lenka kovářová supervisor : milena kovářová
Post on 24-Feb-2016
48 Views
Preview:
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
Lenka KovářováSupervisor: Milena Kovářová
28. 07. 2011
Informatics view of determiningthe relationship between organisms
Imagine the situation you have find some new so far unknown organism● And you want to know some
relative species of organisms● Whtat to do know?
● Ask the unknown organism● It would probably not answer
● Find some similar signs to known organisms● That is not a proof of their relationship
● Find genomic similarity
How to compare genome
● Compare whole DNA code● Theat is a big amount of data
● Compare selected chromosome● Relative species can have the same gene on
different locations of different chromosomes● Compare one special gene
● You don’t know where to find selected gene in gemone of far unknown organism
● Almost all eucatyotic organisms has mitochondrial DNA
Mitochondrion
● Semi–autonomic organele ● Found in most eukaryotic cells● Described as cellular power plants● Has its own independent genome● Believed to be originally derived from
endosymbiotic prokaryotes
Mitochondrial DNA
● Mostly circular DNA molecule
Mitochondrial inheritance
● Mitochondria are normally inherited exclusively from the mother
● Mitochondrial DNA is not highly conserved and has a rapid mutation rate
● It is useful for studying the evolutionary relationships of organisms
Model of human migration based on Mitochondrial DNA
Project
● Try to determnine the relationship between organisms based on mitochondrail DNA● Download as many mitochondial DNA of different
organisms as possible● Make a program of suiatable algorithm to determine
the similarity of DNA code● Analyse the results
Eukaryota
Viridi plantae
Strepto phyta
Strepto phytina
Embryo phyta
Tracheo phyta
Euphyllo phyta
Spermato phyta
Magnolio phyta
Eudicotyl edons rosids malvids Brassicales Brassi
caceaeCamelineae
Arabi dopsis
Arabidopsis thaliana
Bryophyta Bryophytina Bryopsida Funariidae Funariales Funariaceae Physcomitrella Physcomitrella patens
Physcomitrella patens
Opistho konta Fungi Dikarya Ascomy
cotasaccharomyceta
Pezizomy cotina leotiomyceta Eurotiomy
cetesEurotiomy cetidae Eurotiales TrichocomaceaeAspergillus Aspergillus
nigerAspergillus niger
Saccharomycotina
Saccharomycetes
Saccharomycetales
Saccharomy cetaceae
Eremothe cium
Eremothecium gossypii
Ashbya gossypii
Saccharomyces
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyce cerevisiae
Metazoa Bilateria Proto stomia
Panarthro poda Arthropoda Mandibulata Pancru
stacea Hexapoda Insecta Dicondylia Pterygota Neoptera Paraneo ptera
Hemi ptera
Sterno rrhyncha
Aphidi formes
Aphido morpha Aphidoidea Aphididae Aphi
dinaeMacro siphini
Acyrtho siphon
Acyrthosiphon pisum
Endoptery gota
Hymenoptera Apocrita Aculeata Apoidea Apidae Apinae Apini Apis Apis mellifera
Coleoptera PolyphagaCucujifor
miaTenebrionoidea
Tenebrionidae Tribolium Tribolium
castaneum
Deute rostomia
Echino dermata
Eleuthero zoa Echinozoa Echinoidea Euechinoidea Echinacea Echinoida Strongylo
centrotidaeStrongylo centrotus
Strongylocentrotus purpuratus
Hemi chordata
Entero pneusta
Harrimanii dae
Sacco glossus
Saccoglossus kowalevskii
Chordata Tunicata Ascidiacea Cionidae Ciona Ciona intestinalis
Craniata Vertebrata Euteleostomi Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei Elopoc ephala
Clupeo cephala
Oto cephala
Ostario physi OtophysiCyprini
physiCyprini formes
Cyprinoi dea
Cyprini dae Danio Danio rerio
Sarcopterygii Tetrapoda Amphibia Batrachia Anura Mesoba trachia Pipoi dea Pipidae Xenopo
dinae Xenopus Silurana Xenopus tropicalis
Amniota Sauropsida Sauria Lepidosauria
Squa mata Iguania Iguani
daePoly chrotinae Anolis Anolis
carolinensis
Archosauria
Dinosauria Saurischia Thero
poda Aves Neognathae Passeri formes
Passeroidea
Estril didae
Taenio pygia
Taeniopygia guttata
Galli formes
Phasianidae
Phasianinae Gallus Gallus gallus
Meleagri dinae
Meleagris
Meleagris gallopavo
Mammalia Prototheria Monotre mata
Ornithorhynchidae
Ornithorhynchus
Ornithorhynchus anatinus
Theria Metatheria Didelphimorphia
Didelphidae
Didelphinae
Monodelphis
Monodelphis domestica
Eutheria Laurasiatheria Carnivora Canifor
mia Ursidae Ailuropoda Ailuropoda melanoleuca
Canidae Canis Canis lupus Canis familiaris
Cetartiodactyla
Ruminantia Pecora Bovidae Bovinae Bos Bos taurus
Suina Suidae Sus Sus scrofa
Perissodactyla Equidae Equus Equus Equus caballus
Euarchontoglires Glires Lago
morphaLeporidae Oryctolagus Oryctolagus
cuniculusRodentia
Sciurognathi Muroidea Muridae Murinae Mus Mus Mus musculus
Rattus Rattus norvegicus
Primates Haplorrhini
Simiiformes Catarrhini Cercopithe
coideaCercopithecidae
Cercopithecinae Macaca Macaca
mulattaHominoidea
Hominidae Ponginae Pongo Pongo abelii
Homininae Pan Pan troglodytes
Homo Homo sapiens
Taxonomy
Vertebrata Euteleostomi
Actinopterygii Actinopteri Neopterygii Teleostei Elopoc
ephalaClupeo cephala
Oto cephala
Ostario physi
Otophysi
Cyprini physi
Cyprini formes
Cyprinoi dea
Cyprini dae Danio Danio rerio
Sarcopterygii Tetrapoda Amphibia Batrachia Anura Mesoba
trachiaPipoi dea Pipidae Xenopo
dinaeXenopus Silurana Xenopus
tropicalis
Amniota Sauropsida Sauria Lepidosauria
Squa mata Iguania Iguani
dae
Poly chrotinae
Anolis Anolis carolinensis
Archosauria
Dinosauria
Saurischia
Thero poda Aves Neognatha
ePasseri formes
Passeroidea
Estril didae
Taenio pygia
Taeniopygia guttata
Galli formes
Phasianidae
Phasianinae Gallus Gallus gallus
Meleagri dinae
Meleagris
Meleagris gallopavo
Mammalia Prototheria
Monotre mata
Ornithorhynchidae
Ornithorhynchus
Ornithorhynchus anatinus
Theria Metatheria
Didelphimorphia
Didelphidae
Didelphinae
Monodelphis
Monodelphis domestica
Eutheria Laurasiatheria
Carnivora
Caniformia Ursidae Ailuropoda Ailuropoda
melanoleuca
Canidae Canis Canis lupus
Canis familiaris
Cetartiodactyla
Ruminantia Pecora Bovidae Bovinae Bos Bos taurus
Suina Suidae Sus Sus scrofa
Perissodactyla
Equidae Equus Equus Equus
caballus
Euarchontoglires Glires Lago
morphaLeporidae
Oryctolagus
Oryctolagus cuniculus
Rodentia
Sciurognathi Muroidea Muridae Murina
e Mus Mus Mus musculus
Rattus Rattus norvegicus
Primates Haplorrhini
Simiiformes Catarrhini Cercopit
hecoidea
Cercopithecidae
Cercopithecinae MacacaMacaca
mulatta
Hominoidea
Hominidae
Ponginae Pongo Pongo abelii
Homininae Pan Pan
troglodytes
Homo Homo sapiens
VertebrataTaxonomy
Organisms
● Streptophyta● Arabidopsis thaliana● Physcomitrella patens
Organisms
● Fungi● Aspergillus niger● Ashbya gossypii● Saccharomyces cerevisiae
Organisms
● Insecta● Apis mellifera● Acyrthosiphon pisum● Tribolium castaneum
Organisms
● Deuterostomia● Ciona intestinalis● Saccoglossus kowalevskii● Strongylocentrotus purpuratus
Organisms
● Vertebrata● Anolis carolinensis● Xenopus (Silurana) tropicalis● Danio rerio
Organisms
● Aves● Gallus gallus● Meleagris gallopavo● Taeniopygia guttata
Organisms
● Mammalia● Ornithorhynchus anatinus● Monodelphis domestica
Organisms
● Carnivora● Ailuropoda melanoleuca● Canis familiaris
Organisms
● Cetartiodactyla● Sus scrofa● Bos taurus
● Perissodactyla● Equus caballus
● Glires● Oryctolagus cuniculus● Mus musculus● Rattus norvegicus
Organisms
Organisms
● Primates● Macaca mulatta● Pongo abelii● Pan troglodytes● Homo sapiens
Metodology● Get the Fasta format of mitochondrial DNA● Compare the similarity of genoms● Find relative organisms
Metodology● Compress one DNA code and compress
two DNA codes together● Compare the lenght of compressed files● Compute the coefficients of similarity
Where Compress(x) is the compression algorithm used on file x
|x| is the length of file x and
DNA1+DNA2 is the concatenation of DNA1 and DNA2 in this order
Coefficient ( DNA1, DNA 2)
= 1 -
|Compress( DNA1 )| – (|Compress( DNA2+ DNA1 )|- |Compress ( DNA2 ) | )
|Compress( DNA1+ DNA2 )|
Compress algoritm ● Deflate stream
● Combination of LZ77 algorithm and Huffman coding
● Compression is achieved through two steps● The matching and replacement of duplicate
strings with pointers● Replacing symbols with new, weighted symbols
based on frequency of use
Compress algorithm ● Deflate stream
● Lossless data compression algorithm ● Combination of LZ77 algorithm and Huffman coding● Series of blocks, each block preceded by a 3-bit header
– 1-bit: Last block in stream marker● 1: this is the last-block in the stream● 0: there are more blocks to process after this one
– 2-bits: Encoding method used for this block type:● 00: a raw section follows, between 0 and 65,535 bytes in length● 01: a static Huffman compressed block, using a pre-agreed Huffman tree● 10: a compressed block complete with the Huffman table supplied● 11: reserved, don't use
Algorithm LZ77● Duplicate string elimination ● Within compressed blocks
● If a duplicate series of bytes is spotted (a repeated string)● then a back-reference is inserted
– linking to the previous location of that identical string instead● An encoded match to an earlier string consists of a length
(3–258 bytes) and a distance (1–32,768 bytes)● Relative back-references can be made across any
number of blocks
Huffman coding● Replacing
● Commonly used symbols with shorter representations● Less commonly used symbols with longer representations
● Unprefixed tree of non-overlapping intervals● Length of each sequence is inversely proportional to the
probability of that symbol needing to be encoded● A tree is created which contains space for 288 symbols
– 0–255: represent the literal bytes/symbols 0–255.– 256: end of block– 257–285: combined with extra-bits, match length of 3–258 bytes– 286, 287: not used
Huffman coding● A match length code will be followed by a distance code● Based on the distance code read, further "extra" bits may
be read in order to produce the final distance. ● The distance tree contains space for 32 symbols
– 0–3: distances 1–4– 4–5: distances 5–8, 1 extra bit– 6–7: distances 9–16, 2 extra bits– 8–9: distances 17–32, 3 extra bits– ...– 26–27: distances 8,193–16,384, 12 extra bits– 28–29: distances 16,385–32,768, 13 extra bits– 30–31: not used
Number of basis of mitochondrial DNA genome
Streptophyta Metazoa Mammalia366924 Arabidopsis thaliana 16969 Acyrthosiphon pisum 17019 Ornithorhynchus
anatinus
105338 Physcomitrella patens 16343 Apis mellifera 17079 Monodelphis domestica
15881 Tribolium castaneum 16805 Ailuropoda melanoleuca
Fungi
15650 Strongylocentrotus purpuratus 16727 Canis familiaris
31102 Aspergillus niger 17037 Saccoglossus kowalevskii 16338 Bos taurus
23564 Ashbya gossypii 14790 Ciona intestinalis 16613 Sus scrofa
85779 Saccharomyces cerevisiae 16596 Danio rerio 16660 Equus caballus
17610 Xenopus (Silurana) tropicalis 17019 Oryctolagus cuniculus
17220 Anolis carolinensis 16299 Mus musculus
16853 Taeniopygia guttata 16313 Rattus norvegicus
16775 Gallus gallus 16564 Macaca mulatta
16719 Meleagris gallopavo 16499 Pongo abelii
16554 Pan troglodytes
16568 Homo sapiens
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Homininae relationship
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Coefficients of similarity-0,014
-0,007
-0,007-0,003
-0,003 0,000
0,000 0,003
0,003 0,006
0,006 0,011
0,011 0,016
0,016 0,019
0,019 0,022
0,022 0,025
0,025 0,027
0,027 0,030
0,030 0,040
0,0700,080
Aves relationship
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Insecta relationship
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Mammalia relationship
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0070
Aspergillus niger 0,0057
Ashbya gossypii -0,0002
Saccharomyces c. -0,0037
Acyrthosiphon pi. 0,0036
Apis mellifera -0,0003
Tribolium castan. 0,0137
Strongylocentrots p. 0,0193
Saccoglossus kow. 0,0149
Ciona intestinalis 0,0070
Danio rerio 0,0168
Xenopus tropicalis 0,0204
Anolis carolinensis 0,0199
Taeniopygia guttata 0,0201
Gallus gallus 0,0183
Meleagris gallopavo 0,0183
Ornithorhynchus a. 0,0216
Monodelphis dom. 0,0230
Ailuropoda melanol. 0,0211
Canis familiaris 0,0267
Bos taurus 0,0285
Sus scrofa 0,0274
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0253
Mus musculus 0,0212
Rattus norvegicus 0,0242
Macaca mulatta 0,0223
Pongo abelii 0,0231
Pan troglodytes 0,0229
Homo sapiens 0,0208
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
Imagine this is you unknown animal
Conclusion
● Many mitochondrial DNA codes were dowloaded● The taxomony relationship between them was found
● Research of suitable algorthms for determining the relationship between organisms was done● Demonstrated algorithm was choosen
● An algorithm was implemented● Ability to determine the relationship between
organisms using this algorithm was proofed
ResultsArabidopsis thaliana
Physcomitrella patens
Aspergillus niger
Ashbya gossypii
Saccharomyces cerevisiae
Acyrthosiphon pisum
Apis mellifera
Tribolium castaneum
Strongylocentrotus purpuratus
Saccoglossus kowalevskii
Ciona intestinalis
Danio rerio
Xenopus (Silurana) tropicalis
Anolis carolinensis
Taeniopygia guttata
Gallus gallus
Meleagris gallopavo
Ornithorhynchus anatinus
Monodelphis domestica
Ailuropoda melanoleuca
Canis familiaris
Bos taurus
Sus scrofa
Equus caballus
Oryctolagus cuniculus
Mus musculus
Rattus norvegicus
Macaca mulatta
Pongo abelii
Pan troglodytes
Homo sapiens
Arabidopsis th. 0,0018 0,0026 0,0011 -0,0008 -0,0062 0,0001 -0,0002 0,0015 0,0023 0,0020 0,0013 0,0023 0,0020 0,0021 0,0018 0,0017 0,0017 0,0020 0,0016 0,0020 0,0020 0,0019 0,0019 0,0019 0,0018 0,0019 0,0018 0,0018 0,0019 0,0019 0,0019
Physcomitrella pat. 0,0027 0,0057 0,0049 -0,0011 -0,0128 0,0011 -0,0003 0,0055 0,0087 0,0073 0,0048 0,0080 0,0071 0,0068 0,0071 0,0068 0,0068 0,0075 0,0063 0,0075 0,0075 0,0069 0,0067 0,0070 0,0067 0,0068 0,0069 0,0071 0,0070 0,0070 0,0068
Aspergillus niger 0,0017 0,0033 0,4330 0,0019 -0,0005 0,0016 0,0031 0,0083 0,0084 0,0080 0,0076 0,0069 0,0071 0,0083 0,0068 0,0064 0,0076 0,0080 0,0080 0,0065 0,0063 0,0065 0,0054 0,0057 0,0047 0,0082 0,0066 0,0072 0,0068 0,0073 0,0071
Ashbya gossypii 0,0008 -0,0020 0,0047 0,6245 0,0038 0,0050 0,0042 0,0015 0,0015 0,0023 0,0057 -0,0001 -0,0006 0,0013 0,0008 0,0007 0,0001 -0,0007 0,0029 0,0013 -0,0009 -0,0023 0,0002 -0,0002 -0,0002 0,0013 0,0021 -0,0003 0,0017 -0,0006 -0,0001
Saccharomyces c. 0,0007 -0,0140 -0,0012 0,0025 0,0044 0,0015 0,0012 -0,0006 -0,0040 -0,0027 -0,0002 -0,0042 -0,0039 -0,0019 -0,0038 -0,0020 -0,0037 -0,0035 -0,0031 -0,0030 -0,0039 -0,0049 -0,0033 -0,0037 -0,0038 -0,0031 -0,0030 -0,0037 -0,0024 -0,0033 -0,0036
Acyrthosiphon pi. 0,0010 -0,0004 0,0066 0,0059 0,0020 0,7180 0,0149 0,0107 0,0035 0,0048 0,0107 0,0026 0,0033 0,0056 0,0032 0,0036 0,0042 0,0047 0,0068 0,0040 0,0027 0,0024 0,0039 0,0036 0,0043 0,0046 0,0038 0,0028 0,0036 0,0025 0,0034
Apis mellifera 0,0007 -0,0016 0,0031 0,0053 0,0011 0,0100 0,7338 0,0060 -0,0003 0,0014 0,0085 0,0014 -0,0007 0,0033 0,0003 0,0017 0,0003 -0,0006 0,0024 0,0015 0,0002 -0,0023 -0,0004 -0,0003 -0,0014 0,0025 -0,0009 0,0011 0,0011 -0,0004 -0,0002
Tribolium castan. 0,0018 0,0050 0,0105 0,0022 0,0003 0,0087 0,0059 0,7337 0,0157 0,0143 0,0139 0,0155 0,0160 0,0137 0,0147 0,0130 0,0129 0,0135 0,0138 0,0152 0,0142 0,0141 0,0148 0,0137 0,0151 0,0160 0,0138 0,0145 0,0150 0,0146 0,0147
Strongylocentrots p. 0,0023 0,0072 0,0075 -0,0008 -0,0034 -0,0001 -0,0010 0,0105 0,7016 0,0212 0,0125 0,0199 0,0174 0,0163 0,0174 0,0175 0,0167 0,0177 0,0175 0,0203 0,0186 0,0176 0,0169 0,0193 0,0172 0,0182 0,0189 0,0179 0,0182 0,0179 0,0188
Saccoglossus kow. 0,0020 0,0061 0,0071 -0,0002 -0,0017 0,0029 0,0033 0,0077 0,0192 0,6622 0,0096 0,0167 0,0149 0,0168 0,0163 0,0139 0,0137 0,0155 0,0133 0,0145 0,0164 0,0143 0,0153 0,0149 0,0147 0,0151 0,0148 0,0137 0,0136 0,0145 0,0157
Ciona intestinalis 0,0013 0,0029 0,0090 0,0055 0,0015 0,0042 0,0048 0,0113 0,0079 0,0084 0,7896 0,0086 0,0099 0,0082 0,0062 0,0080 0,0088 0,0070 0,0082 0,0081 0,0065 0,0051 0,0067 0,0070 0,0068 0,0099 0,0074 0,0068 0,0070 0,0067 0,0064
Danio rerio 0,0021 0,0063 0,0055 -0,0027 -0,0043 0,0002 -0,0030 0,0091 0,0189 0,0172 0,0088 0,6489 0,0164 0,0163 0,0174 0,0155 0,0167 0,0163 0,0139 0,0161 0,0167 0,0160 0,0161 0,0168 0,0140 0,0149 0,0167 0,0155 0,0175 0,0183 0,0154
Xenopus tropicalis 0,0024 0,0075 0,0096 0,0018 -0,0023 0,0037 0,0027 0,0125 0,0231 0,0207 0,0118 0,0232 0,6651 0,0210 0,0213 0,0225 0,0208 0,0204 0,0196 0,0215 0,0208 0,0227 0,0221 0,0204 0,0196 0,0208 0,0198 0,0207 0,0208 0,0200 0,0222
Anolis carolinensis 0,0022 0,0065 0,0091 -0,0007 -0,0018 0,0037 0,0032 0,0113 0,0198 0,0169 0,0123 0,0178 0,0191 0,6477 0,0181 0,0176 0,0198 0,0170 0,0157 0,0198 0,0170 0,0182 0,0183 0,0199 0,0187 0,0194 0,0189 0,0174 0,0181 0,0181 0,0179
Taeniopygia guttata 0,0025 0,0068 0,0093 -0,0006 -0,0020 0,0021 0,0018 0,0138 0,0217 0,0204 0,0120 0,0219 0,0220 0,0202 0,6730 0,0285 0,0267 0,0219 0,0201 0,0221 0,0199 0,0216 0,0209 0,0201 0,0174 0,0202 0,0198 0,0193 0,0197 0,0208 0,0201
Gallus gallus 0,0022 0,0063 0,0085 0,0014 -0,0021 0,0008 0,0005 0,0095 0,0201 0,0167 0,0122 0,0187 0,0172 0,0167 0,0218 0,6775 0,0417 0,0181 0,0151 0,0191 0,0171 0,0176 0,0170 0,0183 0,0168 0,0174 0,0173 0,0152 0,0160 0,0171 0,0165
Meleagris gallopavo 0,0020 0,0066 0,0081 0,0006 -0,0024 0,0013 -0,0004 0,0105 0,0187 0,0193 0,0111 0,0182 0,0173 0,0188 0,0205 0,0475 0,6539 0,0183 0,0169 0,0189 0,0172 0,0200 0,0182 0,0183 0,0171 0,0184 0,0184 0,0185 0,0176 0,0173 0,0168
Ornithorhynchus a. 0,0021 0,0059 0,0075 0,0003 -0,0024 0,0005 0,0018 0,0092 0,0215 0,0191 0,0117 0,0209 0,0192 0,0180 0,0189 0,0178 0,0172 0,6534 0,0214 0,0232 0,0221 0,0233 0,0235 0,0216 0,0196 0,0230 0,0227 0,0199 0,0191 0,0220 0,0211
Monodelphis dom. 0,0023 0,0070 0,0106 0,0030 -0,0014 0,0057 0,0025 0,0121 0,0208 0,0214 0,0129 0,0203 0,0190 0,0179 0,0204 0,0202 0,0214 0,0231 0,6600 0,0239 0,0230 0,0241 0,0226 0,0230 0,0227 0,0262 0,0253 0,0202 0,0226 0,0223 0,0227
Ailuropoda melanol. 0,0020 0,0064 0,0072 0,0001 -0,0036 0,0023 -0,0003 0,0118 0,0199 0,0189 0,0103 0,0205 0,0168 0,0195 0,0198 0,0182 0,0170 0,0185 0,0208 0,6128 0,0275 0,0267 0,0220 0,0211 0,0230 0,0209 0,0253 0,0206 0,0226 0,0226 0,0196
Canis familiaris 0,0023 0,0063 0,0088 0,0004 -0,0029 0,0002 0,0017 0,0104 0,0214 0,0198 0,0117 0,0214 0,0187 0,0191 0,0202 0,0187 0,0197 0,0239 0,0205 0,0274 0,6851 0,0288 0,0267 0,0267 0,0235 0,0282 0,0268 0,0228 0,0233 0,0252 0,0249
Bos taurus 0,0021 0,0063 0,0078 0,0005 -0,0028 -0,0001 0,0016 0,0106 0,0218 0,0183 0,0119 0,0213 0,0185 0,0191 0,0176 0,0193 0,0180 0,0209 0,0194 0,0279 0,0274 0,7089 0,0293 0,0285 0,0260 0,0255 0,0243 0,0217 0,0221 0,0241 0,0239
Sus scrofa 0,0021 0,0064 0,0090 0,0005 -0,0026 0,0009 0,0016 0,0120 0,0182 0,0167 0,0119 0,0196 0,0182 0,0186 0,0159 0,0178 0,0172 0,0200 0,0202 0,0247 0,0244 0,0311 0,6458 0,0274 0,0275 0,0220 0,0260 0,0200 0,0222 0,0224 0,0200
Equus caballus 0,0023 0,0074 0,0084 -0,0007 -0,0023 0,0018 0,0037 0,0139 0,0226 0,0195 0,0133 0,0243 0,0201 0,0195 0,0191 0,0198 0,0187 0,0244 0,0218 0,0281 0,0290 0,0316 0,0307 0,7579 0,0256 0,0270 0,0274 0,0258 0,0237 0,0255 0,0270
Oryctolagus cunic. 0,0021 0,0068 0,0092 0,0012 -0,0019 0,0035 0,0006 0,0096 0,0223 0,0189 0,0125 0,0221 0,0197 0,0188 0,0181 0,0177 0,0195 0,0231 0,0232 0,0269 0,0238 0,0271 0,0288 0,0253 0,6838 0,0280 0,0274 0,0259 0,0222 0,0228 0,0249
Mus musculus 0,0022 0,0067 0,0106 0,0025 -0,0006 0,0019 0,0041 0,0133 0,0206 0,0183 0,0140 0,0235 0,0183 0,0199 0,0184 0,0204 0,0187 0,0227 0,0231 0,0244 0,0227 0,0275 0,0270 0,0212 0,0240 0,7057 0,0439 0,0241 0,0201 0,0220 0,0233
Rattus norvegicus 0,0023 0,0063 0,0088 0,0021 -0,0019 0,0023 0,0015 0,0114 0,0211 0,0193 0,0128 0,0198 0,0175 0,0183 0,0201 0,0203 0,0190 0,0216 0,0233 0,0258 0,0242 0,0304 0,0294 0,0242 0,0263 0,0456 0,7398 0,0257 0,0243 0,0262 0,0253
Macaca mulatta 0,0023 0,0064 0,0092 0,0009 -0,0018 0,0033 0,0021 0,0127 0,0211 0,0200 0,0119 0,0220 0,0179 0,0204 0,0165 0,0186 0,0186 0,0202 0,0202 0,0249 0,0214 0,0226 0,0231 0,0223 0,0226 0,0235 0,0218 0,7492 0,0271 0,0271 0,0279
Pongo abelii 0,0024 0,0069 0,0098 0,0009 -0,0013 0,0041 0,0058 0,0126 0,0214 0,0215 0,0133 0,0229 0,0195 0,0216 0,0200 0,0213 0,0206 0,0217 0,0199 0,0247 0,0212 0,0236 0,0259 0,0231 0,0233 0,0234 0,0264 0,0317 0,6508 0,0398 0,0416
Pan troglodytes 0,0023 0,0067 0,0084 0,0007 -0,0021 0,0013 0,0030 0,0130 0,0214 0,0209 0,0123 0,0212 0,0190 0,0189 0,0203 0,0189 0,0183 0,0230 0,0202 0,0246 0,0222 0,0272 0,0244 0,0229 0,0231 0,0240 0,0276 0,0280 0,0402 0,7586 0,0784
Homo sapiens 0,0021 0,0065 0,0084 -0,0005 -0,0030 0,0014 0,0010 0,0100 0,0214 0,0185 0,0102 0,0204 0,0186 0,0184 0,0181 0,0170 0,0164 0,0194 0,0188 0,0239 0,0221 0,0233 0,0219 0,0208 0,0241 0,0207 0,0238 0,0266 0,0355 0,0741 0,7223
Thank you for your attention
Coefficients of similarity-
0,014 -0,00
7
-0,00
7-
0,003
-0,00
3 0,00
0
0,000
0,003
0,003
0,006
0,006
0,011
0,011
0,016
0,016
0,019
0,019
0,022
0,022
0,025
0,025
0,027
0,027
0,030
0,030
0,040
0,070
0,080
top related