(snps, indels) génétiques analyse de variants

Analyse de variants génétiques (SNPs, indels) Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

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Analyse de variants génétiques

(SNPs, indels)

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Global BAM with read group

Cutadapt

Mapping BWA

VCF file

Fastq (RC1)

BAM with read group

Mapping BWA

Fastq (RC2)

BAM with read group

Mapping BWA

Fastq (RC3)

BAM with read group

Mapping BWA

Fastq (RC4)

BAM with read group

mergeSam

Add or Replace GroupsAdd or Replace Groups Add or Replace Groups Add or Replace Groups

Cutadapt Cutadapt Cutadapt

Page 3: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Haplotypes and phasing

•

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Page 4: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

SNP annotation using SnpEff

•…

•

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Page 5: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Projet Gigwa, pour la gestion des données massives de variants (GBS, RADSeq, WGRS)

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Page 6: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

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Page 7: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 8: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Comparison between individuals

Diversity analysis

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Page 9: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

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Page 10: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Page 11: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 12: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Différenciation génétique de la souris domestique (Bonhomme et al, 2010)

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 13: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

GWAS (Genome-Wide Association Studies)

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 14: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

GWAS issues

…

•ooo

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 15: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Study of root characters using GWAS in Oryza sativa japonica. Influence of a correction using structure and kinship

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 16: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Exemple du Riz: 3000 genomes+ HDRA (High density Rice Array)

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 17: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Exemple du Riz: 3000 genomes+ HDRA (High density Rice Array)

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 18: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Exemple du Riz: 3000 genomes+ HDRA (High density Rice Array)

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Page 19: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

SNiPlay: Web application for polymorphism analyses

Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique IRD Ouagadougou 2016

Page 20: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

Page 21: (SNPs, indels) génétiques Analyse de variants

Gautier Sarah - Alexis Dereeper – Christine Tranchant Formation Bio-informatique - Thiès 2018

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