microevolution of highly pathogenic avian influenza a(h5n1

14
We analyzed highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses isolated from humans infected in Egypt during 2007–2011. All analyzed viruses evolved from the lineage of subtype H5N1 viruses introduced into Egypt in 2006; we found minimal evidence of reassortment and no exotic introductions. The hemagglutinin genes of the viruses from 2011 formed a monophyletic group within clade 2.2.1 that also included human viruses from 2009 and 2010 and contemporary viruses from poultry; this finding is consis- tent with zoonotic transmission. Although molecular mark- ers suggestive of decreased susceptibility to antiviral drugs were detected sporadically in the neuraminidase and matrix 2 proteins, functional neuraminidase inhibition assays did not identify resistant viruses. No other mutations suggesting a change in the threat to public health were detected in the viral proteomes. However, a comparison of representative subtype H5N1 viruses from 2011 with older subtype H5N1 viruses from Egypt revealed substantial antigenic drift. Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Viruses Isolated from Humans, Egypt, 2007–2011 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 43 Author affiliations: US Naval Medical Research Unit No.3, Cairo, Egypt (M. Younan, E. Elassal, M.A. ElBadry, S. Truelove, A.M. Gaynor, E. Mohareb, C. Cornelius, G. Pimentel, K. Earhart); Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA (M.K. Poh, T. Davis, P. Rivailler, A.L. Balish, N. Simpson, J. Jones, V. Deyde, R. Loughlin, I. Perry, L. Gubareva, A.I. Klimov, R.O. Donis); Cairo University, Cairo (M. Amin); and Ministry of Health and Popu- lation, Cairo (A. Naguib, A.S. Abdelghani, S. Refaey, A. Kandeel) DOI: http://dx.doi.org/10.3201/eid1901.121080 1 These authors contributed equally to this article.

Upload: others

Post on 20-Apr-2022

5 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

We analyzed highly pathogenic avian infl uenza

A(H5N1) viruses isolated from humans infected in Egypt

during 2007–2011. All analyzed viruses evolved from the

lineage of subtype H5N1 viruses introduced into Egypt in

2006; we found minimal evidence of reassortment and no

exotic introductions. The hemagglutinin genes of the viruses

from 2011 formed a monophyletic group within clade 2.2.1

that also included human viruses from 2009 and 2010 and

contemporary viruses from poultry; this fi nding is consis-

tent with zoonotic transmission. Although molecular mark-

ers suggestive of decreased susceptibility to antiviral drugs

were detected sporadically in the neuraminidase and matrix

2 proteins, functional neuraminidase inhibition assays did

not identify resistant viruses. No other mutations suggesting

a change in the threat to public health were detected in the

viral proteomes. However, a comparison of representative

subtype H5N1 viruses from 2011 with older subtype H5N1

viruses from Egypt revealed substantial antigenic drift.| } ~ � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � | � � � � � � } � � � � � � � � � � | � } � � � � � � � } � � �� � � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � � �� | � � � � � � � � } � � � � � � } � � � � � � � � �   � � } � � � } � � � } � � � � � � � � � �

� � � } � � � � � � � � � � � � ~ � � � | � � �   } �   � | � � � } � � � � � � � � � � � � ¡ � ¢ � �� � � � } � � � � � � � � � � � � � � | � � � � £ � � } � � } � � } � � � � � � | � } � � � �¤ � ~ � | � � � ¥ ¦ ¦ § � � � � � � � � � � � ¥ ¦ ¦ § � } � � £ � � } � | � � � � � � � �  } � � � � � � � � } � � } � � � ¨ � ¢ © | � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � �~ � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � | � � � � � � � } � � � � � � � �� � � � � � } � � } � � } � | ~ } � � � � � � � � � � | � � � � � � � ~ � ~ � � } � � � �  � � � } � � } � � � � � } ~ � � � � � ~ � � � � � � � � � } � � � � � � � } � � ª � � � � � �« � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � ¬ � ­ � � | ~ � � � � � ® � � � � � � } � � � � � �� � ¥ ¦ ¦ � � ¯ � ¢ � � � � � � � � � � } � � � � � � | } � � � � � � | ~ } � � � � � � �� � � | � � � � � � � � � } � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � ° � � |  � � � � � � � � | � � } � � � � � � � � � � ¥ ¢ ¥ � � � | � � � � � � � | � } � � � � � � � � � } � � �� � � } � � � � | ~ } � � � � � � � � � � | � � � � � � ~ � � � � � } � � � | � � � � ± � ¢© | ~ � � ² | � � } � � � � } � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � ¥ ¢ ¥ � � � � � � � |  } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � | � } � � � � � � � � } � � � }� � � � � � � � � } � � � � � | � � � � � � � � } � � � � � � � ¥ ¢ ¥ ¢ � � � � � � � � � � � � �  � } � � � � � � � � � � � � � } � � � � | � } � � � � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � £ � �� � � } � � � � � | � � � � � � � � � � � � � ¥ ¢ ¥ ¢ � ¢ � � � � � � � � � � � � } � � � � | � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ± ³ ´ � ¢� � ¥ ¦ � � � � } � } � � � � µ ¶ � | � � � � � � � � � � � | ~ } � � � � � � � � �  � � � } � � � � � � � � � � � � } � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � } · � } �  } � � � � � � ¸ � � � � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � } � � � | � � � � ¥ ¦ ¦ § ³¥ ¦ � � � � � � � � � � � � � } } � � � � | � } � � � � } � } � � � � � � � � � � � � � � }� | � ~ � � � � � | � � � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � ¹ � ¢ � � � � � � � � � � � } � �� � � | � � � | � ~ � � � � � | � � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �  � � � � � � � � � � � � �   � � } � � � } � � � } � � � � � � � � � } � | � � � � ¥ ¦ ¦ ¶ ³ ¥ ¦ � � �� � � � � � � � � � } � } � � � � � � ¥ ¦ ¦ § ³ ¥ ¦ ¦ ¸ � � � � } � } � � � � � � } � � � � �} � � } } � � � � � � | � � } � � � � � � | � � � � � � � � � � � � ² | � � � � � � � } � � � } � �  � � � � � � � � � � � � � } � � � � º � ¢ » � � � � � � � � } � � � � � � | � � � � � } | � � � �} � � � � � � } � � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � } � � � � | ~ } � � � � � � � � �  � | � � � � � � � � } � � � � � � � | � � � � � � � � � � } � | � � � � ¥ ¦ ¦ ¼ ³ ¥ ¦ � � ¢� � � � � � � � � � ¶ ¦ � � � � � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � | � } � � } �

Microevolution of Highly Pathogenic Avian Infl uenza A(H5N1)

Viruses Isolated from Humans, Egypt, 2007–2011½ ¾ ¿ À Á Â Ã Ä ¾ Ä Å Æ ½ Ç Ç È É ¾ Ä Ê Â Ë Å Æ Ì Í ¾ Î Ì Ï ¾ Ð Ð ¾ Ï Å Æ Ñ Â Î Î Ò ¾ Ó É Ð Å Ê É Ç ¿ ¿ Ç Ô É Ó ¾ É Ï Ï Ç ¿ Å Õ Í ¾ Ä Î ¾ Ö × Ø ¾ Ï É Ð Ë ÅÙ ¾ Ú Â Ð Ë ¾ Û É Í Ü Ð Â Ä Å Ý Â À Þ Ç Ý Â Ä Ç Ð Å ß ¾ ¿  à à Ë Ò Ç À Î Ç Å Ô Â Ð Ç Ú Ú Ç Ö Â Ã à Ë Ï É Ä Å á â Ç Ê Ç ¿ ¿ À Å Ö ¾ ¿ É Ð ¾ ã Ã ä ¾ ¿ Ç Ó ¾ Ž ¾ Ë ¾ Õ × Ì Ï Ø ¾ Î ¿ À Å Û Ë ¾ Ã Ä Ñ ¿ Ã Ç Ï Â Ó Ç Å Õ Ä Ä Ç ½ × ã ¾ À Ä Â ¿ Å Ì Í ¾ Î ½ Â Ë ¾ ¿ Ç ä Å ½ ¾ à Î À Õ Í É Ä Å å Ï ¾ É ¿ Ç å  ¿ Ä Ç Ï É Ã Ð Åã Ã É Ï Ï Ç ¿ Í Â Ê É Í Ç Ä Ú Ç Ï Å È Ç Ä Ä Ç Ú Ë Ì ¾ ¿ Ë ¾ ¿ Ú Å Õ Í Ç Ï Ù ¾ à Ã É ä Å Õ Ë Í Ç Î Û × Õ ä Î Ç Ï à Ë ¾ Ä É Å Û ¾ Í É ¿ Ô Ç æ ¾ Ç À ÅÕ Ï Ç ç ¾ Ä Î Ç ¿ á × È Ï É Í Â Ó Å Ô Ã ä Ç Ä è × Ò Â Ä É Ð Å ¾ Ä Î Õ Í ¿ È ¾ Ä Î Ç Ç Ï

Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 43

Author affi liations: US Naval Medical Research Unit No.3, Cairo,

Egypt (M. Younan, E. Elassal, M.A. ElBadry, S. Truelove, A.M.

Gaynor, E. Mohareb, C. Cornelius, G. Pimentel, K. Earhart); Centers

for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA (M.K.

Poh, T. Davis, P. Rivailler, A.L. Balish, N. Simpson, J. Jones, V.

Deyde, R. Loughlin, I. Perry, L. Gubareva, A.I. Klimov, R.O. Donis);

Cairo University, Cairo (M. Amin); and Ministry of Health and Popu-

lation, Cairo (A. Naguib, A.S. Abdelghani, S. Refaey, A. Kandeel)

DOI: http://dx.doi.org/10.3201/eid1901.121080 1These authors contributed equally to this article.

Page 2: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHé ê ë ê ì í î ï ê ð ñ ë ò ê ó ì ê é ô í î ï õ ï ë ö ê ï ô ë ÷ ó ê ô ø ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ðÿ î ì ú ù ê ù î ï ø ê � ë î ï ö ò ú í õ ï ù õ ï é � ñ ô ë ò ê ì í ô � ê � ú � õ ì � ò õ ï ö ê ùë ò õ ë � ô ú � é ù ú ö ö ê ù ë õ � ë ê ì ê é ó ò ê ï ô ë ÷ ó î � ó ì ô ó ê ì ë î ê ù � ù ú ù � ê ó ë î �û î � î ë ÷ ë ô õ ï ë î ÿ î ì õ � é ì ú ö ù � ô ì ë ò ê ï ê ê é ø ô ì é ê ÿ ê � ô ó í ê ï ë ô ø ï ê �� õ ï é î é õ ë ê ÿ õ � � î ï ê ÿ î ì ú ù ê ù �� � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � ! � � " � � #$ ê ê % ë ì õ � ë ê é & þ ' ø ì ô í � � î ï î � õ � ù õ í ó � ê ù ø ì ô í ó õ ë î ê ï ë ù� î ë ò ù ú ù ó ê � ë ê é ü ( ' ) î ï ø ê � ë î ô ï û ÷ ú ù î ï ö ë ò ê * ) ' í ó + î ì õ �& þ ' , î ï î - î ë . * ) ' / 0 þ ) ï � � � + õ � ê ï � î õ � 1 ' � 2 3 ' ñ � õ � �� ô ì é î ï ö ë ô ë ò ê í õ ï ú ø õ � ë ú ì ê ì 4 ù ó ì ô ë ô � ô � � $ ê ó ê ì ø ô ì í ê é ì ê õ � �ë î í ê ì ê ÿ ê ì ù ê ë ì õ ï ù � ì î ó ë î ô ï ( 1 & ú ù î ï ö ë ò ê 1 ê ï ë ê ì ù ø ô ì 5 î ù ê õ ù ê1 ô ï ë ì ô � õ ï é ( ì ê ÿ ê ï ë î ô ï 4 ù . 1 5 1 ñ ó ì î í ê ì � ó ì ô û ê ó õ î ì ù ø ô ì ë ò êé ê ë ê � ë î ô ï ô ø î ï 6 ú ê ï 7 õ ' . í õ ë ì î % ö ê ï ê ñ ô ì ü ý õ õ ï é ü ý û . ü 'ö ê ï ê ñ � õ ù é ê ù � ì î û ê é . 8 ñ � ( ô ù î ë î ÿ ê ì ê ù ú � ë ù � ê ì ê � ô ï 9 ì í ê é õ ëë ò ê 1 ê ï ë ì õ � ( ú û � î � ü ê õ � ë ò : õ û ô ì õ ë ô ì ÷ ô ó ê ì õ ë ê é û ÷ ë ò ê 0 ö ÷ ó �ë î õ ï , î ï î ù ë ì ÷ ô ø ü ê õ � ë ò õ ï é ( ô ó ú � õ ë î ô ï õ ï é õ ë ë ò ê 2 3 þ õ ÿ õ �, ê é î � õ � & ê ù ê õ ì � ò 2 ï î ë þ ô � ; î ï 1 õ î ì ô � 0 ö ÷ ó ë � + î ì ú ù ê ù � ê ì êî ù ô � õ ë ê é ø ì ô í ( 1 & � ó ô ù î ë î ÿ ê � � î ï î � õ � ù õ í ó � ê ù î ï ê í û ì ÷ ô ï õ ë ê é� ò î � < ê ï ê ö ö ù � ' � � ó ì ô � ê é ú ì ê ù ú ù î ï ö � î ÿ ê ÿ î ì ú ù � ê ì ê � ô ï é ú � ë �ê é î ï û î ô ù õ ø ê ë ÷ � ê ÿ ê � ; ø õ � î � î ë î ê ù � î ë ò ê ï ò õ ï � ê í ê ï ë ù ì ê � ô í �í ê ï é ê é û ÷ ë ò ê 2 ï î ë ê é 3 ë õ ë ê ù 5 ê ó õ ì ë í ê ï ë ô ø ' ö ì î � ú � ë ú ì ê �= ÿ ê ì � õ ó ó î ï ö õ í ó � î � ô ï ù ô ø ê õ � ò ö ê ï ê ù ê ö í ê ï ë � ê ì êö ê ï ê ì õ ë ê é û ÷ ì ê ÿ ê ì ù ê ë ì õ ï ù � ì î ó ë î ô ï ( 1 & ú ù î ï ö ù ú û ë ÷ ó êü ý þ ð ÿ î ì ú ù > ù ó ê � î 9 � ó ì î í ê ì ù . ó ì î í ê ì ù ê ? ú ê ï � ê ù õ ì ê õ ÿ õ î � �õ û � ê ú ó ô ï ì ê ? ú ê ù ë ñ � $ ê ë ò ê ï ù ê ? ú ê ï � ê é ë ò ê õ í ó � î � ô ï ù û ÷ú ù î ï ö ë ò ê @ î ö 5 ÷ ê A ê ì í î ï õ ë ô ì ÿ ; � ð 1 ÷ � � ê 3 ê ? ú ê ï � î ï ö - î ë. ' ó ó � î ê é @ î ô ù ÷ ù ë ê í ù � B ô ù ë ê ì 1 î ë ÷ � 1 ' � 2 3 ' ñ � 3 ê ? ú ê ï � ê ù� ê ì ê õ ù ù ê í û � ê é õ ï é ê é î ë ê é û ÷ ú ù î ï ö 3 ê ? ú ê ï � ò ê ì C � D . / ê ï ê1 ô é ê ù 1 ô ì ó � � ' ï ï ' ì û ô ì � , ) � 2 3 ' ñ �E F G � � # � � � " H � � � G � � � � � � I � � " � � � � J F � � � " � � � K � � � � �B ô ì õ ï õ � ÷ ù î ù � � ê ú ù ê é õ ë ô ë õ � ô ø ý D ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ð ÿ î �ì ú ù ê ù ø ì ô í ò ú í õ ï � � î ï î � õ � ù ó ê � î í ê ï ù . ù ê ? ú ê ï � ê é ø ô ì ë ò î ùù ë ú é ÷ ñ õ ï é ; ð ù ú û ë ÷ ó ê ü ý þ ð ÿ î ì ú ù ê ù ø ì ô í û î ì é ù . ø ì ô íó ú û � î � é õ ë õ û õ ù ê ù ñ � ô � � ê � ë ê é î ï 0 ö ÷ ó ë é ú ì î ï ö � L L M > � L ð ð. ô ï � î ï ê A ê � ò ï î � õ � ' ó ó ê ï é î % ð � � � � ï � � � é � � ö ô ÿ N 0 ) 5 Nõ ì ë î � � ê N ð D N ð N ð � � ð L O L � A ê � ò õ ó ó ð � % � ù ñ � ) ï õ é é î ë î ô ï � � ê ù ê �? ú ê ï � ê é ð ; ü ' ö ê ï ê ù é î ì ê � ë � ÷ ø ì ô í & þ ' ê % ë ì õ � ë ê é ø ì ô í� � î ï î � õ � ù ó ê � î í ê ï ù � þ ú � � ê ô ë î é ê ù ê ? ú ê ï � ê ù � ê ì ê õ � î ö ï ê éî ï @ î ô 0 é î ë . ) û î ù @ î ô ù � î ê ï � ê ù � 1 õ ì � ù û õ é � 1 ' � 2 3 ' ñ ú ù î ï ö, 2 3 1 : 0 . P Q ñ � $ ê ú ù ê é ø ú � � � � ê ï ö ë ò ü ' ù ê ? ú ê ï � ê ù ø ô ìÿ î ì ú ù ê ù � ô � � ê � ë ê é é ú ì î ï ö � L L R > � L ð ð ë ô ö ê ï ê ì õ ë ê ë ò ê � � õ é ê� � � � ð õ ï é � � � � ð � ð ü ' ö ê ï ê ó ò ÷ � ô ö ê ï ÷ S ë ò ê ù ê ? ú ê ï � ê ù � ô í �ó ì î ù ê é M � ö ê ï ê ù ù ê ? ú ê ï � ê é û ÷ 1 5 1 õ ï é 2 3 þ õ ÿ õ � , ê é î �� õ � & ê ù ê õ ì � ò 2 ï î ë þ ô � ; õ ï é ý R ó ú û � î � � ÷ õ ÿ õ î � õ û � ê ü 'ù ê ? ú ê ï � ê ù . B î ö ú ì ê ð ñ � 3 ê ? ú ê ï � ê ù � ê ì ê õ � î ö ï ê é õ ï é ë ì ê ê ù� ê ì ê û ú î � ë � î ë ò , 0 / ' ý ù ô ø ë � õ ì ê . P P ñ � ú ù î ï ö ë ò ê ï ê î ö ò û ô ì �T ô î ï î ï ö í ê ë ò ô é û õ ù ê é ô ï õ í õ % î í ú í � ô í ó ô ù î ë ê � î < ê � î ò ô ô éí ô é ê � � A ò ê ì ê � î õ û î � î ë ÷ ô ø ë ò ê ë ì ê ê ù � õ ù ê ù ë î í õ ë ê é û ÷ û ô ô ë �ù ë ì õ ó ì ê ù õ í ó � î ï ö õ ï õ � ÷ ù î ù . ð � L L L ì ê ó � î � õ ë î ô ï ù ñ �44 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Figure 1. Phylogenetic tree of the infl uenza A(H5) virus

hemagglutinin genes, clade 2.2.1, generated by neighbor-joining

analysis. Subgroups of clade 2.2.1 are indicated on the right.

Bootstrap values (>79) generated from 1,000 neighbor-joining

replicates are shown above branches, and Bayesian posterior

probabilities are shown below the branches at relevant nodes.

Scale bar represents 0.002 nt substitutions per site. Viruses

recommended by the World Health Organization for development

of candidate pandemic vaccines are indicated with a V; viruses

inoculated into ferrets to raise antiserum for hemagglutinin

inhibition assays are indicated with an R. Underlined names

denote 23 human viruses collected in 2011. Sequences used for

full genome analysis in this study are annotated with a dot.

Page 3: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, EgyptU V V W X W Y Z [ \ ] X [ X W ] X W ^ [ \ ] _ ` ` Y a X b Y a X a c c X Y ` Y \ Y d e f [ ] [ ] g] c ] ] c V h e ` c a b Y a i W Z d j [ e c ] W [ Z [ Z [ \ e ] c ] k _ ] W Z d X l c ] [ i cV [ X [ ] c X ] [ ] V c ] ^ a W h c V [ h Y m c [ Z V h c \ Y f n j [ e c ] W [ Z ` Y ] X c a W Y a` a Y h [ h W \ W X W c ] f c a c c ] X W i [ X c V _ Z V c a [ o [ a p Y m q l [ W Z o Y Z X cq [ a \ Y i c X l Y V f W X l r s i W \ \ W Y Z d c Z c a [ X W Y Z ] W i ` \ c i c Z X c V W Zj t U u v k _ ] W Z d [ u w x s y ] _ h ] X W X _ X W Y Z i Y V c \ z { | } n u X a [ W Z U ~X _ a p c e ~ v _ a p c e ~ � ~ � s s r f [ ] _ ] c V X Y a Y Y X [ \ \ X a c c ] n � c d c Z gc a [ X c V ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c ] W Z [ i [ Z Z c a ] W i W \ [ a X Y X l [ X V c g] ^ a W h c V [ h Y m c z b Y a � U } b Y a c [ ^ l d c Z c ] c d i c Z X b a Y i m W a _ ] c ]X l [ X l [ V b _ \ \ d c Z Y i c ] [ m [ W \ [ h \ c � a c ` a c ] c Z X [ X W m c m W a _ ] c ] [ a c] l Y f Z W Z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � � W d _ a c � z f f f Z ^ n^ V ^ n d Y m ~ t � x ~ ` V b ] ~ � � g � s � s g v c ^ l [ ` ` � n ` V b } n v a c c ] b Y a c [ ^ ld c Z c f W X l [ \ \ ] c � _ c Z ^ c ] [ Z [ \ e � c V b Y a X l W ] ] X _ V e [ a c ] l Y f ZW Z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � � W d _ a c � n� W a [ \ ` a Y X c Y i c ^ l [ a [ ^ X c a W � [ X W Y Z f [ ] ^ Y Z V _ ^ X c V [ b X c ab _ \ \ g \ c Z d X l Y ` c Z a c [ V W Z d b a [ i c Z _ ^ \ c Y X W V c ] c � _ c Z ^ c ] f c a c[ \ W d Z c V _ ] W Z d o � u q � t [ Z V X a W i i c V X Y h c d W Z [ X X l c U v �] X [ a X ^ Y V Y Z n � Y a X l c � U ` a Y X c W Z ] c � _ c Z ^ c [ Z [ \ e ] W ] k [ i W Z Y[ ^ W V Z _ i h c a W Z d f [ ] h [ ] c V Y Z X l c i [ X _ a c � U ` a Y X c W Z ] c g� _ c Z ^ c [ b X c a a c i Y m [ \ Y b X l c ] W d Z [ \ ` c ` X W V c n� � � � � � � � � � � � � � � � �U Z X W d c Z W ^ ^ l [ a [ ^ X c a W � [ X W Y Z f [ ] ` c a b Y a i c V h e _ ] gW Z d [ ` [ Z c \ Y b b c a a c X [ Z X W ] c a [ W Z l c i [ d d \ _ X W Z [ X W Y Z W Z l W h W gX W Y Z z � � } X c ] X ] f W X l X _ a p c e c a e X l a Y ^ e X c ] k [ ] V c ] ^ a W h c V z { � }z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � � v [ h \ c } n � c _ ] c V X _ a p c ec a e X l a Y ^ e X c ] X Y h c X X c a a c ] Y \ m c [ Z X W d c Z W ^ V W ] X [ Z ^ c ] h c X f c c Zm [ a W [ Z X ] W V c Z X W � c V W Z X l W ] ] X _ V e n U \ \ [ Z X W ] c a [ f c a c X a c [ X c Vf W X l X l c a c ^ c ` X Y a g V c ] X a Y e W Z d c Z � e i c Z c _ a [ i W Z W V [ ] c z � U }b a Y i � � � � �   ¡ ¢   £ ¤ � ¥ ¤ z w x t ¦ a c ^ c ` X Y a V c ] X a Y e W Z d c Z � e i c § �x c Z p [ u c W p c Z q Y n k � X V n k v Y p e Y k ¨ [ ` [ Z } k [ ^ ^ Y a V W Z d X Y X l ci [ Z _ b [ ^ X _ a c a © ] a c ^ Y i i c Z V [ X W Y Z k [ Z V ` a c g [ V ] Y a h c V f W X lX _ a p c e c a e X l a Y ^ e X c ] n� � � � ª � « � � ¬ ­ � � � ® � � ¯ � � � � � ° � � � � � �v Y V c X c a i W Z c X l c [ Z X W m W a [ \ V a _ d ^ Y Z ^ c Z X a [ X W Y Z a c � _ W a c VX Y W Z l W h W X r s ± Y b X l c � U [ ^ X W m W X e k f c ^ Y Z V _ ^ X c V [ ² _ Y ga c ] ^ c Z X � U W Z l W h W X W Y Z [ ] ] [ e [ ] V c ] ^ a W h c V z { ³ } n v l c [ ] ] [ e ]f c a c ^ Y Z V _ ^ X c V _ Z V c a h W Y ] [ b c X e \ c m c \ ´ µ c Z l [ Z ^ c V ^ Y Z X [ W Z gi c Z X [ X q x q n¶ · ¸ ¹ º » ¸¼ ® � ½ � ¾ � ¿ � ¿ � � ¿ À ¬ ­ ¯ � � ® � Á Â Ã Ä Å � À � � � � ¿ � �o Y ] X Y b X l c � r � ` c a ] Y Z ] W Z t d e ` X W Z b c ^ X c V f W X l ] _ h gX e ` c � r � � m W a _ ] V _ a W Z d � s s Æ µ � s � � f c a c a c ] W V c Z X ] Y b X l c� W \ c x c \ X [ a c d W Y Z k Z Y a X l Y b q [ W a Y z � W d _ a c � k U ` ` c Z V W � kf f f Z ^ n ^ V ^ n d Y m ~ t � x ~ [ a X W ^ \ c ~ � Ç ~ � ~ � � g � s � s g � � n l X i } nv l c ^ [ ] c ] f c a c d c Y d a [ ` l W ^ [ \ \ e V W ] X a W h _ X c V W Z � ´ Y b X l c � Æd Y m c a Z Y a [ X c ] W Z t d e ` X n U ] V c X c a i W Z c V h e È [ Z V c c \ c X [ \ nz | } k f Y i c Z É � r e c [ a ] Y b [ d c f c a c [ X d a c [ X c ] X a W ] p b Y a W Z b c ^ gX W Y Z [ Z V V c [ X l � ´ y ± Y b W Z b c ^ X W Y Z ] [ Z V y Ç ± Y b V c [ X l ] f c a cW Z f Y i c Z W Z X l W ] [ d c d a Y _ ` z | } n w W ] p a [ X W Y ] z w w ] } b Y a V c [ X l

W Z ^ \ _ V c V b c i [ \ c ] c � z w w � n � y k ` Ê s n s s � } k [ d c É � r e c [ a ]z w w � s n � y k ` Ë s n s s s � } k [ Z V a c ^ c W m W Z d X l c � a ] X V Y ] c Y b Y ] c \ X [ gi W m W a É � V [ e ] [ b X c a W \ \ Z c ] ] Y Z ] c X z w w Ì n � r k ` Ë s n s s s � } nÍ � � ¿ ¾ � � Î Ï � � ¿ � � � � ¿ À ¬ ­ ¯ � � ® � Á Â Ã Ä Ð � « ­ �Å � ¿ � � � � � À « ¿ ¾ Á ­ ¾ � � �� c ] c � _ c Z ^ c V X l c ^ Y i ` \ c X c d c Z Y i c ] Y b r Ç ] _ h X e ` c� r � � m W a _ ] W ] Y \ [ X c ] [ Z V � ´ � U d c Z c ] ] c � _ c Z ^ c V V W a c ^ X \ eb a Y i ^ \ W Z W ^ [ \ ] ` c ^ W i c Z ] X l [ X f c a c Y h X [ W Z c V b a Y i [ X Y X [ \ Y bÆ � ` c a ] Y Z ] W Z t d e ` X V _ a W Z d � s s Æ µ � s � � n v l c ` l e \ Y d c Z c X W ^X a c c ] Y b X l c � U d c Z c ] c � _ c Z ^ c ] f c a c [ Z Z Y X [ X c V [ ^ ^ Y a V W Z dX Y ^ \ [ ] ] W � ^ [ X W Y Z ^ a W X c a W [ c ] X [ h \ W ] l c V h e X l c � Y a \ V � c [ \ X lÑ a d [ Z W � [ X W Y Z z � � Ñ } k X l c � Y a \ V Ñ a d [ Z W ] [ X W Y Z b Y a U Z W i [ \� c [ \ X l k [ Z V X l c � Y Y V [ Z V U d a W ^ _ \ X _ a c Ñ a d [ Z W � [ X W Y Z k [ Z V^ \ [ V c ] f c a c b _ a X l c a ] _ h V W m W V c V [ ] a c ` Y a X c V z Ò k Ó k { � } nv l c ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c Y b X l c � U d c Z c ] l Y f c V X l [ X X l cÆ � d c Z c ] b a Y i X l c W Z b c ^ X c V ` c a ] Y Z ] z � W d _ a c � k ^ Y V c V V Y X ] }l [ m c c m Y \ m c V W Z X Y Ì d a Y _ ` ] X l [ X V W m c a d c V b a Y i X l c [ Z ^ c ] X a [ \U ~ X _ a p c e ~ v _ a p c e ~ � s s r g \ W p c d c Z c ] n v l a c c d a Y _ ` ] W V c Z X W � c Vf W X l W Z ^ \ [ V c � n � n � f c a c ] _ ` ` Y a X c V h e h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c ] É � Ç[ Z V f c a c V c ] W d Z [ X c V � n � n � g j k � n � n � g q k [ Z V � n � n � g x n q \ [ V c� n � n � n � b Y a i c V X l c b Y _ a X l d a Y _ ` k ] _ ` ` Y a X c V h e [ h Y Y X ] X a [ `m [ \ _ c Y b � s s n U \ \ m W a _ ] c ] ^ Y \ \ c ^ X c V W Z � s � � z Z Ê � ´ } f c a c^ \ _ ] X c a c V f W X l W Z � n � n � g q k [ Z V � � Y b X l c � ´ b Y a i c V [ i Y Z Y g` l e \ c X W ^ d a Y _ ` k ] _ ` ` Y a X c V h e [ h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c Y b Ç Ì k f W X l[ Z [ m c a [ d c V W b b c a c Z ^ c Y b � y Z X n v l c a c ] X Y b X l c d a Y _ ` q m W ga _ ] c ] k W Z ^ \ _ V W Z d X l c U ] f [ Z W ] Y \ [ X c U ~ t d e ` X ~ � s Ì � ´ ~ � s � � kY a W d W Z [ X c V b a Y i [ V W ] X W Z ^ X \ W Z c [ d c h _ X ] l [ a c V [ Z ^ c ] X a e f W X lX l c U ~ t d e ` X ~ ´ s Æ � ~ � s � s m [ ^ ^ W Z c ^ [ Z V W V [ X c m W a _ ] z � W d _ a c ] � k� } n � W a _ ] c ] b a Y i ^ \ [ V c � n � n � n � W Z ^ \ _ V c V Y Z \ e � W ] Y \ [ X c b a Y il _ i [ Z ] k f l c a c [ ] ] _ h d a Y _ ` q Y b ^ \ [ V c � n � n � ^ Y i ` a W ] c V r yl _ i [ Z W ] Y \ [ X c ] n v l c V c X c a i W Z [ Z X ] Y b X l W ] V W b b c a c Z ^ c l [ m cZ Y X h c c Z c ] X [ h \ W ] l c V nv Y V c X c ^ X c m W V c Z ^ c Y b d c Z c X W ^ a c [ ] ] Y a X i c Z X [ i Y Z d ] _ h gX e ` c � r � � m W a _ ] c ] b a Y i ` Y _ \ X a e [ Z V � Y Y Z Y X W ^ W Z b c ^ X W Y Z ] kf c ^ Y i ` [ a c V X l c X Y ` Y \ Y d W c ] Y b ` l e \ Y d c Z c X W ^ X a c c ] b a Y i X l c^ Y i ` \ c X c d c Z Y i c ] Y b Ç s m W a _ ] c ] b a Y i t d e ` X z r Ç ] c � _ c Z ^ c Vb Y a X l W ] [ Z [ \ e ] W ] [ Z V ´ � [ m [ W \ [ h \ c W Z � c Z j [ Z p } n v l c X Y g` Y \ Y d W c ] Y b � U [ Z V Ô j � X a c c ] f c a c W V c Z X W ^ [ \ k W Z V W ^ [ X W Z d[ Z [ h ] c Z ^ c Y b a c [ ] ] Y a X i c Z X z Y Z \ W Z c v c ^ l Z W ^ [ \ U ` ` c Z V W � �� W d _ a c � } n v l c Y X l c a y X a c c ] W Z V W ^ [ X c V X l [ X X l c ] c d c Z c ] c W gX l c a ^ Y g c m Y \ m c V f W X l � U z W V c Z X W ^ [ \ X a c c X Y ` Y \ Y d e f W X l l W d lh Y Y X ] X a [ ` ] _ ` ` Y a X } Y a l [ V W Z ] _ b � ^ W c Z X V W m c a d c Z ^ c X Y ] _ ` ` Y a X_ Z [ i h W d _ Y _ ] c m Y \ _ X W Y Z [ a e a c \ [ X W Y Z ] l W ` V c X c a i W Z [ X W Y Z ]z \ Y f h Y Y X ] X a [ ` ] _ ` ` Y a X } n v l c c � ^ c ` X W Y Z f [ ] X l c Z Y Z ] X a _ ^ gX _ a [ \ z � u } d c Z c Y b [ ] _ h d a Y _ ` q m W a _ ] k U ~ t d e ` X ~ Ç � Æ Ì g� U o w � ´ ~ � s s Ç k f l W ^ l b Y a i c V [ i Y Z Y ` l e \ c X W ^ d a Y _ `z h Y Y X ] X a [ ` m [ \ _ c Ç r } f W X l ] c m c a [ \ ] _ h d a Y _ ` j m W a _ ] c ] W ] Y g\ [ X c V W Z X l c ] [ i c e c [ a k W Z V W ^ [ X W Z d [ ` Y ] ] W h \ c a c [ ] ] Y a X i c Z X Y b� u d c Z c h c X f c c Z X l c ] c ^ Y g ^ W a ^ _ \ [ X W Z d ] _ h d a Y _ ` ] W Z � s s Ç n� c [ \ ] Y [ ] ] c ] ] c V X l c ` Y ] ] W h \ c X a [ Z ] h Y _ Z V [ a e i Y m c gi c Z X Y b ] _ h X e ` c � r � � m W a _ ] c ] h e [ Z [ \ e � W Z d X l c ` l e \ Y gd c Z c X W ^ a c \ [ X W Y Z ] l W ` ] h c X f c c Z m W a _ ] c ] b a Y i t d e ` X z � s s Æ µ Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 45

Page 4: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHÕ Ö × × Ø Ù Ú Û Ü Ý Þ ß à á Ü â Ú Ý à ã ß ä å æ ç ç Ý Þ ß è ß Ú ß ä é à Ü ê ë ã à â ä ß ä é à Ü êì è í î Ý é Ü à ê ß Û ä ã Ú è ç ß ê Ü Ú Ü î Þ í ç ß Ý ã á è à Ü â î ä ï ð Þ ã á Þ ã Ú á ç â Û ß Ûã ä Ü ç Ù Ý ß ä ß ñ á ç â ä ã ë ß ç í é à Ü ê ì è í î Ý ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú ôÛ ã ñ Õ õ ã è â à ß ä × ï ö Ø ï Ù Ú Û ð ß à ß Û ã ä Ý ã Ú á Ý é à Ü ê Ü Ý Þ ß à á ç Ü ä ß ç íà ß ç Ù Ý ß Û è ß Ú Ü Ý í î ß ÷ ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è á ç Ù Û ß Õ å Õ ë ã à â ä ß ä î à ß ôë ã Ü â ä ç í á ã à á â ç Ù Ý ã Ú è ã Ú Ü Ý Þ ß à à ß è ã Ü Ú ä Ü é æ é à ã á Ù ï Ý Þ ß ø ã Û Û ç ßì Ù ä Ý ï Ù Ú Û ì â à Ü î ß ò ù ú ï ù û Ø å ó Þ ß ä ß à ß ä â ç Ý ä ã Ú Û ã á Ù Ý ß Û Ý Þ Ù Ý Ú ÜÙ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä ð ß à ß ã ê î Ü à Ý ß Û ã Ú Ý Ü ì è í î ÝÙ é Ý ß à Ý Þ ß ã à ã Ú Ý à Ü Û â á Ý ã Ü Ú ã Ú Õ Ö Ö þ � Õ Ö Ö � å ó Þ ß Û Ù Ý Ù Ù ç ä Ü ã Ú Û ã á Ù Ý ßÝ Þ Ù Ý ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä Þ Ù ë ß Ú Ü Ý à ß Ù ä ä Ü à Ý ß Û ð ã Ý Þ ç Ü ðî Ù Ý Þ Ü è ß Ú ã á Ù ë ã Ù Ú ã Ú � â ß Ú � Ù ò � � æ � Ø ë ã à â ä ß ä ä ã Ú á ß Ý Þ ß ã à ã Ú ã ôÝ ã Ù ç ã Ú Ý à Ü Û â á Ý ã Ü Ú ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ õ ã è â à ß × Ø å� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � �ó Þ ß × Ö ê Ù � Ü à ë ã à Ù ç î à Ü Ý ß ã Ú ä ß Ú á Ü Û ß Û ü í Ý Þ ß ä â ü ôÝ í î ß ý þ ÿ × è ß Ú Ü ê ß ä ð ß à ß ä á à ß ß Ú ß Û Ý Ü ã Û ß Ú Ý ã é í ë Ù à ã Ù ôÝ ã Ü Ú ä Ù Ý ä ã Ý ß ä î à ß ë ã Ü â ä ç í Ù ä ä Ü á ã Ù Ý ß Û ð ã Ý Þ é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç Ý à Ù ã Ý äÜ é î â ü ç ã á Þ ß Ù ç Ý Þ á Ü Ú ä ß � â ß Ú á ß ò ó Ù ü ç ß Ø ò ù ! " # Ø å ó Þ ß ê â ç ôÝ ã ü Ù ä ã á á ç ß Ù ë Ù è ß ä ã Ý ß á Ü ê ê Ü Ú Ý Ü á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ý æ î à Ü Ý ß ã Ú äò $ % & � ' ( ì ) * * * ) ) *↓

( $ $ $ Ø à ß ê Ù ã Ú ß Û â Ú á Þ Ù Ú è ß Û ã Ú ë ã à â ä ôß ä á Ü ç ç ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × é à Ü ê ã Ú é ß á Ý ß Û Þ â ê Ù Ú ä å æ ä î à ß ë ã Ü â ä ç íÚ Ü Ý ß Û ï ë ã à â ä ß ä ü ß ç Ü Ú è ã Ú è Ý Ü Ù ä â ü ä ß Ý Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × å ×è à Ü â î á Ü ç ç ß á Ý ß Û Û â à ã Ú è Õ Ö Ö + ! Õ Ö × × ç Ù á , ß Û Ù ä ã Ú è ç ß ü Ù ä ã áà ß ä ã Û â ß ã Ú Ý Þ ß ý æ á ç ß Ù ë Ù è ß ä ã Ý ß Ý Þ Ù Ý ð Ù ä î à ß ä ß Ú Ý ã Ú á ç Ù Û ßÕ å Õ å × Ù Ú Û Õ å Õ å × å × á ç ß Ù ë Ù è ß ê Ü Ý ã é ä ò - Ø åó Þ ß ý æ î à Ü Ý ß ã Ú ä Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Õ Ö × ×Ù ç ä Ü ç Ù á , ß Û è ç í á Ü ä í ç Ù Ý ã Ü Ú Ù Ý î Ü ä ã Ý ã Ü Ú × þ . ï Ù ä Ü ü ä ß à ë ß Ûã Ú Ü ç Û ß à ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä é à Ü ê ì è í î Ý å ý Ü ð ß ë ß à ï æ � ì è í î Ý �ÿ × Ö � Õ × � Õ Ö × × Ù Ú Û æ � ì è í î Ý � ÿ � � þ / � Õ Ö × × Ù á � â ã à ß Û Ù Ú Ù Û ôÛ ã Ý ã Ü Ú Ù ç è ç í á Ü ä í ç Ù Ý ã Ü Ú ä ã Ý ß Ù Ý æ ä Ú × × + Ù Ú Û Õ × þ ï à ß ä î ß á ôÝ ã ë ß ç í ï ã Ú Ý Þ ß è ç Ü ü â ç Ù à Þ ß Ù Û Ü é ý æ å ó ð Ü ä ã è Ú Ù Ý â à ß Ù ê ã Ú ÜÙ á ã Û á Þ Ù Ú è ß ä ò Ù Û ß ç ß Ý ã Ü Ú Ü é 0 ß à × Õ + ã Ú Ý Þ ß ý æ è ß Ú ß ï Ù Ú Û Ù Ú� ç ß × þ × ó Þ à ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú Ø ð ß à ß Ü ü ä ß à ë ß Û ã Ú ý æ î à Ü Ý ß ã Ú ä Ü éá ç Ù Û ß Õ å Õ å × è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä á Ü ç ç ß á Ý ß Û Û â à ã Ú è Õ Ö Ö 2 ! Õ Ö × × 3ü Ü Ý Þ á Þ Ù Ú è ß ä ê Ù í ß Ú Þ Ù Ú á ß ü ã Ú Û ã Ú è Ý Ü 4 ô Õ ï � ! ç ã Ú , ß Û à ß á ß î ôÝ Ü à ä ò - ï ù 5 ï " ú Ø å æ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û á Ü ê î Ù à ã ä Ü Ú ä à ß ë ß Ù ç ß ÛÝ Þ Ù Ý Ý Þ ß ý æ Ü é Ý Þ ß ë ã à â ä é à Ü ê Ý Þ ß æ ä ð Ù Ú à ß è ã Ü Ú Ü é ì è í î Ýç Ù á , ß Û Ý Þ ß Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ä Þ Ù à ß Û Ù ê Ü Ú è Ý Þ ß ë ã à â ä ß äá Ü ç ç ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × é à Ü ê Ú Ü à Ý Þ ß à Ú ì è í î Ý å ý Ü ð ß ë ß à ï Ý Þ ß ý æè ß Ú ß é à Ü ê Ý Þ ã ä ë ã à â ä é ß Ù Ý â à ß Û Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ä Þ Ù à ß ÛÙ ê Ü Ú è Ü ç Û ß à è à Ü â î Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä ã ä Ü ç Ù Ý ß Û ã Ú ä Ü â Ý Þ ß à Ú Ù Ú ÛÚ Ü à Ý Þ ß à Ú ì è í î Ý ò ó Ù ü ç ß Ø åæ Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç î Ü ç í ê Ü à î Þ ã ä ê ä Ü é î Ü Ý ß Ú Ý ã Ù ç à ß ç ß ë Ù Ú á ß ã Úá ç Ù Û ß Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä ã Ú á ç â Û ß Û Ý Þ ß ) � × þ * ê â Ý Ù Ý ã Ü Ú ã Ú Ý Þ ßî Ü ç í ê ß à Ù ä ß Ù á ã Û ã á ò � æ Ø è ß Ú ß ï î à ß ë ã Ü â ä ç í à ß î Ü à Ý ß Û Ý Ü ü ßÙ ä ä Ü á ã Ù Ý ß Û ð ã Ý Þ ê Ù ê ê Ù ç ã Ù Ú Þ Ü ä Ý Ù Û Ù î Ý Ù Ý ã Ü Ú ò " 6 Ø å 0 ß ë ß à ôÙ ç Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç î Ü ç í ê Ü à î Þ ã ä ê ä ð ß à ß Ù ç ä Ü é Ü â Ú Û ð ã Ý Þ ã Ú Ý Þ ß, Ú Ü ð Ú é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç Û Ü ê Ù ã Ú ä Ü é Ý Þ ß ã Ú Ý ß à Ú Ù ç è ß Ú ß ä ï ä â á Þ Ù äÝ Þ Ü ä ß ã Ú ë Ü ç ë ß Û ã Ú * ÿ æ Ù Ú Û � Ü à Ú â á ç ß Ü î à Ü Ý ß ã Ú ü ã Ú Û ã Ú è ò ù !" # Ø ò ó Ù ü ç ß Ø å ó ð Ü Ü é Ý Þ ß ã ä Ü ç Ù Ý ß ä ò æ � ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × ×Ù Ú Û æ � ì è í î Ý � ÿ 2 þ � Õ � Õ Ö × × Ø î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù ä Ý Ü î á Ü Û Ü Ú Ù Ýî Ü ä ã Ý ã Ü Ú Õ þ ã Ú Ý Þ ß î Ü ç í ê ß à Ù ä ß ü Ù ä ã á × ò � 7 × Ø ! õ Õ á Ü Û ã Ú è

à ß è ã Ü Ú ò Ù ç Ý ß à Ú Ù Ý ß Ü î ß Ú à ß Ù Û ã Ú è é à Ù ê ß Ú ß Ù à Ý Þ ß þ′

ß Ú Û Ü éÝ Þ ß � 7 × è ß Ú ß Ø ï á Ù â ä ã Ú è Ù Ý à â Ú á Ù Ý ß Û î à Ü Ý ß ã Ú å 8 Ú ß Ü é Ý Þ ßî Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ß ä Ù ç ä Ü î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù î à ß ê Ù Ý â à ß ä Ý Ü î á Ü Û Ü Ú Ù Ýî Ü ä ã Ý ã Ü Ú + ã Ú � 7 × ô õ Õ å æ ä ã Ú è ç ß î Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ï æ � á Þ ã á , ß Ú �ì è í î Ý � Ö / ö � Õ Ö Ö / ï Þ Ù Û Ü Ú ç í Ù Õ Õ ô Ù Ù � æ ô 9 î à Ü Ý ß ã Ú ï Ù Ú Û Ù ç çÜ é Ý Þ ß Þ â ê Ù Ú Ù Ú Û Ü Ý Þ ß à î Ü â ç Ý à í ë ã à â ä ß ä Þ Ù Û � æ ô 9 î à Ü Ý ß ã Ú äá Ü ê î à ã ä ã Ú è Ý Þ ß é â ç ç � × ô Ù Ù ä ß � â ß Ú á ß å ÿ Ü Û ã ä Ý ã Ú á Ý Ù ê ã Ú ÜÙ á ã Û ä ã è Ú Ù Ý â à ß ä ð ß à ß é Ü â Ú Û ã Ú Ý Þ ß Ú â á ç ß Ü î à Ü Ý ß ã Ú Ü à ÿ 0 Õî à Ü Ý ß ã Ú ä å æ ç ç Ü é Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ô 1 ë ã à â ä ß ä Ù Ú Û Ý Þ ß Ü Ý Þ ß àá ç Ù Û ß Õ å Õ å × Ù Ú Û Õ å Õ å × å × ë ã à â ä ß ä à ß Ý Ù ã Ú ß Û � 7 Õ � Õ 2 ) Ù Ú Ûÿ 0 × + Õ ì ï Ý ð Ü ê â Ý Ù Ý ã Ü Ú ä ã ê î Ù à Ý ã Ú è Þ Ü ä Ý ô ä î ß á ã : á ë ã à â ç ß Ú á ßî Þ ß Ú Ü Ý í î ß ä ã Ú ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ß ä ï Ý Þ Ù Ý Ù à ß Ù ç ä Ü á Ü Ú ôä ß à ë ß Û ã Ú Ú ß Ù à ç í Ù ç ç á ç Ù Û ß Õ å Õ ô Ü à ã è ã Ú ë ã à â ä ß ä ã ä Ü ç Ù Ý ß Û é à Ü êÞ â ê Ù Ú ä Ù Ú Û ü ã à Û ä ò " û ï " Ø å; � � � < � � � � � � � � � � � � � � � = � � � > � ? � @ A � B C � � � � � � � � � � � � � � �ó Ü Ù ä ä ß ä ä Ý Þ ß ß ñ Ý ß Ú Ý Ü é Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á Û à ã é Ý Ù ê Ü Ú è à ß á ß Ú ÝÞ â ê Ù Ú ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ë ã à â ä ã ä Ü ç Ù Ý ß ä à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü D ý 8 ôà ß á Ü ê ê ß Ú Û ß Û á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß ë Ù á á ã Ú ß ë ã à â ä ß ä ï ð ß î ß à é Ü à ê ß ÛÞ ß ê Ù è è ç â Ý ã Ú ã Ú ã Ú Þ ã ü ã Ý ã Ü Ú ò ý � Ø Ý ß ä Ý ä â ä ã Ú è é ß à à ß Ý Ù Ú Ý ã ä ß à Ùà Ù ã ä ß Û Ù è Ù ã Ú ä Ý Ù î Ù Ú ß ç Ü é ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è æ � ì è í î Ý �ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ò Ý Þ ß á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë Ù á á ã Ú ß á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß à ß á Ü ê ôê ß Ú Û ß Û ü í D ý 8 Ø ò " - Ø Ù Ú Û ã ä Ü ç Ù Ý ß ä é à Ü ê î à ß ë ã Ü â ä í ß Ù à ä åæ Ú Ý ã ä ß à â ê è ß Ú ß à Ù Ý ß Û Ù è Ù ã Ú ä Ý æ � ì è í î Ý � ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö à ß ôë ß Ù ç ß Û ý � Ý ã Ý ß à ä Ý Ü à ß î à ß ä ß Ú Ý Ù Ý ã ë ß ä â ü Ý í î ß ý þ ÿ × ã ä Ü ç Ù Ý ß äé à Ü ê Õ Ö × × Ý Þ Ù Ý Û ã é é ß à ß Û E . ô é Ü ç Û ï á Ü ê î Ù à ß Û ð ã Ý Þ Ý Þ ß Þ Ü ôê Ü ç Ü è Ü â ä Ý ã Ý ß à Ü é Ý Þ ß á Ù Ú Û ã Û Ù Ý ß ë Ù á á ã Ú ß ë ã à â ä ò Ü Ú ç ã Ú ßó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ ó Ù ü ç ß Ø å 1 Ü ê î Ù à ß Û ð ã Ý Þ æ � ì è í î Ý �ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ï ê Ü ä Ý Ü é Ý Þ ß Ù Ú Ù ç í � ß Û ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Þ â ê Ù Ú äã Ú é ß á Ý ß Û ã Ú Õ Ö × × Þ Ù Û � ! / Ù Ù á Þ Ù Ú è ß ä ã Ú Ý Þ ß ý æ × î à Ü Ý ß ã Úò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ ö ï ð ð ð Ú á å á Û á å è Ü ë � ì � F �Ù à Ý ã á ç ß � × + � × � × Õ ô × Ö / Ö ô ó ß á Þ Ù î î ö å ñ ç ä Ø å * ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß ë Ù á ôá ã Ú ß ä Ý à Ù ã Ú ï Ý Þ ß ä ß ë ã à â ä ß ä ä Þ Ù à ß Û ö á Ü Ú ä ß à ë ß Û Ù ê ã Ú Ü Ù á ã ÛÛ ã é é ß à ß Ú á ß ä Ù Ý î Ü ä ã Ý ã Ü Ú ä î à ß ë ã Ü â ä ç í ä Þ Ü ð Ú Ý Ü ü ß ã Ú ë Ü ç ë ß Ûã Ú Ù Ú Ý ã ü Ü Û í à ß á Ü è Ú ã Ý ã Ü Ú ò F × þ . ÿ Ù Ú Û ÿ × þ þ F Ø Ü à à ß á ß î ôÝ Ü à ü ã Ú Û ã Ú è ò G × ö . æ Ø å * ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß Þ Ü ê Ü ç Ü è Ü â ä Ý ã Ý ß à ïý � Ý ã Ý ß à ä Ü é Ù Ú Ý ã ä ß à â ê Ý Ü æ � ì è í î Ý � ÿ Ö ö Ö 2 Õ � Õ Ö × Ö ð ß à ß à ß ôÛ â á ß Û ü í / ô é Ü ç Û ð ã Ý Þ æ � ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × × Ù Ú Û æ � ì è í î Ý �ÿ 2 þ � Õ � Õ Ö × × ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ Õ ó Ù ü ç ß Ø å æ �ì è í î Ý � ÿ � / Õ / � Õ Ö × × î Ü ä ä ß ä ä ß Û Ù á Þ Ù Ú è ß Ù Ý î â Ý Ù Ý ã ë ß Ù Ú Ý ã ôè ß Ú ã á ä ã Ý ß æ ò æ × Õ 2 ó Ø à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ü Ý Þ ß à è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ïü â Ý Ý Þ ß à ß ð ß à ß Ú Ü Ü Ý Þ ß à Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç Ù ê ã Ú Ü Ù á ã Û ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú äÙ Ý , Ú Ü ð Ú é â Ú á Ý ã Ü Ú Ù ç ä ã Ý ß ä Ý Ü ä â î î Ü à Ý Ý Þ ã ä : Ú Û ã Ú è ò Ü Ú ç ã Ú ßó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú Û ã ñ ö Ø åó Þ ß ý � Ý ã Ý ß à ä Ü é Ù Ú Ý ã ä ß à Ù Ý Ü ß Ù à ç ã ß à á ç Ù Û ß Õ å Õ å × ë ã à â ä ß äò è à Ü â î ä æ ï 7 ï Ù Ú Û F Ø ð ã Ý Þ è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä é à Ü ê Õ Ö × × ð ß à ßà ß Û â á ß Û H / ô é Ü ç Û à ß ç Ù Ý ã ë ß Ý Ü Ý Þ ß Þ Ü ê Ü ç Ü è Ü â ä ë Ù ç â ß ä ï ã Ú Û ã ôá Ù Ý ã Ú è ä â ü ä Ý Ù Ú Ý ã Ù ç Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á á Þ Ù Ú è ß ã Ú à ß á ß Ú Ý í ß Ù à ä å ó Þ ß ä ßß Ù à ç ã ß à ë ã à â ä ß ä Þ Ù Û ê Ù Ú í Ü Ý Þ ß à Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú Ù ç ý æ × ä â ü ä Ý ã Ý â Ý ã Ü Ú äã Ú á Ü ê î Ù à ã ä Ü Ú Ý Ü Ý Þ ß è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ï ã Ú á ç â Û ã Ú è ä ß ë ß à Ù ç ã ÚÜ à Ú ß Ù à Ý Ü Ù Ú Ý ã è ß Ú ã á ä ã Ý ß ä 7 Ù Ú Û 1 ò Ü Ú ç ã Ú ß ó ß á Þ Ú ã á Ù ç æ î î ß Ú ôÛ ã ñ ö Ø å � Ú Ù Û Û ã Ý ã Ü Ú ï Ü Ú ç í Ý Þ ß è à Ü â î 1 ë ã à â ä ß ä ò ã Ú á ç â Û ã Ú è Ý Þ ß46 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 5: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, Egypt

I J K K L M N I L O P Q R Q S J O N T J T N U N V L W M W X J Y L M W J K L T O N Q L T P N Z [ \ ]^ S L K S L Q M N J O W O J T _ J K N M V V W V S N Z ` a b U W W c W X V S N d e O N K N c bV W O b f L M T L M g Q L V N h i j R k l S N U J O g N M P Y f N O W X K S J M g N Q J V L Y bY P M W T W Y L M J M V Q L V N Q f N V ^ N N M V S N K U J T N [ k [ k Z k Z I L O P Q N Q J M Tg O W P c m I L O P Q N Q ] V W g N V S N O ^ L V S J U J K n W X J M V L g N M L K K O W Q Q O N J K bV L I L V o L M [ b ^ J o V N Q V Q ] L M T L K J V N T L Q c J O J V N N I W U P V L W M J O o c J V S QW X V S N Q N U L M N J g N Q k p M J g O N N Y N M V ^ L V S c O N I L W P Q q M T L M g Q h r s R ]^ N Q S W ^ N T V S J V Q N O J g N M N O J V N T J g J L M Q V V S N K U J T N [ k [ k Z k Z I L bO P Q N Q h N k g k ] e t K S L K n N M t u g o c V t \ v a ` b w e x y z ` t [ a a { J M T V S Ne t u g o c V t ` ` a a b w e x y z ` t [ a a | I J K K L M N K J M T L T J V N R T L T M W VK O W Q Q O N J K V ^ L V S V S N g O W P c m I L O P Q N Q k} ~ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �e M J U o Q N Q W X c P V J V L I N Y W U N K P U J O Y J O n N O Q W X O N Q L Q bV J M K N V W J M V L I L O J U T O P g Q h J T J Y J M V J M N Q J M T w e L M S L f L V W O Q R

L T N M V L q N T X N ^ I J O L J V L W M Q W X K W M K N O M X W O c P f U L K S N J U V S k e tu g o c V t v ` \ � b w e x y z ` t [ a a \ S J T J M p U N b V W b l S O Y P V J V L W M J Vc W Q L V L W M [ [ ` h p [ [ ` l R L M V S N w e J K V L I N Q L V N � S W ^ N I N O ] V S L QK S J M g N T L T M W V J X X N K V Q P Q K N c V L f L U L V o W X V S N I L O P Q V W W Q N U V J Y L bI L O h � a � L M S L f L V W O o K W M K N M V O J V L W M � k [ ` M x R k e t u g o c V t a � a � bw e x y z ` t [ a a \ S J T J Y P V J V L W M W X p Z Z { x L M V S N w e ] J M TK W Y c J O N T ^ L V S V S N Q N M Q L V L I N K W M V O W U I L O P Q ] ^ S L K S U J K n N TV S L Q Y P V J V L W M ] e t u g o c V t a � a � b w e x y z ` t [ a a \ S J T J � b X W U TO N T P K N T Q P Q K N c V L f L U L V o V W W Q N U V J Y L I L O h Z � k v � M x I Q k [ k � |M x R k � W P O I L O P Q N Q S J T V S N � [ { e Y P V J V L W M L M V S N x [ c O W bV N L M h e t u g o c V t [ [ | \ t w e x y z ` t [ a a | ] e t u g o c V t [ � v � tw e x y z ` t [ a a | ] e t u g o c V t w � { { v t [ a Z Z ] J M T e t u g o c V tw { { [ v t [ a Z Z R ] J M T Z I L O P Q S J T V S N � ` Z w Y P V J V L W M h e tu g o c V t ` ` a a t w e x y z ` t [ a a | R k l S N Q N I L O P Q N Q J O N c O N T L K V N TV W f N O N Q L Q V J M V V W x [ L W M b K S J M M N U f U W K n L M g T O P g Q k Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 47

� � � � � � � � � � �   ¡ ¢ � � £ � � ¤ � ¥ � ¦ § ¤ ¨ � © � � � � � ¨ � ¡ � � ª � « ¬ ­ ® ¯ ° ± © � ¢ ¡ § � § � � ¨ � ¥   � � � ² ¡ £ � � § � � ³ � ´ µ   § � � ¥ � ¶ · · ¸ ¹º ¢ ¤   � � � » � £ � � ¤� ¥ � ¦ µ ¤ § �   � ¤ � ¼ ½ ¾ ¿ À Á ¾  ¿ Ã Ä Å ¡ � ¥   � ¤ � � � ¢ � � � © � � ¥ � ¬ ¢ � ¨ � ¢ � � ¥ � Æ ±¶ � ¶ � ° Ç È É Ê Ë Ì Í ¶ · · Ω � ¢ � � �   § Ï ¶ · · ¸ Ð ¶ · · Ñ© � ¢ � � �   § Ò « » Ó » � � ¦ Ô ¶ � ¶ � ° � °º Ó ¶Ñ · Õ Õ Õ Õ Ö Ö ¯ º � � � ¦ � � � § �   � ¬ × Ø Ù × Ú ±° ¶ Î Û Û Û Û � �¶ Î ¶ Ü Ü Ý Ý Ý Ý ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �º Ó °à Ñ á â â â ã ã ã ¥ ä ¯ « � � � ¦ � � � ¬ × å ±º Ó ° Ç Å ¶á · æ æ Ô ç è Ô Ô Ô ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �º « á · · é é � � � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �ê ° ® Õ Õ Ö ç ä Ö Ö Ö ê ° ® ä £ � £ £ � � � � � ² ¤ §   � ¦ � µ   �   � ¤ � ¬ ë ì ±­ « á à Û Û Û Û Ô Ô « �   � � � � � ¥ § �   � È ¬ ë × ±° ¶ · Û Û í î Û Û � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �° ¶ Î î ï ð î ï ð î ï ð î ï ð � ã ç � ¯ � � ¢ ¤ ¢ � ¦ ñ � ¥ � �     ¤   ² � ¢ � ¥ � µ   ¤ ¢� � � ¦ � � � § �   � ° à · Ç � ¤ ¤ µ ¬ ë × ±° ® ° é é é é Ý Ý « �   � � � � � ¥ § �   � Ó � � ¦ ¢ � ¥ � µ   ¤ ¢ � � � ¦ � � �¬ ë × ±¯ « ¶ ¶ á Ü Ü Ü ã ã ã ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �á ® · æ æ æ � � � ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �ò ° Î ® ó ó ó ä ä ä ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �° ê Ñ é é Ý Ý Ý Ý ä ¯ º � � � ¦ � � � § �   � ¬ ë ë ±¶ · ¸ â â ¯ ¯ ¯ ¯ò ¶ ® ° ô ô È È È È ¯ ¤ Þ � ¤ ß � ¨ ¡ � ¥   � ¤ �¯ � °á Ñ â ¯ â ¯ ¯ ¯ ä ¯ « � � � ¦ � � � § �   � ¬ ë õ ±° Î Ñ ö ö Ý ç ÷ Ý Ý Ý ç ÷ ³ ¨ ¨ � ¥   ¤ ¢ ¦ ¤ £ � � � ø � � ² � � �   � ¤ � ¤ ¨£ �   ¡ ¢ �   � ¤ � � � ¦ � ù µ ¤ ¢   �   � ¤ � ¤ ¨ ² ¤ §  � �   � © � ¢ � � £ ä ¯ « § ¬ ë õ ±¶ ¶ Î ú ú Ö Ö Ö Ö º Ô û � � � � � ¦ £ ¤   � ¨ ¤ ¨ ­ º « Ý � ü ¡ � � § ³ � ³ ÷¬ ë õ » ë ý ±þ ÿ � � � � � � � � � � � � ÿ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ÿ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ! " � � � # � � � � � � � � � � ! � � � � $ % � " � � � � � � � � � � � � $ � � "� � � � � � $ � � � & ! " � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � '¢

� � � � � � � � � � � � � � $ � " � � � # � � � � � � � � � � � � � � $ ( � � " � � � � � � � � $ % " � � � � � � � � � � � � � $ ) "� � � � � * � � � � $ + % � " � � � � � � � � � � � � � � � � $ % , " � � � � � � � � � � � � � � � � $ � ( - " � � � � � # � � � � � � � � � � � # � � � � � � � " . / 0 1 0 2 3 4 5 6 � � � 7 � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � " � � � 8 � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � $ ÿ � 9 " � � � � � # � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � 8 � $ : , : ; " ÿ ' % � � ( - � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �< = > ? @ A B C D � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ! � ! � � � E � � � � � � � �F G H I J K L M N O J H M P L K Q L I N P N L O O R P M L H M S J P T O � : � # � � � � � U V � % ) + W X � ! Y Y � �Z � : � # � � � Y � Y � � % ) + W X � ! Y Y � " � : � # � � � ! U ' ! � % ) + W X � ! Y Y � " � : � # � � � X V ' Y � % ) + W X � ! Y Y � �[ : � � � # ! � ! � � � E � � � � � � � � � � � ! Y Y U \ ! Y Y ] ^ � : � # � � � X � V � % ) + W X � ! Y Y U " � : � # � � � ! ' V � � % ) + W X � ! Y Y ] " � : � # � � � ! ! ] � � % ) + W X � ! Y Y ] �_ + � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �

Page 6: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCH` a b c d b b a e fg h i j k l m m n o p q r s t u v w x k s y x t k z v u h q u k x i { | } k x y ~� � � � � � � � � � � h x { w h i ~ k j t h y i w h i u { | v i w t u v i v i r y t u k xj y { i t x r � � t t u k k i z y ~ l m � � o p q r s t u v z x k s y x t k z � n � � � � �y ~ t u k t y t v � � l u { | v i j v w k w h i t u k � y x � z ~ y x t u v t r k v x os � v j h i q p q r s t w k j y i z y i � r t y � i z y i k w h v h i t u k i { | } k xy ~ x k s y x t k z u { | v i h i ~ k j t h y i w w h i j k l m m � � � � � p � s y w { x kt y w h j � y x z k v z s y { � t x r u v w } k k i x k s y x t k z v w t u k � h � k � rw y { x j k y ~ h i ~ k j t h y i ~ y x i k v x � r v � � u { | v i j v w k w h i p q r s t� � � � � � y w t y ~ t u y w k k � s y w { x k w � k x k z k w j x h } k z v w y j j { x �x h i q h i } v j � r v x z s y { � t x r w k t t h i q w � v � t u y { q u h i ~ k j t h y i h ih i z { w t x h v � � j y | | k x j h v � w k t t h i q w j y { � z i y t } k x { � k z y { t h ~w y | k y i k � y x � k z h i y x � h w h t k z t u k w k w k t t h i q w � � � � � � � u kj y i t x v w t } k t � k k i t u k x h w h i q i { | } k x w y ~ u { | v i h i ~ k j t h y i wz k t k j t k z k v j u r k v x h i p q r s t v i z t u k z k j � h i h i q j v w k � ~ v t v � h t rx v t h y w w h i j k l m m n � k z t y w s k j { � v t h y i v } y { t t u k k � y � { t h y iy ~ i k � � h x y � y q h j s x y s k x t h k w h i � { k i j h i q t u k k s h z k | h y � y q ry ~ w { } t r s k � � � � � h x { w h i p q r s t � � o � o � � � � � y h i � k w t h q v t ks y w w h } � k | y � k j { � v x k s h z k | h y � y q h j j y x x k � v t k w y ~ t u k w kt x k i z w o � k v i v � r � k z t u k j y | s � k t k q k i y | k w y ~ � h x { w k w h w y �� v t k z ~ x y | u { | v i w h i p q r s t z { x h i q l m m � � l m � � �� u r � y q k i k t h j v i v � r w h w y ~ � � q k i k w h i z h j v t k z t u v t w { } �t r s k � � � � � h x { w k w ~ x y | j � v z k w l � l � � v i z l � l � � � � j y i t h i �{ k z t y j y � j h x j { � v t k h i x k j k i t r k v x w � � � � � i v z z h t h y i o t u k � �y ~ j � v z k l � l � � � h x { w k w � v w v � w y ~ y { i z t y j � { w t k x h i � y ~ �z h w t h i j t | y i y s u r � k t h j q x y { s w � s x k � h y { w � r t k x | k z q x y { s w� �   � � � o ¡ ¢ � � £ ~ t u k u { | v i h i ~ k j t h y i w z { x h i q l m m n � l m � � on � � � k x k j v { w k z } r � h x { w k w ~ x y | v w h i q � k s u r � y q k i k t h jq x y { s o j � v z k l � l � � � ¤ o � u k x k v w h i ~ k j t h y i w z k t k j t k z z { x h i ql m m � � l m m ¥ h i � y � � k z � h x { w k w ~ x y | l � l � � � ¦ v i z �   �� i j y i t x v w t � h t u t u k | { � t h s � k u { | v i h i ~ k j t h y i w j v { w k z} r t u k j � v z k l � l � � � h x { w k w o y i � r � u { | v i h i ~ k j t h y i } r vj � v z k l � l � � � � � h x { w � v w z k t k j t k z � § h q { x k � � � � u k s x k z y | h �i v i j k y ~ j � v z k l � l � � � ¤ � h x { w k w v | y i q � y y i y t h j h i ~ k j t h y i wh i u { | v i w v s s k v x w t y } k v w w y j h v t k z � h t u t u k s k x w h w t k i t j h x �j { � v t h y i y ~ t u h w q x y { s y ~ � h x { w k w h i } v j � r v x z y x s k x h z y | k w �t h j s y { � t x r � � m � � � y � k � k x o t u k x k x k | v h i w w y | k k � y � { t h y i v x rz h � k x q k i j k } k t � k k i l z h w j x k t k � � j � { w t k x w z k t k j t k z h i l m � �t u v t | v r j y x x k � v t k � h t u t u k q k y q x v s u h j w k s v x v t h y i } k t � k k it u k | v ¨ y x h t r y ~ q x y { s ¤ q k i k w t u v t y x h q h i v t k z ~ x y | t u k � h � k  k � t v v i z t u y w k ~ x y | w t x v h i � � p q r s t � � m � l � � l m � � o � u h j u� v w j y � � k j t k z ~ x y | t u k � w � v i q y � k x i y x v t k h i t u k w y { t u y ~t u k j y { i t x r � � u k s v { j h t r y ~ u { | v i h i ~ k j t h y i w � h t u j � v z kl � l � � � � � h x { w k w o � u h j u j h x j { � v t k s x k z y | h i v i t � r h i j y | | k x �j h v � s y { � t x r � ¢ © � o | v r x k w { � t ~ x y | h i t x h i w h j � h x v � s x y s k x t h k wy x ~ x y | u { w } v i z x r s x v j t h j k w t u v t x k z { j k t u k s x y } v } h � h t r y ~� y y i y t h j h i ~ k j t h y i � � u { w o k � s y w { x k t y w { } t r s k � � � � � h �x { w h i } v j � r v x z y x s k x h z y | k w t h j k i � h x y i | k i t w o x v t u k x t u v ij y | | k x j h v � w k t t h i q w o v s s k v x w t y } k j y x x k � v t k z � h t u q x k v t k xx h w � ~ y x � y y i y t h j � � � � h i ~ k j t h y i w �� u k q k i k t h j � v x h v t h y i t u v t � v w y } w k x � k z v | y i q t u k � �q k i k w y ~ j � v z k l � l � � � h x { w k w j y x x k � v t k z � h t u v i h i j x k v w k zj y | s � k � h t r h i t u k v i t h q k i h j j u v x v j t k x h w t h j w y ~ t u k � h x { w k w

j { x x k i t � r j h x j { � v t h i q h i p q r s t � � � t u y { q u v � � j � v z k l � l � � � h �x { w k w x k | v h i j x y w w x k v j t h � k t y w k x v s x y z { j k z v q v h i w t x k ~ k x �k i j k � h x { w k w ~ x y | t u k w v | k j � v z k o � � v w w v r x k w { � t w h i z h j v t k zt u v t j y i t h i { k z � v x h v t h y i v | y i q � o ¦ o ¤ o v i z   � h x { w k w u v wx k w { � t k z h i x k z { j k z t h t k x w y ~ x k j k i t l � l � � � ¤ � h x { w k w v q v h i w tv i t h w k x v t y y � z k x j � v z k l � l � � � h x { w k w � � t w u y { � z } k i y t k z o t u v tt u k x k j k i t l m � � h w y � v t k w � k x k v i t h q k i h j v � � r j � y w k � r x k � v t k zt y t u k s x y s y w k z ª � £ j v i z h z v t k � v j j h i k � h x { w o � � p q r s t �� m � m � l � l m � m o h i z h j v t h i q v q y y z v i t h q k i h j | v t j u } k t � k k ij { x x k i t � r j h x j { � v t h i q w t x v h i w v i z t u k s x y s y w k z � v j j h i k �� � t u y { q u t u k � � v i z � � q k i k w s � v r v | v ¨ y x x y � k h it u k t x v i w | h w w h y i y ~ � � � � � � � � � � � h x { w o t u k h i t k x i v � q k i k wj v i v � w y | y z { � v t k s v t u y q k i h j h t r v i z t x v i w | h w w h } h � h t r y ~ t u k� h x { w � ¡ � � � � � � � y ~ { x t u k x h i � k w t h q v t k t u k k � y � { t h y i y ~ t u kh i t k x i v � q k i k w y ~ w { } t r s k � � � � � h x { w k w ~ x y | u { | v i w v i zz k t k j t s y w w h } � k x k v w w y x t | k i t � h i t x v j � v z k y x y t u k x � o � k s k x �~ y x | k z v w r w t k | v t h j v i v � r w h w y ~ t u k s u r � y q k i k t h j x k � v t h y i �w u h s w v | y i q v � � t u k q k i k w � � u k x k � v w v i y t v } � k z h ~ ~ k x k i j kh i t u k t y s y � y q r y ~ t u k s u r � y q k i k t h j t x k k y ~ t u k � g q k i kj y | s v x k z � h t u y t u k x h i t k x i v � q k i k w � w { s s y x t k z } r } y y t �w t x v s � v � { k w « ¥ m � h i t u v t i y z h w t h i j t l � l � � � ¦ v i z l � l � � �  w { } q x y { s w � k x k k � h z k i t ~ y x t u k � g q k i k t x k k � � � � t u k h i t k x �i v � q k i k w t u v t z h z i y t v s s k v x t y j y � k � y � � k � h t u t u k h x w { x �~ v j k q k i k w w u y � t u k j � y w k w t x k � v t h y i w u h s t y t u k q k i k w y ~ � �t { x � k r � � { x � k r � l m m � o h i z h j v t h � k y ~ v � v j � y ~ w t x y i q w k � k j t h � ks x k w w { x k � � u k w k ¬ i z h i q w v � w y j y i ¬ x | k z s x k � h y { w x k s y x t wt u v t w { } t r s k � � � � q k i k w u v � k i y t } k k i h i t x y z { j k z ~ x y |� w h v h i t y p q r s t w h i j k l m m � � � u k s u r � y q k i h k w y ~ v � � t u kq k i k w ~ x y | t u k � h x { w k w h i p q r s t � v j � k z k � h z k i j k y ~ x k v w �w y x t | k i t � h t u y t u k x v � h v i h i � { k i � v q k i k w �� u k j y � j h x j { � v t h y i y ~ � n � l v i z s y t k i t h v � � r y t u k x­ � � � � � h x { w k w h i p q r s t u v w } k k i x k s y x t k z � ¢ ¡ � ® t u { w o t u kv } w k i j k y ~ q k i k t h j x k v w w y x t | k i t } k t � k k i w { } t r s k � � � �v i z ­ � � � v � h v i � h x { w k w ~ x y | s y { � t x r j y { � z } k j y i w h z k x k z{ i k � s k j t k z � � i j y i t x v w t t y x k v w w y x t v i t q k i y t r s k w t u v t u v � k} k k i h z k i t h ¬ k z h i y t u k x j y { i t x h k w o t u k u y | y q k i k y { w q k i k t h j| v � k { s y ~ w { } t r s k � � � � � h x { w k w h i p q r s t | v r w t k | ~ x y |t u k j u v x v j t k x h w t h j w y ~ t u k s y { � t x r t x v z k � h t u i k h q u } y x h i qj y { i t x h k w y x ~ x y | y t u k x ~ v j t y x w � k v z h i q t y ~ k � k x y s s y x t { �i h t h k w ~ y x j y � h i ~ k j t h y i w � h t u y t u k x v � h v i h i � { k i � v � h x { w k w �� t t u k s x y t k h i � k � k � o k � y � { t h y i v | y i q l � l � � � ¤ � h x { w �k w o j y | s v x k z � h t u t u v t v | y i q y t u k x j � v z k l � l � � � h x { w k w ou v w x k w { � t k z h i t u k ¬ � v t h y i y ~ v t � k v w t � w { } w t h t { t h y i w h it u k � � s x y t k h i � ª u k i ~ y { i z t y q k t u k x o l y ~ t u k � � � | { �t v t h y i w u v � k } k k i h | s � h j v t k z v w s y w w h } � k u y w t v z v s t v t h y i| v x � k x w ¯ t u k z k � k t h y i y ~ x k w h z { k � l n v i z t u k � � � � � w { } �w t h t { t h y i k i v } � k z h i � h t x y } h i z h i q t y ° � l o � w h v � y w h z k w v i z� h x { � k i j k h i | h j k � � � � � � y � k � k x o t u k w k l | { t v t h y i w | v rv � w y | k z h v t k v i t h q k i h j z x h ~ t � � © � � � u k ± � � � ² w { } w t h t { t h y ih i t u k � � s x y t k h i w y ~ l � l � � � ¤ � h x { w k w x k s x k w k i t w v i y t u k xs y t k i t h v � | v x � k x y ~ u y w t v z v s t v t h y i � ¡ � � � � y | v x � k x w y ~v i t h � h x v � z x { q x k w h w t v i j k � k x k ~ y { i z t y } k j y i w k x � k z h ik h t u k x t u k � � y x � l y ~ v i r y ~ t u k u { | v i � z k x h � k z w { } t r s k48 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 7: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Microevolution of Infl uenza A(H5N1) Viruses, Egypt³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ½ ¾ ¿ ¸ À ¼ Á ¸ Â Ã Â Ä ¸ Å ¸ Æ · ¼ » Ç ¸ Ä È Ç ¸ Â Æ » Â É Ç Ê ¼ Ê º Á È ÆÅ È » ¼ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ É ¹  Á Í Ê ¸ Å Ê Ç Ê ¼ » Ç º À ̸ » Â Ã È Ç ¼ » Í ¼ ¹ ¼ À ¼ ¹ ¸ · ¼ À Å Â º à À Æ Â Ç Å Â Æ Î ¹ Á Í Ê ¸ Å Ê ¿ È Ç ¸ ¼ Æ Ç »Ê È À ¹ ¼ Å ¼ ¸ · ¼ À  » ¼ Ã Ç È Á ¸ · ¸ ¹  ¹ Â Ç Ê ¼ ¹ È Æ Ç ¸ · ¸ ¹ È Ã Ç ¹ ¼ È Ç Á ¼ Æ Ç » ½³ Â Í ¼ · ¼ ¹ Ï ¿ ¹ ¼ · ¸  º » È Æ È Ã Ì » ¼ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ »  ÐÃ È Ç ¼ À É ¹  Á ¿  º Ã Ç ¹ Ì ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç Í ¼ ¹ ¼ É Â º Æ À Ç Â Ê È · ¼ Ñ Ò È Æ Àµ Ó ¿ ¹ Â Ç ¼ ¸ Æ » Í ¸ Ç Ê È Æ Ç ¸ · ¸ ¹ È Ã ¹ ¼ » ¸ » Ç È Æ Å ¼ Á È ¹ Ô ¼ ¹ » Ï ¸ Æ À ¸ Å È Ç ¸ Æ ÄÇ Ê È Ç Ç Ê ¼ » ¼ Á º Ç È Ç ¸ Â Æ » ¼ Õ ¸ » Ç Ç Â »  Á ¼ ¼ Õ Ç ¼ Æ Ç ¸ Æ · ¸ ¹ º » ¼ » Å ¸ ¹ Å º ÐÃ È Ç ¸ Æ Ä Í ¸ Ç Ê ¸ Æ Ç Ê ¼ ¿  º Ã Ç ¹ Ì ¿  ¿ º Ã È Ç ¸ Â Æ Ö × Ø ½Ù Æ » º Á Á È ¹ Ì Ï Â º ¹ Î Æ À ¸ Æ Ä » ¸ Æ À ¸ Å È Ç ¼ Ç Ê È Ç Ç Ê ¼ ¹ ¼ Å ¼ Æ Ç » º Ë ÐÇ Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ » Â Ã È Ç ¼ À É ¹  Á Ê º Á È Æ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ »  ¹ ¸ Ä ¸ ÐÆ È Ç ¼ À É ¹  Á ¿  º Ã Ç ¹ Ì ½ Ú Ê ¼ » ¼ · ¸ ¹ º » ¼ » ¼ ·  à · ¼ À É ¹  Á È » ¸ Æ Ä Ã ¼Ä ¼ Æ Â Ç Ì ¿ ¼ ¸ Æ Ç ¹  À º Å ¼ À ¸ Æ Ç Â ¾ Ä Ì ¿ Ç ¸ Æ Ò Û Û ´ Ü Ò Û Û Ý Þ Ç Ê ¼ ¹ ¼ ¸ » Æ Â¼ · ¸ À ¼ Æ Å ¼ Â É » º Ë » ¼ ß º ¼ Æ Ç ¹ ¼ È » »  ¹ Ç Á ¼ Æ Ç Í ¸ Ç Ê Æ ¼ Í » º Ë Ç Ì ¿ ¼³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » Ä ¼ Æ ¼ » ¸ Æ Ç ¹  À º Å ¼ À ¸ Æ Ç Â ¾ Ä Ì ¿ Ç Â ¹ ¹ ¼ » ¸ À ¼ Æ Ç à á Ó Ù· ¸ ¹ º » ¼ » ½ Ú Ê ¼ · ¸ ¹ º » ¼ » Ê È · ¼ Ë ¼ ¼ Æ Â Ë » ¼ ¹ · ¼ À ¸ Æ È Ã Ã » º Ë Ç Ì ¿ ¼³ ´ µ ¶ ¸ Æ É ¼ Å Ç ¸ Â Æ » ¸ Æ Ê º Á È Æ » » ¸ Æ Å ¼ Ò Û Û â È Æ À Ë ¼ Ã Â Æ Ä Ç Â È » º Ë ÐÄ ¹  º ¿ Ï Ç ¼ ¹ Á ¼ À Ò ½ Ò ½ ¶ Ð ã Ï Í ¸ Ç Ê º Æ ¸ ß º ¼ Ä ¼ Æ ¼ Ç ¸ Å » ¸ Ä Æ È Ç º ¹ ¼ » Ç Ê È ÇÁ È Ì Å Â Æ Ç ¹ ¸ Ë º Ç ¼ Ç Â Ç Ê ¼ ¸ ¹ ¿ ¼ ¹ » ¸ » Ç ¼ Æ Å ¼ ¸ Æ ¿  º Ã Ç ¹ Ì ½ Ó ¹ È Ç ¸ Â Æ È Ã ¼É  ¹ à ¸ Æ Ô ¸ Æ Ä Ç Ê ¼ Â Ë » ¼ ¹ · ¼ À È Á ¸ Æ Â È Å ¸ À Å Ê È Æ Ä ¼ » Ç Â Ç Ê ¼ À ¼ Å Ã ¸ Æ ¼¸ Æ Å È » ¼ Ð É È Ç È Ã ¸ Ç Ì ¹ È Ç ¸  » » ¸ Æ Å ¼ Ò Û Û â Å Â º à À Æ Â Ç Ë ¼ ¸ À ¼ Æ Ç ¸ Î ¼ À ½ä Ì » Ç ¼ Á È Ç ¸ Å È Æ È Ã Ì » ¸ » Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç ¸ »Å ¹ ¸ Ç ¸ Å È Ã Ç Â Ë ¼ Ç Ç ¼ ¹ º Æ À ¼ ¹ » Ç È Æ À Ç Ê ¼ Ä ¼ Æ ¼ Ç ¸ Å È Æ À ¿ Ê ¼ Æ Â Ç Ì ¿ ¸ ż ·  à º Ç ¸ Â Æ Â É » º Ë Ç Ì ¿ ¼ ³ ´ µ ¶ · ¸ ¹ º » ¼ » ¸ Æ ¾ Ä Ì ¿ Ç È Æ À Ç Â ¸ Æ É Â ¹ Á¿ º Ë Ã ¸ Å Ê ¼ È Ã Ç Ê ¿ ¹ Â Ä ¹ È Á » Ç Â ¹ ¼ À º Å ¼ Ç Ê ¼ ¹ ¸ » Ô É Â ¹ å Â Â Æ Â Ç ¸ Å ¸ Æ ÐÉ ¼ Å Ç ¸ Â Æ » È Æ À ¿ ¹ ¼ · ¼ Æ Ç Â ¹ Á ¸ Ç ¸ Ä È Ç ¼ È ¿ Â Ç ¼ Æ Ç ¸ È Ã ¿ È Æ À ¼ Á ¸ Å ½æ ç è é ê ë ì í î ï ð í é ñ òó ô õ ö ÷ ø ù ú û ÷ ø ü ý ö ô õ ÷ þ ÿ ÷ ø ÷ � � ÷ � � � þ � � � ÷ ö � û ý ÷ � ô � þ � ö ÷ �ú û � � þ � û ÷ ø ÿ ô � ö ÷ õ þ � ô � � ø ÷ ÷ ö ÷ õ þ ÷ ø � � ô � ÷ ÷ � � � � õ ö ô � �� ø õ � � � � õ � ø � õ õ ö � � û ÷ ø � � � � � � õ ÷ ø � õ ö ô � � � � � � � õ � õ ö ô � � � �ô � õ � ó ô ÷ � � õ ö ÷ ø ù � � � ÷ ø ø � � ÷ õ õ � � � � � � � � � � ø � ô � � ô ø � ô � ÷ õ ÷� � û � � � õ � ü � � � � � ô � � � õ ô � � ø � � ý ú � � � õ ö ô � � � ÷ � � ø � õ � ÷ õ � � ô øý ö ÷ � � ø ú � � � ø � � ô ø � ÷ � ÷ õ ÷ � � � ô ø û � � ÷ ø ÷ � ü � ô � � ó ô � ÷ õ ô � � � �� ü ÷ � ù ø � � ô � ô õ ö ô ÷ � õ ö � � ÷ ø � õ ö ô � � � ø ÷ õ � ø ÷ ø � � � � û � õ õ � ø � ÷ � � ÷ õ � � ô � � õ ö ô � ô � � ô ø � ô � � � û � � ý ú � � � � � � � � � � ÷ õ ÷ � ÷ � ô þ ø � ö � � ö õ ö � � � ô � ô ÷ � � ö � � � ÷ � ô � � ! ö ô � � � õ � ÷ � � � õ � ø ÷ � � ô � � ô ø � ô �õ ö ÷ õ � ô � ô � � ô � � � � û � ÷ � � � ø � � � � ÷ õ ô � � ø ø � � ø ô ! ô � ö ø � � ÷ � ú � �� ô ø � � " # � $ ô � � ø � � ö � � � û � õ õ ô � � ô � � ô ø � ô � ÷ õ ÷ û ÷ ü � ô � ø õ ÷ � õ ô �� � � ô � õ � ü õ ö � � ö � � ý ú � � � � � � � � � ÷ � � � � � �ÿ � � % � ø ÷ ø ö ÷ � ÷ � ÷ � ö ô � � � � � � ô ø � ô � ô � ô ô � ø � ö ÷ � û ÷ �� ô � õ � � ÷ � � � � ô ø � ô � ÷ ø � � � ù � ÷ � ÷ û ô � � � ÷ � � ô � ô ÷ � � ö õ ô � ö ø � � � õ� ø õ ö ô � � � ÷ � ÷ ø � & ø õ � � � � � ô ÷ � ô ' ô � ô ÷ � � ö $ � � ÷ û ÷ õ õ ö ô ( ý) ÷ � ÷ � ÿ ô � � � ÷ � ' ô � ô ÷ � � ö ( ø � õ ) � * � ø � ÷ � � þ � ü � õ � ú � � õ � ø �õ ö � � � � ù � ô � � ô � ô ø õ � ö ô � ÿ ÷ � õ ô � � � õ ö ô � � � � ø � � � ÷ � � ÷ õ � ø � � õ ö õ ö ô ÷ � � � õ ü � $ ö ÷ � û ÷ � ü þ � ÷ � � ( ø � � ô � � � õ ü þ � ÷ � � þ � ü � õ �+ í , í - í é ç í ò. / 0 1 2 3 2 4 5 6 7 8 8 2 3 3 9 9 7 : 3 ; 9 < 9 = 7 4 > 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 6 7 4 DE F ? 3 A 3 2 7 4 7 4 6 ? 2 4 2 = A ? G E H 9 = 3 E 7 : @ F 8 A 4 I 4 : 9 = 3 2 7 4 J 2 3 ; G K 2 A 4 I 4 L F D9 4 C A G / M @ N O . P Q 2 1 F E / R H > A 3 9 7 4 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E2 4 : 9 = 3 2 7 4 2 4 ; F 8 A 4 E / O S 4 5 ? T U 9 > / V W W X Y Z N X [ V \ . ] ^ Z / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . W N \ _ O S T U 1 A W ^ W ^ V ^ a

V / b A 4 > 9 9 ? G c U A 4 7 4 = 7 F 1 3 < c G d > 9 ? b A 1 9 9 8 S c U 7 ; A 8 9 > G ; 8 9 >G O c S ? D e 9 : A 2 9 < c S E E 8 A 3 @ c 9 3 A ? / f 7 7 4 7 3 2 = 3 1 A 4 E 8 2 E E 2 7 4 7 : A K 2 A 42 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E M @ N O . P c S 5 g H 3 c V W W \ ] V W W a / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E /V W . W Y . \ [ . . W . ] ^ / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . \ W ^ / W a . \ a NZ / < A A > U h c G ; 8 9 > i < c j A 8 A ? D S ? > 9 2 4 U G c k 7 F > A U b c b ; A ? 2 ?k c l 2 4 5 E 3 < i c 9 3 A ? / m 7 E E 2 d ? 9 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A M @ N O . P : 1 7 8 8 2 5 1 A D3 7 1 g d 2 1 > c S 5 g H 3 / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E / V W W ^ Y . Z [ . . V W ] . / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . Z W ^ / W \ . V V Vn / k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / @ N O . @ m G I 5 ? 7 d A ? 7 K 9 1 K 2 9 J /V W W a / I E E F 9 . n o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J / : A 7 / 7 1 5 _ A K 2 A 4 L F _ 9 4 _7 K 9 1 K 2 9 J / ; 3 8N / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 _ 0 7 1 ? > B 1 5 A 4 2 E A 3 2 7 4 : 7 1 G 4 2 8 A ? @ 9 A ? 3 ; _k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 @ N O . S K 7 ? F 3 2 7 4 0 7 1 q 2 4 5j 1 7 F H / 6 7 4 3 2 4 F 2 4 5 H 1 7 5 1 9 E E 3 7 J A 1 > E A F 4 2 r 9 > 4 7 8 9 4 = ? A 3 F 1 9 : 7 13 ; 9 ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = @ N O . A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E 9 E [ > 2 K 9 1 5 9 4 = 9 7 := ? A > 9 V / V K 2 1 F E 9 E / I 4 L F 9 4 C A B 3 ; 9 1 e 9 E H 2 Q 2 1 F E 9 E / V W W a Y Z [ N a ] \ V /\ / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 _ 0 7 1 ? > B 1 5 A 4 2 E A 3 2 7 4 : 7 1 G 4 2 8 A ? @ 9 A ? 3 ; _k 7 7 > A 4 > G 5 1 2 = F ? 3 F 1 9 B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 @ N O . S K 7 ? F 3 2 7 4 0 7 1 q 2 4 5j 1 7 F H / 6 7 4 3 2 4 F 9 > 9 K 7 ? F 3 2 7 4 7 : ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C AG M @ N O . P [ F H > A 3 9 > 4 7 8 9 4 = ? A 3 F 1 9 / I 4 L F 9 4 C A B 3 ; 9 1 e 9 E H 2 Q 2 1 F E 9 E /V W . V Y \ [ . ] N /^ / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / 6 F 8 F ? A 3 2 K 9 4 F 8 d 9 1 7 : = 7 4 r 1 8 9 > ; F D8 A 4 = A E 9 E : 7 1 A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P 1 9 H 7 1 3 9 > 3 7 0 @ B c V W W Z ]V W . V / V W . V o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J / J ; 7 / 2 4 3 _ 2 4 L F 9 4 C A _ ; F D8 A 4 s A 4 2 8 A ? s 2 4 3 9 1 : A = 9 _ S O s j I m s V W . V W V W X 6 F 8 F ? A 3 2 K 9 O F 8 d 9 1 @ N O. = A E 9 E / H > :X / b A g A ? 2 j c 0 9 d d g e T c h F = A 3 9 C U k c S ? < ; 9 E ; 9 4 g e G c b A 4 > 9 2 ? G U cj 7 K 7 1 q 7 K A S G c 9 3 A ? / t ; 9 9 H 2 > 9 8 2 7 ? 7 5 2 = A ? A 4 > 8 7 ? 9 = F ? A 1 A E H 9 = 3 E7 : 2 4 L F 9 4 C A @ N O . K 2 1 F E 9 E A 3 3 ; 9 ; F 8 A 4 ] A 4 2 8 A ? 2 4 3 9 1 : A = 9 2 4 S 5 g H 3 /m i 7 < B O S / V W . . Y \ [ 9 . ^ ^ Z W / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . Z ^ . _ u 7 F 1 4 A ? /H 7 4 9 / W W . ^ ^ Z Wa / 0 7 1 ? > @ 9 A ? 3 ; B 1 5 A 4 2 C A 3 2 7 4 / e 9 = 7 8 8 9 4 > A 3 2 7 4 E A 4 > ? A d 7 1 A 3 7 1 g H 1 7 D= 9 > F 1 9 E : 7 1 > 9 3 9 = 3 2 7 4 7 : A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E 2 4 E H 9 = 2 8 9 4 E: 1 7 8 E F E H 9 = 3 9 > ; F 8 A 4 = A E 9 E / V W . V o = 2 3 9 > V W . V O 7 K N p / ; 3 3 H [ _ _ J J J /J ; 7 / 2 4 3 _ 9 4 3 2 3 g _ 2 4 : ? F 9 4 C A _ 1 9 E 7 F 1 = 9 E _ > 7 = F 8 9 4 3 E _ ; N 4 . s ? A d 7 1 A 3 7 1 g sH 1 7 = 9 > F 1 9 E _ 9 4 _ 2 4 > 9 ` / ; 3 8 ?. W / S > 5 A 1 e 6 / U R < 6 i S [ 8 F ? 3 2 H ? 9 E 9 v F 9 4 = 9 A ? 2 5 4 8 9 4 3 J 2 3 ; ; 2 5 ; A = D= F 1 A = g A 4 > ; 2 5 ; 3 ; 1 7 F 5 ; H F 3 / O F = ? 9 2 = G = 2 > E e 9 E / V W W n Y Z V [ . ^ a V ] ^ /; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . W a Z _ 4 A 1 _ 5 q ; Z n W. . / t A 8 F 1 A b c m 9 3 9 1 E 7 4 h c m 9 3 9 1 E 7 4 O c < 3 9 = ; 9 1 j c O 9 2 U c b F 8 A 1 < /U S j G N [ 8 7 ? 9 = F ? A 1 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g 5 9 4 9 3 2 = E A 4 A ? g E 2 E F E 2 4 5 8 A ` 2 8 F 8? 2 q 9 ? 2 ; 7 7 > c 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g > 2 E 3 A 4 = 9 c A 4 > 8 A ` 2 8 F 8 H A 1 E 2 8 7 4 g 8 9 3 ; D7 > E / U 7 ? w 2 7 ? S K 7 ? / V W . . Y V X [ V ^ Z . ] a / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . W a Z _ 8 7 ? Dd 9 K _ 8 E 1 . V .. V / h 1 F 8 8 7 4 > G T c e A 8 d A F 3 G / w S G < t [ w A g 9 E 2 A 4 9 K 7 ? F 3 2 7 4 A 1 g A 4 A ? g DE 2 E d g E A 8 H ? 2 4 5 3 1 9 9 E / w U 6 S K 7 ? w 2 7 ? / V W W ^ Y ^ [ V . n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . . X \ _ . n ^ . D V . n X D ^ D V . n. Z / w A ? 2 E ; G i c h A K 2 E 6 t c < A A > U h c S ? D < A g 9 > O c S E 8 A 3 @ c t u A > 9 4 T G c 9 3A ? / G 4 3 2 5 9 4 2 = A 4 > 5 9 4 9 3 2 = > 2 K 9 1 E 2 3 g 7 : ; 2 5 ; ? g H A 3 ; 7 5 9 4 2 = A K 2 A 4 2 4 L F D9 4 C A G M @ N O . P K 2 1 F E 9 E 2 E 7 ? A 3 9 > 2 4 S 5 g H 3 / G K 2 A 4 h 2 E / V W . W Y N n M < F H H ?. P [ Z V a ] Z n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . \ Z ^ _ X a W Z D W n V a W a D e 9 5 / .. n / O 5 F g 9 4 @ t c < ; 9 F t j c U 2 E ; 2 4 Q m c b ? 2 8 7 K G I c j F d A 1 9 K A i Q / G E E 9 E E D8 9 4 3 7 : H A 4 > 9 8 2 = A 4 > E 9 A E 7 4 A ? 2 4 L F 9 4 C A G M @ . O . P K 2 1 F E E F E = 9 H 3 2 Dd 2 ? 2 3 g 3 7 4 9 F 1 A 8 2 4 2 > A E 9 2 4 ; 2 d 2 3 7 1 E 2 4 3 ; 1 9 9 9 4 C g 8 9 A = 3 2 K 2 3 g 2 4 ; 2 d 2 D3 2 7 4 A E E A g E / G 4 3 2 8 2 = 1 7 d G 5 9 4 3 E 6 ; 9 8 7 3 ; 9 1 / V W . W Y N n [ Z \ ^ . ] ^ / ; 3 3 H [ _ _> ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / . . V X _ G G 6 / W W N X . D . W. N / h F A 4 i c w A ; ? T c < 8 2 3 ; j T c 0 A 4 5 T c Q 2 u A g q 1 2 E ; 4 A h c f ; A 4 5 i T c 9 3A ? / t ; 9 > 9 K 9 ? 7 H 8 9 4 3 A 4 > 5 9 4 9 3 2 = > 2 K 9 1 E 2 3 g 7 : @ N O . 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E2 4 6 ; 2 4 A c . a a \ ] V W W \ / Q 2 1 7 ? 7 5 g / V W W X Y Z X W [ V n Z ] N n / ; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 /7 1 5 _ . W / . W . \ _ u / K 2 1 7 ? / V W W X / W ^ / W Z X. \ / < 8 2 3 ; j T c Q 2 u A g q 1 2 E ; 4 A h c S ? ? 2 E t U c h g 1 3 2 4 5 b 6 c i 9 F 4 5 l @ c w A ; ? T c9 3 A ? / 6 ; A 1 A = 3 9 1 2 C A 3 2 7 4 7 : A K 2 A 4 2 4 L F 9 4 C A K 2 1 F E 9 E G M @ N O . P : 1 7 8 J 2 ? >d 2 1 > E c @ 7 4 5 b 7 4 5 c V W W n ] V W W X / S 8 9 1 5 I 4 : 9 = 3 h 2 E / V W W a Y . N [ n W V ] ^ /; 3 3 H [ _ _ > ` / > 7 2 / 7 1 5 _ . W / Z V W . _ 9 2 > . N W Z / W X . . a W Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013 49

Page 8: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

RESEARCHx y z { | } ~ � � � { � � | � } � ~ � � � � � � � � � � � | � � � � � � � � � � � � � � � � � � z � � �� � ~ | � � � � � � � ~ | � � � � � � | � � � | � | � � | � � � � � � | � | � � | � � � � � � � � | � � ~ � � � �| � | � � | � � | � � � � � z � ~ � � � | � � � � | � � � � � � � z   ¡ ¡ ¢ £ x ¡   ¤ x ¥ ¢ ¦ ¡ § ¢ z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ y « ¨ � � | � z ¡ ¢ ¡ y ¬ x ¢ x ¡  x ¥ z � � � � � ­ � ­ � � � � � � ® � � � | � � ¯ � � � ª | ~ � � z ° � � � � � � � | � � � � | � � � � � � � �� � � � � � � | � � � ~ � � � �   � ~ � � � � � ¤ � � � � � � ± � | � � � � � � � � ² | � � � � x ² } � � � ²� � ª � � � � � z ³ � ~ � � � ª � z   ¡ ¡ ¬ £ «   x ¤ x   ¡ § « « z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ x ´ ¨ µ z� � ~ � � z   ¡ ¡ « z x   z ¡    x ¦ z { � � � ¶ � � � � � � ~ � � � � z � � � � � � � � ~ � ª � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � � � � x � � � � ²� � ~ | � � � � } � � � � ~ � � � ª � � � � � · � � | � � � · � � � � � � � | � � � z ­ ® � � � zx ¦ ¦ ¦ £ x ¥ ¤ « y ´ y § y ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¦ « ¨ � � } � µ ¨ x ¥ z x « z « y ´ y  ¡ z � � � � | � � ® � � � � � � � � � ¸ � � � � | � | � z � ¹ � � � � | ~ | � � � � º � � � � � � � � � �  � � } � � � � � � � � � � � � � � � � � · � � � | � ² } � � � � � ª � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � � · � �� � � � � � ~ | � � z { � � � � » � � � � z x ¦ ¦ ¦ £ ¬ ¤ ¬ y ¢ § ¥ ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¬ ´ ¨µ z x « ´ ¢ ²   ¬ ¬ « z x ¦ ¦ ¦ z ¡ ¡   y ¢ z ©  x z � � � � � � � � � � � � © � � � � � � � � � � ® � � | � } � � } � ~ ª � ~ � � � � | � � � � � � » � � � � ²� � � ¸ � z � � ~ � � � � ~ � | � � ~ � � � � � � ~ � � � � � ± � � � � � � � � � � � � | ª ª � � � � � � � � ~ � �| � � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � z � � � � � � � z   ¡ ¡ ´ £ « x   ¤ ¬ ¡ ¬ § x ¡ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z� ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � � � � � z x x   ¬ ¢ x «    z � | � � � � ° � � � � � � ¸ � � � � � � � � � � ~ � � � · � � ª ~ � � · � z ¸ � � � � ~ � � � � � � � ²� � � � � � � � � � � � } ~ | � � | � � · � � } � � � � � ª | � � � � � � � � � � � � � � � � � � | � � ~ � �® x � ~ � � � � � z ³ � ~ � � � ª � z   ¡ ¡ x £   ¥ x ¤ x ¡   § ¥ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¡ ´ ¨� � ~ � z   ¡ ¡ ¡ z ¡ ¥ ¡ ¬  « z ¯ � � � � ¯ | � � � ¼ � | � ª ¼ z � � ~ � � � � ~ � | � � � � � � � � � � � � � � � � � x � ~ � � � � � � � � � ²� � � � � | � � � ~ � � z � � � | � � � � � � � � � � � � � � � � � ½ � � | � ª � | � ¾ z   ¡ ¡ y £ « ¦ ¤ x ¢ ¢ §´   z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x x x ¨ µ z x y ¬ ¢ ² y   y ¡ z   ¡ ¡ y z ¡ ¡   ´ « z ©  ¬ z � } � � | � � ~ � » � � � � � � � � � ® � � � | � � � � � ¿ � ® � � | � � ~ | � � ° � � � � � � � � � �� � � � � | � z ¯ | ~ ª � ² � � | � � � � º � � � � � | � | � � � � � � � | � � | � � � � � � � � | � � � ²� | � � � z � � � � � � � z   ¡ ¡ ´ £ « x x ¤ x ¢ y ´ § ¥ ¡ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � ²� � � � z x x   x ¢ ¥ ´

  ¢ z � | � | � | } � À � ¸ } ~ | � � � ® � � ­ � � | � | � � � ° � � | ¹ | � � � � | � � ® � � � � � � · �� � ~ | � | � � � � � � � | � z � � º � � � � � � � � � � � � � | � ² � � � � ~ � � � � � � ~ } � � � � � ª� � � � � ± � � � � } � � � ¹ � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � � � } � � � � | ª � � � � ~ � � ª � � � � ~� � � ~ ª � � � � � � } � ~ � � � � ­ ª � � � z � ¯ � � � | � � � ª z   ¡ x x £ y ¤ � x ¡ ¡   ¡ ´ ¥ z � � � � ¤ ¨ ¨� © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x « y x ¨ µ � � ~ � | � z � � | � z x ¡ ¡   ¡ ´ ¥  ´ z � | � � | ® � { | � � � � | � � � | � � � � � | ¹ | � � | À z ® � � � � � � | ~ } | � � � � � ~� � ª � � � ~ � � � � � � � � � � � ª � � � ª � ¢ � x � � � � � � � | � � � ~ � � � � z � � � � � � � z  ¡ ¡ x £   ¦ « ¤ x ¥ ¬ ¡ §   z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x x   ´ ¨ � � � � � � � z x ¡ ´   ¥ ¥    y z � � � � � � � � � � � | � � ­ � � � } � � � ~ · { z ¯ � � � | � � ¢ � x � � � � � � � | � � ~ � � � �� � � | � � � � � � | � � � ² � � ~ | � � � � � � � � � ~ � � � � � � � � z � | � ® � � z   ¡ ¡   £ ¥ ¤ ¦ ¢ ¡ § ¬ z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ « ¥ ¨ � � y ¢ y  ¥ z � � ~ � � � � | � � � � ~ ª | � � � | � � � � z � � | � � | } � � � � � � � | � � ¹ ~ � � � � } � � | � �� ½ � ¢ � x ¾ � | � � � � � � � ~ � � z   ¡ x x Á � � � � �   ¡ x   � | � ¥  z � � � � ¤ ¨ ¨ ¹ ¹ ¹ z ¹ � � z� � � ¨ � � � � � � � | ¨ � | � � � � � � ¨ � � ~ � � ¨ � ¢ � x � � ~ � � à � � � � � � } � ~ ¨ � � ¨  ¦ z � � ~ � � � � | � � � � ~ ª | � � � | � � � � z { � � } | � � � � ~ � | � � · � � � � � � � ½ { � · ¾ z � � � ²| � � � � � � � � | Ä � � � � | � � � � � � ­ ª � � � Ä � � � | � � z   ¡ x   Á � � � � �   ¡ x   � � � ¢  z� � � � ¤ ¨ ¨ ¹ ¹ ¹ z ¹ � � z � � � ¨ � � ~ ¨ � � � ¨   ¡ x   à ¡   à     ¨ � � ¨ � � � � © z � � � �« ¡ z » | � � � � � { � ° � � | ~ � � � ® � � � � ¸ � » � � � � ° � � � | � � � � � � ­ � ² � | � � � � � �� � | � z ­ � � � � � � � � � ~ � � � � � ~ � � ª � � � � � � � � � | ~ � � � � | � � � � � � � ¨ � ¢ � x� � ~ � � � � | � � � ª � � � � � ~ � � � | � � � � � � ª � ~ � � � | � � � � � � ª | � � | � � � � � � � � |� | � � � � | � � � � � � � � � � � ~ � z ³ | � � � � � z   ¡ x x £   ¦ ¤ ¦ « ´ ¥ § y ¢ z � � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z� ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ x ´ ¨ µ z � | � � � � � z   ¡ x x z ¡ ¦ z x   y« x z ­ � ² ¼ � ª � } � ­ ° � � ~ | � | � � � � | � � | � ® � � � � � ® ® � � � � � � � � � � � | � �� � � � � | � z ¸ � � � | � � � � � � � ¦ �   | � � | � � � � � � � � | � � ~ � � � ~ � � } � } ¹ � � � �º � | � � ½ Å Æ Ç È É Ê Ë Ì È Í Î È É È Ï É Ê Ë ¾ � � ­ ª � � � z � ~ � � ³ � ~ � � z   ¡ x   £ x ¢ y ¤ x x ´ y § y   z� � � � ¤ ¨ ¨ � © z � � � z � ~ ª ¨ x ¡ z x ¡ ¡ y ¨ � ¡ ¡ y ¡ ¢ ² ¡ x   ² x   ´ ¦ ² �� � � ~ � � � � � ~ � � ~ ~ � � � � � � � � � � ¤ · � } � � � � � � � � » � � � � ~ � � � ~ � � � � | � � » � � � ~ � �| � � � ~ � � � � � � � � � x ´ ¡ ¡ » � � � � � � · � � ­ � ® | � � � � � � { x ´ � � � � | � � | � { � « ¡ « « « �� � � £ � � | � � ¤ ~ � � ´ Ð � � � z ª � �

50 Emerging Infectious Diseases • www.cdc.gov/eid • Vol. 19, No. 1, January 2013

Page 9: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Article DOI: http://dx.doi.org/10.3201/eid1901.121080

Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Viruses Isolated from

Humans, Egypt, 2007–2011

Technical Appendix 2

Technical Appendix 2 Figure 1 (next page). Phylogenetic relationships among highly pathogenic avian

influenza A(H5N1) viruses isolated from humans, Egypt, 2007–2011. Trees were built on the basis of

representative viral genomes from the 90 isolates analyzed in this study (Technical Appendix 2 Figure 2).

Bootstrap values >79 generated from 1,000 neighbor-joining replicates are shown above branches, and

Bayesian posterior probabilities are shown below the branches at relevant nodes. The trees were rooted

to the A/turkey/Turkey/1/2005 genes. The viruses are labeled and colored according to the clade 2.2

subgroups of their HA sequences (i.e., B, D, C, and 2.2.1.1); branch colors in all trees are used similarly

to those in the HA tree. Red branches denote human viruses. Triangles, variant viruses with clade 2.2.1-

C HA lacking unique genetic signatures in the internal genes (as shown in the Table in the main text);

underlining, viruses isolated in 2011; dots, isolate from the Aswan governorate; hash mark, NS gene

reassortant. HA, hemagglutinin; NA, neuraminidase; PB2, polymerase basic 2 gene; PB1, PB 1 gene; PA,

polymerase acidic gene; NP, nucleoprotein; M, matrix gene; NS, nonstructural gene. Scale bar indicates

nucleotide substitutions per site.

Page 10: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1
Page 11: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Technical Appendix 2 Figure 2 (next page). Phylogenetic trees of 90 viral genomes analyzed in a study of

highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses isolated from humans, Egypt, 2007–2011. The

sequences of the 8 viral genes were aligned and trees were constructed as described for Technical

Appendix 2 Figure 1. Annotation conventions and abbreviated terms are similar to those used for

Technical Appendix 2 Figure 1. Sequences labeled Representative sequences, labeled as REP, were

included in Technical Appendix 2 Figure 1. Scale bars indicate nucleotide substitutions per site.

Page 12: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1
Page 13: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Technical Appendix 2 Figure 3. Phylogeny of the complete genomes of highly pathogenic avian influenza

A(H5N1) viruses in Egypt, 2007–2011. The sequences of the internal genes belonging to the 90 viruses

analyzed in this study were aligned with representative viruses from other countries from different

lineages, and trees were built in MEGA5 (www.megasoftware.net), using the neighbor-joining method

based on a maximum composite likelihood model. Bootstrap values >79 generated from 1,000 neighbor-

joining replicates are shown on the branches. PB2, polymerase basic 2 gene; PB1, PB 1 gene; PA,

polymerase acidic gene; NP, nucleoprotein; M, matrix gene; NS, nonstructural gene. Scale bars indicate

nucleotide substitutions per site.

Page 14: Microevolution of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1

Table . Antigenic analysis of avian influenza A(H5N1) viruses isolated from humans in Egypt during January–September 2011*

Antigen

Clade/ Egypt group

Reference ferret antisera clade, reference antigen

1, VN/04 2.2,

ws/MG

2.2.1, group

2.2.1.1, ck/ EG

2.2.1.1, EG/ 3300

2.3.4, ANH/1

2.2.1, tk/TK A, eg/EG

B, EG/ 321

C, EG/ 9539

C, EG/ 3072

C, EG/ 2289

C, EG/ 2546

D, EG/ 0215

Reference antigens A/Vietnam/1203/2004 1 160 10 10 5 10 5 10 5 10 5 5 5 5 A/ws/MG/244/2005 2.2 5 1280 640 320 160 5 1280 640 160 80 20 5 5 A/turkey/Turkey/1/2005 2.2.1 5 1280 2560 320 160 80 1280 640 5120 160 10 5 5 A/eg/Egypt/1162-N3/06 2.2.1-A 5 2560 1280 640 320 40 1280 640 160 160 20 5 5 A/Egypt/321-N3/2007 2.2.1-B 5 640 320 160 160 20 640 160 40 20 5 5 5 A/Egypt/9539-N3/2009 2.2.1-C 5 640 640 160 320 320 2560 2560 640 160 5 5 10 A/Egypt/N03072/2010 2.2.1-C 5 1280 1280 320 320 320 2560 2560 640 160 10 5 10 A/Egypt/2289-N3/2008 2.2.1-C 5 2560 2560 640 640 1280 5120 5120 2560 1280 640 5 320 A/Egypt/2546-N3/2008 2.2.1-C 5 2560 2560 320 320 640 5120 5120 1280 640 320 5 320 A/Egypt/0215-N3/2007 2.2.1-D 5 1280 640 320 160 40 640 320 160 320 10 10 5 A/ck/Egypt/9403N3/07 2.2.1.1 5 5 5 5 80 5 5 5 5 5 640 5 5 A/Egypt/3300-N3/2008 2.2.1.1 5 5 5 5 10 5 5 80 10 10 320 2560 5 A/Anhui/1/2005 2.3.4 5 40 40 5 20 5 10 10 20 10 10 5 640 Test antigens

A/Egypt/N0544/2011 2.2.1-C 5 160 320 80 40 80 640 640 160 5 5 5 5 A/Egypt/N6322/2011 2.2.1-C 5 320 320 40 40 80 640 640 160 20 5 5 5 A/Egypt/N6658/2011 2.2.1-C 5 640 1280 160 80 320 1280 1280 320 40 5 5 5 A/Egypt/N0677/2011 2.2.1-C 5 320 320 10 40 80 640 640 160 10 5 5 5 A/Egypt/N6774/2011 2.2.1-C 5 320 320 5 40 160 640 640 160 10 5 5 5 A/Egypt/N6828/2011 2.2.1-C 5 160 160 10 20 10 320 320 80 10 5 5 5 A/Egypt/N7562/2011 2.2.1-C 5 80 160 20 20 40 320 320 80 20 5 5 5 A/Egypt/N7592/2011 2.2.1-C 5 640 640 80 80 160 1280 1280 160 10 5 5 5 A/Egypt/N7724/2011 2.2.1-C 5 640 1280 320 160 640 1280 1280 640 80 5 5 80 *Bold indicates homologous titer.