Groupe de Quantification Groupe de Quantification VIHVIH

AC 12 AC 12

Christine ROUZIOUX Christine ROUZIOUX

Jean-Christophe PLANTIERJean-Christophe PLANTIER

Réunion de l’Action Coordonnée Réunion de l’Action Coordonnée AC 12AC 12

29 février 200829 février 2008

ANRS : Working Group for HIV Quantification AC11 ANRS : Working Group for HIV Quantification AC11 Working Group for alternative methods AC12 Working Group for alternative methods AC12

• M Gueudin, JC Plantier (Rouen)M Gueudin, JC Plantier (Rouen)• I Garrigue (Bordeaux)I Garrigue (Bordeaux)• A Vabret (Caen)A Vabret (Caen)• C Tamalet, Ph Colson (Marseille)C Tamalet, Ph Colson (Marseille)• O Ghistau (Rennes)O Ghistau (Rennes)• K Saune (Toulouse)K Saune (Toulouse)• D Descamps (Bichat)D Descamps (Bichat)• B Ammelal, (Pitié)B Ammelal, (Pitié)• A Ganon, V Avettand A Ganon, V Avettand • C Rouzioux (Necker)C Rouzioux (Necker)

• D Joulia (Côte d ’Ivoire)D Joulia (Côte d ’Ivoire)• E Nerrienet (Cambodge)E Nerrienet (Cambodge)• C T Kane (Sénégal)C T Kane (Sénégal)• F Rouet (Burkina Faso)F Rouet (Burkina Faso)• M Lien (VietnamM Lien (Vietnam• D Rousset, Havlin (Cameroun)D Rousset, Havlin (Cameroun)

• M Peeters, Ph Van de Perre M Peeters, Ph Van de Perre (Montpellier) (Montpellier)

• E Menu (I Pasteur)E Menu (I Pasteur)• JC Plantier Rouen)JC Plantier Rouen)• C Rouzioux ML Chaix (Necker)C Rouzioux ML Chaix (Necker)

Rappel des objectifsRappel des objectifs

• Développer des tests pour les essais et les études menées Développer des tests pour les essais et les études menées dans les sites ANRS :dans les sites ANRS :– Test de charge virale: ARN VIH plasmatiqueTest de charge virale: ARN VIH plasmatique– Test de diagnostic de l’infection de l’enfant : ADN VIH Test de diagnostic de l’infection de l’enfant : ADN VIH

plasmatiqueplasmatique

– Problème de la diversité génétique des virus VIH-1Problème de la diversité génétique des virus VIH-1– Couts et faisabilité des techniques commercialesCouts et faisabilité des techniques commerciales

• Groupe d’animation de Virologie : inciter les sites à poser Groupe d’animation de Virologie : inciter les sites à poser des projets et à s’approprier le sujet de la prise en charge des projets et à s’approprier le sujet de la prise en charge de la virologie sur les sites.de la virologie sur les sites.

Bilan des activités de 2007Bilan des activités de 2007

• Année 2007 : Interactivités fortes des groupes Nord et Sud: Année 2007 : Interactivités fortes des groupes Nord et Sud: grande demande des sites Sud grande demande des sites Sud

• Test ARN VIH ANRSTest ARN VIH ANRS

– Test de PCR temps réel (LTR) Test de PCR temps réel (LTR)

– commercialisé par Biocentric (8 E)commercialisé par Biocentric (8 E)

– Implantation en rouImplantation en routine sur sites sud (Cote d’Ivoire, Cambodge, tine sur sites sud (Cote d’Ivoire, Cambodge, Vietnam, Burkina Faso, Cameroun Gabon, Congo).Vietnam, Burkina Faso, Cameroun Gabon, Congo).

– Site de Kesho Bora : Bobo Dioulasso, Mombassa et DurbanSite de Kesho Bora : Bobo Dioulasso, Mombassa et Durban

– Visibilité nationale et internationale : positionnement du test : Visibilité nationale et internationale : positionnement du test : académique de référence permettant d’aborder les deux académique de référence permettant d’aborder les deux problèmes posés par la quantification VIH:problèmes posés par la quantification VIH:

• Les références de quantificationLes références de quantification

• L’impact de la diversité génétiqueL’impact de la diversité génétique

Evaluation du test ANRS au long coursEvaluation du test ANRS au long cours

• Evaluations en amont et libération des lots sont Evaluations en amont et libération des lots sont faites à Necker (exemple)faites à Necker (exemple)

SensibilitéSensibilitéSpécificitéSpécificité

• En 2008En 2008 Evaluation du suivi de qualité des lots sur Evaluation du suivi de qualité des lots sur les sites les sites

Témoin HIV++Témoin HIV++Contrôle de Qualité Mars 2008Contrôle de Qualité Mars 2008

3,3

3,4

3,5

3,6

3,7

3,8

3,9

4

4,1

4,2

HIV

++lo

t11

HIV

++lo

t11b

HIV

++ lo

t 13

HIV

++ lo

t 14

HIV

++ lo

t 14b

HIV

++ lo

t 15

3,3

3,4

3,5

3,6

3,7

3,8

3,9

4

4,1

4,2H

IV++

lot1

1

HIV

++lo

t11b

HIV

++ lo

t 13

HIV

++ lo

t 14

HIV

++ lo

t 14b

HIV

++ lo

t 15

Test ARN HIV : Suivi du Témoin HIV+Test ARN HIV : Suivi du Témoin HIV++ +

(Ct et log) selon lots(Ct et log) selon lotsCt HIV++; n=87 Log HIV++; n=87

Moyenne: 3,76Médiane: 3,71

Moyenne: 32,8Médiane: 32,8

Méd

iane

+/-

0.3

log

Reproductibilité du témoin HIV ++ correcte: variabilité par rapport à 3.7 log < +/-0.3log

3 21 31 14 12 6 3 21 31 14 12 6

Test ANRS : Programme 2007Test ANRS : Programme 2007

• Etude de la diversité génétiqueEtude de la diversité génétique – Etude des Séquences Etude des Séquences LTRLTR, RT et ENV, RT et ENV

• PANELS des groupes NORD et SUDPANELS des groupes NORD et SUD (difficultés) (difficultés)

• Virus sélectionnés sur site (plasmas) , Cameroun, Cambodge Virus sélectionnés sur site (plasmas) , Cameroun, Cambodge et Burkina Fasoet Burkina Faso

– Etude de son son impact sur la quantification di VIHEtude de son son impact sur la quantification di VIH par les par les techniques commerciales et par technique ANRStechniques commerciales et par technique ANRS

Mosaic structures of HIV-1: Circulating Recombinant Forms (CRFs) n= 27

CRF01_AE

CRF03_AB

CRF02_AG

CRF04_cpx

CRF05_DF

CRF06_cpx

CRF07_BC

CRF08_BC

CRF10_CDCRF10_CD

CRF11_cpx

CRF12_BF

CRF13_cpx

CRF14_BG

CRF15_AEB

CRF16_A2D

A B C D E F G H

J K U B A2 CRF01_AE

Comparaison des techniques bDNA BayerComparaison des techniques bDNA Bayeret PCR temps réel ANRS et PCR temps réel ANRS (F Rouet J Aids 2007)(F Rouet J Aids 2007)

Comparaison des techniques Roche Cobas Monitor Comparaison des techniques Roche Cobas Monitor et PCR temps réel ANRS et PCR temps réel ANRS (F Rouet 2007)(F Rouet 2007)

COHORTE COPANA ANRS(patients en France inclus avant la mise sous traitement)

COHORTE COPANA ANRS(patients en France inclus avant la mise sous traitement)

– 28 centres 28 centres – 540 patients VIH à J0 540 patients VIH à J0 – 5 techniques commerciales5 techniques commerciales

• Quantification ARN VIH 1 en technique commerciale Quantification ARN VIH 1 en technique commerciale sur site «local» (n=505)sur site «local» (n=505)

• Cobas Amplicor n=202Cobas Amplicor n=202• Cobas taqman n=80Cobas taqman n=80• bDNA n=116bDNA n=116• Abbott real time n=38Abbott real time n=38• NASBA n=5NASBA n=5• « Autres» n=64« Autres» n=64

• Quantification ARN-VIH 1 avec le kit LTR Biocentric Quantification ARN-VIH 1 avec le kit LTR Biocentric ANRS sur site Necker (n=540)ANRS sur site Necker (n=540)

– Comparaison technique ANRS LTR avec chacune des Comparaison technique ANRS LTR avec chacune des techniques commerciales (n=505)techniques commerciales (n=505)

Comparaison du test ANRS à la technique Comparaison du test ANRS à la technique Roche Taqman Etude de Corrélation n=80Roche Taqman Etude de Corrélation n=80

Comparaison Techniques LTR-ANRSComparaison Techniques LTR-ANRS / Roche Cobas Taqman / Roche Cobas Taqman

Méthode deMéthode de Bland-Altman n=79Bland-Altman n=79

Roche Roche AmplicorAmplicor

196196 + 0,28 + 0,28 loglog

21%21% 3%3%

Roche Roche TaqmanTaqman

7979 + 0,25 + 0,25 loglog

18%18% 1%1%

b-DNAb-DNA 107107 + 0,41 + 0,41 loglog

23%23% 6%6%

AbbottAbbott 3838 + 0,22 + 0,22 loglog

11%11% 5%5%

Roche Roche TaqmanTaqman

117117 + 0,38 + 0,38 loglog

26%26% 3%3%PRIMO

Copana

Comparaisons de la technique ARN VIH ANRS Comparaisons de la technique ARN VIH ANRS avec les techniques commercialesavec les techniques commerciales

N Difference > 0.7log < 0.7log

LTR- T Com.

Panel Nord ANRSPanel Nord ANRSComposition

NB Sous typeSous type Somme

A 9B 18B/F 1C 2CRF01 5CRF02 16CRF05 1CRF06 3CRF11 2D 5F 4G 4H 1J 1Total 72

Bichat 19Necker 11Rennes 14Rouen 28Total 72

PCR ADN VIH ANRS PCR ADN VIH ANRS Diagnostic de l’infection de l’enfantDiagnostic de l’infection de l’enfant

Recommandations OMSRecommandations OMSutilisation du test Rocheutilisation du test Roche

• Test de quantification de l’ADN VIH :Test de quantification de l’ADN VIH :– Développement d’un test de diagnostic NNé : unanimité Développement d’un test de diagnostic NNé : unanimité

dans les sites Sud : dans les sites Sud : • test sang total test sang total déposé déposé sur buvard, avec extraction chelex sur buvard, avec extraction chelex

(E Ner(E Nerrriennet et N Ngo) iennet et N Ngo)

• Test semi-quantitatif Test semi-quantitatif en Kit Biocentricen Kit Biocentric

• Étude de coût : 4/5 eurosÉtude de coût : 4/5 euros

– Contrôle qualité ADN VIH (Nord/Sud) Contrôle qualité ADN VIH (Nord/Sud)

Diagnostic précoce de l’infection pédiatrique à VIH au Cambodge

Utilisation de l’approche ANRS « PCR ADN en temps réel » sur papier buvard

Ngin S.1, Horm Srey V.1, Nouhin J.1, Ngo N.2, Tun S.1, Burgard M.3, Ung V.4 Kruy Leang.S.5, Rouzioux C.3, and Nerrienet E.1 5 (PARIS 2007)

98 échantillons de bébés : « Buffy coat » déposés sur buvards et testés par PCR ADN VIH en comparaison au plasma sanguin testé par PCR ARN VIH

ADN VIH + ADN VIH -

ARN VIH + 69 5 (- puis +) ARN VIH - 0 24

CONCLUSIONS : Technique de PCR ADN VIH faisable sur buvards (culots PBMC), Développements à poursuivre, avec essais de tests sur dépôts de 50 à 100 uL SANG TOTAL sur papiers buvards (par piqûre au talon pour faciliter les prélèvements en maternité)

Publications du test ANRSPublications du test ANRS

• 20 publications (2005 - 2007)20 publications (2005 - 2007)1212 enen Cote d’Ivoire, 2 au Cambodge, 1 en FranceCote d’Ivoire, 2 au Cambodge, 1 en France3 au Burkina Faso, 1 en Argentine, 1 au Kenya 3 au Burkina Faso, 1 en Argentine, 1 au Kenya

4 présentations orales4 présentations orales

3 posters ( Kesho Bora : CROI)3 posters ( Kesho Bora : CROI)

• 1 thèse d’Université (F Rouet) : 1 thèse d’Université (F Rouet) :

Projets du groupeProjets du groupe

• Projets de site ou projets collectifs : demande de budget Projets de site ou projets collectifs : demande de budget autonome (CSS6)autonome (CSS6)

• Peditest DBS : Peditest DBS : projet de site Abidjan : mise en place du projet de site Abidjan : mise en place du diagnostic BB sur papier buvards par PCR ADN VIH ANRS, diagnostic BB sur papier buvards par PCR ADN VIH ANRS, pour permettre le passage à l’échelle et étudier la faisabilité pour permettre le passage à l’échelle et étudier la faisabilité dans les conditions ivoiriennes (couvre la région d’Abidjan) dans les conditions ivoiriennes (couvre la région d’Abidjan) FINANCEFINANCE

• 2008 Projet quantification “Enfant” : 2008 Projet quantification “Enfant” : suivi virologique des suivi virologique des enfants infectés ( E Nerrienet : Cambodge + Cameroun)enfants infectés ( E Nerrienet : Cambodge + Cameroun)

• 2008 Projet Adultes Buvards : 2008 Projet Adultes Buvards : sérologie, CV, Résistance (JC sérologie, CV, Résistance (JC Plantier AC 11/12), Plantier AC 11/12),

Utilisation des Papiers - Buvards : DBSUtilisation des Papiers - Buvards : DBS

• Beaucoup de discussions Beaucoup de discussions

• La décentralisation et la question de la biologie La décentralisation et la question de la biologie

• Premier travail effectué au NORD (travail soumis) en Premier travail effectué au NORD (travail soumis) en multicentrique (6 labos AC 11) : la qualité des papiers est multicentrique (6 labos AC 11) : la qualité des papiers est importante :attention à la collecte des échantillons importante :attention à la collecte des échantillons

• Nombreux problèmes non résolus : faisabilité, température de Nombreux problèmes non résolus : faisabilité, température de conservation (T ambiante, -20°c, -80°c), conservation (T ambiante, -20°c, -80°c),

BilanBilan

• Bilan plutot POSITIFBilan plutot POSITIF

• Le test ARN VIH : 50 000 tests en 2007 Le test ARN VIH : 50 000 tests en 2007

• Le test ADN VIH : prototype est au Cameroun, au Cambodge et en Le test ADN VIH : prototype est au Cameroun, au Cambodge et en Cote d’Ivoire Cote d’Ivoire

• Les équipes SUD sont motivées et enthousiastesLes équipes SUD sont motivées et enthousiastes

PerspectivesPerspectives

– Passer à l’étape supérieure…comment??Passer à l’étape supérieure…comment??

– Les problèmes techniques sont quasi résolusLes problèmes techniques sont quasi résolus

– Role des test pour modifier les marchésRole des test pour modifier les marchés

– Problèmes d’approvisionnement de réactifs : plus simples que Problèmes d’approvisionnement de réactifs : plus simples que pour les tests commerciauxpour les tests commerciaux

– Réflexion à engager sur Réflexion à engager sur la biologie, en particulier sur la biologie, en particulier sur la CV, dans la prise en charge des patients dans les pays du la CV, dans la prise en charge des patients dans les pays du SUDSUD

- recherches opérationnelles à engager- recherches opérationnelles à engager

- partenaires??- partenaires??