Roth Conference

Laguna Niguel, CaliforniaMarch 9, 2015

NASDAQ: LGND

2

The following presentation contains forward‐looking statements regarding Ligand’s prospects, plans and strategies, drug development programs and collaborations.  Forward‐looking statements include financial projections, expectations regarding research and development programs, and other statements including words such as “will,“ “should,” “could,” “plan,” etc. Actual events or results may differ from Ligand’s expectations.  For example, drug development program benefits may not be realized and there can be no assurance that Ligand will achieve its guidance in 2015 or thereafter or that third party research summarized herein is correct or complete. 

The forward‐looking statements made in the presentation are subject to several risk factors, including, statements regarding intent, belief, or current expectations of Ligand, its internal and partnered programs, including Promacta™, Kyprolis®, and Duavee™, Ligand’s reliance on collaborative partners for milestone and royalty payments, royalty and other revenue projections based on third party research, regulatory hurdles facing Ligand's and partners’ product candidates, uncertainty regarding Ligand's and partners’ product development costs, the possibility that Ligand's and partners’ drug candidates mightnot be proved to be safe and efficacious and commercial performance of Ligand's and/or its partners’ products, risks related to Ligand’s internal controls, its compliance with regulations, accounting principles and public disclosure, and other risks anduncertainties described in its public filings with the Securities and Exchange Commission, available at www.sec.gov. Additional risks may apply to forward‐looking statements made in this presentation.  Our trademarks, trade names and service marks referenced herein include Ligand and Captisol. Each other trademark, trade name or service mark appearing in this presentation belongs to its owner. The process for reconciliation between non‐GAAP financial numbers presented on slides 36 and 37, and the corresponding GAAP figures is explained in the footnotes on those slides and a full reconciliation can be found in our earnings press release dated, February 9, 2015. 

Readers are cautioned not to place undue reliance on these forward‐looking statements, which reflect our good faith beliefs (or those of the indicated third parties) and speak only as of the date hereof. All forward‐looking statements are qualified in their entirety by this cautionary statement, and Ligand undertakes no obligation to revise or update this presentation to reflect events or circumstances or update third party research numbers after the date hereof. This caution is made under the safe harbor provisions of Section 21E of the Securities Exchange Act of 1934.

Safe Harbor Statement

3

Ligand: 2015 and Beyond 

• Ligand is a high‐growth company with economic rights to some of the world’s most important medicines

• Largest portfolio ever and projected to continue to drive the business significantly

• Cutting‐edge innovations with Captisol and LTP technology are making major drugs possible 

• Well positioned for strong revenue and profitability growth 

Ligand Fast Facts 

4

Portfolio Size

Blockbusters

Catalysts

Outlook

Over 100 fully‐funded programs

Currently 2:  Promacta® and Kyprolis® 

6 major programs highlighted

Over 20 revenue‐generating products expected by 2020

Financials Revenue

Profits

Cash Flow

Repurchase 

> 30% annualized growth projected

> 45% annualized growth projected

High due to low costs and low taxes 

1.25 mil shares (6%) during 2H 2014

5

Recent Events are Transforming Ligand 

Date Program EventNovember ’14 Promacta EU submission ‐ Severe Aplastic Anemia

December ’14 Duavive EU approval

December ’14 Promacta sNDA submission ‐ Pediatric ITP

December ’14 CE‐Melphalan NDA submission

January ‘15 Delafloxacin Phase 3 study ‐ Positive interim results 

January ’15 Sparsentan Orphan drug designation ‐ Focal Segmental Glomerulosclerosis

January ’15 SAGE‐547 Phase 1/2 study ‐ Positive data update

January ’15 Kyprolis US and EU submissions ‐ Relapsed Multiple Myeloma

February ’15 Lasofoxifene Sermonix licensing agreement

February ’15 Promacta EU submission ‐ Pediatric ITP

March ’15 Kyprolis Phase 3 ENDEAVOR study ‐ Positive results

March ’15 Promacta Promacta acquisition closed (GSK to Novartis) 

0

2

4

6

8

2008 2014

6

Fully‐Fun

ded Programs (“Sho

ts‐on‐Goal”)

Ligand’s Portfolio Continues to Grow

100 +

0

20

40

60

80

100

2008 2014

9

Ligand’s Achievement:Portfolio Expansion 

Partners’ Achievement:Products Generating Revenue for LGND 

Excellent record as drug researcher, innovator and licensor

Our partners are doing their job getting new products to the market 

1

7

Commercial Produ

cts G

enerating Re

venu

e for Ligand

Technology and Novel R&D Drive Deal Making

Potential Launch

7

Our Platform Technologies Our Novel R&D

LTP Technology™

Glucagon Receptor Antagonist Program for DiabetesPhase 1Positive Phase 1a datashowing robust effectsafter single dose

Phase 1b study expected to complete in Q2

Change in fasting glucose(24 hr post dose)

Placebo2 m

g10 m

g40 m

g120 m

g240 m

g480 m

g

-15

-10

-5

0

5

10

MeanSEM

F

asti

ng

Glu

co

se (

mg

/dL

)

Change in fasting glucosediabetic subjects(24 hr post dose)

Placebo

40 mg

-80

-60

-40

-20

0

20

MeanSEM

F

asti

ng

Glu

co

se (

mg

/dL

)

Solving solubility andstability challenges

Designed to selectively deliver broad range of pharmaceutical agents to the liver

Oral GCSFPreclinicalLeveraging our technology and heritage in small molecule discovery

8

20 Products by 2020 Significant Expansion of Revenue Generating Assets Projected 

• Over 20 commercial programs projected to be generating revenue for Ligand by the end of this decade

• Programs expected to come from existing portfolio; no new deals required to drive that expansion 

2008 2014 2020Projected

1

7

> 20

Ligand’s Revenue Generating Assets 

9

65 Different Partners

Select Big Pharma

Select Biotech Select Spec Pharma

Select Generic

Diverse Portfolio Among Drug Companies

• We estimate our partners will spend over $1.1 billion in 2015 on R&D to advance our programs

• More partnered programs and late‐stage trials are pushing spending up over 30% higher than 2014

Fully‐funded Partnerships Driving Growth

10

– 13 Phase 3 trials – 14 preclinical programs– 38 Phase 2 trials – Manufacturing scale‐up – 58 Phase 1 trials – Regulatory filing fees – 2 Phase 4 trials

• Certain portfolio assets stand above others, having the potential to add significantly to Ligand’s top and bottom line

• They do so as a result of a mixture of factors, including:

— Market size or therapy area addressed

— Upcoming potential milestone events

— Royalty rate or specifics of deal economics

• Major news catalysts expected over the next 6 to 24 months

• More potential programs could move into the Big Six

The Big Six:  Major Pipeline Assets

11

PartnerProgram

(Therapy Area) StageRoyalty Rate

Potential Launch

Potential 2015 Events

CE‐Melphalan(Oncology)

NDA 20% 2015 Approval

Delafloxacin IV(Infection)

Phase 3 Undisclosed 2016 Phase 3 data

SAGE‐547(Neurology)

Phase 2 Undisclosed 2017 Pivotal Initiation

Sparsentan(FSGS ‐ Kidney Disease)

Phase 2 9% 2017 Enrollment Completion

MK‐8931(Alzheimer’s Disease)

Phase 3 Undisclosed 2018 Updates

IRAK‐4(Oncology)

Preclinical 6.0‐9.5% 2019 Clinical Start

12

The Big Six:  Major Pipeline Assets

Promacta®

• Oral medicine that boosts platelets. Ligand owed royalties 

• Long patent protection, Orange Book patent expiration in 2027

• Blockbuster commercial potential (>$1 billion) due to growing and large list of potential therapeutic indications

ITP HCV ORTIdiopathic

ThrombocytopeniaThrombocytopenia

Induced byHepatitis C

OncologyRelated

Thrombocytopenia

14

Promacta®: Blockbuster Commercial Potential 

Aplastic Anemia

95 Countries

Recently filed in the EURecent Pediatric ITP filings 

53 Countries

Global filing andlaunch  investment

Major clinicalinvestment ongoing:MDS, AML, CLL, CIT,

others

AACurrently Approved Indications

Ongoing DevelopmentNew Markets

3 Countries

MyelodysplasticSyndromes(MDS)

Acute MyeloidLeukemia(AML)

Chronic LymphocyticLeukemia(CLL)

Cancers of the Blood

Severe cytopenia, patientsneed frequent transfusions

Fast‐progressing cancerof the blood

Slow‐progressing cancer

Excess bleeding results in major complications or death for nearly 

25% of patients1

Clinically, Promacta shown to increase plateletsand pre‐clinically,

inhibits leukemia growth

Clinical data in CLL indicates 80% response rate

in CLL‐associated ITP,55% overall response rate

Global Phase 3 studiesin progress

Abnormal red blood cells and platelets can quickly crowd out 

normal cells

Focused in white blood cells

~19,000new diagnosesin US each year2

~14,500new diagnosesin US each year2

~16,000new diagnosesin US each year2

1Expert Opinion: Thrombocytopenia & Myelodysplastic Syndrome medscape.org/viewarticle/5650232 National Cancer Institute, SEER Cancer Review, 201215

Promacta®: Oncology‐Related Thrombocytopenia

$ millions

GSK reported quarterly sales.  Figures converted from GBP to USD1Growth calculations 2014 vs. 2013

16

2011

Promacta®: Regional Quarterly Revenue

$0.0

$20.0

$40.0

$60.0

$80.0

$100.0

Q1 Q2 Q3 Q4Q1 Q2 Q3 Q4Q1 Q2 Q3 Q4Q1 Q2 Q3 Q4

ROW

EU

US

2012 2013 2014

ROW 26%

EU 8%

US 39%TOTAL 25%

Expected strong growth ofLGND royalties— New territories being added— New indications being pursued— Higher royalties on higher sales

Strong year‐over‐year growth in all geographies1

70

85

GSK Novartis

1,300

8,000

GSK Novartis

$2.0

$11.7

GSK Novartis

GSK and Novartis: Business Unit Profiles1

Novartis has a superior oncology business, ~6 times larger than GSK’s; Promacta® transitioned to Novartis last week

Oncology Employees Countries with Presence2014 Oncology Revenue ($B)

1  GSK and Novartis company disclosures relating to revenue and business unit structures; GSK.com, Novartis.com

17

Promacta® Projections: NOVN AnalystsAnnual Revenue Projections

18

$0

$100

$200

$300

$400

$500

$600

$700

$800

$900

2016 2017 2018 2019 2020

$ Millions High

LowAverage

4 NOVN covering analysts reports as of 3/6/15

Kyprolis®

20

• Leading 3rd‐line treatment for multiple myeloma (MM) in the US— Viewed as best‐in‐class proteosome inhibitor— 25% year‐over‐year growth in 2014

Kyprolis®

• Royalty rates of 1.5% to 3.0%

ASPIRE Phase 3 Data

Dr. Keith StewartThe Mayo Clinic

“We are observing an unprecedented duration of remission, without additional toxicity, in relapsed and heavily pretreated patients.”

• Amgen has submitted US and EU applications for relapsed MM— Action expected in 2015— Recently granted EU Accelerated Assessment

• Major investment by Amgen focused on further expansion of the label — Front‐Line MM: Phase 3 (CLARION)— Small‐cell Lung Cancer: Phase 2

21

• Recent data and events have continued to demonstrate the significant potential of Kyprolis

Kyprolis®

• APSIRE Phase 3 trial demonstrated an unprecedented PFS (26.3 months) in relapsed MM

• ENDEAVOR Phase 3 trial demonstrated a DOUBLING of median PFS over Velcade® (18.7  vs.  9.4  months) in relapsed MM

• Significant unmet needs remain in MM, and the market is expected to double to over $13 billion by 2020

Reference AMGN March 2, 2015 corporate presentation

$0.0

$0.5

$1.0

$1.5

$2.0

$2.5

$3.0

2016 2017 2018 2019 2020

22

Kyprolis® Projections: AMGN AnalystsAnnual Revenue Projections

$ Billion

s HighLowAverage

17 AMGN covering analysts reports as of 3/6/15

Captisol®

Enabling New Products and Gaining Momentum

Enabling ExcipientDesigned to 

maximize safety and improve  

solubility, stability, bioavailability or 

lessen the volatility, irritation, smell or taste of 

drugs

Supply &Tech Service

Drug Master File

Vast safety and clinical database with >145 studies, 

maintained with FDA

Patent Estate

Issued in the US through 2029 and in Europe through 

2025, with additional intellectual 

property granted and pending

24

Multi‐metric ton cGMP supply chain using 

highest‐quality partner and 

pharmaceutical standards

Captisol Technology

• Captisol‐enabled formulation of chemotherapy drug used for stem cell transplant conditioning in multiple myeloma (MM)

― Incidence of MM is increasing― Stem cell transplant an important therapy in 

MM

• Captisol improves product stability, and enables the removal of propylene glycol, which is associated with toxicities including renal dysfunction and arrhythmias

• Partnership signed with Spectrum in 2013, following Ligand’s initiation of pivotal trial

― 20% royalty― >$50 M in potential milestones

25

Spectrum:  Captisol‐enabled Melphalan

OpportunityProduct well‐matched with Spectrum’s sales 

infrastructure

• Positive pivotal trial data presented in detail at 2015 BMT Tandem Meeting in February

― Overall response rate improved from 79% at study entry to 95% following CE‐Melphalanand transplant

― Complete response rate increased from 10% to 31%

• NDA submitted in December and action and launch expected by year‐end

• Product profile could lead to rapid adoption

26

Spectrum:  Captisol‐enabled Melphalan

CE‐Melphalan

Dr. Parameswaran HariMedical College of Wisconsin

“The improved stability of CE‐Melphalan may ensure that cancer patients receive the full intended therapeutic dose”

• Captisol‐enabled, IV formulation of Delafloxcin

• Delafloxacin kills bacteria faster – Journal of Chemotherapy and Journal of Antimicrobial Chemotherapy

― More potent than current standards of care against multiple strains of drug‐resistant Gram+ bacteria, including MRSA

― Improved efficacy when compared to traditional quinolone compounds

• Pursuing first‐line hospital treatment indication of acute skin and skin structure infections (ABSSSI), including infections caused by MRSA

― Potential new standard  of care for first‐line treatment of serious infections

27

Melinta Therapeutics:  Delafloxacin IV

Reference IMS Health

• Positive Top‐Line Phase 3 results in acute bacterial skin and skin structure infections (ABSSI) caused by MRSA announced in January

― Multicenter 660‐patient trial met endpoints designed for both US and EU submission

• Obtained FDA designated Qualified Infectious Disease Product (QDIP) for ABSSI and community‐acquired bacterial pneumonia (CABP)

― 5 yr market exclusivity, Priority Review and Fast Track eligibility

• Medically important and growing market, as new antibiotics are urgently needed

• MRSA market alone grew to $2 billion in US in 2013

28

Melinta Therapeutics:  Delafloxacin IV

Reference IMS Health

OpportunityLate‐stage clinical assettargeted at large market with evolving and unmet 

medical needs

• Sage’s lead program in Super‐Refractory Status Epilepticus (SRSE), an acute, Orphan disease

29

SAGE Therapeutics:  SAGE‐547

• Captisol‐enabled, SAGE‐547 is an intravenous allosteric modulator of both synaptic and extra‐synaptic GABAAreceptors

• Orphan Designation and Fast Track Designation both granted in 2014

• Positive Phase 1/2 data reported in January

— Overall response rate of greater than 70%, observed in two patient groups

— Data reinforce clinical activity and safety profile

Reference Sage disclosures

OpportunityWell‐funded and highly 

experienced teamadvancing programs with validated targets 

and accelerated development timelines

30

SAGE Therapeutics:  SAGE‐547

• Phase 3 pivotal trial initiation in SRSE anticipated by mid‐2015

• SAGE‐547 has potential to dramatically improve therapeutic approach for patients with SRSE

• Could meet significant unmet medical need – with high cost of care (~$300 K+)

• Recent initiation of exploratory Phase 2 trials in the treatment of essential tremor, and as adjunctive therapy for treatment of severe postpartum depression may create additional opportunities

• Sell‐side analysts estimate peak sales of up to $1.7 billion

Reference Sage disclosuresReference SunTrust Robinson Initiating Coverage report dated 1/26/15 

Financial Overview

• Continued strong financial performance

• Business model provides tremendous earnings leverage

— Growing total revenues

— Flat cash operating costs

— Significant estate of tax assets

• Accelerating revenue and earnings growth going forward

Financial Overview

32

Accelerating Projected Revenue Growth

$0

$30

$60

$90

$120

$150

2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

• Growth due to:– New products launched 

– Growth in existing brands

– Higher royalties 

33

$ millions

$0

$20

$40

$60

$80

$100

$120

$140

$160

2013 2014 2015 2016 2017

License and other

Material Sales

Royalties

Projected Revenue

$49.0

$64.5

$81‐$83

$ millions

34

>$146

>$107

35

Ligand’s Cash‐Generating Power Becoming Increasingly Clear

$0

$30

$60

$90

$120

$150

2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Revenue Cash Expenses

Actual Outlook

• Strong revenue growth 

• Operating expense levels projected to remain similar the  next few years 

• Significant increase in cash‐flow projected 

$ Millions

Accelerating Projected Non‐GAAP EPS Growth

$0.00

$0.50

$1.00

$1.50

$2.00

$2.50

$3.00

$3.50

$4.00

$4.50

2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

• Growth due to:

– Higher revenues

– High gross margins

– Low and flat expenses

– Lean share count

36Note:  Non‐GAAP EPS excludes changes in contingent liabilities, mark‐to‐market adjustment for amounts owed to licensors, non‐cash SBC expense and non‐cash debt related costs 

Cash and Profit Margins Expanding 

37

Actual2013

Actual2014

Projected2015

Gross Margin 88% 86% 86%

Adjusted Cash‐Flow Margin*

48% 52% 60%

Adjusted ProfitMargin*

43% 50% 55%

• Gross margin expected to be consistent• Adjusted cash‐flow and profit margins projected to grow

* Adjusted to exclude non‐cash expense items such as SBC, CVRs, debt expense, etc. (profit is non‐GAAP profit)

38

Potential Upcoming EventsTarget Date Program EventQ2’15 Duavive EU product launch

Q2’15 LGD‐6972 Phase 1b results

Mid’15 SAGE‐547 Phase 3 trial initiation

2H’15 Promacta Pediatric ITP NDA and MAA approvals

2H’15 Kyprolis Relapsed multiple myeloma NDA and MAA approvals

2H’15 NS‐2 Phase 2 trial initiation

2H’15 Delafloxacin NDA Submission

Q4’15 Promacta Severe Aplastic Anemia MAA approval

Q4’15 CE‐Melphalan NDA approval

Q4’15 Carbella NDA approval

Q4’15 Topiramate Phase 2 trial initiation

Q4’15 IRAK‐4 Phase 1 trial initiation

Roth Conference

Laguna Niguel, CaliforniaMarch 9, 2015

NASDAQ: LGND