lenka kovářová supervisor : milena kovářová

Lenka KovářováSupervisor: Milena Kovářová

28. 07. 2011

Informatics view of determiningthe relationship between organisms

Imagine the situation you have find some new so far unknown organism● And you want to know some

relative species of organisms● Whtat to do know?

● Ask the unknown organism● It would probably not answer

● Find some similar signs to known organisms● That is not a proof of their relationship

● Find genomic similarity

How to compare genome

● Compare whole DNA code● Theat is a big amount of data

● Compare selected chromosome● Relative species can have the same gene on

different locations of different chromosomes● Compare one special gene

● You don’t know where to find selected gene in gemone of far unknown organism

● Almost all eucatyotic organisms has mitochondrial DNA

Mitochondrion

● Semi–autonomic organele ● Found in most eukaryotic cells● Described as cellular power plants● Has its own independent genome● Believed to be originally derived from

endosymbiotic prokaryotes

Mitochondrial DNA

● Mostly circular DNA molecule

Mitochondrial inheritance

● Mitochondria are normally inherited exclusively from the mother

● Mitochondrial DNA is not highly conserved and has a rapid mutation rate

● It is useful for studying the evolutionary relationships of organisms

Model of human migration based on Mitochondrial DNA

Project

● Try to determnine the relationship between organisms based on mitochondrail DNA● Download as many mitochondial DNA of different

organisms as possible● Make a program of suiatable algorithm to determine

the similarity of DNA code● Analyse the results

Eukaryota

Viridi plantae

Strepto phyta

Strepto phytina

Embryo phyta

Tracheo phyta

Euphyllo phyta

Spermato phyta

Magnolio phyta

Eudicotyl edons rosids malvids Brassicales Brassi

caceaeCamelineae

Arabi dopsis

Arabidopsis thaliana

Bryophyta Bryophytina Bryopsida Funariidae Funariales Funariaceae Physcomitrella Physcomitrella patens

Physcomitrella patens

Opistho konta Fungi Dikarya Ascomy

cotasaccharomyceta

Pezizomy cotina leotiomyceta Eurotiomy

cetesEurotiomy cetidae Eurotiales TrichocomaceaeAspergillus Aspergillus

nigerAspergillus niger

Saccharomycotina

Saccharomycetes

Saccharomycetales

Saccharomy cetaceae

Eremothe cium

Eremothecium gossypii

Ashbya gossypii

Saccharomyces

Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyce cerevisiae

Metazoa Bilateria Proto stomia

Panarthro poda Arthropoda Mandibulata Pancru

stacea Hexapoda Insecta Dicondylia Pterygota Neoptera Paraneo ptera

Hemi ptera

Sterno rrhyncha

Aphidi formes

Aphido morpha Aphidoidea Aphididae Aphi

dinaeMacro siphini

Acyrtho siphon

Acyrthosiphon pisum

Endoptery gota

Hymenoptera Apocrita Aculeata Apoidea Apidae Apinae Apini Apis Apis mellifera

Coleoptera PolyphagaCucujifor

miaTenebrionoidea

Tenebrionidae Tribolium Tribolium

castaneum

Deute rostomia

Echino dermata

Eleuthero zoa Echinozoa Echinoidea Euechinoidea Echinacea Echinoida Strongylo

centrotidaeStrongylo centrotus

Strongylocentrotus purpuratus

Hemi chordata

Entero pneusta

Harrimanii dae

Sacco glossus

Saccoglossus kowalevskii

Chordata Tunicata Ascidiacea Cionidae Ciona Ciona intestinalis

Craniata Vertebrata Euteleostomi Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei Elopoc ephala

Clupeo cephala

Oto cephala

Ostario physi OtophysiCyprini

physiCyprini formes

Cyprinoi dea

Cyprini dae Danio Danio rerio

Sarcopterygii Tetrapoda Amphibia Batrachia Anura Mesoba trachia Pipoi dea Pipidae Xenopo

dinae Xenopus Silurana Xenopus tropicalis

Amniota Sauropsida Sauria Lepidosauria

Squa mata Iguania Iguani

daePoly chrotinae Anolis Anolis

carolinensis

Archosauria

Dinosauria Saurischia Thero

poda Aves Neognathae Passeri formes

Passeroidea

Estril didae

Taenio pygia

Taeniopygia guttata

Galli formes

Phasianidae

Phasianinae Gallus Gallus gallus

Meleagri dinae

Meleagris

Meleagris gallopavo

Mammalia Prototheria Monotre mata

Ornithorhynchidae

Ornithorhynchus

Ornithorhynchus anatinus

Theria Metatheria Didelphimorphia

Didelphidae

Didelphinae

Monodelphis

Monodelphis domestica

Eutheria Laurasiatheria Carnivora Canifor

mia Ursidae Ailuropoda Ailuropoda melanoleuca

Canidae Canis Canis lupus Canis familiaris

Cetartiodactyla

Ruminantia Pecora Bovidae Bovinae Bos Bos taurus

Suina Suidae Sus Sus scrofa

Perissodactyla Equidae Equus Equus Equus caballus

Euarchontoglires Glires Lago

morphaLeporidae Oryctolagus Oryctolagus

cuniculusRodentia

Sciurognathi Muroidea Muridae Murinae Mus Mus Mus musculus

Rattus Rattus norvegicus

Primates Haplorrhini

Simiiformes Catarrhini Cercopithe

coideaCercopithecidae

Cercopithecinae Macaca Macaca

mulattaHominoidea

Hominidae Ponginae Pongo Pongo abelii

Homininae Pan Pan troglodytes

Homo Homo sapiens

Taxonomy

Vertebrata Euteleostomi

Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei Elopoc

ephalaClupeo cephala

Oto cephala

Ostario physi

Otophysi

Cyprini physi

Cyprini formes

Cyprinoi dea

Cyprini dae Danio Danio rerio

Sarcopterygii Tetrapoda Amphibia Batrachia Anura Mesoba

trachiaPipoi dea Pipidae Xenopo

dinaeXenopus Silurana Xenopus

tropicalis

Amniota Sauropsida Sauria Lepidosauria

Squa mata Iguania Iguani

dae

Poly chrotinae

Anolis Anolis carolinensis

Archosauria

Dinosauria

Saurischia

Thero poda Aves Neognatha

ePasseri formes

Passeroidea

Estril didae

Taenio pygia

Taeniopygia guttata

Galli formes

Phasianidae

Phasianinae Gallus Gallus gallus

Meleagri dinae

Meleagris

Meleagris gallopavo

Mammalia Prototheria

Monotre mata

Ornithorhynchidae

Ornithorhynchus


Theria Metatheria

Didelphimorphia

Didelphidae

Didelphinae

Monodelphis


Eutheria Laurasiatheria

Carnivora

Caniformia Ursidae Ailuropoda Ailuropoda

melanoleuca

Canidae Canis Canis lupus

Canis familiaris

Cetartiodactyla

Ruminantia Pecora Bovidae Bovinae Bos Bos taurus

Suina Suidae Sus Sus scrofa

Perissodactyla

Equidae Equus Equus Equus

caballus

Euarchontoglires Glires Lago

morphaLeporidae

Oryctolagus

Oryctolagus cuniculus

Rodentia

Sciurognathi Muroidea Muridae Murina

e Mus Mus Mus musculus

Rattus Rattus norvegicus

Primates Haplorrhini

Simiiformes Catarrhini Cercopit

hecoidea

Cercopithecidae

Cercopithecinae MacacaMacaca

mulatta

Hominoidea

Hominidae

Ponginae Pongo Pongo abelii

Homininae Pan Pan

troglodytes

Homo Homo sapiens

VertebrataTaxonomy

Organisms

● Streptophyta● Arabidopsis thaliana● Physcomitrella patens

Organisms

● Fungi● Aspergillus niger● Ashbya gossypii● Saccharomyces cerevisiae

Organisms

● Insecta● Apis mellifera● Acyrthosiphon pisum● Tribolium castaneum

Organisms

● Deuterostomia● Ciona intestinalis● Saccoglossus kowalevskii● Strongylocentrotus purpuratus

Organisms

● Vertebrata● Anolis carolinensis● Xenopus (Silurana) tropicalis● Danio rerio

Organisms

● Aves● Gallus gallus● Meleagris gallopavo● Taeniopygia guttata

Organisms

● Mammalia● Ornithorhynchus anatinus● Monodelphis domestica

Organisms

● Carnivora● Ailuropoda melanoleuca● Canis familiaris

Organisms

● Cetartiodactyla● Sus scrofa● Bos taurus

● Perissodactyla● Equus caballus

● Glires● Oryctolagus cuniculus● Mus musculus● Rattus norvegicus

Organisms

Organisms

● Primates● Macaca mulatta● Pongo abelii● Pan troglodytes● Homo sapiens

Metodology● Get the Fasta format of mitochondrial DNA● Compare the similarity of genoms● Find relative organisms

Metodology● Compress one DNA code and compress

two DNA codes together● Compare the lenght of compressed files● Compute the coefficients of similarity

Where Compress(x) is the compression algorithm used on file x

|x| is the length of file x and

DNA1+DNA2 is the concatenation of DNA1 and DNA2 in this order

Coefficient ( DNA1, DNA 2)

= 1 -

|Compress( DNA1 )| – (|Compress( DNA2+ DNA1 )|- |Compress ( DNA2 ) | )

|Compress( DNA1+ DNA2 )|

Compress algoritm ● Deflate stream

● Combination of LZ77 algorithm and Huffman coding

● Compression is achieved through two steps● The matching and replacement of duplicate

strings with pointers● Replacing symbols with new, weighted symbols

based on frequency of use

Compress algorithm ● Deflate stream

● Lossless data compression algorithm ● Combination of LZ77 algorithm and Huffman coding● Series of blocks, each block preceded by a 3-bit header

– 1-bit: Last block in stream marker● 1: this is the last-block in the stream● 0: there are more blocks to process after this one

– 2-bits: Encoding method used for this block type:● 00: a raw section follows, between 0 and 65,535 bytes in length● 01: a static Huffman compressed block, using a pre-agreed Huffman tree● 10: a compressed block complete with the Huffman table supplied● 11: reserved, don't use

Algorithm LZ77● Duplicate string elimination ● Within compressed blocks

● If a duplicate series of bytes is spotted (a repeated string)● then a back-reference is inserted

– linking to the previous location of that identical string instead● An encoded match to an earlier string consists of a length

(3–258 bytes) and a distance (1–32,768 bytes)● Relative back-references can be made across any

number of blocks

Huffman coding● Replacing

● Commonly used symbols with shorter representations● Less commonly used symbols with longer representations

● Unprefixed tree of non-overlapping intervals● Length of each sequence is inversely proportional to the

probability of that symbol needing to be encoded● A tree is created which contains space for 288 symbols

– 0–255: represent the literal bytes/symbols 0–255.– 256: end of block– 257–285: combined with extra-bits, match length of 3–258 bytes– 286, 287: not used

Huffman coding● A match length code will be followed by a distance code● Based on the distance code read, further "extra" bits may

be read in order to produce the final distance. ● The distance tree contains space for 32 symbols

– 0–3: distances 1–4– 4–5: distances 5–8, 1 extra bit– 6–7: distances 9–16, 2 extra bits– 8–9: distances 17–32, 3 extra bits– ...– 26–27: distances 8,193–16,384, 12 extra bits– 28–29: distances 16,385–32,768, 13 extra bits– 30–31: not used

Number of basis of mitochondrial DNA genome

Streptophyta Metazoa Mammalia366924 Arabidopsis thaliana 16969 Acyrthosiphon pisum 17019 Ornithorhynchus

anatinus

105338 Physcomitrella patens 16343 Apis mellifera 17079 Monodelphis domestica

15881 Tribolium castaneum 16805 Ailuropoda melanoleuca

Fungi

15650 Strongylocentrotus purpuratus 16727 Canis familiaris

31102 Aspergillus niger 17037 Saccoglossus kowalevskii 16338 Bos taurus

23564 Ashbya gossypii 14790 Ciona intestinalis 16613 Sus scrofa

85779 Saccharomyces cerevisiae 16596 Danio rerio 16660 Equus caballus

17610 Xenopus (Silurana) tropicalis 17019 Oryctolagus cuniculus

17220 Anolis carolinensis 16299 Mus musculus

16853 Taeniopygia guttata 16313 Rattus norvegicus

16775 Gallus gallus 16564 Macaca mulatta

16719 Meleagris gallopavo 16499 Pongo abelii

16554 Pan troglodytes

16568 Homo sapiens

ResultsArabidopsis thaliana


Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio

Xenopus (Silurana) tropicalis

Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo



Ailuropoda melanoleuca

Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019

Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068

Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071

Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036

Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034

Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002

Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147

Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188

Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157

Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064

Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154

Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222

Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179

Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201

Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165

Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168

Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211

Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227

Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196

Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249

Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270

Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249

Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233

Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253

Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Coefficients of similarity-

0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019



Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036


Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002





Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154




Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165



Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227



Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270


Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233


Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Homininae relationship


0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019



Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036


Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002





Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154




Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165



Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227



Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270


Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233


Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Coefficients of similarity-0,014

-0,007

-0,007-0,003

-0,003 0,000

0,000 0,003

0,003 0,006

0,006 0,011

0,011 0,016

0,016 0,019

0,019 0,022

0,022 0,025

0,025 0,027

0,027 0,030

0,030 0,040

0,0700,080

Aves relationship



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019



Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036


Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002





Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154




Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165



Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227



Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270


Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233


Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Insecta relationship


0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019



Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036


Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002





Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154




Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165



Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227



Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270


Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233


Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Mammalia relationship


0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0019

Physcomitrella pat. 0,0070

Aspergillus niger 0,0057

Ashbya gossypii -0,0002

Saccharomyces c. -0,0037

Acyrthosiphon pi. 0,0036

Apis mellifera -0,0003

Tribolium castan. 0,0137

Strongylocentrots p. 0,0193

Saccoglossus kow. 0,0149

Ciona intestinalis 0,0070

Danio rerio 0,0168

Xenopus tropicalis 0,0204

Anolis carolinensis 0,0199

Taeniopygia guttata 0,0201

Gallus gallus 0,0183

Meleagris gallopavo 0,0183

Ornithorhynchus a. 0,0216

Monodelphis dom. 0,0230

Ailuropoda melanol. 0,0211

Canis familiaris 0,0267

Bos taurus 0,0285

Sus scrofa 0,0274

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270

Oryctolagus cunic. 0,0253

Mus musculus 0,0212

Rattus norvegicus 0,0242

Macaca mulatta 0,0223

Pongo abelii 0,0231

Pan troglodytes 0,0229

Homo sapiens 0,0208


0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080

Imagine this is you unknown animal

Conclusion

● Many mitochondrial DNA codes were dowloaded● The taxomony relationship between them was found

● Research of suitable algorthms for determining the relationship between organisms was done● Demonstrated algorithm was choosen

● An algorithm was implemented● Ability to determine the relationship between

organisms using this algorithm was proofed



Aspergillus niger

Ashbya gossypii


Acyrthosiphon pisum

Apis mellifera

Tribolium castaneum



Ciona intestinalis

Danio rerio


Anolis carolinensis

Taeniopygia guttata

Gallus gallus

Meleagris gallopavo




Canis familiaris

Bos taurus

Sus scrofa

Equus caballus


Mus musculus

Rattus norvegicus

Macaca mulatta

Pongo abelii

Pan troglodytes

Homo sapiens

Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019



Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001

Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036


Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002





Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154




Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165



Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227



Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239

Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200

Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270


Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233


Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279

Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416

Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784

Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223

Thank you for your attention


0,014 -0,00

7

-0,00

7-

0,003

-0,00

3 0,00

0

0,000

0,003

0,003

0,006

0,006

0,011

0,011

0,016

0,016

0,019

0,019

0,022

0,022

0,025

0,025

0,027

0,027

0,030

0,030

0,040

0,070

0,080

lenka kovářová supervisor : milena kovářová

Documents

dna codetheat

mothermitochondrial

similarity of dna codeanalyse

eucatyotic organisms

mitochondrial dnaprojecttry

selected gene

unknown organismalmost

unknown organismand