011. The

sequences of the 8 viral genes were aligned and trees were constructed as described for Technical

Appendix 2 Figure 1. Annotation conventions and abbreviated terms are similar to those used for

Technical Appendix 2 Figure 1. Sequences labeled Representative sequences, labeled as REP, were

included in Technical Appendix 2 Figure 1. Scale bars indicate nucleotide substitutions per site.

Page 12: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1
Page 13: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Technical Appendix 2 Figure 3. Phylogeny of the complete genomes of highly pathogenic avian influenza

A(H5N1) viruses in Egypt, 2007–2011. The sequences of the internal genes belonging to the 90 viruses

analyzed in this study were aligned with representative viruses from other countries from different

lineages, and trees were built in MEGA5 (www.megasoftware.net), using the neighbor-joining method

based on a maximum composite likelihood model. Bootstrap values >79 generated from 1,000 neighbor-

joining replicates are shown on the branches. PB2, polymerase basic 2 gene; PB1, PB 1 gene; PA,

polymerase acidic gene; NP, nucleoprotein; M, matrix gene; NS, nonstructural gene. Scale bars indicate

nucleotide substitutions per site.

Page 14: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Table . Antigenic analysis of avian influenza A(H5N1) viruses isolated from humans in Egypt during January–September 2011*

Antigen

Clade/ Egypt group

Reference ferret antisera clade, reference antigen

1, VN/04 2.2,

ws/MG

2.2.1, group

2.2.1.1, ck/ EG

2.2.1.1, EG/ 3300

2.3.4, ANH/1

2.2.1, tk/TK A, eg/EG

B, EG/ 321

C, EG/ 9539

C, EG/ 3072

C, EG/ 2289

C, EG/ 2546

D, EG/ 0215

Reference antigens A/Vietnam/1203/2004 1 160 10 10 5 10 5 10 5 10 5 5 5 5 A/ws/MG/244/2005 2.2 5 1280 640 320 160 5 1280 640 160 80 20 5 5 A/turkey/Turkey/1/2005 2.2.1 5 1280 2560 320 160 80 1280 640 5120 160 10 5 5 A/eg/Egypt/1162-N3/06 2.2.1-A 5 2560 1280 640 320 40 1280 640 160 160 20 5 5 A/Egypt/321-N3/2007 2.2.1-B 5 640 320 160 160 20 640 160 40 20 5 5 5 A/Egypt/9539-N3/2009 2.2.1-C 5 640 640 160 320 320 2560 2560 640 160 5 5 10 A/Egypt/N03072/2010 2.2.1-C 5 1280 1280 320 320 320 2560 2560 640 160 10 5 10 A/Egypt/2289-N3/2008 2.2.1-C 5 2560 2560 640 640 1280 5120 5120 2560 1280 640 5 320 A/Egypt/2546-N3/2008 2.2.1-C 5 2560 2560 320 320 640 5120 5120 1280 640 320 5 320 A/Egypt/0215-N3/2007 2.2.1-D 5 1280 640 320 160 40 640 320 160 320 10 10 5 A/ck/Egypt/9403N3/07 2.2.1.1 5 5 5 5 80 5 5 5 5 5 640 5 5 A/Egypt/3300-N3/2008 2.2.1.1 5 5 5 5 10 5 5 80 10 10 320 2560 5 A/Anhui/1/2005 2.3.4 5 40 40 5 20 5 10 10 20 10 10 5 640 Test antigens

A/Egypt/N0544/2011 2.2.1-C 5 160 320 80 40 80 640 640 160 5 5 5 5 A/Egypt/N6322/2011 2.2.1-C 5 320 320 40 40 80 640 640 160 20 5 5 5 A/Egypt/N6658/2011 2.2.1-C 5 640 1280 160 80 320 1280 1280 320 40 5 5 5 A/Egypt/N0677/2011 2.2.1-C 5 320 320 10 40 80 640 640 160 10 5 5 5 A/Egypt/N6774/2011 2.2.1-C 5 320 320 5 40 160 640 640 160 10 5 5 5 A/Egypt/N6828/2011 2.2.1-C 5 160 160 10 20 10 320 320 80 10 5 5 5 A/Egypt/N7562/2011 2.2.1-C 5 80 160 20 20 40 320 320 80 20 5 5 5 A/Egypt/N7592/2011 2.2.1-C 5 640 640 80 80 160 1280 1280 160 10 5 5 5 A/Egypt/N7724/2011 2.2.1-C 5 640 1280 320 160 640 1280 1280 640 80 5 5 80 *Bold indicates homologous titer.


Top Related