pubmed: metodologia della ricerca...
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Il tesauro MESH
PubMed: metodologia della ricerca
dell’informazione5-6 luglio 2017 - I edizione
26-27 settembre 2017 - II edizione
Gaetana [email protected]
BREAST CANCER ALL DATABASES
BREAST CANCER
Posso fare una ricerca incrociata su numerosi archivi NLM molti di genetica ma anche libri e rapporti, articoli a testo intero (PubmedCentral), studi di epinogenomica e molto altro ancora…….
Medline/PubMed
•MEDLINE copre i campi della medicina, del’ infermieristica, del’
odontoiatria, della medicina veterinaria, delle scienze precliniche,
corrisponde in parte all’ International Nursing Index e all’ Index to Dental
Literature. Copertura: 21 milioni di articoli di rivista dal 1949 in poi (26 milioni PUBMED) negli anni recenti è possibile anche trovare alcuni capitoli di monografie selezionate •Gli articoli sono tratti da circa 5006 riviste internazionali in 37 lingueAggiornamento quotidiano: 2000-4000 nuove citazioni al giorno;
•E’ stata resa gratuita a giugno del 1997 (conferenza stampa Gore)
Nel primo anno di libero accesso via Internet le ricerche su Medline sono
passate da 7 milioni a 120 milioni (30% studenti e pubblico in generale)
Dal 1998 la NLM ha aggiunto alla base dati lo spoglio di riviste divulgative
per pazienti/parallelamente molte importanti riviste mediche stanno
sviluppando pagine per pazienti e anche traduzioni divulgative di articoli
scientifici per i pazienti
1864 John Shaw Billings un chirurgo militare di 27 anni inizia a costituire a Washington il primo nucleo della biblioteca che diverrà nel 1876 la National Medical Library divenuta poi National Library of Medicine
Nel 1879 nasce l’ Index Medicus
Nel 1964 inizia ad essere attivo il sistema Medlars (MedicalLiterature Analysis and Retrieval System
Le ricerche erano molto lente: una mezz’ora per leggere il nastro magnetico con un circa un milione di records
Nel 1971 si passa a un sistema più veloce e in linea:Medlars on line o MEDLINE
Negli anni novanta (avvento del WEB) si sperimenta la prima interfaccia amichevole, Internet Grateful Med per gli utenti finali (precedentemente il sistema era utilizzato da bibliotecari)
Pubmed inizia a operare nel 1992 …..
“Upon the title page of the Washington City Directory is printed the following aphorism: to find a name you must know how to spell it”
This has a very extensive application in medicalbibliography. To find accounts similar to yourown rare case you must know what your owncase is”.
Jonh Shaw Billings(1881)
Vi è capitato di avere una enorme quantità di informazione?
oppure:
Vi è capitato di non avere nessuna risposta o risposte che non erano coerenti con ciò che volevate ottenere?
“Le informazioni-che-non-ci-sono se ne stavano zitte e ben nascoste alla vista degli studiosi cosicché quel luogo dava l’impressione di un deserto ove regnava un silenzio mortale che gelava il sangue nelle vene.
Ma ecco che esse, apparendo all’ improvviso, si precipitavano con molto rumore, tutte insieme, come pipistrelli o vampiri, addosso ad un malcapitato studioso e lo sommergevano soffocandolo.
In realtà, come succede anche a molti uomini, esse divenivano selvagge e cattive quando erano in branco, da sole infatti erano educate e di buon cuore”.
G. Cognetti – La Biblioteca che-non-c’è (racconto inedito)
Old Medline: circa due milioni di citazioni relative agli anni precedenti dal 1946 al 1965 (CumulatedIndex Medicus e Current List of Medical Literature(1946-1965)
Medline: che ha incorporato una serie di basi dati prima separate (sulla bioetica, l’oncologia, l’ aids ecc) che costituiscono altrettanti sotto-archivi di Pubmed
Pre-Medline: articoli supplied by publishers +
Pubmed in process
Ma anche monografie e capitoli di monografie
Pubmed offre la ricerca di citazioni bibliografiche includendo anche:
Old Medline cioè circa due milioni di citazioni relative agli anni precedenti dal 1946 al 1965 (Cumulated Index Medicus e Current List ofMedical Literature (1946-1965)
In medicina si ritiene che vadano utilizzati solo studi recenti e aggiornati
E. Garfield sosteneva che spesso gli studi svolti nel passato sono sottovalutati in medicina
In realtà vi sono molti studi utili non prodotti di recente che evidenziano ad esempio tossicità di sostanze o effetti collaterali di farmaci
oppure studi di grande rilevanza (i classici..) anche per i nostri anni……….
Perciò è necessario recuperare anche la letteratura degli anni passati
http://www.embase.com/info/what-is-embase/embase-classic/classic-use-cases
Collegarsi a PUBMED ………
Ricercare:
1) Articoli sugli aspetti di diagnostica per immagini relativamenta al tumore della prostata
2) Articoli sulle problematiche genetiche relative alle malattie oncologiche
3) Articoli sulla radioterapia del tumore alla mammella
TUMOR NURSING
Prima veniva indicato se il record aveva lo status di “supplied by publisher” odi “pubmed in process” (status privi dei MESH: Ora vengono taggati con indexed for Medline” solo i record completamente indicizzati
I termini MESH appaionoappesi all’ articolo.L’asterisco indica gli argomenti/ MESH principali dell’ articolo
Sottovoci topiche
Argomento principale articolo*
La sottovoce nursing
limita la ricerca ad
articoli infermieristici
Sinonimi o quasi sinonimidel descrittore MESH “neoplasms”
Termini MESH correlati al Descrittore “neoplasms”
Struttura classificata ad albero(Tree structure)
Esplosione dei termini Mesh Se cerco Neoplasms io faccio una ricerca su tutti i tipi di tumore (come mettessi in OR tutte queste voci)
Nel caso di un solo terminee indifferente l’operatorebooleano
Clickando su : Restrict research to
Major Topic otteniamo solo gli articoli
In cui l’argomento ricercato è principale
2017 MeSH cambi nelle sottovoci:
Tre sottovoci
radiographyradionuclide imaging
Ultrasonography
sono stati sostituite con
diagnostic imaging.
Ricerca infermieristica in archivi strutturati:
Pubmed
E-mail: [email protected]
Biblioteca Digitale Centro di Conoscenza “R Maceratini” – Istituto Regina Elena
Tumore della mammellanon è tra i sinonimi vi è al plurale
La ricerca con il tesauro MESH è possibile solo nei record che hanno lo status:
Indexed for Medline
Tutti gli altri record possono essere recuperati solo con la ricerca per parole libere.
Se non si definisce un campo il sistema cerca nel titolo, nell’ abstract e in altri campi ricercabili.
Attenzione alcuni termini non sono ricercati dal sistema: stop list o stop words
Non risolve le ambiguità di significato dei termini
Rende necessario l’uso di tantissimi sinonimi
Pesca tutte le parole indistintamente ma non si sa quanto queste siano significative in un determinato contesto (es. abstract)
Sono strumenti terminologici che concettualizzano le conoscenze
Permettono di recuperare unico termine tutte le informazioni relative ad un determinato concetto
Pubmed –Indexed for Medline
Pubmed in process(non più segnalato)
Pubmed as supplied by publisher (non più segnalato)
Articoli che hanno completato l’indicizzazione ed hanno subito un rigoroso controllo
Articoli di cui è in corso l’indicizzazione
Articoli forniti elettronicamente da editori e non indicizzati
PubMed OldMedline
PubMed
Vecchi articoli su cui non si è ancora portato a termine il processo di indicizzazione MESH
Articoli “out of scope” ; articoli da fascicoli precedenti all’indicizzazione
Manoscritti di articoli di riviste (portfolio) non indicizzate in PubmedCentral
Libri e capitoli di libri in NCBI Books database
Un dizionario controllato di termini univoci che identificano i concetti
contenuti negli articoli con cui è stata indicizzata l’informazione
Il Medical Subject Headings è il tesauro della base dati PUBMED prodotta dalla National Library of Medicine
27,883 descrittori
Più di 87,000 entry terms (sinonimi o quasi sinonimi)
Circa 80 sottovoci (subheading o qualifiers)
232,000 Supplementary Concept Records (SCRs)
(Generally SCR records contain specific examples of chemicals, diseases, and drug protocols.
They are updated more frequently than descriptors. Each SCR is assigned to a related descriptor via the Heading Map (HM) field)
Il MESH è aggiornato ogni anno
UMLS Knowledge Sources and Software Tools
There are three UMLS Knowledge Sources: the Metathesaurus®, the Semantic Network, and the SPECIALIST Lexicon.
The Unified Medical Language System® (UMLS®) Metathesaurus® is a large, multi-purpose, and multi-lingual thesaurus that contains millions of biomedical and health related concepts, their synonymous names, and their relationships
the Metathesaurus contains over 150 source vocabularies, such as MeSH®, RxNorm, SNOMED CT®, ICD-9-CM, ICD-10-CM, CPT®, and LOINC®. Many of the vocabularies are designated to meet US health standards for electronic health records.
Il Mesh e l’ UMLS sono utilizzati per varie applicazioni
Basi dati NLM, Cinahl ecc.
Cartelle cliniche elettroniche
Realizzazione di siti e portali con indicizzazione semantica
ecc. ecc.
Prima di cercare una seconda voce MESH verificare se il concetto è coperto da una sottovoce (/therapy e non AND therapy)
Le sottovoci si esplodono automaticamente
Le sottovoci possono essere coordinate tra di loro: esempio neoplasms/drug therapy AND
cisplatin/therapeutic use
Leggere le note di ambito delle sottovoci
ad esempio: “drug therapy” non comprende farmaci basati su sostanze biologiche (immunoterapia) per cui si usa “therapy”
“toxicology” riguarda solo gli aspetti di tossicità da studi sperimentali su uomini o animali o relativi all’ambiente (es. tossicità da inquinamento)
Molte voci MESH hanno una sottovoce uguale
Psychology è presente sia come “voce principale” (Mesh Heading) che come sottovoce (subheading)
Qual’ è la differenza?
Come capire la differenza d’uso?
Toxicity solo per sperimentazioni sull’ uomo o sull’animale o per esposizione ad agenti ambientali Vedere /adverse effect o poisoning per effetti avversi di un farmaco in ambito clinico
Manuale dell’ indicizzatore:
«non confondere toxicitycon Adverse effectsContraindicationsPoisoning
Il più accanto alle categorie identifica i ramiprincipali di ogni categoria del tree structure
Il più accanto alle categorie identifica i ramiprincipali di ogni categoria del Tree structure
Mesh on demand: un aiuto trovare i MESH relativi ad un testo
Posso copiare un testo, un abstract di un articolo (max10.000 cartatteri)
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
MELANOMA COMPLIANCE
Dispongono di propri tesauri per indicizzare le informazioni
Ad esempio EMBASE ha come tesauro l’ EMTREE
I termini utilizzati sono diversi ma i tesauri e le modalità di interrogazione hanno di solito le stesse o simili caratteristiche (ricerca per campi, filtri, argomento principale, organizzazione gerarchica, sottovoci ecc.)
La filosofia del MESH è molto complessa
Indicizzare e ricercare con i MESH non è semplice
Metodo utile il “quick and dirty” (rapido e sporco)
Faccio una ricerca con i miei termini e poi analizzo gli articoli pertinenti per individuare i MESH che sono alla fine degli articoli
1. Per la ricerca su MESH scomponi la ricerca in concetti semplici e verifica se vi è il descrittore (termine univoco) per tali concetti leggendo attentamente la Scope note .
2. Verifica se esiste un MESH specifico per la nostra ricerca (es. per l’ insulina non cercare Hormones ma Insulin). Solo se non si trova lo specifico Mesh si può utilizzare quello più generico. (Verifica con l’uso del tree structure)
3. Dato il Mesh principale verifica se vi è una sottovoce(subheading) relativo all’ aspetto che ti interessa (es. therapy, diagnosis ecc.)
4. Se sono interessato ad una tipologia di articoli (es letter, review, clinical trial, guideline) posso inserire un publication type (es. dai limits) e non una voce MESH principale . Per selezionare solo materiale EBM, ricordarsi di usare il filtro: SystematicReviews dai Publication Type
1. Combinare i MESH con gli operatori booleani appropriati
2. Se i risultati sono troppi restringere con i Limits (tipo pubblicazione, data, età, genere ecc. )
3. Se i risultati sono pochi, oltre ad aver applicato l’esplosione, eliminare sottovoci (subheading) e filtri.
4. Usare anche termini liberi con troncamento, utilizzare funzione “ citazioni correlate”
Risposta clinica o ricerca sistematica?
Ricordarsi che:
Se si usa il tesauro in AND con una parola libera laricerca si effettua solo nei record indicizzati
Nella ricerca con tesauro prima di usare unsecondo termine MESH principale verificare semprese il concetto ricercato non sia già coperto da unasottovoce o dai filtri (tipi di pubblicazioni,genere,età ecc.)
