séance 3 : reconstruction phylogénétique en maximum de ... · diapo de joe felsenstein workshop...
TRANSCRIPT
![Page 1: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/1.jpg)
http://162.38.181.1/Pise/
Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de Vraisemblance
http://frederic.delsuc.neuf.fr/fd_formation
![Page 2: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/2.jpg)
Reconstruire la phylogénie : un problème difficilepar essence
106
107
108
Racinés
Non
racinés
101
102
103
104
105
Arbres
racinés
N = 10 taxons � 34 459 425 arbres !
N = 20 taxons � ~ 8 . 1021 arbres !!
2 3 4 5 6 7 8 9 10
100
Taxons
![Page 3: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/3.jpg)
L’avènement des méthodes probabilistes
![Page 4: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/4.jpg)
lnL
LA SURFACE DE VRAISEMBLANCE
lnL
x y
![Page 5: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/5.jpg)
Optimum local Optimum global
« Hill-climbing » et optimums locaux
Point de départ
[Felsenstein 2004]
![Page 6: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/6.jpg)
Sequential Addition
[Felsenstein 2004]
![Page 7: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/7.jpg)
NNI : Nearest Neighbour Interchange
Un sous-arbre
[Felsenstein 2004]
Deux alternatives
![Page 8: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/8.jpg)
NNI : Nearest Neighbour Interchange
[Felsenstein 2004]
Graphe de Schoenberg montrant l’espace topologique (15 arbres possibles) d’une phylogénie à 5 taxons et leurs relations par des NNI.
![Page 9: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/9.jpg)
SPR : Sub-tree Pruning and Regrafting
1. Pruning
2. Regrafting
[Felsenstein 2004]
*
Exemple
![Page 10: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/10.jpg)
TBR : Tree Bisection and Reconnection
1. Bisection
2. Reconnexion
[Felsenstein 2004]
Exemple
![Page 11: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/11.jpg)
Un peu de provocation…
Diapo de Joe FelsensteinWorkshop on Molecular Evolution 2008Woods Hole, USA
![Page 12: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/12.jpg)
Y Z Y Z
Le phénomène d'attraction des longues branches
W X W X
aa a
b b
aa a
b b
Taux de succès
ZFZF
Felsenstein J., 1978.Cases in which parsimony or compatibility methods will be positively misleading.
Systematic Zoology 27: 401-410.
a
b
a
b
UPGMA MP standard
![Page 13: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/13.jpg)
0.6
0.8
1ML: JC69
Inconsistence et MP vs. ML
Exa
ctitu
de (
pro
port
ion d
’arb
res c
orr
ects
)
FelsensteinZone
20 100 1000 10000 1000000
0.2
0.4
MPML
MP
Exa
ctitu
de (
pro
port
ion d
’arb
res c
orr
ects
)
0.8
1MP
FarrisZone
[Swofford et al. 2001]
Longueur des séquences
Exa
ctitu
de (
pro
port
ion d
’arb
res c
orr
ects
)
20 100 1000 10000 1000000
0.2
0.4
0.6
MPML
ML: JC69
Zone
![Page 14: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/14.jpg)
Strongylocentrotus
Balanoglossus
Styela
Branchiostoma
Myxine
Lampetra
Branchiostoma
Salmo
Phénomène d'attractiond'une longue branche
du groupe interne
Squalus
Latimeria
Xenopus
du groupe interne
par le groupe externe
PHYLOGÉNIE DES CRÂNIATESET ARNr 18S (1594 sites)
NJ (p-distances)
![Page 15: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/15.jpg)
Strongylocentrotus
Balanoglossus
Styela
Branchiostoma
90
100
93
86
Myxine
Lampetra
Branchiostoma
Salmo
51
70
100
100 Salmo
Squalus
Latimeria
Xenopus
PHYLOGÉNIE DES CRÂNIATESET ARNr 18S (1594 sites)
ML (GTR + G8 + INV)
![Page 16: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/16.jpg)
Strongylocentrotus
Balanoglossus
Styela
Branchiostoma
Branches
en pointillés
=
parcimoniemaximale
Myxine
Lampetra
Branchiostoma
Salmo
maximale
Branches
continuesSalmo
Squalus
Latimeria
Xenopus
continues
=
vraisemblancemaximale
![Page 17: Séance 3 : Reconstruction Phylogénétique en Maximum de ... · Diapo de Joe Felsenstein Workshop on Molecular Evolution 2008 Woods Hole, USA . Y Z Y Z Le phénomène d'attraction](https://reader034.vdocument.in/reader034/viewer/2022051904/5ff5489248c4c864bc5268b2/html5/thumbnails/17.jpg)
Platypus
Wallaroo
Short-tailed Opossum
Virginia Opossum 99
Rat
Mouse
Guinea Pig
Squirrel
Pika
Hare
Lemur
Human91
Armadillo
*
99
65
61
56
68
99
AFROTHERIA
*
*
*
*
*
Platypus
Wallaroo
Short-tailed Opossum
Virginia Opossum
*
*Hyrax
Dugong
Elephant
Tenrec
Aardvark
Golden Mole
Elephant Shrew
Short-eared Elephant Shrew
Armadillo
A. B.
Armadillo
Anteater
Sloth 77
Hyrax
Dugong
Elephant70
99
Tenrec
Aardvark
Golden Mole
Elephant Shrew
Short-eared Elephant Shrew
64
51
69
93
Shrew
Mole
Cat
58
XENARTHRA
AFROTHERIA
77
87
XENARTHRA
EUARCHONTOGLIRES
*
*
*
*
*Armadillo
Anteater
Sloth
*
*
*
Lemur
Human
Rat
Mouse
Guinea Pig
Squirrel
Pika
Hare
*
*
*
Shrew
Mole
Fruit-eating Bat
0.1
Cat
Dog
Horse
Rhino
Tapir 60
60
Fruit-eating Bat
Flying Fox
Pig
Alpaca
Cattle
Hippo
Dolphin
Whale
84
94
73
69
NNIStarting : BIONJmtMAM+G4+IAlpha = 0.69Pinv = 0.34loglk = -74040.38Time : 0h24m31s
LAURASIATHERIA
0.1
67
54
89
93
78
59
61
SPRStarting : BIONJmtMAM+G4+IAlpha = 0.68Pinv = 0.34loglk = -74021.74Time : 1h23m13s
LAURASIATHERIA
**
*
*
*
*
* *
*
*
*
*
Cat
Dog
Horse
Rhino
Tapir
Fruit-eating Bat
Flying Fox
Pig
Alpaca
Cattle
Hippo
Dolphin
Whale